The following packages will be installed:
 t_coffee 
Fetching README...  0%100%100%100%100%100%Done
Fetching References...  0%100%100%100%100%100%Done
Fetching slack-desc...  0%100%100%100%100%100%Done
Fetching t_coffee.SlackBuild...  0%100%100%100%100%100%Done
Fetching t_coffee.info...  0%100%100%100%100%100%Done
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/reference_test/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/install
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/misc/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/misc/t_coffee.pdf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/misc/saltt_doc.doc
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/misc/thompson_Tcoffee_tutorial.pdf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/objects.inv
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/index.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_doctest.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_quickstart_regressive.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_documentation_validation.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_faq.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_quickstart.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_technical_documentation.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/page-example.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_webserver.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_license.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_installation.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_contacts_adresses.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/doc2test.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_citations_references.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_main_documentation.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_tutorials.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/index.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_release_notes.rst.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/searchindex.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/documentation_options.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/underscore.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/css/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/css/theme.css
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/css/badge_only.css
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/jquery.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/basic.css
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.woff
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.eot
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.eot
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.ttf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.woff
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.ttf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.woff2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.woff2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.woff
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.eot
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.woff
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.ttf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.woff
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.woff2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.woff2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.ttf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.eot
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.woff2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.woff
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.eot
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.woff2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.ttf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.eot
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.ttf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.woff
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.ttf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.eot
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.woff2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.svg
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/underscore-1.3.1.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/pygments.css
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/language_data.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/js/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/js/modernizr.min.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/js/theme.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/doctools.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/jquery-3.2.1.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/searchtools.js
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/file.png
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/plus.png
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/doc/html/_static/minus.png
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/README
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_matrix.scr
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/blosum80.mat
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_diag_prob_150_exp_110000
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_diag_prob_250_exp_110000
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_diag_prob_100_exp_550000
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/mix80.mod
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/BLOSUM75.diag_prob_t2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/blosum80_trunc.mat
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_diag_prob_100_exp_220000
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/BLOSUM75.scr
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/hmmtop.arch
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/New_KS.267.seq
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/BLOSUM90.scr
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_diag_prob_100_exp_110000
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_diag_prob_100_exp_330000
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/BLOSUM.scr
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/New_KS.267.obs
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/dna_diag_prob_200_exp_110000
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/BLOSUM.diag_prob_t10
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/mcoffee/hmmtop.psv
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small_prf1.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/test_lib.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile_aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/g5.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile2_pdb2.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgl_trybr.tmp
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgb_chite.prf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/mocca
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.template
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/4YM9A.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgl_wheat.prf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3IJ24.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases2_small.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/test.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_pdb2.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1PPG.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b30.aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.tm_html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq3.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/luke_skywalker.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/c18orf19.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_tree.nwk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/cache.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/process_list.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb_two_seq.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.struc_tree.list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases1_small.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2ZPRB.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.struc_tree.list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq2.stk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_lib3
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small_pdb2.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1FY3A.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_prot_thread.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/clustal_text
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq2.cons.stk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq1_rfold1.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/4KGAB.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb_two_seq.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/prf1_1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/g15.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/4Q2KD.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.clustalw
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2HEY4.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1XU12.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgt_mouse.tmp
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1_1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/struc2.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.tcs_residue_filter3
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3ALQ3.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.score_csv
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/wublast.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/stdout.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile_aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_tmp1.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/han_solo
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/han_solo.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dna_thread.fa
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1XU21.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1AE5A.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b11.cache
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/lalign_id_pair_seq1.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases2_small.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_large.code_name
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases2_small.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2U.species
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/blastpgp.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_cdna.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small_g10.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EXTA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1GVZA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3IJ22.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_aln2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.fasta~
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq3.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/c18orf19_chipseq.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b30.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_pdb1.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1OQE1.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/c18orf19.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/rna3D_msa2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/dna.filter
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/struc1.template_file
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_prf1.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_cdna.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/blast_xml2fasta_aln.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.struc_tree.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/fasta_aln2fasta_aln_unique_name.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/dalilite.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/ncbiblast_lwp.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/nature_protocol.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1_1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EXT4.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small_pdb1.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.score_ps
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1AZZB.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/prf1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/outaln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/color_dnaseq3_lib.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.template~
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2UC.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/tree.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_cdna.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.expanded_fasta_aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.struc_tree.consensus
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_lib3.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2U.contact_lib.list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/rnapdb2protpdb.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/blast_aln2fasta_aln.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2U.aln.list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2EEKA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_all.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3ALQ1.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_color.list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb_two_seq.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_chain.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/ph_tree_scan.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EIY_C.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1.score_ascii
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/chewbacca.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/multiplets.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_color.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_large.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hel_regions.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.msf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1_1.score_ascii
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile1_pdb1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/slow_pair_seq1.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1.msf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/group_3Dseq1.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_pair.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2U.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_prot_thread.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/dna.replicates
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/g0.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/extract_from_pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq2.tcoffee.stk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile1_pdb1.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.struc_tree.consensus
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1D4V3.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.msf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases1_small.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/generic_method.tc_method
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_lib2.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_large.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_tree_upgma.nwk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.fake
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/fasta_seq2consan_aln.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgb_chite.tmp
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EXT1.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1OP8F.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq2.cache
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/block1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile2_pdb2.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/c18orf19.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.b62_aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.tcs_weighted
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/struc1.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb_two_seq_pdb1.template_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2U.template
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/msa2bootstrap.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases2_small.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1_2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/prf2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases1_small.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/excel2fasta.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_lib3.tc_lib02
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sv.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.score_pdf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/count.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.tcs_replicate_100
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b11.tcmafft
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq2.cw.stk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgt_mouse.prf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_prot_thread.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b11.score_ascii
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/rna3D.template
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/out.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases1_small.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1NN6.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln5.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_single.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgl_wheat.tmp
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b11.fa
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_prot_thread.fa
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/charge_relay_lib.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2UD.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b80.aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3IJ21.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/block2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq1.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_prot_thread.score_ascii
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/out_aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/clustalw_method.tc_method
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/t_coffee_dpa
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/rna3D.fa
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EUQ_B.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1FI8.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sv_muscle.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2UB.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/install.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb_two_seq.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3G01B.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/outaln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b80.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.fasta_aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/cache.seq
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/5ABWA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.tcs_residue_lower4
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.clustalw
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2HEY1.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/Ssample_aln1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1JMA1.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/clustal_text.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/color_cons_box.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2HEYR.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EXT3.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_pdb.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/allpairs.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/RNAplfold2tclib.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/hmgl_trybr.prf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.ts_html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.tcs_column_filter3
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sv.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/alirna.ps
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2HEY2.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/fasta_seq2hmmtop_fasta.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3IJ2X.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/test.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/make_license.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_param_file.param
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3ALQ2.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1JMA2.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_profile1_1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.struc_tree.consense_output
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1MZDA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile1_pdb1_1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_blosum62.score_ascii
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/bestpairs.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/wublast_lwp.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1D4V2.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/prf3.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2U.contact_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.score_html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_lib1.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.struc_tree.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/two_profiles.template_file
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sv.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_profile1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.template
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/color_dnaseq3.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/5FCRD.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3ALQR.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/struc1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/struc3.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_lib1.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq2.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/CCsed.script
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3ALQ4.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_lib1.mocca_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3IJ23.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq2.alifold
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_tree_nj.nwk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/rec_sum.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.mafftnewick
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EUY_B.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/clean_cache.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases1_small.msf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/combined_profiles.aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2RDLB.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln3.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/struc1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/out.tab
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/prf1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/out.ascii
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_oneseq.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_oneseq.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_profile2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_large.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EXT2.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_tree2.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq3.cache
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_profile1_1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile2_pdb2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/three_cdna.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.msf_aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_rnaseq1.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/3V2UA.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_large.muscle
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases1_small.clustalw
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/p350.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/any_file2unix_file.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.tree
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_tree_sar.nwk
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/chewbacca
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/tc_generic_method.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_large.coded.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2QXJA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/t_coffee_dpa2
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/color_dnaseq3.pdf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/prf1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sv.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.score_ascii
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/combined_profiles.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/luke_skywalker.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/g10.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/struc1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_oneseq.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EUFA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_large.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_tree1.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_one-res.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.b62_aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.struc_tree.consense_output
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b11.tcmafft.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b11.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_aln2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1.expanded_fasta_aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/fasta_seq2RNAplfold_templatefile.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq1.tc_lib
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/profile1_pdb1_1.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/b11.dnd
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_list1.lib_list
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2ZKSA.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/color_cons.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/c18orf19.fa
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/clustalw_aln2fasta_aln.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1SGFX.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/msf_aln2fasta_aln.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/luke_skywalker.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_ssp.template
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/2RPJ1.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small_g10.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/1EXD_B.pdb
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/test.aln.html
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases1_small.fasta_aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_dnaseq2.aln
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small_dna.fasta
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_3Dseq2.template
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/proteases_small.pir_seq
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/sample_seq1_aln2.msf
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/example/newick2name_list.pl
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/bin/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/bin/macosx/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/bin/linux/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/bin/linux/t_coffee
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/tclinkdb.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/license.txt
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dev1_lib_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/iteration.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/parttree.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/fastal_opt_parsing.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/fastal_opt_parsing.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/scoring.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/iteration.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/diagonal.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/tree.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/fastal.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/fastal.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/parttree.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/diagonal.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/tree.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal/scoring.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/TMalign.f
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/makefile
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/programmes_define.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_domain_dp_drivers.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_drivers.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/phylo3d.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/CUSTOM_evaluate_for_struc.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_domain_dp_drivers.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_ssec_pwaln.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_sim.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_linear_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate_for_struc.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_gotoh_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_cdna.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_generic_fasta_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_clean_maln.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_generic_fasta_nw.c.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate_for_struc.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate_dirichlet.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_mm_nw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_gotoh_sw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_est.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/pavie.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate_for_domain.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_cdna_gotoh_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/showpair.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_fasta_nw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate_for_domain.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate_dirichlet.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/evaluate.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_graph_maln.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_gotoh_sw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_generic_fasta_nw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/pavie_dp.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_est.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_clean_maln.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_fasta_sw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_fasta_sw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_ssec_pwaln.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/fasta_dp.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_fasta_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/fsa_dp.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_domain_dp.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_domain_dp.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/showpair.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/pavie_dp.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_graph_maln.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_suboptimal_nw.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_mm_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/phylo3d.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_sim.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_drivers.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/CUSTOM_evaluate_for_struc.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/fsa_dp.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dp_lib/util_dp_suboptimal_nw.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/data_headers/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/data_headers/programmes_define.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/data_headers/perl_header_lib.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/perl_header_lib.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/aln_convertion_util.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/aln_convertion_util.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_make_tree.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/reformat_struc.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/reformat.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_constraints_list.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_declare.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/hsearch.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/reformat.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/aln_compare.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_job_handling.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_make_tree.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_aln_analyze.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_dps.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_analyse_constraints_list.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/random.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_job_handling.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_dps.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_constraints_list.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/reformat_struc.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_declare.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_aln_analyze.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_domain_constraints_list.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/hsearch.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_analyse_constraints_list.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/aln_compare.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/random.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/util_lib/util_domain_constraints_list.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/km_coffee.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/Vector.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/classes.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/Vector.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/Stack.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/kmeans.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/Stack.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/classes.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/km_util.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/km_coffee.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/km_util.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/km_coffee/kmeans.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/define_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/tree_util.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/io_func.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/tree_util.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/io_structures.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/pb_util_read_seq_util.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/pb_util_read_seq_util.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/pb_util_read_sequence.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/io_func.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/pb_util_read_sequence2.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/io_lib/pb_util_read_sequence.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/t_coffee_lib/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/t_coffee_lib/t_coffee.c
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/t_coffee_lib/t_coffee.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/coffee_defines.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/ga_lib_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/matrices.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/fastal_lib_header.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dev_lib/
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dev_lib/dev1.h
T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source/dev_lib/dev1.c
make: Entering directory '/usr/src/slapt-src/academic/t_coffee/T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source'
 CC fastal/iteration.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from fastal/iteration.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
fastal/iteration.c: In function ‘void iterate(Fastal_param*, void*, char*, char*, int)’:
fastal/iteration.c:392:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  392 |                 char *edit_file_name = "EDIT";//vtmpnam(NULL);
      |                                        ^~~~~~
fastal/iteration.c:396:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  396 |                 char *split_file_name = "AHA";//vtmpnam(NULL);
      |                                         ^~~~~
 CC fastal/fastal_opt_parsing.c
fastal/fastal_opt_parsing.c: In function ‘void arg_parse(int, char**, Fastal_arguments*)’:
fastal/fastal_opt_parsing.c:60:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   60 |         arguments->diag_method = "blast";
      |                                  ^~~~~~~
fastal/fastal_opt_parsing.c:61:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   61 |         arguments->output_file = "out->aln";
      |                                  ^~~~~~~~~~
fastal/fastal_opt_parsing.c:65:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   65 |         arguments->method = "fast";
      |                             ^~~~~~
fastal/fastal_opt_parsing.c:66:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   66 |         arguments->tree_method = "oligotree";
      |                                  ^~~~~~~~~~~
fastal/fastal_opt_parsing.c:67:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   67 |         arguments->mat="dna_idmat";
      |                        ^~~~~~~~~~~
fastal/fastal_opt_parsing.c:90:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   90 |                         arguments->mat = "dna_idmat";
      |                                          ^~~~~~~~~~~
fastal/fastal_opt_parsing.c:95:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   95 |                         arguments->mat = "blosum62mt";
      |                                          ^~~~~~~~~~~~
 CC fastal/scoring.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from fastal/scoring.c:37:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC fastal/diagonal.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from fastal/diagonal.c:31:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC fastal/tree.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from fastal/tree.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC fastal/fastal.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from fastal/fastal.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC fastal/parttree.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from fastal/parttree.c:36:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
fastal/parttree.c: In function ‘tnode*** int_dist2upgma_tree_fastal(int**, int, char*, char**)’:
fastal/parttree.c:218:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  218 |                 printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: non empty heap in upgma [FATAL]");
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
fastal/parttree.c:237:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  237 |         vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (fname, "w")));
      |                                                          ^~~
fastal/parttree.c:237:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  237 |         vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (fname, "w")));
      |                                 ^~~~~~~~
fastal/parttree.c: In function ‘void makepointtable_fast(int*, int, int, int)’:
fastal/parttree.c:757:23: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  757 |         register int *p;
      |                       ^
fastal/parttree.c: In function ‘void make_fast_tree(char*, int, int)’:
fastal/parttree.c:827:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  827 |         make_partTree(file_name, "TREE_OUT", ktup, n, 1, 0);
      |                                  ^~~~~~~~~~
fastal/parttree.c: In function ‘int make_pos_len_index_of_file(char*, char*, long int**, int**, int, int)’:
fastal/parttree.c:1004:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1004 |                 gl=make_group_aa ( &ng, "mafft");
      |                                         ^~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_drivers.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_drivers.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* profile2list(Job_TC*, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:107:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  107 |          job=print_lib_job (job, "param->seq_c=%s", buf);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* seq2list(Job_TC*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:331:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  331 |           RCL=align_pdb_pair ( seq,"gotoh_pair_wise", CL->align_pdb_hasch_mode,CL->align_pdb_param_file,CL, job);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:335:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  335 |           RCL=align_pdb_pair ( seq,"sim_pair_wise_lalign", CL->align_pdb_hasch_mode,CL->align_pdb_param_file,CL, job);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:343:116: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  343 |           fprintf ( CL->local_stderr, "\nERROR: THE FUNCTION %s DOES NOT EXIST [FATAL:%s]\n", mode, PROGRAM);crash("");
      |                                                                                                                    ^~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from dp_lib/util_dp_drivers.c:33:
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* method2pw_cl(TC_method*, Constraint_list*)’:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘char* seq_file2msa_file(char*, char*, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:996:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  996 |       lcom=csprintf (lcom, "%s -seq seq -outfile aln -output fasta_aln -quiet >/dev/null 2>/dev/null", file+1);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1001:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1001 |       if (!m)printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s is an unknown method [FATAL]", file);
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1005:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1005 |       command=make_aln_command (method,"seq", "aln");
      |                                        ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1005:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1005 |       command=make_aln_command (method,"seq", "aln");
      |                                               ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1010:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1010 |       command=make_aln_command (method,"seq", "aln");
      |                                        ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1010:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1010 |       command=make_aln_command (method,"seq", "aln");
      |                                               ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1020:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1020 |   printf_system ("mv %s seq", seq);
      |                  ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1022:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1022 |   if ( duplicated==1)printf_system ("cp seq aln");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1025:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1025 |       printf_system ("%s", lcom);vfree (lcom);
      |                      ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1027:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1027 |   else if ( command)printf_system ("%s", command);
      |                                    ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1028:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1028 |   else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s is an unknown method [FATAL]", file);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1030:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1030 |   if (check_file_exists ("aln"))
      |                          ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1032:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1032 |       printf_system ("mv aln %s",aln);
      |                      ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1033:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1033 |       printf_system ("mv seq %s",seq);
      |                      ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1039:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1039 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Impossible to run %s [FATAL:%s]\n",file, PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* align_pdb_pair(char*, char*, char*, char*, Constraint_list*, Job_TC*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1131:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1131 |                 output_constraints (name1, "100", F);
      |                                            ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1132:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1132 |                 CL=aln2constraint_list (F, CL, "100");
      |                                                ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* hh_pair(TC_method*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1171:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1171 |           fp=vfopen (aln1, "w");
      |                            ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1191:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1191 |           fp=vfopen (aln2, "w");
      |                            ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1211:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1211 |           printf_system ("hhalign -v 0 -i %s -t %s -atab %s -global -M 100 -cons >/dev/null 2>/dev/null", aln1, aln2, hhfile);
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1216:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1216 |           fp=vfopen (hhfile, "r");
      |                              ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* profile_pair(TC_method*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1305:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1305 |         fp=vfopen (prf1_file, "w");
      |                               ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1325:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1325 |         fp=vfopen (prf2_file, "w");
      |                               ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1348:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1348 |             param=substitute ( param, " ", "");
      |                                       ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1348:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1348 |             param=substitute ( param, " ", "");
      |                                            ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1349:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1349 |             param=substitute ( param, "\n", "");
      |                                       ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1349:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1349 |             param=substitute ( param, "\n", "");
      |                                             ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1371:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1371 |             FILE *fp =vfopen (result,  "r");
      |                                        ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1372:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1372 |             FILE *fp2=vfopen (result2, "w");
      |                                        ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* profile_pair_decomposed(TC_method*, char*, Constraint_list*, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1471:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1471 |       param=substitute ( param, " ", "");
      |                                 ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1471:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1471 |       param=substitute ( param, " ", "");
      |                                      ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1472:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1472 |       param=substitute ( param, "\n", "");
      |                                 ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1472:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1472 |       param=substitute ( param, "\n", "");
      |                                       ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1483:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1483 |               int *sub=aln2subset (A[a],"cov",&ns[a]);
      |                                         ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1493:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1493 |               else if (strm (mode, "prf3"))subseq[a][0]= aln2cons_seq_mat(A[a], "blosum62mt");
      |                                                                                 ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1517:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1517 |   printf_file (input, "w", "");
      |                       ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1517:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1517 |   printf_file (input, "w", "");
      |                            ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1522:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1522 |         printf_file (input, "a", ">seq_%d\n%s\n", c,subseq[a][b]);
      |                             ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1522:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1522 |         printf_file (input, "a", ">seq_%d\n%s\n", c,subseq[a][b]);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1526:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1526 |   printf_system ("t_coffee -seq %s -out_lib %s -lib_only -method %s -outorder=input >/dev/null 2>/dev/null", input, output, M->method);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* pdbid_pair(TC_method*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1626:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1626 |                   CL=aln2constraint_list (F, CL, "sim");
      |                                                  ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* pdb_pair(TC_method*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1663:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1663 |           printf_system ("extract_from_pdb -infile %s -atom ALL -chain FIRST  -nodiagnostic > %s", pdb1, pdb1_file);
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1664:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1664 |           printf_system ("extract_from_pdb -infile %s -atom ALL -chain FIRST  -nodiagnostic > %s", pdb2, pdb2_file);
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1670:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1670 |               printf_system ("rnapdb2protpdb.pl C3PRIME %s > %s", pdb1_file, rnatmp1);
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1671:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1671 |               printf_system ("rnapdb2protpdb.pl C3PRIME %s > %s", pdb2_file, rnatmp2);
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1672:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1672 |               printf_system ("mv %s %s", rnatmp1, pdb1_file);
      |                              ^~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1673:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1673 |               printf_system ("mv %s %s", rnatmp2, pdb2_file);
      |                              ^~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1676:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1676 |           printf_system ("tc_generic_method.pl -mode=pdb_pair -method=%s %s%s %s%s %s%s -tmpdir=%s", M->executable2,M->in_flag,pdb1_file, M->in_flag2,pdb2_file,M->out_flag, result, get_tmp_4_tcoffee());
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1684:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1684 |               CL=aln2constraint_list (F, CL, "sim");
      |                                              ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* seq_msa(TC_method*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1716:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1716 |   fp=vfopen (infile, "w");
      |                      ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1749:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1749 |           CL=aln2constraint_list (F, CL, "sim");
      |                                          ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* thread_pair2(TC_method*, int, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1818:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1818 |     fp=vfopen (pep, "w");
      |                     ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1833:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1833 |         CL=aln2constraint_list (F, CL, "sim");
      |                                        ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* lsqman_pair(char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1874:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1874 |              fp=vfopen (seq_file, "w");
      |                                   ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1906:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1906 |          CL=aln2constraint_list (F, CL, "100");
      |                                         ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* sap_pair(char*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:1945:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1945 |    seq=csprintf (seq, "%s", seq_in);
      |                       ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1950:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1950 |    if (!(template1=seq2T_value(CL->S,s1, "template_name", "_P_")))return CL;
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1950:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1950 |    if (!(template1=seq2T_value(CL->S,s1, "template_name", "_P_")))return CL;
      |                                                           ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1951:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1951 |    if (!(template2=seq2T_value(CL->S,s2, "template_name", "_P_")))return CL;
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1951:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1951 |    if (!(template2=seq2T_value(CL->S,s2, "template_name", "_P_")))return CL;
      |                                                           ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1959:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1959 |    printf_system    ("mkdir -p %s",wdir=vtmpnam(NULL));
      |                      ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1963:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1963 |        myexit(fprintf_error ( stderr, "\nERROR: Could Not Create Directory %s required by sap_pair [FATAL:%s]", wdir, PROGRAM));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1970:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1970 |        printf_system ("rnapdb2protpdb.pl C3PRIME %s > in1",tmp_pdb1);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1971:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1971 |        printf_system ("rnapdb2protpdb.pl C3PRIME %s > in2",tmp_pdb2);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1975:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1975 |        printf_system ("mv %s in1", tmp_pdb1);
      |                       ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1976:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1976 |        printf_system ("mv %s in2", tmp_pdb2);
      |                       ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1982:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1982 |    printf_system ("%s in1 in2 >sapout 2>/dev/null::IGNORE_FAILURE::",SAP_4_TCOFFEE);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1983:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1983 |    issap=is_sap_file("sapout");
      |                      ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1988:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1988 |        add_warning ( stderr, "SAP failed to align: %s against %s [%s %s]- attempt %d [WARNING:%s]\n", seq2P_template_file(CL->S,s1),seq2P_template_file(CL->S,s2), template1, template2,ntry,PROGRAM);
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1990:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1990 |        printf_system ("%s in1 in2 >sapout 2>/dev/null::IGNORE_FAILURE::",SAP_4_TCOFFEE);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1991:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1991 |        issap=is_sap_file("sapout");
      |                          ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:1996:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1996 |        myexit(fprintf_error ( stderr, "SAP failed to align: %s against %s [%s %s]- attempt %d [FATAL:%s]\n", seq2P_template_file(CL->S,s1),seq2P_template_file(CL->S,s2), template1, template2,ntry,PROGRAM));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2001:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2001 |    max=file2nlines("sapout")+1;
      |                    ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2005:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2005 |    fp=find_token_in_file ("sapout", NULL, "Percent");
      |                           ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2005:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2005 |    fp=find_token_in_file ("sapout", NULL, "Percent");
      |                                           ^~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2006:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2006 |    fp=find_token_in_file ("sapout", fp  , "Percent");
      |                           ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2006:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2006 |    fp=find_token_in_file ("sapout", fp  , "Percent");
      |                                           ^~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2012:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2012 |        remove_charset (buf, "*");
      |                             ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2045:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2045 |        fp=vfopen ( "saplib", "w");
      |                    ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2045:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2045 |        fp=vfopen ( "saplib", "w");
      |                              ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2063:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2063 |        CL=read_constraint_list_file(CL,"saplib");
      |                                        ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2068:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2068 |    vremove("in1");vremove ("in2");vremove("sapout"); vremove("saplib");
      |            ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2068:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2068 |    vremove("in1");vremove ("in2");vremove("sapout"); vremove("saplib");
      |                            ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2068:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2068 |    vremove("in1");vremove ("in2");vremove("sapout"); vremove("saplib");
      |                                           ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2068:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2068 |    vremove("in1");vremove ("in2");vremove("sapout"); vremove("saplib");
      |                                                              ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* sap_pair_old2(char*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2078:26: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
 2078 |             register int a;
      |                          ^
dp_lib/util_dp_drivers.c:2109:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2109 |             template1=seq2T_value(CL->S,s1, "template_name", "_P_");
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2109:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2109 |             template1=seq2T_value(CL->S,s1, "template_name", "_P_");
      |                                                              ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2110:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2110 |             template2=seq2T_value(CL->S,s2, "template_name", "_P_");
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2110:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2110 |             template2=seq2T_value(CL->S,s2, "template_name", "_P_");
      |                                                              ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2124:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2124 |             HERE ("\nDo THE COMPUTATIOON: NO CACHE");
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2127:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2127 |             printf_system    ("mkdir -p %s", newdir);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2141:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2141 |                 printf_system ("rnapdb2protpdb.pl C3PRIME %s > %s",tmp_pdb1, local1);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2142:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2142 |                 printf_system ("rnapdb2protpdb.pl C3PRIME %s > %s",tmp_pdb2, local2);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2146:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2146 |                 printf_system ("cp %s %s", tmp_pdb1, local1);
      |                                ^~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2147:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2147 |                 printf_system ("cp %s %s", tmp_pdb2, local2);
      |                                ^~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2150:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2150 |             printf_system ("%s %s %s >%s 2>/dev/null::IGNORE_FAILURE::",program,local1,local2,tmp_name);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2154:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2154 |                 add_warning ( stderr, "SAP failed to align: %s against %s [%s:WARNING]\n", seq2P_template_file(CL->S,s1),seq2P_template_file(CL->S,s2), PROGRAM);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2163:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2163 |             fp=find_token_in_file ( tmp_name, NULL, "Percent");
      |                                                     ^~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2164:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2164 |             fp=find_token_in_file ( tmp_name, fp  , "Percent");
      |                                                     ^~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2169:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2169 |                 remove_charset (buf, "*");
      |                                      ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2210:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2210 |                 fp=vfopen ( sap_lib, "w");
      |                                      ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2227:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2227 |                 HERE ("SAP LIB-1\n%s %s\n%s %s\n", (CL->S)->name[s1], (CL->S)->seq[s1], (CL->S)->name[s1], sap_seq1);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2228:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2228 |                 HERE ("SAP LIB-2\n%s %s\n%s %s\n", (CL->S)->name[s2], (CL->S)->seq[s2], (CL->S)->name[s2], sap_seq2);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* rnapdb_pair(TC_method*, char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2293:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2293 |                 CL=aln2constraint_list (F, CL, "sim");
      |                                                ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* best_pair4rna(Job_TC*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2340:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2340 |                 printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: RNA Sequences Only with best4rna_pair  [FATAL:%s]\n",PROGRAM);
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2361:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2361 |         if (!blosum)blosum=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2366:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2366 |         proba_pairM=method_file2TC_method(method_name2method_file ("proba_pair"));
      |                                                                    ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2369:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2369 |         sara_pairM=method_file2TC_method(method_name2method_file ("sara_pair"));
      |                                                                   ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Constraint_list* best_pair4prot(Job_TC*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2422:116: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2422 |   if ( strm ( retrieve_seq_type(), "DNA") ||strm ( retrieve_seq_type(), "RNA") )printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Protein Sequences Only with bestprot_pair  [FATAL:%s]\n",PROGRAM);
      |                                                                                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2443:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2443 |   if (!blosum)blosum=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2445:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2445 |   id=idscore_pairseq (S->seq[s1], S->seq[s2],-10,-1,blosum, "sim");
      |                                                             ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2448:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2448 |   proba_pairM=method_file2TC_method(method_name2method_file ("proba_pair"));
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2451:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2451 |   sap_pairM=method_file2TC_method(method_name2method_file ("sap_pair"));
      |                                                            ^~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* fast_pair(Job_TC*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2548:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2548 |                   A->seq_al[a]=csprintf (A->seq_al[a], "%s", S->seq[s]);
      |                                                        ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2549:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2549 |                   A->name[a]=csprintf (A->name[a], "%s", (CL->S)->name[s]);
      |                                                    ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* align_two_sequences4dpa(char*, char*, char*, char*, char*, int, int, char*, Alignment*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2722:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2722 |           HERE ("Oups %c %c should be the same ...", r1, r2);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2729:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2729 |       R->seq_al[0]=strcatf  (R->seq_al[0], "%s%c", (A)?A->seq_al[0]:"", r1);
      |                                            ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2730:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2730 |       R->seq_al[1]=strcatf  (R->seq_al[1], "%s%c", (A)?A->seq_al[1]:"", r2);
      |                                            ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2735:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2735 |         HERE ("oups these two length [%d %d] should be identical",strlen (R->seq_al[0]),strlen (R->seq_al[1]),R->seq_al[0], R->seq_al[1]); exit (0);
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2746:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2746 |       R->seq_al[0]=strcatf  (R->seq_al[0], "%s", (A)?A->seq_al[0]:"");
      |                                            ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2747:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2747 |       R->seq_al[1]=strcatf  (R->seq_al[1], "%s", (A)?A->seq_al[1]:"");
      |                                            ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2755:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2755 |       HERE ("%d %d\n\n[%s]\n[%s]", strlen (R->seq_al[0]),strlen (R->seq_al[1]),R->seq_al[0], R->seq_al[1]);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* align_two_streches4dpa(char*, char*, char*, int, int, char*, Alignment*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2791:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2791 |       A->seq_al[0]=csprintf  (A->seq_al[0], "%s", s0);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2792:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2792 |       A->seq_al[1]=csprintf  (A->seq_al[1], "%s%s", s1,gap);
      |                                             ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2799:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2799 |       A->seq_al[0]=csprintf  (A->seq_al[0], "%s%s", s0,gap);
      |                                             ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2800:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2800 |       A->seq_al[1]=csprintf  (A->seq_al[1], "%s", s1);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2807:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2807 |       A->seq_al[0]=csprintf  (A->seq_al[0], "%s", s0);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2808:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2808 |       A->seq_al[1]=csprintf  (A->seq_al[1], "%s", s1);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2814:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2814 |       return align_two_sequences (s0, s1,"blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2814:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2814 |       return align_two_sequences (s0, s1,"blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2820:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2820 |       A->seq_al[0]=csprintf  (A->seq_al[0], "%s", s0);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2821:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2821 |       A->seq_al[1]=csprintf  (A->seq_al[1], "%s", gap);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2828:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2828 |       A->seq_al[0]=csprintf  (A->seq_al[0], "%s", gap);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2829:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2829 |       A->seq_al[1]=csprintf  (A->seq_al[1], "%s", s1);
      |                                             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* align_two_structures(Sequence*, int, int, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:2846:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2846 |   fp=vfopen (in, "w");
      |                  ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2849:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2849 |   fprintf (fp, ">%s _P_ %s\n%s\n",S->name[s1],seq2T_value(S,s1, "template_file", "_P_"),S->seq[s1]);
      |                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2849:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2849 |   fprintf (fp, ">%s _P_ %s\n%s\n",S->name[s1],seq2T_value(S,s1, "template_file", "_P_"),S->seq[s1]);
      |                                                                                  ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2850:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2850 |   fprintf (fp, ">%s _P_ %s\n%s\n",S->name[s2],seq2T_value(S,s2, "template_file", "_P_"),S->seq[s2]);
      |                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2850:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2850 |   fprintf (fp, ">%s _P_ %s\n%s\n",S->name[s2],seq2T_value(S,s2, "template_file", "_P_"),S->seq[s2]);
      |                                                                                  ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2855:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2855 |   if (verbose()==2)command=csprintf (command,"t_coffee -in %s -template_file %s -method %s -outfile=%s -output fasta_aln",in,in,mode, out);
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2856:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2856 |   else command=csprintf (command,"t_coffee -in %s -template_file %s -method %s -outfile=%s -output fasta_aln -quiet >/dev/null 2>/dev/null",in,in,mode, out);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2861:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2861 |       add_warning ( stderr, "\nCould not align %s and %s with %s\nUse sequence alignment instead",S->name[s1],S->name[s2],mode,PROGRAM);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2862:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2862 |       return align_two_sequences (S->seq[s1], S->seq[s2], "blosum62mt", -8, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:2862:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2862 |       return align_two_sequences (S->seq[s1], S->seq[s2], "blosum62mt", -8, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘tnode*** make_tree(Alignment*, Constraint_list*, int, int, Sequence*, char*, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3005:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3005 |             fp=vfopen (tmp,"w");
      |                            ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:3063:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3063 |                 printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: %s is an unknown tree computation mode [FATAL:%s]", CL->tree_mode, PROGRAM);
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* realign_twoseq(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3240:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3240 |   HERE ("S1=%d S2=%d LEN=%d", A->len_aln);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* realign_kmeans(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3247:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3247 |   g=seq2kmeans_class(A,2,"msar");
      |                          ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:3266:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3266 |   HERE ("LEN=%d", A->len_aln);
      |         ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* realign_aln_best(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3314:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3314 |   HERE ("G+: %d G2:%d", ns[0], ns[1]);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:3319:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3319 |   HERE ("BIPART: LEN=%d", A->len_aln);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* realign_aln_random_bipart(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3345:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3345 |   HERE ("G+: %d G2:%d", ns[0], ns[1]);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:3353:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3353 |   HERE ("BIPART: LEN=%d", A->len_aln);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* seq2aln_group(Alignment*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3553:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3553 |   set_node_score (A, P, "idmat_sim");
      |                         ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int seq_aln_thr2(Alignment*, int**, int, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3674:92: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3674 |                   sim+=generic_get_seq_sim (A->seq_al[ls[0][b]], A->seq_al[ls[1][c]], NULL,"idmat_sim2");
      |                                                                                            ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* sorted_aln_old(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3885:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3885 |       HERE ("Group %d: %d seq (tot:%d)", g, added, tot_added);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:3890:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3890 |   HERE ("tot_added: %d", tot_added);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int add_group2sorted_aln(Alignment*, Constraint_list*, int*, int, int, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:3929:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3929 |           HERE ("\tID: %d COV: %d ***",id, cov);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:3936:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3936 |           HERE ("\tID: %d COV: %d",id, cov);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* sorted_aln_new(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4008:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4008 |       HERE ("Group Aligned: %d seq", added);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int sa_align_groups(Alignment*, Constraint_list*, int*, int, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4029:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4029 |   HERE ("***** 1******");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4042:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4042 |   HERE ("align Groups %d (%d) and %d (%d)", g0, ns[0], g1, ns[1]);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4047:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4047 |   HERE ("ID %d COV: %d", id, cov);
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4055:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4055 |       HERE ("***** Rejected ****" );
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int sa_get_next_group(Alignment*, Constraint_list*, int*, int*, int*, int**)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4085:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4085 |   HERE ("---- %d %d", s0[0], s1[0]);
      |         ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* ungap_aln4tree(Alignment*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4147:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4147 |   sim=aln2sim (B, "idmat");
      |                   ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4153:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4153 |       sim=aln2sim (B, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* simple_progressive_aln(Sequence*, tnode***, Constraint_list*, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4281:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4281 |       CL=choose_extension_mode ("matrix", CL);
      |                                 ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘tnode** tree_aln(NT_node, NT_node, Alignment*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4334:97: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4334 |       if ( CL && CL->dp_mode && strstr (CL->dp_mode, "collapse"))dump_constraint_list (CL, tmp, "w");
      |                                                                                                 ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘tnode** seqan_tree_aln(NT_node, NT_node, Alignment*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4370:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4370 |     vfclose (save_constraint_list ( CL, 0, CL->ne,lib=vtmpnam(NULL), NULL, "ascii",CL->S));
      |                                                                            ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4373:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4373 |     printf_system ( "%s -lib %s -seq %s -usetree %s -outfile %s", (CL->TC)->use_seqan,lib, seq, tree, new_aln);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘tnode* rec_local_tree_aln(NT_node, Alignment*, Constraint_list*, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4525:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4525 |       HERE ("\n*******************Before Alignmnent *******************");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4544:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4544 |       HERE ("\n*******************AFTER Alignmnent *******************");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4549:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4549 |       HERE ("********************************************************");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘tnode** tree_realn(NT_node, NT_node, Alignment*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4743:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4743 |             id1=sub_aln2sim (A, n_s, l_s, "idmat_sim");
      |                                           ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4749:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4749 |             id2=sub_aln2sim (A, n_s, l_s, "idmat_sim");
      |                                           ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* profile_tree_aln(NT_node, Alignment*, Constraint_list*, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4826:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4826 |   sim=sub_aln2sim(A, ns, ls, "idmat_sim1");
      |                              ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:4853:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4853 |           printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nError: Empty group");
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* delayed_tree_aln1(NT_node, Alignment*, Constraint_list*, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:4999:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4999 |       sim=sub_aln2max_sim(A, ns, ls, "idmat_sim1");
      |                                      ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* delayed_tree_aln2(NT_node, Alignment*, Constraint_list*, int)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5050:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5050 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Unresolved Node On Groups %d  [FATAL:%s]\n", P->group,PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:5066:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5066 |       sim=sub_aln2max_sim(A, ns, ls, "idmat_sim1");
      |                                      ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int delayed_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5100:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5100 |   sim=fast_aln2sim_list (A, "sim3", ns, ls);
      |                             ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* dpa_align_node(NT_node, Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5269:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5269 |   printf_system ( "t_coffee -profile %s -outfile=%s -dp_mode gotoh_pair_wise_lgp -msa_mode iterative_tree_aln -quiet", list,tmp_aln=vtmpnam (NULL));
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘char* node2profile_list(NT_node, Alignment*, Constraint_list*, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5290:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5290 |       list=strcatf (list," %s", output_node_aln (P, A, NULL));
      |                          ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘char* output_node_aln(NT_node, Alignment*, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5300:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5300 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* new_dpa_aln(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5322:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5322 |   set_node_score (A, P, "idmat_sim");
      |                         ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:5326:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5326 |   printf_system ( "t_coffee -profile %s -outfile=%s -dp_mode gotoh_pair_wise_lgp -msa_mode iterative_tree_aln", list,tmp_aln=vtmpnam (NULL));
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘char* split_nodes_idmax(Alignment*, NT_node, int, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5348:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5348 |       list=strcatf (list," %s", output_node_aln (P, A, NULL));
      |                          ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int* set_profile_master(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5456:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5456 |       if (print)HERE ("SKIPPED: %d:: %s %s %d(%d %d)", a,(CL->S)->name[ls[0][ns[0]]],A->name[ls[1][ns[1]]], bs,ls[0][ns[0]],ls[1][ns[1]] );
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:5462:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5462 |       if (print)HERE ("SELECTED: %d:: %s %s %d(%d %d)", a,(CL->S)->name[ls[0][ns[0]]],A->name[ls[1][ns[1]]], bs,ls[0][ns[0]],ls[1][ns[1]] );
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int check_integrity(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5666:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5666 |           HERE ("***** Integrity loss:%s\n%s\n\n%s\n%s *****", A->name[a],buf, S->name[a],S->seq[a]);exit (0);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘void mpw_display_groups(Alignment*, int*, int**)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5712:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5712 |   HERE ("************* DISPLAY **************");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:5715:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5715 |       HERE ("GROUP %d\n",g+1);
      |             ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:5721:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5721 |   HERE ("************* DONE **************");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:5777:113: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5777 |                        fprintf ( stderr, "\nERROR pw_parameters_set must be set in pair_wise [FATAL]\n" );crash("");
      |                                                                                                                 ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int (* get_pair_wise_function(Pwfunc, char*, int*))(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6050:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6050 |     crash ( "\n");
      |             ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* sorted_aln_prog(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6178:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6178 |   int **mat=read_matrice ("blosum62mt");;
      |                           ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6198:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6198 |    HERE ("2");
      |          ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6208:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6208 |            sim[m][2]=idscore_pairseq((CL->S)->seq[a], (CL->S)->seq[b], -12, -1, mat, "sim3");
      |                                                                                      ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6229:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6229 |               HERE ("Profile for %s %s - %d", (CL->S)->name[s1],(CL->S)->name[s2],s);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* sorted_aln(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6262:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6262 |   int **mat=read_matrice ("blosum62mt");;
      |                           ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6285:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6285 |    HERE ("2");
      |          ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6295:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6295 |            sim[m][2]=idscore_pairseq((CL->S)->seq[a], (CL->S)->seq[b], -12, -1, mat, "sim3");
      |                                                                                      ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6317:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6317 |                HERE ("Profile for %s %s - %d", (CL->S)->name[s1],(CL->S)->name[s2],s);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int co_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6351:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6351 |       fp=vfopen (aln[a], "w");
      |                          ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6362:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6362 |   printf_system ("clustalo --p1 %s --p2 %s -o %s>/dev/null 2>/dev/null", aln[0], aln[1], out);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int hh_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6394:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6394 |       fp=vfopen (aln[a], "w");
      |                          ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6405:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6405 |       printf_system ("hhmake -v 0 -i %s -o %s -id 100 -M first  >/dev/null 2>/dev/null", aln[a], prf[a]);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6413:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6413 |   printf_system ("hhalign -v 0 -i %s -t %s -atab %s -global  >/dev/null 2>/dev/null", prf[0], prf[1], hhfile);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6422:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6422 |   fp1=vfopen (hhfile, "r");
      |                       ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6423:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6423 |   fp2=vfopen (tmpfile,"w");
      |                       ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6455:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6455 |   fp1=vfopen (tmpfile, "r");
      |                        ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int tree_aln_N(NT_node, Sequence*, int, int, char**)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6488:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6488 |   return printf_system_direct_check ("%s -seq %s -usetree=%s -profile %s -newtree=cedri24",list2string (argv, argc),S->file[0], P->file, rec_tree_aln_N (P,S,N,argc,argv));
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int align_node(NT_node, Sequence*, int, int, char**)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6524:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6524 |   printf_file (seq, "w", "");
      |                     ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6524:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6524 |   printf_file (seq, "w", "");
      |                          ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6525:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6525 |   printf_file (tree, "w", "");
      |                      ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6525:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6525 |   printf_file (tree, "w", "");
      |                           ^~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6528:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6528 |   printf_file (tree, "a", ";\n");
      |                      ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6528:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6528 |   printf_file (tree, "a", ";\n");
      |                           ^~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6536:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6536 |   if(max)output_completion (stderr,++curr,max,1,"Completed");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6545:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6545 |   if (!check_file_exists (P->alfile))printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run %s\n", buf);
      |                                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c: In function ‘int node2file_list(NT_node, Sequence*, char*, char*)’:
dp_lib/util_dp_drivers.c:6566:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6566 |           printf_file (P->alfile, "w", ">%s\n%s\n", S->name[s], S->seq[s]);
      |                                   ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6566:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6566 |           printf_file (P->alfile, "w", ">%s\n%s\n", S->name[s], S->seq[s]);
      |                                        ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6568:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6568 |       printf_file (flist, "a", "%s\n", P->alfile);
      |                           ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6568:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6568 |       printf_file (flist, "a", "%s\n", P->alfile);
      |                                ^~~~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6569:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6569 |       printf_file (tree,  "a", "%s"   , P->alfile);
      |                           ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6569:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6569 |       printf_file (tree,  "a", "%s"   , P->alfile);
      |                                ^~~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6577:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6577 |           printf_file (tree, "a","(");
      |                              ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6577:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6577 |           printf_file (tree, "a","(");
      |                                  ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6579:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6579 |           printf_file (tree, "a",",");
      |                              ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6579:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6579 |           printf_file (tree, "a",",");
      |                                  ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6581:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6581 |           printf_file (tree, "a",")");
      |                              ^~~
dp_lib/util_dp_drivers.c:6581:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6581 |           printf_file (tree, "a",")");
      |                                  ^~~
 CC dp_lib/util_domain_dp_drivers.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_domain_dp_drivers.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_domain_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* extract_domain(Constraint_list*)’:
dp_lib/util_domain_dp_drivers.c:172:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  172 |          output_format_aln ("mocca_aln",RESULT,EA=fast_coffee_evaluate_output(RESULT, CL),"stdout");
      |                             ^~~~~~~~~~~
dp_lib/util_domain_dp_drivers.c:172:91: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  172 |          output_format_aln ("mocca_aln",RESULT,EA=fast_coffee_evaluate_output(RESULT, CL),"stdout");
      |                                                                                           ^~~~~~~~
dp_lib/util_domain_dp_drivers.c: In function ‘Alignment* interactive_domain_extraction(Constraint_list*)’:
dp_lib/util_domain_dp_drivers.c:366:106: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  366 |                          output_format_aln (out_format,RESULT,EA=fast_coffee_evaluate_output(RESULT, CL),"stdout");
      |                                                                                                          ^~~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_sim.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_sim.c:32:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘int addnode(int, int, int, int, int, int, int)’:
dp_lib/util_dp_sim.c:173:16: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  173 |   register int d;
      |                ^
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘int sim_pair_wise_lalign(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_sim.c:248:20: warning: empty parentheses were disambiguated as a function declaration [-Wvexing-parse]
  248 |   vertexptr findmax();                  /* return the largest score node */
      |                    ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:248:20: note: remove parentheses to default-initialize a variable
  248 |   vertexptr findmax();                  /* return the largest score node */
      |                    ^~
      |                    --
dp_lib/util_dp_sim.c:248:20: note: or replace parentheses with braces to value-initialize a variable
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘int big_pass(int*, int*, int, int, int, int)’:
dp_lib/util_dp_sim.c:481:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  481 | { register  int  i, j;                  /* row and column indices */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:481:21: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  481 | { register  int  i, j;                  /* row and column indices */
      |                     ^
dp_lib/util_dp_sim.c:482:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  482 |   register  int  c;                     /* best score at current point */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:483:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  483 |   register  int  f;                     /* best score ending with insertion */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:484:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  484 |   register  int  d;                     /* best score ending with deletion */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:485:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  485 |   register  int  p;                     /* best score at (i-1, j-1) */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:486:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  486 |   register  int  ci, cj;                /* end-point associated with c */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:486:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  486 |   register  int  ci, cj;                /* end-point associated with c */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:487:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  487 |   register  int  di, dj;                /* end-point associated with d */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:487:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  487 |   register  int  di, dj;                /* end-point associated with d */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:488:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  488 |   register  int  fi, fj;                /* end-point associated with f */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:488:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  488 |   register  int  fi, fj;                /* end-point associated with f */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:489:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  489 |   register  int  pi, pj;                /* end-point associated with p */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:489:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  489 |   register  int  pi, pj;                /* end-point associated with p */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘int locate(int*, int*, int)’:
dp_lib/util_dp_sim.c:562:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  562 | { register  int  i, j;                  /* row and column indices */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:562:21: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  562 | { register  int  i, j;                  /* row and column indices */
      |                     ^
dp_lib/util_dp_sim.c:563:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  563 |   register  int  c;                     /* best score at current point */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:564:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  564 |   register  int  f;                     /* best score ending with insertion */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:565:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  565 |   register  int  d;                     /* best score ending with deletion */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:566:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  566 |   register  int  p;                     /* best score at (i-1, j-1) */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:567:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  567 |   register  int  ci, cj;                /* end-point associated with c */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:567:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  567 |   register  int  ci, cj;                /* end-point associated with c */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:568:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  568 |   register  int  di=0, dj=0;            /* end-point associated with d */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:568:24: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  568 |   register  int  di=0, dj=0;            /* end-point associated with d */
      |                        ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:569:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  569 |   register  int  fi, fj;                /* end-point associated with f */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:569:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  569 |   register  int  fi, fj;                /* end-point associated with f */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:570:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  570 |   register  int  pi, pj;                /* end-point associated with p */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:570:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  570 |   register  int  pi, pj;                /* end-point associated with p */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:572:16: warning: empty parentheses were disambiguated as a function declaration [-Wvexing-parse]
  572 |   int   addnode();                      /* function for inserting a node */
      |                ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:572:16: note: remove parentheses to default-initialize a variable
  572 |   int   addnode();                      /* function for inserting a node */
      |                ^~
      |                --
dp_lib/util_dp_sim.c:572:16: note: or replace parentheses with braces to value-initialize a variable
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘int small_pass(int*, int*, int, int)’:
dp_lib/util_dp_sim.c:786:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  786 | { register  int  i, j;                  /* row and column indices */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:786:21: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  786 | { register  int  i, j;                  /* row and column indices */
      |                     ^
dp_lib/util_dp_sim.c:787:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  787 |   register  int  c;                     /* best score at current point */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:788:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  788 |   register  int  f;                     /* best score ending with insertion */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:789:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  789 |   register  int  d;                     /* best score ending with deletion */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:790:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  790 |   register  int  p;                     /* best score at (i-1, j-1) */
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:791:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  791 |   register  int  ci, cj;                /* end-point associated with c */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:791:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  791 |   register  int  ci, cj;                /* end-point associated with c */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:792:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  792 |   register  int  di, dj;                /* end-point associated with d */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:792:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  792 |   register  int  di, dj;                /* end-point associated with d */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:793:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  793 |   register  int  fi, fj;                /* end-point associated with f */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:793:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  793 |   register  int  fi, fj;                /* end-point associated with f */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:794:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  794 |   register  int  pi, pj;                /* end-point associated with p */
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_sim.c:794:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  794 |   register  int  pi, pj;                /* end-point associated with p */
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘SIM_NODE* findmax()’:
dp_lib/util_dp_sim.c:864:16: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  864 |   register int i, j;
      |                ^
dp_lib/util_dp_sim.c:864:19: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  864 |   register int i, j;
      |                   ^
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘int no_cross()’:
dp_lib/util_dp_sim.c:883:16: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  883 |   register int i;
      |                ^
dp_lib/util_dp_sim.c: In function ‘int diff_sim(int*, int*, int, int, int, int)’:
dp_lib/util_dp_sim.c:911:20: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  911 |     register int   i, j;
      |                    ^
dp_lib/util_dp_sim.c:911:23: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  911 |     register int   i, j;
      |                       ^
dp_lib/util_dp_sim.c:912:18: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  912 |     register int c, e, d, s;
      |                  ^
dp_lib/util_dp_sim.c:912:21: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  912 |     register int c, e, d, s;
      |                     ^
dp_lib/util_dp_sim.c:912:24: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  912 |     register int c, e, d, s;
      |                        ^
dp_lib/util_dp_sim.c:912:27: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  912 |     register int c, e, d, s;
      |                           ^
 CC dp_lib/util_dp_clean_maln.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_clean_maln.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_clean_maln.c: In function ‘Alignment* clean_maln(Alignment*, Alignment*, int, int)’:
dp_lib/util_dp_clean_maln.c:48:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   48 |     add_warning ( stderr, "\nWARNING: -clean_aln is not supported anymore [PROGRAM:%s]\n", PROGRAM);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_clean_maln.c:123:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  123 |             HERE ("1");
      |                   ^~~
dp_lib/util_dp_clean_maln.c: In function ‘Alignment* realign_segment(int, int, int, Alignment*, Alignment*)’:
dp_lib/util_dp_clean_maln.c:148:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  148 |         CL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                             ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_clean_maln.c: In function ‘Alignment* realign_segment_old(int, int, int, Alignment*, Alignment*)’:
dp_lib/util_dp_clean_maln.c:209:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  209 |         CL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                             ^~~~~~~~~~~~
 CC dp_lib/evaluate_for_struc.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/evaluate_for_struc.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘char* pdb2contacts2lib(Sequence*, char*, float, char*, char*)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:117:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  117 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:129:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  129 |       char *p=seq2T_value (S, s1, "template_file", "_P_");
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:129:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  129 |       char *p=seq2T_value (S, s1, "template_file", "_P_");
      |                                                    ^~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:134:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  134 |            T[s1]=read_ca_trace    (p, "ATOM");
      |                                       ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:146:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  146 |       if (strm (S->type, "RNA"))matrix=read_matrice ("strikeR");
      |                                                      ^~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:147:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  147 |       else matrix=read_matrice ("strikeP");;
      |                                 ^~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:193:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  193 |                   printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "pdb2contacts2lib: %s is an unknown mode", mode);
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:229:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  229 |                           printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "pdb2contacts2lib: %s is an unknown mode", mode);
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘int apdb(int, char**)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:392:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  392 |                   fp_parameters=vfopen (parameters, "r");
      |                                                     ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:397:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  397 |                   argv=break_list ( argv, &argc, "=:;, \n");
      |                                                  ^~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:418:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  418 |      le=vfopen ( se_name, "w");
      |                           ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:913:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  913 |  set_int_variable ("prot_min_sim", prot_min_sim);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:931:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  931 |  set_int_variable ("prot_max_sim", prot_max_sim);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:949:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  949 | set_int_variable ("prot_min_cov", prot_min_cov);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:968:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  968 |  set_int_variable ("pdb_min_sim", pdb_min_sim);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:985:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  985 |  set_int_variable ("pdb_max_sim", pdb_max_sim);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1002:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1002 | set_int_variable ("pdb_min_cov", pdb_min_cov);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1061:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1061 |  set_string_variable ("blast_server", prot_blast_server);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1082:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1082 |  if (strm (pdm, "yes"))set_string_variable ("dm", pdm);
      |                                             ^~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1101:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1101 |  set_string_variable ("pdb_db", pdb_db);
      |                       ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1159:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1159 |  set_string_variable ("prot_db", prot_db);
      |                       ^~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1240:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1240 |                         printf_system("strike -a %s -c %s",aln, x);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1254:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1254 |                 if ( get_string_variable ("dm"))set_string_variable ("dm", F->name);
      |                                           ^~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1254:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1254 |                 if ( get_string_variable ("dm"))set_string_variable ("dm", F->name);
      |                                                                      ^~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1261:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1261 |                     p=seq2T_value (S, a, "template_file", "_P_");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1261:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1261 |                     p=seq2T_value (S, a, "template_file", "_P_");
      |                                                           ^~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1273:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1273 |                     CL->T[a]=read_ca_trace    (S->file[a], "ATOM");
      |                                                            ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1298:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1298 |                     fp=vfopen (apdb_outfile, "w");
      |                                              ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1324:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1324 |                 le=display_output_filename ( le, "APDB_RESULT", "APDB_RESULT_FORMAT_01", apdb_outfile, CHECK);
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1324:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1324 |                 le=display_output_filename ( le, "APDB_RESULT", "APDB_RESULT_FORMAT_01", apdb_outfile, CHECK);
      |                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1338:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1338 |                         le=display_output_filename ( le, "MSA", out_aln_format[a], file_name, CHECK);
      |                                                          ^~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘Constraint_list* set_constraint_list4align_pdb(Constraint_list*, int, char*, char*, char*)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1391:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1391 |           if ( (x=get_parameter ( "-nca",              &n, param_file))!=NULL){pdb_param->N_ca=atoi(x[0]);free_char (x, -1);}
      |                                   ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1392:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1392 |           if ( (x=get_parameter ( "-max_delta",        &n, param_file))!=NULL){pdb_param->max_delta=atof(x[0]);free_char (x, -1);}
      |                                   ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1393:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1393 |           if ( (x=get_parameter ( "-maximum_distance", &n, param_file))!=NULL){pdb_param->maximum_distance=atoi(x[0]);free_char (x, -1);}
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1394:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1394 |           if ( (x=get_parameter ( "-local_mode",       &n, param_file))!=NULL){sprintf (pdb_param->local_mode, "%s",x[0]);free_char (x, -1);}
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1395:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1395 |           if ( (x=get_parameter ( "-scale",            &n, param_file))!=NULL){pdb_param->scale=atoi(x[0]);free_char (x, -1);}
      |                                   ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1396:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1396 |           if ( (x=get_parameter ( "-gapopen", &n, param_file))!=NULL){PWCL->gop=atoi(x[0]);free_char (x, -1);}
      |                                   ^~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1397:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1397 |           if ( (x=get_parameter ( "-gapext" , &n, param_file))!=NULL){PWCL->gep=atof(x[0]);free_char (x, -1);}
      |                                   ^~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1439:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1439 |        PWCL->T[seq]=read_ca_trace (is_pdb_struc((CL->S)->name[seq]), "ATOM");
      |                                                                      ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘float matrix_match(Constraint_list*, int, int, int, int, Struct_nb*, Struct_nb*)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:1590:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1590 |            CL->M=read_matrice ( "pam250mt");
      |                                 ^~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘Alignment* analyse_pdb(Alignment*, Alignment*, char*)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2118:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2118 |         fp      =vfopen ( results, "w");
      |                                    ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2119:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2119 |         pairwise=vfopen ((pairwise_file=vtmpnam (NULL)),"w");
      |                                                         ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2120:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2120 |         average =vfopen ((average_file =vtmpnam (NULL)),"w");
      |                                                         ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2121:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2121 |         total   =vfopen ((total_file   =vtmpnam (NULL)),"w");
      |                                                         ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2129:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2129 |         if (PP->irmsd_graph)irmsd_graph   =vfopen ((irmsd_file =vtmpnam (NULL)),"w");
      |                                                                                 ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘float drmsd(Alignment*, float, float)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2570:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2570 |        HERE ("MAX=%.0f Tot=%.0f Ratio: %.2f", max, tot, (max==0)?0:tot/max);
      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘Alignment* msa2struc_dist(Alignment*, Alignment*, char*, char*, int, int)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2703:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2703 |                  add_warning (stderr, "Sequence %s removed from the dataset [No Usable Structure]", A->name[a]);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2719:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2719 |          if (A->nseq<2)myexit (fprintf_error(stderr, "Two sequences at least must have a known structure"));
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2743:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2743 |              add_information (stderr, "Remove Sequence [%s] that contains %d un-suitable positions", A->name[lc[0][0]], lc[0][1]);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2750:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2750 |              myexit (fprintf_error(stderr,"No suitable pair of column supporting a tree"));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2755:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2755 |          tl=vfopen (tot_pos_list, "w");
      |                                   ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2788:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2788 |              FILE *fp=vfopen (getenv ("TRMSD_COLUMNS2FILE"), "w");
      |                                                              ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2845:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2845 |                  print_tree (T1[ntree], "newick", tl);
      |                                         ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2858:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2858 |              display_output_filename( stderr,"TreeList","newick",tot_pos_list, CHECK);
      |                                              ^~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2858:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2858 |              display_output_filename( stderr,"TreeList","newick",tot_pos_list, CHECK);
      |                                                         ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2862:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2862 |                  display_output_filename( stderr,"ConsenseTree","phylip",consense_file, CHECK);
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2862:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2862 |                  display_output_filename( stderr,"ConsenseTree","phylip",consense_file, CHECK);
      |                                                                 ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2873:71: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2873 |                  vfclose (print_tree (BT100,"newick", vfopen (output, "w")));
      |                                                                       ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2873:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2873 |                  vfclose (print_tree (BT100,"newick", vfopen (output, "w")));
      |                                             ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2874:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2874 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",output, CHECK);
      |                                                  ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2874:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2874 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",output, CHECK);
      |                                                         ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2885:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2885 |                  vfclose (print_tree (BT100,"newick", vfopen (struc_tree0, "w")));
      |                                                                            ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2885:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2885 |                  vfclose (print_tree (BT100,"newick", vfopen (struc_tree0, "w")));
      |                                             ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2886:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2886 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree0, CHECK);
      |                                                  ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2886:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2886 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree0, CHECK);
      |                                                         ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2893:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2893 |                  vfclose (print_tree (BT0,"newick", vfopen (struc_tree0, "w")));
      |                                                                          ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2893:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2893 |                  vfclose (print_tree (BT0,"newick", vfopen (struc_tree0, "w")));
      |                                           ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2894:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2894 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree0, CHECK);
      |                                                  ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2894:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2894 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree0, CHECK);
      |                                                         ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2898:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2898 |                  vfclose (print_tree (BT10,"newick", vfopen (struc_tree10, "w")));
      |                                                                            ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2898:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2898 |                  vfclose (print_tree (BT10,"newick", vfopen (struc_tree10, "w")));
      |                                            ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2899:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2899 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree10, CHECK);
      |                                                  ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2899:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2899 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree10, CHECK);
      |                                                         ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2904:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2904 |                  vfclose (print_tree (BT50,"newick", vfopen (struc_tree50, "w")));
      |                                                                            ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2904:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2904 |                  vfclose (print_tree (BT50,"newick", vfopen (struc_tree50, "w")));
      |                                            ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2905:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2905 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree50, CHECK);
      |                                                  ^~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2905:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2905 |                  display_output_filename( stderr,"Tree","newick",struc_tree50, CHECK);
      |                                                         ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2945:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2945 |              output_format_aln ("score_html", A,B,color_struc_tree);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2946:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2946 |              display_output_filename( stderr,"Colored MSA","score_html",color_struc_tree, CHECK);
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2946:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2946 |              display_output_filename( stderr,"Colored MSA","score_html",color_struc_tree, CHECK);
      |                                                            ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘tnode* trmsdmat2tree(float**, int**, Alignment*, int)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2985:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2985 |   if ( colN && (dataset=get_string_variable ("dm"))!=NULL)
      |                                              ^~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:2990:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2990 |       dmf=vfopen (dmfn, "w");
      |                         ^~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c:3002:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3002 |   T=compute_std_tree_2(A, dm_int, "_TMODE_upgma");
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_struc.c: In function ‘char* rna_struc2rna_lib(char*, char*, char*)’:
dp_lib/evaluate_for_struc.c:3310:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3310 |   fp=vfopen ( name, "w");
      |                     ^~~
 CC dp_lib/util_dp_mm_nw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_mm_nw.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.c: In function ‘Dp_Result* make_fast_dp_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*, Dp_Model*)’:
dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.c:682:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  682 |               crash ("");
      |                      ^~
dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.c: In function ‘int** evaluate_diagonals_cdna(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*, int, int, char**, int)’:
dp_lib/util_dp_cdna_fasta_nw.c:925:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  925 |               crash ("");
      |                      ^~
 CC dp_lib/util_dp_est.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_est.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC dp_lib/evaluate_for_domain.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/evaluate_for_domain.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_domain.c: In function ‘int evaluate_moca_domain(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate_for_domain.c:71:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   71 |               score=(int)(output_maln_pval ( "/dev/null", A)*-100);
      |                                              ^~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_domain.c:93:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   93 |               fprintf ( stderr, "==>%d",(int)(output_maln_pval ( "/dev/null", B)*-100) );
      |                                                                  ^~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_for_domain.c:94:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   94 |               if ( score==UNDEFINED)score=(int)(output_maln_pval ( "/dev/null", B)*-100);
      |                                                                    ^~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from dp_lib/evaluate_for_domain.c:33:
dp_lib/evaluate_for_domain.c:96:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   96 |                 score=MAX(score,(int)(output_maln_pval ( "/dev/null", B)*-100));
      |                                                          ^~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:333:27: note: in definition of macro ‘MAX’
  333 | #define MAX(x, y) (((x) >(y)) ? (x):(y))
      |                           ^
dp_lib/evaluate_for_domain.c:96:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   96 |                 score=MAX(score,(int)(output_maln_pval ( "/dev/null", B)*-100));
      |                                                          ^~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:333:38: note: in definition of macro ‘MAX’
  333 | #define MAX(x, y) (((x) >(y)) ? (x):(y))
      |                                      ^
dp_lib/evaluate_for_domain.c: In function ‘int evaluate_domain_aln(Alignment*, int, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate_for_domain.c:245:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  245 |      if ( !mat)mat=read_matrice ( "pam250mt");
      |                                   ^~~~~~~~~~
 CC dp_lib/showpair.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/showpair.c:32:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_fasta_nw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c: In function ‘int* code_seq(char*, char*)’:
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:119:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  119 |           gl=make_group_aa ( &ng, "mafft");
      |                                   ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c: In function ‘int* makepointtable(int*, int*, int)’:
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:157:17: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  157 |   register int *p;
      |                 ^
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c: In function ‘int** evaluate_diagonals_for_two_sequences(char*, char*, int, Constraint_list*, int)’:
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:266:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  266 |               CL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                   ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c: In function ‘int make_fasta_gotoh_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*, int*)’:
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1144:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1144 |                 aln[l_s[c][a]]=csprintf (aln[l_s[c][a]],"%s", char_buf);
      |                                                         ^~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c: In function ‘int precomputed_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1299:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1299 |           crash ("");
      |                  ^~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c: In function ‘int ktup_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1345:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1345 |         gl=make_group_aa (&ng, "vasiliky");
      |                                ^~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1348:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1348 |       if ( ns[0]>1)seq1=sub_aln2cons_seq_mat (A, ns[0], l_s[0],"blosum62mt");
      |                                                                ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1354:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1354 |       if ( ns[1]>1)seq2=sub_aln2cons_seq_mat (A, ns[1], l_s[1],"blosum62mt");
      |                                                                ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1366:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1366 |           B=align_two_sequences ( seq1, seq2, "blosum62mt",-10, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                               ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1366:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1366 |           B=align_two_sequences ( seq1, seq2, "blosum62mt",-10, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_fasta_nw.c:1367:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1367 |           A->score=A->score_aln=aln2sim(B, "idmat");
      |                                            ^~~~~~~
 CC dp_lib/evaluate.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/evaluate.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* overlay_alignment_evaluation(Alignment*, Alignment*)’:
dp_lib/evaluate.c:194:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  194 |   if ( I->len_aln!=O->len_aln)printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Incompatible alignments in overlay_alignment_evaluation");
      |                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:200:77: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  200 |       if (!strm (I->name[a], O->name[a]))printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Incompatible alignments in overlay_alignment_evaluation");
      |                                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* main_coffee_evaluate_output2(Alignment*, Constraint_list*, const char*)’:
dp_lib/evaluate.c:269:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  269 |        OUT=struc_evaluate4tcoffee (IN, CL, "strike",0,3,NULL);
      |                                            ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:291:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  291 |        crash ("");
      |               ^~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* matrix_evaluate_output(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:329:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  329 |     if ( !CL->M)CL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:396:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  396 |     (OUT)->seq_al[IN->nseq]=csprintf((OUT)->seq_al[IN->nseq],"%s",(OUT)->seq_al[IN->nseq-1]);
      |                                                              ^~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* sar_evaluate_output(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:444:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  444 |     if ( !CL->M)CL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* fork_triplet_coffee_evaluate_output(Alignment*, Constraint_list*, int)’:
dp_lib/evaluate.c:720:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  720 |               fp=vfopen (pid_tmpfile[j], "w");
      |                                          ^~~
dp_lib/evaluate.c:724:78: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  724 |                   if (j==0)output_completion (CL->local_stderr,a,sl[0][1],1, "Final Evaluation");
      |                                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:808:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  808 |           fp=vfopen (pid_tmpfile[j], "r");
      |                                      ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* nfork_triplet_coffee_evaluate_output(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:874:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  874 |           output_completion (stderr,a,IN->len_aln,1, "Final Evaluation");
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int sp_triplet_coffee_evaluate_output(Alignment*, Constraint_list*, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:965:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  965 |       fp=vfopen (fname, "w");
      |                         ^~~
dp_lib/evaluate.c:972:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  972 |           output_completion (stderr,a,IN->len_aln,1, "Final SP Evaluation");
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int sp_triplet_coffee_evaluate_output2(Alignment*, Constraint_list*, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:1051:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1051 |       fp=vfopen (fname, "w");
      |                         ^~~
dp_lib/evaluate.c:1063:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1063 |                   output_completion (stderr,a,IN->len_aln,1, "Final SP Evaluation");
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* msa_list2struc_evaluate4tcoffee(Sequence*, Sequence*, Sequence*, char*, float, int, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:1154:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1154 |         printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nFiles %s and %s do not contain the same number of sequences [FATAL:%s]", AF->name[0], AF->name [a],PROGRAM);
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1171:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1171 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nNumber of taxon differs in MSA (-in2) and Species (-in1) files");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1178:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1178 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
dp_lib/evaluate.c:1201:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1201 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘float shuff(Sequence*, char*, int)’:
dp_lib/evaluate.c:1267:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1267 |       HERE (" -- computed %d", a+1);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1273:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1273 |         HERE (" csim=%.3f", cs);
      |               ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int realign_node4hot(Sequence*, NT_node, char*, int, char*, int)’:
dp_lib/evaluate.c:1641:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1641 |           printf_system ("clustalw -infile=%s -outfile=%s %s", seq0, aln0, TO_NULL_DEVICE );
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1650:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1650 |               printf_system ("clustalw -infile=%s -outfile=%s %s", seq1, aln1, TO_NULL_DEVICE);
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1663:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1663 |                   printf_system ("clustalw -profile1=%s -profile2=%s -outfile=%s %s", aln0, aln1, aln2, TO_NULL_DEVICE);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1681:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1681 |       vremove3 (seq0, "*");
      |                       ^~~
dp_lib/evaluate.c:1682:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1682 |       vremove3 (seq1, "*");
      |                       ^~~
dp_lib/evaluate.c:1683:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1683 |       vremove3 (aln0, "*");
      |                       ^~~
dp_lib/evaluate.c:1684:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1684 |       vremove3 (aln1, "*");
      |                       ^~~
dp_lib/evaluate.c:1685:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1685 |       vremove3 (aln2, "*");
      |                       ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘char* shuffle_seq_file(char*)’:
dp_lib/evaluate.c:1708:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1708 |   fp=vfopen (file, "w");
      |                    ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* struc_evaluate4tcoffee4gt(Alignment*, Constraint_list*, char*, float, int, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:1731:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1731 |   cputenv ("GUIDETREE=1");
      |            ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1736:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1736 |         B=align_two_sequences (S->seq[a], S->seq[b], "pam250mt", -10, -2, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                      ^~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1736:75: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1736 |         B=align_two_sequences (S->seq[a], S->seq[b], "pam250mt", -10, -2, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1737:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1737 |         B->name[0]=csprintf (B->name[0], "%s", S->name[a]);
      |                                          ^~~~
dp_lib/evaluate.c:1738:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1738 |         B->name[1]=csprintf (B->name[1], "%s", S->name[b]);
      |                                          ^~~~
dp_lib/evaluate.c:1743:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1743 |         output_completion (stderr,n,tot,1, "Guide Tree Computation");
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1753:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1753 |   fp=vfopen (TT->dmF_list[0]=vtmpnam (NULL), "w");
      |                                              ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘float tune_imaxD(Alignment*, Constraint_list*, char*, float, int, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:1783:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1783 |   buffer_env ("REPLICATES_4_TCOFFEE");
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1784:11: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1784 |   cputenv("REPLICATES_4_TCOFFEE=1");
      |           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1799:77: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1799 |       vfclose (tree2file (RT, S, "newick",vfopen(getenv ("REFERENCE_TREE"), "w")));
      |                                                                             ^~~
dp_lib/evaluate.c:1799:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1799 |       vfclose (tree2file (RT, S, "newick",vfopen(getenv ("REFERENCE_TREE"), "w")));
      |                                  ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1857:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1857 |   restore_env ("REPLICATES_4_TCOFFEE");
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* struc_evaluate4tcoffee(Alignment*, Constraint_list*, char*, float, int, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:1948:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1948 |   else tree_mode="nj";
      |                  ^~~~
dp_lib/evaluate.c:1973:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1973 |   else {printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: struc_evaluate4tcoffe::mode %s is unknown", (mode)?mode:"unset");}
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:1999:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1999 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: No contact information could be gathered for any sequence  [FATAL]");
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2103:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2103 |         {printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s differs in MSA/contact-lib[FATAL]", A->name[s2]);}
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2126:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2126 |     {printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: No column with less than %.2f %% gaps[FATAL]", max_gap*100);}
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2157:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2157 |   if (get_string_variable ("columns4treeF"))
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2160:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2160 |       char ***l=file2list (get_string_variable ("columns4treeF"), " \t");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2160:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2160 |       char ***l=file2list (get_string_variable ("columns4treeF"), " \t");
      |                                                                   ^~~~~
dp_lib/evaluate.c:2253:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2253 |                 HERE ("NO CONTACT");
      |                       ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2266:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2266 |                     if (ss2!=ls1){HERE ("Warning: Contact library contains inter-sequence data contacts: %d %d", a, ss2);}
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2292:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2292 |                             if (ss2!=ls2){HERE ("Warning: Contact library contains inter-sequence data contacts: %d %d", a,ss2);}
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2400:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2400 |                                    add_warning ( stderr, "distance_mode==0 should not be used");
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2596:91: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2596 |                 if (A->nseq>2 && ntrees>1)output_completion (stderr,TREEA->nseq,ntrees,1, "Distance Tree Replicates");
      |                                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2605:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2605 |                       printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s is not a known tree_mode[FATAL]",tree_mode);
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2612:73: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2612 |                 fp=vfopen (TREEA->dmF_list[TREEA->nseq]=vtmpnam (NULL), "w");
      |                                                                         ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* msa2distances(Alignment*, Constraint_list*, float, float, int)’:
dp_lib/evaluate.c:2916:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2916 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: No contact information could be gathered for any sequence  [FATAL]");
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:2983:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2983 |         {printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s differs in MSA/contact-lib[FATAL]", A->name[s1]);}
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:3016:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3016 |               if (ss2!=ls1){HERE ("Warning: Contact library contains inter-sequence data contacts: %d %d",ls1, ss2);}
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:3203:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3203 |           sprintf (outfile, "%s.bfactor2decres.pdb", seq2T_value (S,a, "template_name", "_P_"));
      |                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:3203:89: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3203 |           sprintf (outfile, "%s.bfactor2decres.pdb", seq2T_value (S,a, "template_name", "_P_"));
      |                                                                                         ^~~~~
dp_lib/evaluate.c:3205:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3205 |           sprintf (outfile, "%s.bfactor2entropy.pdb", seq2T_value(S,a, "template_name", "_P_"));
      |                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:3205:89: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3205 |           sprintf (outfile, "%s.bfactor2entropy.pdb", seq2T_value(S,a, "template_name", "_P_"));
      |                                                                                         ^~~~~
dp_lib/evaluate.c:3247:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3247 |   fp=vfopen (seq, "w");
      |                   ^~~
dp_lib/evaluate.c:3324:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3324 |           sprintf (outfile, "%s.bfactor2deccluster.pdb", seq2T_value (S,a, "template_name", "_P_"));
      |                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:3324:93: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3324 |           sprintf (outfile, "%s.bfactor2deccluster.pdb", seq2T_value (S,a, "template_name", "_P_"));
      |                                                                                             ^~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* treealn_evaluate4tcoffee(Alignment*, Sequence*)’:
dp_lib/evaluate.c:3355:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3355 |   else if (!G)printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "ERROR: treealn_evaluate requires a group");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:3356:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3356 |   else if (!A->Tree)printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "ERROR: treealn_evaluate requires pre-computed trees");
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘double seq_genepred2acc(Sequence*, Sequence*, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:3750:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3750 |       printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s is not a valid sequence", name);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Alignment* coffee_seq_evaluate_output_old2(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:3871:11: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3871 |     HERE (">%s\n%s", S->name[a], S->seq[a]);
      |           ^~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int (* get_profile_mode_function(char*, Profile_cost_func))(int*, int*, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:4045:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4045 |     crash ( "\n");
      |             ^~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int evaluate_blast_profile_score(Constraint_list*, int, int, int, int)’:
dp_lib/evaluate.c:4276:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4276 |   PRF1=(Alignment*)atop(seq2T_value (CL->S, s1, "A", "_RB_"));
      |                                                 ^~~
dp_lib/evaluate.c:4276:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4276 |   PRF1=(Alignment*)atop(seq2T_value (CL->S, s1, "A", "_RB_"));
      |                                                      ^~~~~~
dp_lib/evaluate.c:4277:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4277 |   PRF2=(Alignment*)atop(seq2T_value (CL->S, s2, "A", "_RB_"));
      |                                                 ^~~
dp_lib/evaluate.c:4277:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4277 |   PRF2=(Alignment*)atop(seq2T_value (CL->S, s2, "A", "_RB_"));
      |                                                      ^~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int evaluate_diaa_matrix_score(Constraint_list*, int, int, int, int)’:
dp_lib/evaluate.c:4360:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4360 |           fp=vfopen ("diaa_mat.mat", "r");
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:4360:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4360 |           fp=vfopen ("diaa_mat.mat", "r");
      |                                      ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int evaluate_monoaa_matrix_score(Constraint_list*, int, int, int, int)’:
dp_lib/evaluate.c:4439:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4439 |           fp=vfopen ("monoaa_mat.mat", "r");
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:4439:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4439 |           fp=vfopen ("monoaa_mat.mat", "r");
      |                                        ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int* get_curvature(int, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:4557:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4557 |   fp=vfopen ( name, "r");
      |                     ^~~
dp_lib/evaluate.c:4560:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4560 |       if ( c!=(CL->S)->seq[s1][n]){HERE ("ERROR: %c %c", c,(CL->S)->seq[s1][n] );myexit (0);}
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int get_dp_cost_blosum_matrix(Alignment*, int**, int, int*, int, int**, int, int*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:5710:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5710 |   if (!matrix) matrix=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int get_dp_cost_pam_matrix(Alignment*, int**, int, int*, int, int**, int, int*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:5737:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5737 |   if (!matrix) matrix=read_matrice ("pam250mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int get_cdna_best_frame_dp_cost(Alignment*, int**, int, int*, int, int**, int, int*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:5806:125: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5806 |                if (ns1+ns2>2){fprintf ( stderr, "\nERROR: get_cdna_dp_cost mode is only for pair-wise ALN [FATAL]\n");crash("");}
      |                                                                                                                             ^~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int consensus_get_dp_cost(Alignment*, int**, int, int*, int, int**, int, int*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:6095:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6095 |               seq1=sub_aln2cons_seq_mat (A, ns1, list1, "blosum62mt");
      |                                                         ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:6096:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6096 |               seq2=sub_aln2cons_seq_mat (A, ns2, list2, "blosum62mt");
      |                                                         ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int get_dp_cost_sankoff_tree(Alignment*, int**, int, int*, int, int**, int, int*, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:6900:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6900 |               mode=get_string_variable ("et_mode");
      |                                         ^~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:6912:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6912 |               matrix=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:6961:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6961 |               HERE ("incompatible tree");
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int column2et_score(Sequence*, int*, NT_node, int, int**, int)’:
dp_lib/evaluate.c:7043:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7043 |   vfclose (tree2file (T,S, "newick", vfopen (treeF, "w")));
      |                                                     ^~~
dp_lib/evaluate.c:7043:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7043 |   vfclose (tree2file (T,S, "newick", vfopen (treeF, "w")));
      |                            ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:7044:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7044 |   string2file (treeF, "a", "\n");
      |                       ^~~
dp_lib/evaluate.c:7044:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7044 |   string2file (treeF, "a", "\n");
      |                            ^~~~
dp_lib/evaluate.c:7058:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7058 |   printf_system ("wetc -p %s -readtree %s >/dev/null 2>/dev/null", alnF, treeF);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:7060:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7060 |   list=file2list("etc_out.ranks", " ");
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:7060:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7060 |   list=file2list("etc_out.ranks", " ");
      |                                   ^~~
dp_lib/evaluate.c:7069:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7069 |       HERE ("%d", score);
      |             ^~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from dp_lib/evaluate.c:34:
dp_lib/evaluate.c: In function ‘float get_gop_scaling_factor(int**, float, int, int)’:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘int** rescale_two_mat(char*, char*, int, int, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:7594:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7594 |   matrix2=rescale_matrix( matrix2, lambda,"abcdefghiklmnpqrstvwxyz");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:7598:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7598 |   matrix1=rescale_matrix( matrix1,10,"abcdefghiklmnpqrstvwxyz");
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:7600:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7600 |   output_matrix_header ( "stdout", matrix2, alp);
      |                          ^~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘void output_matrix_header(char*, int**, char*)’:
dp_lib/evaluate.c:7801:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7801 |   fp=vfopen ( name, "w");
      |                     ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘float** initialise_aa_physico_chemical_property_table(int*)’:
dp_lib/evaluate.c:7826:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7826 |   fp=vfopen ("properties.txt", "r");
      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:7826:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7826 |   fp=vfopen ("properties.txt", "r");
      |                                ^~~
dp_lib/evaluate.c:7833:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7833 |   fp=vfopen ("properties.txt", "r");
      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c:7833:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7833 |   fp=vfopen ("properties.txt", "r");
      |                                ^~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘Constraint_list* choose_extension_mode(char*, Constraint_list*)’:
dp_lib/evaluate.c:7988:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7988 |         printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: use -in <mat_name> to set the matrix to be used [FATAL]");
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate.c: In function ‘float sum_pair(Alignment*, char*, int, int)’:
dp_lib/evaluate.c:8108:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8108 |         matrix=mat2inverted_mat (matrix, "acdefghiklmnpqrstvwy");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC dp_lib/evaluate_dirichlet.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/evaluate_dirichlet.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/evaluate_dirichlet.c: In function ‘double* compute_matrix_p(double*)’:
dp_lib/evaluate_dirichlet.c:169:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  169 |               matrix=read_matrice ( "pam250mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_dirichlet.c: In function ‘Mixture* read_dirichlet(char*)’:
dp_lib/evaluate_dirichlet.c:314:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  314 |             fp=vfopen ( name, "r");
      |                               ^~~
dp_lib/evaluate_dirichlet.c: In function ‘int dirichlet_code(char)’:
dp_lib/evaluate_dirichlet.c:401:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  401 |                 crash ( "CODE UNDEFINED");
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/evaluate_dirichlet.c:416:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  416 |             crash ("ERROR in dirichlet_code");
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_gotoh_sw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_gotoh_sw.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_gotoh_sw.c: In function ‘int gotoh_pair_wise_lalign(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_sw.c:57:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   57 |         output_format_aln (CL->out_aln_format[0],A,EA,"stdout");
      |                                                       ^~~~~~~~
dp_lib/util_dp_gotoh_sw.c: In function ‘int sw_pair_is_defined(Constraint_list*, int, int, int, int)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_sw.c:134:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  134 |               crash ("ERROR in function: sw_pair_is_defined\n");
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_generic_fasta_nw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_generic_fasta_nw.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_fasta_sw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_fasta_sw.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_ssec_pwaln.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_ssec_pwaln.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from dp_lib/util_dp_ssec_pwaln.c:33:
dp_lib/util_dp_ssec_pwaln.c: In function ‘int ssec_pwaln_maln(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c: In function ‘int idscore_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:384:110: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  384 |   A->score_aln=A->score=idscore_pairseq (A->seq_al[l_s[0][0]], A->seq_al[l_s[1][0]], CL->gop, CL->gep,CL->M, "sim3");
      |                                                                                                              ^~~~~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c: In function ‘int gotoh_pair_wise_lgp(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:880:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  880 |           aln[l_s[c][a]]=csprintf (aln[l_s[c][a]],"%s", char_buf);
      |                                                   ^~~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c: In function ‘int glocal2_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:927:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  927 |   HERE ("2");
      |         ^~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c: In function ‘int fork_cl2pair_list_ext(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*, int***, int*, int)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:2269:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2269 |           fp=vfopen (pid_tmpfile[j], "w");
      |                                      ^~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:2355:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2355 |       fp=vfopen (pid_tmpfile[j], "r");
      |                                  ^~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c: In function ‘int list2linked_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*, int**, int, char***, int*)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:2680:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2680 |       else if (l==0) {HERE ("L=0 i=%d j=%d",l, i, j);exit (0);}
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:2723:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2723 |           aln[l_s[c][a]]=csprintf (aln[l_s[c][a]],"%s", char_buf);
      |                                                   ^~~~
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c: In function ‘Constraint_list* collapse_list(Alignment*, int*, int**, char**, int, Constraint_list*)’:
dp_lib/util_dp_gotoh_nw.c:2815:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2815 |   fp=vfopen (add, "w");
      |                   ^~~
 CC dp_lib/fsa_dp.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/fsa_dp.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘double analyze_sequence(char*, Hmm*)’:
dp_lib/fsa_dp.c:277:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  277 |       H=define_full_model(5, NULL,"_first", pavie_emission);
      |                                   ^~~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘int* traceback(Alignment*, int*, int**, Hmm*, Constraint_list*, MatState*, MatState*, int**)’:
dp_lib/fsa_dp.c:544:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  544 |       DisplayMatState (S, "\n\tTraceback");
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘MatState* viterbiL_hmm(Alignment*, int*, int**, Hmm*, Constraint_list*, MatState*, MatState*)’:
dp_lib/fsa_dp.c:683:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  683 |   DisplayMatState (S, "\n\tS");
      |                       ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c:684:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  684 |   DisplayMatState (E, "\n\tE");
      |                       ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘double lu_RviterbiD_hmm(Alignment*, int*, int**, Hmm*, Constraint_list*, MatState*, MatState*, int**)’:
dp_lib/fsa_dp.c:913:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  913 |       DisplayMatState (S, "\n\tS");
      |                           ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c:914:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  914 |       DisplayMatState (E, "\n\tE");
      |                           ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘MatState* viterbiD_hmm(Alignment*, int*, int**, Hmm*, Constraint_list*, MatState*, MatState*, int**)’:
dp_lib/fsa_dp.c:991:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  991 |   DisplayMatState (S, "\n\tS");
      |                       ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c:992:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  992 |   DisplayMatState (E, "\n\tE");
      |                       ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘double lu_RviterbiDGL_hmm(Alignment*, int*, int**, Hmm*, Constraint_list*, MatState*, MatState*, int**)’:
dp_lib/fsa_dp.c:1263:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1263 |       DisplayMatState (S, "\n\tS");
      |                           ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c:1264:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1264 |       DisplayMatState (E, "\n\tE");
      |                           ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘MatState* viterbiDGL_hmm(Alignment*, int*, int**, Hmm*, Constraint_list*, MatState*, MatState*, int**)’:
dp_lib/fsa_dp.c:1344:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1344 |   DisplayMatState (S, "\n\tS");
      |                       ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c:1345:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1345 |   DisplayMatState (E, "\n\tE");
      |                       ^~~~~~~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘MatState* ManageMatState(int, MatState*)’:
dp_lib/fsa_dp.c:1767:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1767 |           if (C->Hp==NULL && C==Aheap)crash ("");
      |                                              ^~
dp_lib/fsa_dp.c: In function ‘void testfunc(MatState*, char*)’:
dp_lib/fsa_dp.c:2333:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2333 |   while ( S){DisplayMatState ( S,"\n\t");S=S->n;}
      |                                  ^~~~~~
 CC dp_lib/util_domain_dp.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_domain_dp.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC dp_lib/pavie_dp.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/pavie_dp.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘double** pavie_seq2pavie_aln(Sequence*, char*, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:123:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  123 |       fp=vfopen (mat,"r");
      |                      ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:144:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  144 |       if ((st=vstrstr(mode, "_GEP")))
      |                             ^~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:161:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  161 |   if ( (buf=vstrstr (mode, "_TGEPF")))
      |                            ^~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:174:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  174 |   pavie_mat2pavie_id_mat (NULL,"idmat", alp[0],"X","",1,pavie_idmat);
      |                                ^~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:174:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  174 |   pavie_mat2pavie_id_mat (NULL,"idmat", alp[0],"X","",1,pavie_idmat);
      |                                                ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:174:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  174 |   pavie_mat2pavie_id_mat (NULL,"idmat", alp[0],"X","",1,pavie_idmat);
      |                                                    ^~
dp_lib/pavie_dp.c:204:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  204 |           else if ( vstrstr (mode, "_ID02_"))A->score=score=pavie_aln2id (A, 2);
      |                                    ^~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:205:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  205 |           else if ( vstrstr (mode, "_ID04_"))A->score=score=pavie_aln2id (A, 4);
      |                                    ^~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:206:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  206 |           else if ( vstrstr (mode, "_ID05_"))A->score=score=pavie_aln2id (A, 5);
      |                                    ^~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:207:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  207 |           else if ( vstrstr (mode, "_ID06_"))A->score=score=pavie_aln2id (A, 6);
      |                                    ^~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:216:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  216 |           if ( vstrstr (mode, "_MATDIST_"))
      |                               ^~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:217:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  217 |             dist_mat[a][b]=dist_mat[b][a]=(double)(vstrstr (mode, "_ID05") || vstrstr (mode, "_ID06"))?-score*100:(100-score);
      |                                                                   ^~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:217:94: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  217 |             dist_mat[a][b]=dist_mat[b][a]=(double)(vstrstr (mode, "_ID05") || vstrstr (mode, "_ID06"))?-score*100:(100-score);
      |                                                                                              ^~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:218:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  218 |           else if ( vstrstr (mode, "_MATSIM_"))
      |                                    ^~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:222:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  222 |           if ( !vstrstr (mode, "_MAT") )
      |                                ^~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:231:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  231 |   if ( vstrstr (mode, "_MAT") && !vstrstr ( mode, "_NOPRINT_"))
      |                       ^~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:231:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  231 |   if ( vstrstr (mode, "_MAT") && !vstrstr ( mode, "_NOPRINT_"))
      |                                                   ^~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:233:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  233 |       if ( vstrstr (mode, "_MFORMAT2"))
      |                           ^~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘int** pavie_seq2trained_pavie_mat(Sequence*, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:327:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  327 |   if ((b=vstrstr(param,"_THR")))sscanf ( b, "_THR%d_", &id_threshold);
      |                        ^~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:331:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  331 |   if ((b=vstrstr(param,"_SAMPLE")))sscanf ( b, "_SAMPLE%d_", &sample_size);
      |                        ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:332:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  332 |   if ((b=vstrstr(param,"_PARALOGOUS")))
      |                        ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:338:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  338 |   if ((b=vstrstr(param,"_CHANNEL")))sscanf ( b, "_CHANNEL%d_", &nch);
      |                        ^~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:341:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  341 |   if ( (buf=vstrstr (param, "_TGEPF")))
      |                             ^~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:350:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  350 |   if ( (buf=vstrstr (param, "_PAMLOGODD_")))
      |                             ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:372:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  372 |   pavie_mat2pavie_id_mat (NULL,"idmat", alp[0],ignore,force,1,pavie_idmat);
      |                                ^~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:387:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  387 |   mat_file=output_pavie_mat_list ( current_mat,gep, alp, nch,"", n++, mat_file);
      |                                                              ^~
dp_lib/pavie_dp.c:413:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  413 |       mat_file=output_pavie_mat_list ( current_mat,gep, alp, nch,"", n, mat_file);
      |                                                                  ^~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘double*** pavie_seq2pavie_fmat(Sequence*, double*, double*, char**, char*, int, int, int, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:476:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  476 |           output_completion ( stderr,a+1,S->nseq,1, "");
      |                                                     ^~
dp_lib/pavie_dp.c:529:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  529 |           sim=seq2sim_mat (S, "idmat");
      |                               ^~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:557:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  557 |           output_completion ( stderr,c,tot,1, "");
      |                                               ^~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘double** pavie_aln2fmat(Alignment*, double**, char*, int, int, int, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:633:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  633 |   if (  vstrstr (param, "_TWE00_"))w=100;
      |                         ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:634:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  634 |   else if ( vstrstr (param, "_TWE01_"))w=pavie_aln2id (A, 1);
      |                             ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:635:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  635 |   else if ( vstrstr (param, "_TWE02_"))w=pavie_aln2id (A, 2);
      |                             ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:636:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  636 |   else if ( vstrstr (param, "_TWE03_"))w=pavie_aln2id (A, 3);
      |                             ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:637:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  637 |   else if ( vstrstr (param, "_TWE04_"))w=pavie_aln2id (A, 4);
      |                             ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:638:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  638 |   else if ( vstrstr (param, "_TWE05_"))w=pavie_aln2id (A, 5);
      |                             ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:639:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  639 |   else if ( vstrstr (param, "_TWE06_"))w=pavie_aln2id (A, 6);
      |                             ^~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘int pavie_score(char*, int, char*, int, char**, double*, double*, int, float, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:913:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  913 |         strget_param ( param, "_AGECHANNEL", "-1", "%d", &use_age);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:913:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  913 |         strget_param ( param, "_AGECHANNEL", "-1", "%d", &use_age);
      |                                              ^~~~
dp_lib/pavie_dp.c:913:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  913 |         strget_param ( param, "_AGECHANNEL", "-1", "%d", &use_age);
      |                                                    ^~~~
dp_lib/pavie_dp.c:918:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  918 |         strget_param (param, "_MCHSCORE", "0", "%d", &mchscore);
      |                              ^~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:918:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  918 |         strget_param (param, "_MCHSCORE", "0", "%d", &mchscore);
      |                                           ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:918:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  918 |         strget_param (param, "_MCHSCORE", "0", "%d", &mchscore);
      |                                                ^~~~
dp_lib/pavie_dp.c:943:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  943 |         HERE ("Error: mchscore >2 [FATAL]\n");
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘char** seq2pavie_alp(Sequence*, int)’:
dp_lib/pavie_dp.c:1020:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1020 |         alp[a]=array2alphabet (S->seq+n*a, n, "-.");
      |                                               ^~~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘char** output_pavie_mat_list(int***, double*, char**, int, char*, int, char**)’:
dp_lib/pavie_dp.c:1069:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1069 |   fp=vfopen ( mat_list_name, "w");
      |                              ^~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘Alignment* pavie_seq2pavie_sort(Sequence*, char*, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:1254:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1254 |   if ( vstrstr (mode, "_IDSORT_") || vstrstr (mode, "_MASTERSORT"))
      |                       ^~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1254:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1254 |   if ( vstrstr (mode, "_IDSORT_") || vstrstr (mode, "_MASTERSORT"))
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1257:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1257 |       buf=vcat ( mode, "_MATDIST_NOPRINT_");
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1260:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1260 |       if ( vstrstr (mode,"_IDSORT_"))
      |                          ^~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1276:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1276 |       else if ( vstrstr (mode, "_MASTERSORT"))
      |                                ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1280:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1280 |           s=vstrstr(mode, "_MASTERSORT");
      |                           ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1281:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1281 |           mode=substitute ( mode, "_", " ");
      |                                   ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1281:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1281 |           mode=substitute ( mode, "_", " ");
      |                                        ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1284:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1284 |           mode=substitute (mode, " ", "_");
      |                                  ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1284:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1284 |           mode=substitute (mode, " ", "_");
      |                                       ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1318:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1318 |   else if ( vstrstr ( mode, "_TREESORT_"))
      |                             ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘tnode* pavie_seq2pavie_tree(Sequence*, char*, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:1335:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1335 |   buf=vcat (mode,"_MATDIST_NOPRINT_");
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c: In function ‘Alignment* pavie_seq2pavie_msa(Sequence*, char*, char*)’:
dp_lib/pavie_dp.c:1359:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1359 |   CL=choose_extension_mode ("matrix", CL);
      |                             ^~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1364:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1364 |       fp=vfopen ( mat_in, "r");
      |                           ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1367:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1367 |       add_warning( stderr, "\nWarning: Multiple Channel Not Supported. Used First Channel Only for MSA [Matrix: %s][WARNING:%s]", mat, PROGRAM);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1384:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1384 |   if ( vstrstr (mode, "_QUICKTREE_"))
      |                       ^~~~~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1389:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1389 |   else if ( (s=vstrstr (mode, "_USETREE")))
      |                               ^~~~~~~~~~
dp_lib/pavie_dp.c:1392:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1392 |       mode=substitute ( mode, "_", " ");
      |                               ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1392:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1392 |       mode=substitute ( mode, "_", " ");
      |                                    ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1394:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1394 |       mode=substitute (mode, " ", "_");
      |                              ^~~
dp_lib/pavie_dp.c:1394:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1394 |       mode=substitute (mode, " ", "_");
      |                                   ^~~
 CC dp_lib/util_graph_maln.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_graph_maln.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_graph_maln.c: In function ‘Alignment* graph_aln(Alignment*, Constraint_list*, Sequence*)’:
dp_lib/util_graph_maln.c:65:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   65 |   HERE ("Function graph_aln is deprecated");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_graph_maln.c: In function ‘CL_node* vfree_cl_node(CL_node*)’:
dp_lib/util_graph_maln.c:502:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  502 |   if ( N->free==1)crash("freeing free block");
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC dp_lib/util_dp_suboptimal_nw.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/util_dp_suboptimal_nw.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/util_dp_suboptimal_nw.c: In function ‘int suboptimal_pair_wise(Alignment*, int*, int**, Constraint_list*, int)’:
dp_lib/util_dp_suboptimal_nw.c:209:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  209 |       HERE ("ERROR in subop_pair");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/util_dp_suboptimal_nw.c:230:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  230 |   id=idscore_pairseq(seqI,seqJ,-12, -1, CL->M, "idmat");
      |                                                ^~~~~~~
 CC dp_lib/phylo3d.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/phylo3d.c:35:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘Alignment* phylo3d(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/phylo3d.c:47:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   47 |   if (!A)printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: No contact information could be gathered for any sequence  [FATAL]");
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘double scan_maxd(p3D*)’:
dp_lib/phylo3d.c:105:77: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  105 |       vfclose (tree2file (RT, S, "newick",vfopen(getenv ("REFERENCE_TREE"), "w")));
      |                                                                             ^~~
dp_lib/phylo3d.c:105:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  105 |       vfclose (tree2file (RT, S, "newick",vfopen(getenv ("REFERENCE_TREE"), "w")));
      |                                  ^~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c:124:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  124 |           cputenv ("strict_maxd_4_TCOFFEE=%d", strict);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c:160:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  160 |   cputenv ("strict_maxd_4_TCOFFEE=%d", bstrict);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘Alignment* phylo3d_gt(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/phylo3d.c:174:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  174 |   if (!A)printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: No contact information could be gathered for any sequence  [FATAL]");
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c:201:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  201 |           if (!align_method)B=align_two_sequences (S->seq[s1], S->seq[s2], "blosum62mt", -8, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                            ^~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c:201:98: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  201 |           if (!align_method)B=align_two_sequences (S->seq[s1], S->seq[s2], "blosum62mt", -8, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c:223:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  223 |           if (verbose())output_completion (stderr,n,tot,1, "Guide Tree Computation");
      |                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘p3D* fill_p3D(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/phylo3d.c:264:75: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  264 |   if (getenv ("TREE_MODE_4_TCOFFEE"))D->tree_mode=csprintf (D->tree_mode, "%s",getenv("TREE_MODE_4_TCOFFEE"));
      |                                                                           ^~~~
dp_lib/phylo3d.c:265:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  265 |   else D->tree_mode=csprintf (D->tree_mode, "nj");
      |                                             ^~~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘Alignment* addtree(p3D*, Alignment*)’:
dp_lib/phylo3d.c:478:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  478 |   fp=vfopen (TREEA->dmF_list[TREEA->nseq], "w");
      |                                            ^~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘int** file2column_list(char*, int**)’:
dp_lib/phylo3d.c:629:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  629 |   if (!(l=file2list (file, " \t")))return NULL;
      |                            ^~~~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘int*** aln2dm3d(Alignment*, Constraint_list*, double*)’:
dp_lib/phylo3d.c:675:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  675 |               if (s!=ns){HERE ("Warning: Contact library contains inter-sequence data contacts: %d %d",i,ns);}
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘Alignment* aln2trim3d(Alignment*, Constraint_list*)’:
dp_lib/phylo3d.c:696:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  696 |   fp=vfopen (tmpF, "w");
      |                    ^~~
dp_lib/phylo3d.c: In function ‘double phylo3d2score(double, double, double*, double*)’:
dp_lib/phylo3d.c:841:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  841 |            add_warning ( stderr, "distance_mode==0 should not be used");
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC dp_lib/CUSTOM_evaluate_for_struc.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dp_lib/CUSTOM_evaluate_for_struc.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dp_lib/CUSTOM_evaluate_for_struc.c: In function ‘int custom_pair_score_function1(Constraint_list*, int, int, int, int)’:
dp_lib/CUSTOM_evaluate_for_struc.c:383:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  383 |      fp=vfopen ( "test_file", "w");
      |                  ^~~~~~~~~~~
dp_lib/CUSTOM_evaluate_for_struc.c:383:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  383 |      fp=vfopen ( "test_file", "w");
      |                               ^~~
 CC util_lib/util.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util.c:52:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
In file included from util_lib/util.c:55:
./perl_header_lib.h:27:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   27 | char *PerlScriptName[]={"rec_sum.pl","count.pl","p\
      |                         ^~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:27:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   27 | char *PerlScriptName[]={"rec_sum.pl","count.pl","p\
      |                                      ^~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:27:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   27 | char *PerlScriptName[]={"rec_sum.pl","count.pl","p\
      |                                                 ^~~
   28 | rocess_list.pl","make_license.pl","CCsed.script","\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~                                  
./perl_header_lib.h:28:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   28 | rocess_list.pl","make_license.pl","CCsed.script","\
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:28:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   28 | rocess_list.pl","make_license.pl","CCsed.script","\
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:28:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   28 | rocess_list.pl","make_license.pl","CCsed.script","\
      |                                                  ^~
   29 | msa2bootstrap.pl","tc_generic_method.pl","mmseqs2p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~                                 
./perl_header_lib.h:29:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   29 | msa2bootstrap.pl","tc_generic_method.pl","mmseqs2p\
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:29:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   29 | msa2bootstrap.pl","tc_generic_method.pl","mmseqs2p\
      |                                          ^~~~~~~~~~
   30 | rf.pl","dynamic.pl","rnapdb2protpdb.pl","generic_m\
      | ~~~~~~                                    
./perl_header_lib.h:30:8: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   30 | rf.pl","dynamic.pl","rnapdb2protpdb.pl","generic_m\
      |        ^~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:30:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   30 | rf.pl","dynamic.pl","rnapdb2protpdb.pl","generic_m\
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:30:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   30 | rf.pl","dynamic.pl","rnapdb2protpdb.pl","generic_m\
      |                                         ^~~~~~~~~~~
   31 | ethod.tc_method","clustalw_method.tc_method","extr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~                         
./perl_header_lib.h:31:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   31 | ethod.tc_method","clustalw_method.tc_method","extr\
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:31:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   31 | ethod.tc_method","clustalw_method.tc_method","extr\
      |                                              ^~~~~~
   32 | act_from_pdb","install.pl","clean_cache.pl","natur\
      | ~~~~~~~~~~~~~                                 
./perl_header_lib.h:32:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   32 | act_from_pdb","install.pl","clean_cache.pl","natur\
      |               ^~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:32:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   32 | act_from_pdb","install.pl","clean_cache.pl","natur\
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:32:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   32 | act_from_pdb","install.pl","clean_cache.pl","natur\
      |                                             ^~~~~~~
   33 | e_protocol.pl","mocca","dalilite.pl","wublast.pl",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~                               
./perl_header_lib.h:33:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   33 | e_protocol.pl","mocca","dalilite.pl","wublast.pl",\
      |                ^~~~~~~
./perl_header_lib.h:33:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   33 | e_protocol.pl","mocca","dalilite.pl","wublast.pl",\
      |                        ^~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:33:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   33 | e_protocol.pl","mocca","dalilite.pl","wublast.pl",\
      |                                      ^~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:34:1: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   34 | "blastpgp.pl","ncbiblast_lwp.pl","wublast_lwp.pl",\
      | ^~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:34:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   34 | "blastpgp.pl","ncbiblast_lwp.pl","wublast_lwp.pl",\
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:34:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   34 | "blastpgp.pl","ncbiblast_lwp.pl","wublast_lwp.pl",\
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:35:1: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   35 | "RNAplfold2tclib.pl","fasta_seq2RNAplfold_template\
      | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:35:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   35 | "RNAplfold2tclib.pl","fasta_seq2RNAplfold_template\
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   36 | file.pl","fasta_seq2hmmtop_fasta.pl","fasta_seq2co\
      | ~~~~~~~~              
./perl_header_lib.h:36:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   36 | file.pl","fasta_seq2hmmtop_fasta.pl","fasta_seq2co\
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:36:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   36 | file.pl","fasta_seq2hmmtop_fasta.pl","fasta_seq2co\
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~
   37 | nsan_aln.pl","clustalw_aln2fasta_aln.pl","seq2name\
      | ~~~~~~~~~~~~                          
./perl_header_lib.h:37:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   37 | nsan_aln.pl","clustalw_aln2fasta_aln.pl","seq2name\
      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:37:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   37 | nsan_aln.pl","clustalw_aln2fasta_aln.pl","seq2name\
      |                                          ^~~~~~~~~~
   38 | _seq.pl","seq2intersection.pl","msf_aln2fasta_aln.\
      | ~~~~~~~~                                  
./perl_header_lib.h:38:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   38 | _seq.pl","seq2intersection.pl","msf_aln2fasta_aln.\
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:38:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   38 | _seq.pl","seq2intersection.pl","msf_aln2fasta_aln.\
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   39 | pl","msa.pl","upp.pl","clustalo.pl","dca.pl","blas\
      | ~~~                             
./perl_header_lib.h:39:5: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   39 | pl","msa.pl","upp.pl","clustalo.pl","dca.pl","blas\
      |     ^~~~~~~~
./perl_header_lib.h:39:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   39 | pl","msa.pl","upp.pl","clustalo.pl","dca.pl","blas\
      |              ^~~~~~~~
./perl_header_lib.h:39:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   39 | pl","msa.pl","upp.pl","clustalo.pl","dca.pl","blas\
      |                       ^~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:39:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   39 | pl","msa.pl","upp.pl","clustalo.pl","dca.pl","blas\
      |                                     ^~~~~~~~
./perl_header_lib.h:39:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   39 | pl","msa.pl","upp.pl","clustalo.pl","dca.pl","blas\
      |                                              ^~~~~~
   40 | t_aln2fasta_aln.pl","blast_xml2fasta_aln.pl","fast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~                           
./perl_header_lib.h:40:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   40 | t_aln2fasta_aln.pl","blast_xml2fasta_aln.pl","fast\
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:40:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   40 | t_aln2fasta_aln.pl","blast_xml2fasta_aln.pl","fast\
      |                                              ^~~~~~
   41 | a_aln2fasta_aln_unique_name.pl","newick2name_list.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~               
./perl_header_lib.h:41:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   41 | a_aln2fasta_aln_unique_name.pl","newick2name_list.\
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   42 | pl","excel2fasta.pl","nameseq2fasta.pl","any_file2\
      | ~~~                              
./perl_header_lib.h:42:5: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   42 | pl","excel2fasta.pl","nameseq2fasta.pl","any_file2\
      |     ^~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:42:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   42 | pl","excel2fasta.pl","nameseq2fasta.pl","any_file2\
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:42:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   42 | pl","excel2fasta.pl","nameseq2fasta.pl","any_file2\
      |                                         ^~~~~~~~~~~
   43 | unix_file.pl","EndList"};char *PerlScriptFile[]={"\
      | ~~~~~~~~~~~~~                            
./perl_header_lib.h:43:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   43 | unix_file.pl","EndList"};char *PerlScriptFile[]={"\
      |               ^~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:43:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   43 | unix_file.pl","EndList"};char *PerlScriptFile[]={"\
      |                                                  ^~
   44 | use File::Copy;\nuse Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   45 | E);\nuse Env qw(USER);\n$x_field=0;\n$y_field=1;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   46 | $y_field_set=1;\n$nyf=1;\n\n$interval=0;\n$file=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   47 | stdin\";\n\n$print_avg=1;\n$print_sd=0;\n$print_su\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   48 | m=0;\n$print_n=0;\nforeach $value ( @ARGV)\n    {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   49 | n       if ($value ne $ARGV[$np]) \n        {\n     ;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   50 |  }\n    elsif($value eq \"-s\")\n            {\n               $st\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   51 | ep=$ARGV[++$np];\n             $np++;\n      }\n        elsif(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   52 | $value eq \"-print_all\")\n         {\n     $print_sd=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   53 | $print_avg=$print_n=$print_sum=1;\n         $np++;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   54 |    }\n  elsif($value eq \"-print_sum\")\n           {\n  \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   55 |    $print_sum=1;\n          $print_avg=0;\n         $np++;\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   56 | n           }\n elsif($value eq \"-print_n\")\n     {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   57 |     $print_n=1;\n           $print_avg=0;\n         $np++;\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   58 |             }\n elsif($value eq \"-print_avg\")\n           {\n\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   59 |             $print_avg=1;\n         $print_avg=0;\n         $np++\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   60 | ;\n         }\n elsif($value eq \"-sd\")\n          {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   61 |  $print_sd=1;\n     $print_avg=0;\n         $np++;\n     \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   62 |    }\n  elsif($value eq \"-h\")\n           {\n     $head\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   63 | er=1;\n     $np++;\n        }\n elsif ($value eq \"-i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   64 | \")\n       {\n     $interval= $ARGV[++$np];\n      $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   65 | np++;\n             }\n elsif ($value eq \"-r2\")\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   66 |   {\n         $r2=1;\n        \n              $np  = $ARGV[+\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   67 | +$np];\n              $nsim= $ARGV[++$np];\n          $np++;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   68 | \n          }\n elsif ($value eq \"-r\")\n          {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   69 |     $min= $ARGV[++$np];\n           $max= $ARGV[++$np];\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   70 | n           $np++;\n                }\n \n      elsif ($value eq \"-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   71 | x\")\n      {\n     $x_field= $ARGV[++$np]-1;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   72 |  $np++;\n           }\n elsif ($value eq \"-y\")\n       \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   73 |    {\n      $nyf=0;  \n     while ($ARGV[$np+1] && \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   74 | !($ARGV[$np+1]=~/\\-/))\n             {\n               $y_field[$nyf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   75 | ++]=$ARGV[++$np]-1;\n           $y_field_set=1;\n             }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   76 | \n          $np++;\n                }\n elsif ($value eq \"-fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   77 | le\")\n     {\n     $file= $ARGV[++$np];\n          $fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   78 | le_set=1;\n         $np++;\n                }       \n  elsif \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   79 | ( $value eq \"h\" ||  $value eq \"-h\" || $value e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   80 | q \"-H\" || $value eq \"-help\" || $value eq \"hel\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   81 | p\")\n    {\n       print STDOUT \"data_analyse: Anal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   82 | yse and discretization of data\\n\";\n      print S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   83 | TDOUT \"       -file:    <file containing the data\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   84 |  to analyze>,.<def=STDIN>\\n\";\n           print STDOUT\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   85 |  \"       -x: <field containing the X>,...........\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   86 | ....<Def=0>\\n\";\n         print STDOUT \"       -y: \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   87 | <field containing the Y>,...............<Def=1>\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   88 | \";\n       print STDOUT \"       -i:<Interval size \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   89 | on the X>,...............<Def=0>\\n\";\n            print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   90 |  STDOUT \"       -i:<0:only one interval>\\n\";\n       \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   91 |     print STDOUT \"       -r:<Range of the X>\\n\"\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   92 | ;\n         print STDOUT \"       -s:<Step on the  X, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   93 | 0 means non sliding bins>\\n\";\n           print STDOUT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   94 |  \"       -sd: print standard deviation on the Y\"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   95 | ;\n         print STDOUT \"       -h  : print column h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   96 | eader \\n\";\n      exit (0);\n   }\n   elsif ($value\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   97 | =~/-/)\n          {\n       print \"$value is not a valid F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   98 | LAG[FATAL]\\n\";\n          exit (0);\n    } \n elsif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   99 | $list eq \"\") \n           {\n     $file=$ARGV[$np];\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  100 |     $np++;\n        }\n \n      \n      }\n\n\n\n\n\nif ($\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  101 | file eq \"stdin\")\n    {\n     $remove_file=1;\n       $file=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  102 | "tmp$$\";\n     open (F, \">$file\");\n while (<STDIN>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  103 | )\n             {\n             print F $_;\n           }\n     close (F);\n     \n     ;}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  104 | \n\n\nif ($interval && $step)\n  {\n    my $nl;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  105 |    open(F,$file);\n    while (<F>)\n      {\n   $lin\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  106 | e=$_;\n \n      if (!/\\S/){next;}\n    @list=($line=~/(\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  107 | S+)/g);\n       $val{$nl}{x}=$list[$x_field];\n $val{$nl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  108 | }{y}=$list[$y_field[0]];\n      $nl++\n      }\n    clo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  109 | se (F);\n    \n    for (my $a=$min; $a<($max+$inte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  110 | rval); $a+=$step)\n      {\n    my ($avgx, $avgy, $cn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  111 | );\n    \n      my $rmin=$a-$interval;\n        my $rmax=$a;\n  $c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  112 | n=0;\n  for (my $b=0; $b<$nl; $b++)\n     {\n       my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  113 | $x=$val{$b}{x};\n           my $y=$val{$b}{y};\n            if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  114 | ($x<=$rmax && $x>=$rmin)\n            {\n               $avgx+=$x;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  115 |                 $avgy+=$y;\n            $cn++;\n                $tcn++;\n               $val{$b}{used\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  116 | }=1;\n        }\n         }\n   if ($cn)\n        {\n       $avgx/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  117 | =$cn;\n     $avgy/=$cn;\n         }\n   printf \"%.3f %.3f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  118 |  %.3f\\n\", $avgx, $avgy, $avgx-$avgy;\n      }\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  119 |    for (my $a=0; $a<$nl; $a++)\n      {\n       if ( !$v\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  120 | al{$a}{used})\n   {\n       print \"---$val{$a}{x}; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  121 | $val{$a}{y}\\n\";\n       }\n      }\n  }\nelse\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  122 |     if ($interval && $max)\n      {\n   $interval_si\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  123 | ze=($max-$min)/$interval;\n      }\n    elsif ($in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  124 | terval)\n      {\n      open(F,$file);  \n      my $set_max=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  125 | 0;\n    my $set_min=0;\n        while (<F>)\n     {\n       my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  126 | v=$_;\n     chomp($v);\n            print \"--$v--\";\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  127 |    \n       if ($v<$min ||!$set_min){$set_min=1;$min\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  128 | =$v;}\n     if ($v>$max ||!$set_max){$set_max=1;$m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  129 | ax=$v;}\n         }\n   close (F);\n    print \"$min $max uuu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  130 | u\";\n  $interval_size=($max-$min)/$interval;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  131 |   }\n    open(F,$file);  \n    while (<F>)\n      \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  132 | {\n     $line=$_;\n     if (!/\\S/){next;}\n    @list=($line=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  133 | ~/(\\S+)/g);\n  \n      if ($interval==0){$bin=0;}\n    els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  134 | e{$bin=int (($list[$x_field]-$min)/($interval_size\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  135 | ));}\n  \n      \n      if ($bin && $bin==$interval){$bin--;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  136 | \n      for ( $a=0; $a<$nyf; $a++)\n      {\n       $sum{$a}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  137 | {$bin}+=$list[$y_field[$a]];\n      $sum2{$a}{$bin}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  138 | +=$list[$y_field[$a]]*$list[$y_field[$a]];\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  139 | n{$a}{$bin}++;\n          }\n      }\n    \n    if (!$int\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  140 | erval){$interval=1;}\n    for ( $a=0; $a<$interval\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  141 | ; $a++)\n      {\n      printf ( \"%4d %4d \", $interva\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  142 | l_size*$a, $interval_size*($a+1));\n    for ( $b=0; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  143 | b<$nyf; $b++)   \n        {\n       $i=$interval*$a;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  144 | if ( $n{$b}{$a}==0)\n         {\n               $avg=0;\n               $sd=0;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  145 | \n            }\n           else\n            {\n               $avg=$sum{$b}{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  146 | a}/$n{$b}{$a};\n                $sd=sqrt($sum2{$b}{$a}*$n{$b}{$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  147 | }-$sum{$b}{$a}*$sum{$b}{$a})/($n{$b}{$a}*$n{$b}{$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  148 | });\n         }\n           if ($print_n) {printf \"%15.4f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  149 |  \", $n{$b}{$a};}\n         if ($print_sum){printf \"%\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  150 | 15.4f \", $sum{$b}{$a};}\n          if ($print_avg){pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  151 | ntf \"%15.4f \", $avg}\n            if ($print_sd) {print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  152 | f \"%15.4f \", $sd;}\n    }\n   printf (\"\\n\");\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  153 |     }\n  }\n\nif ( $remove_file){unlink $file;}\n"\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  154 | ,"use File::Copy;\nuse Env qw(HOST);\nuse Env qw(H\
      |                                                   
./perl_header_lib.h:154:2: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  154 | ,"use File::Copy;\nuse Env qw(HOST);\nuse Env qw(H\
      |  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  155 | OME);\nuse Env qw(USER);\n\nforeach $v (@ARGV){$cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  156 | .=$v;}\n\n\nif ( $cl=~/-k(\\d+)/){$k=$1;}\nelse {$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  157 | k=1;}\nif ( $cl=~/-w(\\d+)/){$w=$1;}\nelse {$w=-1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  158 | }\nif ( $cl=~/-p(\\d+)/){$p=$1;}\nelse {$p=-1;}\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  159 | nwhile (<STDIN>)\n  {\n    @l=($_=~/(\\S+)/g);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  160 |   $v=$l[$k-1];\n    if ( !$h{$v}){@ll=($v, @ll);}\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  161 | n    \n    if ( $w==-1)\n      {$h{$v}++;}\n    el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  162 | se\n      {$h{$v}+=$l[$w-1];}\n\n    if ($p!=-1){$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  163 | print{$v}=$l[$p-1];}\n\n  }\nforeach $v (@ll)\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  164 | \n    print \"$v $print{$v} $h{$v}\\n\";\n  }\n","\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:164:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  164 | \n    print \"$v $print{$v} $h{$v}\\n\";\n  }\n","\
      |                                                  ^~
  165 | \nuse Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse Env qw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  166 | (USER);\n$random_tag=int (rand 10000)+1;\n$unique_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  167 | prefix=\"$$.$HOST.$random_tag\";\n$queue=\"distill\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  168 | ery.and.mid\";\n$monitor=0;\n$stderr_file=\"/dev/n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  169 | ull\";\n$stdio_file=\"/dev/null\";\n$log_file=\"/d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  170 | ev/null\";\n$pause_time=0;\n$max_sub_jobs=60;\n$mi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  171 | n_sub_jobs=30;\n$output_all=0;\n$var='\\$';\n\nfor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  172 | each $value ( @ARGV)\n    {\n   if ($value ne $ARGV[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  173 | $np]) \n            {\n     ;\n     }\n elsif ($value eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  174 | \"-max_sub_jobs\")\n        {\n     $max_sub_jobs= $A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  175 | RGV[++$np];\n       $np++;\n                }   \n      elsif ($va\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  176 | lue eq \"-min_sub_jobs\" )\n        {\n     $min_sub_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  177 | jobs= $ARGV[++$np];\n       $np++;\n                }\n els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  178 | if ($value eq \"-para\")\n          {\n     $para=1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  179 |     $monitor=1;\n           $np++;\n                }\n elsif (\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  180 | $value eq \"-monitor\") \n          {\n     $monitor=1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  181 | \n          $np++;\n        }\n elsif ($value eq \"-no_mon\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  182 | itor\") \n          {\n     $monitor=0;\n           $np++;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  183 |     }\n elsif ($value eq \"-queue\")\n      {\n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  184 |  $queue=$ARGV[++$np];\n     $np++;\n        }   \n      elsi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  185 | f ($value eq \"-stderr_file\")\n            {\n     $stde\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  186 | rr_file=$ARGV[++$np];\n     $np++;\n        }\n elsif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  187 |  ($value eq \"-stdio_file\")\n      {\n     $stdio_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  188 | file=$ARGV[++$np];\n        $np++;\n        }\n elsif ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  189 | value eq \"-output_all\")\n         {\n     $output_al\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  190 | l=1;\n      $np++;\n        }\n elsif ($value eq \"-pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  191 | use\") \n           {\n     $pause_time=$ARGV[++$np];\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  192 |     $np++;\n        }\n elsif ($value eq \"-log\")\n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  193 |       {\n              $log=1;\n               \n              if ($A\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  194 | RGV[$np+1]=~/\\-\\S+/) \n                 {\n             $log_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  195 | le=\"stderr\";\n                  }\n          else \n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  196 |       {\n                 $log_file=$ARGV[++$np]; \n              ++$np;\\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  197 | n                \n               }\n         }\n       elsif ( $value eq \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  198 | "-com\")\n          {\n         \n              if (!$ARGV[$np+1]=~/^\\'/)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  199 |  { $com=$ARGV[++$np];}\n                else {$com=$ARGV[++$np];\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  200 | }\n\n        $np++;\n       }\n elsif ( $value eq \"-c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  201 | heck\")\n         {\n       \n      if (!$ARGV[$np+1]=~/^\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  202 | '/) { $check=$ARGV[++$np];}\n       else {$check=$AR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  203 | GV[++$np];}\n       $np++;\n      }\n   elsif ($com eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  204 | \") \n      {\n     $com_set=1;\n           $com=$ARGV[$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  205 | p];\n       \n      $np++;\n        }\n elsif ($list eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  206 | \"\") \n            {\n     $list_set=1;\n          $list=$ARG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  207 | V[$np];\n           $np++;\n        }\n elsif ( $var_set eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  208 |  \"\")\n            {\n     $var_set=1;\n           $var=$ARGV[\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  209 | $np];\n     $np++;\n        }\n }\n\n\n\n\nif ( $com \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  210 | eq \"\"){print \"You Need to Provide a Command [FA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  211 | TAL]\\n\";\n          die;\n         }\n\n\n\nif ($list_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  212 | set==0) \n    {\n    $x= int (rand 100000)+1;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  213 |  $tmp_file_name=\"tmp_file_$x\";\n    open ( TMP, \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  214 | \">$tmp_file_name\");\n    while (<STDIN>)\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  215 | {\n     print TMP $_;\n      }\n    close (TMP);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  216 | open (F, $tmp_file_name);\n    }\nelse \n    {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  217 |   open (F, $list);\n    }\n\nif ($para==0) \n    {\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  218 | \n\n     @tc_list= <F>;\n     close (F); \n     \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  219 |      foreach $val(@tc_list) \n      {\n       \n          \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  220 |     \n        \n              $loc_com=$com;\n        if ($\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  221 | check){$loc_check=$check;}\n          \n              @i_val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  222 | =($val=~/([^\\s]+)/g);\n              \n              if ( $#i_v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  223 | al==0)\n                {\n               if ($check){$loc_check=~s/$var/$i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  224 | _val[0]/g;}\n             $loc_com=~s/$var/$i_val[0]/g;\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  225 | }\n           else\n            {\n               for ($n=1; $n<=$#i_val+1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  226 | $n++ )\n                    {\n               \n                      $sub=\"$var$n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  227 | ;\n                   \n                      $loc_com=~s/$sub/$i_val[$n-1]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  228 | /g;\n                 if ($check){$loc_check=~s/$var/$i_val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  229 | [0]/g;}\n                   }\n         }\n           if ( $check && -e $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  230 | oc_check)\n             {\n               print STDERR \"skipping $loc_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  231 | om...\\n\";\n             }\n         else\n            {\n               system \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  232 | "$loc_com\";\n          }\n         }\n    exit;\n    }\n\nels\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  233 | if ($para==1) \n    {\n    print STDERR \"do paral\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  234 | lel execution of: \\\"$com $list\\\"\\n\";\n    \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  235 |     if ($log==1) \n     {\n     if ($log_file eq \"stdout\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  236 | " || $log_file eq \"stderr\" ) \n               {\n             $log_file=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  237 | \"\";\n         }\n\n        else \n            {\n             system \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  238 | \"echo LOG FILE> $log_file\";\n         \n              }\n     }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  239 | n    else       \n      {\n     open ( OUT, \">/dev/null\");\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  240 | n       \n    \n    $id=0;\n    $n_sub=0;\n    while ($v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  241 | al=<F>) \n          {               \n      $job_log[$id]=\"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  242 | HOME/tmp/$unique_prefix.$id.log_file\";\n           \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  243 |    $job=$unique_prefix.\"_$id\";\n          open (JOB, \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  244 | \">$job\");\n       \n      $loc_com=$com;\n        chop\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  245 |  $val;\n\n          $loc_com=~s/\\$/$val/g;\n    \n         p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  246 | rint JOB \"#!/bin/csh\\n\";\n       print JOB \"#\\$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  247 |  -cwd\\n\";\n       print JOB \"#\\$ -N $unique_pref\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  248 | ix\\n\";\n          if ($queue && !($queue eq \" \")) {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  249 | print JOB \"#\\$ -l $queue\\n\";}\n         print JOB \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  250 | \"#\\n\";           \n            print JOB \"$loc_com\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  251 | n\";\n      print JOB \"echo FINISHED  >> $job_log[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  252 | $id]\\n\";\n        print JOB \"pwd\\n\";\n         \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  253 |   close (JOB);\n            if ( $output_all==1)\n              {\n             \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  254 | system \"qsub $job >  $unique_prefix\";         \n            \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  255 |   }\n       else\n              {system \"qsub $job -e $stderr_f\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  256 | ile -o $stdio_file >$unique_prefix\";           \n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  257 |        } \n\n\n\n           print STDERR \"$id: $output_\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  258 | all\\n\";\n         $n_sub++;\n     if ( $max_sub_jobs\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  259 |  && $n_sub==$max_sub_jobs) \n           {\n             $n_sub=monitor\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  260 | _process($min_sub_jobs,@job_log);                \n             \n            \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  261 |   }     \n         \n            unlink $unique_prefix;\n        \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  262 |    sleep $pause_time;\n     $id++;\n        }\n\n    \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  263 | close (OUT);\n    close (F);\n\n    print STDERR \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  264 | "Your $id Jobs Have Been Submited (NAME=$unique_pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  265 | efix)\\n\";\n    monitor_process (0, @job_log);\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  266 |    foreach $file(@job_log) {if (-e $file) {unlink(\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  267 | $file);}}\n    \n    }\n\nsub monitor_process ( @j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  268 | ob_list)\n    {\n    my (@job_list)=@_;\n    my $m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  269 | in_sub_jobs=shift (@job_list);\n    my $n_sub_jobs\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  270 | ;\n    my $finished;\n    my $n=0;\n\n    $n_sub_j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  271 | obs=-1;\n    $finished=0;\n    print STDERR \"\\nM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  272 | onitor Batch: [$min_sub_jobs]\";\n       \n    whi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  273 | le (!$finished && (($n_sub_jobs>$min_sub_jobs)|| $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  274 | n_sub_jobs==-1) ) \n    {\n     $finished=1;\n  $n_sub_job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  275 | s=0;\n  $n=0;\n foreach $file (@job_list)\n            \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  276 |  {\n    \n              if (-e $file){;}\n              else \n             {\n            \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  277 |  $finished=0; $n_sub_jobs++;\n              }\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  278 |      }\n        system \"sleep 1\";\n        }\n    \n   \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  279 |  return $n_sub_jobs;\n    }\n    \n    \nif ($tmp_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  280 | file_name){unlink($tmp_file_name);}\n","\n\nforeac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
./perl_header_lib.h:280:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  280 | file_name){unlink($tmp_file_name);}\n","\n\nforeac\
      |                                        ^~~~~~~~~~~~
  281 | h ($np=0; $np<=$#ARGV; $np++)\n    {\n    $value=$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  282 | ARGV[$np];\n\n    if ($value eq \"-file\")\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  283 | {\n      $file= $ARGV[++$np];\n      }\n    elsif \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  284 | ($value eq \"-type\")\n      {\n        $type= $AR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  285 | GV[++$np];\n      }\n    elsif ($value eq \"-insti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  286 | tute\")\n      {\n        $institute= $ARGV[++$np]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  287 | ;\n      }\n    elsif ($value eq \"-author\")\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  288 |    {\n        $author= $ARGV[++$np];\n      }\n   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  289 |  elsif ($value eq \"-date\")\n      {\n        $da\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  290 | te= $ARGV[++$np];\n      }\n     elsif ($value eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  291 | \"-program\")\n      {\n        $program= $ARGV[++\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  292 | $np];\n      }\n    elsif ($value eq \"-email\")\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  293 |       {\n        $email= $ARGV[++$np];\n      }\n \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  294 |    else\n      {\n      print \"$value is an unkown arg\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  295 | ument[FATAL]\\n\";\n    exit (1);\n      }\n  }\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  296 | \nopen F, $file || die;\nprint $INSTITUTE;\nif ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  297 | type eq \"c\"){print \"/**************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  298 | ****COPYRIGHT NOTICE******************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  299 | */\\n\";}\nif ( $type eq \"perl\"){print \"#######\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  300 | #######################COPYRIGHT NOTICE###########\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  301 | ###################/\\n\";}\nif ( $type eq \"txt\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  302 | ){print \"-------------------------------COPYRIGHT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  303 |  NOTICE------------------------------/\\n\";}\n\n\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  304 | nwhile (<F>)\n  {\n  s/\\$INSTITUTE/$institute/g;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  305 | n  s/\\$AUTHOR/$author/g;\n  s/\\$DATE/$date/g;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  306 |  s/\\$PROGRAM/$program/g;  \n  s/\\$EMAIL/$email/g\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  307 | ;  \n  if ( $type eq \"txt\"){print $_;}\n  elsif \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  308 | ($type eq \"c\"){chop $_; print \"\\/*$_*\\/\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  309 | }\n  elsif ($type eq \"perl\"){print \"\\#$_\";}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  310 | }\nclose (F);\nif ( $type eq \"c\"){print \"/*****\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  311 | *************************COPYRIGHT NOTICE*********\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  312 | **********************/\\n\";}\nif ( $type eq \"pe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  313 | rl\"){print \"##############################COPYRI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  314 | GHT NOTICE##############################/\\n\";}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  315 | if ( $type eq \"txt\"){print \"-------------------\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  316 | ------------COPYRIGHT NOTICE----------------------\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  317 | --------/\\n\";}\n\n","\nwhile (<>)     \n      {\n     s/\\=cc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~                   
./perl_header_lib.h:317:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  317 | --------/\\n\";}\n\n","\nwhile (<>)     \n      {\n     s/\\=cc\
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  318 | /123456789/g;\n s/\\bcc/\\$\\(CC\\)/g;\n        s/1234567\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  319 | 89/\\=cc/g;\n   print $_;\n     }\n\n","$version=\"1.00\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:319:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  319 | 89/\\=cc/g;\n   print $_;\n     }\n\n","$version=\"1.00\\
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
  320 | ";\n$rseed= int(rand(100000))+1;\n\n\nif ( $#ARGV=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  321 | =-1)\n  {\n    print \"msa2bootstrap -i <input_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  322 | e> -input <seq|msa|matrix|tree> -n <N-Boostrap> -o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  323 |  <outtree> -tmode <nj|upgma|parsimony|ml> -dmode <\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  324 | kimura> -alignpg <t_coffee | muscle | clustalw> -r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  325 | tree <file> -stype <prot|cdna|dna> -recompute -sys\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  326 | tem <cygwin|unix>\";\n    print \"\\n\\t-i: input \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  327 | file, can be sequneces, msa, matrix, trees, type i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  328 | s specified via -input\";\n    print \"\\n\\t-inpu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  329 | t: Type of input data\";\n    print \"\\n\\t\\tmsa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  330 | : msa in fasta format\";\n    print \"\\n\\t\\tseq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  331 | : compute an msa with -alignpg\";\n    print \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  332 | \\t\\tmatrix: phylipp distance matrix fed directly\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  333 |  to method -tmode [caveat: tmode=nj or upgma]\";\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  334 |     print \"\\n\\t\\ttree: list of newick trees di\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  335 | rectly fed to consence in order to generate a boot\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  336 | straped tree\";\n    \n    print \"\\n\\t-n: numbe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  337 | r of bootstrap replicates\";\n    print \"\\n\\t-o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  338 | : name of the output tree. Files are not overwritt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  339 | en. Use -recompute to overwrite existing file\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  340 |     print \"\\n\\t-tmode: tree mode: nj|upgma|pars\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  341 | imony|ml\";\n    print \"\\n\\t-dmode: distance mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  342 | de\";\n    print \"\\n\\t-alignpg: program for ali\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  343 | gning sequences (t_coffee=default)\";\n    print \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  344 | "\\n\\t-rtree: replicate tree file (default: no fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  345 | le)\";\n    print \"\\n\\t-rmsa: replicate msa fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  346 | e (default: no file)\";\n    print \"\\n\\t-rmat: \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  347 | replicate matrix file (default: no file)\";\n    p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  348 | rint \"\\n\\t-stype: sequence type: protein, dna o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  349 | r cdna\";\n    print \"\\n\\t-recompute: force fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  350 | es to be overwritten\";\n    print \"\\n\\t-system\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  351 | : cygwin|unix\";\n      \n\n    \n    &my_exit (EX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  352 | IT_FAILURE);\n  }\nforeach $arg (@ARGV){$command.=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  353 | \"$arg \";}\n\nprint \"CLINE: $command\\n\";\n$thr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  354 | eshold=100;\n$trim_msa=0;\n$stype=\"prot\";\nprint\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  355 |  \"msa2bootstrap \";\n\n$system=\"cygwin\";\nif(($\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  356 | command=~/\\-system (\\S+)/))\n  {\n    $system=$1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  357 | ;\n    if ( $system eq \"cygwin\")\n      {\n   $exe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  358 | c_extension=\".exe\";\n      }\n    elsif ( $syste\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  359 | m eq \"unix\")\n      {\n       $exec_extension=\"\";\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  360 | print \"system=Unix\";die;\n      }\n    else\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  361 |    {\n  print \"msa2boostrap: -system=$system is an\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  362 |  unknown mode [FATAL]\\n\"; die;\n      }\n    \n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  363 |    print \"-system $system \";\n  }\nif(($command=\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  364 | ~/\\-stype (\\S+)/))\n  {\n    $stype=$1;\n  }\npr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  365 | int \"-stype=$stype \";\n\n\n\nif(($command=~/\\-i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  366 |  (\\S+)/))\n  {\n    $msa=$1;\n    print \"-i $msa\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  367 |  \";\n  }\n\nif(($command=~/\\-rtree (\\S+)/))\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  368 | {\n    $rtree=$1;\n    print \"-rtree=$rtree \";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  369 |   }\n\nif(($command=~/\\-rmsa (\\S+)/))\n  {\n    \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  370 | $rmsa=$1;\n  }\nif(($command=~/\\-rmat (\\S+)/))\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  371 |   {\n    $rmat=$1;\n  }\n$input=\"seq\";\nif(($com\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  372 | mand=~/\\-input (\\S+)/))\n  {\n    $input=$1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  373 | }\nprint \"-input=$input \";\n\n$dmode=\"kimura\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  374 | \nif(($command=~/\\-dmode (\\S+)/))\n  {\n    $dmo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  375 | de=$1;\n  }\nprint \"-dmode=$dmode \";\n$alignpg=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  376 | "muscle\";\nif(($command=~/\\-alignpg (\\S+)/))\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  377 |  {\n    $alignpg=$1;\n  }\nprint \"-alignpg=$dmode\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  378 |  \";\n\n$tmode=\"nj\";\nif(($command=~/\\-tmode (\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  379 | \S+)/))\n  {\n    $tmode=$1;\n  }\nprint \"-tmode=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  380 | $tmode \";\n$recompute=0;\nif(($command=~/\\-recom\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  381 | pute/))\n  {\n    $recompute=1;\n    print \"-reco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  382 | mpute \";\n  }\n\n$out=$msa;\n$out=~s/\\..*//;\n$o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  383 | ut.=\".bph\";\nif(($command=~/\\-o (\\S+)/))\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  384 | n    $out=$1;\n    \n  }\nprint \"-out=$out \";\ni\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  385 | f (-e $out && !$recompute)\n  {\n    print \"\\nNo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  386 |  Computation Required $out already exists\\n\";\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  387 |    &my_exit (EXIT_SUCCESS);\n    \n  }\n\n$n=100;\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  388 | nif(($command=~/\\-n (\\d+)/))\n  {\n    $n=$1;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  389 |  }\nprint \"-n=$n \";\n$seed=3;\nif(($command=~/\\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  390 | -s (\\d+)/))\n  {\n    $seed=$1;\n  }\nprint \"-s=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  391 | $seed \";\n\nif(($command=~/\\-run_name (\\d+)/))\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  392 | n  {\n    $suffix=$1;\n  }\nelse\n  {\n    $msa=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  393 | ([^.]+)/;\n    $suffix=$1;\n  }\nprint \"-run_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  394 | =$suffix\\n\";\n\n\nif ( $input eq \"seq\")\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  395 |     $seq=$msa;\n    $msa=\"$suffix.prot_msa\";\n  \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  396 |   \n    if ($stype eq \"cdna\")\n      {\n      $cdna_s\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  397 | eq=$seq;\n      $clean_cdna_seq=&vtmpnam();\n   $seq=&vtm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  398 | pnam();\n       `t_coffee -other_pg seq_reformat -in $cd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  399 | na_seq -action +clean_cdna >$clean_cdna_seq`;\n `t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  400 | _coffee -other_pg seq_reformat -in $clean_cdna_seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  401 |  -action +translate >$seq`;\n   \n      }\n\n    if \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  402 | (!-e $msa || $recompute)\n      {\n     print \"\\n###\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  403 | ##   Compute an MSA With $alignpg\\n\";\n       \n      if ( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  404 | $alignpg eq \"t_coffee\")\n       {`$alignpg $seq -out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  405 | file=$msa >/dev/null 2>/dev/null`;}\n   elsif ( $ali\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  406 | gnpg eq \"muscle\")\n     {\n       `$alignpg -in $seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  407 |  > $msa 2>/dev/null`;\n   }\n   elsif ( $alignpg eq \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  408 | \"clustalw\")\n   {\n       `$alignpg -infile=$seq -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  409 | outfile=$msa -quicktree >/dev/null 2>/dev/null`;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  410 |           }\n   elsif ( $align eq \"mafft\")\n    {\n       `$\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  411 | alignpg $seq > $msa >/dev/null 2>/dev/null`;\n    }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  412 | \n      else\n    {\n       `$alignpg -in=$seq -outfile=$m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  413 | sa`;\n    }\n      }\n    if (!-e $msa)\n      {\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  414 | print \"\\nError: $alignpg Could Not produce the M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  415 | SA $msa [FATAL]\\n\";\n      }\n\n    if ($stype e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  416 | q \"cdna\")\n      {\n  $msa2=\"$suffix.cdna_msa\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  417 | \n      `t_coffee -other_pg seq_reformat -in $clean_cdn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  418 | a_seq -in2 $msa -action +thread_dna_on_prot_aln -o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  419 | utput fasta_aln  >$msa2`;\n     $msa=$msa2;\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  420 |     \n    $input=\"msa\";\n  }\n\n\n\n$seqboot_o=&\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  421 | vtmpnam();\n$seqboot_c=&vtmpnam();\n\n$protdist_o=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  422 | &vtmpnam();\n$protdist_c=&vtmpnam();\nif ( $input \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  423 | eq \"msa\")\n  {\n    if ($tmode eq \"nj\" || $tmo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  424 | de eq \"upgma\"){$input=\"matrix\";}\n    \n    $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  425 | msa= &vtmpnam ();\n    `t_coffee -other_pg seq_ref\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  426 | ormat -in $msa -output phylip_aln > $lmsa`;\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  427 | n    if ( -e \"outfile\"){unlink (\"outfile\");}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  428 |     # run seqboot\n  \n    if ( $n>1)\n      {\n        p\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  429 | rint \"Run SeqBoot .....\";\n   open (F, \">$seqboot\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  430 | _c\");\n        print F \"$lmsa\\nR\\n$n\\nY\\n$seed\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  431 | ;\n     close (F);\n    `seqboot$exec_extension  < $seqbo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  432 | ot_c`;\n        if ( -e \"outfile\"){ print \"[OK]\\n\";}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  433 | \n      else { print \"[FAILED]\\n\";&my_exit (EXIT_FAI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  434 | LURE);}\n       `mv outfile $seqboot_o`;\n      }\n    e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  435 | lse\n      {\n  `cp $lmsa $seqboot_o`;\n      }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  436 |     if ($rmsa){`cp $seqboot_o $rmsa`;}\n    \n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  437 | if ($tmode eq \"nj\" || $tmode eq \"upgma\")\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  438 |   {\n   if ( $stype eq \"prot\")\n        {\n       # run p\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  439 | rotdist\n           print \"Run Protdist [dmode=$dmode]\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  440 | ";\n        if ($dmode eq \"kimura\")\n       {\n               $d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  441 | mode=\"P\\nP\\nP\";\n         }\n           else\n            {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  442 | \n              print \"\\n$dmode is an unknown mode for Protd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  443 | ist [FATAL:msa2bootstrap.pl]\\n\";\n            &my_exit (EX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  444 | IT_FAILURE);\n        }\n           open (F, \">$protdist\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  445 | _c\");\n            if ($n>1){print F \"$seqboot_o\\n$dmo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  446 | de\\nM\\nD\\n$n\\nY\\n\";}\n        else {printf F \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  447 | $seqboot_o\\n$dmode\\nY\\n\";}\n            close (F);\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  448 |     `protdist$exec_extension  < $protdist_c`;\n   \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  449 |   if ( -e \"outfile\"){ print \"[OK]\\n\";}\n       \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  450 | else { print \"[FAILED]\\n\";&my_exit (EXIT_FAILUR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  451 | E);}\n      `mv outfile $protdist_o`;\n  \n       }\n   e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  452 | lsif ( $stype eq \"cdna\" || $stype eq \"dna\")\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  453 |   {\n       print \"Run dnadist [dmode=default\";\n     \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  454 |     open (F, \">$protdist_c\");\n           if ($n>1){pr\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  455 | int F \"$seqboot_o\\nM\\nD\\n$n\\nY\\n\";}\n        e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  456 | lse {printf F \"$seqboot_o\\nY\\n\";}\n     close \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  457 | (F);\n      `protdist$exec_extension  < $protdist_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  458 | `;\n        if ( -e \"outfile\"){ print \"[OK]\\n\";}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  459 | \n          else { print \"[FAILED]\\n\";&my_exit (EXIT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  460 | _FAILURE);}\n       `mv outfile $protdist_o`;\n   }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  461 | n      }\n  }\nelsif ( $input eq \"matrix\")\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  462 | n    $protdist_o=&vtmpnam();\n    print \"MSA: $ms\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  463 | a\\n\";\n    `cp $msa $protdist_o`;\n    $n=1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  464 | }\n\n\n\n\n\n$nb_o=&vtmpnam();\n$nb_c=&vtmpnam();\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  465 | nif ($input eq \"matrix\" && $tmode ne \"parsimony\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  466 | \" && $tmode ne \"ml\")\n  {\n    print \"Run neig\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  467 | hbor [tmode=$tmode]\";\n\n    if ($tmode eq \"nj\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  468 | )\n      {\n    $tmode=\"\\nN\\nN\";\n      }\n    el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  469 | sif ( $tmode eq \"upgma\")\n      {\n   $tmode = \"\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  470 | \nN\";\n      }\n    else\n      {\n    print \"\\n E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  471 | RROR: $tmode is an unknown tree computation mode\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  472 | n\";\n  &my_exit (EXIT_FAILURE);\n      }\n\n    op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  473 | en (F, \">$nb_c\");\n    if ($n>1){print F \"$prot\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  474 | dist_o$tmode\\nM\\n$n\\n$seed\\nY\\n\";}\n    else\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  475 |  {print F \"$protdist_o$tmode\\nY\\n\";}\n    clos\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  476 | e (F);\n\n    `neighbor$exec_extension  < $nb_c`;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  477 | n    if ( -e \"outtree\"){ print \"[Neighbor OK]\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  478 | n\";}\n    else { print \"[FAILED]\\n\";&my_exit (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  479 | EXIT_FAILURE);}\n    `mv outtree $nb_o`;\n    unli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  480 | nk (\"outfile\");\n  }\nelsif ($input eq \"msa\" &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  481 | & $tmode eq \"parsimony\")\n  {\n    if ( -e \"out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  482 | file\"){unlink (\"outfile\");}\n    if ( -e \"outt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  483 | ree\"){unlink (\"outtree\");}\n    \n    if ($styp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  484 | e eq \"prot\")\n      {\n       print \"Run protpars [tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  485 | ode=$tmode]\";\n        open (F, \">$nb_c\");\n if ($n>1)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  486 | {print F \"$seqboot_o\\nM\\nD\\n$n\\n$seed\\n10\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  487 | Y\\n\";}\n      else {print F \"$seqboot_o\\nY\\n\";}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  488 |         close (F);\n    `protpars$exec_extension  < $nb_c`;\\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  489 | n      }\n    elsif ( $stype eq \"dna\" || $stype \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  490 | eq \"cdna\")\n      {\n print \"Run dnapars [tmode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  491 | =$tmode]\";\n   open (F, \">$nb_c\");\n if ($n>1){pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  492 | int F \"$seqboot_o\\nM\\nD\\n$n\\n$seed\\n10\\nY\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  493 | n\";}\n else {print F \"$seqboot_o\\nY\\n\";}\n cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  494 | ose (F);\n      `dnapars$exec_extension  < $nb_c`;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  495 |    }\n    if ( -e \"outtree\"){ print \"[OK]\\n\";\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  496 | }\n    else { print \"[FAILED]\\n\";&my_exit (EXIT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  497 | _FAILURE);}\n    `mv outtree $nb_o`;\n   unlink (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  498 | "outfile\");\n  }\nelsif ($input eq \"msa\" && $tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  499 | ode eq \"ml\")\n  {\n    if ( -e \"outfile\"){unli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  500 | nk (\"outfile\");}\n    if ( -e \"outtree\"){unlin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  501 | k (\"outtree\");}\n    \n    if ($stype eq \"prot\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  502 | ")\n      {\n   print \"Error: ML impossible with Pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  503 | otein Sequences [ERROR]\";\n    &my_exit (EXIT_FAILUR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  504 | E);\n      }\n    elsif ( $stype eq \"dna\" || $st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  505 | ype eq \"cdna\")\n      {\n     print \"Run dnaml [tmo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  506 | de=$tmode]\";\n open (F, \">$nb_c\");\n if ($n>1){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  507 | print F \"$seqboot_o\\nM\\nD\\n$n\\n$seed\\n10\\nY\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  508 | \\n\";}\n       else {print F \"$seqboot_o\\nY\\n\";}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  509 | close (F);\n    `dnaml$exec_extension  < $nb_c`;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  510 |    }\n    if ( -e \"outtree\"){ print \"[OK]\\n\";\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  511 | }\n    else { print \"[FAILED]\\n\";&my_exit (EXIT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  512 | _FAILURE);}\n    `mv outtree $nb_o`;\n   unlink (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  513 | "outfile\");\n  }\n\n\nelse\n  {\n    `cp $msa $nb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  514 | _o`;\n    $n=2;\n  }\n\nif ($rmsa && -e $seqboot_o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  515 | ){print \"\\nOutput List of $n Replicate MSA: $rms\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  516 | a\\n\";`cp $seqboot_o $rmsa`;}\nif ($rmat && -e $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  517 | rotdist_o){print \"\\nOutput List of $n Replicate \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  518 | MATRICES: $rmat\\n\";`cp $protdist_o $rmat`;}\nif \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  519 | ($rtree && -e $nb_o){print \"\\nOutput List of $n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  520 | Replicate TREES: $rtree\\n\";`cp $nb_o $rtree`;}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  521 | \n\n\n$con_o=&vtmpnam();\n$con_c=&vtmpnam();\nif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  522 | $n >1)\n  {\n    print \"Run Consense.....\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  523 |  open (F, \">$con_c\");\n    print F \"$nb_o\\nY\\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  524 | n\";\n    close (F);\n    `consense$exec_extension\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  525 |   < $con_c`;\n    if ( -s \"outtree\"  > 0) { prin\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  526 | t \"[OK]\\n\";}\n    else { print \"[FAILED]\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  527 | &my_exit (EXIT_FAILURE);}\n    `mv outtree $con_o`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  528 | ;\n    unlink (\"outfile\");\n  }\nelse\n  {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  529 | `cp $nb_o $con_o`;\n  }\n\n\n`cp $con_o $out`;\nif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  530 |  ( !-e $out)\n  {\n    print \"Tree Computation fa\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  531 | iled [FAILED]\\n\";\n    &my_exit (EXIT_FAILURE);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  532 | n  }\nelsif ($n>1)\n  {\n    print \"\\nOutput Boo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  533 | tstrapped Tree: $out\\n\";\n    $avg=`t_coffee -ot\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  534 | her_pg seq_reformat -in $out -action +avg_bootstra\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  535 | p`;\n    $avg=~s/\\n//g;\n    print \"$avg\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  536 |   }\nelse\n  {\n    print \"\\nOutput Tree: $out\\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  537 | n\";\n  }\n\nopen (F, \"$out\");\nwhile (<F>)\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  538 | \n    \n    $tree.=$_;\n  }\nclose (F);\n$tree=~s/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  539 | \\n//g;\nprint \"BPH: $tree\\n\";\n\n\n&my_exit (E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  540 | XIT_SUCCESS);\n\nsub my_exit \n  {\n    my $m=@_[0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  541 | ];\n    &clean_vtmpnam();\n    exit ($m);\n  }\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  542 | b vtmpnam \n  {\n    my $file;\n\n\n    $ntmp++;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  543 |     $file=\"tmp4msa2bootstrap.$rseed.$$.$ntmp\";\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  544 |     \n    push (@tmpfile, $file);\n    return $fil\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  545 | e;\n  }\nsub clean_vtmpnam \n  {\n    my $t;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  546 | foreach $t (@tmpfile)\n      {\n        if ( -e $t){unlin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  547 | k ($t)};\n      }\n  }\n","use Env;\nuse FileHandl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~               
./perl_header_lib.h:547:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  547 | k ($t)};\n      }\n  }\n","use Env;\nuse FileHandl\
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  548 | e;\nuse Cwd;\nuse File::Path;\nuse Sys::Hostname;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  549 | n\n\nour $PIDCHILD;\nour $ERROR_DONE;\nour @TMPFIL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  550 | E_LIST;\nour $EXIT_FAILURE=1;\nour $EXIT_SUCCESS=0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  551 | ;\n\nour $REFDIR=getcwd;\nour $EXIT_SUCCESS=0;\nou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  552 | r $EXIT_FAILURE=1;\n\nour $PROGRAM=\"tc_generic_me\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  553 | thod.pl\";\nour $CL=$PROGRAM;\n\nour $CLEAN_EXIT_S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  554 | TARTED;\nour $debug_lock=$ENV{\"DEBUG_LOCK\"};\nou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  555 | r $debug_generic_method=$ENV{\"DEBUG_GENERIC_METHO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  556 | D\"};\nour $LOCKDIR=$ENV{\"LOCKDIR_4_TCOFFEE\"};\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  557 | if (!$LOCKDIR){$LOCKDIR=getcwd();}\nour $ERRORDIR=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  558 | $ENV{\"ERRORDIR_4_TCOFFEE\"};\nour $ERRORFILE=$ENV\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  559 | {\"ERRORFILE_4_TCOFFEE\"};\n&set_lock ($$);\nif (i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  560 | sshellpid(getppid())){lock4tc(getppid(), \"LLOCK\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  561 | , \"LSET\", \"$$\\n\");}\nour %RECODE;\nour $RECOD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  562 | E_N;\n\n\n\n\nour $BLAST_MAX_NRUNS=2;\nour $COMMAN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  563 | D;\nour $PIDCHILD;\n\n$REF_EMAIL=\"\";\n$tmp_dir=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  564 | "\";\n$init_dir=\"\";\n\n\n$test=0;\nif ($test==1)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  565 | \n  {\n    $SERVER=\"NCBI\";\n    $query=$ARGV[0];\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  566 | \n    $hitf=$ARGV[1];\n    %s=read_fasta_seq($quer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  567 | y);\n    @sl=keys(%s);\n    &blast_xml2profile (\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  568 | xx\", $s{$sl[0]}{seq},$maxid,$minid,$mincov, $hitf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  569 | );\n    myexit ($EXIT_FAILURE);\n  }\n\nforeach $v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  570 | (@ARGV){$cl.=\"$v \";}\n$COMMAND=$cl;\n($mode)=&my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  571 | _get_opt ( $cl, \"-mode=\",1,0);\n\n($A)=(&my_get_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  572 | opt ( $cl, \"-name1=\",0,0));\n($B)=(&my_get_opt (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  573 |  $cl, \"-name2=\",0,0));\n($TMPDIR)=(&my_get_opt (\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  574 |  $cl, \"-tmpdir=\",0,0));\n($CACHE)=(&my_get_opt (\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  575 |  $cl, \"-cache=\",0,0));\n($SERVER)=((&my_get_opt \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  576 | ( $cl, \"-server=\",0,0)));\n($EMAIL)=((&my_get_op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  577 | t ( $cl, \"-email=\",0,0)));\n\nif (!$A){$A=\"A\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  578 | }\nif (!$B){$B=\"B\";}\n\n\nif (!$TMPDIR)\n  {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  579 |   $HOME=$ENV{HOME};\n    if ($ENV{TMP_4_TCOFFEE}){\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  580 | $TMPDIR=$ENV{TMP_4_TCOFFEE};}\n    else{$TMPDIR=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  581 | $HOME/.t_coffee/tmp/\";}\n  }\nif ( ! -d $TMPDIR)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  582 | n  {\n    mkdir $TMPDIR;\n  }\nif ( ! -d $TMPDIR)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  583 | n  {\n    print \"ERROR: Could not create temporar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  584 | y dir: $TMPDIR\\n\";\n    myexit ($EXIT_FAILURE);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  585 | n  }\n\n$EMAIL=~s/XEMAILX/\\@/g;\nif (!$EMAIL)\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  586 | {\n    if ($ENV{EMAIL_4_TCOFFEE}){$EMAIL=$ENV{EMAI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  587 | L_4_TCOFFEE};}\n    elsif ($ENV{EMAIL}){$EMAIL=$EN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  588 | V{EMAIL};}\n    else {$EMAIL=$REF_EMAIL;}\n  }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  589 | ($maxid,$minid,$mincov,$trim)=(&my_get_opt ( $cl, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  590 | \"-maxid=\",0,0, \"-minid=\",0,0,\"-mincov=\",0,0,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  591 |  \"-trim=\",0,0));\n\nif (!$cl=~/\\-maxid\\=/){$ma\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  592 | xid=95;}\nif (!$cl=~/\\-minid\\=/){$minid=35;}\nif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  593 |  (!$cl=~/\\-mincov\\=/){$mincov=80;}\nif (!$cl=~/\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  594 | \-trim\\=/){$trim;}\n\n\n\n\nif ($mode eq \"seq_ms\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  595 | a\")\n  {\n    &seq2msa($mode,&my_get_opt ( $cl, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  596 | "-infile=\",1,1, \"-method=\",1,2, \"-param=\",0,0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  597 | ,\"-outfile=\",1,0, \"-database=\",0,0));\n  }\nel\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  598 | sif ($mode eq \"blast2prf\")\n  {\n\n    blast2prf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  599 |  (&my_get_opt ( $cl, \"-infile=\",0,0,\"-seqfile=\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  600 | ",0,0,\"-outfile=\",0,0));\n  }\nelsif ( $mode eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  601 | \"tblastx_msa\")\n  {\n    &seq2tblastx_lib ($mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  602 | ,&my_get_opt ( $cl, \"-infile=\",1,1, \"-outfile=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  603 | ",1,0));\n  }\nelsif ( $mode eq \"tblastpx_msa\")\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  604 | n  {\n    &seq2tblastpx_lib ($mode,&my_get_opt ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  605 | cl, \"-infile=\",1,1, \"-outfile=\",1,0));\n  }\ne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  606 | lsif ( $mode eq \"thread_pair\")\n  {\n    &seq2th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  607 | read_pair($mode,&my_get_opt ( $cl, \"-infile=\",1,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  608 | 1, \"-pdbfile1=\",1,1, \"-method=\",1,2,\"-param=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  609 | ",0,0, \"-outfile=\",1,0, ));\n  }\nelsif ( $mode \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  610 | eq \"pdbid_pair\")\n  {\n    &seq2pdbid_pair($mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  611 | ,&my_get_opt ( $cl, \"-pdbfile1=\",1,0, \"-pdbfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  612 | 2=\",1,0, \"-method=\",1,2,\"-param=\",0,0, \"-out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  613 | file=\",1,0, ));\n  }\nelsif ( $mode eq \"pdb_pair\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  614 | \")\n  {\n    &seq2pdb_pair($mode,&my_get_opt ( $c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  615 | l, \"-pdbfile1=\",1,1, \"-pdbfile2=\",1,1, \"-meth\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  616 | od=\",1,2,\"-param=\",0,0, \"-outfile=\",1,0, ));\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  617 | n  }\nelsif ( $mode eq \"rnapdb_pair\")\n{\n    &s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  618 | eq2rnapdb_pair($mode,&my_get_opt ( $cl, \"-pdbfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  619 | 1=\",1,1, \"-pdbfile2=\",1,1, \"-method=\",1,2,\"-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  620 | param=\",0,0, \"-outfile=\",1,0, ));\n}\nelsif ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  621 | mode eq \"profile_pair\")\n  {\n     &seq2profile_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  622 | pair($mode,&my_get_opt ( $cl, \"-profile1=\",1,1, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  623 | \"-profile2=\",1,1, \"-method=\",1,2,\"-param=\",0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  624 | ,0, \"-outfile=\",1,0 ));\n  }\nelsif ($mode eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  625 | pdb_template_test\")\n  {\n    &blast2pdb_template\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  626 | _test ($mode,&my_get_opt ( $cl, \"-infile=\",1,1))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  627 | ;\n\n  }\nelsif ($mode eq \"psi_template_test\")\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  628 |   {\n    &psiblast2profile_template_test ($mode,&m\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  629 | y_get_opt ( $cl, \"-seq=\",1,1,\"-blast=\",1,1));\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  630 | n\n  }\n\nelsif ( $mode eq \"pdb_template\")\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  631 | n    &blast2pdb_template ($mode,&my_get_opt ( $cl,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  632 |  \"-infile=\",1,1, \"-database=\",1,0, \"-method=\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  633 | ",1,0, \"-outfile=\",1,0,\"-pdb_type=\",1,0));\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  634 | }\n\nelsif ( $mode eq \"profile_template\")\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  635 | \n    &seq2profile_template ($mode,&my_get_opt ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  636 | cl, \"-infile=\",1,1, \"-database=\",1,0, \"-metho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  637 | d=\",1,0, \"-outfile=\",1,0));\n  }\nelsif ( $mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  638 |  eq \"psiprofile_template\")\n  {\n    &seq2profil\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  639 | e_template ($mode,&my_get_opt ( $cl, \"-infile=\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  640 | 1,1, \"-database=\",1,0, \"-method=\",1,0, \"-outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  641 | ile=\",1,0));\n  }\nelsif ( $mode eq \"RNA_templat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  642 | e\")\n  {\n    &seq2RNA_template ($mode,&my_get_op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  643 | t ( $cl, \"-infile=\",1,1,\"-pdbfile=\",1,1,\"-out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  644 | file=\",1,0));\n  }\nelsif ( $mode eq \"tm_templat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  645 | e\")\n  {\n    &seq2tm_template ($mode,&my_get_opt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  646 |  ( $cl, \"-infile=\",1,1,\"-arch=\",1,1,\"-psv=\",\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  647 | 1,1, \"-outfile=\",1,0));\n  }\nelsif ( $mode eq \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  648 | "psitm_template\")\n  {\n    &seq2tm_template ($mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  649 | de,&my_get_opt ( $cl, \"-infile=\",1,1, \"-arch=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  650 | ,1,1,\"-psv=\",1,1, \"-outfile=\",1,0,\"-database=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  651 | \",1,0));\n  }\nelsif ( $mode eq \"ssp_template\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  652 | \n  {\n    &seq2ssp_template ($mode,&my_get_opt ( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  653 | $cl, \"-infile=\",1,1,\"-seq=\",1,1,\"-obs=\",1,1,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  654 |  \"-outfile=\",1,0));\n  }\nelsif ( $mode eq \"psi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  655 | ssp_template\")\n  {\n    &seq2ssp_template ($mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  656 | ,&my_get_opt ( $cl, \"-infile=\",1,1,\"-seq=\",1,1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  657 | ,\"-obs=\",1,1, \"-outfile=\",1,0));\n  }\n\n\n\ne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  658 | lse\n  {\n    myexit(flush_error( \"$mode is an un\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  659 | known mode of tc_generic_method.pl\"));\n  }\nmyex\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  660 | it ($EXIT_SUCCESS);\n\n\nsub seq2ssp_template\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  661 | \n  my ($mode, $infile,$gor_seq,$gor_obs,$outfile)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  662 | =@_;\n  my %s, %h;\n  my $result;\n  my (@profiles\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  663 | );\n  &set_temporary_dir (\"set\",$infile,\"seq.pe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  664 | p\");\n  %s=read_fasta_seq (\"seq.pep\");\n\n\n  o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  665 | pen (R, \">result.aln\");\n\n  #print stdout \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  666 | \";\n  foreach $seq (keys(%s))\n    {\n\n      ope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  667 | n (F, \">seqfile\");\n      $s{$seq}{seq}=uc$s{$se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  668 | q}{seq};\n      print (F \">$s{$seq}{name}\\n$s{$s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  669 | eq}{seq}\\n\");\n      close (F);\n      $lib_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  670 | =\"$s{$seq}{name}.ssp\";\n      $lib_name=&clean_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  671 | ile_name ($lib_name);\n\n      if ($mode eq \"ssp_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  672 | template\"){&seq2gor_prediction ($s{$seq}{name},$s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  673 | {$seq}{seq}, \"seqfile\", $lib_name,$gor_seq, $gor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  674 | _obs);}\n      elsif ($mode eq \"psissp_template\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  675 | )\n     {\n       &seq2msa_gor_prediction ($s{$seq}{name},\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  676 | $s{$seq}{seq},\"seqfile\", $lib_name,$gor_seq, $go\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  677 | r_obs);\n       }\n\n      if ( !-e $lib_name)\n        {\n       m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  678 | yexit(flush_error(\"GORIV failed to compute the se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  679 | condary structure of $s{$seq}{name}\"));\n        myexi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  680 | t ($EXIT_FAILURE);\n    }\n      else\n {\n       print s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  681 | tdout \"!\\tProcess: >$s{$seq}{name} _E_ $lib_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  682 |  \\n\";\n         print R \">$s{$seq}{name} _E_ $lib_nam\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  683 | e\\n\";\n       }\n      unshift (@profiles, $lib_name);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  684 | \n    }\n  close (R);\n  &set_temporary_dir (\"uns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  685 | et\",$mode, $method,\"result.aln\",$outfile, @prof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  686 | iles);\n}\n\nsub seq2tm_template\n  {\n  my ($mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  687 | ,$infile,$arch,$psv,$outfile,$db)=@_;\n  my %s, %h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  688 | ;\n  my $result;\n  my (@profiles);\n  &set_tempor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  689 | ary_dir (\"set\",$infile,\"seq.pep\");\n  %s=read_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  690 | fasta_seq (\"seq.pep\");\n\n\n  open (R, \">result\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  691 | .aln\");\n\n  #print stdout \"\\n\";\n  foreach $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  692 | eq (keys(%s))\n    {\n      open (F, \">seqfile\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  693 | ;\n      print (F \">$s{$seq}{name}\\n$s{$seq}{seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  694 | }\\n\");\n      close (F);\n      $lib_name=\"$s{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  695 | seq}{name}.tmp\";\n      $lib_name=&clean_file_nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  696 | e ($lib_name);\n\n      if ($mode eq \"tm_template\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  697 | \")\n   {\n       &safe_system (\"t_coffee -other_pg fas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  698 | ta_seq2hmmtop_fasta.pl -in=seqfile -out=$lib_name \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  699 | -arch=$arch -psv=$psv\");\n     }\n      elsif ( $mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  700 |  eq \"psitm_template\")\n       {\n       &seq2msa_tm_predic\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  701 | tion ($s{$seq}{name},$s{$seq}{seq}, $db, \"seqfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  702 | \", $lib_name,$arch, $psv);\n   }\n      if ( !-e $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  703 | ib_name)\n      {\n       myexit(flush_error(\"hmmtop faile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  704 | d to compute the secondary structure of $s{$seq}{n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  705 | ame}\"));\n       myexit ($EXIT_FAILURE);\n     }\n      e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  706 | lse\n   {\n       print stdout \"!\\tProcess: >$s{$seq}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  707 | name} _T_ $lib_name\\n\";\n       print R \">$s{$seq}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  708 | name} _T_ $lib_name\\n\";\n     }\n      unshift (@pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  709 | files, $lib_name);\n    }\n  close (R);\n  &set_te\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  710 | mporary_dir (\"unset\",$mode, $method,\"result.aln\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  711 | \",$outfile, @profiles);\n}\n\n\n\nsub seq2RNA_tem\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  712 | plate\n  {\n    \n    my ($mode, $infile, $pdbfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  713 | , $outfile)=@_;\n    my %s, %h ;\n    my $result;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  714 | n    my (@profiles);\n    my ($seq_mode, $pdb_mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  715 | , $pwd);\n    \n    #use $seq_mode to estimate the\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  716 |  template of sequences WITHOUT a PDB\n    #use $pd\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  717 | b_mode to estimate the template of sequences WITH \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  718 |    a PDB\n\n    $seq_mode=$ENV{\"SEQ2TEMPLATE4_F_\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  719 | "};\n    $pdb_mode=$ENV{\"PDB2TEMPLATE4_F_\"};\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  720 |   \n    if (!$pdb_mode){$pdb_mode=\"find_pair-p\";\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  721 | }\n    if (!$seq_mode){$seq_mode=\"RNAplfold\";}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  722 |     \n    my $cwd = cwd();\n    &set_temporary_dir\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  723 |  (\"set\",$infile,\"seq.pep\");\n    %s=read_fasta\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  724 | _seq (\"seq.pep\");\n    %pdb_template_h = &read_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  725 | emplate_file($pdbfile);\n    my $pdb_chain;\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  726 | n       \n    open (R, \">result.aln\");\n    #pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  727 | nt stdout \"\\n\";\n    foreach $seq (keys(%s))\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  728 |      {\n        \n      open (F, \">seqfile\");\n       print (F \">\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  729 | $s{$seq}{name}\\n$s{$seq}{seq}\\n\");\n close (F);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  730 | \n      $pdb_chain = $pdb_template_h{$seq};\n   $lib_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  731 | =\"$s{$seq}{name}.rfold\";\n    $lib_name=&clean_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  732 | _name ($lib_name);\n    if ($pdb_template_h{$seq} eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  733 | \"\")\n   {\n       if    ($seq_mode eq \"RNAplfold\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  734 | "){RNAplfold2lib (\"seqfile\", \"$lib_name\");}\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  735 |     elsif ($seq_mode eq \"no\"){$lib_name=0;}\n   \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  736 |   else\n              {\n               myexit(add_error (EXIT_FAILURE\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  737 | ,$$,$$,getppid(), \"seq2RNA_template failure::meth\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  738 | od $seq_mode not available for sequences without P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  739 | DB structures\"));\n          }\n         }\n   elsif ($pdb_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  740 | emplate_h{$seq} ne \"\")\n        {\n       my $pdbf;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  741 |    if    ( -e \"$cwd/$pdb_chain\"   ){$pdbf=\"$cwd\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  742 | /$pdb_chain\"; }\n          elsif ( -e  $pdb_chain     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  743 |     ){$pdbf=\"$pdb_chain\";      }\n        elsif ( -\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  744 | e  \"$CACHE$pdb_chain\" ){$pdbf=\"$CACHE$pdb_chain\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  745 | \";}\n      elsif ( -e  \"$CACHE/$pdb_chain\"){$pdb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  746 | f=\"$CACHE/$pdb_chain\";}\n         else\n            {\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  747 | myexit(flush_error(\"Could not read $pdb_chain \")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  748 | );\n          }\n\n         if($pdb_mode eq \"x3dna-ssr\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  749 | )\n           {\n               x3dnassr2lib (\"seqfile\", \"$pdbf\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  750 | ", \"$lib_name\");\n          }\n           elsif ($pdb_mod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  751 | e eq \"find_pair-p\")\n       {\n               x3dna_find_pair\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  752 | 2lib (\"seqfile\", \"$pdbf\", \"$lib_name\", \"fin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  753 | d_pair -p\");\n       }\n           elsif ($pdb_mode eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  754 | \"find_pair\")\n              {\n               x3dna_find_pair2lib (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  755 | "seqfile\", \"$pdbf\", \"$lib_name\", \"find_pair\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  756 | ");\n         }\n           elsif ($pdb_mode eq \"RNAplfol\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  757 | d\")\n        {\n               RNAplfold2lib (\"seqfile\", \"$l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  758 | ib_name\");\n         }\n           elsif ($pdb_mode eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  759 | no\"){$lib_name=0;}\n       else\n            {\n               myexit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  760 | (add_error (EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(), \"seq2RN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  761 | A_template failure::Could not find method $pdb_mod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  762 | e\"));\n              }\n         }\n   if ($lib_name)\n          {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  763 |   print stdout \"!\\tProcess: >$s{$seq}{name} _F_ \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  764 | $lib_name\\n\";\n           print R \">$s{$seq}{name} _F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  765 | _ $lib_name\\n\";\n         unshift (@profiles, $lib_n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  766 | ame);\n   }\n      }\n    close (R);\n    &set_tem\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  767 | porary_dir (\"unset\",$mode, $method,\"result.aln\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  768 | ",$outfile, @profiles);\n  }\n\n\n\nsub psiblast2p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  769 | rofile_template_test\n  {\n  my ($mode, $seq,$blas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  770 | t)=@_;\n  my %s, %h, ;\n  my ($result,$psiblast_ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  771 | tput,$profile_name,@profiles);\n  my $trim=0;\n  m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  772 | y $maxid=100;\n  my $minid=0;\n  my $mincov=0;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  773 | my $maxcov=100;\n\n  %s=read_fasta_seq ($seq);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  774 | open (R, \">result.aln\");\n\n  #print stdout \"\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  775 | n\";\n  foreach $seq (keys(%s))\n    {\n\n      op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  776 | en (F, \">seqfile\");\n      print (F \">$A\\n$s{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  777 | seq}{seq}\\n\");\n      close (F);\n      $psiblas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  778 | t_output=$blast;\n      if ( -e $psiblast_output)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  779 | n       {\n       %profile=blast_xml2profile($s{$seq}{name},\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  780 |  $s{$seq}{seq},$maxid, $minid,$mincov,$psiblast_ou\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  781 | tput);\n\n\n\n    $profile_name=\"$s{$seq}{name}.pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  782 | f\";\n    $profile_name=&clean_file_name ($profile_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  783 | name);\n          unshift (@profiles, $profile_name);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  784 |  output_profile ($profile_name, \\%profile, $trim)\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  785 | ;\n       print stdout \"!\\tProcess: >$s{$seq}{name} \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  786 | _R_ $profile_name [$profile{n} Seq.] [$SERVER/blas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  787 | t/$db][$CACHE_STATUS]\\n\";\n     print R \">$s{$seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  788 | }{name} _R_ $profile_name\\n\";\n       }\n    }\n  clos\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  789 | e (R);\n\n  die;\n}\nsub seq2profile_template\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  790 |  {\n      my ($mode, $infile, $db, $method, $outfi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  791 | le)=@_;\n      if    ($method eq \"psiblast\"){ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  792 | urn psiblast2profile_template ($mode, $infile, $db\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  793 | , $method, $outfile);}\n      elsif ($method eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  794 | blastp\")   {return psiblast2profile_template ($mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  795 | de, $infile, $db, $method, $outfile);}\n      elsi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  796 | f ($method eq \"hh\")      {return hh2profile_temp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  797 | late ($mode, $infile, $db, $method, $outfile);}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  798 |    }\n\nsub psiblast2profile_template\n  {\n  my (\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  799 | $mode, $infile, $db, $method, $outfile)=@_;\n  my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  800 | %s, %h, ;\n  my ($result,$psiblast_output,$profile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  801 | _name,@profiles);\n  &set_temporary_dir (\"set\",$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  802 | infile,\"seq.pep\");\n  %s=read_fasta_seq (\"seq.p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  803 | ep\");\n  open (R, \">result.aln\");\n\n  #print s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  804 | tdout \"\\n\";\n  foreach $seq (keys(%s))\n    {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  805 |       open (F, \">seqfile\");\n      print (F \">$\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  806 | A\\n$s{$seq}{seq}\\n\");\n      close (F);\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  807 | $psiblast_output=&run_blast ($s{$seq}{name},$metho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  808 | d, $db, \"seqfile\",\"outfile\");\n\n      if ( -e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  809 |  $psiblast_output)\n    {\n       my %profile=blast_xml2p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  810 | rofile($s{$seq}{name}, $s{$seq}{seq},$maxid, $mini\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  811 | d,$mincov,$psiblast_output);\n    unlink ($psiblast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  812 | _output);\n       \n      $profile_name=\"$s{$seq}{name}.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  813 | prf\";\n          $profile_name=&clean_file_name ($profil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  814 | e_name);\n        unshift (@profiles, $profile_name);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  815 |           output_profile ($profile_name, \\%profile, $tri\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  816 | m);\n     \n      print stdout \"!\\tProcess: >$s{$seq}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  817 | {name} _R_ $profile_name [$profile{n} Seq.] [$SERV\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  818 | ER/blast/$db][$CACHE_STATUS]\\n\";\n      print R \">\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  819 | $s{$seq}{name} _R_ $profile_name\\n\";\n          \n      \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  820 |         }\n      \n    }\n  close (R);\n  \n  \n\n  &set_\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  821 | temporary_dir (\"unset\",$mode, $method,\"result.a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  822 | ln\",$outfile, @profiles);\n}\n\nsub hh2profile_te\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  823 | mplate\n  {\n\n  #for each sequence, build a profi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  824 | le, in FASTA, with ungapped querry on top  \n  my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  825 | ($mode, $infile, $db, $method, $outfile)=@_;\n  my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  826 |  %s, %h, ;\n  my ($result,$psiblast_output,$profil\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  827 | e_name,@profiles);\n  &set_temporary_dir (\"set\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  828 | $infile,\"seq.pep\");\n  %s=read_fasta_seq (\"seq.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  829 | pep\");\n  open (R, \">result.aln\");\n  \n  my $h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  830 | h=$ENV{\"HHSEARCH_4_TCOFFEE\"};\n  if (!$hh)\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  831 | {\n      print \"ERROR: HHSEARCH_4_TCOFFEE is not \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  832 | set\\n\";\n      myexit ($EXIT_FAILURE);\n    }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  833 |  \n  #print stdout \"\\n\";\n  foreach $seq (keys(\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  834 | %s))\n    {\n      my ($profile_name, $nseq);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  835 |    open (F, \">seqfile\");\n      print (F \">$A\\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  836 | n$s{$seq}{seq}\\n\");\n      close (F);\n      \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  837 |      #This function should input a querry and a da\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  838 | tabase and return as output a fasta MSA with quesr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  839 | y on top\n      $profile_name=\"$s{$seq}{name}.prf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  840 | \";\n      $profile_name=&clean_file_name ($profil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  841 | e_name);\n      unshift (@profiles, $profile_name)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  842 | ;\n      \n      \n      safe_system  (\"$hh -name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  843 | =$s{$seq}{name} -method=search -db=$db -seq=seqfil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  844 | e -outfile=$profile_name\");\n      if (-e $profil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  845 | e_name){$nseq=fasta2nseq($profile_name);}\n      \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  846 | n      print stdout \"!\\tProcess: >$s{$seq}{name}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  847 |  _R_ $profile_name [$nseq Seq.] [$method/$db][$CAC\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  848 | HE_STATUS]\\n\";\n      print R \">$s{$seq}{name} \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  849 | _R_ $profile_name\\n\";\n    }\n  close (R);\n  &s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  850 | et_temporary_dir (\"unset\",$mode, $method,\"resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  851 | t.aln\",$outfile, @profiles);\n}\n\nsub blast2pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  852 | template_test\n    {\n      my ($mode,$infile)=@_;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  853 | \n      my ($maxid,$minid,$mincov);\n      $maxid=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  854 | 100;\n      $minid=0;\n      $mincov=0;\n\n      p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  855 | rint \"$infile\\n\";\n\n      %p=blast_xml2profile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  856 | ($s{$seq}{name}, $s{$seq}{seq},$maxid, $minid,$min\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  857 | cov,$infile);\n      $c=1;\n      print stdout \"!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  858 | \\tProcess: >$s{$seq}{name} [$SERVER/blast/$db][$C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  859 | ACHE_STATUS]\\n\";\n      while (!$found && $c<$p{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  860 | n})\n   {\n       $pdbid=&id2pdbid($p{$c}{identifyer});\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  861 | n         if ( length ($pdbid)>5){$pdbid=id2pdbid($p{$c}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  862 | {definition});}\n\n       if ( length ($pdbid)>5)\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  863 |   {\n         myexit(add_error (EXIT_FAILURE,$$,$$,g\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  864 | etppid(), \"BLAST_FAILURE::Could Not Parse PDBID (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  865 | $p{$c}{identifyer},$p{$c}{definition})\"));\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  866 | }\n\n\n   if (!&pdb_is_released($pdbid))\n          {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  867 |               print stdout \"\\t\\t**$pdbid [WARNIG: PDB \
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  868 | NOT RELEASED or WITHDRAWN]\\n\";\n            $c++;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  869 |    }\n    elsif (!&pdb_has_right_type ($pdbid,$type\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  870 | ))\n        {\n       my $ptype=&pdb2type ($pdbid);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  871 |               my $etype=&type2etype($type);\n\n       pri\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  872 | nt stdout \"\\t\\t**$pdbid [$ptype cannot be used \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  873 | (expected: $etype)]\\n\";\n           $c++;\n       }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  874 |   else\n            {\n       $found=1;\n           }\n }\n\n  \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  875 |     if ($found)\n       {\n       print stdout \"\\t\\t >$s{\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  876 | $seq}{name} _P_ $pdbid\\n\";\n  }\n      else\n {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  877 |           print stdout \"\\t\\t >$s{$seq}{name} No Templa\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  878 | te Selected\\n\";\n     }\n      die;\n    }\nsub blas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  879 | t2pdb_template\n  {\n  my ($mode, $infile, $db, $m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  880 | ethod, $outfile,$type)=@_;\n  my %s, %h, ;\n  my (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  881 | $result,$blast_output);\n  &set_temporary_dir (\"s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  882 | et\",$infile,\"seq.pep\");\n  %s=read_fasta_seq (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  883 | "seq.pep\");\n  open (R, \">result.aln\");\n\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  884 | #print stdout \"\\n\";\n  foreach $seq (keys(%s))\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  885 | n    {\n      my $c;\n      my $found;\n\n      op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  886 | en (F, \">seqfile\");\n      print (F \">$A\\n$s{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  887 | seq}{seq}\\n\");\n      close (F);\n\n      $blast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  888 | _output=&run_blast ($s{$seq}{name},$method, $db, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  889 | "seqfile\",\"outfile\");\n\n      %p=blast_xml2pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  890 | file($s{$seq}{name}, $s{$seq}{seq},$maxid, $minid,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  891 | $mincov,$blast_output);\n      unlink ($blast_outp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  892 | ut);\n\n      $c=1;\n      print stdout \"!\\tProc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  893 | ess: >$s{$seq}{name} [$SERVER/blast/$db][$CACHE_ST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  894 | ATUS]\\n\";\n      while (!$found && $c<$p{n})\n        {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  895 | \n        $pdbid=&id2pdbid($p{$c}{identifyer});\n         if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  896 | ( length ($pdbid)>5){$pdbid=id2pdbid($p{$c}{defini\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  897 | tion});}\n\n      if ( length ($pdbid)>5)\n         {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  898 |      myexit(add_error (EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  899 | ), \"BLAST_FAILURE::Could Not Parse PDBID ($p{$c}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  900 | identifyer},$p{$c}{definition})\"));\n      }\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  901 |           if (!&pdb_is_released($pdbid))\n          {\n       \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  902 | print stdout \"\\t\\t**$pdbid [PDB NOT RELEASED or\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  903 |  WITHDRAWN]\\n\";\n           $c++;\n       }\n   elsif \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  904 | (!&pdb_has_right_type ($pdbid,$type))\n     {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  905 |     my $ptype=&pdb2type ($pdbid);\n           my $etyp\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  906 | e=&type2etype($type);\n\n             print stdout \"\\t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  907 | \\t**$pdbid [$ptype cannot be used (expected: $ety\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  908 | pe)]\\n\";\n          $c++;\n       }\n   else\n            {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  909 | n             $found=1;\n           }\n }\n\n      if ($found)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  910 | \n      {\n       print R \">$s{$seq}{name} _P_ $pdbid\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  911 | ;\n       print stdout \"\\t\\t >$s{$seq}{name} _P_ $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  912 | dbid\\n\";\n    }\n      else\n {\n       print R \">$s{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  913 | seq}{name}\\n\";\n        print stdout \"\\t\\t >$s{$se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  914 | q}{name} No Template Selected\\n\";\n   }\n    }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  915 | close (R);\n  &set_temporary_dir (\"unset\",$mode,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  916 |  $method,\"result.aln\",$outfile);\n}\nsub type2et\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  917 | ype\n  {\n    my $type=shift;\n    my $etype;\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  918 |    if ( $type=~/n/){$etype.=\"NMR \";}\n    if ( $\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  919 | type=~/d/){$etype.=\"diffraction \";}\n if ( $type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  920 | =~/e/){$etype.=\"EM \";}\n    if ( $type=~/m/){$et\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  921 | ype.=\"model \";}\n    return $etype;\n  }\nsub pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  922 | b2type\n  {\n     my $pdb=shift;\n     my $f=vtmpn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  923 | am();\n\n     my $value= &safe_system (\"t_coffee \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  924 | -other_pg extract_from_pdb -model_type $pdb > $f\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  925 | );\n     my $r=&file2string ($f);\n     chomp($r);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  926 | \n     return $r;\n   }\nsub pdb_has_right_type\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  927 |  {\n    my $pdb=shift;\n    my $type=shift;\n\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  928 |  my $f=vtmpnam();\n\n    my $value= &safe_system (\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  929 | \"t_coffee -other_pg extract_from_pdb -model_type \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  930 | $pdb > $f\");\n    my $r=&file2string ($f);\n    c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  931 | homp($r);\n\n\n    if ( $r eq \"NMR\" && $type=~/n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  932 | /){return 1;}\n    elsif ( $r eq \"diffraction\" &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  933 | & $type=~/d/){return 1;}\n      elsif ( $r eq \"EM\" &&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  934 |  $type=~/e/){return 1;}\n    elsif ( $r eq \"model\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  935 | \" && $type=~/m/){return 1;}\n    else {return 0;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  936 | \n  }\nsub pdb_is_released\n  {\n    my $pdb=shift\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  937 | ;\n    my $f=vtmpnam();\n\n    $value= &safe_syste\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  938 | m (\"t_coffee -other_pg extract_from_pdb -is_relea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  939 | sed_pdb_name $pdb > $f\");\n    my $r=&file2string\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  940 |  ($f);\n    chomp($r);\n    return $r;\n  }\nsub b\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  941 | last_msa\n  {\n    my ($blast,$infile,$db,$outfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  942 | )=@_;\n    my ($a, %s1, %s, %qs, %qs1);\n    my $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  943 | eqfile;\n    my $SEQ=new FileHandle;\n    my $seqf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  944 | ile=\"seqfile\";\n    my @txt;\n\n\n    %s1=&read_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  945 | fasta_seq ($db);\n    %s=&fasta_hash2index_hash(%s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  946 | 1);\n    %qs1=&read_fasta_seq ($infile);\n    %qs=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  947 | &fasta_hash2index_hash(%qs1);\n\n\n    #&safe_syst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  948 | em (\"formatdb -i $db\");\n    if ($blast eq \"bla\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  949 | stp\"){&safe_system  (\"blastall -i $infile -d $db\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  950 |  -m7 -p blastp -o io\");}\n    elsif ($blast eq \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  951 | blastn\"){&safe_system  (\"blastn -query $infile -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  952 | db $db -outfmt 5 -word_size 4 -out io\");}\n\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  953 | &set_blast_type (\"io\");\n\n\n    my %FB=&xml2tag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  954 | _list (\"io\", \"Iteration\");\n    open (F, \">$o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  955 | utfile\");\n    print F \"! TC_LIB_FORMAT_01\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  956 | \n    print F \"$s{n}\\n\";\n    for ( my $a=0; $a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  957 | <$s{n}; $a++)\n      {\n        print F \"$s{$a}{name} $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  958 | {$a}{len} $s{$a}{seq}\\n\";\n      }\n\n\n    for \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  959 | ( my $a=0; $a<$FB{n}; $a++)\n      {\n  my %p=blast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  960 | _xml2profile ($qs{$a}{name}, $qs{$a}{seq},100, 0, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  961 | 0, $FB{$a}{body});\n    my $query=$p{0}{name};\n        my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  962 | i= $s1{$query}{order}+1;\n      for (my $b=1; $b<$p{n};\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  963 |  $b++)\n          {\n       my $l=length ($p{$b}{Qseq});\n      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  964 |     my $hit=$p{$b}{definition};\n           my $Qstart=$\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  965 | p{$b}{Qstart};\n            my $Hstart=$p{$b}{Hstart};\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  966 |     my $identity=$p{$b}{identity};\n        my @lrQ=s\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  967 | plit (//,$p{$b}{Qseq});\n           my @lrH=split (//,$p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  968 | {$b}{Hseq});\n\n            my $j= $s1{$hit}{order}+1;\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  969 |     #if ( $j==$i){next;}\n          printf F \"# %d %d\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  970 | \n\", $i, $j;\n     #  print  F \"\\n$p{$b}{Qseq} \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  971 | ($Qstart)\\n$p{$b}{Hseq} ($Hstart)\";\n     for ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  972 | c=0; $c<$l; $c++)\n           {\n               my $rQ=$lrQ[$c];\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  973 |         my $rH=$lrH[$c];\n              my $n=0;\n\n            if ($rQ ne \"-\\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  974 | "){$n++, $Qstart++;}\n          if ($rH ne \"-\"){$n++; $H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  975 | start++;}\n\n           if ( $n==2)\n             {\n               printf F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  976 | \"\\t%d %d %d\\n\", $Qstart-1, $Hstart-1,$identity\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  977 | ;\n               }\n         }\n         }\n      }\n    print F \"!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  978 |  SEQ_1_TO_N\\n\";\n    close (F);\n    return $out\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  979 | put;\n  }\n\nsub blast_msa_old\n  {\n    my ($infi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  980 | le,$outfile)=@_;\n    my ($a, %seq);\n    %s1=&rea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  981 | d_fasta_seq ($infile);\n    foreach $s (keys (%s1)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  982 | )\n      {\n    $i=$s1{$s}{order};\n    $s{$i}{name}=$s;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  983 | \n      $s{$i}{seq}=$s1{$s}{seq};\n     $s{$i}{len}=length(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  984 |  $s{$i}{seq});\n        $s{n}++;\n      }\n    &safe_syst\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  985 | em (\"formatdb -i $infile\");\n    &safe_system (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  986 | "blastall -i $infile -d $infile -m7 -o io\");\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  987 |  &set_blast_type (\"io\");\n\n    %FB=&xml2tag_lis\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  988 | t (\"io\", \"Iteration\");\n\n    open (F, \">$out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  989 | file\");\n    print F \"! TC_LIB_FORMAT_01\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  990 |     print F \"$s{n}\\n\";\n    for ( $a=0; $a<$s{n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  991 | }; $a++)\n      {\n     print F \"$s{$a}{name} $s{$a}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  992 | len} $s{$a}{seq}\\n\";\n      }\n    for ( $a=0; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  993 | a<$FB{n}; $a++)\n      {\n      %p=blast_xml2profile ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  994 | s{$a}{name}, $s{$a}{seq},100, 0, 0, $FB{$a}{body})\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  995 | ;\n     for ($b=1; $b<$p{n}; $b++)\n      {\n       my $l=l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  996 | ength ($p{$b}{Qseq});\n     my $hit=$p{$b}{definit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  997 | ion};\n     my $Qstart=$p{$b}{Qstart};\n            my $H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  998 | start=$p{$b}{Hstart};\n     my $identity=$p{$b}{id\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  999 | entity};\n          my @lrQ=split (//,$p{$b}{Qseq});\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1000 |     my @lrH=split (//,$p{$b}{Hseq});\n      my $i= \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1001 | $s1{$s{$a}{name}}{order}+1;\n       my $j= $s1{$hit}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1002 | {order}+1;\n        #if ( $j==$i){next;}\n          printf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1003 |  F \"# %d %d\\n\", $i, $j;\n        #  print  F \"\\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1004 | $p{$b}{Qseq} ($Qstart)\\n$p{$b}{Hseq} ($Hstart)\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1005 | \n          for ($c=0; $c<$l; $c++)\n         {\n               my $rQ\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1006 | =$lrQ[$c];\n            my $rH=$lrH[$c];\n              my $n=0;\n\n            if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1007 |  ($rQ ne \"-\"){$n++, $Qstart++;}\n             if ($rH ne \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1008 | -\"){$n++; $Hstart++;}\n\n              if ( $n==2)\n             {\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1009 |     printf F \"\\t%d %d %d\\n\", $Qstart-1, $Hstar\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1010 | t-1,$identity;\n                  }\n         }\n         }\n      }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1011 |   print F \"! SEQ_1_TO_N\\n\";\n    close (F);\n  \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1012 |   return $output;\n\n  }\n\nsub seq2msa\n  {\n    \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1013 | my ($mode, $infile, $method, $param, $outfile,$dat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1014 | abase)=@_;\n    &set_temporary_dir (\"set\",$infil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1015 | e,\"seq.pep\", $database, \"db.pep\");\n    $param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1016 | .=\" >/dev/null 2>&1 \";\n\n\n    #make sure test.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1017 | pep is in FASTA\n    &safe_system (\"t_coffee -oth\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1018 | er_pg seq_reformat -in seq.pep -output fasta_seq >\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1019 |  x\");\n    `mv x seq.pep`;\n\n    if ( $method eq\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1020 |  \"blastp\")\n      {\n &blast_msa (\"blastp\",\"s\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1021 | eq.pep\",$database,\"result.aln\");\n      }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1022 | elsif ( $method eq \"blastn\")\n      {\n       &blast_m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1023 | sa (\"blastn\",\"seq.pep\",$database,\"result.aln\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1024 | ");\n      }\n\n    elsif ( $method eq \"muscle\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1025 | \n      {\n     `muscle -in seq.pep -out result.aln $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1026 | aram`;\n      }\n    elsif ( $method eq \"probcons\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1027 | \")\n      {\n  `probcons seq.pep >result.aln 2>/de\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1028 | v/null`;\n      }\n    elsif ( $method eq \"mafft\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1029 | ")\n      {\n   `mafft --quiet --localpair --maxiter\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1030 | ate 1000 seq.pep> result.aln  2>/dev/null`\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1031 | }\n    elsif ( $method=~/prank/)\n      {\n     `$meth\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1032 | od -d=seq.pep -o=result.aln -quiet 2>/dev/null`;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1033 |         `mv result.aln.1.fas result.aln`;\n      }\n    e\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1034 | lsif ($method eq \"clustalo\")\n      {\n       `clustal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1035 | o -i seq.pep > result.aln`;\n      }\n\n    else\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1036 |       {\n       `$method -infile=seq.pep -outfile=result\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1037 | .aln`;\n      }\n\n    &set_temporary_dir (\"unset\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1038 | \",$mode, $method,\"result.aln\",$outfile);\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1039 | yexit ($EXIT_SUCCESS);\n  }\n\nsub seq2thread_pair\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1040 | \n  {\n    my ($mode, $infile, $pdbfile1, $method,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1041 |  $param, $outfile)=@_;\n    &set_temporary_dir (\"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1042 | set\",$infile,\"seq.pep\",$pdbfile1,\"struc.pdb\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1043 | ;\n    if ($method eq \"fugueali\")\n      {\n  #En\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1044 | v Variable that need to be defined for Fugue\n  if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1045 | (!$ENV{FUGUE_LIB_LIST}){$ENV{FUGUE_LIB_LIST}=\"DUM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1046 | MY\";}\n        if (!$ENV{HOMSTRAD_PATH})  {$ENV{HOMSTRAD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1047 | _PATH}=\"DUMMY\";}\n    if (!$ENV{HOMS_PATH}){$ENV{HO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1048 | MS_PATH}=\"DUMMY\";}\n\n        `joy struc.pdb >x 2>x`;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1049 |         &check_file(\"struc.tem\", \"Joy failed [FATAL:$P\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1050 | ROGRAM/$method]\");\n   `melody -t struc.tem >x 2>x`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1051 | ;\n     &check_file(\"struc.tem\", \"Melody failed [FA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1052 | TAL:$PROGRAM/$method]\");\n     `fugueali -seq seq.pep\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1053 |  -prf struc.fug -print > tmp_result.aln`;\n\n   &che\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1054 | ck_file(\"tmp_result.aln\", \"Fugue failed [FATAL:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1055 | $PROGRAM/$method]\");\n &safe_system (\"t_coffee -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1056 | other_pg seq_reformat -in tmp_result.aln -output f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1057 | asta_aln >result.aln\");\n      }\n    elsif ( $me\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1058 | thod eq \"t_coffee\")\n      {\n        &safe_system (\"t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1059 | _coffee -in Pstruc.pdb Sseq.pep Mslow_pair -outfil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1060 | e result.aln -quiet\");\n      }\n    else\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1061 | {\n     &safe_system (\"$method -infile=seq.pep -pdbfi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1062 | le1=struc.pdb -outfile=result.aln $param>x 2>x\");\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1063 | \n      }\n    &set_temporary_dir (\"unset\",$mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1064 | ,$method,\"result.aln\",$outfile);\n    myexit ($E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1065 | XIT_SUCCESS);\n  }\nsub seq2pdbid_pair\n  {\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1066 | y ($mode, $pdbfile1, $pdbfile2, $method, $param, $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1067 | outfile)=@_;\n    my ($name);\n\n\n    &set_tempor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1068 | ary_dir (\"set\");\n    $name=$pdbfile1.\" \".$pdb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1069 | file2;\n\n    if (    &cache_file(\"GET\",\"\",\"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1070 | name\",\"$method\",\"dali\",$outfile,\"EBI\"))\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1071 |     {return $outfile;}\n    else\n      {\n     if ($m\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1072 | ethod eq \"daliweb\")\n   {\n       $pdbfile1=~/(...\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1073 | .)(.)/;\n           $id1=$1; $c1=$2;\n\n            $pdbfile2=~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1074 | /(....)(.)/;\n      $id2=$1; $c2=$2;\n\n            $comma\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1075 | nd=\"t_coffee -other_pg dalilite.pl --pdb1 $id1 --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1076 | chainid1 $c1 --pdb2 $id2 --chainid2 $c2 --email=$E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1077 | MAIL  >dali_stderr 2>dali_stderr\";\n       $dali=`$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1078 | command`;\n\n       open (F, \"dali_stderr\");\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1079 |  while (<F>)\n        {\n               if ( /JobId: dalilite-(\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1080 | \S+)/)\n                {\n               $jobid=$1;\n          }\n           }\n           c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1081 | lose (F);\n         unlink (\"dali_stderr\");\n\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1082 | $output1=\"dalilite-$jobid.txt\";\n         if ( -e $o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1083 | utput1)\n             {\n               unlink ($output1);\n            &url2fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1084 | le (\"http://www.ebi.ac.uk/Tools/es/cgi-bin/jobres\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1085 | ults.cgi/dalilite/dalilite-$jobid/aln.html\", \"ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1086 | tput2\");\n\n           if ( -e \"output2\")\n            {\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1087 | my ($seq1, $seq2);\n                $seq1=$seq2=\"\";\n\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1088 |    open (F, \"output2\");\n                 while (<F>)\n                 \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1089 |     {\n                 $l=$_;\n                        if ( $l=~/Query\\s+(\\S+)/)\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1090 |                           {\n                       $seq1.=$1;\n                          }\n                   elsif ( $l=~\
      |                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1091 | /Sbjct\\s+(\\S+)/)\n                      {\n                       $seq2.=$1;\n                        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1092 |   }\n                 }\n                   close (F);\n                    unlink (\"\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1093 | output2\");\n               if ($seq1 ne \"\" && $seq2 ne \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1094 | "\")\n                {\n                       $output3=\">$A\\n$seq1\\n>$B\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1095 | n$seq2\\n\";\n                  $output3=~s/\\./-/g;\n                  open (F,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1096 |  \">result.aln\");\n                    print F \"$output3\";\n                 c\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1097 | lose (F);\n                   }\n                 }\n         }\n         }\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1098 |  }\n    &cache_file(\"SET\",\"\",\"$name\",\"$meth\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1099 | od\",\"dali\",\"result.aln\",\"EBI\");\n    &set_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1100 | emporary_dir (\"unset\",$mode, $method, \"result.a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1101 | ln\",$outfile);\n    myexit ($EXIT_SUCCESS);\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1102 | nsub seq2pdb_pair\n  {\n    my ($mode, $pdbfile1, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1103 | $pdbfile2, $method, $param, $outfile)=@_;\n\n    &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1104 | set_temporary_dir (\"set\",$pdbfile1,\"pdb1.pdb\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1105 | $pdbfile2,\"pdb2.pdb\");\n    if ($method eq \"t_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1106 | offee\")\n      {\n     &safe_system (\"t_coffee -in P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1107 | pdb1.pdb Ppdb2.pdb -quiet -outfile=result.aln\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1108 | n      }\n    elsif ( $method eq \"DaliLite\")\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1109 |     {\n if ( &safe_system (\"DaliLite -pairwise pd\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1110 | b1.pdb pdb2.pdb >tmp1\")==$EXIT_SUCCESS)\n        {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1111 |     my ($seq1, $seq2);\n             $seq1=$seq2=\"\";\n\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1112 | n            open (F, \"tmp1\");\n           while (<F>)\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1113 |      {\n                 $l=$_;\n                if ( $l=~/Query\\s+(\\S+)/)\\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1114 | n                  {\n               $seq1.=$1;\n                  }\n           elsif ( $l=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1115 | ~/Sbjct\\s+(\\S+)/)\n              {\n               $seq2.=$1;\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1116 |    }\n         }\n           close (F);\n            unlink (\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1117 | "tmp1\");\n          if ($seq1 ne \"\" && $seq2 ne \"\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1118 | ")\n           {\n               my $output3=\">$A\\n$seq1\\n>$B\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1119 | \n$seq2\\n\";\n          $output3=~s/\\./-/g;\n          open (F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1120 | , \">result.aln\");\n            print F \"$output3\";\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1121 | close (F);\n           }\n         }\n  else\n    {\n       pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1122 | int \"ERROR: DalLite failed to align the considere\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1123 | d structures[tc_generic_method.pl]\\n\";\n        }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1124 |     }\n    elsif ( $method eq \"TMalign\")\n      \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1125 | {\n     if ( &safe_system (\"TMalign pdb1.pdb pdb2.pdb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1126 |  >tmp1\")==$EXIT_SUCCESS)\n       {\n       `tail -4 tmp\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1127 | 1 > tmp2`;\n\n      open (F, \"tmp2\");\n           while\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1128 |  (<F>)\n              {\n               unshift(@l, $_);\n            }\n        \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1129 |    close (F);\n     open (F, \">result.aln\");\n         \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1130 |    $l[3]=~s/[^a-zA-Z0-9-]/\\-/g;\n          $l[1]=~s/[^\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1131 | a-zA-Z0-9-]/\\-/g;\n        print F \">$A\\n$l[3]\\n>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1132 | $B\\n$l[1]\\n\";\n          close (F);\n          }\n   else\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1133 |  {\n        print \"ERROR: TMalign failed to align th\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1134 | e considered structures[tc_generic_method.pl]\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1135 | ;\n         `rm result.aln >/dev/null 2>/dev/null`;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1136 |   }\n      }\n    elsif ( $method eq \"mustang\")\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1137 | n      {\n      if ( &safe_system (\"mustang -i pdb1.pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1138 | b pdb2.pdb -F fasta >/dev/null 2>/dev/null\")==$EX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1139 | IT_SUCCESS)\n     {\n       `mv results.afasta result.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1140 | aln`;\n   }\n   else\n    {\n       print \"ERROR: must\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1141 | ang failed to align the considered structures[tc_g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1142 | eneric_method.pl]\\n\";\n           `rm result.aln >/dev\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1143 | /null 2>/dev/null`;\n     }\n      }\n    else\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1144 |   {\n   if ( &safe_system (\"$method -pdbfile1=pdb1.\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1145 | pep -pdbfile2=pdb2.pdb -outfile=result.aln $param>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1146 | x 2>x\")==$EXIT_SUCCESS)\n        {\n       `mv results.a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1147 | fasta result.aln`;\n      }\n   else\n    {\n       print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1148 | \"ERROR: $method failed to align the considered st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1149 | ructures[tc_generic_method.pl]\\n\";\n      `rm res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1150 | ult.aln >/dev/null 2>/dev/null`;\n        }\n      }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1151 |    &set_temporary_dir (\"unset\",$mode, $method, \\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1152 | "result.aln\",$outfile);\n    myexit ($EXIT_SUCCES\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1153 | S);\n  }\n\nsub seq2rnapdb_pair\n  {\n    my ($mod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1154 | e, $pdbfile1, $pdbfile2, $method, $param, $outfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1155 | )=@_;\n    \n    if ($method eq \"runsara.py\")\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1156 |      {\n        my $path=$ENV{PATH};\n  \n      if ($ENV{X3DNA_\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1157 | 4_SARA}){$ENV{PATH}=\"$ENV{X3DNA_4_SARA}:$path\";}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1158 | \n      \n      open(TMP,\"<$pdbfile1\");\n     my $count = 0;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1159 |         my $line;\n     while (<TMP>)\n   {\n       $line = $_;\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1160 | \n          if ($count ==1)\n         {\n               last;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1161 | }\n         $count += 1;\n        }\n   \n      \n      $chain1 = subst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1162 | r($line,length($line)-3,1);\n   \n      close TMP;\n    open\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1163 | (TMP,\"<$pdbfile2\");\n my $count = 0;\n        while (<T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1164 | MP>)\n    {\n       $line = $_;\n           if ($count ==1)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1165 | \n            {\n               last;\n       }\n           $count += 1;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1166 |           }\n   $chain2 = substr($line,length($line)-3,1);\\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1167 | n       close TMP;\n    \n      $tmp_file=&vtmpnam();\n \n      safe_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1168 | system(\"runsara.py $pdbfile1 $chain1 $pdbfile2 $c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1169 | hain2 -s -o $tmp_file --limitation 5000 > /dev/nul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1170 | l 2> /dev/null\");\n    if ($ENV{X3DNA_4_SARA}){$ENV{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1171 | PATH}=$path;}\n \n      open(TMP,\"<$tmp_file\") or die\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1172 |  \"cannot open the sara tmp file:$!\\n\";\n     open(O\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1173 | UT,\">$outfile\") or die \"cannot open the $outfil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1174 | e file:$!\\n\";\n       \n      my $switch = 0;\n       my $seqNum \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1175 | = 0;\n  foreach my $line (<TMP>)\n        {\n       next u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1176 | nless ($line=~/SARAALI/);\n         if ($line=~/>/)\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1177 |       {\n               $switch =0;\n           print OUT \">seq$seqNum\\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1178 | \n\";\n         $seqNum++;\n          }\n           if ($switch < \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1179 | 2){\n         $switch++;\n            next;\n       }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1180 |  \n         if ($line =~/REMARK\\s+SARAALI\\s+([^\\*]+\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1181 | )\\*/)\n              {\n               my $string = $1;\n              print OUT \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1182 | \"$string\\n\";\n             }\n         }\n   close TMP;\n    clo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1183 | se OUT;\n       unlink($tmp_file);\n      }\n  }\nsub se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1184 | q2profile_pair\n  {\n    my ($mode, $profile1, $pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1185 | ofile2, $method, $param, $outfile)=@_;\n    \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1186 | \n    if ($method eq \"clustalw\")\n      {\n   `clu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1187 | stalw -profile1=$profile1 -profile2=$profile2 -out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1188 | file=$outfile`;\n      }\n    elsif ( $method eq \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1189 | "clustalo\")\n      {\n \n      `clustalo --p1 $profile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1190 | 1 --p2 $profile2 -o $outfile --force`;\n      }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1191 |    elsif ( $method eq \"hhalign\")\n      {\n   hhal\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1192 | ign ( $profile1,$profile2,$outfile,$param);\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1193 |  }\n    else\n      {\n `$method -profile1=$profil\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1194 | e1 -profile2=$profile2 -outfile=$outfile $param> /\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1195 | dev/null 2>/dev/null`;\n      }\n    myexit ($EXIT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1196 | _SUCCESS);\n  }\n\nsub pg_is_installed\n  {\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1197 | y @ml=@_;\n    my ($r, $p, $m);\n    my $supported\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1198 | =0;\n\n    my $p=shift (@ml);\n    if ($p=~/::/)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1199 |       {\n       if (safe_system (\"perl -M$p -e 1\")==$E\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1200 | XIT_SUCCESS){return 1;}\n       else {return 0;}\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1201 | }\n    else\n      {\n  my $cwhich=vtmpnam();\n $r=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1202 | `which $p >$cwhich 2>/dev/null`;\n      $r=file2string \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1203 | ($cwhich);\n    if ($r=~/^\\//){$r=1;}\n        else {$r=0;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1204 | \n      \n      if ($r==0 && is_blast_package ($p)){return p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1205 | g_is_installed (\"legacy_blast.pl\");}\n        else {ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1206 | urn $r;}\n      }\n  }\n\nsub is_blast_package\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1207 | {\n    my $p=shift;\n    if ( $p=~/blastp/){return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1208 |  1;}\n    elsif ($p=~/blastall/){return 1;}\n    e\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1209 | lsif ($p=~/blastn/){return 1;}\n    elsif ($p=~/bl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1210 | astx/){return 1;}\n    elsif ($p=~/formatdb/){retu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1211 | rn 1;}\n    else {return 0;}\n  }\n\nsub check_int\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1212 | ernet_connection\n  {\n    my $internet;\n    my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1213 | tmp;\n    &check_configuration ( \"wget\");\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1214 |  $tmp=&vtmpnam ();\n\n    if     (&pg_is_installed\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1215 |     (\"wget\")){`wget www.google.com -O$tmp >/dev/\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1216 | null 2>/dev/null`;}\n    elsif  (&pg_is_installed \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1217 |    (\"curl\")){`curl www.google.com -o$tmp >/dev/n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1218 | ull 2>/dev/null`;}\n\n    if ( !-e $tmp || -s $tmp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1219 |  < 10){$internet=0;}\n    else {$internet=1;}\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1220 |  if (-e $tmp){unlink $tmp;}\n\n    return $interne\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1221 | t;\n  }\nsub check_pg_is_installed\n  {\n    my @m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1222 | l=@_;\n    my $r=&pg_is_installed (@ml);\n    if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1223 | !$r && $p=~/::/)\n      {\n     print STDERR \"\\nYou \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1224 | Must Install the perl package $p on your system.\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1225 | nRUN:\\n\\tsudo perl -MCPAN -e 'install $pg'\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1226 | \n      }\n    elsif (!$r)\n      {\n   myexit(flush\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1227 | _error(\"\\nProgram $p Supported but Not Installed\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1228 |  on your system\"));\n      }\n    else\n      {\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1229 |         return 1;\n      }\n  }\nsub set_temporary_dir\n \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1230 |  {\n    my @list=@_;\n    my $dir_mode, $a, $mode,\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1231 |  $method;\n\n    $dir_mode=shift (@list);\n\n\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1232 |  if ( $dir_mode eq \"set\")\n      {\n  $initial_di\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1233 | r=cwd();\n      if ( !$tmp_dir)\n         {\n       $rand=rand \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1234 | (100000);\n         $tmp_dir=\"$TMPDIR/tmp4tcoffee_pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1235 | file_pair_dir_$$\\_P_$rand\";\n   }\n   if ( !-d $tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1236 | p_dir)\n          {\n       push (@TMPDIR_LIST, $tmp_dir);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1237 | n           `mkdir $tmp_dir`;\n   }\n\n for ( $a=0; $a<=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1238 | $#list; $a+=2)\n              {\n               if (-e $list[$a]){ `cp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1239 |  $list[$a] $tmp_dir/$list[$a+1]`;}\n          }\n       chd\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1240 | ir $tmp_dir;\n      }\n    elsif ( $dir_mode eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1241 | unset\")\n      {\n     $mode=shift (@list);\n  $method\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1242 | =shift (@list);\n\n     if (!-e $list[0])\n       {\n      m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1243 | yexit(flush_error(\"Program $method failed to prod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1244 | uce $list[1]\" ));\n        myexit ($EXIT_FAILURE);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1245 |           }\n   else\n    {\n       chdir $initial_dir;\n           \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1246 | # `t_coffee -other_pg seq_reformat -in $tmp_dir/$l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1247 | ist[0] -output fasta_aln -out $tmp_dir/result2.aln\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1248 | `;\n        `cp $tmp_dir/$list[0] $tmp_dir/result2.al\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1249 | n`;\n       if ( $list[1] eq \"stdout\")\n            {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1250 |                 open (F, \"$tmp_dir/result2.aln\");\n           while (<F\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1251 | >){print $_;}close(F);\n              }\n           else\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1252 |   {\n           `mv $tmp_dir/result2.aln $list[1]`;\n        \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1253 |  }\n        shift (@list); shift (@list);\n         forea\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1254 | ch $f (@list)\n       {\n               if (-e (\"$tmp_dir/$f\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1255 | )){`mv $tmp_dir/$f .`;}\n             }\n         }\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1256 |   }\n\n\n\n\nsub my_get_opt\n  {\n    my @list=@_;\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1257 | \n    my ($cl, $a, $argv, @argl);\n\n    \n    @ar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1258 | gl=();\n    $cl=shift @list;\n    for ( my $a=0; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1259 | a<=$#list; $a+=3)\n      {\n    my $option=$list[$a];\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1260 | \n      my $optional=$list[$a+1];\n     my $status=$list[$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1261 | +2];\n  my $argv=\"\";\n        if ($cl=~/$option(\\S+)/){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1262 | $argv=$1;}\n    @argl=(@argl,$argv);\n\n\n      #$optional\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1263 | :0=>optional\n  #$optional:1=>must be set\n     #$statu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1264 | s: 0=>no requirement\n  #$status: 1=>must be an exi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1265 | sting file\n    #$status: 2=>must be an installed pac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1266 | kage\n  \n\n    if ($optional==0){;}\n  elsif ( $option\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1267 | al==1 && $argv eq \"\")\n         {\n       myexit(flush_e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1268 | rror( \"ERROR: Option $option must be set\"));\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1269 |    myexit ($EXIT_FAILURE);\n      }\n   if ($status==0)\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1270 | {;}\n   elsif ($status ==1 && $argv ne \"\" && !-e $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1271 | argv)\n   {\n       myexit(flush_error( \"File [$arg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1272 | v] must exist\"));\n        myexit ($EXIT_FAILURE);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1273 |           }\n   elsif ( $status==2 && $argv ne \"\" && &che\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1274 | ck_pg_is_installed ($argv)==0)\n          {\n       myexit(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1275 | flush_error( \" $argv is not installed\"));\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1276 | myexit ($EXIT_FAILURE);\n         }\n      }\n    return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1277 |  @argl;\n    }\n\nsub check_file\n  {\n    my ($fi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1278 | le, $msg)=@_;\n\n    if ( !-e $file)\n      {\n my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1279 | exit(flush_error(\"$msg\"));\n      }\n    }\nsub \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1280 | hhalign\n  {\n    my ($aln1, $aln2, $outfile, $par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1281 | am)=@_;\n    my $hh=$ENV{\"HHALIGN_4_TCOFFEE\"};\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1282 |     \n    \n    if ($hh)\n      {\n     \n      #external_h\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1283 | halign\n        # set via HHALIGN_4_TCOFFEE\n   #<pg> -prof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1284 | ile1 <fasta_prf with seq1 top> -profile2 <fasta pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1285 | ofile with seq2 top> -outfile < fasta alignmentof \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1286 | seq1 and 2 | tc_lib of seq 1 and 2>\n   \n      safe_syst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1287 | em (\"$hh -method=align -profile1=$aln1 -profile2=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1288 | $aln2 -outfile=$outfile\");\n      }\n    else\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1289 |     {\n &local_hhalign ($aln1, $aln2, $outfile, $p\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1290 | aram);\n      }\n  }\n\n    \n    \nsub local_hhal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1291 | ign\n  {\n    my ($aln1, $aln2, $outfile, $param)=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1292 | @_;\n    my $h1, $h2;\n\n    $h{0}{index}=0;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1293 | $h{1}{index}=1;\n\n    $h{0}{aln}=$aln1;\n    $h{1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1294 | }{aln}=$aln2;\n\n\n\n    %{$h{0}}=aln2psi_profile \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1295 | (%{$h{0}});\n    %{$h{1}}=aln2psi_profile (%{$h{1}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1296 | });\n\n    $param=~s/#S/ /g;\n    $param=~s/#M/\\-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1297 | /g;\n    $param=~s/#E/\\=/g;\n\n\n\n    $command=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1298 | "hhalign -i $h{0}{a3m} -t $h{1}{a3m} -tc $outfile.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1299 | tmp -rank 1 -mapt 0 $param\";\n    `$command`;\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1300 |   #  `hhalign -i $h{0}{a3m} -t $h{1}{a3m} -tc $out\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1301 | file.tmp -rank 1 -mapt 0 -gapf 0.8 -gapg 0.8`;\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1302 | \n    # To run global use the following\n\n    ope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1303 | n (I, \"$outfile.tmp\");\n    open (O, \">$outfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1304 | \");\n    $h{0}{cons}=s/\\./x/g;\n    $h{1}{cons}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1305 | s/\\./x/g;\n\n    print O \"! TC_LIB_FORMAT_01\\n2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1306 | \\n$h{0}{name} $h{0}{len} $h{0}{seq}\\n$h{1}{name}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1307 |  $h{1}{len} $h{1}{seq}\\n#1 2\\n\";\n\n    while (\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1308 | <I>)\n      {\n if (/(\\d+)\\s+(\\d+)\\s+(\\d+)/)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1309 | n         {\n       print O \"\\t$h{0}{$1}\\t$h{1}{$2}\\t$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1310 | 3\\n\";\n         }\n      }\n    print O \"! SEQ_1_TO_N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1311 | \\n\";\n\n    close (O);\n    close (I);\n  }\n\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1312 | ub aln2psi_profile\n  {\n    my (%h)=@_;\n    my (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1313 | $aln,$i,$hv, $a, @c, $n);\n\n\n    $i=$h{index};\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1314 |     $aln=$h{aln};\n\n    `cp $aln $$.hhh_aln`;\n  \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1315 |   $command=\"t_coffee -other_pg seq_reformat -in $\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1316 | aln -output hasch\";\n    $hv=`$command`;chomp ($h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1317 | v);\n\n    $h{a2m}=\"$tmp/$hv.tmp4hhpred.a2m\";\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1318 |    $h{a3m}=\"$tmp/$hv.tmp4hhpred.a3m\";\n    if ( \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1319 | -e $h{a3m}){;}\n    else\n      {\n     $x=`which hhco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1320 | nsensus`;\n     `hhconsensus  -M 50 -i $h{aln} -oa2m $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1321 | h{a2m}`;\n      if (!-e $h{a2m})\n        {\n       print STDE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1322 | RR \"Program tc_generic_method.pl FAILED to run:\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1323 | n\\thhconsensus  -M 50 -i $h{aln} -oa2m $h{a2m}\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1324 | \n          myexit ($EXIT_FAILURE);\n     }\n\n `hhconsen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1325 | sus  -M 50 -i $h{aln} -oa3m $h{a3m}`;\n if (!-e $h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1326 | {a3m})\n          {\n       print STDERR \"Program tc_gener\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1327 | ic_method.pl FAILED to run:\\n\\thhconsensus  -M 5\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1328 | 0 -i $h{aln} -oa3m $h{a3m}\";\n     myexit ($EXIT_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1329 | FAILURE);\n       }\n       `buildali.pl $h{a3m} -n 1`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1330 | ;\n      }\n\n\n    $h{a2m_seq}=`head -n 2 $h{a2m}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1331 |  | grep -v \">\"`;chomp ($h{a2m_seq});\n    $h{a3m\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1332 | _seq}=`head -n 2 $h{a3m} | grep -v \">\"`;chomp ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1333 | h{a3m_seq});\n    $h{cons}=$h{a2m_seq};\n    $h{se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1334 | q}=`head -n 2 $h{aln} | grep -v \">\"`;chomp ($h{s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1335 | eq});\n\n\n\n    @c=split (//, $h{cons});\n    $h{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1336 | len}=$#c+1;\n    for ($n=0,$a=0, $b=0; $a<$h{len};\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1337 | $a++)\n      {\n        if ( $c[$a]=~/[A-Z]/)\n   {\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1338 |  $h{++$n}=++$b;\n\n       }\n   elsif ( $c[$a]=~/[a-z\\.\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1339 | ]/)\n     {\n       ++$b;\n       }\n      }\n\n    $name=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1340 | `head -n 2 $h{aln} | grep \">\"`;\n    $name=~/\\>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1341 | (\\S+)/;\n    $h{name}=$1;\n\n    `cp $h{a2m} $i.a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1342 | 2m`;\n    `cp $h{a3m} $i.a3m`;\n    `cp $h{aln} $i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1343 | .hh_aln`;\n\n    return %h;\n  }\nsub read_fasta_s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1344 | eq_index\n  {\n    my $f=@_[0];\n    my %hseq;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1345 |   my (@seq, @com, @name);\n    my ($a, $s,$nseq);\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1346 | n\n    open (F, $f);\n    while (<F>)\n      {\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1347 | s.=$_;\n      }\n    close (F);\n\n\n    @name=($s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1348 | =~/>(\\S*).*\\n[^>]*/g);\n\n    @seq =($s=~/>.*.*\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1349 | \n([^>]*)/g);\n    @com =($s=~/>\\S*(.*)\\n([^>]*)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1350 | /g);\n\n\n    $nseq=$#name+1;\n\n    for ($a=0; $a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1351 | <$nseq; $a++)\n      {\n        my $s;\n        my $n=$name[$a];\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1352 | \n      $hseq{$a}{name}=$n;\n   $seq[$a]=~s/[^A-Za-z]//g;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1353 | \n      $hseq{$a}{order}=$a;\n  $hseq{$a}{seq}=$seq[$a];\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1354 | \n      $hseq{$a}{com}=$com[$a];\n\n      }\n    return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1355 |  %hseq;\n  }\nsub read_fasta_seq\n  {\n    my $f=@\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1356 | _[0];\n    my %hseq;\n    my (@seq, @com, @name);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1357 | n    my ($a, $s,$nseq);\n\n    open (F, $f);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1358 | while (<F>)\n      {\n  $s.=$_;\n      }\n    close\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1359 |  (F);\n\n\n    @name=($s=~/>(\\S*).*\\n[^>]*/g);\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1360 | \n    @seq =($s=~/>.*.*\\n([^>]*)/g);\n    @com =(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1361 | $s=~/>\\S*(.*)\\n([^>]*)/g);\n\n\n    $nseq=$#name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1362 | +1;\n\n    for ($a=0; $a<$nseq; $a++)\n      {\n        m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1363 | y $s;\n my $n=$name[$a];\n      $hseq{$n}{name}=$n;\n   $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1364 | seq[$a]=~s/[^A-Za-z]//g;\n      $hseq{$n}{order}=$a;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1365 | $hseq{$n}{seq}=$seq[$a];\n      $hseq{$n}{com}=$com[$a]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1366 | ;\n\n      }\n    return %hseq;\n  }\n\n\nsub read\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1367 | _fasta_aln\n  {\n    my $f=@_[0];\n    my %hseq;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1368 |     my (@seq, @com, @name);\n    my ($a, $s,$nseq)\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1369 | ;\n\n    open (F, $f);\n    while (<F>)\n      {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1370 |         $s.=$_;\n      }\n    close (F);\n\n\n    @name=(\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1371 | $s=~/>(\\S*).*\\n[^>]*/g);\n\n    @seq =($s=~/>.*.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1372 | *\\n([^>]*)/g);\n    @com =($s=~/>\\S*(.*)\\n([^>]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1373 | *)/g);\n\n\n    $nseq=$#name+1;\n\n    for ($a=0; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1374 | $a<$nseq; $a++)\n      {\n      my $s;\n        my $n=$name[$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1375 | ];\n    $hseq{$n}{name}=$n;\n   $seq[$a]=~s/[^A-Za-z-.(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1376 | )[\\]]//g;\n    $hseq{$n}{order}=$a;\n  $hseq{$n}{seq}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1377 | =$seq[$a];\n    $hseq{$n}{com}=$com[$a];\n\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1378 |     return %hseq;\n  }\n\nsub recode_name2\n{\n my\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1379 |  ($in)=shift;\n my $mode=shift;\n\n     my %seq;\n      my \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1380 | $new_name;\n\n  if (! -e $in){return;}\n\n      #needed \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1381 | by ClustalOmega to avoid very long names\n      open (I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1382 | NFILE, \"+<$in\");\n\n  my $line;\n\n   if ($mode eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1383 | \"code\")\n     {\n             chomp($line = <INFILE>);\n              my $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1384 | ine_length = length($line);\n           $new_name=++$RECODE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1385 | _N;\n           $new_name=\">$new_name\";\n             my $new_length\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1386 |  = length($new_name);\n         $RECODE {$new_name}=$line\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1387 | ;\n             for ($count = $new_length; $count < $line_len\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1388 | gth; $count++)\n                {\n                     $new_name .= \" \";\n           }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1389 |                 $new_name=\"$new_name\\n\";\n           seek INFILE, 0, 0\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1390 | \n                      or die \"could not seek: $!\";\n                print INFIL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1391 | E \"$new_name\";\n      }\n     else\n  {\n             my $n_found = 0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1392 | ;\n             my $file_pos=0;\n               $file_pos=tell INFILE;\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1393 | while (<INFILE>)\n              {\n                     $line=$_;\n                     $line =~ s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1394 | /\\s*$//;\n\n                   $old_name= $RECODE{$line};\n                    if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1395 | ($old_name ne \"\")\n                   {\n                             seek INFILE, $file_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1396 | pos, 0\n                                        or die \"could not seek: $!\";\n                                p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1397 | rint INFILE \"$old_name\\n\";\n                         $file_pos++;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1398 |                         if ($file_pos == 2)\n                           {\n                                     print \"stop\\\
      |                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1399 | n\";\n                                  break;\n                                }\n                     }\n                     $file_pos=tell \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1400 | INFILE;\n               }\n\n   }\n\n\n close INFILE;\n}\n\n\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1401 |  recode_name\n{\n       my ($in)=shift;\n       my $mode=shift\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1402 | ;\n     my $f=new FileHandle;\n my %seq;\n      my $new_nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1403 | e;\n\n  if (! -e $in){return;}\n\n      #needed by Clust\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1404 | alOmega to avoid very long names\n      %seq=read_fasta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1405 | _aln ($in);\n\n open ($f, \">$in\");\n  foreach my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1406 | $s (keys(%seq))\n       {\n             if ($mode eq \"code\")\n                {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1407 | \n                      $new_name=++$RECODE_N;\n                        $RECODE {$new_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1408 | }=$seq{$s}{name};\n             }\n             else\n          {\n                     $new_name=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1409 | $RECODE{$seq{$s}{name}};\n              }\n             print $f \">$new_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1410 | name\\n$seq{$s}{seq}\\n\";\n    }\n     close $f;\n}\n\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1411 | ub fasta_hash2index_hash\n  {\n    my %s1=@_;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1412 |  my %s;\n    foreach my $s (keys (%s1))\n      {\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1413 |         my $i=$s1{$s}{order};\n $s{$i}{name}=$s;\n      $s{$i}\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1414 | {seq}=$s1{$s}{seq};\n   $s{$i}{len}=length( $s{$i}{s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1415 | eq});\n $s{n}++;\n      }\n    return %s;\n  }\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1416 | b file_contains\n  {\n    my ($file, $tag, $max)=(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1417 | @_);\n    my ($n);\n    $n=0;\n\n    if ( !-e $fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1418 | e && ($file =~/$tag/)) {return 1;}\n    elsif ( !-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1419 | e $file){return 0;}\n    else\n      {\n        open (FC,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1420 |  \"$file\");\n  while ( <FC>)\n   {\n       if ( ($_=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1421 | ~/$tag/))\n           {\n               close (FC);\n           return 1;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1422 |       }\n           elsif ($max && $n>$max)\n         {\n       \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1423 |         close (FC);\n           return 0;\n           }\n           $n++;\n     \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1424 |   }\n      }\n    close (FC);\n    return 0;\n  }\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1425 | n\n\nsub file2string\n  {\n    my $f=@_[0];\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1426 | y $string, $l;\n    open (F,\"$f\");\n    while (<\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1427 | F>)\n      {\n\n        $l=$_;\n        #chomp ($l);\n  $string.=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1428 | $l;\n      }\n    close (F);\n    $string=~s/\\r\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1429 | n//g;\n    $string=~s/\\n//g;\n    return $string;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1430 | \n  }\n\n\nsub tag2value\n  {\n\n    my $tag=(@_[0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1431 | ]);\n    my $word=(@_[1]);\n    my $return;\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1432 |  $tag=~/$word=\"([^\"]+)\"/;\n    $return=$1;\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1433 |  return $return;\n  }\n\nsub hit_tag2pdbid\n  {\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1434 |    my $tag=(@_[0]);\n    my $pdbid;\n\n    $tag=~/\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1435 | id=\"(\\S+)\"/;\n    $pdbid=$1;\n    $pdbid=~s/_//\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1436 | ;\n    return $pdbid;\n  }\nsub id2pdbid\n  {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1437 |  my $in=@_[0];\n    my $id;\n\n    $in=~/(\\S+)/;\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1438 | n    $id=$in;\n    $id=~s/PDB/pdb/g;\n\n    if ($i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1439 | d =~/pdb(.*)/){$id=$1;}\n    elsif ( $id=~/(\\S+)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1440 | \s+mol:protein/){$id=$1;}\n    $id=~s/[:|��_]/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1441 | /g;\n    return $id;\n  }\nsub set_blast_type\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1442 | \n    my $file =@_[0];\n    if (&file_contains ($f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1443 | ile,\"EBIApplicationResult\",100)){$BLAST_TYPE=\"E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1444 | BI\";}\n    elsif (&file_contains ($file,\"NCBI_Bl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1445 | astOutput\",100)) {$BLAST_TYPE=\"NCBI\";}\n    els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1446 | e\n      {\n    $BLAST_TYPE=\"\";\n      }\n    retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1447 | n $BLAST_TYPE;\n  }\nsub is_valid_blast_xml\n    {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1448 | \n      my $file=shift;\n      my $line;\n\n\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1449 |   if ( !-e $file) {return 0;}\n      $line=&file2t\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1450 | ail ($file,100);\n\n      if ( $line=~/<\\/EBIAppl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1451 | icationResult/ || $line=~/<\\/NCBI_BlastOutput/ ||\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1452 |  $line=~/<\\/BlastOutput/ ){return 1;}\n      retu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1453 | rn 0;\n    }\nsub file2blast_flavor\n      {\n  my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1454 | $file=shift; \n if (&file_contains ($file,\"EBIApp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1455 | licationResult\",100)){return \"EBI\";}\n       elsif (&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1456 | file_contains ($file,\"NCBI_BlastOutput\",100)){re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1457 | turn \"NCBI\";}\n       else {return \"UNKNOWN\";}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1458 |   }\nsub blast2prf\n    {\n       my ($blastF, $seqF,$out\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1459 | file)=@_;\n       my (%s, %profile);\n    my ($result,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1460 | psiblast_output,$profile_name,@profiles);\n       %s=r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1461 | ead_fasta_seq_index ($seqF);\n    my ($z1,$z1m)=unc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1462 | ompress($blastF);\n       %profile=blast_xml2profile($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1463 | s{0}{name}, $s{0}{seq},$maxid, $minid,$mincov,$bla\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1464 | stF);\n   output_profile ($outfile, \\%profile, $t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1465 | rim);\n   compress($z1,$z1m);\n }\nsub blast_xml2p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1466 | rofile\n  {\n    my ($name,$seq,$maxid, $minid, $m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1467 | incov, $file)=(@_);\n    my (%p, $a, $string, $n);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1468 | \n\n\n\n    if ($BLAST_TYPE eq \"EBI\" || &file_co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1469 | ntains ($file,\"EBIApplicationResult\",100)){%p=eb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1470 | i_blast_xml2profile(@_);}\n    elsif ($BLAST_TYPE \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1471 | eq \"NCBI\" || &file_contains ($file,\"NCBI_BlastO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1472 | utput\",100)){%p=ncbi_blast_xml2profile(@_);}\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1473 |  else\n      {\n        myexit(add_error ( $$,$$,getppid(\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1474 | ), \"BLAST_FAILURE::unkown XML\",$CL));\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1475 |     for ($a=0; $a<$p{n}; $a++)\n      {\n       my $name\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1476 | =$p{$a}{name};\n        $p{$name}{seq}=$p{$a}{seq};\n   $p{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1477 | $name}{index}=$a;\n      }\n    return %p;\n  }\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1478 | ub ncbi_tblastx_xml2lib_file\n  {\n    my  ($outli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1479 | b,$string)=(@_);\n    my ($L,$l, $a,$b,$c,$d,$i,$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1480 | hits,@identifyerL);\n    my (%ITERATION);\n\n    o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1481 | pen (F, \">>$outlib\");\n\n    $seq=~s/[^a-zA-Z]//\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1482 | g;\n    $L=length ($seq);\n\n    %ITERATION=xml2ta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1483 | g_list ($string, \"Iteration\");\n    for ($i=0; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1484 | i<$ITERATION{n};$i++)\n      {\n        my ($qindex, $qle\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1485 | n, %hit, $string);\n    $string=$ITERATION{$i}{body};\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1486 | \n\n    $qindex=xmltag2value($string,\"Iteration_iter\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1487 | -num\");\n      $qlen  =xmltag2value($string,\"Iteratio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1488 | n_query-len\");\n       %hit=&xml2tag_list  ($string, \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1489 | Hit\");\n\n     for ($a=0; $a<$hit{n}; $a++)\n    {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1490 |    my ($string);\n          $string=$hit{$a}{body};\n\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1491 |             $hindex=xmltag2value($string,\"Hit_accession\\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1492 | ")+1;\n     if ($hindex<=$qindex){next;}\n          els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1493 | e  {print F  \"# $qindex $hindex\\n\";}\n\n\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1494 | $hlen=xmltag2value  ($string,\"Hit_len\");\n        %\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1495 | HSP=&xml2tag_list  ($string, \"Hsp\");\n\n          for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1496 |  ($b=0; $b<$HSP{n}; $b++)\n           {\n               my ($string\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1497 | , $qs,$qe,$qf,$hs,$he,$hf,$s, $d, $e);\n                $string=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1498 | $HSP{$b}{body};\n\n             $qs=xmltag2value  ($string,\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1499 | Hsp_query-from\");\n            $qe=xmltag2value  ($string,\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1500 | "Hsp_query-to\");\n             $qf=xmltag2value  ($string,\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1501 | Hsp_query-frame\");\n\n         $hs=xmltag2value  ($strin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1502 | g,\"Hsp_hit-from\");\n          $he=xmltag2value  ($string\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1503 | ,\"Hsp_hit-to\");\n             $hf=xmltag2value  ($string,\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1504 | Hsp_hit-frame\");\n\n           $s=xmltag2value  ($string,\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1505 | "Hsp_identity\");\n             $l=xmltag2value  ($string,\"H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1506 | sp_align-len\");\n              $s=int(($s*100)/$l);\n\n                if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1507 | $qf>0)\n                  {$rqs=$qs; $rqe=$qe;}\n               else\n            {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1508 |                     $rqe=($qlen-$qs)+1;\n                   $rqs=($qlen-$qe)+\
      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1509 | 1;\n              }\n\n         if ($hf>0)\n              {$rhs=$hs; $rhe=$he\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1510 | ;}\n            else\n            {\n               $rhe=($hlen-$hs)+1;\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1511 |   $rhs=($hlen-$he)+1;\n           }\n           for ($d=0,$e=$rqs;\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1512 |  $e<$rqe; $e++,$d++)\n            {\n               my ($r1,$r2);\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1513 |                     $r1=$e;\n               $r2=$rhs+$d;\n                  print F \\
      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1514 | " $r1 $r2 $s 0\\n\";\n            }\n         }\n         }\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1515 |  }\n    print F \"! SEQ_1_TO_N\\n\";\n\n    close \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1516 | (F);\n    return %lib;\n  }\n\nsub ncbi_tblastpx_x\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1517 | ml2lib_file\n  {\n    my  ($outlib,$string,%s)=(@_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1518 | );\n    my ($L,$l, $a,$b,$c,$d,$i,$nhits,@identify\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1519 | erL);\n    my (%ITERATION,%hdes, %qdes);\n\n    op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1520 | en (F, \">>$outlib\");\n\n    $seq=~s/[^a-zA-Z]//g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1521 | ;\n    $L=length ($seq);\n\n    %ITERATION=xml2tag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1522 | _list ($string, \"Iteration\");\n    for ($i=0; $i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1523 | <$ITERATION{n};$i++)\n      {\n my ($qindex, $qlen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1524 | , %hit, $string);\n     $string=$ITERATION{$i}{body};\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1525 | n\n     $qdef=xmltag2value($string,\"Iteration_query-d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1526 | ef\");\n        %qdes=&tblastpx_name2description($qdef,%s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1527 | );\n    $qlen  =xmltag2value($string,\"Iteration_quer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1528 | y-len\");\n     %hit=&xml2tag_list  ($string, \"Hit\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1529 | ;\n\n   for ($a=0; $a<$hit{n}; $a++)\n    {\n       my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1530 | ($string);\n        $string=$hit{$a}{body};\n       $hd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1531 | ef=xmltag2value($string,\"Hit_def\");\n     %hdes=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1532 | &tblastpx_name2description($hdef,%s);\n     if ($h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1533 | des{index}<=$qdes{index}){next;}\n          else  {prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1534 | t F  \"# $qdes{index} $hdes{index}\\n\";}\n\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1535 |   $hlen=xmltag2value  ($string,\"Hit_len\");\n     \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1536 |  %HSP=&xml2tag_list  ($string, \"Hsp\");\n\n        f\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1537 | or ($b=0; $b<$HSP{n}; $b++)\n         {\n               my ($stri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1538 | ng, $l,$qs,$qe,$qf,$hs,$he,$hf,$s, $d, $e, @s1, @s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1539 | 2);\n           $string=$HSP{$b}{body};\n\n             $qs=xmltag2val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1540 | ue  ($string,\"Hsp_query-from\");\n             $qe=xmltag2va\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1541 | lue  ($string,\"Hsp_query-to\");\n              $qf=$qdes{fram\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1542 | e};\n           $qseq=xmltag2value  ($string,\"Hsp_qseq\");\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1543 | \n\n            $hs=xmltag2value  ($string,\"Hsp_hit-from\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1544 | ;\n             $he=xmltag2value  ($string,\"Hsp_hit-to\");\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1545 |                 $hf=$hdes{frame};\n             $hseq=xmltag2value  ($strin\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1546 | g,\"Hsp_hseq\");\n\n            $s=xmltag2value  ($string,\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1547 | Hsp_identity\");\n              $l=xmltag2value  ($string,\"Hs\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1548 | p_align-len\");\n               $s=int(($s*100)/$l);\n          @s1=tbl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1549 | astpx_hsp2coordinates($qseq,$qs,$qe,%qdes);\n           @s2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1550 | =tblastpx_hsp2coordinates($hseq,$hs,$he,%hdes);\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1551 | n\n             for ($f=0; $f<=$#s1; $f++)\n              {\n               if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1552 | $s1[$f]==-1 || $s2[$f]==-1){next;}\n                else\n              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1553 |       {\n                       print F \" $s1[$f] $s2[$f] $s 0\\n\";\\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1554 | n                     }\n                 }\n         }\n         }\n      }\n    pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1555 | int F \"! SEQ_1_TO_N\\n\";\n\n    close (F);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1556 | return %lib;\n  }\nsub tblastpx_hsp2coordinates\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1557 |  {\n    my ($seq, $s, $e, %des)=@_;\n    my @list;\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1558 | \n    my @sa;\n    my @gap=(-1,-1,-1);\n\n    $s=$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1559 | des{start}+3*($s-1);\n\n    if ($des{strand} eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1560 | d\"){;}\n    else {$s=($des{length}-$s)+1;}\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1561 |  foreach $c (split (//,$seq))\n      {\n        if ( $c e\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1562 | q '-'){push (@list,@gap);}\n    elsif ($des{strand} e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1563 | q \"d\")\n        {\n       push(@list,$s++,$s++,$s++);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1564 |           }\n   else\n    {\n       push(@list, $s--,$s--,$s--\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1565 | );\n      }\n      }\n    return @list;\n  }\n\nsub t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1566 | blastpx_name2description\n  {\n    my ($name, %s)=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1567 | @_;\n    my @at=split(\"__\", $name);\n    my %des\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1568 | ;\n\n    $des{name}=$at[0];\n    $des{strand}=$at[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1569 | 1];\n\n    $des{start}=$at[2];\n    $des{end}=$at[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1570 | 3];\n    $des{length}=$at[4];\n    $des{index}=$s{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1571 | $at[0]}{order}+1;\n    return %des;\n  }\nsub ncbi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1572 | _blast_xml2profile\n  {\n    my ($name,$seq,$maxid\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1573 | , $minid, $mincov, $string)=(@_);\n    my ($L,$l, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1574 | $a,$b,$c,$d,$nhits,@identifyerL);\n\n    $seq=~s/[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1575 | ^a-zA-Z]//g;\n    $L=length ($seq);\n    \n    #Th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1576 | is is causing the NCBI parser to fail when Iterati\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1577 | on_query-def is missing\n    #%query=&xml2tag_list\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1578 |  ($string, \"Iteration_query-def\");\n    #$name=$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1579 | query{0}{body};\n\n    %hit=&xml2tag_list ($string\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1580 | , \"Hit\");\n\n    \n    for ($nhits=0,$a=0; $a<$h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1581 | it{n}; $a++)\n      {\n my ($ldb,$id, $identity, $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1582 | expectation, $start, $end, $coverage, $r);\n    my (%\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1583 | ID,%DE,%HSP);\n\n       $ldb=\"\";\n\n  %ID=&xml2tag_list\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1584 |  ($hit{$a}{body}, \"Hit_id\");\n        $identifyer=$ID{0\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1585 | }{body};\n\n    %DE=&xml2tag_list ($hit{$a}{body}, \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1586 | Hit_def\");\n   $definition=$DE{0}{body};\n\n   %HSP=&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1587 | xml2tag_list ($hit{$a}{body}, \"Hsp\");\n       for ($b=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1588 | 0; $b<$HSP{n}; $b++)\n    {\n       my (%START,%END,%\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1589 | E,%I,%Q,%M);\n\n\n          %START=&xml2tag_list ($HSP{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1590 | $b}{body}, \"Hsp_query-from\");\n           %HSTART=&xml\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1591 | 2tag_list ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_hit-from\");\n\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1592 |     %LEN=  &xml2tag_list ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_al\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1593 | ign-len\");\n       %END=  &xml2tag_list ($HSP{$b}{b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1594 | ody}, \"Hsp_query-to\");\n          %HEND=  &xml2tag_li\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1595 | st ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_hit-to\");\n      %E=&xml\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1596 | 2tag_list     ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_evalue\");\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1597 |     %I=&xml2tag_list     ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_id\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1598 | entity\");\n        %Q=&xml2tag_list     ($HSP{$b}{bo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1599 | dy}, \"Hsp_qseq\");\n       %M=&xml2tag_list     ($H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1600 | SP{$b}{body}, \"Hsp_hseq\");\n\n            for ($e=0; $e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1601 | <$Q{n}; $e++)\n\n             {\n               $qs=$Q{$e}{body};\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1602 | $ms=$M{$e}{body};\n\n           $expectation=$E{$e}{body};\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1603 | n               $identity=($LEN{$e}{body}==0)?0:$I{$e}{body}/$L\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1604 | EN{$e}{body}*100;\n             $start=$START{$e}{body};\n              $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1605 | end=$END{$e}{body};\n           $Hstart=$HSTART{$e}{body};\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1606 | n               $Hend=$HEND{$e}{body};\n\n              $coverage=($L)?(($e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1607 | nd-$start)*100)/$L:0;\n         if ($identity>$maxid || $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1608 | identity<$minid || $coverage<$mincov)\n           {\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1609 |   next;\n                 }\n           @lr1=(split (//,$qs));\n                @lr2=(\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1610 | split (//,$ms));\n              $l=$#lr1+1;\n           for ($c=0;$c<$L\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1611 | ;$c++){$p[$nhits][$c]=\"-\";}\n         for ($d=0,$c=0; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1612 | c<$l; $c++)\n             {\n               $r=$lr1[$c];\n                  if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1613 |  $r=~/[A-Za-z]/)\n                    {\n\n                     $p[$nhits][$d + \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1614 | $start-1]=$lr2[$c];\n                   $d++;\n               }\n                 }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1615 |         $Qseq[$nhits]=$qs;\n            $Hseq[$nhits]=$ms;\n            $Qsta\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1616 | rtL[$nhits]=$start;\n           $HstartL[$nhits]=$Hstart;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1617 |                 $identityL[$nhits]=$identity;\n         $endL[$nhits]=$\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1618 | end;\n          $definitionL[$nhits]=$definition;\n             $iden\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1619 | tifyerL[$nhits]=$identifyer;\n          $comment[$nhits]=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1620 | "$ldb|$identifyer [Eval=$expectation][id=$identity\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1621 | %][start=$Hstart end=$Hend]\";\n                $nhits++;\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1622 |   }\n     }\n      }\n\n\n    $profile{n}=0;\n    $p\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1623 | rofile{$profile{n}}{name}=$name;\n    $profile{$pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1624 | ofile{n}}{seq}=$seq;\n    $profile {n}++;\n\n    f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1625 | or ($a=0; $a<$nhits; $a++)\n      {\n   $n=$a+1;\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1626 |         $profile{$n}{name}=\"$name\\_$a\";\n    $profile{$n}\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1627 | {seq}=\"\";\n   $profile{$n}{Qseq}=$Qseq[$a];\n $pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1628 | file{$n}{Hseq}=$Hseq[$a];\n     $profile{$n}{Qstart}=$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1629 | QstartL[$a];\n  $profile{$n}{Hstart}=$HstartL[$a];\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1630 | n       $profile{$n}{identity}=$identityL[$a];\n        $profil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1631 | e{$n}{definition}=$definitionL[$a];\n   $profile{$n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1632 | {identifyer}=$identifyerL[$a];\n        $profile{$n}{comm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1633 | ent}=$comment[$a];\n\n  for ($b=0; $b<$L; $b++)\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1634 |  {\n        if ($p[$a][$b])\n         {\n               $profile{$n}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1635 | {seq}.=$p[$a][$b];\n          }\n           else\n            {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1636 | n               $profile{$n}{seq}.=\"-\";\n           }\n         }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1637 |   }\n\n    $profile{n}=$nhits+1;\n    return %prof\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1638 | ile;\n  }\nsub ebi_blast_xml2profile\n  {\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1639 | ($name,$seq,$maxid, $minid, $mincov, $string)=(@_)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1640 | ;\n    my ($L,$l, $a,$b,$c,$d,$nhits,@identifyerL,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1641 | $identifyer);\n\n\n\n    $seq=~s/[^a-zA-Z]//g;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1642 |   $L=length ($seq);\n    %hit=&xml2tag_list ($stri\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1643 | ng, \"hit\");\n\n    for ($nhits=0,$a=0; $a<$hit{n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1644 | }; $a++)\n      {\n     my ($ldb,$id, $identity, $expe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1645 | ctation, $start, $end, $coverage, $r);\n        my (%Q,%M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1646 | ,%E,%I);\n\n    $ldb=&tag2value ($hit{$a}{open}, \"da\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1647 | tabase\");\n    $identifyer=&tag2value ($hit{$a}{open\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1648 | }, \"id\");\n\n $description=&tag2value ($hit{$a}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1649 | open}, \"description\");\n\n    %Q=&xml2tag_list ($hi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1650 | t{$a}{body}, \"querySeq\");\n   %M=&xml2tag_list ($h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1651 | it{$a}{body}, \"matchSeq\");\n  %E=&xml2tag_list ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1652 | hit{$a}{body}, \"expectation\");\n      %I=&xml2tag_lis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1653 | t ($hit{$a}{body}, \"identity\");\n\n\n for ($b=0;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1654 |  $b<$Q{n}; $b++)\n        {\n\n     $qs=$Q{$b}{body};\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1655 |             $ms=$M{$b}{body};\n\n           $expectation=$E{$b}\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1656 | {body};\n           $identity=$I{$b}{body};\n\n\n           $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1657 | tart=&tag2value ($Q{$b}{open}, \"start\");\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1658 | end=&tag2value ($Q{$b}{open}, \"end\");\n           $sta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1659 | rtM=&tag2value ($M{$b}{open}, \"start\");\n         $e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1660 | ndM=&tag2value ($M{$b}{open}, \"end\");\n           $cov\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1661 | erage=(($end-$start)*100)/$L;\n\n          # print \"$id\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1662 | : ID: $identity COV: $coverage [$start $end]\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1663 | \n\n        if ($identity>$maxid || $identity<$minid \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1664 | || $coverage<$mincov){next;}\n      # print \"KEEP\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1665 | \n\";\n\n\n         @lr1=(split (//,$qs));\n        @lr2=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1666 | (split (//,$ms));\n         $l=$#lr1+1;\n           for ($c=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1667 | 0;$c<$L;$c++){$p[$nhits][$c]=\"-\";}\n      for ($d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1668 | =0,$c=0; $c<$l; $c++)\n       {\n               $r=$lr1[$c];\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1669 |         if ( $r=~/[A-Za-z]/)\n            {\n\n             $p[$nhits][$\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1670 | d + $start-1]=$lr2[$c];\n                   $d++;\n               }\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1671 |   }\n\n     $Qseq[$nhits]=$qs;\n            $Hseq[$nhits]\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1672 | =$ms;\n     $QstartL[$nhits]=$start;\n      $Hstart\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1673 | L[$nhits]=$Hstart;\n        $identityL[$nhits]=$ident\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1674 | ity;\n      $endL[$nhits]=$end;\n           $definitionL[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1675 | $nhits]=$definition;\n      $identifyerL[$nhits]=$i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1676 | dentifyer;\n        $comment[$nhits]=\"$ldb|$identify\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1677 | er [Eval=$expectation][id=$identity%][start=$start\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1678 | M end=$endM]\";\n           $nhits++;\n   }\n      }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1679 |     $profile{n}=0;\n    $profile{$profile{n}}{name\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1680 | }=$name;\n    $profile{$profile{n}}{seq}=$seq;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1681 |   $profile {n}++;\n\n    for ($a=0; $a<$nhits; $a+\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1682 | +)\n      {\n   $n=$a+1;\n      $profile{$n}{name}=\"$nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1683 | e\\_$a\";\n     $profile{$n}{seq}=\"\";\n       $profile{$n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1684 | {Qseq}=$Qseq[$a];\n     $profile{$n}{Hseq}=$Hseq[$a];\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1685 | n       $profile{$n}{Qstart}=$QstartL[$a];\n    $profile{$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1686 | }{Hstart}=$HstartL[$a];\n       $profile{$n}{identity}=$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1687 | identityL[$a];\n        $profile{$n}{definition}=$definit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1688 | ionL[$a];\n     $profile{$n}{identifyer}=$identifyerL[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1689 | $a];\n  $profile{$n}{comment}=$comment[$a];\n\n for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1690 |  ($b=0; $b<$L; $b++)\n    {\n       if ($p[$a][$b])\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1691 |               {\n               $profile{$n}{seq}.=$p[$a][$b];\n             \
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1692 |  }\n        else\n            {\n               $profile{$n}{seq}.=\"-\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1693 | ";\n          }\n         }\n      }\n    $profile{n}=$nhit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1694 | s+1;\n\n    return %profile;\n  }\nsub output_prof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1695 | ile\n  {\n    my ($outfile,$profileR, $trim)=(@_);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1696 | \n    my ($a);\n    my %profile=%$profileR;\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1697 | y $P= new FileHandle;\n    my $tmp=vtmpnam();\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1698 |    open ($P, \">$tmp\");\n    for ($a=0; $a<$profi\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1699 | le{n}; $a++)\n      {\n print $P \">$profile{$a}{n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1700 | ame} $profile{$a}{comment}\\n$profile{$a}{seq}\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1701 | ";\n      }\n    close ($P);\n\n    if ( $trim)\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1702 |      {\n        if ($ENV{psitrim_mode_4_TCOFFEE} eq \"tri\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1703 | m\")# old trimming\n      {\n       if ($trim>0)\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1704 |   {\n           &safe_system (\"t_coffee -other_pg seq_refo\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1705 | rmat -in $tmp -action +trim _aln_n$trim\\_K1 -outp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1706 | ut fasta_aln -out $outfile\");\n              }\n           els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1707 | e\n           {\n               &safe_system (\"t_coffee -other_pg \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1708 | seq_reformat -in $tmp -action +trim _aln_%%$trim\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1709 | _K1 -output fasta_aln -out $outfile\");\n             }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1710 | n         }\n   else # newtrimming\n      {\n       my $tm;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1711 |    if ($ENV{psitrim_tree_4_TCOFFEE}){$tm=\"-treemo\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1712 | de=\".$ENV{psitrim_tree_4_TCOFFEE};}\n      else {$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1713 | tm=\"-treemode=codnd\";}\n          if ($trim>0)\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1714 |   {\n           &safe_system (\"t_coffee -other_pg seq_refo\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1715 | rmat -in $tmp $tm -keep 1 -action +regtrim $trim -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1716 | output fasta_aln -out $outfile\");\n          }\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1717 |  else\n       {\n               &safe_system (\"t_coffee -other\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1718 | _pg seq_reformat -in $tmp $tm -keep 1 -action +reg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1719 | trim $trim\\% -output fasta_aln -out $outfile\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1720 | n             }\n          \n     }\n   \n      }\n    else\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1721 |  {\n    &safe_system (\"mv $tmp $outfile\");\n      }\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1722 | \n    return;\n  }\nsub blast_xml2hit_list\n  {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1723 |    my $string=(@_[0]);\n    return &xml2tag_list (\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1724 | $string, \"hit\");\n  }\nsub xmltag2value\n  {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1725 |   my ($string_in, $tag)=@_;\n    my %TAG;\n    %TA\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1726 | G=xml2tag_list ($string_in, $tag);\n    return $TA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1727 | G{0}{body};\n  }\n\nsub xml2tag_list\n  {\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1728 | ($string_in,$tag)=@_;\n    my $tag_in, $tag_out;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1729 |     my %tag;\n\n    if (-e $string_in)\n      {\n       \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1730 | $string=&file2string ($string_in);\n      }\n    e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1731 | lse\n      {\n  $string=$string_in;\n      }\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1732 | tag_in1=\"<$tag \";\n    $tag_in2=\"<$tag>\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1733 |  $tag_out=\"/$tag>\";\n    $string=~s/>/>##1/g;\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1734 |    $string=~s/</##2</g;\n    $string=~s/##1/<#/g;\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1735 | n    $string=~s/##2/#>/g;\n    @l=($string=~/(\\<[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1736 | ^>]+\\>)/g);\n    $tag{n}=0;\n    $in=0;$n=-1;\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1737 | \n\n    foreach $t (@l)\n      {\n\n    $t=~s/<#//;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1738 |         $t=~s/#>//;\n\n if ( $t=~/$tag_in1/ || $t=~/$tag_\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1739 | in2/)\n   {\n\n     $in=1;\n        $tag{$tag{n}}{ope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1740 | n}=$t;\n            $n++;\n\n     }\n   elsif ($t=~/$tag_out/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1741 | )\n       {\n\n\n           $tag{$tag{n}}{close}=$t;\n      $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1742 | tag{n}++;\n         $in=0;\n      }\n   elsif ($in)\n     {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1743 | \n          $tag{$tag{n}}{body}.=$t;\n    }\n      }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1744 |     return %tag;\n  }\n\n\nsub seq2gor_prediction\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1745 | n  {\n    my ($name, $seq,$infile, $outfile, $gor_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1746 | seq, $gor_obs)=(@_);\n    my ($l);\n\n    `gorIV -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1747 | prd $infile -seq $gor_seq -obs $gor_obs > gor_tmp`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1748 | ;\n    open (GR, \">$outfile\");\n    open (OG, \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1749 | gor_tmp\");\n\n    while (<OG>)\n      {\n\n    $l=$_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1750 | ;\n     if ($l=~/\\>/){print GR \"$l\";}\n      elsif ( $l=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1751 | ~/Predicted Sec. Struct./)\n      {\n       $l=~s/Predi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1752 | cted Sec. Struct\\.//;\n            print GR \"$l\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1753 | }\n      }\n    close (GR);\n    close (OG);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1754 | return;\n  }\nsub seq2msa_tm_prediction\n  {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1755 | my ($name, $seq, $db, $infile, $outfile, $arch, $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1756 | sv)=(@_);\n    my (%p,%gseq,%R, $blast_output, %s,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1757 |  $l);\n    my $R2=new FileHandle;\n    my $method=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1758 | \"psitm\";\n    my $SERVER=\"EBI\";\n\n    $blast_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1759 | output=&run_blast ($name,\"blastp\", $db, $infile,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1760 |  \"outfile\");\n\n    if (&cache_file(\"GET\",$inf\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1761 | ile,$name,$method,$db,$outfile,$SERVER))\n      {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1762 | n       print \"\\tPSITM: USE Cache\\n\";\n     return $outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1763 | ile;\n      }\n    else\n      {\n      $CACHE_STATUS=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1764 | "COMPUTE CACHE\";\n     %p=blast_xml2profile($name,$se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1765 | q,$maxid, $minid,$mincov,$blast_output);\n\n\n  ope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1766 | n (F, \">tm_input\");\n for (my $a=0; $a<$p{n}; $a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1767 | ++)\n     {\n       my $s;\n\n      $s=$p{$a}{seq};\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1768 |    $s=uc($s);\n     print F \">$p{$a}{name}\\n$s\\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1769 | n\";\n      #print stdout \">$p{$a}{name}\\n$s\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1770 | ;\n       }\n   close (F);\n    print \"\\tPSITM: kept  $p{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1771 | n} Homologues for Sequence $p{0}{name}\\n\";\n  &sa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1772 | fe_system (\"t_coffee -other_pg fasta_seq2hmmtop_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1773 | asta.pl -in=tm_input -out=$outfile -output=cons -c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1774 | ov=70 -trim=95 -arch=$arch -psv=$psv\");\n      unlink \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1775 | (\"tm_input\");\n       &cache_file(\"SET\",$infile,$nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1776 | e,$method,$db,$outfile,$SERVER);\n      return;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1777 | }\n  }\n\n\nsub seq2msa_gor_prediction\n  {\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1778 | y ($name, $seq,$infile, $outfile, $gor_seq, $gor_o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1779 | bs)=(@_);\n    my (%p,%gseq,%R, $blast_output, %s,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1780 |  $l);\n    my $R2=new FileHandle;\n    my $db=\"un\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1781 | iprot\";\n    my $method=\"psigor\";\n    my $SERV\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1782 | ER=\"EBI\";\n\n    $blast_output=&run_blast ($name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1783 | ,\"blastp\", \"uniprot\", $infile, \"outfile\");\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1784 | \n    if (&cache_file(\"GET\",$infile,$name,$metho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1785 | d,$db,$outfile,$SERVER, $psiJ))\n      {\n      print \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1786 | "\\tPSIGOR: USE Cache\\n\";\n   return $outfile;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1787 |     }\n    else\n      {\n      $CACHE_STATUS=\"COMPUTE\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1788 |  CACHE\";\n     %p=blast_xml2profile($name,$seq,$maxid\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1789 | , $minid,$mincov,$blast_output);\n\n\n  open (F, \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1790 | >gor_input\");\n        for (my $a=0; $a<$p{n}; $a++)\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1791 |  {\n        my $s;\n\n      $s=$p{$a}{seq};\n       $s=u\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1792 | c($s);\n            print F \">$p{$a}{name}\\n$s\\n\";\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1793 |     #print stdout \">$p{$a}{name}\\n$s\\n\";\n    }\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1794 | \n      close (F);\n    print \"\\tGORTM: kept  $p{n} Homo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1795 | logues for Sequence $p{0}{name}\\n\";\n &safe_syst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1796 | em (\"t_coffee -other_pg fasta_seq2hmmtop_fasta.pl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1797 |  -in=gor_input -out=$outfile -output=cons -cov=70 \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1798 | -trim=95 -gor_seq=$gor_seq -gor_obs=$gor_obs -mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1799 | =gor\");\n      unlink (\"tm_input\");\n        &cache_file(\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1800 | SET\",$infile,$name,$method,$db,$outfile,$SERVER);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1801 | \n      return;\n      }\n  }\n\n\n\nsub run_blast\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1802 | \n    my ($name, $method, $db, $infile, $outfile, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1803 | $run)=(@_);\n    if (!$run){$run=1;}\n    my $erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1804 | r_log=vtmpnam();\n    my $cl_db;\n    my $psiJ=($E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1805 | NV{psiJ_4_TCOFFEE})?$ENV{psiJ_4_TCOFFEE}:1;\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1806 | n    my $psiJFlag=\"-j$psiJ\";\n   \n    if (&cach\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1807 | e_file(\"GET\",$infile,$name,$method,$db,$outfile,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1808 | $SERVER, $psiJ) && is_valid_blast_xml ($outfile))\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1809 | n      {return $outfile;}\n    else\n      {\n  $CA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1810 | CHE_STATUS=\"COMPUTE CACHE\";\n if ( $SERVER eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1811 | EBI_SOAP\")\n     {\n       &check_configuration (\"EM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1812 | AIL\",\"SOAP::Light\",\"INTERNET\");\n\n            $cl_m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1813 | ethod=$method;\n            if ($cl_method =~/wu/)\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1814 |   {\n           if ( $method eq \"psiblast\" || $psiJ>1){my\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1815 | exit(add_error (EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(), \"BL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1816 | AST_FAILURE::$SERVER does not Support psiblast mod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1817 | e ($psiJFlag)\",$CL));}\n               $cl_method=~s/wu//;\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1818 | if ( $cl_method eq \"psiblast\" || $psiJ>1)\n             {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1819 | \n                  add_warning($$,$$,\"PSI BLAST cannot be us\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1820 | ed with the wuBLAST Client. Use server=EBI Or serv\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1821 | er=LOCAL. blastp will be used instead\");\n                 $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1822 | cl_method=\"blastp\";\n           }\n\n         $command=\"t_cof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1823 | fee -other_pg wublast.pl --email $EMAIL $infile -D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1824 |  $db -p $cl_method --outfile $outfile -o xml>/dev/\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1825 | null 2>$error_log\";\n          &safe_system ( $command);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1826 | n               if (-e \"$outfile.xml\") {`mv $outfile.xml $out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1827 | file`;}\n             }\n           else\n            {\n               if ($cl_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1828 | method eq \"psiblast\"){$cl_method =\"blastp $psiJ\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1829 | Flag\";}\n\n            $command=\"t_coffee -other_pg blastp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1830 | gp.pl --email $EMAIL $infile -d $db --outfile $out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1831 | file -p $cl_method --mode PSI-Blast>/dev/null 2>$e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1832 | rror_log\";\n           &safe_system ( $command);\n\n           if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1833 | -e \"$outfile.xml\") {`mv $outfile.xml $outfile`;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1834 | \n            }\n         }\n   elsif ($SERVER eq \"EBI_REST\" \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1835 | || $SERVER eq \"EBI\")\n          {\n       $cl_method=$met\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1836 | hod;\n      &check_configuration(\"EMAIL\",\"XML::S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1837 | imple\", \"INTERNET\");\n           if ($db eq \"uniprot\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1838 | \"){$db1=\"uniprotkb\";}\n          else {$db1=$db;}\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1839 | n           \n      if ($cl_method =~/wu/)\n          {\n               $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1840 | cl_method=~s/wu//;\n\n          \n              if ( $cl_method eq \"p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1841 | siblast\"){$cl_method=\"blastp\";}\n\n          $command=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1842 | "t_coffee -other_pg wublast_lwp.pl --email $EMAIL \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1843 | -D $db1 -p $cl_method --outfile $outfile --align 5\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1844 |  --stype protein $infile>/dev/null 2>error_log\";\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1845 | n             }\n           else\n            {\n               #if ( $cl_method\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1846 |  =~/psiblast/){$cl_method =\"blastp $psiJFlag\";}\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1847 | n               if ( $cl_method =~/psiblast/){$cl_method =\"bla\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1848 | stp\";}\n               $command=\"t_coffee -other_pg ncbiblast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1849 | _lwp.pl --email $EMAIL --database $db1 --program $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1850 | cl_method --outfile $outfile --alignments 5 --styp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1851 | e protein $infile>/dev/null 2>$error_log\";\n           #DE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1852 | BUG\n           #$command=\"t_coffee -other_pg ncbiblast_lw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1853 | p.pl --email $EMAIL -D $db1 -p $cl_method --outfil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1854 | e $outfile --align 5 --stype protein $infile\";\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1855 |         \n              my $maxrun=5;#number of crashes accepetd\n              m\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1856 | y $nrun;\n              my $keep_going=1;\n             while ($keep_goin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1857 | g)\n              {\n               \n              #print \"----- $command [\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1858 | $nrun]\\n\";\n              $nrun++;\n              $keep_going=0;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1859 | \n                  &safe_system ( $command,5);\n                   \n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1860 |  my $success=0;\n                   $success =$success || -e \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1861 | $outfile.out.xml\";\n               $success =$success || -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1862 | e \"$outfile.xml.xml\";\n                   $success =$success \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1863 | || -e \"$outfile.out..xml\";\n              $success =$suc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1864 | cess || -e \"$outfile.xml..xml\";\n                 \n              i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1865 | f (!$success && ($nrun<$maxrun || -e \"$outfile.ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1866 | t.txt\"))\n                   {\n                       $keep_going=1;\n                        add_wa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1867 | rning($$,$$,\"[ncbiblast_lwp.pl] [$command] failed\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1868 |  to produce xml output -- will ne tried again [$nr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1869 | un]\");\n                     }\n                 }\n           \n              if (-e \"$outfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1870 | .out.xml\") {`mv $outfile.out.xml $outfile`;}\n         e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1871 | lsif (-e \"$outfile.xml.xml\"){`mv $outfile.xml.xm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1872 | l $outfile`;}\n         elsif (-e \"$outfile.out..xml\") \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1873 | {`mv $outfile.out..xml $outfile`;}\n            elsif (-e \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1874 | $outfile.xml..xml\"){`mv $outfile.xml..xml $outfil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1875 | e`;}\n          else\n            {\n               add_warning($$,$$,\"[nc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1876 | biblast_lwp.pl] [$command] failed to produce xml o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1877 | utput\");\n               }\n         }\n         }\n   elsif ($SERVER \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1878 | eq \"NCBI\")\n    {\n       &check_configuration (\"I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1879 | NTERNET\");\n       if ($db eq \"uniprot\"){$cl_db=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1880 | "swissprot\";}\n            else {$cl_db=$db;}\n\n          if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1881 |  ( $method eq \"psiblast\" || $psiJ>1){myexit(add_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1882 | error (EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(), \"BLAST_FAILU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1883 | RE::$SERVER does not Support psiblast mode ($psiJF\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1884 | lag)\",$CL));}\n            my $cl_method=$method;\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1885 | \n          &check_configuration ($cl_method);  \n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1886 | $command=\"$cl_method -db $cl_db -query $infile -o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1887 | ut $outfile -outfmt 5 -remote\";\n          &safe_syste\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1888 | m ($command);\n   }\n   elsif ($SERVER =~/CLIENT_(.*\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1889 | )/)\n     {\n       my $client=$1;\n        if ( $method \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1890 | eq \"psiblast\" || $psiJ>1){myexit(add_error (EXIT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1891 | _FAILURE,$$,$$,getppid(), \"BLAST_FAILURE::$SERVER\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1892 |  does not Support psiblast mode ($psiJFlag)\",$CL)\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1893 | );}\n       $command=\"$client -p $method -d $db -i \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1894 | $infile -o $outfile -m 7\";\n       &safe_system ($c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1895 | ommand);\n        }\n   elsif ( $SERVER eq \"LOCAL_blasta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1896 | ll\")\n   {\n       &check_configuration (\"blastall\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1897 | \");\n      if ( $method eq \"psiblast\" || $psiJ>1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1898 | ){myexit(add_error (EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(), \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1899 | \"BLAST_FAILURE::$SERVER does not Support psiblast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1900 |  mode ($psiJFlag)\",$CL));}\n       $command=\"blast\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1901 | all -d $db -i $infile -o $outfile -m7 -p blastp\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1902 | \n          &safe_system ($command);\n    }\n   elsif ( $S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1903 | ERVER eq \"LOCAL\")\n     {\n       my $legacy=0;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1904 |   if ($ENV{\"BLAST_DB_DIR\"}) \n              {\n               $x\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1905 | =$ENV{\"BLAST_DB_DIR\"};\n              $cl_db=\"$x/$db\";\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1906 |      }\n            else\n            {\n               $cl_db=$db;\n        \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1907 |  }\n        \n      ##\n            ## BLAST+ provide differe\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1908 | nt binaries names and CLI options\n         ## Use the\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1909 |  'legacy_blast.pl' to keep compatibility with old \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1910 | blast commands\n            ##\n            $path=`which legacy_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1911 | blast.pl 2>/dev/null`;  \n          $path=`dirname $pat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1912 | h`; \n      chomp($path);\n         \n      if    (!$leg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1913 | acy && ($method eq \"blastp\" || $method eq \"psib\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1914 | last\"))\n            {\n               \n              &check_configuration(\"p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1915 | siblast\");\n           $command=\"psiblast -db $cl_db -que\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1916 | ry $infile -num_iterations $psiJ -out $outfile -ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1917 | tfmt 5\";\n           }\n           elsif ($legacy && $metho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1918 | d eq \"blastp\")\n           {\n               &check_configur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1919 | ation(\"legacy_blast.pl\");\n          $command=\"le\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1920 | gacy_blast.pl blastpgp --path $path -d $cl_db -i $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1921 | infile -o $outfile -m7 $psiJFlag\";             \n           }\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1922 |    elsif ($legacy && $method eq \"psiblast\")\n   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1923 |     {\n         &check_configuration(\"legacy_blast.pl\")\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1924 | ;\n             $command=\"legacy_blast.pl blastpgp --path $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1925 | ath -d $cl_db -i $infile -o $outfile -m7 $psiJFlag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1926 | \";\n         }\n           elsif ($method eq \"blastn\")\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1927 | n             {\n               &check_configuration(\"legacy_blast.p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1928 | l\");\n         $command=\"legacy_blast.pl blastall --pat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1929 | h $path -p blastn -d $cl_db -i $infile -o $outfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1930 |  -m7 -W6\";\n         }\n           &safe_system ($command\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1931 | );\n      }\n   else\n    {\n\n     myexit(add_error (EX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1932 | IT_FAILURE,$$,$$,getppid(), \"BLAST_FAILURE::Unkno\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1933 | wnServer\",$CL));\n       }\n\n\n       #Check that everythi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1934 | ng went well\n\n        if ( !-e $outfile || !&is_valid_b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1935 | last_xml($outfile))\n     {\n\n     if ( -e $outfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1936 | )\n           {\n               add_warning ($$,$$,\"Corrupted Blas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1937 | t Output (Run $run)\");\n               unlink($outfile);\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1938 |    }\n      if ( -e $error_log)\n             {\n\n             my $\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1939 | error_msg=file2string ($error_log);\n\n         if ( $err\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1940 | or_msg =~/enter a valid email/)\n                 {\n               myex\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1941 | it(add_error (EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(), \"BLAS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1942 | T_FAILURE::Invalid_or_rejected_email::$EMAIL\", \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1943 | $command\"));\n           }\n         }\n           if ( $run==$B\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1944 | LAST_MAX_NRUNS)\n             {\n\n             myexit(add_error (E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1945 | XIT_FAILURE,$$,$$,getppid(), \"BLAST_FAILURE::Unkn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1946 | ownReason\", \"$command\"));\n        }\n           else\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1947 | n             {\n               my $out;\n              if ($SERVER eq \"NCBI\") \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1948 | {$SERVER=\"EBI\"; }\n           elsif ($SERVER eq \"EBI\"){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1949 | $SERVER=\"NCBI\";}\n            add_warning ($$,$$,\"Blast f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1950 | or $name failed (Run: $run out of $BLAST_MAX_NRUNS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1951 | . Use $SERVER)\");\n            $out=&run_blast ($name, $met\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1952 | hod, $db,$infile, $outfile, $run+1);\n          if ($SERVE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1953 | R eq \"NCBI\") {$SERVER=\"EBI\"; }\n            elsif ($SERV\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1954 | ER eq \"EBI\"){$SERVER=\"NCBI\";}\n             return $out;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1955 | n             }\n         }\n\n &cache_file(\"SET\",$infile,$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1956 | ame,$method,$db,$outfile,$SERVER, $psiJ);\n     return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1957 |  $outfile;\n      }\n  }\n\nsub cache_file\n  {\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1958 |    my ($cache_mode,$infile,$name,$method,$db, $out\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1959 | file,$server,$it)=(@_);\n    my $cache_file;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1960 | #Protect names so that they can be turned into leg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1961 | al filenames\n    $name=&clean_file_name ($name);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1962 | n    if (!$it){$it=1;}\n    if ($db=~/\\//)\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1963 |  {\n    $db=~/([^\\/]+)$/;\n    $db=$1;\n      }\n\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1964 | $cache_file=\"$CACHE/$name.$method.$db.$server.$it\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1965 | .tmp\";\n    #print \"Look for $cache_file [$cache\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1966 | _mode][$CACHE] \\n\";\n    if ($infile ne \"\"){$c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1967 | ache_file_infile=\"$CACHE/$name.$method.$db.$serve\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1968 | r.$it.infile.tmp\";}\n\n    if ($cache_mode eq \"G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1969 | ET\")\n      {\n        if ($CACHE eq \"\" || $CACHE eq \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1970 | "no\" || $CACHE eq \"ignore\"  || $CACHE eq \"loca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1971 | l\" || $CACHE eq \"update\"){return 0;}\n       elsif ( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1972 | !-d $CACHE)\n     {\n       print STDERR \"ERROR: Cach\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1973 | e Dir: $CACHE Does not Exist\";\n           return 0;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1974 |   }\n   else\n    {\n       my ($z1,$z1m)=uncompress($c\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1975 | ache_file_infile);\n        my ($z2,$z2m)=uncompress(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1976 | $cache_file);\n     \n      if ( -e $cache_file && \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1977 | &fasta_file1_eq_fasta_file2($infile,$cache_file_in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1978 | file)==1)\n           {\n               `cp $cache_file $outfile`;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1979 | n               $CACHE_STATUS=\"READ CACHE\";\n         compress($z1,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1980 | z1m);\n         compress($z2,$z2m);\n           \n              return 1;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1981 |     }\n   }\n      }\n    elsif ($cache_mode eq \"\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1982 | SET\")\n      {\n       if ($CACHE eq \"\" || $CACHE eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1983 | \"no\" || $CACHE eq \"ignore\"  || $CACHE eq \"loc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1984 | al\" || $CACHE eq \"update\"){return 0;}\n      elsif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1985 |  !-d $CACHE)\n    {\n       print STDERR \"ERROR: Cac\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1986 | he Dir: $CACHE Does not Exist\";\n          return 0;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1987 |           }\n   elsif (-e $outfile)\n     {\n       `cp $outfil\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1988 | e $cache_file`;\n           if ($cache_file_infile ne \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1989 | \"){ `cp $infile $cache_file_infile`;}\n            retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1990 | n 1;\n    }\n      }\n    $CACHE_STATUS=\"COMPUTE C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1991 | ACHE\";\n    return 0;\n  }\nsub file1_eq_file2\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1992 |  {\n    my ($f1, $f2)=@_;\n    if ( $f1 eq \"\"){r\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1993 | eturn 1;}\n    elsif ( $f2 eq \"\"){return 1;}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1994 |   elsif ( !-e $f1){return 0;}\n    elsif ( !-e $f2\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1995 | ){return 0;}\n    elsif ($f1 eq \"\" || $f2 eq \"\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1996 | " || `diff $f1 $f2` eq \"\"){return 1;}\n\n    ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1997 | urn 0;\n  }\nsub clean_file_name\n  {\n    my $nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1998 | e=@_[0];\n\n    $name=~s/[^A-Za-z1-9.-]/_/g;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 1999 | return $name;\n  }\nsub url2file\n  {\n    my ($ad\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2000 | dress, $out)=(@_);\n\n    if (&pg_is_installed (\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2001 | wget\"))\n      {\n       return &safe_system (\"wget $addr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2002 | ess -O$out >/dev/null 2>/dev/null\");\n }\n    els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2003 | if (&pg_is_installed (\"curl\"))\n      {\n     return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2004 |  &safe_system (\"curl $address -o$out >/dev/null 2\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2005 | >/dev/null\");\n      }\n    else\n      {\n    myexi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2006 | t(flus_error(\"neither curl nor wget are installed\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2007 | . Imnpossible to fectch remote file\"));\n      exit ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2008 | EXIT_FAILURE);\n      }\n  }\nsub fasta_file1_eq_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2009 | asta_file2\n  {\n    my ($f1, $f2)=@_;\n    my (%s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2010 | 1, %s2);\n    my @names;\n    %s1=read_fasta_seq (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2011 | $f1);\n    %s2=read_fasta_seq ($f2);\n\n    @names\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2012 | =(keys (%s1));\n\n    foreach $n (keys(%s1))\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2013 |   {\n   my $ss1=lc($s1{$n}{seq});\n     my $ss2=lc($s2{$\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2014 | n}{seq});\n     if ($ss1 ne $ss2){return 0;}\n      }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2015 | n    foreach $n (keys(%s2))\n      {\n  my $ss1=lc(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2016 | $s1{$n}{seq});\n        my $ss2=lc($s2{$n}{seq});\n     if ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2017 | ss1 ne $ss2){return 0;}\n      }\n    \n    return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2018 |  1;\n  }\n\n\n\nsub read_template_file\n  {\n    m\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2019 | y $pdb_templates = @_[0];\n    my $tmp=new FileHan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2020 | dle;\n    open ($tmp, \"<$pdb_templates\");\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2021 | y %temp_h;\n    my ($skip,$seq, $temp);\n\n    #su\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2022 | pports both a simple [seq pdb] format and the regu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2023 | lar fasta like template format\n    while (<$tmp>)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2024 | \n      {\n     \n      $line = $_;\n   if ($line=~/\\>(\\S+)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2025 | \\s_._\\s(\\S+)/){$temp_h{$1}= $2;}\n   elsif ($line\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2026 |  =~/(\\S+)\\s(\\S+)/){$temp_h{$1}= $2;}\n      }\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2027 |     close($tmp);\n    return %temp_h;\n  }\n\n\n\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2028 | \n\n\nsub seq2tblastx_lib\n  {\n    my ($mode, $in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2029 | file, $outfile)=@_;\n    my (%s, $method,$nseq);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2030 | \n    $method=$mode;\n    &set_temporary_dir (\"se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2031 | t\",$infile,\"infile\");\n    %s=read_fasta_seq(\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2032 | infile\");\n\n\n    foreach $seq (keys(%s))\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2033 |  {\n    $slist[$s{$seq}{order}]=$s{$seq}{seq};\n        $sna\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2034 | me[$s{$seq}{order}]=$s{$seq}{name};\n   $slen[$s{$se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2035 | q}{order}]=length ($s{$seq}{seq});\n      }\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2036 | nseq=$#sname+1;\n    open (F, \">outfile\");\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2037 | print F \"! TC_LIB_FORMAT_01\\n\";\n    print F \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2038 | $nseq\\n\";\n    for ($a=0; $a<$nseq;$a++)\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2039 | {\n     print F \"$sname[$a] $slen[$a]  $slist[$a]\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2040 | "\n      }\n    close (F);\n    &safe_system (\"fo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2041 | rmatdb -i infile -p F\");\n    &safe_system (\"bla\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2042 | stall -p tblastx -i infile -d infile -m 7 -S1>blas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2043 | t.output\");\n\n    ncbi_tblastx_xml2lib_file (\"o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2044 | utfile\", file2string (\"blast.output\"));\n    &s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2045 | et_temporary_dir (\"unset\",$mode, $method, \"outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2046 | ile\",$outfile);\n    myexit ($EXIT_SUCCESS);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2047 |  }\nsub seq2tblastpx_lib\n  {\n    my ($mode, $inf\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2048 | ile, $outfile)=@_;\n    my (%s, $method,$nseq);\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2049 |    $method=$mode;\n    &set_temporary_dir (\"set\"\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2050 | ,$infile,\"infile\");\n    %s=read_fasta_seq(\"inf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2051 | ile\");\n\n    foreach $seq (keys(%s))\n      {\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2052 | $slist[$s{$seq}{order}]=$s{$seq}{seq};\n        $sname[$s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2053 | {$seq}{order}]=$s{$seq}{name};\n        $slen[$s{$seq}{or\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2054 | der}]=length ($s{$seq}{seq});\n      }\n    $nseq=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2055 | $#sname+1;\n    open (F, \">outfile\");\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2056 |  F \"! TC_LIB_FORMAT_01\\n\";\n    print F \"$nseq\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2057 | \\n\";\n    for ($a=0; $a<$nseq;$a++)\n      {\n        p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2058 | rint F \"$sname[$a] $slen[$a]  $slist[$a]\\n\"\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2059 |     }\n    close (F);\n    &safe_system(\"t_coffee\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2060 |  -other_pg seq_reformat -in infile -output tblastx\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2061 | _db1 > tblastxdb\");\n    &safe_system (\"formatdb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2062 |  -i tblastxdb -p T\");\n    &safe_system (\"blasta\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2063 | ll -p blastp -i tblastxdb -d tblastxdb -m7 >blast.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2064 | output\");\n    ncbi_tblastpx_xml2lib_file (\"outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2065 | ile\", file2string (\"blast.output\"), %s);\n    &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2066 | set_temporary_dir (\"unset\",$mode, $method, \"out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2067 | file\",$outfile);\n    myexit ($EXIT_SUCCESS);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2068 |   }\n\nsub x3dna_find_pair2lib\n      {\n      my \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2069 | ($seq, $pdb, $lib, $pg)=@_;\n      my $outfile1=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2070 | dssr-2ndstrs.dbn\";\n      my $outfile2=\"simple.o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2071 | utput\";\n      my $f= new FileHandle;\n      my (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2072 | $rnaSS,$pdbSS);\n      my $command;\n      my %s_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2073 | db;\n      my %s_seq;\n      my $pdbseq=vtmpnam(NU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2074 | LL);\n      \n      #$pg: \"find_pair\" OR \"find_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2075 | pair -p\"\n      \n      if (!pg_is_installed (\"f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2076 | ind_pair\"))\n  {\n       add_warning ($$,$$, \"x3dna/f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2077 | ind_pair could not be used to extract RNA secondar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2078 | y structures. Secondary structures will be extract\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2079 | ed by x3dna-ssr instead -- Install the find-pair m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2080 | odule of x3dna  [http://x3dna.org/]\");\n         return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2081 |  x3dnassr2lib ($seq, $pdb, $lib);\n     }\n      \n\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2082 |      #get PDB sequence\n      safe_system (\"t_cof\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2083 | fee -other_pg extract_from_pdb $pdb -seq >$pdbseq\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2084 | ");\n      \n      #get find_pair contacts\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2085 | $command=\"$pg $pdb simple.output > /dev/null 2>/d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2086 | ev/null\";\n      safe_system ($command);\n\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2087 |  if (($command=~/find_pair -p/)){$outfile2=\"allpa\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2088 | irs.ana\";}\n      else {$outfile2=\"simple.output\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2089 | \";}\n      \n      if ( !-e $outfile2)\n       {\n       my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2090 | exit(flush_error(\"x3dna failed to compute the sec\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2091 | ondary structure file $outfile2 for $pdb\"));\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2092 | myexit ($EXIT_FAILURE);\n       }\n      \n\n      #Hand\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2093 | le situations when the pdb sequence differs from t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2094 | he RNA sequence\n      #my @out=file2array($outfil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2095 | e1);\n      %s_pdb=read_fasta_seq_index ($pdbseq);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2096 | \n      %s_seq=read_fasta_seq_index ($seq);\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2097 |  my $rnaS=uc($s_seq{0}{seq});\n      my $pdbS=uc($\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2098 | s_pdb{0}{seq});\n      my $vienna;\n      my @lu;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2099 | n    \n      if ($rnaS ne $pdbS)\n      {\n       \n      my (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2100 | $rna,$pdb);\n     $rnaSS=$rnaS;\n         $pdbSS=$pdbS;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2101 |   $rnaSS=~s/T/U/g;\n      $pdbSS=~s/T/U/g;\n      ($rnaS\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2102 | S,$pdbSS)=nw ($rnaS, $pdbS);\n    \n      my @rnaA =sp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2103 | lit (//,$rnaSS);\n        my @pdbA=split (//,$pdbSS);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2104 |           my $l=@rnaA;\n          \n      #print \"\\n--- $s_seq{0}\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2105 | {name} $rnaSS\\n--- $s_seq{0}{name} $pdbSS\\n\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2106 | ;\n       \n      for (my $b=0,my $a=0; $a<$l; $a++)\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2107 |   {\n         if   ($rnaA[$a] ne '-' && $pdbA[$a] ne\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2108 |  '-'){$lu[++$pdb]=++$rna;}\n          elsif($rnaA[$a]\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2109 |  eq '-'){$lu[++$pdb]=-1;}\n           elsif($pdbA[$a] \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2110 | eq '-'){++$rna;}\n          }\n }\n      else\n {\n       f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2111 | or (my $a=0; $a<=length ($rnaS); $a++)\n            {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2112 |      $lu[$a]=$a;\n          }\n }\n      my $l=length (\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2113 | $rnaS);\n      open ($f, \">$lib\");\n      print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2114 | $f \"! TC_LIB_FORMAT_01\\n\";\n      print $f \"1\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2115 | \n\";\n      print $f \"$s_seq{0}{name} $l $rnaS\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2116 | n\";\n      print $f \"!CMT: [SOURCE] >$s_seq{0}{n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2117 | ame} 3D contact library Generated by $pg (x3dna)\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2118 | n\";\n      print $f \"#1 1\\n\";\n      \n      m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2119 | y $ne;\n      my @array=file2array($outfile2);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2120 |     for (my $a=0; $a<5; $a++){shift (@array);}\n  \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2121 |     while (!($array[0]=~/####/))\n      {\n       my $line=\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2122 |  shift (@array);\n        my @l=($line=~/(\\d+)/g);\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2123 |  \n      \n       my $f1=$lu[$l[0]];\n    my $s1=$lu[$l[1]]\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2124 | ;\n\n     #print \"\\n$line\\n$l[0] --> $f1\\n$l[1] \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2125 | --> $s1\\n\\n\"; \n       \n      if (!$f1 || !$s1)\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2126 |  {\n          print \"\\n1---- $rnaSS\\n2---- $pdbSS\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2127 | \n$line\\n[$l[0] --- $l[1]]<---->[$f1 --- $s1]\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2128 | ";\n          myexit(flush_error(\"Error while parsin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2129 | g s3dna::find_pair output\"));\n            }\n   elsif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2130 | $f1==-1 || $s1==-1){;}\n          elsif ($f1<$s1){print $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2131 | f \"$f1 $s1 100\\n\";}\n          else {print $f \"$s1 $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2132 | 1 100\\n\";$ne++;}\n    }\n      print $f \"! SEQ_1_T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2133 | O_N\\n\";\n      close ($f);\n      return;\n    }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2134 | \nsub RNAplfold2lib\n  {\n    my ($seq, $lib)=@_;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2135 | n    my $f= new FileHandle;\n    \n    &safe_syste\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2136 | m (\"t_coffee -other_pg RNAplfold2tclib.pl -in=$se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2137 | q -out=$lib\");\n    \n    if ( !-e $lib)\n     {\n      m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2138 | yexit(flush_error(\"RNAplfold failed to compute th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2139 | e secondary structure of $s{$seq}{name}\"));\n   my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2140 | exit ($EXIT_FAILURE);\n       }\n    open ($f, \">\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2141 | >$lib\");\n    print $f \"!CMT: [SOURCE] 2D contac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2142 | t library Generated by RNAPlfold (Vienna Package)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2143 | \n\";\n    close $f;\n    return;\n  }\nsub x3dnas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2144 | sr2lib\n    {\n      my ($seq, $pdb, $lib)=@_;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2145 |     my $outfile=\"dssr-2ndstrs.dbn\";\n      my $f\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2146 | = new FileHandle;\n      \n\n      if (!pg_is_inst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2147 | alled (\"x3dna-ssr\"))\n        {\n       add_warning ($$,$$,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2148 |  \"x3dna-ssr could not be used to extract RNA seco\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2149 | ndary structures. Secondary structures will be pre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2150 | dicted ab-initio instead with RNAPlfold -- Install\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2151 |  s3dna [http://x3dna.org/] \");\n         return RNAplfo\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2152 | ld2lib ($seq,$lib);\n   }\n      \n      safe_system\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2153 |  (\"x3dna-ssr -i=$pdb >/dev/null 2>/dev/null\");\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2154 |       if ( !-e $outfile)\n      {\n       myexit(flush_erro\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2155 | r(\"x3dna-ssr failed to compute the secondary stru\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2156 | cture file \"));\n        myexit ($EXIT_FAILURE);\n     }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2157 | \n      #Handle situations when the pdb sequence d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2158 | iffers from the RNA sequence\n      @out=file2arra\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2159 | y($outfile);\n      my %s=read_fasta_seq ($seq);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2160 |       my @names=keys (%s);\n      my $rnaS=uc($s{$\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2161 | names[0]}{seq});\n      my $pdbS=uc($out[1]);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2162 |    my $vienna;\n      \n      #x3dna returns non l\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2163 | egitimate nucleotides\n       $pdbS=~s/[^AGCTU]//g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2164 | ;\n      \n      if ($rnaS ne $pdbS)\n  {\n       my ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2165 | rna,$pdb);\n      my $rnaSS=$rnaS;\n      my $pdbSS=$pdb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2166 | S;\n      $rnaSS=~s/T/U/g;\n      $pdbSS=~s/T/U/g;\n      (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2167 | $rnaSS,$pdbSS)=nw ($rnaSS, $pdbSS);\n     my @rnaA =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2168 | split (//,$rnaSS);\n      my @pdbA=split (//,$pdbSS);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2169 | \n        my @SS=split (//, $out[2]);\n   \n      my $l=@r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2170 | naA;\n    for (my $b=0,my $a=0; $a<$l; $a++)\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2171 | {\n           if   ($rnaA[$a] ne '-' && $pdbA[$a] ne '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2172 | -'){$vienna.=$SS[$b++];}\n            elsif($rnaA[$a] e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2173 | q '-'){$b++;}\n       elsif($pdbA[$a] eq '-'){$vie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2174 | nna.='.';}\n        }\n }\n      else\n {\n       $vienna\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2175 | =$out[2];\n     }\n    \n\n      open ($f, \">seq\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2176 | n      print $f \">$names[0]\\n$rnaS\\n\";\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2177 | close $f;\n      \n      open ($f, \">str\");\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2178 |    print $f \">$names[0]\\n$vienna\\n\";\n      cl\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2179 | ose $f;\n      \n      safe_system (\"t_coffee -ot\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2180 | her_pg seq_reformat -in seq -in2 str -output vienn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2181 | a2tc_lib >$lib\");\n      if ( !-e $lib)\n          {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2182 |               myexit(flush_error(\"seq_reformat failed to\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2183 |  convert your secondary structure\"));\n              mye\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2184 | xit ($EXIT_FAILURE);\n      }\n      \n      open (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2185 | $f, \">>$lib\");\n      print $f \"!CMT: [SOURCE] \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2186 | >$names[0] 2D Contact library generated by x3dna-s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2187 | sr\\n\";\n      #print $f \"! Vienna_Format: >$nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2188 | es[0]\\n\";\n      #print $f \"! Vienna_Format: $v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2189 | ienna\\n\";\n      \n      close $f;\n      return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2190 | ;\n    }\n\n\nsub file2head\n      {\n  my $file = \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2191 | shift;\n        my $size = shift;\n     my $f= new FileHandle\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2192 | ;\n     my $line;\n     open ($f,$file);\n      read ($f,$line,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2193 |  $size);\n      close ($f);\n   return $line;\n      }\ns\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2194 | ub file2tail\n      {\n my $file = shift;\n     my $si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2195 | ze = shift;\n   my $f= new FileHandle;\n        my $line;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2196 | \n      open ($f,$file);\n      seek ($f,$size*-1, 2);\n        rea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2197 | d ($f,$line, $size);\n  close ($f);\n   return $line;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2198 | \n      }\n\n\nsub vtmpnam\n      {\n   my $r=rand(1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2199 | 00000);\n       my $f=\"file.$r.$$\";\n while (-e $f)\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2200 |   {\n       $f=vtmpnam();\n       }\n   push (@TMPFILE_LIS\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2201 | T, $f);\n       return $f;\n      }\n\nsub myexit\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2202 |     my $code=@_[0];\n    if ($CLEAN_EXIT_STARTED==\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2203 | 1){return;}\n    else {$CLEAN_EXIT_STARTED=1;}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2204 |   ### ONLY BARE EXIT\n    exit ($code);\n  }\nsub \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2205 | set_error_lock\n    {\n      my $name = shift;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2206 |     my $pid=$$;\n\n\n      &lock4tc ($$,\"LERROR\"\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2207 | , \"LSET\", \"$$ -- ERROR: $name $PROGRAM\\n\");\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2208 |       return;\n    }\nsub set_lock\n  {\n    my $p\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2209 | id=shift;\n    my $msg= shift;\n    my $p=getppid(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2210 | );\n    &lock4tc ($pid,\"LLOCK\",\"LRESET\",\"$p$m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2211 | sg\\n\");\n  }\nsub unset_lock\n   {\n\n    my $pi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2212 | d=shift;\n    &lock4tc ($pid,\"LLOCK\",\"LRELEASE\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2213 | ",\"\");\n  }\nsub shift_lock\n  {\n    my $from=s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2214 | hift;\n    my $to=shift;\n    my $from_type=shift;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2215 | \n    my $to_type=shift;\n    my $action=shift;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2216 |    my $msg;\n\n    if (!&lock4tc($from, $from_type\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2217 | , \"LCHECK\", \"\")){return 0;}\n    $msg=&lock4tc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2218 |  ($from, $from_type, \"LREAD\", \"\");\n    &lock4\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2219 | tc ($from, $from_type,\"LRELEASE\", $msg);\n    &l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2220 | ock4tc ($to, $to_type, $action, $msg);\n    return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2221 | ;\n  }\nsub isshellpid\n  {\n    my $p=shift;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2222 |  if (!lock4tc ($p, \"LLOCK\", \"LCHECK\")){return \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2223 | 0;}\n    else\n      {\n        my $c=lock4tc($p, \"LLOCK\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2224 | \", \"LREAD\");\n       if ( $c=~/-SHELL-/){return 1;}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2225 |       }\n    return 0;\n  }\nsub isrootpid\n  {\n \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2226 |    if(lock4tc (getppid(), \"LLOCK\", \"LCHECK\")){\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2227 | return 0;}\n    else {return 1;}\n  }\nsub lock4tc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2228 | \n      {\n       my ($pid,$type,$action,$value)=@_;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2229 |  $fname;\n        my $host=hostname;\n\n          if ($type eq\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2230 |  \"LLOCK\"){$fname=\"$LOCKDIR/.$pid.$host.lock4tco\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2231 | ffee\";}\n        elsif ( $type eq \"LERROR\"){ $fname=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2232 | \"$LOCKDIR/.$pid.$host.error4tcoffee\";}\n        elsif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2233 |  ( $type eq \"LWARNING\"){ $fname=\"$LOCKDIR/.$pid\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2234 | .$host.warning4tcoffee\";}\n\n    if ($debug_lock)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2235 | n           {\n       print STDERR \"\\n\\t---lock4tc(tc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2236 | g): $action => $fname =>$value (RD: $LOCKDIR)\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2237 | ;\n         }\n\n         if    ($action eq \"LCHECK\") {ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2238 | urn -e $fname;}\n         elsif ($action eq \"LREAD\"){r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2239 | eturn file2string($fname);}\n     elsif ($action eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2240 | \"LSET\") {return string2file ($value, $fname, \">\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2241 | >\");}\n          elsif ($action eq \"LRESET\") {return s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2242 | tring2file ($value, $fname, \">\");}\n    elsif ($a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2243 | ction eq \"LRELEASE\")\n            {\n       if ( $debug\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2244 | _lock)\n                {\n               my $g=new FileHandle;\n                 open (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2245 | $g, \">>$fname\");\n              print $g \"\\nDestroyed by\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2246 |  $$\\n\";\n               close ($g);\n           safe_system (\"mv \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2247 | $fname $fname.old\");\n         }\n           else\n            {\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2248 | unlink ($fname);\n              }\n         }\n   return \"\";\n        }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2249 | \n\nsub file2string\n   {\n       my $file=@_[0];\n       my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2250 |  $f=new FileHandle;\n     my $r;\n        open ($f, \"$fi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2251 | le\");\n          while (<$f>){$r.=$_;}\n         close ($f);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2252 |           return $r;\n  }\nsub file2array\n     {\n       my $file\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2253 | =@_[0];\n         my $f=new FileHandle;\n         my @r;\n        o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2254 | pen ($f, \"$file\");\n    while (<$f>){@r=(@r,$_);}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2255 | \n        close ($f);\n   return @r;\n  }\nsub string2fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2256 | le\n    {\n    my ($s,$file,$mode)=@_;\n    my $f=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2257 | new FileHandle;\n\n    open ($f, \"$mode$file\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2258 | n    print $f  \"$s\";\n    close ($f);\n  }\n\nBE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2259 | GIN\n    {\n      srand;\n\n      $SIG{'SIGUP'}='s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2260 | ignal_cleanup';\n      $SIG{'SIGINT'}='signal_clea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2261 | nup';\n      $SIG{'SIGQUIT'}='signal_cleanup';\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2262 |     $SIG{'SIGILL'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2263 | SIGTRAP'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGABRT'}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2264 | ='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGEMT'}='signal_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2265 | leanup';\n      $SIG{'SIGFPE'}='signal_cleanup';\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2266 | \n      $SIG{'SIGKILL'}='signal_cleanup';\n      $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2267 | SIG{'SIGPIPE'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2268 | TOP'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGTTIN'}='si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2269 | gnal_cleanup';\n      $SIG{'SIGXFSZ'}='signal_clea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2270 | nup';\n      $SIG{'SIGINFO'}='signal_cleanup';\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2271 |       $SIG{'SIGBUS'}='signal_cleanup';\n      $SIG\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2272 | {'SIGALRM'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGTSTP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2273 | '}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGTTOU'}='signa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2274 | l_cleanup';\n      $SIG{'SIGVTALRM'}='signal_clean\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2275 | up';\n      $SIG{'SIGUSR1'}='signal_cleanup';\n\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2276 | n      $SIG{'SIGSEGV'}='signal_cleanup';\n      $S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2277 | IG{'SIGTERM'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGCO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2278 | NT'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGIO'}='signa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2279 | l_cleanup';\n      $SIG{'SIGPROF'}='signal_cleanup\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2280 | ';\n      $SIG{'SIGUSR2'}='signal_cleanup';\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2281 |    $SIG{'SIGSYS'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'S\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2282 | IGURG'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGCHLD'}='\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2283 | signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGXCPU'}='signal_cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2284 | eanup';\n      $SIG{'SIGWINCH'}='signal_cleanup';\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2285 | n\n      $SIG{'INT'}='signal_cleanup';\n      $SIG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2286 | {'TERM'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'KILL'}='si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2287 | gnal_cleanup';\n      $SIG{'QUIT'}='signal_cleanup\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2288 | ';\n\n      our $debug_lock=$ENV{\"DEBUG_LOCK\"};\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2289 | n\n\n\n\n      foreach my $a (@ARGV){$CL.=\" $a\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2290 | }\n      if ( $debug_lock ){print STDERR \"\\n\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2291 | \n********** START PG: $PROGRAM *************\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2292 | ;}\n      if ( $debug_lock ){print STDERR \"\\n\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2293 | \\n**********(tcg) LOCKDIR: $LOCKDIR $$ **********\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2294 | ***\\n\";}\n      if ( $debug_lock ){print STDERR \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2295 | \"\\n --- $$ -- $CL\\n\";}\n\n\n\n\n    }\nsub flu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2296 | sh_error\n  {\n    my $msg=shift;\n    $msg.=\" [t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2297 | c_generic_method.pl/FATAL]\";\n    return add_erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2298 | r ($EXIT_FAILURE,$$, $$,getppid(), $msg, $CL);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2299 | }\nsub add_error\n  {\n    my $code=shift;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2300 |  $rpid=shift;\n    my $pid=shift;\n    my $ppid=sh\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2301 | ift;\n    my $type=shift;\n    my $com=shift;\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2302 |    $ERROR_DONE=1;\n    lock4tc ($rpid, \"LERROR\",\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2303 | \"LSET\",\"$pid -- ERROR: $type\\n\");\n    lock4t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2304 | c ($$, \"LERROR\",\"LSET\", \"$pid -- COM: $com\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2305 | \");\n    lock4tc ($$, \"LERROR\",\"LSET\", \"$pid\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2306 |  -- STACK: $ppid -> $pid\\n\");\n\n    return $cod\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2307 | e;\n  }\nsub add_warning\n  {\n    my $rpid=shift;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2308 | \n    my $pid =shift;\n    my $command=shift;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2309 |  my $msg=\"$$ -- WARNING: $command\\n\";\n    prin\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2310 | t STDERR \"$msg\";\n    lock4tc ($$, \"LWARNING\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2311 |  \"LSET\", $msg);\n  }\n\nsub signal_cleanup\n  {\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2312 | n    print dtderr \"\\n**** $$ (tcg) was killed\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2313 | \";\n    &cleanup;\n    exit ($EXIT_FAILURE);\n  }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2314 | \nsub clean_dir\n  {\n    my $dir=@_[0];\n    if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2315 |  !-d $dir){return ;}\n    elsif (!($dir=~/tmp/)){r\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2316 | eturn ;}#safety check 1\n    elsif (($dir=~/\\*/))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2317 | {return ;}#safety check 2\n    else\n      {\n  `rm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2318 |  -rf $dir`;\n      }\n    return;\n  }\nsub cleanu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2319 | p\n  {\n    #print stderr \"\\n----tc: $$ Kills $P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2320 | IDCHILD\\n\";\n    #kill (SIGTERM,$PIDCHILD);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2321 |  my $p=getppid();\n    $CLEAN_EXIT_STARTED=1;\n\n\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2322 | n\n    if (&lock4tc($$,\"LERROR\", \"LCHECK\", \"\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2323 | "))\n      {\n  my $ppid=getppid();\n   if (!$ERROR_D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2324 | ONE)\n    {\n       &lock4tc($$,\"LERROR\", \"LSET\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2325 |  \"$$ -- STACK: $p -> $$\\n\");\n           &lock4tc($$,\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2326 | \"LERROR\", \"LSET\", \"$$ -- COM: $CL\\n\");\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2327 | }\n      }\n    my $warning=&lock4tc($$, \"LWARNIN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2328 | G\", \"LREAD\", \"\");\n    my $error=&lock4tc($$,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2329 |   \"LERROR\", \"LREAD\", \"\");\n    #release erro\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2330 | r and warning lock if root\n\n    if (isrootpid() \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2331 | && ($warning || $error) )\n      {\n\n  print STDER\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2332 | R \"**************** Summary *************\\n$erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2333 | r\\n$warning\\n\";\n\n  &lock4tc($$,\"LERROR\",\"RE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2334 | LEASE\",\"\");\n        &lock4tc($$,\"LWARNING\",\"RELEAS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2335 | E\",\"\");\n      }\n\n\n    foreach my $f (@TMPFI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2336 | LE_LIST)\n      {\n     if (-e $f){unlink ($f);}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2337 |   }\n    foreach my $d (@TMPDIR_LIST)\n      {\n        c\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2338 | lean_dir ($d);\n      }\n    #No More Lock Release\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2339 | \n    #&lock4tc($$,\"LLOCK\",\"LRELEASE\",\"\"); #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2340 | release lock\n\n    if ( $debug_lock ){print STDER\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2341 | R \"\\n\\n\\n********** END PG: $PROGRAM ($$) ****\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2342 | *********\\n\";}\n    if ( $debug_lock ){print STD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2343 | ERR \"\\n\\n\\n**********(tcg) LOCKDIR: $LOCKDIR $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2344 | $ *************\\n\";}\n  }\nEND\n  {\n\n    &clea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2345 | nup();\n  }\n\nsub blast_com2new_blast_com\n    {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2346 | n      my $com=shift;\n      if ($com=~/formatdb/)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2347 | \n      {\n       $com=~s/formatdb/makeblastdb/;\n        $com=~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2348 | s/\\-i/\\-in/;\n          if ($com =~/pF/){$com=~s/\\-pF/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2349 | \\-dbtype nucl/;}\n       if ($com =~/p F/){$com=~s/\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2350 | -p F/\\-dbtype nucl/;}\n          $com=\"$com -logfile /d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2351 | ev/null\";\n      return $com;\n        }\n      else {retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2352 | n $com;}\n      \n    }\nsub safe_system\n{\n  my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2353 | $com=shift;\n  my $ntry=shift;\n  my $ctry=shift;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2354 | n  my $pid;\n  my $status;\n  my $ppid=getppid();\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2355 | n  if ($com eq \"\"){return 1;}\n \n  if ( ($com=~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2356 | /^blast/) ||($com=~/^formatdb/)){$com=&blast_com2n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2357 | ew_blast_com($com);}\n \n  if (($pid = fork ()) < \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2358 | 0){return (-1);}\n  if ($pid == 0)\n    {\n      s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2359 | et_lock($$, \" -SHELL- $com (tcg)\");\n      if( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2360 | debug_generic_method ) { printf \"~ exec: %s\\n\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2361 |  $com; }\n      exec ($com);\n      if( $debug_gen\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2362 | eric_method ) { printf \"~ exitcode: %s\\n\", $?; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2363 | }\n    }\n  else\n    {\n      lock4tc ($$, \"LLOC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2364 | K\", \"LSET\", \"$pid\\n\");#update parent\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2365 | $PIDCHILD=$pid;\n    }\n  if ($debug_lock){printf \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2366 | STDERR \"\\n\\t .... safe_system (fasta_seq2hmm)  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2367 | p: $$ c: $pid COM: $com\\n\";}\n\n  waitpid ($pid,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2368 | WTERMSIG);\n\n  shift_lock ($pid,$$, \"LWARNING\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2369 | \"LWARNING\", \"LSET\");\n\n  if ($? == $EXIT_FAIL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2370 | URE || lock4tc($pid, \"LERROR\", \"LCHECK\", \"\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2371 | )\n    {\n      if ($ntry && $ctry <$ntry)\n    {\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2372 |           add_warning ($$,$$,\"$com failed [retry: $ctry \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2373 | out of $ntry]\");\n       lock4tc ($pid, \"LRELEASE\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2374 |  \"LERROR\", \"\");\n     #if ($com=~/EBI/){$com=~s/\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2375 | EBI/NCBI/;}\n     #elsif ($com=~/NCBI/){$com=~s/NCBI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2376 | /EBI/;}\n\n       return safe_system ($com, $ntry, ++$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2377 | ctry);\n        }\n      elsif ($ntry == -1)\n  {\n       if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2378 | !shift_lock ($pid, $$, \"LERROR\", \"LWARNING\", \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2379 | "LSET\"))\n         {\n       add_warning ($$,$$,\"$co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2380 | m failed\");\n      }\n   else\n            {\n       lock\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2381 | 4tc ($pid, \"LRELEASE\", \"LERROR\", \"\");\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2382 | }\n       return $?;}\n      else\n     {\n       if (!shift_l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2383 | ock ($pid,$$, \"LERROR\",\"LERROR\", \"LSET\"))\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2384 |     {\n       myexit(add_error ($EXIT_FAILURE,$$,$\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2385 | pid,getppid(), \"UNSPECIFIED system\", $com));\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2386 |    }\n  }\n    }\n  return $?;\n}\n\nsub check_conf\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2387 | iguration\n    {\n      my @l=@_;\n      my $v;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2388 |      foreach my $p (@l)\n       {\n\n     if   ( $p eq \"E\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2389 | MAIL\")\n           {\n       if ( !($EMAIL=~/@/))\n            {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2390 | n               add_warning($$,$$,\"Could Not Use EMAIL\");\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2391 | myexit(add_error ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2392 | EMAIL\",\"$CL\"));\n          }\n           }\n   elsif( $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2393 |  eq \"INTERNET\")\n         {\n       if ( !&check_int\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2394 | ernet_connection())\n           {\n               myexit(add_error ($E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2395 | XIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"INTERNET\",\"$CL\"))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2396 | ;\n             }\n         }\n   elsif( $p eq \"wget\")\n          {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2397 | n             if (!&pg_is_installed (\"wget\") && !&pg_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2398 | s_installed (\"curl\"))\n               {\n               myexit(add_error\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2399 |  ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"PG_NOT_INSTALLED\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2400 | :wget\",\"$CL\"));\n            }\n         }\n   elsif( !(&pg_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2401 | s_installed ($p)))\n        {\n       myexit(add_erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2402 | r ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"PG_NOT_INSTALLE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2403 | D:$p\",\"$CL\"));\n         }\n }\n      return 1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2404 |   }\nsub nw\n      {\n  my($A,$B)=@_;\n my ($i,$j, \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2405 | $s);\n  my $gep=-2;\n   my $match=+2;\n my $mismatch=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2406 | 0;\n    my ($sub, $ins, $del);\n\n\n    if ($A eq $B){re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2407 | turn ($A,$B);}\n        \n      $A=~s/[\\s\\d]//g;      \n      $B=~s/[\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2408 | \s\\d]//g;      \n\n\n  my @rA=split ('',$A);\n my @rB=s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2409 | plit ('',$B);\n \n      #evaluate substitutions\n       my $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2410 | enA=@rA;\n      my $lenB=@rB;\n \n      for ($i=0; $i<=$lenA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2411 | ; $i++){$smat[$i][0]=$i*$gep;$tb[$i][0 ]= 1;}\n fo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2412 | r ($j=0; $j<=$lenB; $j++){$smat[0][$j]=$j*$gep;$tb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2413 | [0 ][$j]=-1;}\n \n      for ($i=1; $i<=$lenA; $i++)\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2414 |  {\n        for ($j=1; $j<=$lenB; $j++)\n             {\n               \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2415 | if ($rA[$i-1] eq $rB[$j-1]){$s=$match;}\n               else {$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2416 | s=$mismatch;}\n         \n              $sub=$smat[$i-1][$j-1]+$s;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2417 |         $del=$smat[$i  ][$j-1]+$gep;\n          $ins=$smat[$i-1][\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2418 | $j  ]+$gep;\n           \n              if   ($sub>=$del && $sub>=$ins)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2419 | {$smat[$i][$j]=$sub;$tb[$i][$j]=0;}\n           elsif($del>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2420 | $ins){$smat[$i][$j]=$del;$tb[$i][$j]=-1;}\n             else \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2421 | {$smat[$i][$j]=$ins;$tb[$i][$j]=1;}\n           }\n       }\n   #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2422 | print \"\\n---- SCORE=$smat[$lenA][$lenB]\\n\";\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2423 | \n      $i=$lenA;\n     $j=$lenB;\n     my $aln_len=0;\n\n      whil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2424 | e (!($i==0 && $j==0))\n   {\n       if ($tb[$i][$j]=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2425 | =0)\n       {\n       $aA[$aln_len]=$rA[--$i];\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2426 |    $aB[$aln_len]=$rB[--$j];\n       }\n   elsif ($tb\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2427 | [$i][$j]==-1)\n     {\n       $aA[$aln_len]='-';\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2428 |               $aB[$aln_len]=$rB[--$j];\n            }\n   elsif \
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2429 | ($tb[$i][$j]==1)\n          {\n       $aA[$aln_len]=$rA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2430 | [--$i];\n             $aB[$aln_len]='-';\n          }\n   $al\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2431 | n_len++;\n        }\n   \n      \n      @aA=reverse (@aA);\n    @aB=re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2432 | verse (@aB);\n  my $sA=join('',@aA);\n  my $sB=join(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2433 | '',@aB);\n      return ($sA,$sB);\n      }\n      \nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2434 |  fasta2nseq\n   {\n       \n      my $f=@_[0];\n          my $nseq\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2435 | ;\n\n     open (F, \"$f\") or return 0;\n         while (<\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2436 | F>)\n       {\n       if ($_=~/\\>/){$nseq++;}\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2437 |  }\n      close (F);\n    return $nseq;\n       }\n     \nsub co\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2438 | mpress\n          {\n       my ($f, $mode)=@_;\n            if    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2439 | ($mode eq \"gz\"){system (\"gzip $f\");}\n          els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2440 | if ($mode eq \"zip\" ){system (\"zip $f\");}\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2441 |  return;\n        }\nsub uncompress \n    {\n       my $f=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2442 | @_[0];\n            if ( -e $f) {return \"\";}\n\n          my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2443 |  $gz=$f.\".gz\";\n          if ( -e $gz)\n            {\n               s\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2444 | ystem (\"gunzip $gz\");\n               return ($f, \"gz\");\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2445 |       }\n           my $gz=$f.\".zip\";\n           \n      if \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2446 | ( -e $gz)\n           {\n               system (\"unzip $gz\");\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2447 | return ($f, \"zip\");\n       }\n           return \"\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2448 | \n        }\nmy $program=\"T-COFFEE (Version_13.45.58.c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2449 | 355d11)\";\n","use Env;\nuse strict;\nuse FileHand\
      | ~~~~~~~~~~~~~              
./perl_header_lib.h:2449:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2449 | 355d11)\";\n","use Env;\nuse strict;\nuse FileHand\
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2450 | le;\nuse DirHandle;\nuse Cwd;\nuse File::Path;\nus\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2451 | e Sys::Hostname;\nuse File::Temp qw/ tempfile temp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2452 | dir /;\n\nmy $QUIET=\">/dev/null 2>/dev/null\";\nm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2453 | y $VERBOSE=$ENV{VERBOSE_4_DYNAMIC};\nmy $FATAL=\"[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2454 | FATAL:mmseqs2prf]\";\nour $EXIT_FAILURE=1;\nour $E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2455 | XIT_SUCCESS=0;\nour $LAST_COM=\"\";\n\nmy $tmpdir \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2456 | = File::Temp->newdir();\n\nmy $doquiet=0;\nmy ($ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2457 | tdir,$cachedb,$cacheq);\n\nmy $ff=new FileHandle;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2458 | nmy (%db, %q, %P, %H, %T);\nmy ($dbf, $qf, $out);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2459 | nmy $prot_min_cov=50;\nmy $prot_min_sim=0;\nmy $pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2460 | ot_max_sim=100;\nmy $psitrim_mode=\"sorttrim\";\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2461 | nmy $psitrim_tree=\"codnd\";\nmy $psitrim=100;\nmy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2462 |  $psiJ=1;\nmy $TF;\nmy $S;\n\nmy $updatedb=0;\nmy \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2463 | $updateq=0;\nmy $update=0;\nmy $qff;\nmy %CIRCULAR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2464 | ;\nmy $mmseqsR;\nmy %R;\nmy $split=1000000;\n\nfor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2465 |  ($a=0; $a<=$#ARGV; $a++)\n  {\n    if    ($ARGV[$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2466 | a] eq \"-protein_db\" || $ARGV[$a] eq \"-db\"){$db\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2467 | f=file2abs($ARGV[++$a]);}\n    elsif ($ARGV[$a] eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2468 |  \"-q\" || $ARGV[$a] eq \"-i\") {$qff =file2abs($A\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2469 | RGV[++$a]);}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-update\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2470 | {$update=1;}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-quiet\") \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2471 | {$doquiet=1;}\n    \n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-od\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2472 | ir\") {$outdir=file2abs($ARGV[++$a]);}\n    elsif \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2473 | ($ARGV[$a] eq \"-o\")    {$mmseqsR=file2abs($ARGV[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2474 | ++$a]);}\n    \n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-templat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2475 | e_file\" || $ARGV[$a] eq \"-tf\") {$TF=($ARGV[++$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2476 | ]);}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-cachedb\") {$cach\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2477 | edb=file2abs($ARGV[++$a]);}\n    elsif ($ARGV[$a] \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2478 | eq \"-updatedb\") {$updatedb=1;}\n    \n    \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2479 | elsif ($ARGV[$a] eq \"-cacheq\")  {$cacheq=file2ab\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2480 | s($ARGV[++$a]);}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-updat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2481 | eq\") {$updateq=1;}\n    \n    elsif ($ARGV[$a] eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2482 |  \"-prot_min_sim\") {$prot_min_sim=($ARGV[++$a]);}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2483 | \n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-prot_max_sim\") {$pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2484 | t_max_sim=($ARGV[++$a]);}\n    elsif ($ARGV[$a] eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2485 |  \"-prot_min_cov\") {$prot_min_cov=($ARGV[++$a]);}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2486 | \n    \n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-psitrim_mode\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2487 |  {$psitrim_mode=$ARGV[++$a];}\n    elsif ($ARGV[$a\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2488 | ] eq \"-psiJ\")         {$psiJ=$ARGV[++$a];}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2489 | elsif ($ARGV[$a] eq \"-psitrim_tree\") {$psitrim_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2490 | ree=$ARGV[++$a];}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-psit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2491 | rim\")      {$psitrim=$ARGV[++$a];}\n    elsif ($A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2492 | RGV[$a] eq \"-s\")            {$S=\"-s \".$ARGV[++\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2493 | $a];}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-split\")        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2494 | {$split=$ARGV[++$a];}\n    else {die \"$ARGV[$a] i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2495 | s an unknown argument $FATAL\";}\n  }\n\nif (!$dbf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2496 | ){print STDERR \"ERROR: mmseqs2prf required a data\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2497 | base via -protein_db $FATAL\\n\";exit ($EXIT_FAILU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2498 | RE);}\nif (!$qff){print STDERR \"ERROR: mmseqs2prf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2499 |  required a query    -q $FATAL\";exit ($EXIT_FAILU\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2500 | RE);}\nif (!is_installed(\"mmseqs\")){print STDERR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2501 |  \"ERROR: mmseqs2prf required mmseqs to be install\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2502 | ed $FATAL\\n\";exit ($EXIT_FAILURE);}\n\n\nif   ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2503 | cachedb eq \"TMP\"){$cachedb=$tmpdir;}\nelsif(!$ca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2504 | chedb){$cachedb=file2path($dbf);}\n\nif   (!$mmseq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2505 | sR){$mmseqsR=\"./out.mmseqs\";}\nif   (!$cacheq ||\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2506 |  $cacheq eq \"TMP\"){$cacheq=\"$tmpdir/query\";}\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2507 | if   (!$outdir  ){$outdir=\"./R_dir\";}\nif   (!$d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2508 | oquiet) {$QUIET=\"\";}\n\nmymkdir ($outdir,$cached\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2509 | b,$cacheq,$tmpdir);\nmy ($qf,%H)=filelist2h($outdi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2510 | r,string2fasta_list($qff));\nmake_output_structure\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2511 | ($outdir,%H);\n\n\nif ( ! -e $mmseqsR || $update){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2512 | split_mmseqs($qf, $cacheq, $updateq, $dbf, $cached\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2513 | b, $updatedb,$S,$mmseqsR,$split);}\n\nmmseqs2prf (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2514 | $mmseqsR,$outdir,$prot_min_sim,$prot_max_sim, $pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2515 | t_min_cov,%H);\nprf2trimprf($outdir,$psitrim_mode,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2516 |  $psitrim_tree, $psitrim, %H);\n\nif ($TF){h2templ\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2517 | ate_file ($TF,%H);}\n\n\nsub h2template_file\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2518 | n    my ($tf,%h)=@_;\n    my $fh =new FileHandle;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2519 | n    my %lu=my %lu=h2lu(%h);\n\n    open ($fh, \">\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2520 | $tf\");\n    foreach my $s (keys{%lu})\n      {\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2521 | my $f=$lu{$s}{0};\n     print $fh \">$s _R_ $h{$f}{tpr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2522 | f}{$s}{absolute}\\n\";\n      }\n    close ($fh);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2523 | n    return $tf;\n  }\n    \nsub prf2trimprf\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2524 | n    my ($outdir,$psitrim_mode,$psitrim_tree,$psit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2525 | rim, %h)=@_;\n    my $template =new FileHandle;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2526 |    my $template_file;\n    my $qf=abs2file($qf);\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2527 |     \n    my %lu=h2lu(%h);\n    foreach my $s (key\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2528 | s(%lu))\n      {\n      my $f=$lu{$s}{0};\n     system (\"t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2529 | _coffee -other_pg seq_reformat -in  $h{$f}{prf}{$s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2530 | }{absolute} -treemode=$psitrim_tree -keep 1 -actio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2531 | n +$psitrim_mode $psitrim -output fasta_aln -out $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2532 | h{$f}{tprf}{$s}{absolute}\");\n foreach my $i (key\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2533 | s%{$lu{$s}})\n    {\n      \n       my $f2=$lu{$s}{$i};\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2534 | \n          if ( !-e $h{$f2}{tprf}{$s}{absolute})\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2535 |    {\n          system (\"cp $h{$f}{tprf}{$s}{absolute} $h\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2536 | {$f2}{tprf}{$s}{absolute}\");\n       }\n         }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2537 |    }\n    return %P;\n  }\n\n\n\n\nsub h2lu\n  {\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2538 |     my %h=@_;\n    my %lu;\n    my %count;\n    fo\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2539 | reach my $f (keys (%h))\n      {\n      foreach my $s (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2540 | keys(%{$h{$f}{name}}))\n          {\n       \n      $lu{$s}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2541 | $count{$s}++}=$f;\n       }\n      }\n    return %lu;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2542 | n  }\nsub mmseqs2prf\n  {\n    #\"query[0],target[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2543 | 1],qaln[2],taln[3],qstart[4],qend[5],pident[6],qco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2544 | v[7],qlen[8]\\\" $QUIET\");\n    my ($out,$outdir,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2545 | $min_id, $max_id,$min_cov, %h)=@_;\n    my $ff  =n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2546 | ew FileHandle;\n    my $prf =new FileHandle;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2547 | my $nn;\n    my $tot;\n    my $psn;\n    my %lu=h2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2548 | lu(%h);\n    my %luf;\n    \n    open ($ff,$out);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2549 | n    while (<$ff>)\n      {\n   my $l=$_;\n     my @ll=s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2550 | plit (/\\s/, $l);\n     my $sn=$ll[0];\n        my $f =$lu{$s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2551 | n}{0};\n        my $cf=$h {$f}{prf}{$sn}{absolute};\n   \n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2552 | if ($sn ne $psn)\n        {\n       close $prf;\n           if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2553 | ($luf{$cf}){open ($prf, \">>$cf\");}\n      else\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2554 |       {         \n              open ($prf, \">$cf\");\n                print $prf \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2555 | \">$sn\\n$h{$f}{seq}{$sn}\\n\";\n             }\n         }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2556 | $nn=++$luf{$cf};\n      $psn=$sn;\n     \n      my $id=$ll[6]*10\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2557 | 0;\n    my $cov=$ll[7]*100;\n   my $len=$ll[8];\n       print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2558 |  \"$id $max_id $min_id\\n\";\n  if ($id<=$max_id &&\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2559 |  $id>=$min_id && $cov>$min_cov)\n         {\n       print \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2560 | \"Keep\";\n         print $prf \">$sn\\_$nn\\n\";\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2561 |   for (my $a=1; $a<$ll[4]; $a++){print $prf \"-\"}\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2562 | \n          \n      my @ql=split (//,$ll[2]);\n     my @\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2563 | tl=split (//,$ll[3]);\n     my $qlen=length($ll[2]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2564 | );\n        for (my $a=0; $a<$qlen; $a++)\n           {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2565 |                 if ($ql[$a] ne \"-\"){print $prf \"$tl[$a]\";}\n\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2566 |               }\n           for (my $a=$ll[5]; $a<$len; $a++){p\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2567 | rint $prf \"-\"}\n          print $prf \"\\n\";\n         }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2568 |       }\n    close($prf);\n    close($ff);\n\n    \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2569 | # checkout the un-used ones\n    foreach my $sn (k\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2570 | eys(%lu))\n      {\n    my $f=$lu{$sn}{0};\n\n  if (!-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2571 | e $h{$f}{prf}{$sn}{absolute})\n   {\n       open ($p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2572 | rf,\">$h{$f}{prf}{$sn}{absolute}\");\n      print $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2573 | prf \">$sn\\n$h{$f}{seq}{$sn}\\n\";\n       close (p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2574 | rf);\n    }\n      }\n    #duplicate prf files that\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2575 |  are shared by different input datasets\n    forea\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2576 | ch my $sn (keys (%lu))\n      {\n       my $f0=$lu{$sn}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2577 | 0};\n   \n      foreach my $i (keys(%{$lu{$sn}}))\n       {     \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2578 | n           my $f=$lu{$sn}{$i};\n           if (! -e $h{$f}{pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2579 | f}{$sn}{absolute}){system (\"cp $h{$f0}{prf}{$sn}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2580 | absolute} $h{$f}{prf}{$sn}{absolute}\");}\n       }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2581 |      }\n  }\n\n\nsub file2db\n  {\n    my ($in,$di\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2582 | r, $update)=(@_);\n    my %f;\n    my $out;\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2583 | n    if ( !-e $in)\n      {\n   print \"$in does not\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2584 |  exists $FATAL \\n\";\n      }\n    if ($dir)\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2585 |    {\n  if (!-d $dir){mkdir ($dir) or die \"Could n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2586 | ot create $dir $FATAL\"; }\n    $out=$dir.\"/\".abs2f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2587 | ile($in);}\n    else {$out=$in;}\n    \n    \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2588 | $f{name}=$in;\n    $f{db}=\"$out\\.MMSEQSDB\";\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2589 |   $f{index}=\"$out\\.MMSEQSINDEX\";\n    \n    \n \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2590 |    #Trigger automated update when source db younge\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2591 | r than mmseqs file\n    if (-e $f{db} && ((-M $f{d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2592 | b})>(-M $f{name}))){$update=1;}\n    \n    if (!-e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2593 |  $f{db} || $update)\n      {\n  system (\"mmseqs cr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2594 | eatedb  $f{name}  $f{db} $QUIET\");\n      }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2595 | \n    if (!-d $f{index} || $update)\n      {\n  sys\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2596 | tem (\"mmseqs createindex $f{name} $f{index} $QUIE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2597 | T\");\n      }\n\n    return %f;\n    \n  }\n\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2598 |  file2path\n    {\n      my ($f)=@_;\n      $f=fil\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2599 | e2abs($f);\n      $f=~/(.*\\/)[^\\/]*$/;\n      my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2600 |  $cdir=$1;\n      return $cdir;\n    }\nsub file2a\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2601 | bs\n     {\n       my ($f, $mode)=@_;\n       my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2602 | cdir=getcwd();\n       if ($f=~/^\\//){return $f;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2603 | \n       return \"$cdir/$f\";\n   }\nsub abs2file\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2604 | n    {\n      my $in=shift @_;\n      my $out;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2605 |     \n      if ( $in=~/\\//)\n    {\n       $in=~/.*\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2606 | \/([^\\/]*)$/;\n            $out=$1;\n    }\n   else\n    {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2607 |             $out=$in;\n   }\n      \n    return $out;\n  \
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2608 |   }\n\nsub read_fasta_seq\n  {\n    my $f=@_[0];\n\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2609 |     my %hseq;\n    my (@seq, @com, @name);\n    my\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2610 |  ($a, $s,$nseq);\n    my $fh=new FileHandle;\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2611 | \n    open ($fh, $f);\n    while (<$fh>)\n      {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2612 | n       $s.=$_;\n      }\n    close ($fh);\n\n\n    @nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2613 | e=($s=~/>(\\S*).*\\n[^>]*/g);\n\n    @seq =($s=~/>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2614 | .*.*\\n([^>]*)/g);\n    @com =($s=~/>\\S*(.*)\\n([\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2615 | ^>]*)/g);\n\n\n    $nseq=$#name+1;\n\n    for ($a=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2616 | 0; $a<$nseq; $a++)\n      {\n   my $s;\n        my $n=$name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2617 | [$a];\n $hseq{$n}{name}=$n;\n   $hseq{$n}{cname}=cle\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2618 | an_file_name($n);\n     \n      $seq[$a]=~s/[^A-Za-z]//g;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2619 |         $hseq{$n}{order}=$a;\n  $hseq{$n}{seq}=$seq[$a];\n\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2620 |         $hseq{$n}{com}=$com[$a];\n\n      }\n    return %\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2621 | hseq;\n  }\nsub mymkdir\n    {\n      my @l=@_;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2622 |      foreach my $a (@l)\n       {\n       if ( $a && !-d $a)\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2623 | \n          {\n       system (\"mkdir -p $a\");\n            \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2624 |  if ( !-d $a)\n         {\n               die \"Could not Create $a \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2625 | $FATAL\\n\";\n          }\n         }\n }\n\n      return 1;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2626 |     }\nsub clean_file_name\n  {\n    my $name=@_[0\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2627 | ];\n\n    $name=~s/[^A-Za-z1-9.-]/_/g;\n    return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2628 |  $name;\n  }\n\nsub string2fasta_list\n    {\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2629 |   my $string=@_[0];\n      if (!-f $string && !-d \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2630 | $string && !($string=~/\\*/)){return ();}\n      i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2631 | f ($CIRCULAR{$string}){print STDERR \"ERROR: CIRCU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2632 | LAR REFERENCE $string   $FATAL\\n\";exit ($EXIT_FA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2633 | ILURE);}\n      $CIRCULAR{$string}=1;\n      \n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2634 |      my @l1=string2list($string);\n      my @l2;\n\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2635 |       \n      foreach my $f (@l1)\n     {\n\n     if (is\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2636 | fasta($f)){push (@l2, $f);}\n     else \n           {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2637 |     foreach my $string2 (file2list($f))\n               {\n               \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2638 | my @l3=string2fasta_list($string2);\n             foreach m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2639 | y $string3 (@l3)\n                  {\n               push (@l2, $str\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2640 | ing3);\n                    }\n         }\n         }\n }\n      return shr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2641 | inklist(@l2);\n    }\nsub shrinklist\n      {\n my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2642 |  @l=@_;\n       my @l2;\n\n     foreach my $e (@l)\n      {\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2643 |    if ($e)\n          {\n               print \"PUSH [$e]\\n\";\n       \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2644 |         push (@l2,$e);\n              }\n         }\n   return @l2;\n   \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2645 |    }\nsub string2list\n    {\n      my $string=@_[\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2646 | 0];\n      my @list;\n\n      if    (-d $string   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2647 |    ){@list= dir2list($string);}\n      elsif (   $\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2648 | string=~/\\*/){@list= glob    ($string);}\n      e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2649 | lsif (-f $string      ){@list=         ($string);}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2650 | \n      return @list;\n    }\nsub dir2list\n  {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2651 |    my $dir=shift;\n    my @list;\n    my $cdir=get\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2652 | cwd;\n    my $dh  =new DirHandle;\n    \n    opend\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2653 | ir ($dh, $dir);\n    my @dlist=readdir($dh);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2654 | closedir($dh);\n    \n    foreach my $f (@dlist)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2655 |       {\n       if ($f eq \".\" || $f eq \"..\"){;}\n   el\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2656 | se {push (@list, string2list(\"$dir/$f\"));}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2657 |   }\n    return @list;\n  }\nsub file2list\n{\n  m\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2658 | y $file=shift;\n  my @list;\n  my $fh=new FileHand\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2659 | le;\n  \n  open ($fh, \"$file\");\n  while (<$fh>)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2660 | \n    {\n      my $l=$_;\n      chomp ($l);\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2661 |  if ($l){push(@list, $l);}\n    }\n  close ($fh);\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2662 | n  return @list;\n}\nsub file2string\n  {\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2663 | $f=@_[0];\n    my ($string, $l);\n    my $fh= new \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2664 | FileHandle;\n    open ($fh,\"$f\");\n    while (<$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2665 | fh>)\n      {\n\n       $l=$_;\n        $string.=$l;\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2666 |     close ($fh);\n    $string=~s/\\r\\n/\\n/g;\n  \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2667 |   return $string;\n  }\nsub isfasta\n  {\n    my $\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2668 | file=shift;\n    my $fh=new FileHandle;\n    \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2669 |  open ($fh, \"$file\");\n    while (<$fh>)\n      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2670 | {\n     my $l=$_;\n     close ($fh);\n  if ($l=~/^>/){retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2671 | n 1;}\n return 0;\n      }\n  }\n\n  \n\n\n\nsub f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2672 | ilelist2h\n  {\n    my ($outdir,@list)=@_;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2673 |  $infile=\"$outdir/fullseq.fa\";\n    my %h;\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2674 | my %lu;\n    my $fh=new FileHandle;\n    \n    ope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2675 | n ($fh, \">$infile\");\n    foreach my $f (@list)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2676 | n      {\n      if (!$QUIET){print \"! Process $f\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2677 | }\n     my %s=read_fasta_seq($f);\n     $f=abs2file ($f);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2678 | n\n     $h{$f}{template_dir }=\"$outdir/$f.template_di\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2679 | r\";\n  $h{$f}{template_file}{relative}=\"$f.R.temp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2680 | late_file\";\n  $h{$f}{template_file}{absolute}=\"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2681 | h{$f}{template_dir}/$h{$f}{template_file}{relative\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2682 | }\";\n          \n      foreach my $s (keys(%s))\n        {\n       my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2683 |  $cname=$s{$s}{cname};\n            my $name =$s{$s}{ nam\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2684 | e};\n       \n      my $seq  =$s{$s}{seq};\n        my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2685 | com  =$s{$s}{com};\n        \n      #clean \n       $seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2686 | =~s/\\-//g;\n       $seq=~s/\\.//g;\n       \n      if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2687 | ($lu{$s}{seq} && $lu{$s}{seq} ne $seq)\n              {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2688 |                 #print \"$lu{$s}{seq} ---> \\n$lu{$s}{source}/$s\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2689 |  \\n\";\n               #print \"$seq ---> \\n$f/$s \\n\";\n            \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2690 | n               #die;\n         print \"ERROR: two different sequences\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2691 |  where provided for $name: [$seq/$f] and [$lu{$s}{\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2692 | seq}/$lu{$s}{source}]$FATAL]\\n\";\n            close (F);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2693 |                 die;\n        }\n           else \n           {\n               $lu{$s}{\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2694 | seq   }=$seq;\n         $lu{$s}{source}=$f;\n           \n              print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2695 | $fh \">$name\\n$seq\\n\";\n           }\n           $h{$f}{s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2696 | eq  }{$name}=$seq;\n        $h{$f}{name }{$name}=$nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2697 | e;\n        $h{$f}{cname}{$name}=$cname;\n          $h{$f}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2698 | {prf}{$name}{relative}=\"$cname.R.prf\";\n          $h{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2699 | $f}{prf}{$name}{absolute}=\"$tmpdir/$h{$f}{prf}{$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2700 | ame}{relative}\";\n         \n      $h{$f}{tprf}{$name}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2701 | {relative}=\"$cname.R.prf\";\n      $h{$f}{tprf}{$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2702 | ame}{absolute}=\"$h{$f}{template_dir}/$h{$f}{tprf}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2703 | {$name}{relative}\";\n      \n      $h{$f}{templates\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2704 | }.=\">$name _R_ $h{$f}{tprf}{$name}{relative}\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2705 | ;\n       }\n      }\n    close ($fh);\n    return $in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2706 | file, %h;\n  }\nsub make_output_structure\n  {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2707 |   my ($outdir,%h)=@_;\n    my $fh=new FileHandle;\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2708 | n    mymkdir ($outdir) || die \"Could not create $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2709 | outdir\\n\";\n    \n    foreach my $f (keys (%h))\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2710 | n       {\n       mymkdir ($h{$f}{template_dir}) or die \"1 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2711 | Could not create $h{$f}{template_dir}\\n\";\n     op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2712 | en  ($fh, \">$h{$f}{template_file}{absolute}\") or\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2713 |  die \"Could not open $h{$f}{template_file}{absolu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2714 | te}\";\n          print $fh \"$h{$f}{templates}\";\n      cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2715 | ose $fh;\n      }\n    return 1;\n  }\nsub is_installed\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2716 | \n  {\n    my $p=@_[0];\n    my $r=0;\n    my $cwh\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2717 | ich=\"$tmpdir/which\";\n    if (-e $cwhich){unlink\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2718 |  (\"$cwhich\");}\n    \n    system (\"which $p >$c\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2719 | which 2>/dev/null\");\n    my $w=file2string ($cwh\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2720 | ich);\n    if (($w=~/mmseqs/)){$r=1;}\n    return \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2721 | $r;\n  }\n\n  \nsub split_mmseqs\n    {\n      my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2722 | ($qf,$cacheq,$updateq, $db,$cachedb, $updatedb, $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2723 | ,$out,$split)=@_;\n      \n      my @dbl=splitfast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2724 | a($split,(string2fasta_list($db)));\n      \n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2725 |    if ( -e $out){unlink ($out)}\n\n\n     \n      \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2726 | foreach my $d (@dbl)\n  {\n       my $uid=getuid();\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2727 |  my $lcacheo=\"$tmpdir/$uid/search/\";\n          my $lca\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2728 | chedb=(($d =~/$tmpdir/))?\"$tmpdir/$uid/db/\":$cac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2729 | hedb;\n   my $lcacheq=$cacheq;\n          mymkdir ($lcach\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2730 | eo, $lcachedb);\n         \n      print \"! Process Databas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2731 | e $d\\n\";\n      \n      my %db=file2db($d ,$lcachedb,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2732 | updatedb);\n      my %q =file2db($qf,$lcacheq ,$updat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2733 | eq );\n   my $ld=abs2file ($d);\n\n       if (! -d $lc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2734 | acheo){die \"NO CACHE\";}\n\n     $q{search }=\"$lca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2735 | cheo/$ld\\.MMSEQSSEARCH\";\n      $q{convert}=\"$lcac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2736 | heo/$ld\\.MMSEQSCONVERT\";\n     \n       system (\"mmseq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2737 | s search $q{db} $db{db} $q{search} $db{index} $s -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2738 | a $QUIET\");\n    system (\"mmseqs convertalis $q{d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2739 | b} $db{db} $q{search} $q{convert} --format-output \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2740 | \\\"query,target,qaln,taln,qstart,qend,pident,qcov\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2741 | ,qlen\\\" $QUIET\");\n    system (\"cat $q{convert}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2742 |  >> $out\");\n    \n    }\n      return $out;\n    }\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2743 |     \nsub splitfasta \n      {\n        my ($split,@list)\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2744 | =@_;\n  my @fl;\n\n             \n      if (!$split){return @list;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2745 | \n      \n      foreach my $e (@list)\n   {\n       \n      my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2746 | $n=`grep -c \">\" $e`;\n            \n      if ($n>$split)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2747 | \n            {\n               my $uid=getuid();\n             my $odir=\"$tmp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2748 | dir/$uid/\";\n          mymkdir ($odir);\n              system (\"t_co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2749 | ffee -other_pg seq_reformat -action +odir $odir +s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2750 | plit $e $split\");\n            push (@fl,string2list (\"$od\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2751 | ir/*.split\"));\n             }\n           else\n            {\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2752 | push (@fl, $e);\n             }\n         }\n   return @fl;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2753 |    }\nsub getuid\n      {\n       my $n;\n        my $l=3;\n      m\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2754 | y $string=randomstring ($l);\n    while ($R{$string\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2755 | })\n        {\n       $n++;\n         \n              if ($n==\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2756 | 10){$l++;}\n          $string=randomstring($l);\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2757 |  }\n      $R{$string}=1;\n        return $string;\n     }\n             \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2758 | nsub randomstring\n       {\n       my $l=shift;\n          m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2759 | y @s;\n     my @alp=split (//, 'abcdefghijklmnopqr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2760 | stuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456789_');\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2761 |             \n      my $lalp=@alp;\n      \n        for ( my $i=\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2762 | 0; $i<$l; $i++)\n             {\n               $s[$i]=$alp[rand($lal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2763 | p)];\n        }\n           return join ('',@s);\n        }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2764 |   \n              \nmy $program=\"T-COFFEE (Version_13.45.58\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2765 | .c355d11)\";\n","use Env;\nuse strict;\nuse FileHa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:2765:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2765 | .c355d11)\";\n","use Env;\nuse strict;\nuse FileHa\
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2766 | ndle;\nuse Cwd;\nuse File::Path;\nuse Sys::Hostnam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2767 | e;\nuse File::Temp qw/ tempfile tempdir /;\nmy $QU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2768 | IET=\"2>/dev/null\";\nmy $VERBOSE=$ENV{VERBOSE_4_D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2769 | YNAMIC};\nour $EXIT_FAILURE=1;\nour $EXIT_SUCCESS=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2770 | 0;\nour $LAST_COM=\"\";\n\nmy %method;\nmy $method\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2771 | 2use;\nmy $treeF;\nmy $tree=$ENV{\"child_tree_4_TC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2772 | OFFEE\"};\nmy $thread=$ENV{\"child_thread_4_TCOFFE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2773 | E\"};\nmy $dynamic=$ENV{dynamic_config_4_TCOFFEE};\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2774 | \nmy $clean;\nmy $treeFlag;\nmy $blastFlag;\nmy $i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2775 | nfile;\nmy $outfile;\nmy $flush;\nmy $do_exit=0;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2776 | my ($h1, $h2);\nmy @tmpL;\nmy $tmpdir = File::Temp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2777 | ->newdir();\nmy $stderrF=\"$tmpdir/stderr\";\n$QUI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2778 | ET=\"2>$stderrF\";\nmy $CDIR=getcwd();\nmy $thread\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2779 | Flag4tc;\nmy $threadFlag4famsa;\nmy $threadFlag;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2780 | my $tcarg;\n\nmy $QUIET_ENV=$ENV{QUIET_ENV};\n\nif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2781 |  ($QUIET_ENV==1){$QUIET=\"\";}\n\nfor ($a=0; $a<=$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2782 | #ARGV; $a++)\n  {\n    if    ($ARGV[$a] eq \"-seq\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2783 | "){$infile=file2abs($ARGV[++$a]);}\n    elsif ($AR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2784 | GV[$a] eq \"-outfile\"){$outfile=file2abs($ARGV[++\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2785 | $a], \"new\");}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-dynami\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2786 | c_config\"){\n          $dynamic=file2abs($ARGV[++$a]);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2787 | \n      if ($VERBOSE){print \"\\n![dynamic.pl] --- \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2788 | -dynamic_config flag if/else--- $dynamic\\n\";}\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2789 | }\n    \n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-tree\") {$tree\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2790 | =$ARGV[++$a];}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-method\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2791 | ") {$method2use=$ARGV[++$a];}\n    elsif ($ARGV[$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2792 | ] eq \"-verbose\"){$VERBOSE=1; $QUIET=\"\";}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2793 | elsif ($ARGV[$a] eq \"-clean\"){$clean=1;}\n  \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2794 |   elsif ($ARGV[$a] eq \"-thread\"){$thread=$ARGV[+\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2795 | +$a]}\n    elsif ($ARGV[$a] eq \"-tcarg\") {$tcarg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2796 | =file2string($ARGV[++$a]);}\n    else \n      {\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2797 | add2tcenv($a++,@ARGV);\n      }\n  }\n\n\n\nif ($t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2798 | ree eq \"list\")\n  {\n    my $f=\"$tmpdir/f\";\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2799 |    open (F, \">$f\");\n    print F \">a\\nxxx\\n>b\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2800 | \\nyyyyy\\n\";\n    close (F);\n    print STDOUT (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2801 | \"**** Supported Guide tree modes:\\n\");\n    my_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2802 | system (\"t_coffee -other_pg seq_reformat -in $f -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2803 | action +seq2dnd list \");\n    $do_exit=1;\n  }\ni\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2804 | f ($method2use eq \"list\")\n  {\n    my %ml;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2805 |  my $listfile=\"$tmpdir/list\";\n    \n    $ml{tco\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2806 | ffee}=1;\n    $ml{psicoffee}=1;\n    $ml{accurate}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2807 | =1;\n    $ml{'3dcoffee'}=1;\n    $ml{expresso}=1;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2808 | n    $ml{clustalo}=1;\n    $ml{mafft}=1;\n    $ml{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2809 | famsa}=1;\n      print STDOUT (\"**** Supported MS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2810 | A mode:\\n\");\n    my_system (\"t_coffee 2>/dev/n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2811 | ull | grep _msa > $listfile\");\n    open (F, $lis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2812 | tfile);\n    while (<F>)\n      {\n     my $l=$_;\n     $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2813 | =~/(.*_msa)\\s+(.*)/;\n my $m=$1;\n     my $i=\"$2\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2814 | ";\n    if ($m=~/mafftsparsescore/)\n     {\n      printf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2815 |  STDOUT \"%-20s DOES NOT Support [-tree] -- $i\", \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2816 | $m;\n     }\n   elsif ($m=~/tcoffee/){;}\n      elsif ($m=~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2817 | /mafft/){;}\n   elsif (!$ml{$m})\n        {\n       printf \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2818 | STDOUT \"%-20s DOES     Support [-tree] -- $i\", $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2819 | m;\n      }\n      }\n    $do_exit=1;\n  }\nif ($do_e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2820 | xit){my_exit ($CDIR,$EXIT_SUCCESS);}\n\nmy $NSEQ=f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2821 | ile2nseq($infile);\n\n\nif ($NSEQ==0)\n  {\n    pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2822 | int \"ERROR - No sequences provided [FATAL:dynamic\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2823 | .pl]\\n\";\n    exit ($EXIT_FAILURE);\n  }\nif (!$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2824 | outfile)\n  {\n    ($h1,$outfile)=tempfile();\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2825 |  push (@tmpL,$outfile);\n    $flush=1;\n  }\n\nif \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2826 | (!($method2use=~/dynamic/)){;}\nelse \n  {\n    if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2827 |  (-e $dynamic)\n      {\n       if ($VERBOSE){prin\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2828 | t \"\\n![dynamic.pl] --- -dynamic_config FILE: \\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2829 | \";}\n        my @dynamicFile;\n        open (F, $dynamic\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2830 | );\n    while (<F>)\n     {\n       my $f=$_;\n     if ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2831 | VERBOSE){print \"\\n![dynamic.pl] --- FILE content\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2832 | : $f\\n\";}\n       ## $f=~/(\\W)+ (\\d)+/;\n       @d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2833 | ynamicFile = split ' ', $f;\n       if ($VERBOSE){pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2834 | int \"\\n![dynamic.pl] --- -dynamic_config --- $dy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2835 | namicFile[0] :: $dynamicFile[1]\\n\";}\n            $meth\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2836 | od{$dynamicFile[0]} = $dynamicFile[1];\n          }\n   clo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2837 | se(F);\n      }\n    else\n      {\n    $method{\"psi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2838 | coffee_msa\"}=50;\n     $method{\"famsa_msa\"}=1000000\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2839 | 000;\n      }\n    \n    foreach my $name (sort { \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2840 | $method{$a} <=> $method{$b} } keys %method) \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2841 |   {\n   if ($NSEQ<=$method{$name})\n      {\n       $meth\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2842 | od2use=$name;\n     last;\n       }\n      }\n  }\n\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2843 | nif ($tree)\n  {\n    ($h2,$treeF)=tempfile();\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2844 |   my ($h2,$tmptree)=tempfile();\n    push (@tmpL,$\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2845 | treeF);\n    if ( $tree eq \"default\"){$treeF=0;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2846 | \n    elsif ( -e $tree)\n      {\n      my_system (\"cp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2847 |  $tree $tmptree\");\n      }\n    elsif ($tree eq \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2848 | \"master\" || $tree eq \"main\" || $tree eq \"pare\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2849 | nt\")\n      {\n        if ($ENV{CHILD_TREEF_4_TCOFFEE} &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2850 | & -e $ENV{CHILD_TREEF_4_TCOFFEE})\n       {\n       my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2851 | ctree=$ENV{CHILD_TREEF_4_TCOFFEE};\n        my_system\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2852 |  (\"mv $ctree $tmptree\");\n      }\n   else\n    {\n     \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2853 |   my $master_tree=$ENV{CHILD_TREE_4_TCOFFEE};\n   \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2854 |   my_system (\"t_coffee -other_pg seq_reformat -in\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2855 |  $master_tree -in2 $infile -action +prune_tree -ou\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2856 | tput newick > $tmptree\");\n      }\n      }\n    els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2857 | e \n      {\n   my_system (\"t_coffee -other_pg seq_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2858 | reformat -in $infile -action +seq2dnd $tree -outpu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2859 | t newick> $tmptree\");\n      }\n    \n    if ($me\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2860 | thod2use=~/mafft/)\n      {\n   #print \"cp $tmptree\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2861 |  /Users/cnotredame/.Trash/$$.tmptree\\n\";\n    #syst\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2862 | em (\"cp $tmptree /Users/cnotredame/.Trash/$$.tmpt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2863 | ree\");\n       \n      my_system (\"t_coffee -other_pg seq_r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2864 | eformat -in $tmptree -output mafftdndmatrix> $tree\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2865 | F\");\n      }\n    else\n      {\n     my_system (\"m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2866 | v $tmptree $treeF\");\n      }\n  }\nchdir ($tmpdi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2867 | r);\n\nmy $CL4tc=get_cl4tc();#will collect from en\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2868 | v every CLTCOFEE env variable\n\nif (!$treeF || $N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2869 | SEQ<=2){$treeFlag=\"\";}\nelsif ( $method2use=~/co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2870 | ffee/ || $method2use=~/accurate/){$treeFlag=\"-use\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2871 | tree $treeF \";}\nelsif ( $method2use=~/clustalo/)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2872 | {$treeFlag=\"--guidetree-in=$treeF \";}\nelsif ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2873 | method2use=~/mafftsparsecore/){;}\nelsif ( $method\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2874 | 2use=~/mafft/){$treeFlag=\"--treein $treeF \";}\ne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2875 | lsif ( $method2use=~/famsa/){$treeFlag=\"-gt impor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2876 | t $treeF \";}\n$CL4tc.=\" $treeFlag \";\n\n$thread\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2877 | Flag=($thread)?\"--thread $thread \":\"--thread 1 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2878 | \";\n$threadFlag4tc=($thread)?\"-thread $thread \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2879 | :\"-thread 1 \";\n$threadFlag4famsa=($thread)?\"-t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2880 |  $thread \":\"-t 1 \";\n$CL4tc.=\" $threadFlag4tc \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2881 | \";\n\nif ($VERBOSE){print \"\\n![dynamic.pl] --- \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2882 | CL4tc == $CL4tc\\n\";}\n\nmy $cmethod=$method2use;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2883 | \n$cmethod=~s/_pair/_msa/;\n$cmethod=~s/_msa//;\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2884 | nif ($VERBOSE){print \"\\n![dynamic.pl] --- cmetho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2885 | d == $cmethod\\n\";}\n\nif ($cmethod eq \"tcoffee\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2886 | "|| $cmethod eq \"t_coffee\" )\n  {\n    my_system\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2887 |  (\"t_coffee -seq $infile -outfile $outfile -outpu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2888 | t fasta_aln $CL4tc>/dev/null  $QUIET\");    \n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2889 | nelsif ($cmethod=~/(.*coffee)/ || $cmethod=~/(accu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2890 | rate)/ || $cmethod=~/(expresso)/)\n  {\n    my $mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2891 | de=$1;\n    my_system (\"t_coffee  -mode $mode -se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2892 | q $infile -outfile $outfile -output fasta_aln $CL4\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2893 | tc >/dev/null  $QUIET\");    \n  }\nelsif ($cmetho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2894 | d eq \"clustalo\")\n  {\n    my_system (\"clustalo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2895 |  -i $infile $treeFlag -o $outfile  --force $thread\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2896 | Flag $QUIET\");\n    }\nelsif ($cmethod =~/sparsec\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2897 | ore/)\n  {\n    my_system (\"mafft-sparsecore.rb -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2898 | i $infile > $outfile $QUIET\");\n  }\nelsif (($cme\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2899 | thod =~/mafft/))\n  {\n    my $mm;\n    my $retree\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2900 | ;\n    \n    if ( $cmethod eq \"mafft\" || $cmetho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2901 | d=~/\\-/ )\n      {\n   $mm=$cmethod;\n      }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2902 | elsif (($cmethod=~/mafft(.*)/))\n      {\n      $mm=\"m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2903 | afft-\".$1;\n      }\n\n    if ($mm =~/1/)\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2904 | {\n     $mm=~s/1/i/;\n  $retree=\"--retree 1 \"\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2905 | };\n    \n    my_system (\"$mm --anysymbol $thread\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2906 | Flag $treeFlag $retree $infile > $outfile $QUIET\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2907 | );\n  }\n\nelsif ($method2use=~/famsa/)\n  {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2908 | print \"\\n![dynamic.pl] --- FAMSA DEFAULT\\n\";  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2909 |   \n    my_system (\"famsa $treeFlag $threadFlag4f\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2910 | amsa $infile $outfile >/dev/null $QUIET\");\n  }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2911 | elsif ($method2use=~/famsaUpgma/)\n  {\n    print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2912 | \"\\n![dynamic.pl] --- FAMSA Upgma\\n\";\n    prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2913 | t \"\\n![dynamic.pl] --- Command: famsa -gt upgma \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2914 | $treeFlag $threadFlag4famsa $infile $outfile >/dev\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2915 | /null $QUIET\\n\";\n    my_system (\"famsa -gt upg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2916 | ma $treeFlag $threadFlag4famsa $infile $outfile >/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2917 | dev/null $QUIET\");\n  }\nelse\n  {\n    if ($tree\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2918 | F)\n      {\n   printf (STDERR \"WARNING: Method $me\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2919 | thod2use CANNOT use pre-sepecified guide tree [dyn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2920 | amic.pl]\\n\");\n      }\n    my_system (\"t_coffe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2921 | e -in $infile -method $method2use -outfile $outfil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2922 | e -output fasta_aln $tcarg -quiet $QUIET\");\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2923 | n\nif ( ! -e $outfile)\n  {\n    print \"ERROR - N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2924 | o MSA computed - $LAST_COM -- [FATAL:dynamic.pl]\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2925 | n\";\n    my_exit ($CDIR,$EXIT_FAILURE);\n  }\nels\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2926 | if ( $flush)\n {\n   open (F, $outfile);\n   while\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2927 |  (<F>){print $_;}\n   close (F);\n }\nforeach my $\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2928 | f (@tmpL){unlink($f);}\n\n\nif ($VERBOSE!=-1)\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2929 | \n    open (F, \"$stderrF\");\n    while (<F>)\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2930 |     {\n my $l=$_;\n     if ( $VERBOSE || $l=~/WARNING/\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2931 |  || $l=~/ERROR/ || $l=~/INFORNATION/){print stderr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2932 |  \"$l\";}\n      }\n    close (F);\n  }\n\nmy_exit\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2933 |  ($CDIR,$EXIT_SUCCESS);\n\n\nsub file2nseq\n  {\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2934 |    my ($f)=@_;\n    my $n=`grep -c '>' $f`; \n    \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2935 | \n    return $n;\n  }\nsub file2abs\n    {\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2936 | my ($f, $mode)=@_;\n      \n      if (!$f || $f=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2937 | ^\\//){return $f;}\n      elsif (!-e $f && $mode e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2938 | q \"new\"){return \"$CDIR/$f\";}\n      elsif (!-e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2939 |  $f){return $f;}\n    \n      return \"$CDIR/$f\";\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2940 | \n    }\nsub file2string \n    {\n      my ($f)=@_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2941 | ;\n      my $s;\n\n      open (F, $f) || return 0;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2942 | \n      while (<F>)\n   {\n       $s.=$_;\n     }\n      clo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2943 | se (F);\n      chomp($s);\n      return $s;\n    }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2944 |    \n\nsub get_psicl\n      {\n my ($psitrim, $psi\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2945 | trim_mode, $pisN);\n    my $cl;\n       \n      if ($ENV{psitrim\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2946 | _tree_4_TCOFFEE}){$cl.=\" -psitrim_tree=\".$ENV{ps\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2947 | itrim_tree_4_TCOFFEE}.\" \";}\n if ($ENV{psitrim_m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2948 | ode_4_TCOFFEE}){$cl.=\" -psitrim_mode=\".$ENV{psit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2949 | rim_mode_4_TCOFFEE}.\" \";}\n   if ($ENV{psitrim_4_T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2950 | COFFEE}){$cl.=\" -psitrim=\".$ENV{psitrim_4_TCOFFE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2951 | E}.\" \";}\n    if ($ENV{psiJ_4_TCOFFEE}){$cl.=\" -ps\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2952 | iJ=\".$ENV{psiJ_4_TCOFFEE}.\" \";}\n    \n\n    return $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2953 | cl;\n      }\n      \nsub get_cl4tc\n   {\n       my $cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2954 | ;\n       \n      foreach my $arg (keys(%ENV))\n            {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2955 |       if ($arg=~/(.*)_4_CLTCOFFEE/)\n           {\n               my $\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2956 | name=$1;\n                my $val=$ENV{$arg};\n           if (-e $val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2957 | ){$val=file2abs($val);}\n                 \n\n            if ($val eq \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2958 | "FLAGSET\"){$val=\"\";}\n                 $cl.=\"-$name $val \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2959 | ;\n             }\n         }\n   if ($VERBOSE){print \"\\n![dyna\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2960 | mic.pl] --- get_psicl --- $cl\\n\";}\n    return $c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2961 | l;\n    }\n\nsub add2tcenv\n        {\n       my ($p, @a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2962 | rgv)=@_;\n\n          my $flag=$argv[$p];\n           $fl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2963 | ag =~s/^-//;\n        my $val =file2abs($argv[$p+1]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2964 | );\n          my $envv=\"$flag\\_4_CLTCOFFEE\";\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2965 |    $ENV{$envv}=$val;\n      }\n       \nsub my_exit\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2966 | \n    {\n      my ($dir,$ec)=@_;\n      my $a;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2967 |     if ($VERBOSE)\n     {\n       print \"\\n![dynamic.pl]\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2968 |  --- CDIR: $CDIR\\n\";\n          print \"\\n![dynamic.pl\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2969 | ] --- Processed $NSEQ\\n\";\n     print \"\\n![dynam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2970 | ic.pl] --- \";\n          foreach my $arg (@ARGV)\n         {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2971 | \n            print \"$arg \";\n            }\n   \n      print \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2972 | "\\n![dynamic.pl] --- EXIT: $ec ($EXIT_SUCCESS:suc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2973 | cess, $EXIT_FAILURE:failure)-- Verbose mode -- uns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2974 | et VERBOSE_4_DYNAMIC to turn verbose mode off\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2975 | ;\n     }\n      chdir ($dir);\n      exit ($ec);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2976 |  }\n          \nsub my_system \n  {\n    my ($com)=@_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2977 | ;\n    $LAST_COM=$com;\n    \n    if ($VERBOSE){pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2978 | int \"\\n![dynamic.pl] --- SysCall --- $com\\n\";}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2979 | \n    \n    system ($com);\n  }\nmy $program=\"T-C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2980 | OFFEE (Version_13.45.58.c355d11)\";\n","use Env;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:2980:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2980 | OFFEE (Version_13.45.58.c355d11)\";\n","use Env;\n\
      |                                        ^~~~~~~~~~~~
 2981 | use FileHandle;\nuse Cwd;\nuse File::Path;\nuse Sy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2982 | s::Hostname;\nmy $f = new FileHandle;\n\nopen ($f,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2983 |  $ARGV[1]);\n$atom=$ARGV[0];\n\n$atom=~s/PRIME/\\'\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2984 | /;\nwhile (<$f>)\n  {\n    my $l=$_;\n\n    $l=~s/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2985 | $atom/CA /;\n    \n    \n    $l=~s/  G /GLY /g;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2986 |    $l=~s/  C /CYS /g;\n    $l=~s/  T /THR /g;\n   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2987 |  $l=~s/  A /ALA /g;\n    $l=~s/  U /THR /g;\n    \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2988 | n    $l=~s/ DG /GLY /g;\n    $l=~s/ DC /CYS /g;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2989 |    $l=~s/ DT /THR /g;\n    $l=~s/ DA /ALA /g;\n   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2990 |  $l=~s/ DU /THR /g;\n    \n    print $l;\n  }\n\n\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2991 | n\n","*TC_METHOD_FORMAT_01\n******************gene\
      | ~~~~                                    
./perl_header_lib.h:2991:6: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2991 | n\n","*TC_METHOD_FORMAT_01\n******************gene\
      |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2992 | ric_method.tc_method*************\n*\n*       Inco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2993 | rporating new methods in T-Coffee\n*       Cedric \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2994 | Notredame 26/08/08\n*\n***************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2995 | ****************************\n*This file is a meth\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2996 | od file\n*Copy it and adapt it to your need so tha\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2997 | t the method \n*you want to use can be incorporate\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2998 | d within T-Coffee\n*******************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 2999 | ************************\n*                  USAGE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3000 |                               *\n*****************\
      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3001 | **************************************\n*This file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3002 |  is passed to t_coffee via -in:\n*\n*   t_coffee -in\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3003 |  Mgeneric_method.method\n*\n*   The method is passed\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3004 |  to the shell using the following\n*call:\n*<EXECU\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3005 | TABLE><PARAM1><IN_FLAG><seq_file><PARAM2><OUT_FLAG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3006 | ><outname><PARAM>\n*\n*Conventions:\n*<FLAG_NAME> \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3007 |         <TYPE>          <VALUE>\n*<VALUE>:      no_name         <=> Replaced \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3008 | with a space\n*<VALUE>: &nbsp   <=> Replaced with a \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3009 | space\n*\n****************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3010 | ***************\n*                  ALN_MODE      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3011 |                      *\n**************************\
      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3012 | *****************************\n*pairwise   ->all V\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3013 | s all (no self )[(n2-n)/2aln]\n*m_pairwise ->all V\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3014 | s all (no self)[n^2-n]^2\n*s_pairwise ->all Vs all\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3015 |  (self): [n^2-n]/2 + n\n*multiple   ->All the sequ\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3016 | ences in one go\n*\nALN_MODE            pairwise\n*\n*******\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3017 | ************************************************\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3018 | *                  OUT_MODE                       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3019 |     *\n*******************************************\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3020 | ************\n* mode for the output:\n*External me\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3021 | thods: \n* aln -> alignmnent File (Fasta or Clusta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3022 | lW Format)\n* lib-> Lib file (TC_LIB_FORMAT_01)\n*\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3023 | Internal Methods:\n* fL -> Internal Function retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3024 | ning a List (Librairie)\n* fA -> Internal Function\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3025 |  returning an Alignmnent\n*\nOUT_MODE           aln\n******\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3026 | *************************************************\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3027 | n*                  SEQ_TYPE                      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3028 |      *\n******************************************\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3029 | *************\n*G: Genomic, S: Sequence, P: PDB, R\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3030 | : Profile\n*Examples:\n*SEQTYPE S       sequences agains\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3031 | t sequences (default)\n*SEQTYPE S_P     sequence again\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3032 | st structure\n*SEQTYPE  P_P     structure against struc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3033 | ture\n*SEQTYPE  PS      mix of sequences and structure  \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3034 | n*\nSEQ_TYPE    S\n*\n\n*****************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3035 | **************************\n*                COMMA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3036 | ND LINE                         *\n*EXECUTABLE PAR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3037 | AM1 IN_FLAG OUT_FLAG PARAM             *\n********\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3038 | ***********************************************\n*\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3039 | **************************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3040 | ****\n*                  EXECUTABLE               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3041 |           *\n*************************************\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3042 | ******************\n*name of the executable\n*pass\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3043 | ed to the shell: executable\n*  \nEXECUTABLE    tc_gen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3044 | eric_method.pl\n*\n*******************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3045 | ************************\n*                  IN_FL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3046 | AG                             *\n****************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3047 | ***************************************\n*IN_FLAG\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3048 | n*flag indicating the name of the in coming sequen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3049 | ces\n*IN_FLAG S no_name ->no flag\n*IN_FLAG S &bns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3050 | p-in&bnsp -> \" -in \"\n*\nIN_FLAG              -infile=\n*\n*\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3051 | **************************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3052 | ****\n*                  OUT_FLAG                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3053 |           *\n*************************************\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3054 | ******************\n*OUT_FLAG\n*flag indicating th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3055 | e name of the out-coming data\n*same conventions a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3056 | s IN_FLAG\n*OUT_FLAG    S no_name ->no flag\n*if you \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3057 | want to redirect, pass the parameters via PARAM1\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3058 | *set OUT_FLAG to >\n*\nOUT_FLAG         -outfile=\n*\n***\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3059 | **************************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3060 | **\n*                  PARAM_1                    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3061 |           *\n*************************************\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3062 | ******************\n*<EXECUTABLE><PARAM1><IN_FLAG>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3063 | <seq_file><PARAM2><OUT_FLAG><outname><PARAM>\n*Par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3064 | ameters sent to the EXECUTABLE and specified *befo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3065 | re* IN_FLAG \n*If there is more than 1 PARAM line,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3066 |  the lines are\n*concatenated\n*Command_line: @EP@\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3067 | PARAM@-gapopen%e10%s-gapext%e20\n*      %s white space\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3068 | n*      %e equal sign\n*\n*PARAM1       \n*\n*\n*\n**********\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3069 | *********************************************\n*  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3070 |                 PARAM_2                           \
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3071 |    *\n********************************************\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3072 | ***********\n*<EXECUTABLE><PARAM1><IN_FLAG><seq_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3073 | le><PARAM2><OUT_FLAG><outname><PARAM>\n*Parameters\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3074 |  sent to the EXECUTABLE and specified \n*after* IN\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3075 | _FLAG and *before* OUT_FLAG\n*If there is more tha\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3076 | n 1 PARAM line, the lines are\n*concatenated\n*\n*\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3077 | PARAM1  \n*\n*\n***********************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3078 | ********************\n*                  PARAM    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3079 |                           *\n*********************\
      |                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3080 | **********************************\n*<EXECUTABLE><\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3081 | PARAM1><IN_FLAG><seq_file><PARAM2><OUT_FLAG><outna\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3082 | me><PARAM>\n*Parameters sent to the EXECUTABLE and\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3083 |  specified *after* OUT_FLAG\n*If there is more tha\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3084 | n 1 PARAM line, the lines are\n*concatenated\n*\nP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3085 | ARAM    -mode=seq_msa -method=clustalw2\nPARAM   -OUT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3086 | ORDER=INPUT -NEWTREE=core -align -gapopen=-15\n*\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3087 | **************************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3088 | *****\n*                  END                     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3089 |            *\n************************************\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3090 | *******************\n","*TC_METHOD_FORMAT_01\n****\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:3090:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3090 | *******************\n","*TC_METHOD_FORMAT_01\n****\
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3091 | ***********clustalw_method.tc_method*********\nEXE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3092 | CUTABLE clustalw\nALN_MODE              pairwise\nIN_FLAG               -IN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3093 | FILE=\nOUT_FLAG         -OUTFILE=\nOUT_MODE             aln\nPARAM              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3094 | -gapopen=-10\nSEQ_TYPE          S\n***********************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3095 | **************************\n","$VersionTag =      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:3095:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3095 | **************************\n","$VersionTag =      \
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3096 |                                                   \
      |                                                   ~
 3097 |                                                   \
      |                                                   ~
 3098 |                          2.43;\nuse Env;\nuse File\
      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3099 | Handle;\nuse Cwd;\nuse File::Path;\nuse Sys::Hostn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3100 | ame;\n\nour $PIDCHILD;\nour $ERROR_DONE;\nour @TMP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3101 | FILE_LIST;\nour $EXIT_FAILURE=1;\nour $EXIT_SUCCES\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3102 | S=0;\n\nour $REFDIR=getcwd;\nour $EXIT_SUCCESS=0;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3103 | nour $EXIT_FAILURE=1;\n\nour $PROGRAM=\"extract_fr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3104 | om_pdb\";\nour $CL=$PROGRAM;\n\nour $CLEAN_EXIT_ST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3105 | ARTED;\nour $debug_lock=$ENV{\"DEBUG_LOCK\"};\nour\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3106 |  $LOCKDIR=$ENV{\"LOCKDIR_4_TCOFFEE\"};\nif (!$LOCK\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3107 | DIR){$LOCKDIR=getcwd();}\nour $ERRORDIR=$ENV{\"ERR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3108 | ORDIR_4_TCOFFEE\"};\nour $ERRORFILE=$ENV{\"ERRORFI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3109 | LE_4_TCOFFEE\"};\n&set_lock ($$);\nif (isshellpid(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3110 | getppid())){lock4tc(getppid(), \"LLOCK\", \"LSET\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3111 | , \"$$\\n\");}\n      \nour $SILENT=\" >/dev/null \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3112 | 2>/dev/null\";\nour $INTERNET=-1;\n\n\n\n\n\n\n\no\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3113 | ur $BLAST_MAX_NRUNS=2;\nour $EXIT_SUCCESS=0;\nour \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3114 | $EXIT_FAILURE=1;\nour $CONFIGURATION=-1;\nour $REF\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3115 | _EMAIL=\"\";\nour $PROGRAM=\"extract_from_pdb\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3116 | \n\nmy %onelett_prot=&fill_onelett_prot();\nmy %th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3117 | reelett_prot=&fill_threelett_prot();\nmy %onelett_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3118 | RNA=&fill_onelett_RNA();\nmy %threelett_RNA=&fill_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3119 | threelett_RNA();\nmy %onelett_DNA=&fill_onelett_DN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3120 | A();\nmy %threelett_DNA=&fill_threelett_DNA();\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3121 | \n\n\n\nmy %onelett = (\n'P' => \\%onelett_prot,\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3122 | 'D' => \\%onelett_DNA,\n'R' => \\%onelett_RNA\n);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3123 | n\n\nmy %threelett = (\n'P' => \\%threelett_prot,\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3124 | n'D' => \\%threelett_DNA,\n'R' => \\%threelett_RNA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3125 | \n);\n\n\n\n\n\n\n\nif($ARGV[0]=~/help/ ||$ARGV[0]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3126 | =~/man/ || $ARGV[0]=~/HELP/ || $ARGV[0]=~/Man/ || \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3127 | $ARGV[0] eq \"-h\"  || $ARGV[0] eq \"-H\"  )\n{die\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3128 |  \"SYNTAX: extract_from_pdb Version $VersionTag \n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3129 |         Minimum:             [extract_from_pdb file] \n         \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3130 |            OR \n                             [... | extract_from_pdb]\n         Flags\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3131 |  (Default setting on the first line)\n     -version\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3132 | ...................[Returns the Version Number]\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3133 |           -force.....................[Forces the f\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3134 | ile to be treated like a PDB file]\n              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3135 |                         [Regenerates the header an\
      |                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3136 | d SEQRES fields]\n           -force_name..........\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3137 | ......[Forces the file to be named after name]]\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3138 |           -infile.....file...........[Flag can be \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3139 | omited]\n                                     [File must be pdb or fro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3140 |  pgm]\n                                      [File\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3141 |  can also be compressed Z or gz]\n                \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3142 |                       [In the case of a compressed\
      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3143 |  file, you can omit the gz|Z extension]\n         \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3144 |   -netfile...................[File will be fetch f\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3145 | rom the net using wget]\n                         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3146 |              [wget or curl must be installed]\n   \
      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3147 |                                    [ftp://ftp.gnu.\
      |                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~
 3148 | org/pub/gnu/wget/]\n                              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3149 |         [http://curl.haxx.se/]\n                  \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3150 |                     [Must also be used to retrieve\
      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3151 |  the file from a local pdb copy (cf netaddress)]\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3152 |            -netaddress................[Address use\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3153 | d for the retrieving the netfile]\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3154 |                        [http://www.rcsb.org/pdb/cg\
      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3155 | i/export.cgi/%%.pdb.gz?format=PDB&pdbId=%%&compres\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3156 | sion=gz]\n                                      [h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3157 | ttp://www.expasy.ch/cgi-bin/get-pdb-entry.pl?%%]\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3158 |                                       [local -> wi\
      |                                       ~~~~~~~~~~~~~
 3159 | ll get the file from pdb_dir (see pdb_dir)]\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3160 |       -netcompression............[Extension if the\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3161 |  netfile comes compressed]\n                      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3162 |                 [gz]\n           -pdb_dir.........\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3163 | ..........[address of the repertory where the pdb \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3164 | is installed]\n                                   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3165 |    [Supports standard ftp style installation OR ev\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3166 | ery stru in DIR]\n                                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3167 |       [Give the ..../pdb/structure/ dir]\n        \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3168 |                               [If value omitted, t\
      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3169 | he pg gets it from the env variable PDB_DIR]\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3170 |        -netcompression_pg.........[gunzip]\n      \
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3171 |      -is_pdb_name..........name.[Returns 1 if the \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3172 | name is a PDB ID, 0 otherwise]\n           -model_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3173 | type...........name.[Returns the model type if val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3174 | id PDB name]\n           -is_released_pdb_name nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3175 | e.[Returns 1 if the name corresponds to a released\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3176 |  PDB file]\n           -get_pdb_chains.....name...\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3177 | [Returns the list of chains corresponding to the e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3178 | ntry]\n           -get_pdb_id.........name...[Retu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3179 | rns the PDB id within the provided pdb file]\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3180 |        -get_fugue_name.....name...[Turns a name in\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3181 | to a name valid for fugue]\n                      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3182 |                 [Uses the netaddress to do so]\n         \
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3183 |   -chain......FIRST..........[Extract the first ch\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3184 | ain only]\n                    A B C..........[Extract Severa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3185 | l chains if needed]\n                  ALL............[Extr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3186 | act all the chains]     \n           -ligand.....ALL..\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3187 | ..........[Extract the ligands in the chain (HETAT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3188 | M)]\n                       <name1>,<name2>[Extrac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3189 | t All the named lignds]\n          -ligand_only.........\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3190 | ......[Extract only the ligands]\n           -liga\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3191 | nd_list...............[Extract the list of ligands\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3192 | ]\n        -coor.......<start>..<end>.[Coordinates of \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3193 | the fragment to extract]\n                                    [Omit e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3194 | nd to include the Cter]\n           -num........ab\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3195 | solute.......[absolute: relative to the seq] \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3196 |                     file...........[file: relative\
      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3197 |  to file]\n           -num_out....new............[\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3198 | new: start 1->L]\n                       old......\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3199 | ......[old: keep the file coordinates]\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3200 |  -delete.....<start>..<end>.[Delete from residue s\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3201 | tart to residue end]\n     -atom.......CA..........\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3202 | ...[Atoms to include, ALL for all of them]\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3203 |    CA O N.........[Indicate several atoms if neede\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3204 | d]\n       -code.......3..............[Use the 1 lett\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3205 | er code or the 3 letters code]\n           -mode.......ra\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3206 | w............[Output original pdb file]\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3207 |               pdb............[Output something tha\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3208 | t looks like pdb]\n                    fasta..........[Output\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3209 |  the sequences in fasta format]\n                      simple..\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3210 | .......[Output a format easy to parse in C ]\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3211 |         -seq_field..ATOM...........[Field used to \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3212 | extract the sequence]\n                SEQRES.........[Us\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3213 | e the complete sequence]\n         -seq................\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3214 | .......[Equivalent to  -mode fasta]\n      -model...\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3215 | ...1..............[Chosen Model in an NMR file]\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3216 |           -nodiagnostic..............[Switches Err\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3217 | or Messages off]\n           -debug...............\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3218 | ......[Sets the DEBUG ON]\n           -no_remote_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3219 | db_dir.........[Do not look for a remote file]\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3220 |          -cache_pdb.................[Cache Value, \
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3221 | default is $HOME/.t_coffee/cache, other values: NO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3222 | <=> No cache]\n\n      Environement Variables\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3223 |         These variables can be set from the enviro\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3224 | nement\n           Command line values with the co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3225 | rresponding flag superseed evironement value\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3226 |        NO_REMOTE_PDB_DIR..........[Prevents the pr\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3227 | ogram from searching remote file: faster]\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3228 |     PDB_DIR....................[Indicates where PD\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3229 | B file must be fetched (localy)]\n\n     PROBLEMS: pl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3230 | ease contact cedric.notredame\\@europe.com\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3231 |          exit ($EXIT_SUCCESS);\n}\n\n$np=0;\n$n_para=$#AR\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3232 | GV;\n$model=1;\n$pdb_dir=$ENV{'PDB_DIR'};if ($pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3233 | dir){$pdb_dir.=\"/\";}\n$debug=$ENV{'DEBUG_EXTRACT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3234 | _FROM_PDB'};\n\n$no_remote_pdb_dir=$ENV{NO_REMOTE_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3235 | PDB_DIR};\n$HOME=$ENV{'HOME'};\nif ( $ENV{CACHE_4_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3236 | TCOFFEE})\n{$cache=$ENV{CACHE_4_TCOFFEE};}\nelse\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3237 | {\n    $cache=\"$HOME/.t_coffee/cache/\";\n}\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3238 |  \n$netaddress=\"https://files.rcsb.org/download/%\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3239 | %.pdb.gz\";\n$netcompression_pg=\"gunzip\";\n$netc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3240 | ompression=\"gz\";\n\nforeach ($np=0; $np<=$n_para\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3241 | ; $np++)\n  {        \n    $value=$ARGV[$np];\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3242 | \n    if  ($np==0 && !($value=~/^-.*/))\n      { \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3243 | n       $pdb_file= $ARGV[$np];\n      }\n    elsif ( !($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3244 | value=~/^-.*/))\n      {\n      print \"@ARGV\";\n      die;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3245 | \n      } \n    \n    elsif ($value eq \"-nodiagno\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3246 | stic\"){$nodiagnostic=1;}\n    elsif ($value eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3247 | -force\")\n      {\n    $force_pdb=1;\n      }\n    e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3248 | lsif ($value eq \"-force_name\")\n      {\n     $force\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3249 | _name=$ARGV[++$np];\n   $force_pdb=1;\n      }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3250 | \n    elsif ($value eq \"-is_pdb_name\")\n      {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3251 | n       $pdb_file= $ARGV[++$np];        \n      $is_pdb_name=1; \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3252 |     } \n    elsif ($value eq \"-is_released_pdb_na\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3253 | me\")\n      {\n        $pdb_file= $ARGV[++$np];\n      \n      if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3254 | (!$pdb_file){print \"0\";exit (EXIT_SUCCESS);}\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3255 | is_released_pdb_name=1;\n      }\n    elsif ($valu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3256 | e eq \"-model_type\")\n      {\n        $pdb_file= $ARGV[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3257 | ++$np]; \n      $model_type=1;\n      }\n    elsif ($va\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3258 | lue eq \"-debug\")\n{\n $debug=1;\n}\n    elsif ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3259 | value eq \"-get_pdb_chains\")\n{\n      $pdb_file= $ARG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3260 | V[++$np];\n     $get_pdb_chains=1;\n}\n    elsif ($val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3261 | ue eq \"-get_pdb_ligands\")\n{\n        $get_pdb_ligands=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3262 | 1;\n}\n    \n    elsif ($value eq \"-get_pdb_id\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3263 | \n{\n   $pdb_file= $ARGV[++$np];\n      $get_pdb_id=1;\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3264 | \n}\n    \n    elsif ( $value eq \"-get_fugue_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3265 | \")\n{\n        $pdb_file= $ARGV[++$np];\n      $get_fugue_nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3266 | e=1;\n}\n    elsif ( $value eq \"-infile\")\n{\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3267 |      $pdb_file= $ARGV[++$np];\n} \n    elsif ($val\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3268 | ue eq \"-netfile\")\n{\n        $netfile=1;\n   if ( !($ARG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3269 | V[$np+1]=~/^-.*/)){$pdb_file= $ARGV[++$np];}\n}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3270 |    elsif (  $value eq \"-num\")\n{\n       $number\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3271 | ing= $ARGV[++$np];\n}\n    elsif (  $value eq \"-n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3272 | um_out\")\n{\n       $numbering_out= $ARGV[++$np];\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3273 | \n}\n    elsif ( $value eq \"-netaddress\")\n{\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3274 | netadress=$ARGV[++$np];\n}\n     \n    elsif ( $va\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3275 | lue eq \"-netcompression\")\n{\n         $netcompression=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3276 | $ARGV[++$np];\n}\n    elsif ( $value eq \"-pdb_dir\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3277 | \")\n{\n         if ( !($ARGV[$np+1]=~/^-.*/)){$pdb_dir= \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3278 | \"$ARGV[++$np]/\";}\n}\n     elsif ( $value eq \"-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3279 | no_remote_pdb_dir\")\n{\n       $no_remote_pdb_dir=1;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3280 | if ( !($ARGV[$np+1]=~/^-.*/)){$pdb_dir= \"$ARGV[++\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3281 | $np]/\";}\n}\n    elsif ( $value eq \"-cache\")\n{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3282 | \n      $cache=$ARGV[++$np];\n}\n    \n    elsif ($valu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3283 | e eq \"-netcompression_pg\")\n{\n         $netcompressio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3284 | n_pg=$ARGV[++$np];\n}\n     elsif ($value eq \"-mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3285 | de\")\n{\n       $MODE=$ARGV[++$np];\n}\n\n    els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3286 | if ( $value eq \"-model\")\n{\n       $model= $ARG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3287 | V[++$np];\n}\n    elsif ($value eq \"-seq_field\" \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3288 | )\n{\n       $seq_field= $ARGV[++$np];\n}   \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3289 | elsif ($value eq \"-coor\" )\n{\n       $start= $A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3290 | RGV[++$np];\n  \n       if (($ARGV[$np+1] eq \"\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3291 |  ||($ARGV[$np+1]=~/^-.*/)){$end=\"*\";} \n       e\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3292 | lse {$end=   $ARGV[++$np];}     \n       $coor_set\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3293 | =1;\n}\n    elsif ($value eq \"-delete\" )\n{\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3294 |     $delete_start= $ARGV[++$np];\n       $delete_e\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3295 | nd= $ARGV[++$np];\n       $delete_set=1;\n}\n    e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3296 | lsif  ($value eq \"-code\")\n{\n       $code= $ARG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3297 | V[++$np];\n}\n    elsif  ($value eq \"-no_hetatm\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3298 | )\n{\n       $no_hetatm=1;\n}\n    elsif ($value e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3299 | q \"-chain\")\n{\n       while (!($ARGV[$np+1] eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3300 | \"\") &&!($ARGV[$np+1]=~/^-.*/))\n{\n         ++$np;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3301 | \n            @c_chain=(@chain,  $ARGV[$np]);\n       $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3302 | hc_chain{$ARGV[$np]}=$#c_chain+1;\n}           \n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3303 | \n    elsif ($value eq \"-atom\")\n{\n\n       whi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3304 | le (!($ARGV[$np+1] eq \"\") && !($ARGV[$np+1]=~/^-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3305 | .*/))\n{\n            ++$np;\n        $atom[$n_atom++]= \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3306 |  $ARGV[$np];\n        $atom_list{$ARGV[$np]}=1;    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3307 |    \n} \n       \n}\n    elsif ( $value eq \"-unfo\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3308 | ld\")\n{\n      $unfold=1;\n}\n    elsif ($value eq \"-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3309 | seq\" ||$value eq \"-fasta\" )\n{\n       $MODE=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3310 | fasta\";\n}\n    elsif ( $value eq \"-version\")\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3311 | {\n     print STDERR  \"\\nextract_from_pdb: Version $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3312 | VersionTag\\n\";\n      &myexit ($EXIT_SUCCESS);\n}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3313 |   elsif ( $value eq \"-ligand\")\n{\n   while (!($AR\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3314 | GV[$np+1] eq \"\") && !($ARGV[$np+1]=~/^-.*/))\n{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3315 | n           ++$np;\n        $ligand=1;\n            $ligand_list{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3316 | ARGV[$np]}=1;         \n} \n    $hc_chain{'LIGAND'}=1;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3317 | n}\n    elsif ( $value eq \"-ligand_only\")\n{\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3318 | ligand_only=1;\n}\n}\nif ( $debug)\n{\n    print S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3319 | TDERR \"\\n[DEBUG:extract_from_pdb] NO_REMOTE_PDB_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3320 | DIR: $no_remote_pdb_dir\\n\";\n    print STDERR \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3321 | \\n[DEBUG:extract_from_pdb] PDB_DIR: $pdb_dir\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3322 | ;\n}\n\n\nif ( $is_pdb_name)\n  {\n    if (&remote\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3323 | _is_pdb_name($pdb_file))\n      {\n     print \"1\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3324 |       }\n    else\n      {\n    print \"0\";\n      }\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3325 | \n    exit ($EXIT_SUCCESS);\n  }\n\nif ( $is_relea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3326 | sed_pdb_name)\n  {\n    \n    if (&is_released($pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3327 | b_file))\n      {\n     print \"1\";\n      }\n    els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3328 | e\n      {\n    print \"0\";\n      }\n    exit ($EXI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3329 | T_SUCCESS);\n  }\nif ($model_type)\n  {\n   \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3330 | printf \"%s\", &pdb2model_type($pdb_file);\n    ex\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3331 | it ($EXIT_SUCCESS);\n    \n  }\n    \n\nif (!$forc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3332 | e_name)\n{\n    $pdb_file=~/([^\\/]*)$/;\n    $for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3333 | ce_name=$1;\n}\n\n$local_pdb_file=$pdb_file;\n\nif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3334 |  ( $debug){print STDERR \"\\n[DEBUG: extract_from_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3335 | pdb] Scan For $local_pdb_file\\n\";}\n\n$mem=$no_r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3336 | emote_pdb_dir;\n$no_remote_pdb_dir=1;\n$tmp_pdb_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3337 | le=get_pdb_file ($local_pdb_file);\n\nif ( !-e $tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3338 | p_pdb_file || $tmp_pdb_file eq \"\")\n  {\n    $lo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3339 | cal_pdb_file=$pdb_file;\n    ($local_pdb_file, $su\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3340 | ffix_chain)=&pdb_name2name_and_chain($local_pdb_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3341 | le);\n\n    if ($local_pdb_file)\n      {\n     if ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3342 | debug){print STDERR \"\\nSplit $pdb_file into $loc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3343 | al_pdb_file and $suffix_chain \\n\";}\n $tmp_pdb_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3344 | ile=get_pdb_file ($local_pdb_file);\n   if ( $tmp_pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3345 | b_file ne \"\")\n         {\n       @c_chain=();\n          @c_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3346 | chain=($suffix_chain);\n            %hc_chain=();\n         $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3347 | hc_chain{$suffix_chain}=1;\n      }\n      }\n  }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3348 | $no_remote_pdb_dir=$mem;\nif ($no_remote_pdb_dir==\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3349 | 0)\n  {\n    \n    if ( !-e $tmp_pdb_file || $tmp_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3350 | pdb_file eq \"\")\n      {\n    \n      $local_pdb_file=$p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3351 | db_file;\n      ($local_pdb_file, $suffix_chain)=&pdb_n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3352 | ame2name_and_chain($local_pdb_file);\n  if ($local_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3353 | pdb_file)\n       {\n       \n      if ( $debug){print ST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3354 | DERR \"\\nSplit $pdb_file into $local_pdb_file and\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3355 |  $suffix_chain \\n\";}\n            \n      $tmp_pdb_file=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3356 | get_pdb_file ($local_pdb_file);    \n       \n      i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3357 | f ( $tmp_pdb_file ne \"\")\n          {\n               @c_chain=(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3358 | );\n            @c_chain=($suffix_chain);\n             %hc_chain=();\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3359 |                 $hc_chain{$suffix_chain}=1;\n         }\n         }\n   \
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3360 |    }\n  }\n\nif ( $debug){print STDERR \"\\n$pdb_f\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3361 | ile copied into ##$tmp_pdb_file##\\n\";}\n\nif ( !\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3362 | -e $tmp_pdb_file || $tmp_pdb_file eq \"\")\n{\n if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3363 |  ($is_pdb_name)\n{\n        print \"0\\n\"; exit ($EX\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3364 | IT_SUCCESS);\n}\n       else\n{\n  \n       print \"\\nEXT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3365 | RACT_FROM_PDB: NO RESULT for $pdb_file\\n\";\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3366 |  &myexit ($EXIT_SUCCESS);       \n}\n}\n\n\n\n\n%molecul\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3367 | e_type=&pdbfile2chaintype($tmp_pdb_file);\nif ( $d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3368 | ebug){print STDERR \"\\n\\tSequence Type determine\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3369 | d\\n\";}\n\n$pdb_id=&get_pdb_id ($tmp_pdb_file);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3370 | if ( $debug){print STDERR \"\\n\\tID: $pdb_id (for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3371 |  $tmp_pdb_file)\\n\";}\n\nif ( $pdb_id eq \"\"){$p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3372 | db_id=$force_name;}\n\n@f_chain=&get_chain_list ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3373 | tmp_pdb_file);\nif ( $debug){print STDERR \"\\n\\t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3374 | Chain_list:@f_chain\\n\";}\n\nif ( $get_pdb_chains\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3375 | )\n{\n    print \"@f_chain\\n\";\n    &myexit ($EX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3376 | IT_SUCCESS);\n}\nif ( $get_pdb_ligands)\n{\n    %c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3377 | omplete_ligand_list=&get_ligand_list ($tmp_pdb_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3378 | e);\n    print $complete_ligand_list{\"result\"};\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3379 | n    &myexit ($EXIT_SUCCESS);\n}\n\nelsif ( $get_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3380 | db_id ||$get_fugue_name )\n{\n    if    (@c_chain \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3381 | && $c_chain[0] eq \"FIRST\"){$pdb_id=$pdb_id.$f_ch\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3382 | ain[0];}\n    elsif (@c_chain && $c_chain[0] ne \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3383 |  \"){$pdb_id=$pdb_id.$c_chain[0];}\n    \n    prin\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3384 | t \"$pdb_id\\n\";\n    &myexit ($EXIT_SUCCESS);\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3385 |    \n}\nelsif ( $is_pdb_name)\n{\n    printf \"1\\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3386 | n\";\n    &myexit ($EXIT_SUCCESS);\n}\n\n\n\n$stru\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3387 | cture_file=vtmpnam();\n\nif ( $debug){print STDERR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3388 |  \"\\n\\tCheck_point #1: $tmp_pdb_file  $structure\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3389 | _file\\n\";}\n\n$INFILE=vfopen (\"$tmp_pdb_file\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3390 |  \"r\"); \nmy $TMP=vfopen (\"$structure_file\", \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3391 | w\");\n\n$print_model=1;\n$in_model=0;\n\nif ( $de\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3392 | bug){print STDERR \"\\n\\tCheck_point #2\\n\";}\nw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3393 | hile ( <$INFILE>)\n{\n  my $first_model=0;\n  $lin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3394 | e=$_;\n\n  if ( !$first_model && ($line =~/^MODEL\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3395 | \s*(\\d*)/))\n    {\n      $first_model=$1;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3396 |  if ($model==1){$model=$first_model;}\n    }\n  \n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3397 |   if (($line =~/^MODEL\\s*(\\d*)/))\n    {\n      \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3398 | if ($1==$model)\n       {\n       $in_model=1;\n          $print_mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3399 | del=1;\n          $is_nmr=1;\n  }\n      elsif ( $in_model\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3400 | ==0)\n  {\n       $print_model=0;\n     }\n      elsif ( $i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3401 | n_model==1)\n   {\n       last;\n       }\n    }\n  if ($print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3402 | _model){print $TMP $line;}  \n}\nclose ($TMP);\ncl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3403 | ose ($INFILE);\n\nif ( $debug){print STDERR \"\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3404 | \tCheck_point #3\\n\";} \n\n  if ($numbering eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3405 | \"){$numbering=\"absolute\";}\n  if ($numbering_ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3406 | t eq \"\"){$numbering_out=\"new\";}\n\n  if ( $del\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3407 | ete_set && $coor_set) {die \"-delete and -coor are\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3408 |  mutually exclusive, sorry\\n\";}\n  if ( $n_atom=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3409 | =0){$atom_list[$n_atom++]=\"ALL\";$atom_list{$atom\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3410 | _list[0]}=1;}\n  if ( $seq_field eq \"\"){$seq_fie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3411 | ld=\"ATOM\";}\n  \n  if ( $MODE eq \"\"){$MODE=\"p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3412 | db\";}\n  elsif ( $MODE eq \"simple\" && $code==0)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3413 | {$code=1;}\n\n  if ( $code==0){$code=3;}\n\n\nif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3414 | $f_chain[0] eq \" \"){$hc_chain{' '}=1;$c_chain[0]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3415 | =\" \";}\nelsif (!@c_chain){$hc_chain{FIRST}=1;$c_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3416 | chain[0]=\"FIRST\";}#make sure the first chain is \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3417 | taken by default\n\nif    ($hc_chain{ALL}) \n{\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3418 |     @c_chain=@f_chain;\n      foreach $e (@c_chain\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3419 | ){$hc_chain{$e}=1;}\n}\nelsif($hc_chain{FIRST})\n{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3420 | \n      @c_chain=($f_chain[0]);\n       $hc_chain{$f_chain[0]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3421 | }=1;\n}\n\n\n$MAIN_HOM_CODE=&get_main_hom_code ($s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3422 | tructure_file);\n$INFILE=vfopen ($structure_file, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3423 | \"r\");\n\n\nif ( $MODE eq \"raw_pdb\" || $MODE eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3424 |  \"raw\")\n{\n    while (<$INFILE>)\n{  print \"$_\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3425 | ";}\n    close ( $INFILE);\n    &myexit($EXIT_SUCC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3426 | ESS);\n}    \nif ( $MODE eq \"raw4fugue\" )\n{\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3427 |   while (<$INFILE>)\n{  \n      $l=$_;\n        if ($l=~/^SEQRE\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3428 | S/)\n{\n            \n      $c= substr($l,11,1);\n          if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3429 | ($hc_chain {$c}){print \"$l\";}\n}\n    elsif ( $l=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3430 | ^ATOM/)\n{\n        $c=substr($l,21,1);\n           if ($hc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3431 | _chain {$c}){print \"$l\";}\n}\n}\n    close ( $IN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3432 | FILE);\n    &myexit($EXIT_SUCCESS);\n}    \n\nif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3433 |  $MODE eq \"pdb\")\n{\n\n    $read_header=0;\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3434 | while (<$INFILE>) \n{\n     $line=$_;\n     if    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3435 | ($line =~ /^HEADER/){print \"$line\";$read_header=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3436 | 1;}\n}\n    close ($INFILE);\n\n    if (!$read_hea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3437 | der)\n{\n       print \"HEADER    UNKNOWN               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3438 |                   00-JAN-00   $force_name\\n\";\n}\
      |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3439 | \n\n    $INFILE=vfopen ($structure_file, \"r\");\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3440 |     \n    print \"COMPND   1 CHAIN:\";\n    $last=\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3441 | pop(@c_chain);\n    foreach $c ( @c_chain){ print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3442 | \" $c,\";}\n    if ( $last eq \" \"){print \" NULL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3443 | ;\\n\";}\n    else \n{\n      print \" $last;\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3444 | ;\n}\n    @c_chain=(@c_chain, $last);\n    \n    p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3445 | rint \"REMARK Output of the program extract_from_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3446 | db (Version $VersionTag)\\n\";\n    print \"REMARK\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3447 |  Legal PDB format not Guaranteed\\n\";\n    print \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3448 | \"REMARK This format is not meant to be used in pl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3449 | ace of the PDB format\\n\";\n    print \"REMARK Th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3450 | e header refers to the original entry\\n\";\n    p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3451 | rint \"REMARK The sequence from the original file \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3452 | has been taken in the field: $seq_field\\n\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3453 |  print \"REMARK extract_from_pdb, 2001, 2002, 2003\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3454 | , 2004, 2005 2006 (c) CNRS and Cedric Notredame\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3455 | \";   \n    if ( $coor_set)\n{\n       print \"REM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3456 | ARK Partial chain: Start $start End $end\\n\";\n}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3457 | n    if ( $is_nmr)\n{\n       print \"REMARK NMR s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3458 | tructure: MODEL $model\\n\";\n}\n   \n    if ( $n_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3459 | atom!=0)\n{\n       print \"REMARK Contains Coordi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3460 | nates of: \";\n       foreach $a (@atom){print \"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3461 | a \";}\n       print \"\\n\";\n}  \n}\n\n\n\n\nmy \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3462 | $residue_index = -999;\nmy $old_c = \"TemporaryCha\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3463 | in\";\n\nwhile (<$INFILE>) \n{\n        $line=$_;\n\n\n i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3464 | f ($line =~ /^SEQRES/)\n{\n\n           @field=/(\\S*)\\s*/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3465 | g;\n\n          $c= substr($_,11,1);\n\n                \n              $l=$#field;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3466 | n               for ($a=4; $a<$#field ;)\n{\n                   if (!$onelett{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3467 | molecule_type{$c}}->{$field[$a]})\n{\n                          splice @\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3468 | field, $a, 1;\n}\n                      else \n{\n                              $a++;\n}\n}\n   \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3469 | n               if ( $c ne $in_chain)\n{\n                      $pdb_chain_list[$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3470 | _pdb_chains]=$c;\n                      $pdb_chain_len [$n_pdb_chains\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3471 | ]=$len;\n                       $in_chain=$c;\n                 $n_pdb_chains++;\n}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3472 | n       \n              for ( $a=4; $a<$#field;$a++)\n{\n                       $complet\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3473 | e_seq{$c}[$complete_seq_len{$c}++]=$field[$a];\n}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3474 | n}\n    elsif ( $line=~/^ATOM/ || ($line=~/^HETATM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3475 | / && &is_aa(substr($line,17,3),substr($line,21,1))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3476 |  && !$no_hetatm))\n{\n\n         \n    $RAW_AT_ID=$AT_ID=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3477 | substr($line,12,4);\n   $RES_ID=&is_aa(substr($line,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3478 | 17,3),substr($line,21,1));\n    $CHAIN=substr($line,2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3479 | 1,1);\n\n    $RES_NO=substr($line,22,4);\n      $HOM_CO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3480 | DE=substr ($line, 26, 1);\n     $TEMP=substr($line,60,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3481 | 6);\n   \n      $TEMP=~s/\\s//g;\n        $AT_ID=~s/\\s//\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3482 | g;\n    $RES_ID=~s/\\s//g;\n        $RES_NO=~s/\\s//g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3483 | ;\n             \n      if ( $HOM_CODE ne $MAIN_HOM_CODE){next;}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3484 |         elsif ( $already_read2{$CHAIN}{$RES_ID}{$AT_ID}{$\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3485 | RES_NO}){next;}\n       else{$already_read2{$CHAIN}{$RES\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3486 | _ID}{$AT_ID}{$RES_NO}=1;}\n     \n      \n      if ($coor_set &&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3487 |  $numbering eq \"file\" && $residue_index ne $RES_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3488 | NO)\n{\n            \n      if ( $RES_NO<=$start){$real_st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3489 | art{$CHAIN}++;}\n           if ( $RES_NO<=$end){$real_en\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3490 | d{$CHAIN}++;}\n}\n      elsif ($numbering eq \"absolute\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3491 | \")\n{\n            $real_start{$CHAIN}=$start;\n           $re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3492 | al_end{$CHAIN}=$end;\n}\n\n        $KEY=\"ALL\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3493 |         if ( $CHAIN ne $in_atom_chain)\n{\n         \n\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3494 |           $pdb_atom_chain_list[$n_pdb_atom_chains]=$c;\n        \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3495 |   $pdb_atom_chain_len [$n_pdb_atom_chains]=$len;\n\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3496 |           $in_atom_chain=$c;\n    $n_pdb_atom_chains++;\n}\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3497 | \n      \n      if ( $residue_index ne $RES_NO)\n{\n         $r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3498 | esidue_index = $RES_NO;\n            $atom_seq{$CHAIN}[$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3499 | atom_seq_len{$CHAIN}++]=$RES_ID;;\n}\n}\n\n}\nclos\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3500 | e ($INFILE);\n\n\n\n\n\n\n$INFILE=vfopen ($structu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3501 | re_file, \"r\");\nforeach $c (@c_chain)\n{\n\n  if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3502 |    ( $seq_field eq \"SEQRES\"){@pdb_seq=@{$complet\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3503 | e_seq{$c}};}\n  elsif ( $seq_field eq \"ATOM\")  {@\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3504 | pdb_seq=@{$atom_seq{$c}};}\n    \n\n    $full_length=$l=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3505 | $#pdb_seq+1;\n          \n      if ( $real_end{$c}==\"*\"){$rea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3506 | l_end{$c}=$full_length;}\n      if ( $coor_set)\n{         \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3507 | n\n        if ( $real_end{$c} < $l){splice @pdb_seq, $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3508 | real_end{$c}, $l;}\n       if ( $real_start{$c} < $l)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3509 | {splice @pdb_seq, 0, $real_start{$c}-1;}                   \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3510 |    $l=$#pdb_seq;\n}\n\n elsif ( $delete_set)\n{\n       \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3511 |    splice @pdb_seq, $delete_start, $delete_end-$de\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3512 | lete_start+1;\n    $l=$#pdb_seq;\n}\n   \n      $new_fast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3513 | a_name=\"$pdb_id$c\";\n if ( $coor_set)\n{\n       if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3514 |  ( $n_pdb_chains==0){$new_fasta_name=\"$new_fasta_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3515 | name$c\";}\n       $new_fasta_name= $new_fasta_name.\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3516 | "\\_$start\\_$end\";\n}\n          \n   if ( $MODE eq \"pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3517 | b\")\n{\n          $nl=1;\n        $n=0;\n         \n      foreach \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3518 | $res ( @pdb_seq)\n              {\n             if ( !$n)\n             {\n             \n               pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3519 | intf \"SEQRES %3d %1s %4d  \", $nl,$c, $l;\n             $nl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3520 | ++;\n   }\n          $res=~s/\\s//g;\n       \n      if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3521 | $code==1){ printf \"%3s \",$onelett{$molecule_type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3522 | {$c}}->{$res};}\n            elsif  ($code==3){ printf \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3523 | "%3s \",$res};\n             \n      $n++;                \n         if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3524 | ( $n==13){$n=0;print \"\\n\";}\n}\n       if ( $n!=0){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3525 | print \"\\n\"; $n=0;}\n}\n      elsif ( $MODE eq \"simp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3526 | le\")\n{\n        print \"# SIMPLE_PDB_FORMAT\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3527 |  if ( $new_fasta_name eq \" \"){$new_fasta_name=\"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3528 | dummy_name\";}\n          print \">$new_fasta_name\\n\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3529 | n\n       foreach $res ( @pdb_seq)\n{\n       print \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3530 | $onelett{$molecule_type{$c}}->{$res}\";\n}\n      pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3531 | nt \"\\n\";\n}\n        elsif ( $MODE eq \"fasta\")\n{\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3532 |   $n=0;\n         print \">$new_fasta_name\\n\";\n        \n    \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3533 |   foreach $res ( @pdb_seq)\n{\n\n             print \"$o\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3534 | nelett{$molecule_type{$c}}->{$res}\";\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3535 |    $n++;\n            if ( $n==60){print \"\\n\"; $n=0;\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3536 | }\n}\n    print \"\\n\"; \n}\n}\n\nif ( $MODE eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3537 | fasta\")\n{\n     &myexit($EXIT_SUCCESS);\n  \n}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3538 | \n  \n  $charcount=0;\n  $inchain=\"BEGIN\";\n  $n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3539 | =0;\n  while (<$INFILE>) \n{\n    $line=$_;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3540 | \n    if ($line =~/^ATOM/  ||  ($line=~/^HETATM/))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3541 | \n{\n   $line_header=\"UNKNWN\";\n      $RES_ID=substr($l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3542 | ine,17,3);\n    $chain = substr($line,21,1);\n\n        if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3543 | $line =~/^ATOM/)\n{\n       $line_header=\"ATOM\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3544 |             $RES_ID=(&is_aa($RES_ID,$chain))?&is_aa($RES_\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3545 | ID,$chain):$RES_ID;\n}\n        elsif ($line=~/^HETATM/ &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3546 | & ($ligand_list {$RES_ID} ||$ligand_list {'ALL'} |\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3547 | | !&is_aa($RES_ID,$chain)))\n{\n            $line_header=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3548 | \"HETATM\";\n}\n        elsif ($line=~/^HETATM/ && (&is_a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3549 | a($RES_ID,$chain) && !$no_hetatm))\n{\n     $line_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3550 | header=\"ATOM\";\n          $RES_ID=&is_aa($RES_ID,$cha\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3551 | in);\n}\n       else\n{\n           next;\n}\n\n        \n\n    $X=subst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3552 | r($line,30,8);     \n   $Y=substr($line,38,8);\n        $Z=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3553 | substr($line,46,8);\n   $TEMP=substr($line,60,6);\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3554 | \n      $RAW_AT_ID=$AT_ID=substr($line,12,4);\n $CHAIN=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3555 | substr($line,21,1);\n   $RES_NO=substr($line,22,4);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3556 | n       $HOM_CODE=substr ($line, 26, 1);\n      \n      $X=~s/\\s/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3557 | /g;\n   $Y=~s/\\s//g;\n $Z=~s/\\s//g;\n $TEMP=~s/\\s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3558 | //g;\n  \n      $AT_ID=~s/\\s//g;\n     $RES_ID=~s/\\s//g;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3559 |         $RES_NO=~s/\\s//g;\n\n  \n      if ( $HOM_CODE ne $MAIN\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3560 | _HOM_CODE){next;}\n     elsif ( $already_read{$CHAIN}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3561 | $RES_ID}{$AT_ID}{$RES_NO}){next;}\n     else{$already_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3562 | read{$CHAIN}{$RES_ID}{$AT_ID}{$RES_NO}=1;}\n    \n      $K\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3563 | EY=\"ALL\";\n\n         if ( $RES_NO ==0){$start_at_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3564 | zero=1;}\n\n    $RES_NO+=$start_at_zero;    \n  \n      if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3565 | ( $current_chain ne $CHAIN)\n{\n            $current_chai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3566 | n=$CHAIN;\n         $pos=$current_residue=0;\n      $of\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3567 | fset=($coor_set)?($real_start{$CHAIN}-1):0;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3568 | if    ( $seq_field eq \"SEQRES\"){@ref_seq=@{$comp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3569 | lete_seq{$CHAIN}};}\n       elsif ( $seq_field eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3570 | ATOM\")  {@ref_seq=@{$atom_seq{$CHAIN}};}\n}\n  \n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3571 | if ($current_residue != $RES_NO)\n{\n       $current\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3572 | _residue=$RES_NO;\n         if    ( $seq_field eq \"SE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3573 | QRES\"){$pos=$current_residue;}\n           elsif ( $seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3574 | _field eq \"ATOM\"){$pos++;}\n}\n       \n      \n      if ($n_ato\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3575 | m==0 || $atom_list{$AT_ID}==1 || $atom_list{$KEY}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3576 | =1)\n{  \n          \n      $do_it=(!@c_chain || $hc_cha\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3577 | in{$CHAIN} ||$hc_chain{'LIGAND'} );\n       \n      $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3578 | do_it= ($do_it==1) && ($coor_set==0 ||($pos>=$real\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3579 | _start{$CHAIN} && $pos<=$real_end{$CHAIN}));\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3580 |  $do_it= ($do_it==1) && ($delete_set==0 || $pos<$d\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3581 | elete_start ||$pos>$delete_end );\n         if ($ligan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3582 | d==0 && $line_header eq \"HETATM\" ){$do_it=0;}\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3583 |     if ($ligand_only==1 && $line_header eq \"ATOM\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3584 | " ){$do_it=0;}\n            if ($ligand==1 && $line_heade\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3585 | r eq \"HETATM\" && $ligand_list{$RES_ID}==0 && $li\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3586 | gand_list{\"ALL\"}==0){$do_it=0;} \n        \n      \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3587 |             if ( $do_it)\n{\n           $n++;\n         $out_pos=$pos;\n        \
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3588 |         \n             if ( $delete_set)\n{\n             if ( $out_pos\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3589 | < $delete_start){;}\n             else {$offset=$delete_end\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3590 | -$delete_start;}\n}       \n           \n              if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3591 |  $numbering_out eq \"new\"){$out_pos-=$offset;}\n       \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3592 |        elsif ( $numbering_out eq \"old\"){$out_pos\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3593 | =$RES_NO;}\n           \n       \n             \n              i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3594 | f ( $code==1){$RES_ID=$onelett{$molecule_type{$c}}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3595 | ->{$RES_ID};}\n     \n         if ($unfold)\n{\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3596 |   $unfolded_x+=5;\n                $X=$unfolded_x;\n               $Y=0\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3597 | ;\n                $Z=0;\n                 $float=1;\n}\n              else\n{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3598 | n                  $float=3;\n}\n\n            if ( $MODE eq \"pdb\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3599 | ")\n{\n            printf \"%-6s%5d %-4s %3s %s%4d    %8.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3600 | 3f%8.3f%8.3f  1.00 %5.2f\\n\",$line_header, $n, $R\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3601 | AW_AT_ID,$RES_ID,$CHAIN,$out_pos, $X, $Y, $Z,$TEMP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3602 | ;                 \n}\n        elsif ( $MODE eq \"simple\")\n{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3603 | n                   if ( $RES_ID eq \"\"){$RES_ID=\"X\";}\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3604 | printf \"%-6s %5s %s %2s %4d    %8.3f %8.3f %8.3f\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3605 | \n\",$line_header, $AT_ID, $RES_ID,($CHAIN eq\"\" \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3606 | || $CHAIN eq \" \")?\"A\":$CHAIN,$out_pos, $X, $Y,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3607 |  $Z,$TEMP;\n}\n\n}\n}\n}\n}\nprint \"\\n\";\nclose\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3608 | ($INFILE);\n\n\nif ( $error ne \"\") \n{$error=$er\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3609 | ror.\"\\nDiagnostic:    SEQRES and the residues in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3610 |  ATOM are probably Incompatible\\n\";\n    $error=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3611 | $error.  \"Recomendation: Rerun with '-fix 1' in o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3612 | rder to ignore the SEQRES sequences\\n\";\n}\nif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3613 | !$nodiagnostic){print STDERR $error;}\n&myexit ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3614 | EXIT_SUCCESS);\n\nsub get_pdb_entry_type_file\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3615 | \n    my $cache_file=\"$cache/pdb_entry_type.txt\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3616 | ;\n    my $env_file  = $ENV{\"PDB_ENTRY_TYPE_FILE\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3617 | "};\n    my $pdb_file  =\"$ENV{'PDB_DIR'}/derived_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3618 | data/pdb_entry_type.txt\";\n    \n    \n    if (-z\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3619 |  $cache_file){unlink ($cache_file);}#will get upda\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3620 | ted\n    if (-z $env_file){$env_file=\"\";}    #ca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3621 | nnot update\n    if (-z $pdb_file){$pdb_file=\"\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3622 | }    #cannot update\n    \n    if    (-e $env_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3623 | ){return $env_file;} #env wins: user decides\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3624 | elsif (-e $pdb_file){return $pdb_file;} #local dat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3625 | abase wins: network file may be out of sync\n    e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3626 | lsif ($no_remote_pdb_dir==1)\n      {\n if (-e $ca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3627 | che_file){return $cache_file;}\n        else\n    {add_war\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3628 | ning($$,$$,\"PDB_ENTRY_TYPE_FILE must be set to th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3629 | e location of <pdb>/derived_data/pdb_entry_type.tx\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3630 | t when using NO_REMOTE_PDB_DIR=1\");\n     return \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3631 | "\";\n   }\n      }\n    else #update can only take\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3632 |  place if the file lives in cache\n      {\n    my $n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3633 | ew_file;\n      if (!-e $cache_file || (-M $cache_file)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3634 | >1)\n     {\n       $new_file=vtmpnam();\n          &url2fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3635 | le(\"ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3636 | entry_type.txt\", $new_file);\n     if ( !-z $new_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3637 | file){system (\"mv $new_file $cache_file\"); unlin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3638 | k ($new_file); $new_file=$cache_file;}\n            else \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3639 | {unlink($new_file);}\n    }\n   else\n    {\n       $new\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3640 | _file=$cache_file;\n      }\n   \n      if (!-e $cache_file \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3641 | && !-e $new_file)\n       {\n       add_warning($$,$$,\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3642 | Could not download ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/der\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3643 | ived_data/pdb_entry_type.txt\");\n          return \"\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3644 | ;\n       }\n   elsif (-e $cache_file && !-e $new_file)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3645 | n         {\n       my $m=(-M $cache_file);\n       add_warn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3646 | ing($$,$$,\"Could not update file ftp://ftp.wwpdb.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3647 | org/pub/pdb/derived_data/pdb_entry_type.txt. Older\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3648 |  Version [$cache_file]($m Month(s) old) will be us\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3649 | ed instead\");\n            return $cache_file;\n         }\n   e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3650 | lse\n     {\n       return $new_file;\n   }\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3651 |   }\n\n\n\nsub get_unrealeased_file\n  {\n    my $\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3652 | cache_file=\"$cache/unreleased_entries.json.gz\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3653 | n    my $env_file  = $ENV{\"PDB_UNREALEASED_FILE\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3654 | };\n    my $pdb_file  =\"$ENV{'PDB_DIR'}/derived_d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3655 | ata/unreleased_entries.json.gz\";\n    \n    \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3656 |  if ($env_file eq \"NO\" || $env_file eq \"No\" ||\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3657 |  $env_file eq \"no\" || $env_file eq \"0\"){return\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3658 |  \"NO\";}\n\n    if (-z $cache_file){unlink ($cach\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3659 | e_file);}#will get updated\n    if (-z $env_file){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3660 | unlink($env_file);}     #will update\n    if (-z $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3661 | pdb_file){$pdb_file=\"\";}          #cannot update\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3662 | \n    \n    if    (-e $env_file){return $env_file;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3663 | } #env wins: user decides\n    elsif (-e $pdb_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3664 | ){return $pdb_file;} #local database wins: network\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3665 |  file may be out of sync\n    elsif ($no_remote_pd\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3666 | b_dir==1)        \n      {\n    if (-e $cache_file){r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3667 | eturn $cache_file;}\n   elsif ( $env_file && ! -e $e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3668 | nv_file)\n        {\n       &url2file(\"https://ftp.rcsb.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3669 | org/pub/pdb/holdings/unreleased_entries.json.gz\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3670 | $env_file);\n       if ( -e $env_file && !-z $env_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3671 | le){return $env_file;}\n          }\n   else\n    {\n       ad\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3672 | d_warning($$,$$,\"UNREALEASED_FILE must be set to \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3673 | the location of your unrealeased.xml file as downl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3674 | oaded from https://ftp.rcsb.org/pub/pdb/holdings/u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3675 | nreleased_entries.json.gz when using NO_REMOTE_PDB\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3676 | _DIR=1\");\n        return \"\";\n        }\n      }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3677 | else #update can only take place if the file lives\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3678 |  in cache\n      {\n    my $new_file=vtmpnam ();\n      if\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3679 |  (!-e $cache_file || (-M $cache_file)>1)\n        {\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3680 |    &url2file(\"https://ftp.rcsb.org/pub/pdb/holdin\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3681 | gs/unreleased_entries.json.gz\",$new_file);\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3682 | if ( !-z $new_file){system (\"mv $new_file $cache_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3683 | file\"); unlink ($new_file); $new_file=$cache_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3684 | ;}\n        else {unlink($new_file);}\n   }\n   else\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3685 |   {\n       $new_file=$cache_file;\n      }\n   \n      if (!-\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3686 | e $cache_file && !-e $new_file)\n         {\n       add_wa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3687 | rning($$,$$,\"Could not download https://ftp.rcsb.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3688 | org/pub/pdb/holdings/unreleased_entries.json.gz\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3689 | ;\n         return \"\";\n        }\n   elsif (-e $cache_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3690 |  && !-e $new_file)\n      {\n       my $m=(-M $cache_fi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3691 | le);\n      add_warning($$,$$,\"Could not update fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3692 | le https://ftp.rcsb.org/pub/pdb/holdings/unrelease\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3693 | d_entries.json.gz. Older Version [$cache_file]($m \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3694 | Month(s) ) will be used\");\n       return $cache_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3695 | le;\n     }\n   else\n    {\n       return $new_file;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3696 |  }\n      }\n  }\n\nsub is_released \n  {\n    my \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3697 | ($r);\n    my $in=@_[0];\n    my $name=&remote_is_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3698 | pdb_name ($in);\n    my $hold=&remote_is_on_hold($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3699 | in);\n    \n    $r=($name && !$hold)?1:0;\n    ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3700 | urn $r;\n  }\n\nsub remote_is_pdb_name \n  {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3701 | my $in=@_[0];\n    my ($pdb);\n    my ($value,$val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3702 | ue1,$value2);\n    my $max=2;\n    \n    \n    \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3703 |    my $ref_file=&get_pdb_entry_type_file();\n    \\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3704 | n    if ( $in=~/[^\\w\\d\\:\\_]/){return 0;}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3705 | elsif (!-e $ref_file)\n      {\n        add_warning ($$,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3706 | $,\"Cannot find pdb_entry_type.txt;  $in is assume\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3707 | d to be valid; add ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/der\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3708 | ived_data/pdb_entry_type.txt in $cache to automati\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3709 | cally check name status\");\n   return 1;\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3710 |     else\n      {\n     $pdb=substr ($in,0, 4);\n       chom\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3711 | p(($value1=`grep -c $pdb $ref_file`));\n        $pdb=lc($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3712 | pdb);\n chomp(($value2=`grep -c $pdb $ref_file`));\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3713 | \n      $value=($value1 || $value2)?1:0;\n      $value=($val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3714 | ue>0)?1:0;\n    \n      return $value;\n      }\n  }\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3715 | \nsub pdb2model_type\n{\n    my $in=@_[0];\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3716 |  ($ref_file, $pdb);\n    my ($value, $ret);\n\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3717 |  if ( $in=~/[^\\w\\d\\:\\_]/){return 0;}\n    $ref\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3718 | _file=&get_pdb_entry_type_file();\n    if (!-e $re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3719 | f_file)\n      {\n      add_warning ($$,$$,\"Cannot fin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3720 | d pdb_entry_type.txt;  $in is assumed to be diffra\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3721 | ction; add ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_dat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3722 | a/pdb_entry_type.txt in $cache to check name statu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3723 | s\");\n return \"diffraction\";\n      }\n    else\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3724 | \n      {\n     $pdb=substr ($in,0, 4);\n       $pdb=lc($pdb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3725 | );\n    \n      chomp(($value=`grep $pdb $ref_file`));\n        \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3726 | n       $value=~/^\\S+\\s+\\S+\\s+(\\S+)/;\n    $ret=$1;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3727 | if ( $ret eq\"\"){return \"UNKNOWN\";}\n        \n      return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3728 |  $ret;\n      }\n  }\nsub remote_is_on_hold\n  {\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3729 |     my $in=@_[0];\n    my ($ref_file, $pdb);\n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3730 | my ($value1, $value2,$value);\n    \n\n\n    \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3731 |  $ref_file=&get_unrealeased_file();\n    if ($ref_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3732 | file eq \"NO\"){return 0;}\n\n\n    if ($no_remote\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3733 | _pdb==1){return 0;}\n    if ( $in=~/[^\\w\\d\\:\\_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3734 | ]/){return 0;}\n    \n    $ref_file=&get_unrealeas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3735 | ed_file();\n    if (!-e $ref_file)\n      {\n   add_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3736 | warning ($$,$$,\"Cannot find https://ftp.rcsb.org/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3737 | pub/pdb/holdings/unreleased_entries.json.gz;  $in \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3738 | is assumed to be released;\");\n        return 1;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3739 | }\n    \n    $pdb=substr ($in,0, 4);\n    chomp(($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3740 | value1=`grep -c $pdb $ref_file`));\n    $pdb=lc($p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3741 | db);\n    chomp(($value2=`grep -c $pdb $ref_file`)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3742 | );\n    $value=($value1 || $value2)?1:0;\n    $val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3743 | ue=($value>0)?1:0;\n    return $value;\n  }\n\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3744 |  is_pdb_file\n  {\n    my @arg=@_;\n    \n    if (\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3745 |  !-e $arg[0]){return 0;}\n    \n    $F=vfopen ($ar\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3746 | g[0], \"r\");\n    while ( <$F>)\n      {\n     if (/^\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3747 | HEADER/)\n        {\n       close $F;\n     return 1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3748 |  }\n    elsif ( /^SEQRES/)\n      {\n       close $F;\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3749 |   return 1;\n     }\n   elsif ( /^ATOM/)\n        {\n       c\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3750 | lose $F;\n          return 1;\n   }\n      }\n    retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3751 | n 0;\n  }\nsub get_pdb_id\n{\n    my $header_file=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3752 | @_[0];\n    my $id;\n    my $F= new FileHandle;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3753 |    \n    \n    $F=vfopen (\"$header_file\", \"r\")\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3754 | ;\n\n    while ( <$F>)\n      {\n       if ( /HEADER/)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3755 |           {\n       if ($debug){print \"$_\";}\n            $id=su\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3756 | bstr($_,62,4 );\n           return $id;\n         }\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3757 |     close ($F);\n    \n    return \"\";\n}\n\nsub \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3758 | get_ligand_list\n{\n    my $pdb_file=@_[0];\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3759 | y $chain;\n    my $ligand;\n    my %complete_ligan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3760 | d_list;\n    \n\n    $F=vfopen ($pdb_file, \"r\");\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3761 | \n    while ( <$F>)\n{\n        if ( /^HETATM/)\n{\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3762 | $line=$_;\n         $chain=substr($line,21,1);\n            $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3763 | ligand=substr($line,17,3);\n        \n      if (!$comp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3764 | lete_ligand_list{$chain}{$ligand})\n{\n         \n              $comp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3765 | lete_ligand_list{\"result\"}.=\"CHAIN $chain LIGAN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3766 | D $ligand\\n\";\n               $complete_ligand_list{$chain}{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3767 | ligand}=1;\n}\n}\n}\n    close ($F);\n    return %\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3768 | complete_ligand_list;\n}\n\nsub get_chain_list \n{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3769 | \n    my $header_file;\n    my @chain_list;\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3770 | y @list;\n    my $n_chains;\n    my %chain_hasch;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3771 | n    my $pdb_file=@_[0];\n    my $c;\n    my %hasc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3772 | h;\n    my $chain;\n  \n    \n    $F=vfopen ($pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3773 | file, \"r\");\n    while ( <$F>)\n{\n\n\n       if (/SEQ\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3774 | RES\\s+\\d+\\s+(\\S+)/)\n         {\n       $chain = subst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3775 | r($_,11,1);$chain=~s/\\s//g;if ( $chain eq \"\"){$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3776 | chain=\" \";}\n     if (!$hasch{$chain}){$hasch{$c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3777 | hain}=1;push @chain_list, $chain;}\n      }\n   if (/^A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3778 | TOM/ || /^HETATM/)\n      {\n       $chain = substr($_,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3779 | 21,1); $chain=~s/\\s//g;if ( $chain eq \"\"){$chai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3780 | n=\" \";}\n         if (!$hasch{$chain}){$hasch{$chain\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3781 | }=1;push @chain_list, $chain;}\n          }\n      }\n\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3782 | nclose ($F);\nif (!@chain_list)\n  {\n    @chain_l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3783 | ist=(\"A\");\n  }\n\n\nreturn @chain_list;\n}\n\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3784 | ub token_is_in_list\n{\n\n    my @list=@_;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3785 |  $a;\n    \n    for ($a=1; $a<=$#list; $a++)\n{\n       \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3786 | if ( $list[$a] eq $list[0]){return $a;}\n}\n}\n\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3787 | ub pdb_name2name_and_chain \n{\n    my $pdb_file=@\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3788 | _[0];\n    my $pdb_file_in;\n    my @array;\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3789 | y $chain;\n    my $c;\n\n    $pdb_file_in=$pdb_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3790 | e;\n\n    $pdb_file=~/^(.{4})/;$pdb_id=$1;\n    @a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3791 | rray=($pdb_file=~/([\\w])/g);\n  \n  \n    $chain=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3792 | uc ($array[4]);\n    $chain=($chain eq \"\")?\"FIR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3793 | ST\":$chain;\n    \n    return ( $pdb_id, $chain);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3794 | \n\n    if ( $#array==3){return ($pdb_id, \"FIRST\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3795 | ");}\n    elsif ( $#array<4){ return ($pdb_id, \"\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3796 | ");}\n    else {return ( $pdb_id, $chain);}\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3797 |  \n    \n    \n}\nsub get_main_hom_code \n{\n    m\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3798 | y $pdb_file=@_[0];\n    my %hom, $n, $best, $best_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3799 | h;\n    open (F, $pdb_file);\n    while (<F>)\n{\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3800 |         if ( $_=~/^ATOM/)\n{\n      $h=substr ($_,26, 1);\\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3801 | n           $n=++$hom{$h};\n        if ($n>$best)\n{\n          $be\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3802 | st=$n;\n                $best_h=$h;\n}\n}\n}\n    close (F);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3803 |   return $best_h;\n}\n\n\nsub get_pdb_file \n{\n  \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3804 |   my ($pdb_file_in)=(@_);\n    my $result;\n    my\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3805 |  @letter;\n    my @chain;\n    my $v;\n    my $pdb\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3806 | _file=$pdb_file_in;\n\n    $pdb_file=($pdb_file_in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3807 | =~/\\S+_S_(\\S+)/)?$1:$pdb_file_in;\n    \n    if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3808 | ($no_remote_pdb_dir==0)\n      {\n      $no_remote_pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3809 | dir=1;\n        $result=get_pdb_file3 ($pdb_file);\n    $no_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3810 | remote_pdb_dir=0;\n     if ( $result){return $result;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3811 | \n      else\n    {\n       \n      lc ($pdb_file);\n       $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3812 | result=get_pdb_file3($pdb_file);\n          return  $re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3813 | sult;\n   }\n      }\n    else\n      {\n       return g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3814 | et_pdb_file3 ($pdb_file);\n      }\n    \n  }\n\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3815 | ub get_pdb_file3 \n{\n    my $pdb_file_in=@_[0];\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3816 |     my $result;\n    my @letter;\n    my @chain;\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3817 |     my $lcfile;\n    my $ucfile;\n    my $pdb_file\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3818 | =$pdb_file_in;\n    \n    $lcfile=lc $pdb_file;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3819 |    $ucfile=uc $pdb_file;\n\n    if ( ($result=get_\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3820 | pdb_file2 ($pdb_file))){return $result;}\n    \n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3821 |     if ($lcfile ne $pdb_file && ($result=get_pdb_f\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3822 | ile2 ($lcfile))){return $result;}\n    if ($ucfile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3823 |  ne $pdb_file && ($result=get_pdb_file2 ($ucfile))\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3824 | ){return $result;}\n    \n   \n    \n    return \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3825 | \";\n}\nsub get_pdb_file2\n{\n    my $pdb_file=@_[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3826 | 0];\n    my $return_value;\n    \n    $return_valu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3827 | e=\"\";\n    \n    if ( ($result=get_pdb_file1 ($p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3828 | db_file))){$return_value=$result;}\n    elsif ( !(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3829 | $pdb_file=~/\\.pdb/) && !($pdb_file=~/\\.PDB/))\n{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3830 | \n      if ( ($result=get_pdb_file1 (\"$pdb_file.pdb\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3831 | )){$return_value=$result;}\n    elsif ( ($result=get_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3832 | pdb_file1 (\"$pdb_file.PDB\"))){$return_value=$res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3833 | ult;}\n\n       elsif ( ($result=get_pdb_file1 (\"pdb$pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3834 | b_file.pdb\"))){$return_value=$result;} \n      elsif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3835 |  ($result=get_pdb_file1 (\"pdb$pdb_file.PDB\"))){$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3836 | return_value=$result;}\n        elsif ( ($result=get_pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3837 | file1 (\"PDB$pdb_file.PDB\"))){$return_value=$resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3838 | lt;}\n  elsif ( ($result=get_pdb_file1 (\"PDB$pdb_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3839 | ile.pdb\"))){$return_value=$result;}\n  \n      \n      elsif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3840 |  ( ($result=get_pdb_file1 (\"$pdb_file.ent\"))){$r\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3841 | eturn_value=$result;}\n elsif ( ($result=get_pdb_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3842 | ile1 (\"pdb$pdb_file.ent\"))){$return_value=$resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3843 | t;}\n   elsif ( ($result=get_pdb_file1 (\"PDB$pdb_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3844 | le.ent\"))){$return_value=$result;}\n\n elsif ( ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3845 | result=get_pdb_file1 (\"$pdb_file.ENT\"))){$return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3846 | _value=$result;}\n      elsif ( ($result=get_pdb_file1 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3847 | (\"pdb$pdb_file.ENT\"))){$return_value=$result;}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3848 |         elsif ( ($result=get_pdb_file1 (\"PDB$pdb_file.EN\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3849 | T\"))){$return_value=$result;}\n        \n      \n      \n}\n    re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3850 | turn $return_value;\n}\n    \nsub get_pdb_file1\n{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3851 | \n    my ($pdb_file)=(@_);\n    my $return_value;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3852 | n    \n\n    $return_value=\"\";\n    if ( ($resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3853 | t=get_pdb_file0 ($pdb_file))){$return_value=$resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3854 | t;}\n    elsif ( ($result=get_pdb_file0 (\"$pdb_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3855 | le.Z\"))){$return_value=$result;}\n    elsif ( ($r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3856 | esult=get_pdb_file0 (\"$pdb_file.gz\"))){$return_v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3857 | alue=$result;}\n    elsif ( ($result=get_pdb_file0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3858 |  (\"$pdb_file.GZ\"))){$return_value=$result;}\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3859 |  return $return_value;\n}\nsub get_pdb_file0 \n{ \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3860 | n    my ($pdb_file, $attempt)=(@_);\n    my $pdb_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3861 | ile=@_[0];\n    my $tmp_pdb_file;    \n    my $ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3862 | urn_value;\n\n    if ( !$attempt){$attempt=1;}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3863 |   \n    $local_pdb_file=\"$pdb_file\";\n    if ( $\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3864 | local_pdb_file eq \"\")\n{\n    $tmp_pdb_file=vtmpnam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3865 | ();\n   open F, \">$tmp_pdb_file\";\n   \n      while (<STD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3866 | IN>){print F \"$_\";}\n close (F);\n    \n      if (-e $tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3867 | p_pdb_file && &is_pdb_file ( $local_pdb_file))\n{r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3868 | eturn $tmp_pdb_file;}\n}\n\n    $local_pdb_file=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3869 | $pdb_file\";\n    &debug_print (\"\\nTry access lo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3870 | cal file: $local_pdb_file\");\n    \n    $local_pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3871 | b_file=&check_pdb_file4compression ($local_pdb_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3872 | e);\n    if ( -e $local_pdb_file && (&is_pdb_file \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3873 | ($local_pdb_file) || $force_pdb))\n{\n  &debug_prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3874 | t ( \"\\n\\tIs in Current Dir\");\n     $tmp_pdb_file=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3875 | vtmpnam();\n    `cp $local_pdb_file $tmp_pdb_file`;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3876 |         return $tmp_pdb_file;\n}\n    else\n{\n &debug_pr\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3877 | int (\"\\n\\tFile Not in Current Dir\");\n}\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3878 |  if ($pdb_file=~/^pdb/||$pdb_file=~/^PDB/){$pdb_di\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3879 | v=substr ($pdb_file, 4, 2);}\n    else\n{\n       $pdb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3880 | _div=substr ($pdb_file, 1, 2);\n}\n    $local_pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3881 | file=\"$pdb_dir/$pdb_div/$pdb_file\";\n    $local_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3882 | pdb_file=&check_pdb_file4compression ( $local_pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3883 | file);\n    &debug_print (\"\\nTry access file Fro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3884 | m PDB_DIR: $local_pdb_file\");\n    if ($pdb_dir &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3885 | & -e $local_pdb_file && &is_pdb_file ($local_pdb_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3886 | ile))\n{\n      &debug_print ( \"\\n\\tIs in Local PDB \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3887 | DIR\");\n       $tmp_pdb_file=vtmpnam();\n      `cp $local_pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3888 | b_file $tmp_pdb_file`;\n        return $tmp_pdb_file;\n}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3889 | n\n    $local_pdb_file=\"$pdb_dir/$pdb_file\";\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3890 |   $local_pdb_file=&check_pdb_file4compression ( $l\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3891 | ocal_pdb_file);\n    &debug_print (\"\\nTry access\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3892 |  file From PDB_DIR: local_pdb_file\");\n    if ($p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3893 | db_dir && -e $local_pdb_file && &is_pdb_file ($loc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3894 | al_pdb_file))\n{\n      &debug_print ( \"\\n\\tIs in Lo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3895 | cal PDB DIR\");\n       $tmp_pdb_file=vtmpnam();\n      `cp $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3896 | local_pdb_file $tmp_pdb_file`;\n        return $tmp_pdb_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3897 | ile;\n}\n\n    $local_pdb_file=\"$pdb_dir$pdb_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3898 | \";\n    $local_pdb_file=&check_pdb_file4compressi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3899 | on ( $local_pdb_file);\n    &debug_print (\"\\nTry\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3900 |  access file From PDB_DIR: $local_pdb_file\");\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3901 |   if ($pdb_dir && -e $local_pdb_file && &is_pdb_fi\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3902 | le ($local_pdb_file))\n{\n      &debug_print ( \"\\n\\t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3903 | Is in Local PDB DIR\");\n       $tmp_pdb_file=vtmpnam();\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3904 | \n      `cp $local_pdb_file $tmp_pdb_file`;\n   return $t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3905 | mp_pdb_file;\n}\n    else\n{&debug_print ( \"\\n\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3906 | tNot In Local Pdb Dir\");}\n\n    if ($cache ne \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3907 | NO\" && $cache ne \"no\")\n{\n\n        $local_pdb_file=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3908 | "$cache/$pdb_file\";\n  $local_pdb_file=&check_pdb_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3909 | file4compression ( $local_pdb_file);\n  &debug_prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3910 | t(\"\\nTry access file From Cache: $local_pdb_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3911 | \");\n  if (-e $local_pdb_file && &is_pdb_file ($lo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3912 | cal_pdb_file))\n{\n         &debug_print ( \"\\n\\tIs \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3913 | in T-Coffee Cache\");\n     $tmp_pdb_file=vtmpnam(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3914 | );\n        `cp $local_pdb_file $tmp_pdb_file`;\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3915 |  return $tmp_pdb_file;\n}\n     else{&debug_print ( \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3916 | \\n\\tNot in Cache Dir\");}\n}\n\nif (!$no_remote_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3917 | pdb_dir) \n  {\n    my $value=&is_released ($pdb_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3918 | ile);\n    my $return_value=\"\";\n    if ($value=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3919 | =1)\n      {\n  \n      &debug_print (\"\\n*************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3920 | ****************************************\\nTry Rem\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3921 | ote Access for $pdb_file\");\n  $tmp_pdb_file=vtmpn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3922 | am();\n $netcommand=$netaddress;\n      $netcommand=~s/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3923 | %%/$pdb_file/g;\n       &url2file(\"$netcommand\", \"$tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3924 | p_pdb_file.$netcompression\");\n        &debug_print(\"\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3925 | nREMOTE: $netcommand\\n\");\n   \n      $compressed_tmp_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3926 | ile_name=\"$tmp_pdb_file.$netcompression\";\n   \n      i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3927 | f ($netcompression && -B $compressed_tmp_file_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3928 |  && $attempt<5)\n         {\n       my $r;\n        &debug_pr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3929 | int (\"\\n\\tFile Found Remotely\");\n      if (($r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3930 | =safe_system ( \"$netcompression_pg $compressed_tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3931 | p_file_name\")!=$EXIT_SUCCESS) && $attempts<5)\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3932 |      {\n                &debug_print (\"\\n\\tProper Download Fa\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3933 | iled Try again\");\n            unlink $compressed_tmp_file_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3934 | name;\n         print \"\\nFailed to Download $compressed\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3935 | _tmp_file_name. New Attempt $attempt/5\\n\";\n          re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3936 | turn &get_pdb_file0($pdb_file, $attempt+1);\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3937 |   }\n       elsif ($r== $EXIT_SUCCESS)\n              {\n               \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3938 | &debug_print (\"\\n\\tProper Download Succeeded \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3939 | );\n            $return_value=$tmp_pdb_file;\n        }\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3940 |  else\n       {\n               &debug_print (\"\\n\\tProper Do\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3941 | wnload Failed \");\n            &debug_print (\"\\nFile Not \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3942 | Found Remotely\");\n            unlink $compressed_tmp_file_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3943 | name;\n       }\n         }\n   else\n    {\n\n     &debug_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3944 | print (\"\\nFile Not Found Remotely\");\n           unli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3945 | nk $compressed_tmp_file_name;\n   }\n   #Update cach\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3946 | e if required\n if ($cache ne \"no\" && $cache ne \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3947 | \"update\" && -e $return_value)\n         {\n       `cp $r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3948 | eturn_value $cache/$pdb_file.pdb`;\n        #`t_coffe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3949 | e -other_pg clean_cache.pl -file $pdb_file.pdb -di\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3950 | r $cache`;\n      }\n      }\n    &debug_print (\"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3951 | Remote Download Finished\");\n    return $return_v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3952 | alue;\n  }\nreturn \"\";\n}\n\nsub check_pdb_file4\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3953 | compression \n{\n    my $file=@_[0];\n    my $tmp;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3954 | \n    my $r;\n    \n    $tmp=&vtmpnam();\n    if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3955 | -e $tmp){unlink $tmp;}\n    \n    $file=~s/\\/\\//\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3956 | \\//g;\n    if    (-B $file && ($file=~/\\.Z/)) {`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3957 | cp $file $tmp.Z`;`rm $tmp`;`gunzip $tmp.Z $SILENT`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3958 | ;$r=$tmp;}\n    elsif (-B $file && ($file=~/\\.gz/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3959 | )){`cp $file $tmp.gz`;`gunzip $tmp.gz $SILENT`;ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3960 | urn $r=$tmp;}\n    elsif (-B $file ){`cp $file $tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3961 | p.gz`;`gunzip $tmp.gz $SILENT`;$r=$tmp;}\n    elsi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3962 | f ( -e $file ) {$r= $file;}\n    elsif ( -e \"$fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3963 | e.gz\" ){ `cp $file.gz $tmp.gz`;`gunzip     $tmp.g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3964 | z $SILENT`;$r=$tmp;}    \n    elsif ( -e \"$file.Z\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3965 | \") {`cp $file.Z  $tmp.Z`; `gunzip $tmp.Z $SILENT`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3966 | ;$r=$tmp;}\n    else  {$r= $file;}\n\n    if ( -e \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3967 | \"$tmp.Z\"){unlink \"$tmp.Z\";}\n    if ( -e \"$tm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3968 | p.gz\"){unlink \"$tmp.gz\";}\n    \n    return $r;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3969 | \n    \n}\n\n\n\n\n\n    \n\n\n\n\n\n\n\nsub vfope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3970 | n \n{\n    my $file=@_[0];\n    my $mode=@_[1];\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3971 |    my $tmp;\n    my $F = new FileHandle;\n    \n  \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3972 |   \n    $tmp=$file;\n   \n    \n    if ( $mode eq \"\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3973 | r\" && !-e $file){ myexit(flush_error (\"Cannot op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3974 | en file $file\"));}\n    elsif ($mode eq \"w\"){$t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3975 | mp=\">$file\";}\n    elsif ($mode eq \"a\"){$tmp=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3976 | ">>$file\";}\n    \n    \n    open ($F,$tmp);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3977 |  return $F;\n}\nsub debug_print\n{\n    my $messag\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3978 | e =@_[0];\n    if ($debug){print STDERR \"NO_REMOT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3979 | E_PDB_DIR: $no_remote_pdb_dir - $message [DEBUG:ex\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3980 | tract_from_pdb]\";}\n    return;\n}\nsub is_aa \n{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3981 | \n    my ($aa, $chain) =@_;\n\n    my $one;\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3982 | y $trhee;\n    \n    if ( $onelett{$molecule_type{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3983 | $chain}}->{$aa} eq 'X' || !$onelett{$molecule_type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3984 | {$chain}}->{$aa} ){return '';}\n    else\n      {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3985 | n       $one=$onelett{$molecule_type{$chain}}->{$aa};\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3986 | n       $three=$threelett{$molecule_type{$chain}}->{$one\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3987 | };\n    \n\n    return $three;\n      }\n  }\n\n\n\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3988 | sub url2file\n{\n    my ($address, $out, $wget_arg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3989 | , $curl_arg)=(@_);\n    my ($pg, $flag, $r, $arg, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3990 | $count);\n    \n    if (!$CONFIGURATION){&check_co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3991 | nfiguration (\"wget\", \"INTERNET\", \"gzip\");$CO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3992 | NFIGURATION=1;}\n    \n\n    if (&pg_is_installed \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3993 | (\"curl\")){$pg=\"curl\"; $flag=\"-o\";$arg=$curl_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3994 | arg;}\n    elsif (&pg_is_installed (\"wget\"))   {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3995 | $pg=\"wget\"; $flag=\"-O\";$arg=$wget_arg;}\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3996 | n    return safe_system (\"$pg $flag$out $address \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3997 | >/dev/null 2>/dev/null\");\n\n}\n\n\n\n\nsub pdbfi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3998 | le2chaintype\n  {\n    my $file=@_[0];\n    my %ct\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 3999 | ;\n    my $F;\n    \n    $F=vfopen ($file, \"r\");\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4000 | \n    while (<$F>)\n      {\n   my $line=$_;\n  if ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4001 | line =~/^ATOM/)\n         {\n       my $C=substr($line,21,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4002 | 1);\n       if (!$ct{$C})\n           { \n              my $r=substr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4003 | ($line,17,3);\n         $r=~s/\\s+//;\n         if (length ($r)=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4004 | =1){$ct{$C}=\"R\";}\n           elsif (length ($r)==2){$ct{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4005 | $C}=\"D\";}\n           elsif (length ($r)==3){$ct{$C}=\"P\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4006 | ";}\n           else \n           {\n               myexit(flush_error(\"ER\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4007 | ROR: Could not read RES_ID field in file $file\"))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4008 | ;\n               }\n         }\n         }\n      }\n    close ($F);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4009 | \n    return %ct;\n  }\n   \n    \n\n\n\nsub fill_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4010 | threelett_RNA\n{\n\n    my %threelett=(\n       'A', '  A',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4011 | \n      'T', '  T',\n   'U', '  U',\n   'C', '  C',\n   'G', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4012 | '  G',\n        'I', '  I', #Inosine\n  );\n    \n      return %th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4013 | reelett;\n\n}\n\n\nsub fill_onelett_RNA\n{\n    my   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4014 | %onelett=(\n    '  A' => 'A',\n '  T' => 'T',\n '  U'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4015 |  => 'U',\n      '  C' => 'C',\n '  G' => 'G',\n 'CSL' =\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4016 | > 'X',\n        'UMS' => 'X',\n '  I' => 'I',\n 'A' => 'A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4017 | ',\n    'T' => 'T',\n   'U' => 'U',\n   'C' => 'C',\n   'G'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4018 |  => 'G',\n      'I' => 'I',\n   );\n\n  return %onelett;\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4019 | \n}\n\n\nsub fill_onelett_DNA\n{\n      my   %onelett=(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4020 | \n      ' DA', 'A',\n   ' DT', 'T',\n   ' DC', 'C',\n   ' DG'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4021 | , 'G',\n        'DA', 'A',\n    'DT', 'T',\n    'DC', 'C',\n    'D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4022 | G', 'G',\n      );\n\n  return %onelett;\n\n}\n\nsub fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4023 | l_threelett_DNA\n{\n\n  my %threelett=(\n       'A', ' DA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4024 | ',\n    'T', ' DT',\n   'C', ' DC',\n   'G', ' DG',\n   );\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4025 | n\n     return %threelett;\n\n}\n\n\n\n\nsub fill_thre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4026 | elett_prot\n{  \n  my %threelett;\n\n  %threelett=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4027 | (\n'A', 'ALA',\n'C', 'CYS',\n'D', 'ASP',\n'E', 'GL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4028 | U',\n'F', 'PHE',\n'G', 'GLY',\n'H', 'HIS',\n'I', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4029 | ILE',\n'K', 'LYS',\n'L', 'LEU',\n'N', 'ASN',\n'M',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4030 |  'MET',\n'P', 'PRO',\n'Q', 'GLN',\n'R', 'ARG',\n'S\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4031 | ', 'SER',\n'T', 'THR',\n'V', 'VAL',\n'W', 'TRP',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4032 | 'Y', 'TYR',\n);\n\nreturn %threelett;\n\n\n}\n\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4033 | b fill_onelett_prot\n{\n    my %onelett;\n    \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4034 |   %onelett=(\n\n'10A', 'X',\n'11O', 'X',\n'12A', '\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4035 | X',\n'13P', 'X',\n'13R', 'X',\n'13S', 'X',\n'14W',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4036 |  'X',\n'15P', 'X',\n'16A', 'X',\n'16G', 'X',\n'1AN\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4037 | ', 'X',\n'1AP', 'X',\n'1AR', 'X',\n'1BH', 'X',\n'1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4038 | BO', 'X',\n'1C5', 'X',\n'1CU', 'X',\n'1DA', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4039 | '1GL', 'X',\n'1GN', 'X',\n'1IN', 'X',\n'1LU', 'L',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4040 | \n'1MA', 'X',\n'1MC', 'X',\n'1MG', 'X',\n'1MZ', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4041 | ',\n'1NA', 'X',\n'1NB', 'X',\n'1NI', 'X',\n'1PA', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4042 | 'A',\n'1PC', 'X',\n'1PE', 'X',\n'1PG', 'X',\n'1PI'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4043 | , 'A',\n'1PM', 'X',\n'1PN', 'X',\n'1PU', 'X',\n'1P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4044 | Y', 'X',\n'1UN', 'X',\n'24T', 'X',\n'25T', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4045 | 26P', 'X',\n'2AB', 'X',\n'2AM', 'X',\n'2AN', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4046 | n'2AP', 'X',\n'2AR', 'X',\n'2AS', 'D',\n'2BL', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4047 | ,\n'2BM', 'X',\n'2CP', 'X',\n'2DA', 'X',\n'2DG', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4048 | X',\n'2DP', 'X',\n'2DT', 'X',\n'2EP', 'X',\n'2EZ',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4049 |  'X',\n'2FG', 'X',\n'2FL', 'X',\n'2FP', 'X',\n'2FU\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4050 | ', 'X',\n'2GL', 'X',\n'2GP', 'X',\n'2HP', 'X',\n'2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4051 | IB', 'X',\n'2IP', 'X',\n'2LU', 'L',\n'2MA', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4052 | '2MD', 'X',\n'2ME', 'X',\n'2MG', 'X',\n'2ML', 'L',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4053 | \n'2MO', 'X',\n'2MR', 'R',\n'2MU', 'X',\n'2MZ', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4054 | ',\n'2NO', 'X',\n'2NP', 'X',\n'2OG', 'X',\n'2PA', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4055 | 'X',\n'2PC', 'X',\n'2PE', 'X',\n'2PG', 'X',\n'2PH'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4056 | , 'X',\n'2PI', 'X',\n'2PL', 'X',\n'2PP', 'X',\n'2P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4057 | U', 'X',\n'2SI', 'X',\n'2TB', 'X',\n'34C', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4058 | 35G', 'X',\n'3AA', 'X',\n'3AD', 'X',\n'3AH', 'H',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4059 | n'3AN', 'X',\n'3AP', 'X',\n'3AT', 'X',\n'3BT', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4060 | ,\n'3CH', 'X',\n'3CN', 'X',\n'3CO', 'X',\n'3CP', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4061 | X',\n'3DR', 'X',\n'3EP', 'X',\n'3FM', 'X',\n'3GA',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4062 |  'X',\n'3GP', 'X',\n'3HB', 'X',\n'3HC', 'X',\n'3HP\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4063 | ', 'X',\n'3IB', 'X',\n'3ID', 'X',\n'3IN', 'X',\n'3\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4064 | MA', 'X',\n'3MB', 'X',\n'3MC', 'X',\n'3MD', 'D',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4065 | '3MF', 'X',\n'3MP', 'X',\n'3MT', 'X',\n'3OL', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4066 | \n'3PA', 'X',\n'3PG', 'X',\n'3PO', 'X',\n'3PP', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4067 | ',\n'3PY', 'X',\n'49A', 'X',\n'4AB', 'X',\n'4AM', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4068 | 'X',\n'4AN', 'X',\n'4AP', 'X',\n'4BA', 'X',\n'4BT'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4069 | , 'X',\n'4CA', 'X',\n'4CO', 'X',\n'4HP', 'X',\n'4I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4070 | P', 'X',\n'4MO', 'X',\n'4MV', 'X',\n'4MZ', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4071 | 4NC', 'X',\n'4NP', 'X',\n'4OX', 'X',\n'4PB', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4072 | n'4PN', 'X',\n'4PP', 'X',\n'4SC', 'X',\n'4SU', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4073 | ,\n'4TB', 'X',\n'55C', 'X',\n'5AD', 'X',\n'5AN', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4074 | X',\n'5AT', 'X',\n'5CM', 'X',\n'5GP', 'X',\n'5HP',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4075 |  'E',\n'5HT', 'X',\n'5IT', 'X',\n'5IU', 'X',\n'5MB\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4076 | ', 'X',\n'5MC', 'X',\n'5MD', 'X',\n'5MP', 'X',\n'5\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4077 | MU', 'X',\n'5NC', 'X',\n'5OB', 'X',\n'5PA', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4078 | '5PV', 'X',\n'6AB', 'X',\n'6CT', 'X',\n'6HA', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4079 | \n'6HC', 'X',\n'6HG', 'X',\n'6HT', 'X',\n'6IN', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4080 | ',\n'6MO', 'X',\n'6MP', 'X',\n'6PG', 'X',\n'6WO', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4081 | 'X',\n'70U', 'X',\n'7DG', 'X',\n'7HP', 'X',\n'7I2'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4082 | , 'X',\n'7MG', 'X',\n'7MQ', 'X',\n'7NI', 'X',\n'87\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4083 | Y', 'X',\n'8AD', 'X',\n'8BR', 'X',\n'8IG', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4084 | 8IN', 'X',\n'8OG', 'X',\n'95A', 'X',\n'9AD', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4085 | n'9AM', 'X',\n'9AP', 'X',\n'9DG', 'X',\n'9DI', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4086 | ,\n'9HX', 'X',\n'9OH', 'X',\n'9TA', 'X',\n'A12', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4087 | X',\n'A15', 'X',\n'A23', 'X',\n'A24', 'X',\n'A26',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4088 |  'X',\n'A2G', 'X',\n'A2P', 'X',\n'A32', 'X',\n'A3P\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4089 | ', 'X',\n'A4P', 'X',\n'A5P', 'X',\n'A70', 'X',\n'A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4090 | 76', 'X',\n'A77', 'X',\n'A78', 'X',\n'A79', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4091 | 'A80', 'X',\n'A85', 'X',\n'A88', 'X',\n'A9A', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4092 | \n'AA3', 'X',\n'AA4', 'X',\n'AA6', 'X',\n'AAA', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4093 | ',\n'AAB', 'X',\n'AAC', 'X',\n'AAE', 'X',\n'AAG', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4094 | 'R',\n'AAH', 'X',\n'AAM', 'X',\n'AAN', 'X',\n'AAP'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4095 | , 'X',\n'AAR', 'R',\n'AAS', 'X',\n'AAT', 'X',\n'AB\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4096 | A', 'X',\n'ABC', 'X',\n'ABD', 'X',\n'ABE', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4097 | ABH', 'X',\n'ABI', 'X',\n'ABK', 'X',\n'ABM', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4098 | n'ABN', 'X',\n'ABP', 'X',\n'ABR', 'X',\n'ABS', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4099 | ,\n'ABU', 'X',\n'AC1', 'X',\n'AC2', 'X',\n'ACA', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4100 | X',\n'ACB', 'D',\n'ACC', 'C',\n'ACD', 'X',\n'ACE',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4101 |  'X',\n'ACH', 'X',\n'ACI', 'X',\n'ACL', 'R',\n'ACM\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4102 | ', 'X',\n'ACN', 'X',\n'ACO', 'X',\n'ACP', 'X',\n'A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4103 | CQ', 'X',\n'ACR', 'X',\n'ACS', 'X',\n'ACT', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4104 | 'ACV', 'V',\n'ACX', 'X',\n'ACY', 'X',\n'AD2', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4105 | \n'AD3', 'X',\n'ADC', 'X',\n'ADD', 'X',\n'ADE', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4106 | ',\n'ADH', 'X',\n'ADI', 'X',\n'ADM', 'X',\n'ADN', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4107 | 'X',\n'ADP', 'X',\n'ADQ', 'X',\n'ADR', 'X',\n'ADS'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4108 | , 'X',\n'ADT', 'X',\n'ADU', 'X',\n'ADW', 'X',\n'AD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4109 | X', 'X',\n'AE2', 'X',\n'AEA', 'X',\n'AEB', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4110 | AEI', 'D',\n'AEN', 'X',\n'AET', 'T',\n'AF1', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4111 | n'AF3', 'X',\n'AFA', 'D',\n'AFP', 'X',\n'AG7', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4112 | ,\n'AGB', 'X',\n'AGF', 'X',\n'AGL', 'X',\n'AGM', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4113 | R',\n'AGN', 'X',\n'AGP', 'X',\n'AGS', 'X',\n'AGU',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4114 |  'X',\n'AH0', 'X',\n'AH1', 'X',\n'AHA', 'X',\n'AHB\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4115 | ', 'D',\n'AHC', 'X',\n'AHF', 'X',\n'AHG', 'X',\n'A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4116 | HH', 'X',\n'AHM', 'X',\n'AHO', 'X',\n'AHP', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4117 | 'AHS', 'X',\n'AHT', 'Y',\n'AHU', 'X',\n'AHX', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4118 | \n'AI1', 'X',\n'AI2', 'X',\n'AIB', 'X',\n'AIC', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4119 | ',\n'AIM', 'X',\n'AIP', 'X',\n'AIQ', 'X',\n'AIR', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4120 | 'X',\n'AJ3', 'X',\n'AKB', 'X',\n'AKG', 'X',\n'AKR'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4121 | , 'X',\n'AL1', 'X',\n'AL2', 'X',\n'AL3', 'X',\n'AL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4122 | 4', 'X',\n'AL5', 'X',\n'AL6', 'X',\n'AL7', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4123 | AL8', 'X',\n'AL9', 'X',\n'ALA', 'A',\n'ALB', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4124 | n'ALC', 'X',\n'ALD', 'L',\n'ALE', 'X',\n'ALF', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4125 | ,\n'ALG', 'X',\n'ALL', 'X',\n'ALM', 'A',\n'ALN', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4126 | A',\n'ALO', 'T',\n'ALP', 'X',\n'ALQ', 'X',\n'ALR',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4127 |  'X',\n'ALS', 'X',\n'ALT', 'A',\n'ALY', 'K',\n'ALZ\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4128 | ', 'X',\n'AMA', 'X',\n'AMB', 'X',\n'AMC', 'X',\n'A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4129 | MD', 'X',\n'AMG', 'X',\n'AMH', 'X',\n'AMI', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4130 | 'AML', 'X',\n'AMN', 'X',\n'AMO', 'X',\n'AMP', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4131 | \n'AMQ', 'X',\n'AMR', 'X',\n'AMS', 'X',\n'AMT', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4132 | ',\n'AMU', 'X',\n'AMW', 'X',\n'AMX', 'X',\n'AMY', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4133 | 'X',\n'ANA', 'X',\n'ANB', 'X',\n'ANC', 'X',\n'AND'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4134 | , 'X',\n'ANE', 'X',\n'ANI', 'X',\n'ANL', 'X',\n'AN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4135 | O', 'X',\n'ANP', 'X',\n'ANS', 'X',\n'ANT', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4136 | AOE', 'X',\n'AOP', 'X',\n'AP1', 'X',\n'AP2', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4137 | n'AP3', 'X',\n'AP4', 'X',\n'AP5', 'X',\n'AP6', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4138 | ,\n'APA', 'X',\n'APB', 'X',\n'APC', 'X',\n'APE', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4139 | F',\n'APF', 'X',\n'APG', 'X',\n'APH', 'A',\n'API',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4140 |  'X',\n'APL', 'X',\n'APM', 'X',\n'APN', 'G',\n'APP\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4141 | ', 'X',\n'APQ', 'X',\n'APR', 'X',\n'APS', 'X',\n'A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4142 | PT', 'X',\n'APU', 'X',\n'APX', 'X',\n'APY', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4143 | 'APZ', 'X',\n'AQS', 'X',\n'AR1', 'X',\n'AR2', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4144 | \n'ARA', 'X',\n'ARB', 'X',\n'ARC', 'X',\n'ARD', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4145 | ',\n'ARG', 'R',\n'ARH', 'X',\n'ARI', 'X',\n'ARM', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4146 | 'R',\n'ARN', 'X',\n'ARO', 'R',\n'ARP', 'X',\n'ARQ'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4147 | , 'X',\n'ARS', 'X',\n'AS1', 'R',\n'AS2', 'X',\n'AS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4148 | A', 'D',\n'ASB', 'D',\n'ASC', 'X',\n'ASD', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4149 | ASE', 'X',\n'ASF', 'X',\n'ASI', 'X',\n'ASK', 'D',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4150 | n'ASL', 'X',\n'ASM', 'N',\n'ASO', 'X',\n'ASP', 'D'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4151 | ,\n'ASQ', 'X',\n'ASU', 'X',\n'ATA', 'X',\n'ATC', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4152 | X',\n'ATD', 'X',\n'ATF', 'X',\n'ATG', 'X',\n'ATH',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4153 |  'X',\n'ATM', 'X',\n'ATO', 'X',\n'ATP', 'X',\n'ATQ\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4154 | ', 'X',\n'ATR', 'X',\n'ATT', 'X',\n'ATY', 'X',\n'A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4155 | TZ', 'X',\n'AUC', 'X',\n'AUR', 'X',\n'AVG', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4156 | 'AXP', 'X',\n'AYA', 'A',\n'AZ2', 'X',\n'AZA', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4157 | \n'AZC', 'X',\n'AZD', 'X',\n'AZE', 'X',\n'AZI', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4158 | ',\n'AZL', 'X',\n'AZM', 'X',\n'AZR', 'X',\n'AZT', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4159 | 'X',\n'B12', 'X',\n'B1F', 'F',\n'B2A', 'A',\n'B2F'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4160 | , 'F',\n'B2I', 'I',\n'B2V', 'V',\n'B3I', 'X',\n'B3\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4161 | P', 'X',\n'B7G', 'X',\n'B96', 'X',\n'B9A', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4162 | BA1', 'X',\n'BAA', 'X',\n'BAB', 'X',\n'BAC', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4163 | n'BAF', 'X',\n'BAH', 'X',\n'BAI', 'X',\n'BAK', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4164 | ,\n'BAL', 'A',\n'BAM', 'X',\n'BAO', 'X',\n'BAP', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4165 | X',\n'BAR', 'X',\n'BAS', 'X',\n'BAT', 'F',\n'BAY',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4166 |  'X',\n'BAZ', 'X',\n'BB1', 'X',\n'BB2', 'X',\n'BBA\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4167 | ', 'X',\n'BBH', 'X',\n'BBS', 'X',\n'BBT', 'X',\n'B\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4168 | BZ', 'X',\n'BCA', 'X',\n'BCB', 'X',\n'BCC', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4169 | 'BCD', 'X',\n'BCL', 'X',\n'BCN', 'X',\n'BCR', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4170 | \n'BCS', 'C',\n'BCT', 'X',\n'BCY', 'X',\n'BCZ', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4171 | ',\n'BDA', 'X',\n'BDG', 'X',\n'BDK', 'X',\n'BDM', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4172 | 'X',\n'BDN', 'X',\n'BDS', 'X',\n'BE1', 'X',\n'BE2'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4173 | , 'X',\n'BEA', 'X',\n'BEF', 'X',\n'BEN', 'X',\n'BE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4174 | O', 'X',\n'BEP', 'X',\n'BER', 'X',\n'BES', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4175 | BET', 'X',\n'BEZ', 'X',\n'BF2', 'X',\n'BFA', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4176 | n'BFD', 'X',\n'BFP', 'X',\n'BFS', 'X',\n'BFU', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4177 | ,\n'BG6', 'X',\n'BGF', 'X',\n'BGG', 'X',\n'BGL', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4178 | X',\n'BGN', 'X',\n'BGP', 'X',\n'BGX', 'X',\n'BH4',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4179 |  'X',\n'BHA', 'X',\n'BHC', 'X',\n'BHD', 'D',\n'BHO\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4180 | ', 'X',\n'BHS', 'X',\n'BIC', 'X',\n'BIN', 'X',\n'B\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4181 | IO', 'X',\n'BIP', 'X',\n'BIS', 'X',\n'BIZ', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4182 | 'BJH', 'X',\n'BJI', 'X',\n'BJP', 'X',\n'BLA', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4183 | \n'BLB', 'X',\n'BLE', 'L',\n'BLG', 'P',\n'BLI', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4184 | ',\n'BLM', 'X',\n'BLV', 'X',\n'BLY', 'K',\n'BM1', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4185 | 'X',\n'BM2', 'X',\n'BM5', 'X',\n'BM9', 'X',\n'BMA'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4186 | , 'X',\n'BMD', 'X',\n'BME', 'X',\n'BMP', 'X',\n'BM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4187 | Q', 'X',\n'BMS', 'X',\n'BMT', 'T',\n'BMU', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4188 | BMY', 'X',\n'BMZ', 'X',\n'BNA', 'X',\n'BNG', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4189 | n'BNI', 'X',\n'BNN', 'F',\n'BNO', 'L',\n'BNS', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4190 | ,\n'BNZ', 'X',\n'BO3', 'X',\n'BO4', 'X',\n'BOC', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4191 | X',\n'BOG', 'X',\n'BOM', 'X',\n'BOT', 'X',\n'BOX',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4192 |  'X',\n'BOZ', 'X',\n'BPA', 'X',\n'BPB', 'X',\n'BPD\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4193 | ', 'X',\n'BPG', 'X',\n'BPH', 'X',\n'BPI', 'X',\n'B\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4194 | PJ', 'X',\n'BPM', 'X',\n'BPN', 'X',\n'BPO', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4195 | 'BPP', 'X',\n'BPT', 'X',\n'BPY', 'X',\n'BRB', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4196 | \n'BRC', 'X',\n'BRE', 'X',\n'BRI', 'X',\n'BRL', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4197 | ',\n'BRM', 'X',\n'BRN', 'X',\n'BRO', 'X',\n'BRS', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4198 | 'X',\n'BRU', 'X',\n'BRZ', 'X',\n'BSB', 'X',\n'BSI'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4199 | , 'X',\n'BSP', 'X',\n'BT1', 'X',\n'BT2', 'X',\n'BT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4200 | 3', 'X',\n'BTA', 'L',\n'BTB', 'X',\n'BTC', 'C',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4201 | BTD', 'X',\n'BTN', 'X',\n'BTP', 'X',\n'BTR', 'W',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4202 | n'BU1', 'X',\n'BUA', 'X',\n'BUB', 'X',\n'BUC', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4203 | ,\n'BUG', 'X',\n'BUL', 'X',\n'BUM', 'X',\n'BUQ', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4204 | X',\n'BUT', 'X',\n'BVD', 'X',\n'BX3', 'X',\n'BYS',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4205 |  'X',\n'BZ1', 'X',\n'BZA', 'X',\n'BZB', 'X',\n'BZC\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4206 | ', 'X',\n'BZD', 'X',\n'BZF', 'X',\n'BZI', 'X',\n'B\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4207 | ZM', 'X',\n'BZO', 'X',\n'BZP', 'X',\n'BZQ', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4208 | 'BZS', 'X',\n'BZT', 'X',\n'C02', 'X',\n'C11', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4209 | \n'C1O', 'X',\n'C20', 'X',\n'C24', 'X',\n'C2F', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4210 | ',\n'C2O', 'X',\n'C2P', 'X',\n'C3M', 'X',\n'C3P', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4211 | 'X',\n'C3X', 'X',\n'C48', 'X',\n'C4M', 'X',\n'C4X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4212 | , 'X',\n'C5C', 'X',\n'C5M', 'X',\n'C5P', 'X',\n'C5\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4213 | X', 'X',\n'C60', 'X',\n'C6C', 'X',\n'C6M', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4214 | C78', 'X',\n'C8E', 'X',\n'CA3', 'X',\n'CA5', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4215 | n'CAA', 'X',\n'CAB', 'X',\n'CAC', 'X',\n'CAD', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4216 | ,\n'CAF', 'C',\n'CAG', 'X',\n'CAH', 'X',\n'CAL', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4217 | X',\n'CAM', 'X',\n'CAN', 'X',\n'CAO', 'X',\n'CAP',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4218 |  'X',\n'CAQ', 'X',\n'CAR', 'X',\n'CAS', 'C',\n'CAT\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4219 | ', 'X',\n'CAV', 'X',\n'CAY', 'C',\n'CAZ', 'X',\n'C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4220 | B3', 'X',\n'CB4', 'X',\n'CBA', 'X',\n'CBD', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4221 | 'CBG', 'X',\n'CBI', 'X',\n'CBL', 'X',\n'CBM', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4222 | \n'CBN', 'X',\n'CBO', 'X',\n'CBP', 'X',\n'CBS', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4223 | ',\n'CBX', 'X',\n'CBZ', 'X',\n'CC0', 'X',\n'CC1', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4224 | 'X',\n'CCC', 'X',\n'CCH', 'X',\n'CCI', 'X',\n'CCM'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4225 | , 'X',\n'CCN', 'X',\n'CCO', 'X',\n'CCP', 'X',\n'CC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4226 | R', 'X',\n'CCS', 'C',\n'CCV', 'X',\n'CCY', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4227 | CD1', 'X',\n'CDC', 'X',\n'CDE', 'X',\n'CDF', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4228 | n'CDI', 'X',\n'CDL', 'X',\n'CDM', 'X',\n'CDP', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4229 | ,\n'CDR', 'X',\n'CDU', 'X',\n'CE1', 'X',\n'CEA', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4230 | C',\n'CEB', 'X',\n'CEC', 'X',\n'CED', 'X',\n'CEF',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4231 |  'X',\n'CEH', 'X',\n'CEM', 'X',\n'CEO', 'X',\n'CEP\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4232 | ', 'X',\n'CEQ', 'X',\n'CER', 'X',\n'CES', 'G',\n'C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4233 | ET', 'X',\n'CFC', 'X',\n'CFF', 'X',\n'CFM', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4234 | 'CFO', 'X',\n'CFP', 'X',\n'CFS', 'X',\n'CFX', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4235 | \n'CGN', 'X',\n'CGP', 'X',\n'CGS', 'X',\n'CGU', 'E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4236 | ',\n'CH2', 'X',\n'CH3', 'X',\n'CHA', 'X',\n'CHB', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4237 | 'X',\n'CHD', 'X',\n'CHF', 'X',\n'CHG', 'G',\n'CHI'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4238 | , 'X',\n'CHN', 'X',\n'CHO', 'X',\n'CHP', 'G',\n'CH\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4239 | R', 'X',\n'CHS', 'F',\n'CHT', 'X',\n'CHX', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4240 | CIC', 'X',\n'CIN', 'X',\n'CIP', 'X',\n'CIR', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4241 | n'CIT', 'X',\n'CIU', 'X',\n'CKI', 'X',\n'CL1', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4242 | ,\n'CL2', 'X',\n'CLA', 'X',\n'CLB', 'A',\n'CLC', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4243 | S',\n'CLD', 'A',\n'CLE', 'L',\n'CLF', 'X',\n'CLK',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4244 |  'S',\n'CLL', 'X',\n'CLM', 'X',\n'CLN', 'X',\n'CLO\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4245 | ', 'X',\n'CLP', 'X',\n'CLQ', 'X',\n'CLR', 'X',\n'C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4246 | LS', 'X',\n'CLT', 'X',\n'CLX', 'X',\n'CLY', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4247 | 'CMA', 'R',\n'CMC', 'X',\n'CMD', 'X',\n'CME', 'C',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4248 | \n'CMG', 'X',\n'CMK', 'X',\n'CMN', 'X',\n'CMO', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4249 | ',\n'CMP', 'X',\n'CMR', 'X',\n'CMS', 'X',\n'CMT', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4250 | 'C',\n'CMX', 'X',\n'CNA', 'X',\n'CNC', 'X',\n'CND'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4251 | , 'X',\n'CNH', 'X',\n'CNM', 'X',\n'CNN', 'X',\n'CN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4252 | O', 'X',\n'CNP', 'X',\n'CO2', 'X',\n'CO3', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4253 | CO5', 'X',\n'CO8', 'X',\n'COA', 'X',\n'COB', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4254 | n'COC', 'X',\n'COD', 'X',\n'COE', 'X',\n'COF', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4255 | ,\n'COH', 'X',\n'COI', 'X',\n'COJ', 'X',\n'COL', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4256 | X',\n'COM', 'X',\n'CON', 'X',\n'COP', 'X',\n'COR',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4257 |  'X',\n'COS', 'X',\n'COT', 'X',\n'COY', 'X',\n'CP1\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4258 | ', 'G',\n'CP2', 'X',\n'CP4', 'X',\n'CPA', 'X',\n'C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4259 | PB', 'X',\n'CPC', 'X',\n'CPD', 'X',\n'CPG', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4260 | 'CPH', 'X',\n'CPI', 'X',\n'CPM', 'X',\n'CPN', 'G',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4261 | \n'CPO', 'X',\n'CPP', 'X',\n'CPQ', 'X',\n'CPR', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4262 | ',\n'CPS', 'X',\n'CPT', 'X',\n'CPU', 'X',\n'CPV', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4263 | 'X',\n'CPY', 'X',\n'CR1', 'X',\n'CR6', 'X',\n'CRA'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4264 | , 'X',\n'CRB', 'X',\n'CRC', 'X',\n'CRG', 'X',\n'CR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4265 | H', 'X',\n'CRO', 'T',\n'CRP', 'X',\n'CRQ', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4266 | CRS', 'X',\n'CRT', 'X',\n'CRY', 'X',\n'CSA', 'C',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4267 | n'CSB', 'X',\n'CSD', 'C',\n'CSE', 'C',\n'CSH', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4268 | ,\n'CSI', 'X',\n'CSN', 'X',\n'CSO', 'C',\n'CSP', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4269 | C',\n'CSR', 'C',\n'CSS', 'C',\n'CST', 'X',\n'CSW',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4270 |  'C',\n'CSX', 'C',\n'CSY', 'X',\n'CSZ', 'C',\n'CT3\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4271 | ', 'X',\n'CTA', 'X',\n'CTB', 'X',\n'CTC', 'X',\n'C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4272 | TD', 'X',\n'CTH', 'T',\n'CTO', 'X',\n'CTP', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4273 | 'CTR', 'X',\n'CTS', 'X',\n'CTT', 'X',\n'CTY', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4274 | \n'CTZ', 'X',\n'CU1', 'X',\n'CUA', 'X',\n'CUC', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4275 | ',\n'CUL', 'X',\n'CUO', 'X',\n'CUZ', 'X',\n'CVI', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4276 | 'X',\n'CXF', 'X',\n'CXL', 'X',\n'CXM', 'M',\n'CXN'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4277 | , 'X',\n'CXP', 'X',\n'CXS', 'X',\n'CY1', 'C',\n'CY\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4278 | 3', 'X',\n'CYB', 'X',\n'CYC', 'X',\n'CYF', 'C',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4279 | CYG', 'C',\n'CYH', 'X',\n'CYL', 'X',\n'CYM', 'C',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4280 | n'CYN', 'X',\n'CYO', 'X',\n'CYP', 'X',\n'CYQ', 'C'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4281 | ,\n'CYS', 'C',\n'CYU', 'X',\n'CYY', 'X',\n'CYZ', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4282 | X',\n'CZH', 'X',\n'CZZ', 'C',\n'D12', 'X',\n'D13',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4283 |  'X',\n'D16', 'X',\n'D18', 'X',\n'D19', 'X',\n'D1P\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4284 | ', 'X',\n'D24', 'X',\n'D34', 'X',\n'D35', 'X',\n'D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4285 | 4D', 'X',\n'D4T', 'X',\n'D6G', 'X',\n'DA2', 'R',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4286 | 'DA3', 'X',\n'DA6', 'X',\n'DA7', 'X',\n'DAA', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4287 | \n'DAB', 'X',\n'DAC', 'X',\n'DAD', 'X',\n'DAE', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4288 | ',\n'DAF', 'X',\n'DAG', 'X',\n'DAH', 'A',\n'DAJ', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4289 | 'X',\n'DAK', 'X',\n'DAL', 'A',\n'DAM', 'A',\n'DAN'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4290 | , 'X',\n'DAO', 'X',\n'DAP', 'X',\n'DAQ', 'X',\n'DA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4291 | R', 'R',\n'DAS', 'D',\n'DAT', 'X',\n'DAU', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4292 | DAV', 'X',\n'DBA', 'X',\n'DBD', 'X',\n'DBF', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4293 | n'DBG', 'X',\n'DBI', 'X',\n'DBV', 'X',\n'DBY', 'Y'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4294 | ,\n'DCA', 'X',\n'DCB', 'X',\n'DCE', 'X',\n'DCF', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4295 | X',\n'DCG', 'X',\n'DCH', 'X',\n'DCI', 'I',\n'DCL',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4296 |  'X',\n'DCM', 'X',\n'DCP', 'X',\n'DCS', 'X',\n'DCT\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4297 | ', 'X',\n'DCY', 'C',\n'DCZ', 'X',\n'DDA', 'X',\n'D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4298 | DB', 'X',\n'DDC', 'X',\n'DDF', 'X',\n'DDG', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4299 | 'DDH', 'X',\n'DDL', 'X',\n'DDM', 'X',\n'DDO', 'L',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4300 | \n'DDP', 'X',\n'DDQ', 'X',\n'DDT', 'Y',\n'DDU', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4301 | ',\n'DEA', 'X',\n'DEB', 'X',\n'DEC', 'X',\n'DEF', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4302 | 'X',\n'DEL', 'X',\n'DEM', 'X',\n'DEN', 'X',\n'DEP'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4303 | , 'X',\n'DEQ', 'X',\n'DES', 'X',\n'DET', 'X',\n'DF\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4304 | C', 'X',\n'DFG', 'X',\n'DFI', 'X',\n'DFL', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4305 | DFO', 'X',\n'DFP', 'X',\n'DFR', 'X',\n'DFT', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4306 | n'DFV', 'X',\n'DFX', 'X',\n'DG2', 'X',\n'DG3', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4307 | ,\n'DG6', 'X',\n'DGA', 'X',\n'DGD', 'X',\n'DGG', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4308 | X',\n'DGL', 'E',\n'DGN', 'Q',\n'DGP', 'X',\n'DGT',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4309 |  'X',\n'DGX', 'X',\n'DH2', 'X',\n'DHA', 'A',\n'DHB\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4310 | ', 'X',\n'DHC', 'X',\n'DHD', 'X',\n'DHE', 'X',\n'D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4311 | HF', 'X',\n'DHG', 'X',\n'DHI', 'H',\n'DHL', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4312 | 'DHM', 'X',\n'DHN', 'V',\n'DHP', 'X',\n'DHQ', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4313 | \n'DHR', 'X',\n'DHS', 'X',\n'DHT', 'X',\n'DHU', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4314 | ',\n'DHY', 'X',\n'DHZ', 'X',\n'DI2', 'X',\n'DI3', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4315 | 'G',\n'DI4', 'X',\n'DI5', 'X',\n'DIA', 'X',\n'DIC'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4316 | , 'X',\n'DIF', 'X',\n'DIG', 'X',\n'DII', 'X',\n'DI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4317 | L', 'I',\n'DIM', 'X',\n'DIO', 'X',\n'DIP', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4318 | DIQ', 'X',\n'DIS', 'X',\n'DIT', 'X',\n'DIV', 'V',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4319 | n'DIX', 'X',\n'DIY', 'X',\n'DKA', 'X',\n'DLA', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4320 | ,\n'DLE', 'L',\n'DLF', 'X',\n'DLS', 'K',\n'DLY', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4321 | K',\n'DM1', 'X',\n'DM2', 'X',\n'DM3', 'X',\n'DM4',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4322 |  'X',\n'DM5', 'X',\n'DM6', 'X',\n'DM7', 'X',\n'DM8\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4323 | ', 'X',\n'DM9', 'X',\n'DMA', 'X',\n'DMB', 'X',\n'D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4324 | MC', 'X',\n'DMD', 'X',\n'DME', 'X',\n'DMF', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4325 | 'DMG', 'G',\n'DMH', 'N',\n'DMI', 'X',\n'DMJ', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4326 | \n'DML', 'X',\n'DMM', 'X',\n'DMN', 'X',\n'DMO', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4327 | ',\n'DMP', 'X',\n'DMQ', 'X',\n'DMR', 'X',\n'DMS', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4328 | 'X',\n'DMT', 'X',\n'DMV', 'X',\n'DMY', 'X',\n'DNC'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4329 | , 'X',\n'DND', 'X',\n'DNH', 'X',\n'DNJ', 'X',\n'DN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4330 | N', 'X',\n'DNP', 'X',\n'DNQ', 'X',\n'DNR', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4331 | DO2', 'X',\n'DO3', 'X',\n'DOA', 'X',\n'DOB', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4332 | n'DOC', 'X',\n'DOH', 'D',\n'DOM', 'X',\n'DOS', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4333 | ,\n'DOX', 'X',\n'DP5', 'X',\n'DP7', 'X',\n'DPA', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4334 | X',\n'DPC', 'X',\n'DPD', 'X',\n'DPE', 'X',\n'DPG',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4335 |  'X',\n'DPH', 'F',\n'DPM', 'X',\n'DPN', 'F',\n'DPO\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4336 | ', 'X',\n'DPP', 'X',\n'DPR', 'P',\n'DPS', 'X',\n'D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4337 | PT', 'X',\n'DPX', 'X',\n'DPY', 'X',\n'DPZ', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4338 | 'DQH', 'X',\n'DQN', 'X',\n'DR1', 'X',\n'DRB', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4339 | \n'DRC', 'X',\n'DRI', 'X',\n'DRP', 'X',\n'DRT', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4340 | ',\n'DRU', 'X',\n'DSA', 'X',\n'DSB', 'X',\n'DSC', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4341 | 'X',\n'DSD', 'X',\n'DSE', 'S',\n'DSI', 'X',\n'DSN'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4342 | , 'S',\n'DSP', 'D',\n'DSR', 'X',\n'DSS', 'X',\n'DS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4343 | X', 'X',\n'DSY', 'X',\n'DTB', 'X',\n'DTD', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4344 | DTH', 'T',\n'DTN', 'X',\n'DTO', 'X',\n'DTP', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4345 | n'DTQ', 'X',\n'DTR', 'W',\n'DTT', 'X',\n'DTY', 'Y'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4346 | ,\n'DUD', 'X',\n'DUO', 'X',\n'DUR', 'X',\n'DUT', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4347 | X',\n'DVA', 'V',\n'DVR', 'X',\n'DX9', 'X',\n'DXA',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4348 |  'X',\n'DXB', 'X',\n'DXC', 'X',\n'DXG', 'X',\n'DXX\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4349 | ', 'X',\n'DZF', 'X',\n'E09', 'X',\n'E20', 'X',\n'E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4350 | 2P', 'X',\n'E3G', 'X',\n'E4N', 'X',\n'E4P', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4351 | 'E64', 'X',\n'E6C', 'X',\n'E96', 'X',\n'E97', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4352 | \n'EA2', 'X',\n'EAA', 'X',\n'EAP', 'X',\n'EBP', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4353 | ',\n'EBW', 'X',\n'ECO', 'X',\n'EDA', 'X',\n'EDC', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4354 | 'X',\n'EDE', 'X',\n'EDO', 'X',\n'EDR', 'X',\n'EEB'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4355 | , 'X',\n'EEE', 'X',\n'EFC', 'X',\n'EFZ', 'X',\n'EG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4356 | 1', 'X',\n'EG2', 'X',\n'EG3', 'X',\n'EGC', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4357 | EGL', 'X',\n'EHP', 'A',\n'EIC', 'X',\n'EJT', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4358 | n'ELA', 'X',\n'EMB', 'X',\n'EMC', 'X',\n'EMD', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4359 | ,\n'EMM', 'X',\n'EMO', 'X',\n'EMP', 'X',\n'EMR', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4360 | X',\n'ENA', 'X',\n'ENC', 'X',\n'ENH', 'X',\n'ENO',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4361 |  'X',\n'ENP', 'X',\n'EOA', 'X',\n'EOH', 'X',\n'EOT\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4362 | ', 'X',\n'EOX', 'X',\n'EPA', 'X',\n'EPE', 'X',\n'E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4363 | PH', 'X',\n'EPI', 'X',\n'EPN', 'X',\n'EPO', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4364 | 'EPT', 'X',\n'EPU', 'X',\n'EPX', 'X',\n'EPY', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4365 | \n'EQI', 'X',\n'EQP', 'X',\n'EQU', 'X',\n'ERG', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4366 | ',\n'ERI', 'X',\n'ERY', 'X',\n'ESC', 'X',\n'ESD', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4367 | 'X',\n'ESI', 'X',\n'ESO', 'X',\n'ESP', 'X',\n'EST'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4368 | , 'X',\n'ESX', 'X',\n'ETA', 'X',\n'ETC', 'X',\n'ET\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4369 | D', 'X',\n'ETF', 'X',\n'ETH', 'X',\n'ETI', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4370 | ETN', 'X',\n'ETO', 'X',\n'ETP', 'X',\n'ETR', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4371 | n'ETS', 'X',\n'ETY', 'X',\n'EU3', 'X',\n'EUG', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4372 | ,\n'EYS', 'C',\n'F09', 'X',\n'F2B', 'X',\n'F3S', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4373 | X',\n'F42', 'X',\n'F43', 'X',\n'F4S', 'X',\n'F6B',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4374 |  'X',\n'F6P', 'X',\n'F89', 'X',\n'FA1', 'X',\n'FA5\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4375 | ', 'F',\n'FAA', 'X',\n'FAB', 'X',\n'FAC', 'X',\n'F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4376 | AD', 'X',\n'FAF', 'X',\n'FAG', 'X',\n'FAM', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4377 | 'FAR', 'X',\n'FAS', 'X',\n'FAT', 'X',\n'FBA', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4378 | \n'FBE', 'X',\n'FBI', 'X',\n'FBP', 'X',\n'FBQ', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4379 | ',\n'FBS', 'X',\n'FBT', 'X',\n'FBU', 'X',\n'FCA', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4380 | 'X',\n'FCB', 'X',\n'FCI', 'X',\n'FCN', 'X',\n'FCO'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4381 | , 'X',\n'FCR', 'X',\n'FCT', 'X',\n'FCX', 'X',\n'FC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4382 | Y', 'C',\n'FD1', 'F',\n'FD2', 'F',\n'FD3', 'F',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4383 | FD4', 'F',\n'FDA', 'X',\n'FDC', 'X',\n'FDI', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4384 | n'FDP', 'X',\n'FDS', 'X',\n'FE2', 'X',\n'FEA', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4385 | ,\n'FEL', 'X',\n'FEM', 'X',\n'FEN', 'X',\n'FEO', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4386 | X',\n'FEP', 'X',\n'FER', 'X',\n'FES', 'X',\n'FFB',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4387 |  'X',\n'FFC', 'X',\n'FFF', 'X',\n'FFO', 'X',\n'FGL\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4388 | ', 'G',\n'FHB', 'X',\n'FHC', 'X',\n'FHP', 'X',\n'F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4389 | HU', 'X',\n'FID', 'X',\n'FII', 'X',\n'FIP', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4390 | 'FK5', 'X',\n'FKA', 'X',\n'FKI', 'X',\n'FKP', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4391 | \n'FL2', 'X',\n'FL9', 'X',\n'FLA', 'A',\n'FLC', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4392 | ',\n'FLD', 'X',\n'FLE', 'L',\n'FLF', 'X',\n'FLO', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4393 | 'X',\n'FLP', 'X',\n'FLT', 'Y',\n'FLU', 'X',\n'FLX'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4394 | , 'X',\n'FM1', 'X',\n'FM2', 'X',\n'FMA', 'X',\n'FM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4395 | B', 'X',\n'FMC', 'X',\n'FME', 'M',\n'FMN', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4396 | FMP', 'X',\n'FMR', 'X',\n'FMS', 'X',\n'FMT', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4397 | n'FNE', 'X',\n'FNP', 'X',\n'FNS', 'X',\n'FOC', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4398 | ,\n'FOE', 'X',\n'FOG', 'F',\n'FOH', 'X',\n'FOK', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4399 | X',\n'FOL', 'X',\n'FON', 'X',\n'FOP', 'X',\n'FOR',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4400 |  'X',\n'FOS', 'X',\n'FPA', 'X',\n'FPC', 'X',\n'FPI\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4401 | ', 'X',\n'FPO', 'X',\n'FPP', 'X',\n'FPT', 'X',\n'F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4402 | QP', 'X',\n'FRA', 'X',\n'FRD', 'F',\n'FRU', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4403 | 'FS3', 'X',\n'FS4', 'X',\n'FSB', 'X',\n'FSO', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4404 | \n'FSX', 'X',\n'FTC', 'X',\n'FTP', 'X',\n'FTR', 'W\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4405 | ',\n'FTT', 'X',\n'FTY', 'Y',\n'FUA', 'X',\n'FUC', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4406 | 'X',\n'FUM', 'X',\n'FUP', 'X',\n'FVF', 'X',\n'FXP'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4407 | , 'X',\n'FXV', 'X',\n'FYA', 'F',\n'G16', 'X',\n'G1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4408 | P', 'X',\n'G20', 'X',\n'G21', 'X',\n'G23', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4409 | G26', 'X',\n'G28', 'X',\n'G2F', 'X',\n'G37', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4410 | n'G39', 'X',\n'G3H', 'X',\n'G3P', 'X',\n'G4D', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4411 | ,\n'G6D', 'X',\n'G6P', 'X',\n'G6Q', 'X',\n'G7M', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4412 | X',\n'GA2', 'X',\n'GAA', 'X',\n'GAB', 'X',\n'GAC',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4413 |  'X',\n'GAI', 'X',\n'GAL', 'X',\n'GAM', 'X',\n'GAN\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4414 | ', 'X',\n'GAO', 'X',\n'GAP', 'X',\n'GAR', 'G',\n'G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4415 | AS', 'X',\n'GAT', 'X',\n'GBC', 'X',\n'GBI', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4416 | 'GBP', 'X',\n'GBS', 'X',\n'GBX', 'X',\n'GC4', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4417 | \n'GCA', 'X',\n'GCD', 'X',\n'GCG', 'G',\n'GCH', 'G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4418 | ',\n'GCK', 'X',\n'GCL', 'X',\n'GCM', 'X',\n'GCN', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4419 | 'X',\n'GCO', 'X',\n'GCP', 'X',\n'GCR', 'X',\n'GCS'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4420 | , 'X',\n'GCU', 'X',\n'GD3', 'X',\n'GDB', 'X',\n'GD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4421 | M', 'X',\n'GDN', 'X',\n'GDP', 'X',\n'GDS', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4422 | GDU', 'X',\n'GE1', 'X',\n'GE2', 'X',\n'GE3', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4423 | n'GEA', 'X',\n'GEL', 'X',\n'GEM', 'X',\n'GEN', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4424 | ,\n'GEP', 'X',\n'GER', 'X',\n'GFP', 'X',\n'GGB', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4425 | X',\n'GGL', 'E',\n'GGP', 'X',\n'GHP', 'G',\n'GIP',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4426 |  'X',\n'GIS', 'X',\n'GKR', 'X',\n'GL2', 'X',\n'GL3\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4427 | ', 'G',\n'GL4', 'X',\n'GL5', 'X',\n'GL7', 'X',\n'G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4428 | L9', 'X',\n'GLA', 'X',\n'GLB', 'X',\n'GLC', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4429 | 'GLD', 'X',\n'GLE', 'X',\n'GLF', 'X',\n'GLG', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4430 | \n'GLH', 'Q',\n'GLI', 'X',\n'GLL', 'X',\n'GLM', 'G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4431 | ',\n'GLN', 'Q',\n'GLO', 'X',\n'GLP', 'X',\n'GLR', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4432 | 'X',\n'GLS', 'X',\n'GLT', 'X',\n'GLU', 'E',\n'GLV'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4433 | , 'X',\n'GLW', 'X',\n'GLY', 'G',\n'GLZ', 'X',\n'GM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4434 | 1', 'X',\n'GMA', 'X',\n'GMC', 'X',\n'GMH', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4435 | GMP', 'X',\n'GMY', 'X',\n'GN7', 'X',\n'GNA', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4436 | n'GNB', 'X',\n'GNH', 'X',\n'GNP', 'X',\n'GNT', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4437 | ,\n'GOA', 'X',\n'GOL', 'X',\n'GOX', 'X',\n'GP1', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4438 | X',\n'GP3', 'X',\n'GP4', 'X',\n'GP6', 'X',\n'GP8',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4439 |  'X',\n'GPB', 'E',\n'GPC', 'X',\n'GPE', 'X',\n'GPG\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4440 | ', 'X',\n'GPI', 'X',\n'GPJ', 'X',\n'GPL', 'K',\n'G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4441 | PM', 'X',\n'GPN', 'G',\n'GPP', 'X',\n'GPR', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4442 | 'GPS', 'X',\n'GPX', 'X',\n'GR1', 'X',\n'GR3', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4443 | \n'GR4', 'X',\n'GSA', 'X',\n'GSB', 'X',\n'GSC', 'G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4444 | ',\n'GSE', 'S',\n'GSH', 'X',\n'GSP', 'X',\n'GSR', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4445 | 'X',\n'GSS', 'X',\n'GT9', 'C',\n'GTA', 'X',\n'GTB'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4446 | , 'X',\n'GTD', 'X',\n'GTE', 'X',\n'GTH', 'T',\n'GT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4447 | N', 'X',\n'GTO', 'X',\n'GTP', 'X',\n'GTR', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4448 | GTS', 'X',\n'GTT', 'X',\n'GTX', 'X',\n'GTZ', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4449 | n'GU7', 'X',\n'GUA', 'X',\n'GUD', 'X',\n'GUM', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4450 | ,\n'GUN', 'X',\n'GUP', 'X',\n'GUR', 'X',\n'GW3', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4451 | X',\n'GZZ', 'X',\n'H2B', 'X',\n'H2P', 'H',\n'H2S',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4452 |  'X',\n'H2U', 'X',\n'H4B', 'X',\n'H5M', 'P',\n'H5P\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4453 | ', 'X',\n'HAA', 'X',\n'HAB', 'X',\n'HAC', 'A',\n'H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4454 | AD', 'X',\n'HAE', 'X',\n'HAG', 'X',\n'HAI', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4455 | 'HAM', 'X',\n'HAP', 'X',\n'HAQ', 'X',\n'HAR', 'R',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4456 | \n'HAS', 'X',\n'HAV', 'V',\n'HAX', 'X',\n'HAZ', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4457 | ',\n'HBA', 'X',\n'HBC', 'X',\n'HBD', 'X',\n'HBI', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4458 | 'X',\n'HBO', 'X',\n'HBU', 'X',\n'HBY', 'X',\n'HC0'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4459 | , 'X',\n'HC1', 'X',\n'HC4', 'X',\n'HCA', 'X',\n'HC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4460 | C', 'X',\n'HCI', 'X',\n'HCS', 'X',\n'HDA', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4461 | HDD', 'X',\n'HDF', 'X',\n'HDN', 'X',\n'HDS', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4462 | n'HDZ', 'X',\n'HE1', 'X',\n'HE6', 'X',\n'HEA', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4463 | ,\n'HEB', 'X',\n'HEC', 'X',\n'HED', 'X',\n'HEE', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4464 | X',\n'HEF', 'X',\n'HEG', 'X',\n'HEM', 'X',\n'HEN',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4465 |  'X',\n'HEO', 'X',\n'HEP', 'X',\n'HEU', 'X',\n'HEV\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4466 | ', 'X',\n'HEX', 'X',\n'HEZ', 'X',\n'HF1', 'X',\n'H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4467 | FA', 'X',\n'HFP', 'X',\n'HGA', 'Q',\n'HGB', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4468 | 'HGC', 'X',\n'HGI', 'X',\n'HGU', 'X',\n'HHO', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4469 | \n'HHP', 'X',\n'HIB', 'X',\n'HIC', 'H',\n'HII', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4470 | ',\n'HIN', 'X',\n'HIO', 'X',\n'HIP', 'H',\n'HIS', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4471 | 'H',\n'HLE', 'X',\n'HLT', 'X',\n'HMA', 'A',\n'HMB'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4472 | , 'X',\n'HMC', 'X',\n'HMD', 'X',\n'HMF', 'A',\n'HM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4473 | G', 'X',\n'HMH', 'X',\n'HMI', 'L',\n'HMM', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4474 | HMN', 'X',\n'HMO', 'X',\n'HMP', 'X',\n'HMR', 'R',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4475 | n'HNI', 'X',\n'HNP', 'X',\n'HOA', 'X',\n'HOE', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4476 | ,\n'HOH', 'X',\n'HOM', 'X',\n'HOP', 'X',\n'HOQ', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4477 | X',\n'HP1', 'A',\n'HP2', 'A',\n'HP3', 'X',\n'HPA',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4478 |  'X',\n'HPB', 'X',\n'HPC', 'X',\n'HPD', 'X',\n'HPE\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4479 | ', 'A',\n'HPG', 'X',\n'HPH', 'F',\n'HPP', 'X',\n'H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4480 | PQ', 'F',\n'HPR', 'X',\n'HPT', 'X',\n'HPY', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4481 | 'HQO', 'X',\n'HQQ', 'X',\n'HQU', 'X',\n'HRG', 'R',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4482 | \n'HRI', 'X',\n'HSA', 'X',\n'HSE', 'S',\n'HSF', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4483 | ',\n'HSM', 'X',\n'HSO', 'H',\n'HSP', 'X',\n'HT1', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4484 | 'X',\n'HT2', 'X',\n'HTA', 'X',\n'HTL', 'X',\n'HTO'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4485 | , 'X',\n'HTP', 'X',\n'HTR', 'W',\n'HUP', 'X',\n'HU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4486 | X', 'X',\n'HV5', 'A',\n'HV7', 'X',\n'HV8', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4487 | HXA', 'X',\n'HXC', 'X',\n'HXP', 'X',\n'HY1', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4488 | n'HYA', 'X',\n'HYB', 'X',\n'HYD', 'X',\n'HYG', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4489 | ,\n'HYP', 'P',\n'I06', 'X',\n'I10', 'X',\n'I11', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4490 | X',\n'I17', 'X',\n'I2P', 'X',\n'I3N', 'X',\n'I3P',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4491 |  'X',\n'I40', 'X',\n'I48', 'X',\n'I4B', 'X',\n'I52\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4492 | ', 'X',\n'I5P', 'X',\n'I84', 'G',\n'IAG', 'G',\n'I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4493 | AS', 'X',\n'IB2', 'X',\n'IBB', 'X',\n'IBP', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4494 | 'IBR', 'X',\n'IBS', 'X',\n'IBZ', 'X',\n'IC1', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4495 | \n'ICA', 'X',\n'ICI', 'X',\n'ICL', 'X',\n'ICP', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4496 | ',\n'ICT', 'X',\n'ICU', 'X',\n'ID2', 'X',\n'IDC', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4497 | 'X',\n'IDG', 'X',\n'IDH', 'X',\n'IDM', 'X',\n'IDO'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4498 | , 'X',\n'IDP', 'X',\n'IDR', 'X',\n'IDS', 'X',\n'ID\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4499 | T', 'X',\n'IDU', 'X',\n'IFG', 'X',\n'IFP', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4500 | IGL', 'X',\n'IGN', 'X',\n'IGP', 'X',\n'IGU', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4501 | n'IH1', 'X',\n'IH2', 'X',\n'IH3', 'X',\n'IHB', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4502 | ,\n'IHN', 'X',\n'IHP', 'X',\n'IIC', 'X',\n'IIL', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4503 | I',\n'IIP', 'X',\n'IK2', 'X',\n'IKT', 'X',\n'ILA',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4504 |  'I',\n'ILE', 'I',\n'ILG', 'X',\n'ILO', 'X',\n'ILX\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4505 | ', 'I',\n'IM1', 'X',\n'IM2', 'X',\n'IMC', 'X',\n'I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4506 | MD', 'X',\n'IME', 'X',\n'IMF', 'X',\n'IMG', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4507 | 'IMH', 'X',\n'IMI', 'X',\n'IML', 'I',\n'IMM', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4508 | \n'IMN', 'X',\n'IMO', 'X',\n'IMP', 'X',\n'IMR', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4509 | ',\n'IMU', 'X',\n'IN0', 'D',\n'IN1', 'R',\n'IN2', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4510 | 'K',\n'IN3', 'L',\n'IN4', 'X',\n'IN5', 'A',\n'IN6'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4511 | , 'L',\n'IN7', 'X',\n'IN8', 'X',\n'IN9', 'X',\n'IN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4512 | A', 'L',\n'INB', 'X',\n'INC', 'X',\n'IND', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4513 | INE', 'X',\n'INF', 'F',\n'ING', 'F',\n'INH', 'R',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4514 | n'INI', 'X',\n'INJ', 'X',\n'INK', 'X',\n'INL', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4515 | ,\n'INM', 'X',\n'INN', 'A',\n'INO', 'X',\n'INP', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4516 | X',\n'INQ', 'X',\n'INR', 'X',\n'INS', 'X',\n'INT',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4517 |  'V',\n'INU', 'X',\n'INV', 'X',\n'INW', 'X',\n'INX\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4518 | ', 'X',\n'INY', 'X',\n'INZ', 'X',\n'IOA', 'X',\n'I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4519 | OB', 'X',\n'IOC', 'X',\n'IOD', 'X',\n'IOE', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4520 | 'IOF', 'X',\n'IOH', 'X',\n'IOL', 'X',\n'IOP', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4521 | \n'IP1', 'X',\n'IP2', 'X',\n'IP3', 'X',\n'IP4', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4522 | ',\n'IPA', 'X',\n'IPB', 'X',\n'IPD', 'X',\n'IPG', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4523 | 'G',\n'IPH', 'X',\n'IPL', 'X',\n'IPM', 'X',\n'IPN'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4524 | , 'X',\n'IPO', 'F',\n'IPP', 'X',\n'IPS', 'X',\n'IP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4525 | T', 'X',\n'IPU', 'X',\n'IPY', 'A',\n'IQB', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4526 | IQP', 'X',\n'IQS', 'X',\n'IR3', 'X',\n'IRI', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4527 | n'IRP', 'X',\n'ISA', 'X',\n'ISF', 'X',\n'ISO', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4528 | ,\n'ISP', 'X',\n'ISQ', 'X',\n'ISU', 'X',\n'ITM', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4529 | X',\n'ITP', 'X',\n'ITR', 'W',\n'ITS', 'X',\n'ITU',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4530 |  'X',\n'IU5', 'X',\n'IUM', 'X',\n'IUR', 'X',\n'IVA\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4531 | ', 'X',\n'IYG', 'G',\n'IYR', 'Y',\n'J77', 'X',\n'J\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4532 | 78', 'X',\n'J80', 'X',\n'JE2', 'X',\n'JEN', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4533 | 'JST', 'X',\n'K21', 'X',\n'KAH', 'X',\n'KAI', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4534 | \n'KAM', 'X',\n'KAN', 'X',\n'KAP', 'X',\n'KCP', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4535 | ',\n'KCX', 'K',\n'KDO', 'X',\n'KEF', 'X',\n'KET', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4536 | 'X',\n'KGR', 'X',\n'KH1', 'X',\n'KIF', 'X',\n'KIV'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4537 | , 'V',\n'KNI', 'X',\n'KPH', 'K',\n'KTH', 'X',\n'KT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4538 | N', 'X',\n'KTP', 'X',\n'KWT', 'X',\n'L04', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4539 | L1P', 'X',\n'L24', 'E',\n'L2P', 'X',\n'L34', 'E',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4540 | n'L37', 'E',\n'L3P', 'X',\n'L4P', 'X',\n'L75', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4541 | ,\n'LAC', 'X',\n'LAD', 'X',\n'LAK', 'X',\n'LAM', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4542 | X',\n'LAR', 'X',\n'LAT', 'X',\n'LAX', 'X',\n'LCO',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4543 |  'X',\n'LCP', 'X',\n'LCS', 'X',\n'LDA', 'X',\n'LDO\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4544 | ', 'L',\n'LDP', 'X',\n'LEA', 'X',\n'LEO', 'X',\n'L\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4545 | EU', 'L',\n'LG2', 'X',\n'LG6', 'X',\n'LGC', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4546 | 'LGP', 'X',\n'LHG', 'X',\n'LHY', 'F',\n'LI1', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4547 | \n'LIG', 'X',\n'LIL', 'X',\n'LIM', 'X',\n'LIN', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4548 | ',\n'LIO', 'X',\n'LIP', 'X',\n'LLA', 'X',\n'LLP', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4549 | 'K',\n'LLY', 'K',\n'LMG', 'X',\n'LML', 'X',\n'LMT'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4550 | , 'X',\n'LMU', 'X',\n'LMZ', 'X',\n'LNK', 'X',\n'LN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4551 | L', 'X',\n'LNO', 'X',\n'LOF', 'X',\n'LOL', 'L',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4552 | LOM', 'X',\n'LOR', 'X',\n'LOS', 'X',\n'LOV', 'L',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4553 | n'LOX', 'X',\n'LP1', 'X',\n'LP2', 'R',\n'LPA', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4554 | ,\n'LPC', 'X',\n'LPF', 'X',\n'LPL', 'X',\n'LPM', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4555 | X',\n'LPP', 'X',\n'LRB', 'X',\n'LRU', 'X',\n'LS1',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4556 |  'X',\n'LS2', 'X',\n'LS3', 'X',\n'LS4', 'X',\n'LS5\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4557 | ', 'X',\n'LTA', 'X',\n'LTL', 'X',\n'LTR', 'W',\n'L\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4558 | UM', 'X',\n'LVS', 'L',\n'LXC', 'X',\n'LY2', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4559 | 'LY3', 'X',\n'LYA', 'X',\n'LYB', 'X',\n'LYC', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4560 | \n'LYD', 'X',\n'LYM', 'K',\n'LYN', 'X',\n'LYS', 'K\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4561 | ',\n'LYT', 'X',\n'LYW', 'X',\n'LYZ', 'K',\n'M1A', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4562 | 'X',\n'M1G', 'X',\n'M2G', 'X',\n'M3L', 'K',\n'M6P'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4563 | , 'X',\n'M6T', 'X',\n'M7G', 'X',\n'MA1', 'X',\n'MA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4564 | 2', 'X',\n'MA3', 'X',\n'MA4', 'X',\n'MA6', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4565 | MAA', 'A',\n'MAB', 'X',\n'MAC', 'X',\n'MAE', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4566 | n'MAG', 'X',\n'MAH', 'X',\n'MAI', 'R',\n'MAK', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4567 | ,\n'MAL', 'X',\n'MAM', 'X',\n'MAN', 'X',\n'MAO', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4568 | X',\n'MAP', 'X',\n'MAR', 'X',\n'MAS', 'X',\n'MAT',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4569 |  'X',\n'MAU', 'X',\n'MAZ', 'X',\n'MBA', 'X',\n'MBD\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4570 | ', 'X',\n'MBG', 'X',\n'MBH', 'X',\n'MBN', 'X',\n'M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4571 | BO', 'X',\n'MBR', 'X',\n'MBS', 'X',\n'MBV', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4572 | 'MBZ', 'X',\n'MCA', 'X',\n'MCD', 'X',\n'MCE', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4573 | \n'MCG', 'G',\n'MCI', 'X',\n'MCN', 'X',\n'MCP', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4574 | ',\n'MCT', 'X',\n'MCY', 'X',\n'MD2', 'X',\n'MDA', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4575 | 'X',\n'MDC', 'X',\n'MDG', 'X',\n'MDH', 'X',\n'MDL'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4576 | , 'X',\n'MDM', 'X',\n'MDN', 'X',\n'MDP', 'X',\n'ME\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4577 | 6', 'X',\n'MEB', 'X',\n'MEC', 'X',\n'MEL', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4578 | MEN', 'N',\n'MEP', 'X',\n'MER', 'X',\n'MES', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4579 | n'MET', 'M',\n'MEV', 'X',\n'MF2', 'X',\n'MF3', 'M'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4580 | ,\n'MFB', 'X',\n'MFD', 'X',\n'MFU', 'X',\n'MG7', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4581 | X',\n'MGA', 'X',\n'MGB', 'X',\n'MGD', 'X',\n'MGG',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4582 |  'R',\n'MGL', 'X',\n'MGN', 'Q',\n'MGO', 'X',\n'MGP\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4583 | ', 'X',\n'MGR', 'X',\n'MGS', 'X',\n'MGT', 'X',\n'M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4584 | GU', 'X',\n'MGY', 'G',\n'MHB', 'X',\n'MHF', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4585 | 'MHL', 'L',\n'MHM', 'X',\n'MHO', 'M',\n'MHS', 'H',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4586 | \n'MHZ', 'X',\n'MIA', 'X',\n'MIC', 'X',\n'MID', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4587 | ',\n'MIL', 'X',\n'MIM', 'X',\n'MIN', 'G',\n'MIP', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4588 | 'X',\n'MIS', 'S',\n'MIT', 'X',\n'MJI', 'X',\n'MK1'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4589 | , 'X',\n'MKC', 'X',\n'MLA', 'X',\n'MLC', 'X',\n'ML\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4590 | E', 'L',\n'MLN', 'X',\n'MLT', 'X',\n'MLY', 'K',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4591 | MLZ', 'K',\n'MM3', 'X',\n'MM4', 'X',\n'MMA', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4592 | n'MMC', 'X',\n'MME', 'M',\n'MMO', 'R',\n'MMP', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4593 | ,\n'MMQ', 'X',\n'MMT', 'X',\n'MN1', 'X',\n'MN2', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4594 | X',\n'MN3', 'X',\n'MN5', 'X',\n'MN7', 'X',\n'MN8',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4595 |  'X',\n'MNA', 'X',\n'MNB', 'X',\n'MNC', 'X',\n'MNG\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4596 | ', 'X',\n'MNL', 'L',\n'MNO', 'X',\n'MNP', 'X',\n'M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4597 | NQ', 'X',\n'MNS', 'X',\n'MNT', 'X',\n'MNV', 'V',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4598 | 'MO1', 'X',\n'MO2', 'X',\n'MO3', 'X',\n'MO4', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4599 | \n'MO5', 'X',\n'MO6', 'X',\n'MOA', 'X',\n'MOB', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4600 | ',\n'MOC', 'X',\n'MOE', 'X',\n'MOG', 'X',\n'MOH', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4601 | 'X',\n'MOL', 'X',\n'MOO', 'X',\n'MOP', 'X',\n'MOR'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4602 | , 'X',\n'MOS', 'X',\n'MOT', 'X',\n'MOX', 'X',\n'MP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4603 | 1', 'X',\n'MP3', 'X',\n'MPA', 'X',\n'MPB', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4604 | MPC', 'X',\n'MPD', 'X',\n'MPG', 'X',\n'MPH', 'M',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4605 | n'MPI', 'X',\n'MPJ', 'M',\n'MPL', 'X',\n'MPN', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4606 | ,\n'MPO', 'X',\n'MPP', 'X',\n'MPQ', 'G',\n'MPR', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4607 | X',\n'MPS', 'X',\n'MQ0', 'X',\n'MQ7', 'X',\n'MQ8',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4608 |  'X',\n'MQ9', 'X',\n'MQI', 'X',\n'MR2', 'X',\n'MRC\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4609 | ', 'X',\n'MRM', 'X',\n'MRP', 'X',\n'MS2', 'X',\n'M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4610 | SA', 'X',\n'MSB', 'X',\n'MSD', 'X',\n'MSE', 'M',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4611 | 'MSF', 'X',\n'MSI', 'X',\n'MSO', 'M',\n'MSQ', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4612 | \n'MST', 'X',\n'MSU', 'X',\n'MTA', 'X',\n'MTB', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4613 | ',\n'MTC', 'X',\n'MTD', 'X',\n'MTE', 'X',\n'MTF', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4614 | 'X',\n'MTG', 'X',\n'MTO', 'X',\n'MTS', 'X',\n'MTT'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4615 | , 'X',\n'MTX', 'X',\n'MTY', 'Y',\n'MUG', 'X',\n'MU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4616 | P', 'X',\n'MUR', 'X',\n'MVA', 'V',\n'MW1', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4617 | MW2', 'X',\n'MXA', 'X',\n'MXY', 'X',\n'MYA', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4618 | n'MYC', 'X',\n'MYG', 'X',\n'MYR', 'X',\n'MYS', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4619 | ,\n'MYT', 'X',\n'MZM', 'X',\n'N1T', 'X',\n'N25', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4620 | X',\n'N2B', 'X',\n'N3T', 'X',\n'N4B', 'X',\n'NA2',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4621 |  'X',\n'NA5', 'X',\n'NA6', 'X',\n'NAA', 'X',\n'NAB\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4622 | ', 'X',\n'NAC', 'X',\n'NAD', 'X',\n'NAE', 'X',\n'N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4623 | AF', 'X',\n'NAG', 'X',\n'NAH', 'X',\n'NAI', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4624 | 'NAL', 'A',\n'NAM', 'A',\n'NAN', 'X',\n'NAO', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4625 | \n'NAP', 'X',\n'NAQ', 'X',\n'NAR', 'X',\n'NAS', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4626 | ',\n'NAU', 'X',\n'NAV', 'X',\n'NAW', 'X',\n'NAX', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4627 | 'X',\n'NAY', 'X',\n'NBA', 'X',\n'NBD', 'X',\n'NBE'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4628 | , 'X',\n'NBG', 'X',\n'NBN', 'X',\n'NBP', 'X',\n'NB\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4629 | S', 'X',\n'NBU', 'X',\n'NCA', 'X',\n'NCB', 'A',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4630 | NCD', 'X',\n'NCH', 'X',\n'NCM', 'X',\n'NCN', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4631 | n'NCO', 'X',\n'NCR', 'X',\n'NCS', 'X',\n'ND4', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4632 | ,\n'NDA', 'X',\n'NDC', 'X',\n'NDD', 'X',\n'NDO', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4633 | X',\n'NDP', 'X',\n'NDT', 'X',\n'NEA', 'X',\n'NEB',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4634 |  'X',\n'NED', 'X',\n'NEM', 'H',\n'NEN', 'X',\n'NEO\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4635 | ', 'X',\n'NEP', 'H',\n'NEQ', 'X',\n'NES', 'X',\n'N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4636 | ET', 'X',\n'NEV', 'X',\n'NFA', 'F',\n'NFE', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4637 | 'NFG', 'X',\n'NFP', 'X',\n'NFS', 'X',\n'NG6', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4638 | \n'NGA', 'X',\n'NGL', 'X',\n'NGM', 'X',\n'NGO', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4639 | ',\n'NGP', 'X',\n'NGT', 'X',\n'NGU', 'X',\n'NH2', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4640 | 'X',\n'NH3', 'X',\n'NH4', 'X',\n'NHD', 'X',\n'NHE'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4641 | , 'X',\n'NHM', 'X',\n'NHP', 'X',\n'NHR', 'X',\n'NH\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4642 | S', 'X',\n'NI1', 'X',\n'NI2', 'X',\n'NIC', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4643 | NID', 'X',\n'NIK', 'X',\n'NIO', 'X',\n'NIP', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4644 | n'NIT', 'X',\n'NIU', 'X',\n'NIY', 'Y',\n'NLA', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4645 | ,\n'NLE', 'L',\n'NLG', 'X',\n'NLN', 'L',\n'NLP', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4646 | L',\n'NM1', 'X',\n'NMA', 'A',\n'NMB', 'X',\n'NMC',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4647 |  'G',\n'NMD', 'X',\n'NME', 'X',\n'NMN', 'X',\n'NMO\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4648 | ', 'X',\n'NMQ', 'X',\n'NMX', 'X',\n'NMY', 'X',\n'N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4649 | NH', 'R',\n'NNO', 'X',\n'NO2', 'X',\n'NO3', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4650 | 'NOA', 'X',\n'NOD', 'X',\n'NOJ', 'X',\n'NON', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4651 | \n'NOP', 'X',\n'NOR', 'X',\n'NOS', 'X',\n'NOV', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4652 | ',\n'NOX', 'X',\n'NP3', 'X',\n'NPA', 'X',\n'NPC', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4653 | 'X',\n'NPD', 'X',\n'NPE', 'X',\n'NPF', 'X',\n'NPH'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4654 | , 'C',\n'NPI', 'X',\n'NPL', 'X',\n'NPN', 'X',\n'NP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4655 | O', 'X',\n'NPP', 'X',\n'NPT', 'X',\n'NPY', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4656 | NRG', 'R',\n'NRI', 'X',\n'NS1', 'X',\n'NS5', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4657 | n'NSP', 'X',\n'NTA', 'X',\n'NTB', 'X',\n'NTC', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4658 | ,\n'NTH', 'X',\n'NTM', 'X',\n'NTP', 'X',\n'NTS', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4659 | X',\n'NTU', 'X',\n'NTZ', 'X',\n'NU1', 'X',\n'NVA',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4660 |  'V',\n'NVI', 'X',\n'NVP', 'X',\n'NW1', 'X',\n'NYP\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4661 | ', 'X',\n'O4M', 'X',\n'OAA', 'X',\n'OAI', 'X',\n'O\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4662 | AP', 'X',\n'OAR', 'X',\n'OAS', 'S',\n'OBA', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4663 | 'OBN', 'X',\n'OC1', 'X',\n'OC2', 'X',\n'OC3', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4664 | \n'OC4', 'X',\n'OC5', 'X',\n'OC6', 'X',\n'OC7', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4665 | ',\n'OCL', 'X',\n'OCM', 'X',\n'OCN', 'X',\n'OCO', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4666 | 'X',\n'OCP', 'X',\n'OCS', 'C',\n'OCT', 'X',\n'OCV'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4667 | , 'K',\n'OCY', 'C',\n'ODA', 'X',\n'ODS', 'X',\n'OE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4668 | S', 'X',\n'OET', 'X',\n'OF1', 'X',\n'OF2', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4669 | OF3', 'X',\n'OFL', 'X',\n'OFO', 'X',\n'OHE', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4670 | n'OHO', 'X',\n'OHT', 'X',\n'OIC', 'X',\n'OIP', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4671 | ,\n'OKA', 'X',\n'OLA', 'X',\n'OLE', 'X',\n'OLI', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4672 | X',\n'OLO', 'X',\n'OMB', 'X',\n'OMC', 'X',\n'OMD',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4673 |  'X',\n'OME', 'X',\n'OMG', 'X',\n'OMP', 'X',\n'OMT\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4674 | ', 'M',\n'OMU', 'X',\n'ONE', 'X',\n'ONL', 'L',\n'O\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4675 | NP', 'X',\n'OPA', 'X',\n'OPD', 'X',\n'OPE', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4676 | 'OPG', 'X',\n'OPH', 'X',\n'OPN', 'X',\n'OPP', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4677 | \n'OPR', 'R',\n'ORN', 'X',\n'ORO', 'X',\n'ORP', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4678 | ',\n'OSB', 'X',\n'OSS', 'X',\n'OTA', 'X',\n'OTB', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4679 | 'X',\n'OTE', 'X',\n'OTG', 'X',\n'OUT', 'X',\n'OVA'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4680 | , 'X',\n'OWQ', 'X',\n'OXA', 'X',\n'OXE', 'X',\n'OX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4681 | I', 'X',\n'OXL', 'X',\n'OXM', 'X',\n'OXN', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4682 | OXO', 'X',\n'OXP', 'X',\n'OXS', 'X',\n'OXY', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4683 | n'P11', 'A',\n'P24', 'X',\n'P28', 'X',\n'P2P', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4684 | ,\n'P2U', 'X',\n'P3M', 'X',\n'P4C', 'X',\n'P4P', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4685 | X',\n'P5P', 'X',\n'P6G', 'X',\n'PA1', 'X',\n'PA2',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4686 |  'X',\n'PA3', 'X',\n'PA4', 'X',\n'PA5', 'X',\n'PAA\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4687 | ', 'X',\n'PAB', 'X',\n'PAC', 'X',\n'PAD', 'X',\n'P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4688 | AE', 'X',\n'PAG', 'X',\n'PAH', 'X',\n'PAI', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4689 | 'PAL', 'D',\n'PAM', 'X',\n'PAN', 'X',\n'PAO', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4690 | \n'PAP', 'A',\n'PAQ', 'F',\n'PAR', 'X',\n'PAS', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4691 | ',\n'PAT', 'W',\n'PBA', 'X',\n'PBB', 'X',\n'PBC', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4692 | 'X',\n'PBF', 'F',\n'PBG', 'X',\n'PBI', 'X',\n'PBM'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4693 | , 'X',\n'PBN', 'X',\n'PBP', 'X',\n'PBR', 'X',\n'PB\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4694 | Z', 'X',\n'PC2', 'X',\n'PCA', 'E',\n'PCB', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4695 | PCD', 'X',\n'PCE', 'X',\n'PCG', 'X',\n'PCH', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4696 | n'PCL', 'X',\n'PCM', 'X',\n'PCP', 'X',\n'PCR', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4697 | ,\n'PCS', 'X',\n'PCU', 'X',\n'PCV', 'X',\n'PCY', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4698 | X',\n'PD1', 'X',\n'PDA', 'X',\n'PDC', 'X',\n'PDD',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4699 |  'A',\n'PDE', 'A',\n'PDI', 'X',\n'PDL', 'A',\n'PDN\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4700 | ', 'X',\n'PDO', 'X',\n'PDP', 'X',\n'PDT', 'X',\n'P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4701 | DU', 'X',\n'PE2', 'X',\n'PE6', 'X',\n'PEA', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4702 | 'PEB', 'X',\n'PEC', 'X',\n'PED', 'X',\n'PEE', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4703 | \n'PEF', 'X',\n'PEG', 'X',\n'PEL', 'X',\n'PEO', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4704 | ',\n'PEP', 'X',\n'PEQ', 'X',\n'PER', 'X',\n'PET', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4705 | 'X',\n'PFB', 'X',\n'PFC', 'X',\n'PFG', 'X',\n'PFL'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4706 | , 'X',\n'PFM', 'X',\n'PFZ', 'X',\n'PG4', 'X',\n'PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4707 | 5', 'X',\n'PG6', 'X',\n'PGA', 'X',\n'PGC', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4708 | PGD', 'X',\n'PGE', 'X',\n'PGG', 'G',\n'PGH', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4709 | n'PGL', 'X',\n'PGO', 'X',\n'PGP', 'X',\n'PGQ', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4710 | ,\n'PGR', 'X',\n'PGS', 'X',\n'PGU', 'X',\n'PGX', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4711 | X',\n'PGY', 'G',\n'PH1', 'X',\n'PH2', 'X',\n'PH3',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4712 |  'X',\n'PHA', 'F',\n'PHB', 'X',\n'PHC', 'X',\n'PHD\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4713 | ', 'X',\n'PHE', 'F',\n'PHG', 'X',\n'PHH', 'X',\n'P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4714 | HI', 'F',\n'PHL', 'F',\n'PHM', 'X',\n'PHN', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4715 | 'PHO', 'X',\n'PHP', 'X',\n'PHQ', 'X',\n'PHS', 'H',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4716 | \n'PHT', 'X',\n'PHW', 'P',\n'PHY', 'X',\n'PI1', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4717 | ',\n'PI2', 'X',\n'PI3', 'X',\n'PI4', 'X',\n'PI5', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4718 | 'X',\n'PI6', 'X',\n'PI7', 'X',\n'PI8', 'X',\n'PI9'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4719 | , 'X',\n'PIA', 'X',\n'PIB', 'X',\n'PIC', 'X',\n'PI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4720 | D', 'X',\n'PIG', 'X',\n'PIH', 'X',\n'PIM', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4721 | PIN', 'X',\n'PIO', 'X',\n'PIP', 'X',\n'PIQ', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4722 | n'PIR', 'X',\n'PIV', 'X',\n'PKF', 'X',\n'PL1', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4723 | ,\n'PL9', 'X',\n'PLA', 'D',\n'PLC', 'X',\n'PLE', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4724 | L',\n'PLG', 'G',\n'PLH', 'X',\n'PLM', 'X',\n'PLP',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4725 |  'X',\n'PLS', 'S',\n'PLT', 'W',\n'PLU', 'L',\n'PLY\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4726 | ', 'X',\n'PMA', 'X',\n'PMB', 'X',\n'PMC', 'X',\n'P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4727 | ME', 'F',\n'PML', 'X',\n'PMM', 'X',\n'PMO', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4728 | 'PMP', 'X',\n'PMS', 'X',\n'PMY', 'X',\n'PN2', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4729 | \n'PNA', 'X',\n'PNB', 'X',\n'PNC', 'G',\n'PND', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4730 | ',\n'PNE', 'A',\n'PNF', 'X',\n'PNG', 'X',\n'PNI', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4731 | 'X',\n'PNL', 'X',\n'PNM', 'X',\n'PNN', 'X',\n'PNO'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4732 | , 'X',\n'PNP', 'X',\n'PNQ', 'X',\n'PNS', 'X',\n'PN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4733 | T', 'X',\n'PNU', 'X',\n'PO2', 'X',\n'PO4', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4734 | POB', 'X',\n'POC', 'X',\n'POL', 'X',\n'POM', 'P',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4735 | n'PON', 'X',\n'POP', 'X',\n'POR', 'X',\n'POS', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4736 | ,\n'PP1', 'X',\n'PP2', 'X',\n'PP3', 'A',\n'PP4', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4737 | X',\n'PP5', 'X',\n'PP6', 'X',\n'PP7', 'X',\n'PP8',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4738 |  'N',\n'PP9', 'X',\n'PPB', 'X',\n'PPC', 'X',\n'PPD\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4739 | ', 'X',\n'PPE', 'E',\n'PPG', 'X',\n'PPH', 'F',\n'P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4740 | PI', 'X',\n'PPJ', 'V',\n'PPL', 'X',\n'PPM', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4741 | 'PPN', 'A',\n'PPO', 'X',\n'PPP', 'X',\n'PPQ', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4742 | \n'PPR', 'X',\n'PPS', 'X',\n'PPT', 'X',\n'PPU', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4743 | ',\n'PPX', 'F',\n'PPY', 'X',\n'PPZ', 'X',\n'PQ0', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4744 | 'X',\n'PQN', 'X',\n'PQQ', 'X',\n'PR1', 'X',\n'PR2'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4745 | , 'X',\n'PR3', 'X',\n'PRA', 'X',\n'PRB', 'X',\n'PR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4746 | C', 'X',\n'PRD', 'X',\n'PRE', 'X',\n'PRF', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4747 | PRH', 'X',\n'PRI', 'P',\n'PRL', 'X',\n'PRN', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4748 | n'PRO', 'P',\n'PRP', 'X',\n'PRR', 'A',\n'PRS', 'P'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4749 | ,\n'PRZ', 'X',\n'PS0', 'X',\n'PSA', 'X',\n'PSD', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4750 | X',\n'PSE', 'X',\n'PSF', 'S',\n'PSG', 'X',\n'PSI',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4751 |  'X',\n'PSO', 'X',\n'PSQ', 'X',\n'PSS', 'X',\n'PST\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4752 | ', 'X',\n'PSU', 'X',\n'PT1', 'X',\n'PT3', 'X',\n'P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4753 | TA', 'X',\n'PTC', 'X',\n'PTD', 'X',\n'PTE', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4754 | 'PTH', 'Y',\n'PTL', 'X',\n'PTM', 'Y',\n'PTN', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4755 | \n'PTO', 'X',\n'PTP', 'X',\n'PTR', 'Y',\n'PTS', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4756 | ',\n'PTT', 'X',\n'PTU', 'X',\n'PTY', 'X',\n'PUA', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4757 | 'X',\n'PUB', 'X',\n'PUR', 'X',\n'PUT', 'X',\n'PVA'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4758 | , 'X',\n'PVB', 'X',\n'PVH', 'H',\n'PVL', 'X',\n'PX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4759 | A', 'X',\n'PXF', 'X',\n'PXG', 'X',\n'PXP', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4760 | PXY', 'X',\n'PXZ', 'X',\n'PY2', 'X',\n'PY4', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4761 | n'PY5', 'X',\n'PY6', 'X',\n'PYA', 'A',\n'PYC', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4762 | ,\n'PYD', 'X',\n'PYE', 'X',\n'PYL', 'X',\n'PYM', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4763 | X',\n'PYO', 'X',\n'PYP', 'X',\n'PYQ', 'X',\n'PYR',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4764 |  'X',\n'PYS', 'X',\n'PYT', 'X',\n'PYX', 'X',\n'PYY\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4765 | ', 'X',\n'PYZ', 'X',\n'PZQ', 'X',\n'Q82', 'X',\n'Q\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4766 | NC', 'X',\n'QND', 'X',\n'QSI', 'Q',\n'QTR', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4767 | 'QUA', 'X',\n'QUE', 'X',\n'QUI', 'X',\n'QUO', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4768 | \n'R11', 'X',\n'R12', 'X',\n'R13', 'X',\n'R18', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4769 | ',\n'R1P', 'X',\n'R56', 'X',\n'R5P', 'X',\n'RA2', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4770 | 'X',\n'RAD', 'X',\n'RAI', 'X',\n'RAL', 'X',\n'RAM'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4771 | , 'X',\n'RAN', 'X',\n'RAP', 'X',\n'RBF', 'X',\n'RB\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4772 | U', 'X',\n'RCA', 'X',\n'RCL', 'X',\n'RCO', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4773 | RDC', 'X',\n'RDF', 'W',\n'RE9', 'X',\n'REA', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4774 | n'RED', 'K',\n'REO', 'X',\n'REP', 'X',\n'RET', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4775 | ,\n'RFA', 'X',\n'RFB', 'X',\n'RFL', 'X',\n'RFP', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4776 | X',\n'RG1', 'X',\n'RGS', 'X',\n'RH1', 'X',\n'RHA',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4777 |  'X',\n'RHC', 'X',\n'RHD', 'X',\n'RHM', 'X',\n'RHO\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4778 | ', 'X',\n'RHQ', 'X',\n'RHS', 'X',\n'RIA', 'X',\n'R\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4779 | IB', 'X',\n'RIC', 'X',\n'RIF', 'X',\n'RIN', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4780 | 'RIP', 'X',\n'RIT', 'X',\n'RMB', 'X',\n'RMN', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4781 | \n'RMP', 'X',\n'RNG', 'X',\n'RNS', 'X',\n'RNT', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4782 | ',\n'RO2', 'X',\n'RO4', 'X',\n'ROC', 'N',\n'ROI', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4783 | 'X',\n'ROM', 'X',\n'RON', 'V',\n'ROP', 'X',\n'ROS'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4784 | , 'X',\n'ROX', 'X',\n'RPA', 'X',\n'RPD', 'X',\n'RP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4785 | H', 'X',\n'RPL', 'X',\n'RPP', 'X',\n'RPR', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4786 | RPX', 'X',\n'RQ3', 'X',\n'RR1', 'X',\n'RR6', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4787 | n'RRS', 'X',\n'RS1', 'X',\n'RS2', 'X',\n'RS7', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4788 | ,\n'RSS', 'X',\n'RTA', 'X',\n'RTB', 'X',\n'RTC', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4789 | X',\n'RTL', 'X',\n'RUB', 'X',\n'RUN', 'X',\n'RWJ',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4790 |  'X',\n'RXP', 'X',\n'S02', 'X',\n'S11', 'X',\n'S1H\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4791 | ', 'S',\n'S27', 'X',\n'S2C', 'C',\n'S3P', 'X',\n'S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4792 | 4U', 'X',\n'S57', 'X',\n'S58', 'X',\n'S5H', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4793 | 'S6G', 'X',\n'S80', 'X',\n'SAA', 'X',\n'SAB', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4794 | \n'SAC', 'S',\n'SAD', 'X',\n'SAE', 'X',\n'SAF', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4795 | ',\n'SAH', 'C',\n'SAI', 'C',\n'SAL', 'X',\n'SAM', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4796 | 'M',\n'SAN', 'X',\n'SAP', 'X',\n'SAR', 'X',\n'SAS'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4797 | , 'X',\n'SB1', 'X',\n'SB2', 'X',\n'SB3', 'X',\n'SB\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4798 | 4', 'X',\n'SB5', 'X',\n'SB6', 'X',\n'SBA', 'L',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4799 | SBB', 'X',\n'SBD', 'A',\n'SBI', 'X',\n'SBL', 'A',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4800 | n'SBN', 'X',\n'SBO', 'X',\n'SBR', 'X',\n'SBS', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4801 | ,\n'SBT', 'X',\n'SBU', 'X',\n'SBX', 'X',\n'SC4', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4802 | X',\n'SCA', 'X',\n'SCC', 'X',\n'SCD', 'X',\n'SCH',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4803 |  'C',\n'SCI', 'X',\n'SCL', 'X',\n'SCM', 'X',\n'SCN\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4804 | ', 'X',\n'SCO', 'X',\n'SCP', 'S',\n'SCR', 'X',\n'S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4805 | CS', 'X',\n'SCV', 'C',\n'SCY', 'C',\n'SD8', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4806 | 'SDK', 'X',\n'SDZ', 'X',\n'SE4', 'X',\n'SEA', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4807 | \n'SEB', 'S',\n'SEC', 'X',\n'SEG', 'A',\n'SEI', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4808 | ',\n'SEL', 'S',\n'SEM', 'X',\n'SEO', 'X',\n'SEP', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4809 | 'S',\n'SER', 'S',\n'SES', 'X',\n'SET', 'S',\n'SEU'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4810 | , 'X',\n'SF4', 'X',\n'SFG', 'X',\n'SFN', 'X',\n'SF\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4811 | O', 'X',\n'SGA', 'X',\n'SGC', 'X',\n'SGL', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4812 | SGM', 'X',\n'SGN', 'X',\n'SGP', 'X',\n'SHA', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4813 | n'SHC', 'X',\n'SHF', 'X',\n'SHH', 'X',\n'SHP', 'G'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4814 | ,\n'SHR', 'E',\n'SHT', 'T',\n'SHU', 'X',\n'SI2', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4815 | X',\n'SIA', 'X',\n'SIF', 'X',\n'SIG', 'X',\n'SIH',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4816 |  'X',\n'SIM', 'X',\n'SIN', 'X',\n'SKD', 'X',\n'SKF\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4817 | ', 'X',\n'SLB', 'X',\n'SLE', 'X',\n'SLZ', 'K',\n'S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4818 | MA', 'X',\n'SMC', 'C',\n'SME', 'M',\n'SML', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4819 | 'SMM', 'M',\n'SMN', 'X',\n'SMP', 'X',\n'SMS', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4820 | \n'SN1', 'X',\n'SN6', 'X',\n'SN7', 'X',\n'SNC', 'C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4821 | ',\n'SNN', 'X',\n'SNP', 'X',\n'SO1', 'X',\n'SO2', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4822 | 'X',\n'SO3', 'X',\n'SO4', 'X',\n'SOA', 'X',\n'SOC'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4823 | , 'C',\n'SOM', 'X',\n'SOR', 'X',\n'SOT', 'X',\n'SO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4824 | X', 'X',\n'SPA', 'X',\n'SPB', 'X',\n'SPC', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4825 | SPD', 'X',\n'SPE', 'X',\n'SPG', 'X',\n'SPH', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4826 | n'SPI', 'X',\n'SPK', 'X',\n'SPM', 'X',\n'SPN', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4827 | ,\n'SPO', 'X',\n'SPP', 'X',\n'SPS', 'X',\n'SPY', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4828 | X',\n'SQU', 'X',\n'SRA', 'X',\n'SRB', 'X',\n'SRD',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4829 |  'X',\n'SRL', 'X',\n'SRM', 'X',\n'SRS', 'X',\n'SRY\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4830 | ', 'X',\n'SSA', 'X',\n'SSB', 'X',\n'SSG', 'X',\n'S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4831 | SP', 'X',\n'ST1', 'X',\n'ST2', 'X',\n'ST3', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4832 | 'ST4', 'X',\n'ST5', 'X',\n'ST6', 'X',\n'STA', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4833 | \n'STB', 'X',\n'STE', 'X',\n'STG', 'X',\n'STI', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4834 | ',\n'STL', 'X',\n'STN', 'X',\n'STO', 'X',\n'STP', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4835 | 'X',\n'STR', 'X',\n'STU', 'X',\n'STY', 'Y',\n'SU1'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4836 | , 'X',\n'SU2', 'X',\n'SUC', 'X',\n'SUI', 'X',\n'SU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4837 | L', 'X',\n'SUR', 'X',\n'SVA', 'S',\n'SWA', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4838 | T16', 'X',\n'T19', 'X',\n'T23', 'X',\n'T29', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4839 | n'T33', 'X',\n'T3P', 'X',\n'T42', 'A',\n'T44', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4840 | ,\n'T5A', 'X',\n'T6A', 'T',\n'T6P', 'X',\n'T80', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4841 | X',\n'T87', 'X',\n'TA1', 'X',\n'TAA', 'X',\n'TAB',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4842 |  'X',\n'TAC', 'X',\n'TAD', 'X',\n'TAF', 'X',\n'TAM\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4843 | ', 'X',\n'TAP', 'X',\n'TAR', 'X',\n'TAS', 'X',\n'T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4844 | AU', 'X',\n'TAX', 'X',\n'TAZ', 'X',\n'TB9', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4845 | 'TBA', 'X',\n'TBD', 'X',\n'TBG', 'G',\n'TBH', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4846 | \n'TBM', 'T',\n'TBO', 'X',\n'TBP', 'X',\n'TBR', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4847 | ',\n'TBS', 'X',\n'TBT', 'X',\n'TBU', 'X',\n'TBZ', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4848 | 'X',\n'TC4', 'X',\n'TCA', 'X',\n'TCB', 'X',\n'TCH'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4849 | , 'X',\n'TCK', 'X',\n'TCL', 'X',\n'TCM', 'X',\n'TC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4850 | N', 'X',\n'TCP', 'X',\n'TCR', 'W',\n'TCS', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4851 | TCZ', 'X',\n'TDA', 'X',\n'TDB', 'X',\n'TDG', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4852 | n'TDP', 'X',\n'TDR', 'X',\n'TDX', 'X',\n'TEA', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4853 | ,\n'TEM', 'X',\n'TEN', 'X',\n'TEO', 'X',\n'TEP', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4854 | X',\n'TER', 'X',\n'TES', 'X',\n'TET', 'X',\n'TFA',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4855 |  'X',\n'TFB', 'X',\n'TFH', 'X',\n'TFI', 'X',\n'TFK\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4856 | ', 'X',\n'TFP', 'X',\n'THA', 'X',\n'THB', 'X',\n'T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4857 | HC', 'T',\n'THD', 'X',\n'THE', 'X',\n'THF', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4858 | 'THJ', 'X',\n'THK', 'X',\n'THM', 'X',\n'THN', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4859 | \n'THO', 'T',\n'THP', 'X',\n'THQ', 'X',\n'THR', 'T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4860 | ',\n'THS', 'X',\n'THT', 'X',\n'THU', 'X',\n'THX', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4861 | 'X',\n'THZ', 'X',\n'TI1', 'X',\n'TI2', 'X',\n'TI3'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4862 | , 'P',\n'TIA', 'X',\n'TIH', 'A',\n'TK4', 'X',\n'TL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4863 | A', 'X',\n'TLC', 'X',\n'TLM', 'X',\n'TLN', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4864 | TLX', 'X',\n'TM5', 'X',\n'TM6', 'X',\n'TMA', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4865 | n'TMB', 'T',\n'TMC', 'X',\n'TMD', 'T',\n'TME', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4866 | ,\n'TMF', 'X',\n'TML', 'K',\n'TMM', 'X',\n'TMN', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4867 | X',\n'TMP', 'X',\n'TMQ', 'X',\n'TMR', 'X',\n'TMT',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4868 |  'X',\n'TMZ', 'X',\n'TNB', 'C',\n'TND', 'X',\n'TNK\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4869 | ', 'X',\n'TNP', 'X',\n'TNT', 'X',\n'TOA', 'X',\n'T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4870 | OB', 'X',\n'TOC', 'X',\n'TOL', 'X',\n'TOP', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4871 | 'TOS', 'X',\n'TOT', 'X',\n'TP1', 'G',\n'TP2', 'P',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4872 | \n'TP3', 'E',\n'TP4', 'E',\n'TP7', 'T',\n'TPA', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4873 | ',\n'TPE', 'X',\n'TPF', 'X',\n'TPI', 'X',\n'TPL', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4874 | 'W',\n'TPM', 'X',\n'TPN', 'G',\n'TPO', 'T',\n'TPP'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4875 | , 'X',\n'TPQ', 'A',\n'TPR', 'P',\n'TPS', 'X',\n'TP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4876 | T', 'X',\n'TPV', 'X',\n'TPX', 'X',\n'TPY', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4877 | TQ3', 'X',\n'TQ4', 'X',\n'TQ5', 'X',\n'TQ6', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4878 | n'TR1', 'X',\n'TRA', 'X',\n'TRB', 'X',\n'TRC', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4879 | ,\n'TRD', 'X',\n'TRE', 'X',\n'TRF', 'W',\n'TRG', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4880 | K',\n'TRH', 'X',\n'TRI', 'X',\n'TRJ', 'X',\n'TRM',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4881 |  'X',\n'TRN', 'W',\n'TRO', 'W',\n'TRP', 'W',\n'TRQ\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4882 | ', 'X',\n'TRS', 'X',\n'TRX', 'W',\n'TRZ', 'X',\n'T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4883 | S2', 'X',\n'TS3', 'X',\n'TS4', 'X',\n'TS5', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4884 | 'TSA', 'X',\n'TSB', 'X',\n'TSI', 'X',\n'TSM', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4885 | \n'TSN', 'X',\n'TSP', 'X',\n'TSU', 'X',\n'TTA', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4886 | ',\n'TTE', 'X',\n'TTN', 'X',\n'TTO', 'X',\n'TTP', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4887 | 'X',\n'TTX', 'X',\n'TXL', 'X',\n'TYA', 'Y',\n'TYB'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4888 | , 'Y',\n'TYD', 'X',\n'TYI', 'Y',\n'TYL', 'X',\n'TY\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4889 | M', 'W',\n'TYN', 'Y',\n'TYQ', 'Y',\n'TYR', 'Y',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4890 | TYS', 'Y',\n'TYV', 'X',\n'TYY', 'A',\n'TZB', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4891 | n'TZC', 'X',\n'TZE', 'X',\n'TZL', 'X',\n'TZO', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4892 | ,\n'TZP', 'X',\n'U01', 'X',\n'U02', 'X',\n'U03', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4893 | X',\n'U04', 'X',\n'U05', 'X',\n'U0E', 'X',\n'U10',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4894 |  'X',\n'U18', 'X',\n'U2G', 'X',\n'U3P', 'X',\n'U49\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4895 | ', 'X',\n'U55', 'X',\n'U5P', 'X',\n'U66', 'X',\n'U\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4896 | 89', 'X',\n'U8U', 'X',\n'UAA', 'X',\n'UAG', 'A',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4897 | 'UAP', 'X',\n'UAR', 'X',\n'UC1', 'X',\n'UC2', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4898 | \n'UC3', 'X',\n'UC4', 'X',\n'UD1', 'X',\n'UD2', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4899 | ',\n'UDP', 'X',\n'UDX', 'X',\n'UFG', 'X',\n'UFM', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4900 | 'X',\n'UFP', 'X',\n'UGA', 'X',\n'UIN', 'X',\n'UKP'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4901 | , 'A',\n'UM3', 'X',\n'UMA', 'A',\n'UMG', 'X',\n'UM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4902 | P', 'X',\n'UNA', 'X',\n'UND', 'X',\n'UNI', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4903 | UNK', 'X',\n'UNN', 'X',\n'UNX', 'X',\n'UP5', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4904 | n'UP6', 'X',\n'UPA', 'X',\n'UPF', 'X',\n'UPG', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4905 | ,\n'UPP', 'X',\n'UQ1', 'X',\n'UQ2', 'X',\n'UQ6', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4906 | X',\n'UR2', 'X',\n'URA', 'X',\n'URE', 'X',\n'URF',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4907 |  'X',\n'URI', 'X',\n'URS', 'X',\n'UTP', 'X',\n'UVC\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4908 | ', 'X',\n'UVW', 'X',\n'V35', 'X',\n'V36', 'X',\n'V\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4909 | 4O', 'X',\n'V7O', 'X',\n'VAA', 'V',\n'VAC', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4910 | 'VAD', 'V',\n'VAF', 'V',\n'VAG', 'X',\n'VAL', 'V',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4911 | \n'VAN', 'X',\n'VAS', 'X',\n'VAX', 'X',\n'VDX', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4912 | ',\n'VDY', 'X',\n'VG1', 'X',\n'VIB', 'X',\n'VIR', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4913 | 'X',\n'VIT', 'X',\n'VK3', 'X',\n'VO3', 'X',\n'VO4'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4914 | , 'X',\n'VS1', 'F',\n'VS2', 'F',\n'VS3', 'F',\n'VS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4915 | 4', 'F',\n'VXA', 'X',\n'W01', 'X',\n'W02', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4916 | W03', 'X',\n'W11', 'X',\n'W33', 'X',\n'W35', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4917 | n'W42', 'X',\n'W43', 'X',\n'W54', 'X',\n'W56', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4918 | ,\n'W59', 'X',\n'W71', 'X',\n'W84', 'X',\n'W8R', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4919 | X',\n'W91', 'X',\n'WAY', 'X',\n'WCC', 'X',\n'WO2',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4920 |  'X',\n'WO4', 'X',\n'WRB', 'X',\n'WRR', 'X',\n'WRS\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4921 | ', 'X',\n'WW7', 'X',\n'X2F', 'X',\n'X7O', 'X',\n'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4922 | AA', 'X',\n'XAN', 'X',\n'XAO', 'X',\n'XBB', 'X',\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4923 | 'XBP', 'X',\n'XDN', 'X',\n'XDP', 'X',\n'XIF', 'X',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4924 | \n'XIM', 'X',\n'XK2', 'X',\n'XL1', 'X',\n'XLS', 'X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4925 | ',\n'XMP', 'X',\n'XN1', 'X',\n'XN2', 'X',\n'XN3', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4926 | 'X',\n'XUL', 'X',\n'XV6', 'X',\n'XYD', 'X',\n'XYH'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4927 | , 'X',\n'XYL', 'X',\n'XYP', 'X',\n'XYS', 'X',\n'YO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4928 | F', 'Y',\n'YRR', 'X',\n'YT3', 'X',\n'YZ9', 'X',\n'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4929 | Z34', 'G',\n'Z5A', 'X',\n'ZAF', 'X',\n'ZAP', 'X',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4930 | n'ZEB', 'X',\n'ZEN', 'X',\n'ZES', 'X',\n'ZID', 'X'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4931 | ,\n'ZMR', 'X',\n'ZN3', 'X',\n'ZNH', 'X',\n'ZNO', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4932 | X',\n'ZO3', 'X',\n'ZPR', 'P',\n'ZRA', 'A',\n'ZST',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4933 |  'X',\n'ZYA', 'A',\n\n\n'ASN','N');\n} \n\n\nsub f\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4934 | ile2head\n      {\n     my $file = shift;\n     my $size =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4935 |  shift;\n       my $f= new FileHandle;\n        my $line;\n     ope\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4936 | n ($f,$file);\n read ($f,$line, $size);\n       close ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4937 | f);\n   return $line;\n      }\nsub file2tail\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4938 |  {\n    my $file = shift;\n     my $size = shift;\n     my $f\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4939 | = new FileHandle;\n     my $line;\n     \n      open ($f,$file)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4940 | ;\n     seek ($f,$size*-1, 2);\n        read ($f,$line, $size\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4941 | );\n    close ($f);\n   return $line;\n      }\n\n\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4942 |  vtmpnam\n      {\n     my $r=rand(100000);\n   my $f=\"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4943 | file.$r.$$\";\n while (-e $f)\n   {\n       $f=vtmpn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4944 | am();\n   }\n   push (@TMPFILE_LIST, $f);\n     return $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4945 | f;\n      }\n\nsub myexit\n  {\n    my $code=@_[0]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4946 | ;\n    if ($CLEAN_EXIT_STARTED==1){return;}\n    e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4947 | lse {$CLEAN_EXIT_STARTED=1;}\n    ### ONLY BARE EX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4948 | IT\n    exit ($code);\n  }\nsub set_error_lock\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4949 |   {\n      my $name = shift;\n      my $pid=$$;\n\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4950 | n      \n      &lock4tc ($$,\"LERROR\", \"LSET\", \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4951 | \"$$ -- ERROR: $name $PROGRAM\\n\");\n      return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4952 | ;\n    }\nsub set_lock\n  {\n    my $pid=shift;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4953 |    my $msg= shift;\n    my $p=getppid();\n    &loc\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4954 | k4tc ($pid,\"LLOCK\",\"LRESET\",\"$p$msg\\n\");\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4955 |  }\nsub unset_lock\n   {\n     \n    my $pid=shift\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4956 | ;\n    &lock4tc ($pid,\"LLOCK\",\"LRELEASE\",\"\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4957 | ;\n  }\nsub shift_lock\n  {\n    my $from=shift;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4958 |     my $to=shift;\n    my $from_type=shift;\n    m\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4959 | y $to_type=shift;\n    my $action=shift;\n    my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4960 | msg;\n    \n    if (!&lock4tc($from, $from_type, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4961 | "LCHECK\", \"\")){return 0;}\n    $msg=&lock4tc ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4962 | from, $from_type, \"LREAD\", \"\");\n    &lock4tc \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4963 | ($from, $from_type,\"LRELEASE\", $msg);\n    &lock\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4964 | 4tc ($to, $to_type, $action, $msg);\n    return;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4965 |   }\nsub isshellpid\n  {\n    my $p=shift;\n    if\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4966 |  (!lock4tc ($p, \"LLOCK\", \"LCHECK\")){return 0;}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4967 | \n    else\n      {\n   my $c=lock4tc($p, \"LLOCK\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4968 |  \"LREAD\");\n  if ( $c=~/-SHELL-/){return 1;}\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4969 |    }\n    return 0;\n  }\nsub isrootpid\n  {\n    \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4970 | if(lock4tc (getppid(), \"LLOCK\", \"LCHECK\")){ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4971 | urn 0;}\n    else {return 1;}\n  }\nsub lock4tc\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4972 | {\n       my ($pid,$type,$action,$value)=@_;\n    my $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4973 | name;\n   my $host=hostname;\n    \n      if ($type eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4974 |  \"LLOCK\"){$fname=\"$LOCKDIR/.$pid.$host.lock4tco\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4975 | ffee\";}\n        elsif ( $type eq \"LERROR\"){ $fname=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4976 | \"$LOCKDIR/.$pid.$host.error4tcoffee\";}\n        elsif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4977 |  ( $type eq \"LWARNING\"){ $fname=\"$LOCKDIR/.$pid\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4978 | .$host.warning4tcoffee\";}\n      \n      if ($debug_loc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4979 | k)\n        {\n       print STDERR \"\\n\\t---lock4tc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4980 | (tcg): $action => $fname =>$value (RD: $LOCKDIR)\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4981 | n\";\n      }\n\n         if    ($action eq \"LCHECK\") {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4982 | return -e $fname;}\n      elsif ($action eq \"LREAD\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4983 | ){return file2string($fname);}\n          elsif ($action \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4984 | eq \"LSET\") {return string2file ($value, $fname, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4985 | \">>\");}\n       elsif ($action eq \"LRESET\") {retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4986 | n string2file ($value, $fname, \">\");}\n         elsif \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4987 | ($action eq \"LRELEASE\") \n        {\n       if ( $d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4988 | ebug_lock)\n            {\n               my $g=new FileHandle;\n                 op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4989 | en ($g, \">>$fname\");\n                  print $g \"\\nDestroye\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4990 | d by $$\\n\";\n           close ($g);\n           safe_system (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4991 | "mv $fname $fname.old\");\n             }\n           else\n            {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4992 |                   unlink ($fname);\n            }\n         }\n   return \"\";\
      |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4993 | \n      }\n     \nsub file2string\n     {\n       my $file=@_[0];\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4994 |           my $f=new FileHandle;\n         my $r;\n        open ($f, \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4995 | \"$file\");\n     while (<$f>){$r.=$_;}\n         close ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4996 | f);\n     return $r;\n  }\nsub string2file \n    {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4997 |    my ($s,$file,$mode)=@_;\n    my $f=new FileHand\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4998 | le;\n    \n    open ($f, \"$mode$file\");\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 4999 | nt $f  \"$s\";\n    close ($f);\n  }\n\nBEGIN\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5000 |  {\n      srand;\n    \n      $SIG{'SIGUP'}='signa\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5001 | l_cleanup';\n      $SIG{'SIGINT'}='signal_cleanup'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5002 | ;\n      $SIG{'SIGQUIT'}='signal_cleanup';\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5003 | $SIG{'SIGILL'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5004 | RAP'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGABRT'}='si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5005 | gnal_cleanup';\n      $SIG{'SIGEMT'}='signal_clean\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5006 | up';\n      $SIG{'SIGFPE'}='signal_cleanup';\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5007 |   \n      $SIG{'SIGKILL'}='signal_cleanup';\n     \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5008 |  $SIG{'SIGPIPE'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SI\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5009 | GSTOP'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGTTIN'}='\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5010 | signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGXFSZ'}='signal_cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5011 | eanup';\n      $SIG{'SIGINFO'}='signal_cleanup';\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5012 |       \n      $SIG{'SIGBUS'}='signal_cleanup';\n  \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5013 |     $SIG{'SIGALRM'}='signal_cleanup';\n      $SIG{\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5014 | 'SIGTSTP'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGTTOU'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5015 | }='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGVTALRM'}='sign\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5016 | al_cleanup';\n      $SIG{'SIGUSR1'}='signal_cleanu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5017 | p';\n\n\n      $SIG{'SIGSEGV'}='signal_cleanup';\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5018 |       $SIG{'SIGTERM'}='signal_cleanup';\n      $SI\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5019 | G{'SIGCONT'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGIO'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5020 | }='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGPROF'}='signal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5021 | _cleanup';\n      $SIG{'SIGUSR2'}='signal_cleanup'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5022 | ;\n\n      $SIG{'SIGSYS'}='signal_cleanup';\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5023 |  $SIG{'SIGURG'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIG\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5024 | CHLD'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGXCPU'}='s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5025 | ignal_cleanup';\n      $SIG{'SIGWINCH'}='signal_cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5026 | eanup';\n      \n      $SIG{'INT'}='signal_cleanup\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5027 | ';\n      $SIG{'TERM'}='signal_cleanup';\n      $S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5028 | IG{'KILL'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'QUIT'}='\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5029 | signal_cleanup';\n      \n      our $debug_lock=$E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5030 | NV{\"DEBUG_LOCK\"};\n      \n      \n      \n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5031 |  \n      foreach my $a (@ARGV){$CL.=\" $a\";}\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5032 |    if ( $debug_lock ){print STDERR \"\\n\\n\\n****\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5033 | ****** START PG: $PROGRAM *************\\n\";}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5034 |     if ( $debug_lock ){print STDERR \"\\n\\n\\n***\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5035 | *******(tcg) LOCKDIR: $LOCKDIR $$ *************\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5036 | \";}\n      if ( $debug_lock ){print STDERR \"\\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5037 | --- $$ -- $CL\\n\";}\n      \n       \n      \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5038 |   \n    }\nsub flush_error\n  {\n    my $msg=shift\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5039 | ;\n    return add_error ($EXIT_FAILURE,$$, $$,getp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5040 | pid(), $msg, $CL);\n  }\nsub add_error \n  {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5041 | my $code=shift;\n    my $rpid=shift;\n    my $pid=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5042 | shift;\n    my $ppid=shift;\n    my $type=shift;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5043 |     my $com=shift;\n    \n    $ERROR_DONE=1;\n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5044 | lock4tc ($rpid, \"LERROR\",\"LSET\",\"$pid -- ERRO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5045 | R: $type\\n\");\n    lock4tc ($$, \"LERROR\",\"LSE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5046 | T\", \"$pid -- COM: $com\\n\");\n    lock4tc ($$, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5047 | \"LERROR\",\"LSET\", \"$pid -- STACK: $ppid -> $pi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5048 | d\\n\");\n   \n    return $code;\n  }\nsub add_war\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5049 | ning \n  {\n    my $rpid=shift;\n    my $pid =shif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5050 | t;\n    my $command=shift;\n    my $msg=\"$$ -- WA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5051 | RNING: $command\\n\";\n    print STDERR \"$msg\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5052 | n    lock4tc ($$, \"LWARNING\", \"LSET\", $msg);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5053 |   }\n\nsub signal_cleanup\n  {\n    print dtderr \\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5054 | "\\n**** $$ (tcg) was killed\\n\";\n    &cleanup;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5055 | n    exit ($EXIT_FAILURE);\n  }\nsub clean_dir\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5056 | {\n    my $dir=@_[0];\n    if ( !-d $dir){return ;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5057 | }\n    elsif (!($dir=~/tmp/)){return ;}#safety che\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5058 | ck 1\n    elsif (($dir=~/\\*/)){return ;}#safety c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5059 | heck 2\n    else\n      {\n     `rm -rf $dir`;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5060 | }\n    return;\n  }\nsub cleanup\n  {\n    #print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5061 | stderr \"\\n----tc: $$ Kills $PIDCHILD\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5062 | #kill (SIGTERM,$PIDCHILD);\n    my $p=getppid();\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5063 |     $CLEAN_EXIT_STARTED=1;\n    \n    \n    \n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5064 | if (&lock4tc($$,\"LERROR\", \"LCHECK\", \"\"))\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5065 |     {\n my $ppid=getppid();\n   if (!$ERROR_DONE) \n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5066 |           {\n       &lock4tc($$,\"LERROR\", \"LSET\", \"$$ \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5067 | -- STACK: $p -> $$\\n\");\n         &lock4tc($$,\"LERR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5068 | OR\", \"LSET\", \"$$ -- COM: $CL\\n\");\n         }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5069 |    }\n    my $warning=&lock4tc($$, \"LWARNING\", \\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5070 | "LREAD\", \"\");\n    my $error=&lock4tc($$,  \"LE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5071 | RROR\", \"LREAD\", \"\");\n    #release error and \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5072 | warning lock if root\n    \n    if (isrootpid() &&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5073 |  ($warning || $error) )\n      {\n      \n      print STDERR\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5074 |  \"**************** Summary *************\\n$error\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5075 | \\n$warning\\n\";\n\n   &lock4tc($$,\"LERROR\",\"REL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5076 | EASE\",\"\");\n &lock4tc($$,\"LWARNING\",\"RELEASE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5077 | \",\"\");\n      } \n    \n    \n    foreach my $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5078 |  (@TMPFILE_LIST)\n      {\n     if (-e $f){unlink ($f)\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5079 | ;} \n      }\n    foreach my $d (@TMPDIR_LIST)\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5080 |     {\n clean_dir ($d);\n      }\n    #No More Loc\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5081 | k Release\n    #&lock4tc($$,\"LLOCK\",\"LRELEASE\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5082 | ,\"\"); #release lock \n\n    if ( $debug_lock ){p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5083 | rint STDERR \"\\n\\n\\n********** END PG: $PROGRAM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5084 |  ($$) *************\\n\";}\n    if ( $debug_lock )\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5085 | {print STDERR \"\\n\\n\\n**********(tcg) LOCKDIR: \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5086 | $LOCKDIR $$ *************\\n\";}\n  }\nEND \n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5087 |     \n    &cleanup();\n  }\n   \n\nsub safe_system\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5088 |  \n{\n  my $com=shift;\n  my $ntry=shift;\n  my $c\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5089 | try=shift;\n  my $pid;\n  my $status;\n  my $ppid=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5090 | getppid();\n  if ($com eq \"\"){return 1;}\n  \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5091 | \n\n  if (($pid = fork ()) < 0){return (-1);}\n  i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5092 | f ($pid == 0)\n    {\n      set_lock($$, \" -SHELL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5093 | - $com (tcg)\");\n      exec ($com);\n    }\n  els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5094 | e\n    {\n      lock4tc ($$, \"LLOCK\", \"LSET\", \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5095 | \"$pid\\n\");#update parent\n      $PIDCHILD=$pid;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5096 | \n    }\n  if ($debug_lock){printf STDERR \"\\n\\t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5097 |  .... safe_system (fasta_seq2hmm)  p: $$ c: $pid C\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5098 | OM: $com\\n\";}\n\n  waitpid ($pid,WTERMSIG);\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5099 |  shift_lock ($pid,$$, \"LWARNING\",\"LWARNING\", \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5100 | "LSET\");\n\n  if ($? == $EXIT_FAILURE || lock4tc(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5101 | $pid, \"LERROR\", \"LCHECK\", \"\"))\n    {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5102 |  if ($ntry && $ctry <$ntry)\n   {\n       add_warning ($\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5103 | $,$$,\"$com failed [retry: $ctry]\");\n   lock4tc \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5104 | ($pid, \"LRELEASE\", \"LERROR\", \"\");\n         return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5105 |  safe_system ($com, $ntry, ++$ctry);\n  }\n      el\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5106 | sif ($ntry == -1)\n     {\n       if (!shift_lock ($pid, $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5107 | $, \"LERROR\", \"LWARNING\", \"LSET\"))\n           {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5108 |       add_warning ($$,$$,\"$com failed\");\n        }\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5109 | \n        else\n            {\n       lock4tc ($pid, \"LRELEAS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5110 | E\", \"LERROR\", \"\");\n           }\n   return $?;}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5111 |      else\n     {\n       if (!shift_lock ($pid,$$, \"LERR\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5112 | OR\",\"LERROR\", \"LSET\"))\n       {\n       myexit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5113 | (add_error ($EXIT_FAILURE,$$,$pid,getppid(), \"UNS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5114 | PECIFIED system\", $com));\n        }\n }\n    }\n  r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5115 | eturn $?;\n}\n\nsub check_configuration \n    {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5116 |      my @l=@_;\n      my $v;\n      foreach my $p \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5117 | (@l)\n  {\n       \n      if   ( $p eq \"EMAIL\")\n         { \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5118 | \n            if ( !($EMAIL=~/@/))\n            {\n             add_warning(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5119 | $$,$$,\"Could Not Use EMAIL\");\n               myexit(add_erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5120 | r ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"EMAIL\",\"$CL\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5121 | ));\n         }\n           }\n   elsif( $p eq \"INTERNET\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5122 | ")\n        {\n       if ( !&check_internet_connectio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5123 | n())\n          {\n               myexit(add_error ($EXIT_FAILURE,$$,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5124 | $$,getppid(),\"INTERNET\",\"$CL\"));\n          }\n         }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5125 | n         elsif( $p eq \"wget\")\n          {\n       if (!&p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5126 | g_is_installed (\"wget\") && !&pg_is_installed (\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5127 | curl\"))\n              {\n               myexit(add_error ($EXIT_FAILURE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5128 | ,$$,$$,getppid(),\"PG_NOT_INSTALLED:wget\",\"$CL\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5129 | ));\n           }\n         }\n   elsif( !(&pg_is_installed ($p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5130 | )))\n       {\n       myexit(add_error ($EXIT_FAILUR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5131 | E,$$,$$,getppid(),\"PG_NOT_INSTALLED:$p\",\"$CL\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5132 | );\n        }\n }\n      return 1;\n    }\nsub pg_is_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5133 | installed\n  {\n    my @ml=@_;\n    my $r, $p, $m;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5134 | \n    my $supported=0;\n    \n    my $p=shift (@ml\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5135 | );\n    if ($p=~/::/)\n      {\n        if (safe_system (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5136 | \"perl -M$p -e 1\")==$EXIT_SUCCESS){return 1;}\n        e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5137 | lse {return 0;}\n      }\n    else\n      {\n   $r=`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5138 | which $p 2>/dev/null`;\n        if ($r eq \"\"){return 0;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5139 | }\n     else {return 1;}\n      }\n  }\n\n\n\nsub chec\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5140 | k_internet_connection\n  {\n    my $internet;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5141 |  my $tmp;\n    &check_configuration ( \"wget\"); \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5142 | n    \n    $tmp=&vtmpnam ();\n    \n    if     (&p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5143 | g_is_installed    (\"wget\")){`wget www.google.com\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5144 |  -O$tmp >/dev/null 2>/dev/null`;}\n    elsif  (&pg\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5145 | _is_installed    (\"curl\")){`curl www.google.com \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5146 | -o$tmp >/dev/null 2>/dev/null`;}\n    \n    if ( !\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5147 | -e $tmp || -s $tmp < 10){$internet=0;}\n    else {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5148 | $internet=1;}\n    if (-e $tmp){unlink $tmp;}\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5149 |    return $internet;\n  }\nsub check_pg_is_install\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5150 | ed\n  {\n    my @ml=@_;\n    my $r=&pg_is_installe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5151 | d (@ml);\n    if (!$r && $p=~/::/)\n      {\n   prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5152 | t STDERR \"\\nYou Must Install the perl package $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5153 |  on your system.\\nRUN:\\n\\tsudo perl -MCPAN -e '\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5154 | install $pg'\\n\";\n      }\n    elsif (!$r)\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5155 |   {\n   myexit(flush_error(\"\\nProgram $p Supported\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5156 |  but Not Installed on your system\"));\n      }\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5157 |    else\n      {\n      return 1;\n      }\n  }\n\n\nsu\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5158 | b remote_is_pdb_name_deprecated\n{\n    my $in=@_[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5159 | 0];\n    my ($ref_file, $pdb);\n    my ($value,$va\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5160 | lue1,$value2);\n    my $max=2;\n    \n    \n    \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5161 |     $ref_file=\"$cache/pdb_entry_type.txt\";\n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5162 | \n    if ( $in=~/[^\\w\\d\\:\\_]/){return 0;}\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5163 |  elsif ($no_remote_pdb_dir==1)\n      {\n       my $pdbd\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5164 | ir=$ENV{'PDB_DIR'};\n   \n      my $r1=\"$pdbdir/derived_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5165 | data/pdb_entry_type.txt\";\n    my $r2=$ref_file;\n     i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5166 | f    (-e $r1){$ref_file=$r1;}\n elsif (-e $r2){$re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5167 | f_file=$r2;}\n  else\n    {\n       my $p=substr ($in,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5168 | 0, 4);\n            add_warning ($$, $$, \"Cannot find pd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5169 | b_entry_type.txt;  $p is assumed to be valid; add \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5170 | ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_entry\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5171 | _type.txt in $cache to check name status\");\n    }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5172 | \n      }\n    elsif ( !-e $ref_file || (-M $ref_f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5173 | ile)>$max || -z $ref_file)\n      {\n   &url2file(\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5174 | ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_entry\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5175 | _type.txt\", $ref_file);\n      }\n    $pdb=substr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5176 |  ($in,0, 4);\n    chomp(($value1=`grep -c $pdb $re\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5177 | f_file`));\n    $pdb=lc($pdb);\n    chomp(($value2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5178 | =`grep -c $pdb $ref_file`));\n    $value=($value1 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5179 | || $value2)?1:0;\n    $value=($value>0)?1:0;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5180 | \n    return $value;\n  }\n","use Cwd;\nuse Env;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~   
./perl_header_lib.h:5180:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5180 | \n    return $value;\n  }\n","use Cwd;\nuse Env;\n\
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5181 | use File::Path;\nuse FileHandle;\nuse strict;\n\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5182 | nour (%MODE, %PG, %ENV_SET, %SUPPORTED_OS);\n\nour\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5183 |  $VERSION=\"0\"; #_#UPDATE_VERSION\n\nour $EXIT_SU\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5184 | CCESS=0;\nour $EXIT_FAILURE=1;\nour $INTERNET=0;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5185 | \nour $CP=\"cp \"; #was causing a crash on MacOSX\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5186 | nour $SILENT=\">/dev/null 2>/dev/null\";\nour $WEB\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5187 | _BASE=\"http://www.tcoffee.org\";\nour $TCLINKDB_A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5188 | DDRESS=\"$WEB_BASE/Resources/tclinkdb.txt\";\nour \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5189 | $OS=get_os();\nour $ROOT=&get_root();\nour $CD=cwd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5190 | ();\nour $CDIR=$CD;\nour $HOME=$ENV{'HOME'};\n\nou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5191 | r $OSNAME=$ENV{'OSNAME'};\nour $OSARCH=$ENV{'OSARC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5192 | H'};\nour $REPO_ROOT=\"\";\n\nour $TCDIR;\nour $TC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5193 | CACHE;\nour $TCTMP;\nour $TCM;\nour $TCMETHODS;\no\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5194 | ur $TCPLUGINS;\nour $PLUGINS_DIR=\"\";\nour $INSTA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5195 | LL_DIR=\"\";\nour $email;\nour $recompile;\n\nour \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5196 | $CXX=\"g++\";\nour $CXXFLAGS=\"\";\n\nour $CPP=\"g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5197 | ++\";\nour $CPPFLAGS=\"\";\n\nour $CC=\"gcc\";\nou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5198 | r $CFLAGS=$ENV{'CFLAGS'};\n\nour $FC=\"f77\";\nour\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5199 |  $FFLAGS=\"\";\n\nmy $install=\"all\";\nmy $defaul\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5200 | t_update_action=\"no_update\";\nmy @required_appli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5201 | cations=(\"wget_OR_curl\");\nmy @smode=(\"all\", \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5202 | "clean\", \"install\");\n\n&initialize_PG();\nmy $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5203 | cl=join( \" \", @ARGV);\nif ($#ARGV==-1 || ($cl=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5204 | -h/) ||($cl=~/-H/) )\n  {\n     print \"\\n!!!!!!!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5205 |  ./install  t_coffee             --> installs t_co\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5206 | ffee only\";\n     print \"\\n!!!!!!! ./install  a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5207 | ll                  --> installs all the modes [mc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5208 | offee, expresso, psicoffee,rcoffee..]\";\n     pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5209 | nt \"\\n!!!!!!! ./install  [mcoffee|rcoffee|..] --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5210 | > installs the specified mode\";\n     print \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5211 | !!!!!!! ./install  -h                   --> print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5212 | usage\\n\\n\";\n     if ( $#ARGV==-1){exit ($EXIT_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5213 | FAILURE);}\n   }\n     \nif (($cl=~/-h/) ||($cl=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5214 | -H/) )\n  {\n    my $m;\n    print \"\\n\\n!!!!!!!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5215 |  advanced mode\\n\";\n    foreach $m ((keys (%MODE\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5216 | )),@smode)\n      {\n   print \"!!!!!!!       ./inst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5217 | all $m\\n\";\n      }\n    \n    print \"!!!!!!! .\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5218 | /install [target:package|mode|] [-update|-force|-e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5219 | xec=dir|-dis=dir|-root|-tclinkdb=file|-] [CC=|FCC=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5220 | |CXX=|CFLAGS=|CXXFLAGS=]\\n\";\n    print \"!!!!!!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5221 | ! ./install clean    [removes all executables]\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5222 | ";\n    print \"!!!!!!! ./install [optional:target\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5223 | ] -update               [updates package already i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5224 | nstalled]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./install [op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5225 | tional:target] -recompile            [forces the r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5226 | ecompilation of T-Coffee]\\n\";\n\n    print \"!!!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5227 | !!!! ./install [optional:target] -force           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5228 |      [Forces recompilation over everything]\\n\";\\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5229 | n    \n    print \"!!!!!!! ./install [optional:tar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5230 | get] -root                 [You are running as roo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5231 | t]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./install [optional:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5232 | target] -exec=/foo/bar/       [address for the T-C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5233 | offee executable]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./ins\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5234 | tall [optional:target] -dis=/foo/bar/        [Addr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5235 | ess where distributions should be stored]\\n\";\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5236 |    print \"!!!!!!! ./install [optional:target] -tc\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5237 | linkdb=foo|update  [file containing all the packag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5238 | es to be installed]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5239 | nstall [optional:target] -clean                [cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5240 | ean everything]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./insta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5241 | ll [optional:target] -plugins              [plugin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5242 | s directory]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./install \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5243 | [optional:target] -tcdir=/foor/bar      [base path\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5244 |  where T-Coffee will be installed - default ~/.t_c\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5245 | offee]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./install [optio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5246 | nal:target] -repo=/path/to/repo   [binaries reposi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5247 | tory root directory]\\n\";\n    print \"!!!!!!! ./\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5248 | install [optional:target] -email=<your email>   [n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5249 | eeded for remote BLAST]\\n\";\n    print \"!!!!!!!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5250 |  ./install [optional:target] -proxy=<proxy>   [may\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5251 |  be needed to access remote services]\\n\";\n    \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5252 | n    print \"!!!!!!! mode:\";\n    foreach $m (key\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5253 | s(%MODE)){print \"$m \";}\n    print \"\\n\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5254 |  print \"!!!!!!! Packages:\";\n    foreach $m (key\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5255 | s (%PG)){print \"$m \";}\n    print \"\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5256 | \n    print \"\\n\\n\";\n    exit ($EXIT_FAILURE);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5257 | \n  }\n\n\n\nmy (@argl)=($cl=~/(\\S+=[^=]+)\\s\\w+\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5258 | =/g);\npush (@argl, ($cl=~/(\\S+=[^=]+\\S)\\s*$/g)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5259 | );\n\nforeach $a (@argl)\n  {\n    if ( ($cl=~/CXX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5260 | =(.*)/)){$CXX=$1;}\n    if ( ($cl=~/-CC=(.*)/    )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5261 | ){$CC=$1;}\n    if ( ($cl=~/-FC=(.*)/    )){$FC=$1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5262 | ;}\n    if ( ($cl=~/-CFLAGS=(.*)/)){$CFLAGS=$1;}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5263 |     if ( ($cl=~/-CXXFLAGS=(.*)/)){$CXXFLAGS=$1;}\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5264 |   }\nour ($ROOT_INSTALL, $NO_QUESTION, $default_up\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5265 | date_action,$BINARIES_ONLY,$force, $default_update\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5266 | _action, $INSTALL_DIR, $PLUGINS_DIR, $DISTRIBUTION\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5267 | S,$tclinkdb, $proxy, $clean);\nif ( ($cl=~/-root/)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5268 | ){$ROOT_INSTALL=1;}\nif ( ($cl=~/-no_question/)){$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5269 | NO_QUESTION=1;}\nif ( ($cl=~/-update/)){$default_u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5270 | pdate_action=\"update\";}\nif ( ($cl=~/-recompile/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5271 | )){$recompile=1;}\n\n\n$BINARIES_ONLY=1;\n\nif ( (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5272 | $cl=~/-nobinaries/)){$BINARIES_ONLY=0;}\nif ( ($cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5273 | =~/-force/)){$force=1;$default_update_action=\"upd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5274 | ate\"}\nif ( ($cl=~/-exec=\\s*(\\S+)/)){$INSTALL_D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5275 | IR=$1;}\nif ( ($cl=~/-plugins=\\s*(\\S+)/)){$PLUGI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5276 | NS_DIR=$1;}\nif ( ($cl=~/-dis=\\s*(\\S+)/)){$DISTR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5277 | IBUTIONS=$1;}\n\nif ( ($cl=~/-tclinkdb=\\s*(\\S+)/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5278 | )){$tclinkdb=$1;}\nif ( ($cl=~/-proxy=\\s*(\\S+)/)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5279 | ){$proxy=$1;}\nif ( ($cl=~/-clean/)){$clean=1;}\ni\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5280 | f ( ($cl=~/-repo=\\s*(\\S+)/)){ $REPO_ROOT=$1; }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5281 | if ( ($cl=~/-tcdir=\\s*(\\S+)/)){ $TCDIR=$1; }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5282 | if ( ($cl=~/-email=\\s*(\\S+)/)){$email=$1;}\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5283 | if ($tclinkdb){&update_tclinkdb ($tclinkdb);}\n\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5284 | nif( $REPO_ROOT ne \"\" ) {\n   if( $OSNAME eq \"\" \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5285 | ) { print \"You have specified the repository fold\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5286 | er but the required \\\"OSNAME\\\" enviroment vari\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5287 | able is missing. \\n\"; exit 1; } \n    if( $OSARCH e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5288 | q \"\" ) { print \"You have specified the reposito\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5289 | ry folder but the required \\\"OSARCH\\\" envirome\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5290 | nt variable is missing. \\n\"; exit 1; } \n}\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5291 | if(!$TCDIR) { $TCDIR=\"$HOME/.t_coffee\"; }\n&add_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5292 | dir ($TCDIR);\n&add_dir ($TCCACHE=\"$TCDIR/cache\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5293 | );\n&add_dir ($TCTMP=\"$CDIR/tmp\");\n&add_dir ($T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5294 | CM=\"$TCDIR/mcoffee\");\n&add_dir ($TCMETHODS=\"$T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5295 | CDIR/methods\");\n&add_dir ($TCPLUGINS=\"$TCDIR/pl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5296 | ugins/$OS\");\n\n\nour $BASE=\"$CD/bin\";\nour $BI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5297 | N=\"$BASE/cache/binaries/$OS\";\nour $DOWNLOAD_DIR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5298 | =\"$BASE/cache/download\";\nour $DOWNLOAD_FILE=\"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5299 | DOWNLOAD_DIR/files\";\nour $TMP=\"$BASE/cache/tmp\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5300 | ";\n\n&add_dir($BASE);\n&add_dir($BIN);\n&add_dir(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5301 | $DOWNLOAD_DIR);\n&add_dir($DOWNLOAD_FILE);\nif (!$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5302 | DISTRIBUTIONS){$DISTRIBUTIONS=\"$DOWNLOAD_DIR/dist\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5303 | ributions\";}\n&add_dir ($DISTRIBUTIONS);\n&add_di\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5304 | r ($TMP);\n\n\nif    (!$PLUGINS_DIR && !$ROOT_INST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5305 | ALL){$PLUGINS_DIR=$TCPLUGINS;}\nelsif (!$PLUGINS_D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5306 | IR &&  $ROOT_INSTALL){$PLUGINS_DIR=\"/usr/local/bi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5307 | n/\";}\n\nif    (!$INSTALL_DIR && !$ROOT_INSTALL){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5308 | $INSTALL_DIR=\"$TCDIR/bin/$OS\";mkpath ($INSTALL_D\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5309 | IR);}\nelsif (!$INSTALL_DIR &&  $ROOT_INSTALL){$IN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5310 | STALL_DIR=\"/usr/local/bin/\";}\n\nif (-d \"mcoffe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5311 | e\"){`cp mcoffee/* $TCM`;}\n\n\nour $ENV_FILE=\"$T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5312 | CDIR/.t_coffee_env\";\nunlink ($ENV_FILE);\n&add2e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5313 | nv_file ($ENV_FILE,\"EMAIL_4_TCOFFEE\", $email);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5314 | &add2env_file ($ENV_FILE,\"http_proxy_4_TCOFFEE\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5315 |  $proxy);\n&env_file2putenv ($ENV_FILE);\n&set_pro\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5316 | xy($proxy);\n\n\n\nmy ($target, $p, $r);\n$target=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5317 | $p;\n\nforeach $p (  ((keys (%PG)),(keys(%MODE)),(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5318 | @smode)) )\n  {\n    if ($ARGV[0] eq $p && $target\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5319 |  eq \"\"){$target=$p;}\n  }\nif ($target eq \"\"){\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5320 | exit ($EXIT_FAILURE);}\n\n\nforeach $r (@required_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5321 | applications)\n  {\n    my @app_list;\n    my $i;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5322 | n    $i=0;\n    \n    @app_list=split (/_OR_/, $r)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5323 | ;\n    foreach my $pg (@app_list)\n      {\n    $i+=&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5324 | pg_is_installed ($pg);\n      }\n    if ($i==0)\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5325 |      {\n      print \"One of the following package\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5326 | s must be installed to proceed: \";\n      foreach\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5327 |  my $pg (@app_list)\n   {\n       print (\"$pg \");\n   }\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5328 | n      die;\n    }\n  }\n\n\n\n\n\n\n&sign_license\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5329 | _ni();\n\n\n$PG{C}{compiler}=get_C_compiler($CC);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5330 | n$PG{Fortran}{compiler}=get_F_compiler($FC);\n$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5331 | CXX}{compiler}=$PG{CPP}{compiler}=$PG{GPP}{compile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5332 | r}=get_CXX_compiler($CXX);\nif ($CXXFLAGS){$PG{CPP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5333 | }{options}=$PG{GPP}{options}=$PG{CXX}{options}=$CX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5334 | XFLAGS;}\nif ($CFLAGS ne \"\" ){$PG{C}{options}=$C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5335 | FLAGS;}\nforeach my $c (keys(%PG))\n  {\n    my $a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5336 | rguments;\n    if ($PG{$c}{compiler})\n      {\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5337 | arguments=\"$PG{$c}{compiler_flag}=$PG{$c}{compile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5338 | r} \";\n        if ($PG{$c}{options})\n   {\n       $argume\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5339 | nts.=\"$PG{$c}{options_flag}='\" . $PG{$c}{options\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5340 | } . \"' \";\n     }\n   $PG{$c}{arguments}=$arguments;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5341 | \n      }\n  }\n\nif ($PG{$target}){$PG{$target}{i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5342 | nstall}=1;}\nelse\n  {\n    foreach my $pg (keys(%\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5343 | PG))\n      {\n if ( $target eq \"all\" || ($PG{$p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5344 | g}{mode}=~/$target/))\n   {\n       $PG{$pg} {instal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5345 | l}=1;\n   }\n      }\n  }\n\nforeach my $pg (keys(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5346 | %PG))\n  {\n    if (!$PG{$pg}{update_action}){$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5347 | $pg}{update_action}=$default_update_action;}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5348 | elsif ($PG{$pg}{update_action} eq \"never\"){$PG{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5349 | pg}{install}=0;}\n    if ( $force && $PG{$pg}{inst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5350 | all})\n      {\n        `rm $BIN/$pg $BIN/$pg.exe $SILENT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5351 | `;\n      }\n    if ($PG{$pg}{update_action} eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5352 | update\" && $PG{$pg}{install}){$PG{$pg}{update}=1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5353 | }\n  }\n\nif (($target=~/clean/))\n  {\n    print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5354 | \"------- cleaning executables -----\\n\";\n    `r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5355 | m bin/* $SILENT`;\n    exit ($EXIT_SUCCESS);\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5356 | n\nif ( !$PG{$target}){print \"------- Installing \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5357 | T-Coffee Modes\\n\";}\n\nforeach my $m (keys(%MODE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5358 | ))\n  {\n    if ( $target eq \"all\" || $target eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5359 |  $m)\n      {\n print \"\\n------- The installer w\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5360 | ill now install the $m components $MODE{$m}{descri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5361 | ption}\\n\";\n  foreach my $pg (keys(%PG))\n      {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5362 |     if ( $PG{$pg}{mode} =~/$m/ && $PG{$pg}{install\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5363 | })\n          {\n               if ($PG{$pg}{touched}){print \"---\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5364 | ---- $PG{$pg}{dname}: already processed\\n\";}\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5365 | else {$PG{$pg}{success}=&install_pg($pg);$PG{$pg}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5366 | touched}=1;}\n        }\n         }\n      }\n  }\n\nif (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5367 |  $PG{$target}){print \"------- Installing Individu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5368 | al Package\\n\";}\nforeach my $pg (keys (%PG))\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5369 | {\n    \n    if ( $PG{$pg}{install} && !$PG{$pg}{t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5370 | ouched})\n      {\n     print \"\\n------- Install $pg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5371 | \\n\";\n        $PG{$pg}{success}=&install_pg($pg);$PG{$p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5372 | g}{touched}=1;\n      }\n  }\nprint \"------- Fini\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5373 | shing The installation\\n\";\nmy $final_report=&in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5374 | stall ($INSTALL_DIR);\n\nprint \"\\n\";\nprint \"*\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5375 | **************************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5376 | ******************\\n\";\nprint \"********        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5377 |       INSTALLATION SUMMARY          **************\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5378 | ***\\n\";\nprint \"*******************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5379 | **************************************\\n\";\nprin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5380 | t \"------- SUMMARY package Installation:\\n\";\np\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5381 | rint \"-------   Executable Installed in: $PLUGINS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5382 | _DIR\\n\";\n\nforeach my $pg (keys(%PG))\n  {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5383 |  if ( $PG{$pg}{install})\n      {\n     my $bin_status\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5384 | =($PG{$pg}{from_binary} && $PG{$pg}{success})?\"[f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5385 | rom binary]\":\"\";\n   if     ( $PG{$pg}{new} && !$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5386 | PG{$pg}{old})                     {print \"*------\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5387 |         $PG{$pg}{dname}: installed $bin_status\\n\\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5388 | "; $PG{$pg}{status}=1;}\n       elsif  ( $PG{$pg}{new} &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5389 | &  $PG{$pg}{old})                     {print \"*--\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5390 | ----        $PG{$pg}{dname}: updated $bin_status\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5391 | n\"  ; $PG{$pg}{status}=1;} \n  elsif  (!$PG{$pg}{n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5392 | ew} &&  $PG{$pg}{old} && !$PG{$pg}{update}){print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5393 | \"*------        $PG{$pg}{dname}: previous\\n\" ; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5394 | $PG{$pg}{status}=1;}\n  elsif  (!$PG{$pg}{new} &&  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5395 | $PG{$pg}{old} &&  $PG{$pg}{update}){print \"*-----\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5396 | -        $PG{$pg}{dname}: failed update (previous \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5397 | installation available)\\n\";$PG{$pg}{status}=0;}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5398 | n       else                                            \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5399 |               {print \"*------        $PG{$pg}{dna\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5400 | me}: failed installation\\n\";$PG{$pg}{status}=0;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5401 | \n      }\n  }\nmy $failure;\n\nif ( !$PG{$target}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5402 | ){print \"*------ SUMMARY mode Installation:\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5403 | }\nforeach my $m (keys(%MODE))\n  {\n  \n    if ( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5404 | $target eq \"all\" || $target eq $m)\n      {\n my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5405 |  $succesful=1;\n        foreach my $pg (keys(%PG))\n      {\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5406 | n           if (($PG{$pg}{mode}=~/$m/) && $PG{$pg}{insta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5407 | ll} && $PG{$pg}{status}==0)\n         {\n               $succesfu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5408 | l=0;\n          print \"*!!!!!!       $PG{$pg}{dname}: Mis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5409 | sing\\n\";\n          }\n         }\n   if ( $succesful)\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5410 | {\n         $MODE{$m}{status}=1;\n          print \"*------\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5411 |        MODE $MODE{$m}{dname} SUCCESSFULLY installe\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5412 | d\\n\";\n         }\n   else\n    {\n       $failure++;\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5413 |  $MODE{$m}{status}=0;\n     print \"*!!!!!!       \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5414 | MODE $MODE{$m}{dname} UNSUCCESSFULLY installed\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5415 | ";\n      }\n      }\n  }\n\n    \n      \nif ($clean\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5416 | ==1 && ($BASE=~/install4tcoffee/) ){print \"*-----\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5417 | - Clean Installation Directory: $BASE\\n\";`rm -rf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5418 |  $BASE`;}\nforeach my $pg (keys(%PG)){if ($PG{$pg}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5419 | {install} && $PG{$pg}{status}==0){exit ($EXIT_FAIL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5420 | URE);}}\n\nif ($failure)\n  {\n    print \"*******\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5421 | **************************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5422 | ************\\n\";\n    print \"********     SOME \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5423 | PACKAGES FAILED TO INSTALL        ****************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5424 | *\\n\";\n    print \"*****************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5425 | ****************************************\\n\";\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5426 |   print \"\\nSome of the reported failures may be \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5427 | due to connectivity problems\";\n    print \"\\nRe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5428 | run the installation and the installer will specif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5429 | ically try to install the missing packages\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5430 |  print \"\\nIf this Fails, go to the original webs\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5431 | ite and install the package manually\";\n  }\n\npr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5432 | int \"********************************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5433 | *************************\\n\";\nprint \"******** \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5434 |              FINALIZE YOUR INSTALLATION    *******\
      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5435 | **********\\n\";\nprint \"************************\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5436 | *********************************************\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5437 | ;\nprint \"------- Your third party executables ar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5438 | e in:\\n\"; \nprint \"-------       $PLUGINS_DIR:\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5439 | \n\";\nprint \"------- Your t_coffee exccutable is\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5440 |  in\\n\";\nprint \"-------       $INSTALL_DIR:\\n\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5441 | ";\nprint \"------- In order to make your installa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5442 | tion permanent add these two lines\\n\";\nprint \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5443 | export PATH=$INSTALL_DIR:\\$PATH\\n\";\nprint \"ex\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5444 | port PLUGINS_4_TCOFFEE=$PLUGINS_DIR:\\n\";\nif ($O\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5445 | S eq \"linux\")\n  {\n    print \"-------       to\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5446 |  the file: $HOME/.bashrc\\n\";\n  }\nelse \n  {\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5447 |    print \"-------       to the file: $HOME/.profi\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5448 | le\\ OR $HOME/.basrc\";\n  }\nexit ($EXIT_SUCCESS)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5449 | ;  \n  \nsub get_CXX_compiler\n  {\n    my $c=@_[0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5450 | ];\n    my (@clist)=(\"g++\");\n    \n    return g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5451 | et_compil ($c, @clist);\n }\nsub get_C_compiler\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5452 |  {\n    my $c=@_[0];\n    my (@clist)=(\"gcc\", \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5453 | cc\", \"icc\");\n    \n    return get_compil ($c, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5454 | @clist);\n }\n\nsub get_F_compiler\n  {\n    my ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5455 | c)=@_[0];\n    my @clist=(\"f77\", \"g77\",\"g95\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5456 | , \"gfortran\", \"ifort\");\n    return get_compil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5457 |  ($c, @clist);\n  } \n       \nsub get_compil\n  {\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5458 | \n    my ($fav,@clist)=(@_);\n    \n    #return th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5459 | e first compiler found installed in the system. Ch\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5460 | eck first the favorite\n    foreach my $c ($fav,@c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5461 | list)\n      {\n        if  (&pg_is_installed ($c)){retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5462 | n $c;}\n      }\n    return \"\";\n  }\nsub exit_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5463 | f_pg_not_installed\n  {\n    my (@arg)=(@_);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5464 | \n    foreach my $p (@arg)\n      {\n   if ( !&pg_is\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5465 | _installed ($p))\n        {\n       print \"!!!!!!!! The \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5466 | $p utility must be installed for this installation\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5467 |  to proceed [FATAL]\\n\";\n         die;\n        }\n      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5468 | }\n    return 1;\n  }\nsub set_proxy\n  {\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5469 | ($proxy)=(@_);\n    my (@list,$p);\n    \n    @lis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5470 | t= (\"HTTP_proxy\", \"http_proxy\", \"HTTP_PROXY\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5471 | , \"ALL_proxy\", \"all_proxy\",\"HTTP_proxy_4_TCOF\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5472 | FEE\",\"http_proxy_4_TCOFFEE\");\n    \n    if (!$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5473 | proxy)\n      {\n       foreach my $p (@list)\n   {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5474 |   if ( ($ENV_SET{$p}) || $ENV{$p}){$proxy=$ENV{$p}\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5475 | ;}\n      }\n      }\n    foreach my $p(@list){$ENV{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5476 | p}=$proxy;}\n  }\n      \nsub check_internet_connection\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5477 | \n  {\n    my $internet;\n    \n    if ( -e \"x\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5478 | {unlink (\"x\");}\n    if     (&pg_is_installed   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5479 |  (\"wget\")){`wget www.google.com -Ox >/dev/null 2\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5480 | >/dev/null`;}\n    elsif  (&pg_is_installed    (\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5481 | curl\")){`curl www.google.com -ox >/dev/null 2>/de\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5482 | v/null`;}\n    else\n      {\n  printf stderr \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5483 | ERROR: No pg for remote file fetching [wget or cur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5484 | l][FATAL]\\n\";\n       exit ($EXIT_FAILURE);\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5485 |     \n    if ( !-e \"x\" || -s \"x\" < 10){$intern\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5486 | et=0;}\n    else {$internet=1;}\n    if (-e \"x\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5487 | {unlink \"x\";}\n    return $internet;\n  }\nsub u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5488 | rl2file\n  {\n    my ($cmd, $file,$wget_arg, $curl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5489 | _arg)=(@_);\n    my ($exit,$flag, $pg, $arg);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5490 |  \n    if ($INTERNET || check_internet_connection \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5491 | ()){$INTERNET=1;}\n    else\n      {\n  print STDER\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5492 | R \"ERROR: No Internet Connection [FATAL:install.p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5493 | l]\\n\";\n      exit ($EXIT_FAILURE);\n      }\n    \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5494 |    if     (&pg_is_installed    (\"wget\")){$pg=\"w\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5495 | get\"; $flag=\"-O\";$arg=\"--tries=2 --connect-tim\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5496 | eout=10 --no-check-certificate $wget_arg\";}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5497 | elsif  (&pg_is_installed    (\"curl\")){$pg=\"curl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5498 | \"; $flag=\"-f -o\";$arg=$curl_arg;}\n    else\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5499 |     {\n printf stderr \"\\nERROR: No pg for remote\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5500 |  file fetching [wget or curl][FATAL]\\n\";\n    exit \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5501 | ($EXIT_FAILURE);\n      }\n    \n    \n    if (-e \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5502 | $file){unlink($file);}\n    $exit=system \"$pg $cm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5503 | d $flag$file $arg\";\n    return $exit;\n  }\n\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5504 | b pg_is_installed\n  {\n    my ($p, $dir)=(@_);\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5505 |    my ($r,$m, $ret);\n    my ($supported, $languag\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5506 | e, $compil);\n    \n  \n    if ( $PG{$p})\n      {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5507 | \n      $language=$PG{$p}{language2};\n $compil=$PG{$la\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5508 | nguage}{compiler};\n      }\n    \n    if ( $compi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5509 | l eq \"CPAN\")\n      {\n       if ( system (\"perl -M$p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5510 |  -e 1\")==$EXIT_SUCCESS){$ret=1;}\n     else {$ret=0;}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5511 | \n      }\n    elsif ($dir)\n      {\n  if (-e \"$d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5512 | ir/$p\" || -e \"$dir/$p\\.exe\"){$ret=1;}\n     else {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5513 | $ret=0;}\n      }\n    elsif (-e \"$PLUGINS_DIR/$p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5514 | \" || -e \"$PLUGINS_DIR/$p.exe\"){$ret=1;}\n    el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5515 | se\n      {\n   $r=`which $p 2>/dev/null`;\n    if ($r \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5516 | eq \"\"){$ret=0;}\n     else {$ret=1;}\n      }\n   \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5517 |     return $ret;\n  }\nsub install\n  {\n    my ($\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5518 | new_bin)=(@_);\n    my ($copied, $report);\n\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5519 | \n    if (!$ROOT_INSTALL)\n      {\n    `$CP $BIN/* $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5520 | PLUGINS_DIR`;\n if (-e \"$BIN/t_coffee\")\n       {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5521 |     `$CP $BIN/t_coffee $INSTALL_DIR`;\n       unli\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5522 | nk(\"$PLUGINS_DIR/t_coffee\");\n          }\n   $copied=1;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5523 | n      }\n    else\n      {\n   $copied=&root_run (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5524 | "You must be root to finalize the installation\", \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5525 | \"$CP $BIN/* $PLUGINS_DIR $SILENT\");\n if (-e \"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5526 | BIN/t_coffee\")\n         {\n       &root_run (\"You must \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5527 | be root to finalize the installation\", \"$CP $BIN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5528 | /t_coffee $INSTALL_DIR\");\n        &root_run (\"You \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5529 | must be root to finalize the installation\", \"rm \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5530 |  $PLUGINS_DIR/t_coffee\");\n      }\n      }\n    \n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5531 |     \n  if ( !$copied)\n    {\n      $report=\"*!!\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5532 | !!!! Installation unsuccesful. The executables hav\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5533 | e been left in $BASE/bin\\n\";\n    }\n  elsif ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5534 | copied && $ROOT)\n    {\n      $report=\"*------ I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5535 | nstallation succesful. Your executables have been \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5536 | copied in $new_bin and are on your PATH\\n\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5537 |  }\n  elsif ( $copied && !$ROOT)\n    {\n      $re\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5538 | port= \"*!!!!!! T-Coffee has been installed in $IN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5539 | STALL_DIR\\n\";\n      $report= \"*!!!!!! T-Coffee\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5540 |  and associated packages have been copied in: $PLU\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5541 | GINS_DIR\\n\";\n      $report.=\"*!!!!!! This T-Co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5542 | ffee location is NOT on your PATH sytem variable\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5543 | n\";\n      if ( $OS eq \"linux\")\n    {\n       $report\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5544 | .=\"*!!!!!! You can do so by adding the following \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5545 | line in your ~/.bashrc file:\\n\";\n    }\n      else\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5546 | \n      {\n       $report.=\"*!!!!!! You can do so by addin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5547 | g the following line in your ~/.profile file:\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5548 | ;\n     }\n      $report.=\"*!!!!!! export PATH=$INSTA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5549 | LL_DIR:\\$PATH\\n\";\n    }\n  return $report;\n}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5550 | n\nsub sign_license_ni\n  {\n    my $F=new FileHan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5551 | dle;\n    open ($F, \"license.txt\");\n    while (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5552 | <$F>)\n      {\n        print \"$_\";\n      }\n    close\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5553 |  ($F);\n    \n    return;\n  }\n\nsub install_pg\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5554 |   {\n    my ($pg)=(@_);\n    my ($report, $previou\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5555 | s, $language, $compiler, $return);\n    \n    if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5556 | !$PG{$pg}{install}){return 1;}\n    \n    $previou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5557 | s=&pg_is_installed ($pg);\n    \n    if ($PG{$pg}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5558 | update_action} eq \"no_update\" && $previous)\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5559 |    {\n  $PG{$pg}{old}=1;\n      $PG{$pg}{new}=0;\n      $retu\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5560 | rn=1;\n      }\n    else\n      {\n     $PG{$pg}{old}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5561 | $previous;\n    \n      if ($PG{$pg} {language2} eq \"Perl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5562 | \"){&install_perl_package ($pg);}\n     elsif ($BINARI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5563 | ES_ONLY && &install_binary_package ($pg)){$PG{$pg}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5564 | {from_binary}=1;}\n     elsif (&install_source_package\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5565 |  ($pg)){;}\n    else \n   {\n       \n      if (!&suppor\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5566 | ted_os($OS))\n        {\n               print \"!!!!!!!! $pg com\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5567 | pilation failed, binary unsupported for $OS\\n\"; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5568 | \n            }\n           elsif (!($PG{$pg}{from_binary}=&i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5569 | nstall_binary_package ($pg)))\n       {\n               print \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5570 | "!!!!!!!! $pg compilation and  binary installation\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5571 |  failed\\n\";\n       }\n         }\n   $PG{$pg}{new}=$ret\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5572 | urn=&pg_is_installed ($pg,$BIN);\n      }\n\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5573 | n    return $return;\n  }\nsub install_perl_packag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5574 | e\n  {\n    my ($pg)=(@_);\n    my ($report, $lang\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5575 | uage, $compiler);\n    \n    $language=$PG{$pg} {l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5576 | anguage2};\n    $compiler=$PG{$language}{compiler}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5577 | ;\n    \n    if (!&pg_is_installed ($pg))\n      {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5578 | \n      if ( $OS eq \"windows\"){`perl -M$compiler -e '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5579 | install $pg'`;}\n       elsif ( $ROOT eq \"sudo\"){syste\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5580 | m (\"sudo perl -M$compiler -e 'install $pg'\");}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5581 |         else {system (\"su root -c perl -M$compiler -e 'i\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5582 | nstall $pg'\");}\n      }\n    return &pg_is_insta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5583 | lled ($pg);\n  }\n\n\n\nsub install_source_package\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5584 | \n  {\n    my ($pg)=(@_);\n    my ($report, $downl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5585 | oad, $arguments, $language, $address, $name, $ext,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5586 |  $main_dir, $distrib);\n    my $wget_tmp=\"$TMP/wg\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5587 | et.tmp\";\n    my (@fl);\n    if ( $default_update\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5588 | _action ne \"update\" && (-e \"$BIN/$pg\" || -e \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5589 | $BIN/$pg.exe\" )  ){return 1;}\n    \n    #\n    #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5590 |  check if the module exists in the repository cach\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5591 | e \n    #\n     if( repo_load($pg) ) {\n                return 1;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5592 | }\n    \n    if ($pg eq \"t_coffee\")  {return   &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5593 | install_t_coffee_source ($pg);}\n    elsif ($pg eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5594 |  \"TMalign\"){return   &install_TMalign ($pg);}\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5595 |    \n    chdir $DISTRIBUTIONS;\n    \n    $downloa\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5596 | d=$PG{$pg}{source};\n    \n    if (($download =~/t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5597 | gz/))\n      {\n        ($address,$name,$ext)=($download=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5598 | ~/(.+\\/)([^\\/]+)(\\.tgz).*/);\n      }\n    elsi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5599 | f (($download=~/tar\\.gz/))\n      {\n  ($address,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5600 | name,$ext)=($download=~/(.+\\/)([^\\/]+)(\\.tar\\.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5601 | gz).*/);\n      }\n    elsif (($download=~/tar/))\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5602 | n      {\n      ($address,$name,$ext)=($download=~/(.+\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5603 | \/)([^\\/]+)(\\.tar).*/);\n      }\n    else\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5604 |   {\n   ($address,$name)=($download=~/(.+\\/)([^\\/]\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5605 | +)/);\n $ext=\"\";\n      }\n    $distrib=\"$name$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5606 | ext\";\n    \n    if ( !-d $pg){mkdir $pg;}\n    c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5607 | hdir $pg;\n   \n    #get the distribution if avail\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5608 | able\n    if ( -e \"$DOWNLOAD_DIR/$distrib\")\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5609 |    {\n  `$CP $DOWNLOAD_DIR/$distrib .`;\n      }\n \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5610 |    #UNTAR and Prepare everything\n    if (!-e \"$n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5611 | ame.tar\" && !-e \"$name\")\n      {\n  &check_rm (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5612 | $wget_tmp);\n   print \"\\n------- Downloading/Insta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5613 | lling $pg\\n\";\n       \n      if (!-e $distrib && &url2file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5614 |  (\"$download\", \"$wget_tmp\")==$EXIT_SUCCESS)\n       \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5615 |   {\n       \n      `mv $wget_tmp $distrib`;\n      `$\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5616 | CP $distrib $DOWNLOAD_DIR/`;\n    }\n\n if (!-e $di\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5617 | strib)\n          {\n       print \"!!!!!!! Download of $pg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5618 |  distribution failed\\n\";\n        print \"!!!!!!! C\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5619 | heck Address: $PG{$pg}{source}\\n\";\n      return \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5620 | 0;\n      }\n   print \"\\n------- unzipping/untaring $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5621 | name\\n\";\n    if (($ext =~/z/))\n       { \n      &flush\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5622 | _command (\"gunzip -f $name$ext\");\n       \n    }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5623 |         if (($ext =~/tar/) || ($ext =~/tgz/))\n   {\n      \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5624 |  &flush_command(\"tar -xvf $name.tar\");\n        }\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5625 |     }\n    #Guess and enter the distribution direc\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5626 | tory\n    @fl=ls($p);\n    foreach my $f (@fl)\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5627 |     {\n if (-d $f)\n      {\n       $main_dir=$f;\n       }\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5628 | \n      }\n    if (-d $main_dir)\n        \n      {\n   c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5629 | hdir $main_dir;}\n    else\n      {\n   print \"Erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5630 | r: $main_dir does not exist\";\n      }\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5631 |  \"\\n------- Compiling/Installing $pg\\n\";\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5632 | `make clean $SILENT`;\n    \n    \n    #\n    # SA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5633 | P module\n    #\n    if ($pg eq \"sap\")\n      {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5634 | n       if (-e \"./configure\")\n         {\n       #new sap dis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5635 | tribution\n         \n      &flush_command (\"./configu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5636 | re\");\n            &flush_command (\"make clean\");\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5637 |   &flush_command (\"make\");\n      &check_cp (\"./\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5638 | src/$pg\", \"$BIN\");\n     repo_store(\"./src/$pg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5639 | \");\n    }\n   else\n    {\n       #old style distribut\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5640 | ion\n       `rm *.o sap  sap.exe ./util/aa/*.o  ./ut\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5641 | il/wt/.o $SILENT`;\n        &flush_command (\"make $a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5642 | rguments sap\");\n          &check_cp ($pg, \"$BIN\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5643 | n           repo_store($pg);\n    }\n      }\n    \n    #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5644 | \n    # CLUSTALW2 module\n    #\n    elsif ($pg eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5645 |  \"clustalw2\")\n      {\n      &flush_command(\"./conf\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5646 | igure\");\n     &flush_command(\"make $arguments\");\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5647 |         &check_cp (\"./src/$pg\", \"$BIN\");\n  repo_store\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5648 | (\"./src/$pg\");\n      }\n\n    #\n    # CLUSTAL-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5649 | OMEGA module\n    #\n    elsif ($pg eq \"clustalo\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5650 | ")\n      {\n   &flush_command(\"./configure\");\n      &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5651 | flush_command(\"make $arguments\");\n   &check_cp (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5652 | "./src/$pg\", \"$BIN\");\n      repo_store(\"./src/$pg\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5653 | ");\n      }\n\n    #\n    # STRIKE module\n    #\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5654 | n    elsif ($pg eq \"strike\")\n      {\n       &flush_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5655 | ommand(\"make $arguments\");\n  &check_cp (\"./bin/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5656 | $pg\", \"$BIN\");\n     repo_store(\"./bin/$pg\");\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5657 |     }\n    \n    #\n    # FSA module\n    # \n    \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5658 | elsif ($pg eq \"fsa\")\n      {\n       &flush_command(\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5659 | "./configure --prefix=$BIN\");\n        &flush_command(\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5660 | make $arguments\");\n   &flush_command (\"make insta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5661 | ll\");\n\n      repo_store(\"fsa\", \"$BIN/bin\");\n    `m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5662 | v $BIN/bin/* $BIN`;\n   `rmdir $BIN/bin`;\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5663 |     \n    #\n    # CLUSTALW module\n    #\n    els\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5664 | if ($pg eq \"clustalw\")\n      {\n     &flush_command\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5665 | (\"make $arguments clustalw\");\n       `$CP $pg $BIN $S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5666 | ILENT`;\n       repo_store($pg);\n      }\n    \n    #\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5667 |     # MAFFT module\n    #\n    elsif ($pg eq \"maf\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5668 | ft\")\n      {\n        my $base=cwd();\n       my $c;\n        \n      #co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5669 | mpile core\n    mkpath (\"./mafft/bin\");\n     mkpath (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5670 | "./mafft/lib\");\n      chdir \"$base/core\";\n `make c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5671 | lean $SILENT`;\n        &flush_command (\"make $arguments\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5672 | \");\n  &flush_command (\"make install LIBDIR=../ma\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5673 | fft/lib BINDIR=../mafft/bin\");\n       \n      #compile exte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5674 | nsion\n chdir \"$base/extensions\";\n   `make clean \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5675 | $SILENT`;\n     &flush_command (\"make $arguments\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5676 | n       &flush_command (\"make install LIBDIR=../mafft/l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5677 | ib BINDIR=../mafft/bin\");\n    \n      #put everything in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5678 |  mafft and copy the compiled stuff in bin\n     chdir \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5679 | \"$base\";\n    if ($ROOT_INSTALL)\n      {\n       &root_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5680 | run (\"You Must be Root to Install MAFFT\\n\", \"m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5681 | kdir /usr/local/mafft/;$CP mafft/lib/* /usr/local/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5682 | mafft;$CP mafft/lib/mafft* /usr/local/bin ;$CP maf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5683 | ft/bin/mafft /usr/local/bin/; \");\n      }\n   else\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5684 |   {\n       `$CP mafft/lib/*  $BIN`;\n      `$CP maff\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5685 | t/bin/mafft  $BIN`;\n     }\n   `tar -cvf mafft.tar ma\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5686 | fft`;\n `gzip mafft.tar`;\n     `mv mafft.tar.gz $BIN`\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5687 | ;\n     \n      repo_store(\"mafft/bin/mafft\", \"mafft/lib\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5688 | /\", \"$BIN/mafft.tar.gz\");\n      }\n      \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5689 |  #\n    # DIALIGN-TX module\n    #\n    elsif ( $p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5690 | g eq \"dialign-tx\" )\n      {\n        my $f;\n        my $base\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5691 | =cwd();\n\n     chdir \"./source\";\n   if ($OS eq \"mac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5692 | osx\"){&flush_command (\"cp makefile.MAC_OS makefi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5693 | le\");}\n\n     &flush_command (\" make CPPFLAGS='-O3 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5694 | -funroll-loops' all\");\n       \n      chdir \"..\";\n &chec\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5695 | k_cp (\"./source/$pg\", \"$BIN\");\n    repo_store(\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5696 | ./source/$pg\");\n      }\n      \n    #\n    # DI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5697 | ALIGN-T module \n    # (is the same as dialign-tx,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5698 |  but it is mantained for backward name compatibili\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5699 | ty with tcoffee)\n    #\n    elsif ( $pg eq \"dial\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5700 | ign-t\" )\n      {\n    my $f;\n        my $base=cwd();\n\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5701 | chdir \"./source\";\n   if ($OS eq \"macosx\"){&flus\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5702 | h_command (\"cp makefile.MAC_OS makefile\");}\n\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5703 | &flush_command (\" make CPPFLAGS='-O3 -funroll-loo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5704 | ps' all\");\n   \n      chdir \"..\";\n &check_cp (\"./so\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5705 | urce/dialign-tx\", \"$BIN/dialign-t\");\n       repo_sto\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5706 | re(\"$BIN/dialign-t\"); \n      }      \n      \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5707 |    #\n    # POA module\n    #\n    elsif ($pg eq \\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5708 | "poa\")\n      {\n      &flush_command (\"make $argumen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5709 | ts poa\");\n    &check_cp (\"$pg\", \"$BIN\");\n        repo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5710 | _store(\"$pg\");\n      }\n     \n     \n    #\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5711 |   # PROBCONS module\n    #\n    elsif ( $pg eq \"p\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5712 | robcons\")\n      {\n   &add_C_libraries(\"./Probabi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5713 | listicModel.h\", \"list\", \"cstring\");\n      \n      `rm \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5714 | *.exe $SILENT`;\n       &flush_command (\"make $argument\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5715 | s probcons\");\n        &check_cp(\"$pg\", \"$BIN/$pg\");\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5716 | \n      repo_store(\"$pg\");\n      }\n      \n    #\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5717 |    # PROBCONS RNA module\n    #\n    elsif ( $pg e\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5718 | q \"probconsRNA\")\n      {\n   &add_C_libraries(\".\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5719 | /ProbabilisticModel.h\", \"list\", \"cstring\");\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5720 |         &add_C_libraries(\"./Main.cc\", \"iomanip\", \"cs\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5721 | tring\",\"climits\");\n `rm *.exe $SILENT`;\n   &flu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5722 | sh_command (\"make $arguments probcons\");\n    &chec\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5723 | k_cp(\"probcons\", \"$BIN/$pg\");\n     repo_store(\"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5724 | BIN/$pg\");\n      }\n\n        #\n     # MUSCLE module\n       #\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5725 |     elsif (  $pg eq \"muscle\")\n      {        \n      `rm *.\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5726 | o muscle muscle.exe $SILENT`;\n if ($OS eq \"macos\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5727 | x\" || $OS eq \"linux\")\n        {\n       &replace_line\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5728 | _in_file (\"./Makefile\", \"LDLIBS = -lm -static\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5729 | ,  \"LDLIBS = -lm\");\n   }\n   elsif ($OS eq \"wind\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5730 | ows\")\n          {\n       &replace_line_in_file (\"./intm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5731 | ath.cpp\",  \"double log2e\",      \"double cedric\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5732 | _log\");\n          &replace_line_in_file (\"./intmath.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5733 | cpp\",  \"double log2\",       \"double log_notuse\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5734 | \");\n      &replace_line_in_file (\"./intmath.cpp\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5735 | ",  \"double cedric_log\", \"double log2e\");\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5736 | }\n     &flush_command (\"make $arguments all\");\n     &c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5737 | heck_cp(\"$pg\", \"$BIN\");\n   repo_store(\"$pg\");\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5738 |         \n      }\n      \n     #\n     # MUS4 module\n  \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5739 |    #\n     elsif (  $pg eq \"mus4\")\n      {\n `r\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5740 | m *.o muscle muscle.exe $SILENT`;\n     &flush_command\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5741 |  (\"./mk\");\n  &check_cp(\"$pg\", \"$BIN\");\n rep\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5742 | o_store(\"$pg\");       \n      }\n      \n    #\n    # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5743 | PCMA module\n    #\n    elsif ( $pg eq \"pcma\")\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5744 |       {\n       if ($OS eq \"macosx\")\n          {\n       &repl\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5745 | ace_line_in_file (\"./alcomp2.c\", \"malloc.h\",  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5746 | \"\");\n          }\n   &flush_command (\"make $arguments p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5747 | cma\");\n       &check_cp(\"$pg\", \"$BIN\");\n repo_sto\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5748 | re(\"$pg\");    \n      }\n      \n    #\n    # KALIG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5749 | N module\n    #\n    elsif ($pg eq \"kalign\")\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5750 |     {\n &flush_command (\"./configure\");\n     &flush\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5751 | _command(\"make $arguments\");\n        &check_cp (\"$pg\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5752 | ",$BIN);\n      repo_store(\"$pg\");    \n      }\n      \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5753 | n    #\n    # AMAP module\n    #\n    elsif ( $pg \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5754 | eq \"amap\")\n      {\n &add_C_libraries(\"./Amap.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5755 | cc\", \"iomanip\", \"cstring\",\"climits\");    \n      `m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5756 | ake clean $SILENT`;\n   &flush_command (\"make $argu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5757 | ments all\");\n &check_cp (\"$pg\", $BIN);\n    repo_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5758 | store(\"$pg\"); \n      }\n      \n    #\n    # PR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5759 | ODA module\n    #\n    elsif ( $pg eq \"proda\")\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5760 |       {\n       `sed -i '' 's/int errno = 0;/int errno; \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5761 | errno = 0;/' Main.cc`;\n        &add_C_libraries(\"Aligne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5762 | dFragment.h\", \"vector\", \"iostream\", \"cstring\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5763 | \",\"cstdlib\");\n      &add_C_libraries(\"Main.cc\", \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5764 | "vector\", \"climits\");        \n      &add_C_libraries(\"Seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5765 | uence.cc\", \"stdlib.h\", \"cstdio\");  \n      &flush_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5766 | ommand (\"make $arguments all\");\n     &check_cp (\"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5767 | pg\", $BIN);\n  repo_store(\"$pg\");    \n      }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5768 |    \n    #\n    # PRANK module\n    #\n    elsif (\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5769 |  $pg eq \"prank\")\n      {\n   &flush_command (\"ma\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5770 | ke $arguments all\");\n &check_cp (\"$pg\", $BIN);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5771 | \n      repo_store(\"$pg\");    \n      }\n      \n    #\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5772 |     # !!!! MUSTANG module\n    #\n     elsif ( $pg\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5773 |  eq \"mustang\")\n      {\n     &flush_command (\"rm .\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5774 | /bin/*\");\n    &flush_command (\"make $arguments all\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5775 | \");\n\n        if ( $OS=~/windows/){&flush_command(\"cp \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5776 | ./bin/* $BIN/mustang.exe\");}\n else {&flush_comma\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5777 | nd(\"cp ./bin/* $BIN/mustang\");}\n     \n      repo_store(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5778 | \"$BIN/mustang\");\n      }\n\n #\n     # RNAplfold mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5779 | dule\n  #\n    elsif ( $pg eq \"RNAplfold\")\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5780 |  {\n    &flush_command(\"./configure\");\n      &flush_com\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5781 | mand (\"make $arguments all\");\n       &check_cp(\"./Pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5782 | ogs/RNAplfold\", \"$BIN\");\n   &check_cp(\"./Progs/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5783 | RNAalifold\", \"$BIN\");\n      &check_cp(\"./Progs/RNA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5784 | fold\", \"$BIN\");\n    \n      repo_store(\"./Progs/RNApl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5785 | fold\", \"./Progs/RNAalifold\", \"./Progs/RNAfold\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5786 | ");\n      }\n      \n    #\n    # !!! RETREE modu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5787 | le\n    #\n    elsif ( $pg eq \"retree\")\n      {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5788 | \n      chdir \"src\";\n        &flush_command (\"cp Makefile.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5789 | unx Makefile\");\n      &flush_command (\"make $argumen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5790 | ts all\");\n    &flush_command (\"make put\");\n        syst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5791 | em \"cp ../exe/* $BIN\";\n      \n      repo_store(\"retree\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5792 | ", \"../exe\");\n      }\n      \n    chdir $CDIR;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5793 |  return &pg_is_installed ($pg, $BIN);\n  }\n\nsub \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5794 | install_t_coffee_source\n  {\n    my ($pg)=(@_);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5795 |     my ($report,$cflags, $arguments, $language, $c\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5796 | ompiler) ;\n\n    #1-Install T-Coffee\n    chdir \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5797 | "t_coffee_source\";\n    &flush_command (\"make cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5798 | ean\");\n    print \"\\n------- Compiling T-Coffee\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5799 | \\n\";\n    $language=$PG{$pg} {language2};\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5800 | arguments=$PG{$language}{arguments};\n    \n    if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5801 |  ( $CC ne \"\")\n      {\n      print \"make -i $argume\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5802 | nts t_coffee \\n\";\n   &flush_command (\"make -i $a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5803 | rguments t_coffee\");\n      }\n    &check_cp ($pg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5804 | , $BIN);\n    \n    chdir $CDIR;\n    return &pg_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5805 | s_installed ($pg, $BIN);\n  }\nsub install_TMalign\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5806 | \n  {\n    my ($pg)=(@_);\n    my $report;\n    ch\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5807 | dir \"t_coffee_source\";\n    print \"\\n------- C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5808 | ompiling TMalign\\n\";\n    `rm TMalign TMalign.ex\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5809 | e $SILENT`;\n    if ( $FC ne \"\"){&flush_command \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5810 | (\"make -i $PG{Fortran}{arguments} TMalign\");}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5811 |    &check_cp ($pg, $BIN);\n    repo_store($pg);\n\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5812 | n    if ( !-e \"$BIN/$pg\" && pg_has_binary_distri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5813 | b ($pg))\n      {\n     print \"!!!!!!! Compilation of\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5814 |  $pg impossible. Will try to install from binary\\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5815 | n\";\n  return &install_binary_package ($pg);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5816 |   }\n    chdir $CDIR;\n    return &pg_is_installed\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5817 |  ($pg, $BIN);\n  }\n\nsub pg_has_binary_distrib\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5818 |  {\n    my ($pg)=(@_);\n    if ($PG{$pg}{windows})\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5819 | {return 1;}\n    elsif ($PG{$pg}{osx}){return 1;}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5820 | n    elsif ($PG{$pg}{macosx}){return 1;}\n\n    el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5821 | sif ($PG{$pg}{linux}){return 1;}\n    return 0;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5822 |  }\nsub install_binary_package\n  {\n    my ($pg)=\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5823 | (@_);\n    my ($base,$report,$name, $download, $ar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5824 | guments, $language, $dir);\n    my $isdir;\n    &i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5825 | nput_os();\n    \n    #\n    # - paolodt - Check i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5826 | f the module exists in the repository cache \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5827 | #\n     if( repo_load($pg) ) {\n            $PG{$pg}{from_bin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5828 | ary}=1;\n               return 1;\n     }\n    # - paolodt - end \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5829 |     \n    if (!&supported_os($OS)){return 0;}\n   \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5830 |  if ( $PG{$pg}{binary}){$name=$PG{$pg}{binary};}\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5831 |     else {$name=$pg;}\n    if ($name eq \"t_coffee\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5832 | \")\n      {\n  #check if local bin is there\n  if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5833 | -e \"./bin/$OS/t_coffee\")\n      {\n       print \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5834 | ------- Installing  T-Coffee from Pre-Compiled/Pre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5835 | -Downloaded $OS binary\\n\";\n      print \"\\n----\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5836 | --- If you want to trigger a fresh compilation use\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5837 |  -recompile\\n\";\n         &check_cp (\"./bin/$OS/t_c\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5838 | offee\", $BIN);\n           return &pg_is_installed ($pg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5839 | , $BIN);\n        }\n   #try to get precompiled binary --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5840 |  available from MAC is distribution from MAC\n  els\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5841 | e\n       {\n       $download=\"$WEB_BASE/Packages/Binar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5842 | ies/tcoffee/$OS/$name.$VERSION\";\n       }\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5843 |     else\n      {\n     $download=\"$WEB_BASE/Packages\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5844 | /Binaries/plugins/$OS/$name\";\n      }\n    \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5845 |  $base=cwd();\n    chdir $TMP;\n    \n    if (!-e \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5846 | $name)\n      {\n       `rm x $SILENT`;\n       if ( url2file(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5847 | \"$download\",\"x\")==$EXIT_SUCCESS)\n    {\n       `\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5848 | mv x $name`;\n    }\n      }\n    \n    if (!-e $na\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5849 | me)\n      {\n  print \"!!!!!!! $PG{$pg}{dname}: Do\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5850 | wnload of $pg binary failed\\n\";\n     print \"!!!!!!\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5851 | ! $PG{$pg}{dname}: Check Address: $download\\n\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5852 | n       chdir $base;\n  return 0;\n      }\n    print \"\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5853 | \n------- Installing $pg\\n\";\n    \n    if ($nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5854 | e =~/tar\\.gz/)\n      {\n      `gunzip  -f $name`;\n   `\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5855 | tar -xvf $pg.tar`;\n    chdir $pg;\n    `chmod u+x *`;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5856 |         `mv * $BIN`;\n  #if (!($pg=~/\\*/)){`rm -rf $pg`;\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5857 | }\n      }\n    else\n      {\n &check_cp (\"$pg\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5858 | , \"$BIN\");\n  `chmod u+x $BIN/$pg`; \n        unlink ($p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5859 | g);\n      }\n    chdir $base;\n    $PG{$pg}{from_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5860 | binary}=1;\n\n    return &pg_is_installed ($pg, $B\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5861 | IN);\n  }\n\n   \nsub add_dir\n  {\n    my $dir=@_[0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5862 | ];\n    \n    if (!-e $dir && !-d $dir)\n      {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5863 |         my @l;\n        umask (0000);\n @l=mkpath ($dir,{mode =>\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5864 |  0777});\n      \n      }\n    else\n      {\n  return 0\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5865 | ;\n      }\n  }\nsub check_rm \n  {\n    my ($file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5866 | )=(@_);\n    \n    if ( -e $file)\n      {\n    retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5867 | n unlink($file);\n      }\n    return 0;\n  }\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5868 |  check_cp\n  {\n    my ($from, $to)=(@_);\n    if \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5869 | ( !-e $from && -e \"$from\\.exe\"){$from=\"$from\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5870 | .exe\";}\n    if ( !-e $from){return 0;}\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5871 | \n    `$CP $from $to`;\n    return 1;\n  }\n\nsub \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5872 | repo_store \n{\n   # check that all required data \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5873 | are available\n   if( $REPO_ROOT eq \"\" ) { retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5874 | n; }\n\n\n    # extract the package name from the \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5875 | specified path\n    my $pg =`basename $_[0]`;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5876 |  chomp($pg);\n  \n    my $VER = $PG{$pg}{version};\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5877 | n    my $CACHE = \"$REPO_ROOT/$pg/$VER/$OSNAME-$OS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5878 | ARCH\"; \n    \n    print \"-------- Storing packa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5879 | ge: \\\"$pg\\\" to path: $CACHE\\n\";\n    \n    #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5880 |  clean the cache path if exists and create it agai\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5881 | n\n    `rm -rf $CACHE`;\n    `mkdir -p $CACHE`;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5882 |    \n   for my $path (@_) {\n\n     # check if it i\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5883 | s a single file \n              if( -f $path ) {\n              `cp $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5884 | path $CACHE`;\n         }\n             # .. or a directory, in this\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5885 |  case copy all the content \n           elsif( -d $path ) {\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5886 | \n                      opendir(IMD, $path);\n                  my @thefiles= readdi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5887 | r(IMD);\n                       closedir(IMD);\n                        \n                      for my $_file \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5888 | (@thefiles) {\n                         if( $_file ne \".\" && $_file n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5889 | e \"..\") {\n                           `cp $path/$_file $CACHE`;\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5890 |                 }\n                     }\n             } \n    }          \n    \n     \n}   \n\nsub repo\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5891 | _load \n{\n    my ($pg)=(@_);\n\n    #Bypass the R\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5892 | epository Cache\n    return 0;\n    # check that a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5893 | ll required data are available\n    if( $REPO_ROOT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5894 |  eq \"\" ) { return 0; }\n\n    my $VER = $PG{$pg}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5895 | {version};\n    my $CACHE = \"$REPO_ROOT/$pg/$VER/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5896 | $OSNAME-$OSARCH\"; \n    if( !-e \"$CACHE/$pg\" ) \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5897 | {\n             print \"-------- Module \\\"$pg\\\" NOT f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5898 | ound on repository cache.\\n\";\n       return 0;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5899 |    }\n    \n    print \"-------- Module \\\"$pg\\\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5900 | " found on repository cache. Using copy on path: $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5901 | CACHE\\n\";\n    `cp $CACHE/* $BIN`;\n    return 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5902 | ;\n}\n\nsub check_file_list_exists \n  {\n    my (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5903 | $base, @flist)=(@_);\n    my $f;\n\n    foreach $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5904 |  (@flist)\n      {\n    if ( !-e \"$base/$f\"){return\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5905 |  0;}\n      }\n    return 1;\n  }\nsub ls\n  {\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5906 |   my $f=@_[0];\n    my @fl;\n    chomp(@fl=`ls -1 \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5907 | $f`);\n    return @fl;\n  }\nsub flush_command\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5908 | {\n    my $command=@_[0];\n    my $F=new FileHandl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5909 | e;\n    open ($F, \"$command|\");\n    while (<$F>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5910 | ){print \"    --- $_\";}\n    close ($F);\n  }    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5911 | \n\nsub input_installation_directory\n  {\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5912 | $dir=@_[0];\n    my $new;\n    \n    print \"-----\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5913 | -- The current installation directory is: [$dir]\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5914 | n\";\n    print \"??????? Return to keep the defau\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5915 | lt or new value:\";\n   \n    if ($NO_QUESTION==0)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5916 | \n      {\n     chomp ($new=<stdin>);\n while ( $new n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5917 | e \"\" && !input_yes (\"You have entered $new. Is \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5918 | this correct? ([y]/n):\"))\n      {\n       print \"???\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5919 | ????New installation directory:\";\n        chomp ($n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5920 | ew=<stdin>);\n    }\n   $dir=($new eq \"\")?$dir:$new\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5921 | ;\n     $dir=~s/\\/$//;\n      }\n    \n    if ( -d $d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5922 | ir){return $dir;}\n    elsif (&root_run (\"You mus\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5923 | t be root to create $dir\",\"mkdir $dir\")==$EXIT_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5924 | SUCCESS){return $dir;}\n    else\n      {\n     print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5925 | \"!!!!!!! $dir could not be created\\n\";\n     if ( $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5926 | NO_QUESTION)\n    {\n       return \"\";\n        }\n   elsi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5927 | f ( &input_yes (\"??????? Do you want to provide a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5928 |  new directory([y]/n)?:\"))\n     {\n       return inp\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5929 | ut_installation_directory ($dir);\n       }\n   else\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5930 |  {\n        return \"\";\n        }\n      }\n    \n  }\ns\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5931 | ub input_yes\n  {\n    my $question =@_[0];\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5932 | y $answer;\n\n    if ($NO_QUESTION==1){return 1;}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5933 | n    \n    if ($question eq \"\"){$question=\"????\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5934 | ??? Do you wish to proceed ([y]/n)?:\";}\n    prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5935 | t $question;\n    chomp($answer=lc(<STDIN>));\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5936 |  if (($answer=~/^y/) || $answer eq \"\"){return 1;\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5937 | }\n    elsif ( ($answer=~/^n/)){return 0;}\n    el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5938 | se\n      {\n   return input_yes($question);\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5939 | }\n  }\nsub root_run\n  {\n    my ($txt, $cmd)=(@_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5940 | );\n    \n    if ( system ($cmd)==$EXIT_SUCCESS){r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5941 | eturn $EXIT_SUCCESS;}\n    else \n      {\n     print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5942 | \"------- $txt\\n\";\n  if ( $ROOT eq \"sudo\"){ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5943 | urn system (\"sudo $cmd\");}\n  else {return system\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5944 |  (\"su root -c \\\"$cmd\\\"\");}\n      }\n  }\nsu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5945 | b get_root\n  {\n    if (&pg_is_installed (\"sudo\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5946 | ")){return \"sudo\";}\n    else {return \"su\";}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5947 |   }\n\nsub get_os\n  {\n    my $raw_os=`uname`;\n \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5948 |    my $os;\n\n    $raw_os=lc ($raw_os);\n    \n   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5949 |  if ($raw_os =~/cygwin/){$os=\"windows\";}\n    el\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5950 | sif ($raw_os =~/linux/){$os=\"linux\";}\n    elsif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5951 |  ($raw_os =~/osx/){$os=\"macosx\";}\n    elsif ($r\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5952 | aw_os =~/darwin/){$os=\"macosx\";}\n    else\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5953 |   {\n   $os=$raw_os;\n      }\n    return $os;\n  }\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5954 | nsub input_os\n  {\n    my $answer;\n    if ($OS) \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5955 | {return $OS;}\n    \n    print \"??????? which os \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5956 | do you use: [w]indows, [l]inux, [m]acosx:?\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5957 |  $answer=lc(<STDIN>);\n\n    if (($answer=~/^m/)){\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5958 | $OS=\"macosx\";}\n    elsif ( ($answer=~/^w/)){$OS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5959 | =\"windows\";}\n    elsif ( ($answer=~/^linux/)){$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5960 | OS=\"linux\";}\n    \n    else\n      {\n       return &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5961 | input_os();\n      }\n    return $OS;\n  }\n\nsub \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5962 | supported_os\n  {\n    my ($os)=(@_[0]);\n    retu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5963 | rn $SUPPORTED_OS{$os};\n  }\n\nsub add2env_file\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5964 |  {\n    my ($env, $var, $value)=(@_);\n    my $F =\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5965 |  new FileHandle;\n    my $t;\n    if (!$value){ret\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5966 | urn;}\n    #make sure new variables do not get dup\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5967 | licated\n    if ( -e $env)\n      {\n   open ($F, \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5968 | $env\");\n      while (<$F>)\n    {\n       my $line=$_;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5969 |             if (!($line=~/$var/)){$t.=$line;}\n   }\n   clo\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5970 | se ($F);\n      }\n    $t.=\"$var=$value\\n\";\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5971 |   open ($F, \">$env\");\n    print $F \"$t\";\n   \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5972 |  $ENV{$var}=$value;\n    close ($F);\n  }    \n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5973 |  \n\n\nsub update_tclinkdb \n  {\n    my $file =@_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5974 | [0];\n    my $name;\n    my $F=new FileHandle;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5975 |   my ($download, $address, $name, $l, $db);\n    \\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5976 | n    if ( $file eq \"update\"){$file=$TCLINKDB_ADD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5977 | RESS;}\n    \n    if ( $file =~/http:\\/\\// || $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5978 | ile =~/ftp:\\/\\//)\n      {\n  ($address, $name)=(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5979 | $download=~/(.*)\\/([^\\/]+)$/);\n      `rm x $SILENT`;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5980 | \n      if (&url2file ($file,\"x\")==$EXIT_SUCCESS)\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5981 |  {\n        print \"------- Susscessful upload of $na\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5982 | me\";\n     `mv x $name`;\n         $file=$name;\n        }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5983 | \n      }\n    open ($F, \"$file\");\n    while (<\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5984 | $F>)\n      {\n my $l=$_;\n     if (($l =~/^\\/\\//) |\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5985 | | ($db=~/^#/)){;}\n     elsif ( !($l =~/\\w/)){;}\n     el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5986 | se\n      {\n       my @v=split (/\\s+/, $l);\n     if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5987 | ( $l=~/^MODE/)\n              {\n               $MODE{$v[1]}{$v[2]}=$v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5988 | [3];\n        }\n           elsif ($l=~/^PG/)\n       {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5989 |                 $PG{$v[1]}{$v[2]}=$v[3];\n            }\n         }\n      \
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5990 | }\n    close ($F);\n    &post_process_PG();\n    r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5991 | eturn;\n  }\n\n\n\nsub initialize_PG\n  {\n\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5992 | "t_coffee\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"TCOFFEE\";\n$PG{\"t_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5993 | coffee\"}{\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5994 | \n$PG{\"t_coffee\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://www.tcof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5995 | fee.org\";\n$PG{\"t_coffee\"}{\"language\"}=\"C++\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5996 | ";\n$PG{\"t_coffee\"}{\"language2\"}=\"CXX\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5997 | {\"t_coffee\"}{\"source\"}=\"http://www.tcoffee.or\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5998 | g/Packages/sources/tcoffee/stable/T-COFFEE_distrib\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 5999 | ution.tar.gz\";\n$PG{\"t_coffee\"}{\"update_action\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6000 | \"}=\"always\";\n$PG{\"t_coffee\"}{\"binary\"}=\"t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6001 | _coffee\";\n$PG{\"t_coffee\"}{\"mode\"}=\"tcoffee,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6002 | mcoffee,rcoffee,expresso,3dcoffee\";\n$PG{\"clusta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6003 | lo\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"CLUSTALO\";\n$PG{\"clustalo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6004 | \"}{\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\n$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6005 | \"clustalo\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://www.clustal.or\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6006 | g/omega/\";\n$PG{\"clustalo\"}{\"language\"}=\"C++\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6007 | \";\n$PG{\"clustalo\"}{\"language2\"}=\"C++\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6008 | G{\"clustalo\"}{\"source\"}=\"http://www.clustal.o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6009 | rg/omega/clustal-omega-1.2.4.tar.gz\";\n$PG{\"clus\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6010 | talo\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"clustalo\"}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6011 | \"binary\"}=\"clustalo\";\n$PG{\"clustalo\"}{\"ver\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6012 | sion\"}=\"1.2.4\";\n$PG{\"strike\"}{\"4_TCOFFEE\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6013 | =\"STRIKE\";\n$PG{\"strike\"}{\"type\"}=\"sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6014 | _alignment_scoring\";\n$PG{\"strike\"}{\"ADDRESS\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6015 | }=\"http://www.tcoffee.org/Projects/strike/index.h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6016 | tml\";\n$PG{\"strike\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6017 | G{\"strike\"}{\"language2\"}=\"CXX\";\n$PG{\"strik\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6018 | e\"}{\"source\"}=\"http://www.tcoffee.org/Projects\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6019 | /strike/strike_v1.2.tar.bz2\";\n$PG{\"strike\"}{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6020 | mode\"}=\"tcoffee,expresso\";\n$PG{\"strike\"}{\"v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6021 | ersion\"}=\"1.2\";\n$PG{\"strike\"}{\"binary\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6022 | strike\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"CLU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6023 | STALW2\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"type\"}=\"sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6024 | _multiple_aligner\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"ADDRESS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6025 | \"}=\"http://www.clustal.org\";\n$PG{\"clustalw2\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6026 | }{\"language\"}=\"C++\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"lan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6027 | guage2\"}=\"CXX\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"source\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6028 | =\"http://www.clustal.org/download/2.0.10/clustalw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6029 | -2.0.10-src.tar.gz\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"mode\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6030 | }=\"mcoffee,rcoffee\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"binar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6031 | y\"}=\"clustalw2\";\n$PG{\"clustalw2\"}{\"version\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6032 | "}=\"2.0.10\";\n$PG{\"clustalw\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6033 | "CLUSTALW\";\n$PG{\"clustalw\"}{\"type\"}=\"sequen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6034 | ce_multiple_aligner\";\n$PG{\"clustalw\"}{\"ADDRES\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6035 | S\"}=\"http://www.clustal.org\";\n$PG{\"clustalw\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6036 | }{\"language\"}=\"C\";\n$PG{\"clustalw\"}{\"langua\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6037 | ge2\"}=\"C\";\n$PG{\"clustalw\"}{\"source\"}=\"htt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6038 | p://www.clustal.org/download/1.X/ftp-igbmc.u-stras\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6039 | bg.fr/pub/ClustalW/clustalw1.82.UNIX.tar.gz\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6040 | G{\"clustalw\"}{\"mode\"}=\"mcoffee,rcoffee\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6041 | G{\"clustalw\"}{\"version\"}=\"1.82\";\n$PG{\"clus\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6042 | talw\"}{\"binary\"}=\"clustalw\";\n$PG{\"dialign-t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6043 | \"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"DIALIGNT\";\n$PG{\"dialign-t\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6044 | "}{\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6045 | "dialign-t\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://dialign-tx.gob\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6046 | ics.de/\";\n$PG{\"dialign-t\"}{\"DIR\"}=\"/usr/sha\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6047 | re/dialign-tx/\";\n$PG{\"dialign-t\"}{\"language\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6048 | }=\"C\";\n$PG{\"dialign-t\"}{\"language2\"}=\"C\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6049 | \n$PG{\"dialign-t\"}{\"source\"}=\"http://dialign-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6050 | tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.2.tar.gz\";\n$PG{\"dia\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6051 | lign-t\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"dialign-t\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6052 | "}{\"binary\"}=\"dialign-t\";\n$PG{\"dialign-t\"}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6053 | \"version\"}=\"1.0.2\";\n$PG{\"dialign-tx\"}{\"4_T\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6054 | COFFEE\"}=\"DIALIGNTX\";\n$PG{\"dialign-tx\"}{\"ty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6055 | pe\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\n$PG{\"dialig\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6056 | n-tx\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://dialign-tx.gobics.de\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6057 | /\";\n$PG{\"dialign-tx\"}{\"DIR\"}=\"/usr/share/di\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6058 | align-tx/\";\n$PG{\"dialign-tx\"}{\"language\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6059 | C\";\n$PG{\"dialign-tx\"}{\"language2\"}=\"C\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6060 | PG{\"dialign-tx\"}{\"source\"}=\"http://dialign-tx\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6061 | .gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.2.tar.gz\";\n$PG{\"diali\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6062 | gn-tx\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"dialign-tx\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6063 | "}{\"binary\"}=\"dialign-tx\";\n$PG{\"dialign-tx\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6064 | }{\"version\"}=\"1.0.2\";\n$PG{\"poa\"}{\"4_TCOFFE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6065 | E\"}=\"POA\";\n$PG{\"poa\"}{\"type\"}=\"sequence_m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6066 | ultiple_aligner\";\n$PG{\"poa\"}{\"ADDRESS\"}=\"ht\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6067 | tp://www.bioinformatics.ucla.edu/poa/\";\n$PG{\"po\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6068 | a\"}{\"language\"}=\"C\";\n$PG{\"poa\"}{\"language\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6069 | 2\"}=\"C\";\n$PG{\"poa\"}{\"source\"}=\"http://dow\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6070 | nloads.sourceforge.net/poamsa/poaV2.tar.gz\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6071 | {\"poa\"}{\"DIR\"}=\"/usr/share/\";\n$PG{\"poa\"}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6072 | \"FILE1\"}=\"blosum80.mat\";\n$PG{\"poa\"}{\"mode\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6073 | "}=\"mcoffee\";\n$PG{\"poa\"}{\"binary\"}=\"poa\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6074 | \n$PG{\"poa\"}{\"version\"}=\"2.0\";\n$PG{\"probco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6075 | ns\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"PROBCONS\";\n$PG{\"probcons\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6076 | \"}{\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\n$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6077 | \"probcons\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://probcons.stanf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6078 | ord.edu/\";\n$PG{\"probcons\"}{\"language2\"}=\"CX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6079 | X\";\n$PG{\"probcons\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6080 | G{\"probcons\"}{\"source\"}=\"http://probcons.stan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6081 | ford.edu/probcons_v1_12.tar.gz\";\n$PG{\"probcons\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6082 | "}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"probcons\"}{\"bin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6083 | ary\"}=\"probcons\";\n$PG{\"probcons\"}{\"version\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6084 | "}=\"1.12\";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6085 | SAPROBS\";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"type\"}=\"sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6086 | _multiple_aligner\";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"ADDRESS\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6087 | "}=\"http://msaprobs.sourceforge.net/homepage.htm#\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6088 | latest\";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"language2\"}=\"CXX\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6089 | ";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6090 | \"msaprobs\"}{\"source\"}=\"https://sourceforge.ne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6091 | t/projects/msaprobs/files/MSAProbs-MPI/MSAProbs-MP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6092 | I_rel1.0.5.tar.gz\";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"mode\"}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6093 | \"mcoffee\";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"binary\"}=\"msap\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6094 | robs\";\n$PG{\"msaprobs\"}{\"version\"}=\"1.05\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6095 | n$PG{\"msaprobs\"}{\"update_action\"}=\"never\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6096 | $PG{\"upp\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"UPP\";\n$PG{\"upp\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6097 | {\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\n$PG{\"u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6098 | pp\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://www.cs.utexas.edu/user\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6099 | s/phylo/software/upp/\";\n$PG{\"upp\"}{\"language2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6100 | \"}=\"CXX\";\n$PG{\"upp\"}{\"language\"}=\"C++\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6101 | n$PG{\"upp\"}{\"source\"}=\"https://github.com/smi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6102 | rarab/pasta/archive/upp.zip\";\n$PG{\"upp\"}{\"mod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6103 | e\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"upp\"}{\"binary\"}=\"upp\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6104 | ";\n$PG{\"upp\"}{\"version\"}=\"1\";\n$PG{\"upp\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6105 | {\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"famsa\"}{\"4\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6106 | _TCOFFEE\"}=\"FAMSA\";\n$PG{\"famsa\"}{\"type\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6107 | "sequence_multiple_aligner\";\n$PG{\"famsa\"}{\"AD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6108 | DRESS\"}=\"https://github.com/refresh-bio/FAMSA\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6109 | \n$PG{\"famsa\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$PG{\"fam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6110 | sa\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$PG{\"famsa\"}{\"sou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6111 | rce\"}=\"https://github.com/refresh-bio/FAMSA.git\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6112 | ";\n$PG{\"famsa\"}{\"mode\"}=\"mcoffee,rcoffee\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6113 | n$PG{\"famsa\"}{\"binary\"}=\"famsa\";\n$PG{\"fams\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6114 | a\"}{\"version\"}=\"1.1\";\n$PG{\"mafft\"}{\"4_TCO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6115 | FFEE\"}=\"MAFFT\";\n$PG{\"mafft\"}{\"type\"}=\"seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6116 | uence_multiple_aligner\";\n$PG{\"mafft\"}{\"ADDRES\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6117 | S\"}=\"http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/onlin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6118 | e/server/\";\n$PG{\"mafft\"}{\"language\"}=\"C\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6119 | n$PG{\"mafft\"}{\"language\"}=\"C\";\n$PG{\"mafft\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6120 | "}{\"source\"}=\"http://mafft.cbrc.jp/alignment/so\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6121 | ftware/mafft-7.310-with-extensions-src.tgz\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6122 | {\"mafft\"}{\"mode\"}=\"mcoffee,rcoffee\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6123 | mafft\"}{\"binary\"}=\"mafft.tar.gz\";\n$PG{\"maff\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6124 | t\"}{\"version\"}=\"7.310\";\n$PG{\"msa\"}{\"4_TCO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6125 | FFEE\"}=\"MSA\";\n$PG{\"msa\"}{\"type\"}=\"sequenc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6126 | e_multiple_aligner\";\n$PG{\"msa\"}{\"ADDRESS\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6127 | "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Schaffer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6128 | /msa.html\";\n$PG{\"msa\"}{\"language\"}=\"C\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6129 | PG{\"msa\"}{\"language\"}=\"C\";\n$PG{\"msa\"}{\"s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6130 | ource\"}=\"ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/msa/msa.tar.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6131 | Z\";\n$PG{\"msa\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6132 | sa\"}{\"binary\"}=\"msa.pl\";\n$PG{\"msa\"}{\"vers\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6133 | ion\"}=\"1.0\";\n$PG{\"msa\"}{\"update_action\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6134 | "never\";\n$PG{\"dca\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"DCA\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6135 | PG{\"dca\"}{\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6136 | ";\n$PG{\"dca\"}{\"ADDRESS\"}=\"https://bibiserv2.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6137 | cebitec.uni-bielefeld.de/dca\";\n$PG{\"dca\"}{\"la\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6138 | nguage\"}=\"C\";\n$PG{\"dca\"}{\"language\"}=\"C\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6139 | ;\n$PG{\"dca\"}{\"source\"}=\"https://bibiserv2.ce\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6140 | bitec.uni-bielefeld.de/applications/dca/resources/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6141 | downloads/dca-1.1-src.tar.gz\";\n$PG{\"dca\"}{\"mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6142 | de\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"dca\"}{\"binary\"}=\"dca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6143 | .pl\";\n$PG{\"dca\"}{\"version\"}=\"1.1\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6144 | dca\"}{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"muscle\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6145 | \"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"MUSCLE\";\n$PG{\"muscle\"}{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6146 | type\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\n$PG{\"musc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6147 | le\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://www.drive5.com/muscle/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6148 | \";\n$PG{\"muscle\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6149 | "muscle\"}{\"language2\"}=\"GPP\";\n$PG{\"muscle\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6150 | }{\"source\"}=\"http://www.drive5.com/muscle/downl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6151 | oads3.7/muscle3.7_src.tar.gz\";\n$PG{\"muscle\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6152 | "windows\"}=\"http://www.drive5.com/muscle/downloa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6153 | ds3.7/muscle3.7_win32.zip\";\n$PG{\"muscle\"}{\"li\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6154 | nux\"}=\"http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6155 | /muscle3.7_linux_ia32.tar.gz\";\n$PG{\"muscle\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6156 | "mode\"}=\"mcoffee,rcoffee\";\n$PG{\"muscle\"}{\"v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6157 | ersion\"}=\"3.7\";\n$PG{\"pcma\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6158 | "PCMA\";\n$PG{\"pcma\"}{\"type\"}=\"sequence_multi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6159 | ple_aligner\";\n$PG{\"pcma\"}{\"ADDRESS\"}=\"http:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6160 | //prodata.swmed.edu/pcma/pcma.php\";\n$PG{\"pcma\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6161 | }{\"language\"}=\"C\";\n$PG{\"pcma\"}{\"language2\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6162 | "}=\"C\";\n$PG{\"pcma\"}{\"source\"}=\"http://prod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6163 | ata.swmed.edu/download/pub/PCMA/pcma.tar.gz\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6164 | G{\"pcma\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"pcma\"}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6165 | \"version\"}=\"1.0\";\n$PG{\"kalign\"}{\"4_TCOFFEE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6166 | \"}=\"KALIGN\";\n$PG{\"kalign\"}{\"type\"}=\"seque\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6167 | nce_multiple_aligner\";\n$PG{\"kalign\"}{\"ADDRESS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6168 | \"}=\"http://msa.cgb.ki.se\";\n$PG{\"kalign\"}{\"l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6169 | anguage\"}=\"C\";\n$PG{\"kalign\"}{\"language2\"}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6170 | \"C\";\n$PG{\"kalign\"}{\"source\"}=\"http://msa.c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6171 | gb.ki.se/downloads/kalign/current.tar.gz\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6172 | "kalign\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"kalign\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6173 | {\"version\"}=\"1.0\";\n$PG{\"amap\"}{\"4_TCOFFEE\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6174 | "}=\"AMAP\";\n$PG{\"amap\"}{\"type\"}=\"sequence_m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6175 | ultiple_aligner\";\n$PG{\"amap\"}{\"ADDRESS\"}=\"h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6176 | ttp://bio.math.berkeley.edu/amap/\";\n$PG{\"amap\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6177 | }{\"language\"}=\"C++\";\n$PG{\"amap\"}{\"language\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6178 | 2\"}=\"CXX\";\n$PG{\"amap\"}{\"source\"}=\"https:/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6179 | /github.com/mes5k/amap-align/archive/amap.zip\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6180 | $PG{\"amap\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"amap\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6181 | }{\"version\"}=\"2.0\";\n$PG{\"amap\"}{\"update_ac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6182 | tion\"}=\"never\";\n$PG{\"proda\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6183 | \"PRODA\";\n$PG{\"proda\"}{\"type\"}=\"sequence_mu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6184 | ltiple_aligner\";\n$PG{\"proda\"}{\"ADDRESS\"}=\"h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6185 | ttp://proda.stanford.edu\";\n$PG{\"proda\"}{\"lang\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6186 | uage\"}=\"C++\";\n$PG{\"proda\"}{\"language2\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6187 | CXX\";\n$PG{\"proda\"}{\"source\"}=\"http://proda.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6188 | stanford.edu/proda_1_0.tar.gz\";\n$PG{\"proda\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6189 | "mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"proda\"}{\"version\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6190 | =\"1.0\";\n$PG{\"prank\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"PRANK\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6191 | ;\n$PG{\"prank\"}{\"type\"}=\"sequence_multiple_al\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6192 | igner\";\n$PG{\"prank\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://www\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6193 | .ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/\";\n$PG{\"prank\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6194 | "language\"}=\"C++\";\n$PG{\"prank\"}{\"language2\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6195 | "}=\"CXX\";\n$PG{\"prank\"}{\"source\"}=\"http://w\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6196 | ww.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/src/prank/prank.src\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6197 | .100802.tgz\";\n$PG{\"prank\"}{\"mode\"}=\"mcoffee\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6198 | \";\n$PG{\"prank\"}{\"version\"}=\"100303\";\n$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6199 | \"sap\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"SAP\";\n$PG{\"sap\"}{\"t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6200 | ype\"}=\"structure_pairwise_aligner\";\n$PG{\"sap\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6201 | "}{\"ADDRESS\"}=\"https://mathbio.crick.ac.uk/wiki\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6202 | /Software#SAP\";\n$PG{\"sap\"}{\"language\"}=\"C\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6203 | ;\n$PG{\"sap\"}{\"language2\"}=\"C\";\n$PG{\"sap\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6204 | }{\"source\"}=\"https://github.com/jkleinj/SAP/arc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6205 | hive/v.1.1.3.tar.gz\";\n$PG{\"sap\"}{\"mode\"}=\"e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6206 | xpresso,3dcoffee\";\n$PG{\"sap\"}{\"version\"}=\"1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6207 | .1.3\";\n$PG{\"sap\"}{\"binary\"}=\"sap\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6208 | TMalign\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"TMALIGN\";\n$PG{\"TMal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6209 | ign\"}{\"type\"}=\"structure_pairwise_aligner\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6210 | $PG{\"TMalign\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://zhanglab.cc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6211 | mb.med.umich.edu/TM-align/TMalign.f\";\n$PG{\"TMal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6212 | ign\"}{\"language\"}=\"Fortran\";\n$PG{\"TMalign\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6213 | }{\"language2\"}=\"Fortran\";\n$PG{\"TMalign\"}{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6214 | source\"}=\"http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6215 | align/TMalign.f\";\n$PG{\"TMalign\"}{\"linux\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6216 | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMalig\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6217 | n_32.gz\";\n$PG{\"TMalign\"}{\"mode\"}=\"expresso,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6218 | 3dcoffee\";\n$PG{\"TMalign\"}{\"version\"}=\"2013.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6219 | 05.11\";\n$PG{\"mustang\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"MUSTAN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6220 | G\";\n$PG{\"mustang\"}{\"type\"}=\"structure_pairw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6221 | ise_aligner\";\n$PG{\"mustang\"}{\"ADDRESS\"}=\"ht\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6222 | tp://lcb.infotech.monash.edu.au/mustang/\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6223 | "mustang\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$PG{\"mustang\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6224 | "}{\"language2\"}=\"CXX\";\n$PG{\"mustang\"}{\"sou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6225 | rce\"}=\"http://lcb.infotech.monash.edu.au/mustang\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6226 | /mustang_v3.2.3.tgz\";\n$PG{\"mustang\"}{\"mode\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6227 | =\"expresso,3dcoffee\";\n$PG{\"mustang\"}{\"versio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6228 | n\"}=\"3.2.3\";\n$PG{\"lsqman\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6229 | LSQMAN\";\n$PG{\"lsqman\"}{\"type\"}=\"structure_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6230 | airwise_aligner\";\n$PG{\"lsqman\"}{\"ADDRESS\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6231 | "empty\";\n$PG{\"lsqman\"}{\"language\"}=\"empty\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6232 | ;\n$PG{\"lsqman\"}{\"language2\"}=\"empty\";\n$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6233 | \"lsqman\"}{\"source\"}=\"empty\";\n$PG{\"lsqman\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6234 | }{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"lsqman\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6235 | "mode\"}=\"expresso,3dcoffee\";\n$PG{\"align_pdb\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6236 | }{\"4_TCOFFEE\"}=\"ALIGN_PDB\";\n$PG{\"align_pdb\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6237 | }{\"type\"}=\"structure_pairwise_aligner\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6238 | "align_pdb\"}{\"ADDRESS\"}=\"empty\";\n$PG{\"align\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6239 | _pdb\"}{\"language\"}=\"empty\";\n$PG{\"align_pdb\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6240 | "}{\"language2\"}=\"empty\";\n$PG{\"align_pdb\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6241 | "source\"}=\"empty\";\n$PG{\"align_pdb\"}{\"update\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6242 | _action\"}=\"never\";\n$PG{\"align_pdb\"}{\"mode\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6243 | }=\"expresso,3dcoffee\";\n$PG{\"fugueali\"}{\"4_TC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6244 | OFFEE\"}=\"FUGUE\";\n$PG{\"fugueali\"}{\"type\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6245 | "structure_pairwise_aligner\";\n$PG{\"fugueali\"}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6246 | \"ADDRESS\"}=\"http://mizuguchilab.org/fugue/\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6247 | $PG{\"fugueali\"}{\"language\"}=\"empty\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6248 | fugueali\"}{\"language2\"}=\"empty\";\n$PG{\"fugue\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6249 | ali\"}{\"source\"}=\"empty\";\n$PG{\"fugueali\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6250 | "update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"fugueali\"}{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6251 | mode\"}=\"expresso,3dcoffee\";\n$PG{\"dalilite.pl\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6252 | "}{\"4_TCOFFEE\"}=\"DALILITEc\";\n$PG{\"dalilite.p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6253 | l\"}{\"type\"}=\"structure_pairwise_aligner\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6254 | G{\"dalilite.pl\"}{\"ADDRESS\"}=\"built_in\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6255 | {\"dalilite.pl\"}{\"ADDRESS2\"}=\"http://www.ebi.a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6256 | c.uk/Tools/webservices/services/dalilite\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6257 | "dalilite.pl\"}{\"language\"}=\"Perl\";\n$PG{\"dal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6258 | ilite.pl\"}{\"language2\"}=\"Perl\";\n$PG{\"dalili\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6259 | te.pl\"}{\"source\"}=\"empty\";\n$PG{\"dalilite.pl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6260 | \"}{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"dalilite.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6261 | pl\"}{\"mode\"}=\"expresso,3dcoffee\";\n$PG{\"prob\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6262 | consRNA\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"PROBCONSRNA\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6263 | probconsRNA\"}{\"type\"}=\"RNA_multiple_aligner\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6264 | \n$PG{\"probconsRNA\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://probc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6265 | ons.stanford.edu/\";\n$PG{\"probconsRNA\"}{\"langu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6266 | age\"}=\"C++\";\n$PG{\"probconsRNA\"}{\"language2\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6267 | "}=\"CXX\";\n$PG{\"probconsRNA\"}{\"source\"}=\"ht\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6268 | tp://probcons.stanford.edu/probconsRNA.tar.gz\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6269 | $PG{\"probconsRNA\"}{\"mode\"}=\"mcoffee,rcoffee\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6270 | ;\n$PG{\"probconsRNA\"}{\"version\"}=\"1.0\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6271 | {\"sfold\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"CONSAN\";\n$PG{\"sfol\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6272 | d\"}{\"type\"}=\"RNA_pairwise_aligner\";\n$PG{\"sf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6273 | old\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://selab.janelia.org/sof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6274 | tware/consan/\";\n$PG{\"sfold\"}{\"language\"}=\"e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6275 | mpty\";\n$PG{\"sfold\"}{\"language2\"}=\"empty\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6276 | n$PG{\"sfold\"}{\"source\"}=\"empty\";\n$PG{\"sfol\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6277 | d\"}{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"sfold\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6278 | {\"mode\"}=\"rcoffee\";\n$PG{\"RNAplfold\"}{\"4_TC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6279 | OFFEE\"}=\"RNAPLFOLD\";\n$PG{\"RNAplfold\"}{\"type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6280 | \"}=\"RNA_secondarystructure_predictor\";\n$PG{\"R\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6281 | NAplfold\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://www.tbi.univie.a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6282 | c.at/RNA/\";\n$PG{\"RNAplfold\"}{\"language\"}=\"C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6283 | \";\n$PG{\"RNAplfold\"}{\"language2\"}=\"C\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6284 | {\"RNAplfold\"}{\"source\"}=\"http://www.tbi.univi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6285 | e.ac.at/RNA/packages/source/ViennaRNA-2.1.9.tar.gz\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6286 | \";\n$PG{\"RNAplfold\"}{\"mode\"}=\"rcoffee,\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6287 | PG{\"RNAplfold\"}{\"binary\"}=\"RNAplfold.tar.gz\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6288 | ;\n$PG{\"RNAplfold\"}{\"version\"}=\"2.1.9\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6289 | {\"retree\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"PHYLIP\";\n$PG{\"ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6290 | ree\"}{\"type\"}=\"Phylogeny\";\n$PG{\"retree\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6291 | "ADDRESS\"}=\"http://evolution.gs.washington.edu/p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6292 | hylip/\";\n$PG{\"retree\"}{\"language\"}=\"C\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6293 | PG{\"retree\"}{\"language2\"}=\"C\";\n$PG{\"retree\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6294 | \"}{\"source\"}=\"http://www.tcoffee.org/Packages/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6295 | mirrors/source/phylip-3.66.tar.gz\";\n$PG{\"retree\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6296 | \"}{\"mode\"}=\"trmsd,\";\n$PG{\"retree\"}{\"binar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6297 | y\"}=\"retree.tar.gz\";\n$PG{\"retree\"}{\"version\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6298 | \"}=\"3.66\";\n$PG{\"hmmtop\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"HM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6299 | MTOP\";\n$PG{\"hmmtop\"}{\"type\"}=\"protein_secon\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6300 | darystructure_predictor\";\n$PG{\"hmmtop\"}{\"ADDR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6301 | ESS\"}=\"www.enzim.hu/hmmtop/\";\n$PG{\"hmmtop\"}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6302 | \"language\"}=\"C\";\n$PG{\"hmmtop\"}{\"language2\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6303 | "}=\"C\";\n$PG{\"hmmtop\"}{\"source\"}=\"http://ww\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6304 | w.tcoffee.org/Packages/mirrors/hmmtop2.1.tgz\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6305 | PG{\"hmmtop\"}{\"binary\"}=\"hmmtop\";\n$PG{\"hmmt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6306 | op\"}{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"hmmtop\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6307 | "}{\"mode\"}=\"psicoffee\";\n$PG{\"hmmtop\"}{\"ver\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6308 | sion\"}=\"2.1\";\n$PG{\"gorIV\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6309 | GOR4\";\n$PG{\"gorIV\"}{\"type\"}=\"protein_second\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6310 | arystructure_predictor\";\n$PG{\"gorIV\"}{\"ADDRES\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6311 | S\"}=\"http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6312 | \n$PG{\"gorIV\"}{\"language\"}=\"C\";\n$PG{\"gorIV\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6313 | \"}{\"language2\"}=\"C\";\n$PG{\"gorIV\"}{\"source\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6314 | \"}=\"http://www.tcoffee.org/Packages/mirrors/GOR_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6315 | IV.tar.gz\";\n$PG{\"gorIV\"}{\"update_action\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6316 | never\";\n$PG{\"gorIV\"}{\"mode\"}=\"tcoffee\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6317 | PG{\"wublast.pl\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"EBIWUBLASTc\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6318 | \n$PG{\"wublast.pl\"}{\"type\"}=\"protein_homology\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6319 | _predictor\";\n$PG{\"wublast.pl\"}{\"ADDRESS\"}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6320 | built_in\";\n$PG{\"wublast.pl\"}{\"ADDRESS2\"}=\"h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6321 | ttp://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/wub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6322 | last\";\n$PG{\"wublast.pl\"}{\"language\"}=\"Perl\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6323 | ";\n$PG{\"wublast.pl\"}{\"language2\"}=\"Perl\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6324 | $PG{\"wublast.pl\"}{\"source\"}=\"empty\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6325 | wublast.pl\"}{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6326 | "wublast.pl\"}{\"mode\"}=\"psicoffee,expresso,accu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6327 | rate\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"EBI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6328 | BLASTPGPc\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"type\"}=\"pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6329 | tein_homology_predictor\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6330 | "ADDRESS\"}=\"built_in\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6331 | ADDRESS2\"}=\"http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservic\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6332 | es/services/blastpgp\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"la\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6333 | nguage\"}=\"Perl\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"langua\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6334 | ge2\"}=\"Perl\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"source\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6335 | =\"empty\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"update_action\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6336 | "}=\"never\";\n$PG{\"blastpgp.pl\"}{\"mode\"}=\"ps\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6337 | icoffee,expresso,accurate\";\n$PG{\"blastall\"}{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6338 | 4_TCOFFEE\"}=\"blastall\";\n$PG{\"blastall\"}{\"ty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6339 | pe\"}=\"protein_homology_predictor\";\n$PG{\"blast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6340 | all\"}{\"ADDRESS\"}=\"ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6341 | /executables/LATEST\";\n$PG{\"blastall\"}{\"langua\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6342 | ge\"}=\"C\";\n$PG{\"blastall\"}{\"language2\"}=\"C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6343 | \";\n$PG{\"blastall\"}{\"source\"}=\"ftp://ftp.ncb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6344 | i.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.6.0/ncbi-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6345 | blast-2.6.0+-src.tar.gz\";\n$PG{\"blastall\"}{\"up\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6346 | date_action\"}=\"never\";\n$PG{\"blastall\"}{\"mod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6347 | e\"}=\"psicoffee,expresso,3dcoffee\";\n$PG{\"legac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6348 | y_blast.pl\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"NCBIBLAST\";\n$PG{\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6349 | "legacy_blast.pl\"}{\"type\"}=\"protein_homology_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6350 | redictor\";\n$PG{\"legacy_blast.pl\"}{\"ADDRESS\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6351 | =\"ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6352 | \";\n$PG{\"legacy_blast.pl\"}{\"language\"}=\"C\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6353 | \n$PG{\"legacy_blast.pl\"}{\"language2\"}=\"C\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6354 | $PG{\"legacy_blast.pl\"}{\"source\"}=\"ftp://ftp.n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6355 | cbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.6.0/ncb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6356 | i-blast-2.6.0+-src.tar.gz\";\n$PG{\"legacy_blast.p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6357 | l\"}{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"legacy_b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6358 | last.pl\"}{\"mode\"}=\"psicoffee,expresso,3dcoffee\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6359 | \";\n$PG{\"SOAP::Lite\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"SOAPLITE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6360 | \";\n$PG{\"SOAP::Lite\"}{\"type\"}=\"library\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6361 | PG{\"SOAP::Lite\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://cpansearc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6362 | h.perl.org/src/MKUTTER/SOAP-Lite-0.710.08/Makefile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6363 | .PL\";\n$PG{\"SOAP::Lite\"}{\"language\"}=\"Perl\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6364 | ;\n$PG{\"SOAP::Lite\"}{\"language2\"}=\"Perl\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6365 | PG{\"SOAP::Lite\"}{\"source\"}=\"empty\";\n$PG{\"S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6366 | OAP::Lite\"}{\"update_action\"}=\"never\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6367 | SOAP::Lite\"}{\"mode\"}=\"none\";\n$PG{\"XML::Simp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6368 | le\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"XMLSIMPLE\";\n$PG{\"XML::Si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6369 | mple\"}{\"type\"}=\"library\";\n$PG{\"XML::Simple\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6370 | "}{\"ADDRESS\"}=\"http://search.cpan.org/~grantm/X\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6371 | ML-Simple-2.18/lib/XML/Simple.pm\";\n$PG{\"XML::Si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6372 | mple\"}{\"language\"}=\"Perl\";\n$PG{\"XML::Simple\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6373 | \"}{\"language2\"}=\"Perl\";\n$PG{\"XML::Simple\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6374 | {\"source\"}=\"empty\";\n$PG{\"XML::Simple\"}{\"mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6375 | de\"}=\"psicoffee,expresso,accurate\";\n$PG{\"x3dn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6376 | a\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"x3dna\";\n$PG{\"x3dna\"}{\"t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6377 | ype\"}=\"RNA_secondarystructure_predictor\";\n$PG{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6378 | \"x3dna\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://x3dna.bio.columbi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6379 | a.edu/\";\n$PG{\"x3dna\"}{\"source\"}=\"http://www\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6380 | .tcoffee.org/Packages/mirrors/source/x3dna-v2.3-li\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6381 | nux-64bit.tar.gz\";\n$PG{\"x3dna\"}{\"mode\"}=\"sa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6382 | racoffee\";\n$PG{\"x3dna\"}{\"update_action\"}=\"n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6383 | ever\";\n$PG{\"fsa\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"FSA\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6384 | {\"fsa\"}{\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6385 | \n$PG{\"fsa\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://fsa.sourcefor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6386 | ge.net/\";\n$PG{\"fsa\"}{\"language\"}=\"C++\";\n$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6387 | PG{\"fsa\"}{\"language2\"}=\"CXX\";\n$PG{\"fsa\"}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6388 | \"source\"}=\"http://sourceforge.net/projects/fsa/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6389 | files/fsa-1.15.3.tar.gz/download/\";\n$PG{\"fsa\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6390 | {\"mode\"}=\"mcoffee\";\n$PG{\"fsa\"}{\"version\"}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6391 | =\"1.15.3\";\n$PG{\"fsa\"}{\"update_action\"}=\"ne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6392 | ver\";\n$PG{\"mus4\"}{\"4_TCOFFEE\"}=\"MUS4\";\n$P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6393 | G{\"mus4\"}{\"type\"}=\"sequence_multiple_aligner\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6394 | ";\n$PG{\"mus4\"}{\"ADDRESS\"}=\"http://www.drive5\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6395 | .com/muscle/\";\n$PG{\"mus4\"}{\"language\"}=\"C++\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6396 | \";\n$PG{\"mus4\"}{\"language2\"}=\"GPP\";\n$PG{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6397 | mus4\"}{\"source\"}=\"http://www.drive5.com/muscle\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6398 | /muscle4.0_src.tar.gz\";\n$PG{\"mus4\"}{\"mode\"}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6399 | \"mcoffee,rcoffee\";\n$PG{\"mus4\"}{\"version\"}=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6400 | "4.0\";\n$PG{\"mus4\"}{\"update_action\"}=\"never\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6401 | ";\n$MODE{\"tcoffee\"}{\"name\"}=\"tcoffee\";\n$MO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6402 | DE{\"rcoffee\"}{\"name\"}=\"rcoffee\";\n$MODE{\"3d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6403 | coffee\"}{\"name\"}=\"3dcoffee\";\n$MODE{\"mcoffee\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6404 | \"}{\"name\"}=\"mcoffee\";\n$MODE{\"expresso\"}{\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6405 | name\"}=\"expresso\";\n$MODE{\"trmsd\"}{\"name\"}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6406 | \"trmsd\";\n$MODE{\"accurate\"}{\"name\"}=\"accura\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6407 | te\";\n$MODE{\"seq_reformat\"}{\"name\"}=\"seq_ref\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6408 | ormat\";\n\n\n$PG{C}{compiler}=\"gcc\";\n$PG{C}{co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6409 | mpiler_flag}=\"CC\";\n$PG{C}{options}=\"\";\n$PG{C\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6410 | }{options_flag}=\"CFLAGS\";\n$PG{C}{type}=\"compil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6411 | er\";\n\n$PG{\"CXX\"}{compiler}=\"g++\";\n$PG{\"CX\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6412 | X\"}{compiler_flag}=\"CXX\";\n$PG{\"CXX\"}{options\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6413 | }=\"\";\n$PG{\"CXX\"}{options_flag}=\"CXXFLAGS\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6414 | n$PG{CXX}{type}=\"compiler\";\n\n$PG{\"CPP\"}{comp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6415 | iler}=\"g++\";\n$PG{\"CPP\"}{compiler_flag}=\"CPP\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6416 | ";\n$PG{\"CPP\"}{options}=\"\";\n$PG{\"CPP\"}{opti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6417 | ons_flag}=\"CPPFLAGS\";\n$PG{CPP}{type}=\"compiler\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6418 | \";\n\n$PG{\"GPP\"}{compiler}=\"g++\";\n$PG{\"GPP\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6419 | "}{compiler_flag}=\"GPP\";\n$PG{\"GPP\"}{options}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6420 | \"\";\n$PG{\"GPP\"}{options_flag}=\"CFLAGS\";\n$PG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6421 | {GPP}{type}=\"compiler\";\n\n$PG{Fortran}{compiler\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6422 | }=\"g77\";\n$PG{Fortran}{compiler_flag}=\"FCC\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6423 | $PG{Fortran}{type}=\"compiler\";\n\n$PG{Perl}{comp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6424 | iler}=\"CPAN\";\n$PG{Perl}{type}=\"compiler\";\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6425 | $SUPPORTED_OS{macosx}=\"Macintosh\";\n$SUPPORTED_O\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6426 | S{linux}=\"Linux\";\n$SUPPORTED_OS{windows}=\"Cygw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6427 | in\";\n\n\n\n$MODE{t_coffee}{description}=\" for r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6428 | egular multiple sequence alignments\";\n$MODE{rcof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6429 | fee} {description}=\" for RNA multiple sequence al\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6430 | ignments\";\n\n$MODE{psicoffee} {description}=\" f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6431 | or Homology Extended multiple sequence alignments\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6432 | ";\n$MODE{expresso}{description}=\" for very accur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6433 | ate structure based multiple sequence alignments\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6434 | ;\n$MODE{\"3dcoffee\"}{description}=\" for multipl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6435 | e structure alignments\";\n$MODE{mcoffee} {descrip\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6436 | tion}=\" for combining alternative multiple sequen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6437 | ce alignment packages\\n------- into a unique meta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6438 | -package. The installer will upload several MSA pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6439 | ckages and compile them\\n\n\";\n\n\n&post_process\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6440 | _PG();\nreturn;\n}\n\nsub post_process_PG\n  {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6441 |   my $p;\n    \n    %PG=&name2dname (%PG);\n    %M\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6442 | ODE=&name2dname(%MODE);\n    foreach $p (keys(%PG)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6443 | ){if ( $PG{$p}{type} eq \"compiler\"){$PG{$p}{upda\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6444 | te_action}=\"never\";}}\n    \n  }\n\nsub name2dna\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6445 | me\n  {\n    my (%L)=(@_);\n    my ($l, $ml);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6446 |  \n    foreach my $pg (keys(%L))\n      {\n     $l=len\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6447 | gth ($pg);\n    if ( $l>$ml){$ml=$l;}\n      }\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6448 | ml+=1;\n    foreach my $pg (keys(%L))\n      {\n        m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6449 | y $name;\n      $l=$ml-length ($pg);\n  $name=$pg;\n    for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6450 |  ( $b=0; $b<$l; $b++)\n   {\n       $name .=\" \";\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6451 |           }\n   $L{$pg}{dname}=$name;\n      }\n    return \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6452 | %L;\n  }\n\nsub env_file2putenv\n  {\n    my $f=@_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6453 | [0];\n    my $F=new FileHandle;\n    my $n;\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6454 | n    open ($F, \"$f\");\n    while (<$F>)\n      {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6455 | \n      my $line=$_;\n  my($var, $value)=($_=~/(\\S+)\\=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6456 | (\\S*)/);\n     $ENV{$var}=$value;\n    $ENV_SET{$var}=1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6457 | \n      $n++;\n      }\n    close ($F);\n    return $n;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6458 | \n  }\n\nsub replace_line_in_file\n  {\n    my ($f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6459 | ile, $wordin, $wordout)=@_;\n    my $O=new FileHan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6460 | dle;\n    my $I=new FileHandle;\n    my $l;\n    i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6461 | f (!-e $file){return;}\n    \n    system (\"mv $fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6462 | le $file.old\");\n    open ($O, \">$file\");\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6463 | open ($I, \"$file.old\");\n    while (<$I>)\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6464 |  {\n    $l=$_;\n        if (!($l=~/$wordin/)){print $O \"$l\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6465 | ";}\n   elsif ( $wordout ne \"\"){$l=~s/$wordin/$wor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6466 | dout/g;print $O \"$l\";}\n      }\n    close ($O);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6467 | \n    close ($I);\n    return;\n  }\n\nsub add_C_l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6468 | ibraries\n  {\n   my ($file,$first,@list)=@_;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6469 | \n    my $O=new FileHandle;\n    my $I=new FileHan\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6470 | dle;\n    my ($l,$anchor);\n    if (!-e $file){ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6471 | urn;}\n   \n    $anchor=\"#include <$first>\";\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6472 | \n    system (\"mv $file $file.old\");\n    open (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6473 | $O, \">$file\");\n    open ($I, \"$file.old\");\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6474 |    while (<$I>)\n      {\n      $l=$_;\n        print $O \"$l\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6475 | ";\n    if (!($l=~/$anchor/))\n    {\n      \n      for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6476 | each my $lib (@list)\n         {\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6477 |  print $O \"#include <$lib>\\n\";\n            }\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6478 |        }\n      }\n    close ($O);\n    close ($I)\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6479 | ;\n    return;\n    }\n","use Env;\nuse Cwd;\n@suf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      
./perl_header_lib.h:6479:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6479 | ;\n    return;\n    }\n","use Env;\nuse Cwd;\n@suf\
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6480 | fix=(\"tmp\", \"temp\", \"cache\", \"t_coffee\", \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6481 | "core\", \"tcoffee\");\n\nif ($#ARGV==-1)\n  {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6482 |   print \"clean_cache.pl -file <file to add in -di\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6483 | r> -dir=<dir> -size=<value in Mb>\\n0: unlimited -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6484 | 1 always.\\nWill only clean directories matching:[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6485 | \";\n    foreach $k(@suffix){print \"*$k* \";}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6486 |   print \"]\\n\";\n    exit (EXIT_FAILURE);\n  }\n\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6487 | \n$cl=join (\" \",@ARGV);\nif (($cl=~/\\-no_action\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6488 | /))\n  {\n    exit (EXIT_SUCCESS);\n  }\n\nif (($c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6489 | l=~/\\-debug/))\n  {\n    $DEBUG=1;\n  }\nelse\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6490 | {\n    $DEBUG=0;\n  }\n\nif (($cl=~/\\-dir=(\\S+)/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6491 | ))\n  {\n    $dir=$1;\n  }\nelse\n  {\n    $dir=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6492 | ./\";\n  }\n\nif ($cl=~/\\-file=(\\S+)/)\n  {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6493 |  $file=$1;\n  }\nelse\n  {\n    $file=0;\n  }\n\ni\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6494 | f ($cl=~/\\-size=(\\S+)/)\n  {\n    $max_size=$1;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6495 | n  }\nelse\n  {\n    $max_size=0;#unlimited\n  }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6496 | if ($cl=~/\\-force/)\n  {\n    $force=1;\n  }\nels\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6497 | e\n  {\n    $force=0;\n  }\n\nif ($cl=~/\\-age=(\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6498 | S+)/)\n  {\n    $max_age=$1;\n  }\nelse\n  {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6499 | $max_age=0;#unlimited\n  }\n\n$max_size*=1000000;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6500 | nif ( ! -d $dir)\n  {\n    print STDERR \"\\nCanno\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6501 | t process $dir: does not exist \\n\";\n    exit (E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6502 | XIT_FAILURE);\n  }\n\nif ( !($dir=~/^\\//))\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6503 |     $base=cwd();\n    $dir=\"$base/$dir\";\n  }\n\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6504 | n$proceed=0;\nforeach $s (@suffix)\n  {\n    \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6505 |  if (($dir=~/$s/)){$proceed=1;}\n    $s=uc ($s);\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6506 |     if (($dir=~/$s/)){$proceed=1;}\n  }\nif ( $pro\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6507 | ceed==0)\n  {\n    print STDERR \"Clean_cache.pl c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6508 | an only clean directories whose absolute path name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6509 |  contains the following strings:\";\n    foreach $\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6510 | w (@suffix) {print STDERR \"$w \";$w=lc($w); print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6511 |  STDERR \"$w \";}\n    print STDERR \"\\nCannot pr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6512 | ocess $dir\\n\";\n    exit (EXIT_FAILURE);\n  }\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6513 | n$name_file=\"$dir/name_file.txt\";\n$size_file=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6514 | $dir/size_file.txt\";\nif ( $force){&create_ref_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6515 | le ($dir,$name_file,$size_file);}\nif ($file){&add\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6516 | _file ($dir, $name_file, $size_file, $file);}\n&cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6517 | ean_dir ($dir, $name_file, $size_file, $max_size,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6518 | max_age);\nexit (EXIT_SUCCESS);\n\nsub clean_dir \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6519 | n  {\n    my ($dir, $name_file, $size_file, $max_s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6520 | ize, $max_age)=@_;\n    my ($tot_size, $size, $f, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6521 | $s);\n\n  \n    $tot_size=&get_tot_size ($dir, $na\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6522 | me_file, $size_file);\n\n    if ( $tot_size<=$max_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6523 | size){return ;}\n    else {$max_size/=2;}\n    \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6524 |    #recreate the name file in case some temprary f\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6525 | iles have not been properly registered\n    &creat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6526 | e_ref_file ($dir, $name_file, $size_file, $max_age\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6527 | );\n  \n    $new_name_file=&vtmpnam();\n    open (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6528 | R, \"$name_file\");\n    open (W, \">$new_name_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6529 | e\");\n    while (<R>)\n      {\n       my $line=$_;\n  \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6530 | n       ($f, $s)=($line=~/(\\S+) (\\S+)/);\n    if ( !($f=~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6531 | /\\S/)){next;}\n        \n      elsif ($max_size && $tot_size>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6532 | =$max_size && !($f=~/name_file/))\n       {\n       remo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6533 | ve ( \"$dir/$f\");\n        $tot_size-=$s;\n      }\n   el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6534 | sif ( $max_age && -M(\"$dir/$f\")>=$max_age)\n    {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6535 | \n          remove ( \"$dir/$f\");\n        $tot_size-=$s;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6536 | \n        }\n   else\n    {\n       print W \"$f $s\\n\";\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6537 |   }\n      }\n    close (R);\n    close (W);\n    \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6538 | open (F, \">$size_file\");\n    print F \"$tot_siz\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6539 | e\";\n    if ( -e $new_name_file){`mv $new_name_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6540 | le $name_file`;}\n    close (F);\n  }\nsub get_tot\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6541 | _size\n  {\n    my ($dir, $name_file, $size_file)=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6542 | @_;\n    my $size;\n    \n    if ( !-d $dir){retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6543 | n 0;}\n    if ( !-e $name_file)\n      {\n      \n      &cre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6544 | ate_ref_file ($dir, $name_file, $size_file);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6545 |   }\n    open (F, \"$size_file\");\n    $size=<F>;\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6546 | \n    close (F);\n    chomp ($size);\n    return $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6547 | size;\n  }\nsub size \n  {\n    my $f=@_[0];\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6548 |   if ( !-d $f){return -s($f);}\n    else {return &\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6549 | dir2size($f);}\n  }\nsub dir2size\n  {\n    my $d=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6550 | @_[0];\n    my ($s, $f);\n    \n    if ( !-d $d) {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6551 | return 0;}\n    \n    foreach $f (&dir2list ($d))\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6552 | n      {\n      if ( -d $f){$s+=&dir2size (\"$d/$f\");}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6553 | \n      else {$s+= -s \"$dir/$f\";}\n      }\n    retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6554 | n $s;\n  }\n\nsub remove \n  {\n    my $file=@_[0]\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6555 | ;\n    my ($f);\n    \n    debug_print( \"--- $fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6556 | e ---\\n\");\n    if (($file eq \".\") || ($file e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6557 | q \"..\") || ($file=~/\\*/)){return EXIT_FAILURE;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6558 | \n    elsif ( !-d $file)\n      {\n     debug_print (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6559 | "unlink $file\\n\");\n  if (-e $file){unlink ($file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6560 | );}\n      }\n    elsif ( -d $file)\n      {\n  deb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6561 | ug_print (\"++++++++ $file +++++++\\n\");\n     foreac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6562 | h $f (&dir2list($file))\n         {\n       &remove (\"$fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6563 | le/$f\");\n       }\n   debug_print (\"rmdir $file\\n\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6564 | ;\n     rmdir $file;\n      }\n    else\n      {\n      deb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6565 | ug_print (\"????????? $file ????????\\n\");\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6566 |  }\n    return EXIT_SUCCESS;\n  }\n\nsub dir2list\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6567 | n  {\n    my $dir=@_[0];\n    my (@list1, @list2,@\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6568 | list3, $l);\n\n    opendir (DIR,$dir);\n    @list1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6569 | =readdir (DIR);\n    closedir (DIR);\n    \n    fo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6570 | reach $l (@list1)\n      {\n    if ( $l ne \".\" && $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6571 | l ne \"..\"){@list2=(@list2, $l);}\n      }\n    @\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6572 | list3 = sort { (-M \"$dir/$list2[$b]\") <=> (-M \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6573 | $dir/$list2[$a]\")} @list2;\n    return @list3;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6574 |    \n  }\n\nsub debug_print\n  {\n    \n    if ($D\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6575 | EBUG==1){print @_;}\n    \n  }\nsub create_ref_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6576 | e\n  {\n    my ($dir,$name_file,$size_file)=@_;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6577 |    my ($f, $s, $tot_size, @l);\n    \n    if ( !-d\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6578 |  $dir){return;}\n    \n    @l=&dir2list ($dir);\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6579 |    open (F, \">$name_file\");\n    foreach $f (@l)\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6580 | \n      {\n     $s=&size(\"$dir/$f\");\n        $tot_size+=$s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6581 | ;\n     print F \"$f $s\\n\";\n      }\n    &myecho ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6582 | tot_size, \">$size_file\");\n    close (F);\n  }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6583 | sub add_file \n  {\n    my ($dir,$name_file,$size_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6584 | file,$file)=@_;\n    my ($s, $tot_size);\n    \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6585 |   if ( !-d $dir)   {return;}\n    if ( !-e \"$dir/\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6586 | $file\" ) {return;}\n    if ( !-e $name_file){&cre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6587 | ate_ref_file ($dir,$name_file,$size_file);}\n                                   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6588 |     \n    $s=&size(\"$dir/$file\");\n    open (F, \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6589 | \">>$name_file\");\n    print F \"$file\\n\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6590 |  close (F);\n\n    $tot_size=&get_tot_size ($dir,$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6591 | name_file,$size_file);\n    $tot_size+=$s;\n    &m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6592 | yecho ($tot_size, \">$size_file\");\n    \n  }\n        \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6593 | nsub myecho\n  {\n    my ($string, $file)=@_;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6594 |  open (ECHO, $file) || die;\n    print ECHO \"$str\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6595 | ing\";\n    close (ECHO);\n  }\n    \n          \n      \nsub v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6596 | tmpnam\n  {\n    my $tmp_file_name;\n    $tmp_name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6597 | _counter++;\n    $tmp_file_name=\"tmp_file_for_cle\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6598 | an_cache_pdb$$.$tmp_name_counter\";\n    $tmp_file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6599 | _list[$ntmp_file++]=$tmp_file_name;\n    if ( -e $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6600 | tmp_file_name) {return &vtmpnam ();}\n    else {re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6601 | turn $tmp_file_name;}\n  }\n","\nmy $address=\"htt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:6601:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6601 | turn $tmp_file_name;}\n  }\n","\nmy $address=\"htt\
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6602 | p://www.tcoffee.org/Data/Datasets/NatureProtocolsD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6603 | ataset.tar.gz\";\nmy $out=\"NatureProtocolsDataset\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6604 | .tar.gz\";\n&url2file ($address,$out);\n\nif ( -e \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6605 | $out)\n  {\n    \n    system (\"gunzip NatureProto\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6606 | colsDataset.tar.gz\");\n    system (\"tar -xvf Nat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6607 | ureProtocolsDataset.tar\");\n   system (\"rm -rf N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6608 | atureProtocolsDataset.tar\");  \n    print \"Your \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6609 | Data Set is in the Folder 'NatureProtocolsDataset'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6610 | \\n\";\n  }\nelse \n  {\n    print \"Could not Dow\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6611 | nload Dataset --- Web site may be down -- Try agai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6612 | n later\\n\";\n  }\n\n\n\n\nsub url2file\n{\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6613 | y ($address, $out, $wget_arg, $curl_arg)=(@_);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6614 |   my ($pg, $flag, $r, $arg, $count);\n    \n    if\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6615 |  (!$CONFIGURATION){&check_configuration (\"wget\",\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6616 |  \"INTERNET\", \"gzip\");$CONFIGURATION=1;}\n    \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6617 | n    if (&pg_is_installed (\"wget\"))   {$pg=\"wge\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6618 | t\"; $flag=\"-O\";$arg=$wget_arg;}\n    elsif (&pg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6619 | _is_installed (\"curl\")){$pg=\"curl\"; $flag=\"-o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6620 | \";$arg=$curl_arg;}\n    return system (\"$pg $add\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6621 | ress $flag $out>/dev/null 2>/dev/null\");\n\n}\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6622 | sub pg_is_installed\n  {\n    my @ml=@_;\n    my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6623 | r, $p, $m;\n    my $supported=0;\n    \n    my $p=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6624 | shift (@ml);\n    if ($p=~/::/)\n      {\n      if (sys\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6625 | tem (\"perl -M$p -e 1\")==$EXIT_SUCCESS){return 1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6626 | }\n     else {return 0;}\n      }\n    else\n      {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6627 |         $r=`which $p 2>/dev/null`;\n    if ($r eq \"\"){retu\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6628 | rn 0;}\n        else {return 1;}\n      }\n  }\nsub check\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6629 | _configuration \n    {\n      my @l=@_;\n      my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6630 | $v;\n      foreach my $p (@l)\n {\n       \n      if   ( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6631 | $p eq \"EMAIL\")\n          { \n              if ( !($EMAIL=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6632 | @/))\n          {\n               exit (EXIT_FAILURE);\n                }\n         }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6633 |           elsif( $p eq \"INTERNET\")\n      {\n       if (\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6634 |  !&check_internet_connection())\n               {\n               exit (EX\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6635 | IT_FAILURE);\n          }\n         }\n   elsif( $p eq \"wget\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6636 | ")\n        {\n       if (!&pg_is_installed (\"wget\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6637 | ) && !&pg_is_installed (\"curl\"))\n            {\n               exit \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6638 | (EXIT_FAILURE);\n               }\n         }\n   elsif( !(&pg_is_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6639 | nstalled ($p)))\n           {\n       exit (EXIT_FAILURE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6640 | );\n        }\n }\n      return 1;\n    }\nsub check_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6641 | internet_connection\n  {\n    my $internet;\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6642 | y $tmp;\n    &check_configuration ( \"wget\"); \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6643 |    \n    $tmp=&vtmpnam ();\n    \n    if     (&pg_\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6644 | is_installed    (\"wget\")){`wget www.google.com -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6645 | O$tmp >/dev/null 2>/dev/null`;}\n    elsif  (&pg_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6646 | s_installed    (\"curl\")){`curl www.google.com -o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6647 | $tmp >/dev/null 2>/dev/null`;}\n    \n    if ( !-e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6648 |  $tmp || -s $tmp < 10){$internet=0;}\n    else {$i\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6649 | nternet=1;}\n    if (-e $tmp){unlink $tmp;}\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6650 |  return $internet;\n  }\n\nsub vtmpnam\n      {\n       \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6651 | my $r=rand(100000);\n   my $f=\"file.$r.$$\";\n whil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6652 | e (-e $f)\n       {\n       $f=vtmpnam();\n       }\n   push (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6653 | @TMPFILE_LIST, $f);\n   return $f;\n      }\n\n","\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:6653:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6653 | @TMPFILE_LIST, $f);\n   return $f;\n      }\n\n","\n\
      |                                                  ^~~~
 6654 | $t_coffee=\"t_coffee\";\n\nforeach $value ( @ARGV)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6655 | \n  {\n    $seq_file=$seq_file.\" \".$value;\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6656 | n\n$name=$ARGV[0];\n$name=~s/\\.[^\\.]*$//;\n$lib_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6657 | name=\"$name.mocca_lib\";\n$type=`t_coffee $seq_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6658 | le -get_type -quiet`;\nchop ($type);\n\nif ( $type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6659 |  eq \"PROTEIN\"){$lib_mode=\"lalign_rs_s_pair -lal\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6660 | ign_n_top 20\";}\nelsif ( $type eq\"DNA\"){$lib_mo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6661 | de=\"lalign_rs_s_dna_pair -lalign_n_top 40\";}\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6662 | if ( !(-e $lib_name))\n  {\n      \n  $command=\"$t_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6663 | offee -mocca -seq_weight=no -cosmetic_penalty=0 -m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6664 | occa_interactive -in $lib_mode -out_lib $lib_name \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6665 | -infile $seq_file\";\n  \n  }\nelsif ( (-e $lib_na\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6666 | me))\n  {\n  $command=\"$t_coffee -mocca -seq_weig\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6667 | ht=no -cosmetic_penalty=0 -mocca_interactive -in $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6668 | lib_name -infile $seq_file\";\n  \n  }\n\nsystem (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6669 | $command);\n\nexit;\n\n","my $WSDL = 'http://www.e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~                          
./perl_header_lib.h:6669:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6669 | $command);\n\nexit;\n\n","my $WSDL = 'http://www.e\
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6670 | bi.ac.uk/Tools/webservices/wsdl/WSDaliLite.wsdl';\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6671 | n\nuse SOAP::Lite;\nuse Data::Dumper;\nuse Getopt:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6672 | :Long qw(:config no_ignore_case bundling);\nuse Fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6673 | le::Basename;\n\nmy $checkInterval = 5;\n\nmy %par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6674 | ams=(\n     'async' => '1', # Use async mode and s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6675 | imulate sync mode in client\n       );\nGetOptions(\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6676 | n    'pdb1=s'     => \\$params{'sequence1'},\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6677 | 'chainid1=s' => \\$params{'chainid1'},\n    'pdb2=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6678 | s'     => \\$params{'sequence2'},\n    'chainid2=s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6679 | ' => \\$params{'chainid2'},\n    \"help|h\"      => \\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6680 | $help, # Usage info\n    \"async|a\"     => \\$async,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6681 |  # Asynchronous submission\n    \"polljob\"      => \\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6682 | $polljob, # Get results\n    \"status\"  => \\$sta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6683 | tus, # Get status\n    \"jobid|j=s\"  => \\$jobid,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6684 |  # JobId\n    \"email|S=s\"  => \\$params{email}, \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6685 | # E-mail address\n    \"trace\"      => \\$trace, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6686 | # SOAP messages\n    \"sequence=s\" => \\$sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6687 | , # Input PDB\n    );\n\nmy $scriptName = basename\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6688 | ($0, ());\nif($help) {\n    &usage();\n    exit(0)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6689 | ;\n}\n\nif($trace) {\n    print \"Tracing active\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6690 | n\";\n    SOAP::Lite->import(+trace => 'debug');\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6691 | }\n\nmy $soap = SOAP::Lite\n    ->service($WSDL)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6692 |     ->on_fault(sub {\n        my $soap = shift;\n \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6693 |        my $res = shift;\n        # Throw an except\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6694 | ion for all faults\n        if(ref($res) eq '') {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6695 | n            die($res);\n        } else {\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6696 |      die($res->faultstring);\n        }\n        r\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6697 | eturn new SOAP::SOM;\n    }\n               );\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6698 | if( !($polljob || $status) &&\n    !( defined($par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6699 | ams{'sequence1'}) && defined($params{'sequence2'})\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6700 |  )\n    ) {\n    print STDERR 'Error: bad option c\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6701 | ombination', \"\\n\";\n    &usage();\n    exit(1);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6702 | \n}\nelsif($polljob && defined($jobid)) {\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6703 | nt \"Getting results for job $jobid\\n\";\n    get\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6704 | Results($jobid);\n}\nelsif($status && defined($job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6705 | id)) {\n    print STDERR \"Getting status for job \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6706 | $jobid\\n\";\n    my $result = $soap->checkStatus(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6707 | $jobid);\n    print STDOUT \"$result\", \"\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6708 |     if($result eq 'DONE') {\n   print STDERR \"To ge\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6709 | t results: $scriptName --polljob --jobid $jobid\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6710 | \";\n    }\n}\nelse {\n    if(-f $params{'sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6711 | 1'}) {\n        $params{'sequence1'} = read_file($params{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6712 | 'sequence1'});\n    }\n    if(-f $params{'sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6713 | 2'}) {\n        $params{'sequence2'} = read_file($params{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6714 | 'sequence2'});\n    }\n\n    my $jobid;\n    my $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6715 | aramsData = SOAP::Data->name('params')->type(map=>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6716 | \\%params);\n    # For SOAP::Lite 0.60 and earlier\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6717 |  parameters are passed directly\n    if($SOAP::Lit\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6718 | e::VERSION eq '0.60' || $SOAP::Lite::VERSION =~ /0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6719 | \\.[1-5]/) {\n        $jobid = $soap->runDaliLite(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6720 | $paramsData);\n    }\n    # For SOAP::Lite 0.69 an\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6721 | d later parameter handling is different, so pass\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6722 |     # undef's for templated params, and then pass \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6723 | the formatted args.\n    else {\n        $jobid = \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6724 | $soap->runDaliLite(undef,\n                                  $paramsData);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6725 | n    }\n\n    if (defined($async)) {\n  print STDOU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6726 | T $jobid, \"\\n\";\n        print STDERR \"To chec\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6727 | k status: $scriptName --status --jobid $jobid\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6728 | ;\n    } else { # Synchronous mode\n        print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6729 | STDERR \"JobId: $jobid\\n\";\n        sleep 1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6730 |       getResults($jobid);\n    }\n}\n\nsub clientP\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6731 | oll($) {\n    my $jobid = shift;\n    my $result =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6732 |  'PENDING';\n    # Check status and wait if not fi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6733 | nished\n    #print STDERR \"Checking status: $jobi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6734 | d\\n\";\n    while($result eq 'RUNNING' || $result\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6735 |  eq 'PENDING') {\n        $result = $soap->checkSt\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6736 | atus($jobid);\n        print STDERR \"$result\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6737 | ;\n        if($result eq 'RUNNING' || $result eq '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6738 | PENDING') {\n            # Wait before polling aga\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6739 | in.\n            sleep $checkInterval;\n        }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6740 | n    }\n}\n\nsub getResults($) {\n    $jobid = shi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6741 | ft;\n    # Check status, and wait if not finished\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6742 | n    clientPoll($jobid);\n    # Use JobId if outpu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6743 | t file name is not defined\n    unless(defined($ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6744 | tfile)) {\n        $outfile=$jobid;\n    }\n    # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6745 | Get list of data types\n    my $resultTypes = $soa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6746 | p->getResults($jobid);\n    # Get the data and wri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6747 | te it to a file\n    if(defined($outformat)) { # S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6748 | pecified data type\n        my $selResultType;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6749 |       foreach my $resultType (@$resultTypes) {\n  \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6750 |           if($resultType->{type} eq $outformat) {\\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6751 | n                $selResultType = $resultType;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6752 |           }\n        }\n        $res=$soap->poll($\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6753 | jobid, $selResultType->{type});\n        write_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6754 | e($outfile.'.'.$selResultType->{ext}, $res);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6755 | } else { # Data types available\n        # Write a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6756 |  file for each output type\n        for my $result\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6757 | Type (@$resultTypes){\n            #print \"Gettin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6758 | g $resultType->{type}\\n\";\n            $res=$soa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6759 | p->poll($jobid, $resultType->{type});\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6760 |  write_file($outfile.'.'.$resultType->{ext}, $res)\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6761 | ;\n        }\n    }\n}\n\nsub read_file($) {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6762 | my $filename = shift;\n    open(FILE, $filename);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6763 | n    my $content;\n    my $buffer;\n    while(sysr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6764 | ead(FILE, $buffer, 1024)) {\n   $content.= $buffer;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6765 | n    }\n    close(FILE);\n    return $content;\n}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6766 | n\nsub write_file($$) {\n    my ($tmp,$entity) = @\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6767 | _;\n    print STDERR \"Creating result file: \".$t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6768 | mp.\"\\n\";\n    unless(open (FILE, \">$tmp\")) {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6769 | n       return 0;\n    }\n    syswrite(FILE, $entity);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6770 |     close (FILE);\n    return 1;\n}\n\nsub usage {\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6771 | \n    print STDERR <<EOF\nDaliLite\n========\n\nPa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6772 | irwise comparison of protein structures\n\n[Requir\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6773 | ed]\n\n  --pdb1                : str  : PDB ID for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6774 |  structure 1\n  --pdb2                : str  : PDB\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6775 |  ID for structure 2\n\n[Optional]\n\n  --chain1   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6776 |            : str  : Chain identifer in structure 1\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6777 | \n  --chain2              : str  : Chain identifer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6778 |  in structure 2\n\n[General]\n\n  -h, --help      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6779 |       :      : prints this help text\n  -S, --emai\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6780 | l           : str  : user email address\n  -a, --a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6781 | sync           :      : asynchronous submission\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6782 |      --status          :      : poll for the statu\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6783 | s of a job\n      --polljob         :      : poll \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6784 | for the results of a job\n  -j, --jobid           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6785 | : str  : jobid for an asynchronous job\n  -O, --ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6786 | tfile         : str  : file name for results (defa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6787 | ult is jobid)\n      --trace            :      : show\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6788 |  SOAP messages being interchanged \n\nSynchronous \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6789 | job:\n\n  The results/errors are returned as soon \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6790 | as the job is finished.\n  Usage: $scriptName --em\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6791 | ail <your\\@email> [options] pdbFile [--outfile st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6792 | ring]\n  Returns: saves the results to disk\n\nAsy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6793 | nchronous job:\n\n  Use this if you want to retrie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6794 | ve the results at a later time. The results \n  ar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6795 | e stored for up to 24 hours. \n  The asynchronous \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6796 | submission mode is recommended when users are subm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6797 | itting \n  batch jobs or large database searches        \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6798 | n  Usage: $scriptName --email <your\\@email> --asy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6799 | nc [options] pdbFile\n  Returns: jobid\n\n  Use th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6800 | e jobid to query for the status of the job. \n  Us\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6801 | age: $scriptName --status --jobid <jobId>\n  Retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6802 | ns: string indicating the status of the job:\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6803 | DONE - job has finished\n    RUNNING - job is runn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6804 | ing\n    NOT_FOUND - job cannot be found\n    ERRO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6805 | R - the jobs has encountered an error\n\n  When do\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6806 | ne, use the jobid to retrieve the status of the jo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6807 | b. \n  Usage: $scriptName --polljob --jobid <jobId\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6808 | > [--outfile string]\n\n[Help]\n\n  For more detai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6809 | led help information refer to\n  http://www.ebi.ac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6810 | .uk/DaliLite/\nEOF\n;\n}\n","my $WSDL = 'http://ww\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:6810:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6810 | .uk/DaliLite/\nEOF\n;\n}\n","my $WSDL = 'http://ww\
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6811 | w.ebi.ac.uk/Tools/webservices/wsdl/WSWUBlast.wsdl'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6812 | ;\n\nuse strict;\nuse SOAP::Lite;\nuse Getopt::Lon\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6813 | g qw(:config no_ignore_case bundling);\nuse File::\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6814 | Basename;\n\nmy $checkInterval = 15;\n\nmy $numOpt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6815 | s = scalar(@ARGV);\nmy ($outfile, $outformat, $hel\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6816 | p, $async, $polljob, $status, $ids, $jobid, $trace\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6817 | , $sequence);\nmy %params= ( # Defaults\n             'a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6818 | sync' => 1, # Force into async mode\n         'exp' \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6819 | => 10.0, # E-value threshold\n        'numal' => 50\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6820 | , # Maximum number of alignments\n            'scores' \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6821 | => 100, # Maximum number of scores\n            );\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6822 | \nGetOptions( # Map the options into variables\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6823 |   \"program|p=s\"     => \\$params{program}, # BLA\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6824 | ST program\n    \"database|D=s\"    => \\$params{d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6825 | atabase}, # Search database\n    \"matrix|m=s\"   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6826 |    => \\$params{matrix}, # Scoring matrix\n    \"e\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6827 | xp|E=f\"         => \\$params{exp}, # E-value thre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6828 | shold\n    \"echofilter|e\"    => \\$params{echofi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6829 | lter}, # Display filtered sequence\n    \"filter|f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6830 | =s\"      => \\$params{filter}, # Low complexity f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6831 | ilter name\n    \"alignments|b=i\"  => \\$params{n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6832 | umal}, # Number of alignments\n    \"scores|s=i\" \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6833 |      => \\$params{scores}, # Number of scores\n   \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6834 |  \"sensitivity|S=s\" => \\$params{sensitivity}, # \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6835 | Search sensitivity\n    \"sort|t=s\"          => \\$p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6836 | arams{sort}, # Sort hits by...\n    \"stats|T=s\" \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6837 |       => \\$params{stats}, # Scoring statistic to \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6838 | use\n    \"strand|d=s\"      => \\$params{strand},\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6839 |  # Strand to use in DNA vs. DNA search\n    \"topc\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6840 | ombon|c=i\"   => \\$params{topcombon}, # Consisten\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6841 | t sets of HSPs\n    \"outfile=s\"       => \\$outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6842 | ile, # Output file\n    \"outformat|o=s\"   => \\$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6843 | outformat, # Output format\n    \"help|h\"            =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6844 | > \\$help, # Usage info\n    \"async|a\"              => \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6845 | \\$async, # Asynchronous mode\n    \"polljob\"     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6846 |    => \\$polljob, # Get results\n    \"status\"   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6847 |     => \\$status, # Get job status\n    \"ids\"   \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6848 |           => \\$ids, # Get ids from result\n    \"\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6849 | jobid|j=s\"       => \\$jobid, # JobId\n    \"emai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6850 | l=s\"         => \\$params{email}, # E-mail addres\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6851 | s\n    \"trace\"           => \\$trace, # SOAP tra\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6852 | ce\n    \"sequence=s\"      => \\$sequence, # Quer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6853 | y sequence\n    );\n\nmy $scriptName = basename($0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6854 | , ());\nif($help || $numOpts == 0) {\n    &usage()\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6855 | ;\n    exit(0);\n}\n\nif($trace){\n    print STDER\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6856 | R \"Tracing active\\n\";\n    SOAP::Lite->import(+\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6857 | trace => 'debug');\n}\n\nmy $soap = SOAP::Lite\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6858 |   ->service($WSDL)\n    ->proxy('http://localhost/\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6859 | ',\n    #proxy => ['http' => 'http://your.proxy.se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6860 | rver/'], # HTTP proxy\n    timeout => 600, # HTTP \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6861 | connection timeout\n    )\n    ->on_fault(sub { # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6862 | SOAP fault handler\n        my $soap = shift;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6863 |      my $res = shift;\n        # Throw an exceptio\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6864 | n for all faults\n        if(ref($res) eq '') {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6865 |            die($res);\n        } else {\n         \
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6866 |    die($res->faultstring);\n        }\n        ret\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6867 | urn new SOAP::SOM;\n    }\n               );\n\nif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6868 | ( !($polljob || $status || $ids) &&\n    !( define\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6869 | d($ARGV[0]) || defined($sequence) )\n    ) {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6870 | print STDERR 'Error: bad option combination', \"\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6871 | n\";\n    &usage();\n    exit(1);\n}\nelsif($pollj\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6872 | ob && defined($jobid)) {\n    print \"Getting resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6873 | lts for job $jobid\\n\";\n    getResults($jobid);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6874 | n}\nelsif($status && defined($jobid)) {\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6875 |  STDERR \"Getting status for job $jobid\\n\";\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6876 |  my $result = $soap->checkStatus($jobid);\n    pri\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6877 | nt STDOUT \"$result\\n\";\n    if($result eq 'DONE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6878 | ') {\n  print STDERR \"To get results: $scriptName \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6879 | --polljob --jobid $jobid\\n\";\n    }\n}  \nelsif(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6880 | $ids && defined($jobid)) {\n    print STDERR \"Get\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6881 | ting ids from job $jobid\\n\";\n    getIds($jobid)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6882 | ;\n}\nelse {\n    # Prepare input data\n    my $co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6883 | ntent;\n    my (@contents) = ();\n    if(-f $ARGV[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6884 | 0] || $ARGV[0] eq '-') {        \n      $content={type=>'seque\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6885 | nce',content=>read_file($ARGV[0])};     \n    }\n    i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6886 | f($sequence) {  \n      if(-f $sequence || $sequence eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6887 | '-') {  \n          $content={type=>'sequence',content=>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6888 | read_file($ARGV[0])};   \n      } else {\n          $content={\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6889 | type=>'sequence',content=>$sequence};\n }\n    }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6890 |     push @contents, $content;\n\n    # Submit the \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6891 | job\n    my $paramsData = SOAP::Data->name('params\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6892 | ')->type(map=>\\%params);\n    my $contentData = S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6893 | OAP::Data->name('content')->value(\\@contents);\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6894 |    # For SOAP::Lite 0.60 and earlier parameters ar\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6895 | e passed directly\n    if($SOAP::Lite::VERSION eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6896 | '0.60' || $SOAP::Lite::VERSION =~ /0\\.[1-5]/) {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6897 |         $jobid = $soap->runWUBlast($paramsData, $c\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6898 | ontentData);\n    }\n    # For SOAP::Lite 0.69 and\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6899 |  later parameter handling is different, so pass\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6900 |    # undef's for templated params, and then pass t\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6901 | he formatted args.\n    else {\n        $jobid = $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6902 | soap->runWUBlast(undef, undef,\n                                   $paramsData\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6903 | , $contentData);\n    }\n\n    # Asynchronous mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6904 | : output jobid and exit.\n    if (defined($async))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6905 |  {\n    print STDOUT $jobid, \"\\n\";\n        print \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6906 | STDERR \"To check status: $scriptName --status --j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6907 | obid $jobid\\n\";\n    }\n    # Synchronous mode: \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6908 | try to get results\n    else {\n        print STDE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6909 | RR \"JobId: $jobid\\n\";\n        sleep 1;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6910 |   getResults($jobid);\n    }\n}\n\nsub getIds($) {\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6911 | \n    my $jobid = shift;\n    my $results = $soap-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6912 | >getIds($jobid);\n    for my $result (@$results){\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6913 | n       print \"$result\\n\";\n    }\n}\n\nsub clientPol\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6914 | l($) {\n    my $jobid = shift;\n    my $result = '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6915 | PENDING';\n    # Check status and wait if not fini\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6916 | shed\n    while($result eq 'RUNNING' || $result eq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6917 |  'PENDING') {\n        $result = $soap->checkStatu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6918 | s($jobid);\n        print STDERR \"$result\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6919 |         if($result eq 'RUNNING' || $result eq 'PEN\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6920 | DING') {\n            # Wait before polling again.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6921 | \n            sleep $checkInterval;\n        }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6922 |   }\n}\n\nsub getResults($) {\n    my $jobid = shi\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6923 | ft;\n    my $res;\n    # Check status, and wait if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6924 |  not finished\n    clientPoll($jobid);\n    # Use \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6925 | JobId if output file name is not defined\n    unle\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6926 | ss(defined($outfile)) {\n        $outfile=$jobid;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6927 | n    }\n    # Get list of data types\n    my $resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6928 | ltTypes = $soap->getResults($jobid);\n    # Get th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6929 | e data and write it to a file\n    if(defined($out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6930 | format)) { # Specified data type\n      if($outformat e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6931 | q 'xml') {$outformat = 'toolxml';}\n    if($outformat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6932 |  eq 'txt') {$outformat = 'tooloutput';}\n        m\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6933 | y $selResultType;\n        foreach my $resultType \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6934 | (@$resultTypes) {\n            if($resultType->{ty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6935 | pe} eq $outformat) {\n                $selResultTy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6936 | pe = $resultType;\n            }\n        }\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6937 |    $res=$soap->poll($jobid, $selResultType->{type}\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6938 | );\n    if($outfile eq '-') {\n      write_file($outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6939 | ile, $res);\n   } else {\n          write_file($outfile.'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6940 | .'.$selResultType->{ext}, $res);\n      }\n    } else {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6941 |  # Data types available\n        # Write a file fo\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6942 | r each output type\n        for my $resultType (@$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6943 | resultTypes){\n            #print STDERR \"Getting\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6944 |  $resultType->{type}\\n\";\n            $res=$soap\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6945 | ->poll($jobid, $resultType->{type});\n      if($out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6946 | file eq '-') {\n                write_file($outfile, $res);\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6947 |   } else {\n            write_file($outfile.'.'.$resultType-\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6948 | >{ext}, $res);\n            }\n        }\n    }\n}\n\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6949 |  read_file($) {\n    my $filename = shift;\n    my\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6950 |  ($content, $buffer);\n    if($filename eq '-') {\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6951 | n       while(sysread(STDIN, $buffer, 1024)) {\n            $co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6952 | ntent .= $buffer;\n     }\n    }\n    else { # File\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6953 | open(FILE, $filename) or die \"Error: unable to op\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6954 | en input file\";\n      while(sysread(FILE, $buffer, 10\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6955 | 24)) {\n            $content .= $buffer;\n      }\n     close(FILE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6956 | );\n    }\n    return $content;\n}\n\nsub write_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6957 | le($$) {\n    my ($filename, $data) = @_;\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6958 | nt STDERR 'Creating result file: ' . $filename . \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6959 | "\\n\";\n    if($filename eq '-') {\n   print STDOUT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6960 |  $data;\n    }\n    else {\n    open(FILE, \">$filena\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6961 | me\") or die \"Error: unable to open output file\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6962 | ;\n     syswrite(FILE, $data);\n        close(FILE);\n    }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6963 | }\n\nsub usage {\n    print STDERR <<EOF\nWU-BLAST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6964 | \n========\n\nRapid sequence database search progr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6965 | ams utilizing the BLAST algorithm.\n   \n[Required\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6966 | ]\n\n      --email       : str  : user email addre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6967 | ss \n  -p, --program        : str  : BLAST program to\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6968 |  use: blastn, blastp, blastx, \n                  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6969 |            tblastn or tblastx\n  -D, --database   \
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6970 |  : str  : database to search\n  seqFile           \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6971 | : file : query sequence data file (\"-\" for STDIN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6972 | )\n\n[Optional]\n\n  -m, --matrix           : str  : sco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6973 | ring matrix\n  -E, --exp            : real : 0<E<= 1000. \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6974 | Statistical significance threshold\n              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6975 |                for reporting database sequence mat\
      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6976 | ches.\n  -e, --echofilter  :      : display the fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6977 | ltered query sequence in the output\n  -f, --filte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6978 | r           : str  : activates filtering of the query se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6979 | quence\n  -b, --alignments  : int  : number of ali\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6980 | gnments to be reported\n  -s, --scores      : int  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6981 | : number of scores to be reported\n  -S, --sensiti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6982 | vity : str  :\n  -t, --sort         : str  :\n  -T, --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6983 | stats       : str  :\n  -d, --strand      : str  :\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6984 |  DNA strand to search with in DNA vs. DNA searches\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6985 |  \n  -c, --topcombon   :      :\n\n[General]    \n\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6986 |  -h, --help       :      : prints this help text\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6987 |   -a, --async      :      : forces to make an asyn\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6988 | chronous query\n      --status     :      : poll f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6989 | or the status of a job\n      --polljob    :      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6990 | : poll for the results of a job\n  -j, --jobid    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6991 |   : str  : jobid that was returned when an asynchr\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6992 | onous job \n                            was submit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6993 | ted.\n  -O, --outfile    : str  : name of the file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6994 |  results should be written to \n                  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6995 |           (default is based on the jobid; \"-\" fo\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6996 | r STDOUT)\n  -o, --outformat  : str  : txt or xml \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6997 | output (no file is written)\n      --trace         :   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6998 |    : show SOAP messages being interchanged \n\nSyn\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 6999 | chronous job:\n\n  The results/errors are returned\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7000 |  as soon as the job is finished.\n  Usage: $script\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7001 | Name --email <your\\@email> [options...] seqFile\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7002 |   Returns: saves the results to disk\n\nAsynchrono\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7003 | us job:\n\n  Use this if you want to retrieve the \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7004 | results at a later time. The results \n  are store\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7005 | d for up to 24 hours. \n  The asynchronous submiss\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7006 | ion mode is recommended when users are submitting \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7007 | \n  batch jobs or large database searches       \n  Usag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7008 | e: $scriptName --async --email <your\\@email> [opt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7009 | ions...] seqFile\n  Returns : jobid\n\n  Use the j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7010 | obid to query for the status of the job. \n  Usage\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7011 | : $scriptName --status --jobid <jobId>\n  Returns \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7012 | : string indicating the status of the job:\n    DO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7013 | NE - job has finished\n    RUNNING - job is runnin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7014 | g\n    NOT_FOUND - job cannot be found\n    ERROR \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7015 | - the jobs has encountered an error\n\n  When done\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7016 | , use the jobid to retrieve the status of the job.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7017 |  \n  Usage: $scriptName --polljob --jobid <jobId> \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7018 | [--outfile string]\n  Returns: saves the results t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7019 | o disk\n\n[Help]\n\nFor more detailed help informa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7020 | tion refer to \nhttp://www.ebi.ac.uk/blast2/WU-Bla\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7021 | st2_Help_frame.html\n \nEOF\n;\n}\n","\nmy $WSDL =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:7021:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7021 | st2_Help_frame.html\n \nEOF\n;\n}\n","\nmy $WSDL =\
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~
 7022 |  'http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/wsdl/WSBl\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7023 | astpgp.wsdl';\n\nuse SOAP::Lite;\nuse Getopt::Long\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7024 |  qw(:config no_ignore_case bundling);\nuse File::B\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7025 | asename;\n\nmy $checkInterval = 15;\n\nmy %params=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7026 | (\n         'async' => '1', # Use async mode and simul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7027 | ate sync mode in client\n           );\nGetOptions(\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7028 |  \"mode=s\"           => \\$params{mode}, # Search\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7029 |  mode: PSI-Blast or PHI-Blast\n    \"database|d=s\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7030 | "     => \\$params{database}, # Database to search\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7031 | \n    \"matrix|M=s\"       => \\$params{matrix},# \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7032 | Scoring maxtrix\n    \"exp|e=f\"          => \\$pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7033 | rams{exp}, # E-value\n    \"expmulti|h=f\"     => \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7034 | \\$params{expmulti}, # E-value\n    \"filter|F=s\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7035 |        => \\$params{filter}, # Low complexity filt\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7036 | er\n    \"dropoff|X=i\"      => \\$params{dropoff}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7037 | , # Dropoff score\n    \"finaldropoff|Z=i\" => \\$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7038 | params{finaldropoff}, # Final dropoff score\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7039 | "scores|v=i\"       => \\$params{scores}, # Max nu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7040 | mber of scores\n    \"align=i\"          => \\$par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7041 | ams{align}, # Alignment view\n    \"startregion|S=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7042 | i\"  => \\$params{startregion}, # Start of region \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7043 | in query\n    \"endregion|H=i\"    => \\$params{en\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7044 | dregion}, # End of region in query\n    \"maxpasse\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7045 | s|j=i\"    => \\$params{maxpasses}, # Number of PS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7046 | I iterations\n    \"opengap|G=i\"      => \\$param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7047 | s{opengap}, # Gap open penalty\n    \"extendgap|E=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7048 | i\"    => \\$params{extendgap}, # Gap extension pe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7049 | nalty\n    \"pattern=s\"        => \\$params{patte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7050 | rn}, # PHI-BLAST pattern\n    \"usagemode|p=s\"   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7051 |  => \\$params{usagemode}, # PHI-BLAST program\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7052 |  \"appxml=s\"         => \\$params{appxml}, # Appl\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7053 | ication XML\n    \"sequence=s\"       => \\$sequen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7054 | ce, # Query sequence\n    \"help\"             => \\$he\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7055 | lp, # Usage info\n    \"polljob\"              => \\$pol\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7056 | ljob, # Get results\n    \"status\"            => \\$s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7057 | tatus, # Get status\n    \"ids\"               => \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7058 | \$ids, # Get ids from result\n    \"jobid=s\"     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7059 |      => \\$jobid, # JobId\n    \"outfile=s\"      \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7060 |   => \\$outfile, # Output filename\n    \"outforma\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7061 | t|o=s\"    => \\$outformat, # Output file format\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7062 |     \"async|a\"        => \\$async, # Async submis\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7063 | sion\n    \"email=s\"          => \\$params{email}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7064 | , # User e-mail address\n    \"trace\"            \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7065 | => \\$trace, # Show SOAP messages\n    );\n\nmy $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7066 | criptName = basename($0, ());\nif($help) {\n    &u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7067 | sage();\n    exit(0);\n}\n\nif ($trace){\n    prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7068 | t \"Tracing active\\n\";\n    SOAP::Lite->import(+\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7069 | trace => 'debug');\n}\n\nmy $soap = SOAP::Lite\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7070 |   ->service($WSDL)\n    ->on_fault(sub {\n        \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7071 | my $soap = shift;\n        my $res = shift;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7072 |    # Throw an exception for all faults\n        if\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7073 | (ref($res) eq '') {\n            die($res);\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7074 |    } else {\n            die($res->faultstring);\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7075 |         }\n        return new SOAP::SOM;\n    }\n \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7076 |               );\n\nif( !($polljob || $status || $\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7077 | ids) &&\n    !( (defined($ARGV[0]) && -f $ARGV[0])\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7078 |  || defined($sequence) )\n    ) {\n    print STDER\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7079 | R 'Error: bad option combination', \"\\n\";\n    &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7080 | usage();\n    exit(1);\n}\nelsif($polljob && defin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7081 | ed($jobid)) {\n    print \"Getting results for job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7082 |  $jobid\\n\";\n    getResults($jobid);\n}\nelsif($\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7083 | status && defined($jobid)) {\n    print STDERR \"G\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7084 | etting status for job $jobid\\n\";\n    my $result\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7085 |  = $soap->checkStatus($jobid);\n    print STDOUT $\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7086 | result, \"\\n\";\n    if($result eq 'DONE') {\n pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7087 | int STDERR \"To get results: $scriptName --polljob\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7088 |  --jobid $jobid\\n\";\n    }\n}  \nelsif($ids && d\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7089 | efined($jobid)) {\n    print STDERR \"Getting ids \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7090 | from job $jobid\\n\";\n    getIds($jobid);\n}\nels\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7091 | e {\n    if(-f $ARGV[0]) {      \n      $content={type=>'seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7092 | uence', content=>read_file($ARGV[0])};  \n    }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7093 |   if($sequence) {       \n      if(-f $sequence) {\n        $con\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7094 | tent={type=>'sequence', content=>read_file($sequen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7095 | ce)};   \n      } else {\n          $content={type=>'sequence'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7096 | , content=>$sequence};\n        }\n    }\n    push @conte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7097 | nt, $content;\n\n    my $jobid;\n    my $paramsDat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7098 | a = SOAP::Data->name('params')->type(map=>\\%param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7099 | s);\n    my $contentData = SOAP::Data->name('conte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7100 | nt')->value(\\@content);\n    # For SOAP::Lite 0.6\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7101 | 0 and earlier parameters are passed directly\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7102 | if($SOAP::Lite::VERSION eq '0.60' || $SOAP::Lite::\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7103 | VERSION =~ /0\\.[1-5]/) {\n        $jobid = $soap-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7104 | >runBlastpgp($paramsData, $contentData);\n    }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7105 |    # For SOAP::Lite 0.69 and later parameter handl\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7106 | ing is different, so pass\n    # undef's for templ\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7107 | ated params, and then pass the formatted args.\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7108 |   else {\n        $jobid = $soap->runBlastpgp(unde\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7109 | f, undef,\n                                 $paramsData, $contentData);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7110 |   }\n\n    if (defined($async)) {\n     print STDOUT $\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7111 | jobid, \"\\n\";\n        print STDERR \"To check s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7112 | tatus: $scriptName --status --jobid $jobid\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7113 |     } else { # Synchronous mode\n        print STD\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7114 | ERR \"JobId: $jobid\\n\";\n        sleep 1;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7115 |    getResults($jobid);\n    }\n}\n\nsub getIds($) \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7116 | {\n    $jobid = shift;\n    my $results = $soap->g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7117 | etIds($jobid);\n    for $result (@$results){\n  pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7118 | nt \"$result\\n\";\n    }\n}\n\nsub clientPoll($) \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7119 | {\n    my $jobid = shift;\n    my $result = 'PENDI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7120 | NG';\n    # Check status and wait if not finished\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7121 | n    #print STDERR \"Checking status: $jobid\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7122 | \n    while($result eq 'RUNNING' || $result eq 'PE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7123 | NDING') {\n        $result = $soap->checkStatus($j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7124 | obid);\n        print STDERR \"$result\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7125 |     if($result eq 'RUNNING' || $result eq 'PENDING\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7126 | ') {\n            # Wait before polling again.\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7127 |           sleep $checkInterval;\n        }\n    }\\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7128 | n}\n\nsub getResults($) {\n    $jobid = shift;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7129 |   # Check status, and wait if not finished\n    cl\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7130 | ientPoll($jobid);\n    # Use JobId if output file \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7131 | name is not defined\n    unless(defined($outfile))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7132 |  {\n        $outfile=$jobid;\n    }\n    # Get lis\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7133 | t of data types\n    my $resultTypes = $soap->getR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7134 | esults($jobid);\n    # Get the data and write it t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7135 | o a file\n    if(defined($outformat)) { # Specifie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7136 | d data type\n        my $selResultType;\n        f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7137 | oreach my $resultType (@$resultTypes) {\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7138 |    if($resultType->{type} eq $outformat) {\n      \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7139 |           $selResultType = $resultType;\n         \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7140 |    }\n        }\n        $res=$soap->poll($jobid, \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7141 | $selResultType->{type});\n        write_file($outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7142 | ile.'.'.$selResultType->{ext}, $res);\n    } else \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7143 | { # Data types available\n        # Write a file f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7144 | or each output type\n        for my $resultType (@\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7145 | $resultTypes){\n            #print \"Getting $resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7146 | ltType->{type}\\n\";\n            $res=$soap->poll\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7147 | ($jobid, $resultType->{type});\n            write_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7148 | file($outfile.'.'.$resultType->{ext}, $res);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7149 |     }\n    }\n}\n\nsub read_file($) {\n    my $fil\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7150 | ename = shift;\n    open(FILE, $filename);\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7151 |  $content;\n    my $buffer;\n    while(sysread(FIL\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7152 | E, $buffer, 1024)) {\n  $content.= $buffer;\n    }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7153 | n    close(FILE);  \n    return $content;\n}\n\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7154 | b write_file($$) {\n    my ($tmp,$entity) = @_;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7155 |    print STDERR \"Creating result file: \".$tmp.\"\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7156 | \\n\";\n    unless(open (FILE, \">$tmp\")) {\n  ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7157 | urn 0;\n    }\n    syswrite(FILE, $entity);\n    c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7158 | lose (FILE);\n    return 1;\n}\n\nsub usage {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7159 |  print STDERR <<EOF\nBlastpgp\n========\n   \nThe \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7160 | blastpgp program implements the PSI-BLAST and PHI-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7161 | BLAST variations\nof NCBI BLAST.\n\nFor more detai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7162 | led help information refer to\nhttp://www.ebi.ac.u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7163 | k/blastpgp/blastpsi_help_frame.html\n \nBlastpgp s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7164 | pecific options:\n\n[Required]\n\n      --mode    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7165 |         : str  : search mode to use: PSI-Blast or \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7166 | PHI-Blast\n  -d, --database        : str  : protei\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7167 | n database to search\n  seqFile               : fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7168 | le : query sequence\n\n[Optional]\n\n  -M, --matri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7169 | x          : str  : scoring matrix\n  -e, --exp   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7170 |           : real : Expectation value\n  -h, --expm\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7171 | ulti        : real : threshold (multipass model)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7172 |   -F, --filter          : str  : filter query sequ\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7173 | ence with SEG [T,F]\n  -m, --align           : int\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7174 |   : alignment view option:\n                      \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7175 |            0 - pairwise, 1 - M/S identities,\n    \
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7176 |                              2 - M/S non-identitie\
      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7177 | s, 3 - Flat identities,\n                         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7178 |         4 - Flat non-identities\n  -G, --opengap  \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7179 |        : int  : cost to open a gap\n  -E, --extend\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7180 | gap       : int  : cost to extend a gap\n  -g, --g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7181 | apalign        : str  : Gapped [T,F]\n  -v, --scor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7182 | es          : int  : number of scores to be report\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7183 | ed\n  -j, --maxpasses       : int  : number of ite\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7184 | rations\n  -X, --dropoff         : int  : Dropoff \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7185 | score\n  -Z, --finaldropoff    : int  : Dropoff fo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7186 | r final alignment\n  -S, --startregion     : int  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7187 | : Start of required region in query\n  -H, --endre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7188 | gion       : int  : End of required region in quer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7189 | y\n  -k, --pattern         : str  : Hit File (PHI-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7190 | BLAST only)\n  -p, --usagemode       : str  : Prog\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7191 | ram option (PHI-BLAST only):\n                    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7192 |              blastpgp, patseedp, seedp\n\n[General\
      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7193 | ]\n\n      --help            :      : prints this \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7194 | help text\n  -a, --async           :      : forces\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7195 |  to make an asynchronous query\n      --status    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7196 |       :      : poll for the status of a job\n     \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7197 |  --polljob         :      : poll for the results o\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7198 | f a job\n      --jobid           : str  : jobid of\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7199 |  an asynchronous job\n      --ids             :   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7200 |    : get hit identifiers for result \n  -O, --outf\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7201 | ile         : str  : name of the file results shou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7202 | ld be written to\n                                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7203 |  (default is based on the jobid)\n  -o, --outforma\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7204 | t       : str  : txt or xml output (no file is wri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7205 | tten)\n      --trace           :      : show SOAP \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7206 | messages being interchanged\n\nSynchronous job:\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7207 | n  The results/errors are returned as soon as the \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7208 | job is finished.\n  Usage: blastpgp.pl --email <yo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7209 | ur@email> [options...] seqfile\n  Returns: saves t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7210 | he results to disk\n\nAsynchronous job:\n\n  Use t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7211 | his if you want to retrieve the results at a later\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7212 |  time. The results\n  are stored for up to 24 hour\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7213 | s.\n  The asynchronous submission mode is recommen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7214 | ded when users are submitting\n  batch jobs or lar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7215 | ge database searches\n  Usage: blastpgp.pl --email\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7216 |  <your@email> --async [options...] seqFile\n  Retu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7217 | rns: jobid\n\n  Use the jobid to query for the sta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7218 | tus of the job.\n  Usage: blastpgp.pl --status --j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7219 | obid <jobId>\n  Returns: string indicating the sta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7220 | tus of the job\n    DONE - job has finished\n    R\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7221 | UNNING - job is running\n    NOT_FOUND - job canno\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7222 | t be found\n    ERROR - the jobs has encountered a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7223 | n error\n\n  When done, use the jobid to retrieve \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7224 | the results of the job.\n  Usage: blastpgp.pl --po\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7225 | lljob --jobid <jobId> [--outfile <fileName>]\n  Re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7226 | turns: saves the results to disk\nEOF\n;\n}\n","\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:7226:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7226 | turns: saves the results to disk\nEOF\n;\n}\n","\n\
      |                                                ^~~~
 7227 | =head1 NAME\n\nncbiblast.pl\n\n=head1 DESCRIPTION\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7228 | n\nNCBI Blast (REST) web service Perl client using\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7229 |  L<LWP>.\n\nTested with:\n\n=over\n\n=item *\nL<LW\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7230 | P> 6.35, L<XML::Simple> 2.25 and Perl 5.22.0 (MacO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7231 | S 10.13.6)\n\n=back\n\nFor further information see\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7232 | :\n\n=over\n\n=item *\nL<https://www.ebi.ac.uk/Too\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7233 | ls/webservices/>\n\n=back\n\n=head1 LICENSE\n\nCop\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7234 | yright 2012-2018 EMBL - European Bioinformatics In\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7235 | stitute\n\nLicensed under the Apache License, Vers\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7236 | ion 2.0 (the \"License\");\nyou may not use this f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7237 | ile except in compliance with the License.\nYou ma\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7238 | y obtain a copy of the License at\n\n    http://ww\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7239 | w.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\n\nUnless requir\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7240 | ed by applicable law or agreed to in writing, soft\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7241 | ware\ndistributed under the License is distributed\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7242 |  on an \"AS IS\" BASIS,\nWITHOUT WARRANTIES OR CON\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7243 | DITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\nS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7244 | ee the License for the specific language governing\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7245 |  permissions and\nlimitations under the License.\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7246 | \nPerl Client Automatically generated with:\nhttps\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7247 | ://github.com/ebi-wp/webservice-clients-generator\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7248 | n\n=cut\n\nuse strict;\nuse warnings;\n\nuse Engli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7249 | sh;\nuse LWP;\nuse XML::Simple;\nuse Getopt::Long \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7250 | qw(:config no_ignore_case bundling);\nuse File::Ba\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7251 | sename;\nuse Data::Dumper;\nuse Time::HiRes qw(usl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7252 | eep);\n\nmy $baseUrl = 'https://www.ebi.ac.uk/Tool\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7253 | s/services/rest/ncbiblast';\nmy $version = '2019-0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7254 | 7-03 16:26';\n\nmy $checkInterval = 3;\n\nmy $maxE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7255 | rrorStatusCount = 3;\n\nmy $outputLevel = 1;\n\nmy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7256 |  $numOpts = scalar(@ARGV);\nmy %params = (\n    'd\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7257 | ebugLevel' => 0,\n    'maxJobs'    => 1\n);\n\nGet\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7258 | Options(\n    # Tool specific options\n    'progra\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7259 | m=s'       => \\$params{'program'},        # The B\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7260 | LAST program to be used for the Sequence Similarit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7261 | y Search.\n    'task=s'          => \\$params{'tas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7262 | k'},           # Task option (only selectable for \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7263 | blastn)\n    'matrix=s'        => \\$params{'matri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7264 | x'},         # (Protein searches) The substitution\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7265 |  matrix used for scoring alignments when searching\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7266 |  the database.\n    'alignments=i'    => \\$params\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7267 | {'alignments'},     # Maximum number of match alig\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7268 | nments reported in the result output.\n    'scores\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7269 | =i'        => \\$params{'scores'},         # Maxim\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7270 | um number of match score summaries reported in the\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7271 |  result output.\n    'exp=s'           => \\$param\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7272 | s{'exp'},            # Limits the number of scores\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7273 |  and alignments reported based on the expectation \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7274 | value. This is the maximum number of times the mat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7275 | ch is expected to occur by chance.\n    'dropoff=i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7276 | '       => \\$params{'dropoff'},        # The amou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7277 | nt a score can drop before gapped extension of wor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7278 | d hits is halted\n    'match_scores=s'  => \\$para\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7279 | ms{'match_scores'},   # (Nucleotide searches) The \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7280 | match score is the bonus to the alignment score wh\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7281 | en matching the same base. The mismatch is the pen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7282 | alty when failing to match.\n    'gapopen=i'      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7283 |  => \\$params{'gapopen'},        # Penalty taken a\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7284 | way from the score when a gap is created in sequen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7285 | ce. Increasing the gap openning penalty will decre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7286 | ase the number of gaps in the final alignment.\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7287 |   'gapext=i'        => \\$params{'gapext'},       \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7288 |   # Penalty taken away from the score for each bas\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7289 | e or residue in the gap. Increasing the gap extens\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7290 | ion penalty favors short gaps in the final alignme\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7291 | nt, conversly decreasing the gap extension penalty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7292 |  favors long gaps in the final alignment.\n    'fi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7293 | lter=s'        => \\$params{'filter'},         # F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7294 | ilter regions of low sequence complexity. This can\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7295 |  avoid issues with low complexity sequences where \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7296 | matches are found due to composition rather than m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7297 | eaningful sequence similarity. However in some cas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7298 | es filtering also masks regions of interest and so\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7299 |  should be used with caution.\n    'seqrange=s'   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7300 |    => \\$params{'seqrange'},       # Specify a ran\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7301 | ge or section of the input sequence to use in the \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7302 | search. Example: Specifying '34-89' in an input se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7303 | quence of total length 100, will tell BLAST to onl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7304 | y use residues 34 to 89, inclusive.\n    'gapalign\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7305 | '        => \\$params{'gapalign'},       # This is\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7306 |  a true/false setting that tells the program the p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7307 | erform optimised alignments within regions involvi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7308 | ng gaps. If set to true, the program will perform \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7309 | an alignment using gaps. Otherwise, if it is set t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7310 | o false, it will report only individual HSP where \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7311 | two sequence match each other, and thus will not p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7312 | roduce alignments with gaps.\n    'wordsize=i'    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7313 |   => \\$params{'wordsize'},       # Word size for \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7314 | wordfinder algorithm\n    'compstats=s'     => \\$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7315 | params{'compstats'},      # Use composition-based \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7316 | statistics.\n    'align=i'         => \\$params{'a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7317 | lign'},          # Formating for the alignments\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7318 |    'transltable=i'   => \\$params{'transltable'}, \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7319 |    # Query Genetic code to use in translation\n   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7320 |  'stype=s'         => \\$params{'stype'},         \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7321 |  # Indicates if the sequence is protein or DNA/RNA\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7322 | .\n    'sequence=s'      => \\$params{'sequence'},\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7323 |        # The query sequence can be entered directl\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7324 | y into this form. The sequence can be in GCG, FAST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7325 | A, EMBL (Nucleotide only), GenBank, PIR, NBRF, PHY\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7326 | LIP or UniProtKB/Swiss-Prot (Protein only) format.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7327 |  A partially formatted sequence is not accepted. A\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7328 | dding a return to the end of the sequence may help\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7329 |  certain applications understand the input. Note t\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7330 | hat directly using data from word processors may y\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7331 | ield unpredictable results as hidden/control chara\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7332 | cters may be present.\n    'database=s'      => \\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7333 | $params{'database'},       # Database\n    # Gener\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7334 | ic options\n    'email=s'         => \\$params{'em\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7335 | ail'},          # User e-mail address\n    'title=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7336 | s'         => \\$params{'title'},          # Job t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7337 | itle\n    'outfile=s'       => \\$params{'outfile'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7338 | },        # Output file name\n    'outformat=s'   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7339 |   => \\$params{'outformat'},      # Output file ty\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7340 | pe\n    'jobid=s'         => \\$params{'jobid'},  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7341 |         # JobId\n    'help|h'          => \\$param\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7342 | s{'help'},           # Usage help\n    'asyncjob' \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7343 |        => \\$params{'asyncjob'},       # Asynchron\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7344 | ous submission\n    'polljob'         => \\$params\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7345 | {'polljob'},        # Get results\n    'pollFreq=f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7346 | '      => \\$params{'pollFreq'},       # Poll Freq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7347 | uency\n    'resultTypes'     => \\$params{'resultT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7348 | ypes'},    # Get result types\n    'status'       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7349 |    => \\$params{'status'},         # Get status\n \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7350 |    'params'          => \\$params{'params'},      \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7351 |    # List input parameters\n    'paramDetail=s'   \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7352 | => \\$params{'paramDetail'},    # Get details for \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7353 | parameter\n    'multifasta'      => \\$params{'mul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7354 | tifasta'},     # Multiple fasta input\n    'useSeq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7355 | Id'        => \\$params{'useSeqId'},       # Seq I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7356 | d file name\n    'maxJobs=i'       => \\$params{'m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7357 | axJobs'},        # Max. parallel jobs\n\n    'verb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7358 | ose'         => \\$params{'verbose'},        # Inc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7359 | rease output level\n    'version'         => \\$pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7360 | rams{'version'},        # Prints out the version o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7361 | f the Client and exit.\n    'quiet'           => \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7362 | \$params{'quiet'},          # Decrease output leve\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7363 | l\n    'debugLevel=i'    => \\$params{'debugLevel'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7364 | },     # Debugging level\n    'baseUrl=s'       =>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7365 |  \\$baseUrl,                  # Base URL for servi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7366 | ce.\n);\nif ($params{'verbose'}) {$outputLevel++}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7367 | nif ($params{'quiet'}) {$outputLevel--}\nif ($para\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7368 | ms{'pollFreq'}) {$checkInterval = $params{'pollFre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7369 | q'} * 1000 * 1000}\nif ($params{'baseUrl'}) {$base\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7370 | Url = $params{'baseUrl'}}\n\n&print_debug_message(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7371 | 'MAIN', 'LWP::VERSION: ' . $LWP::VERSION,\n    1);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7372 | \n\n&print_debug_message('MAIN', \"params:\\n\" . \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7373 | Dumper(\\%params), 11);\n\nmy $ua;\n\nmy $scriptNa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7374 | me = basename($0, ());\n\nif ($params{'help'} || $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7375 | numOpts == 0) {\n    &usage();\n    exit(0);\n}\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7376 | n&print_debug_message('MAIN', 'baseUrl: ' . $baseU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7377 | rl, 1);\nif (\n    !(\n        $params{'polljob'}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7378 | n            || $params{'resultTypes'}\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7379 |   || $params{'status'}\n            || $params{'pa\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7380 | rams'}\n            || $params{'paramDetail'}\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7381 |          || $params{'version'}\n    )\n        && \
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7382 | !(defined($ARGV[0]) || defined($params{'sequence'}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7383 | ))\n) {\n\n    # Bad argument combination, so prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7384 | t error message and usage\n    print STDERR 'Error\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7385 | : bad option combination', \"\\n\";\n    &usage();\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7386 | \n    exit(1);\n}\nelsif ($params{'params'}) {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7387 |   &print_tool_params();\n}\n\nelsif ($params{'para\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7388 | mDetail'}) {\n    &print_param_details($params{'pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7389 | ramDetail'});\n}\n\nelsif ($params{'version'}) {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7390 |   print STDOUT 'Revision: ' . $version, \"\\n\";\n\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7391 |   exit(1);\n}\n\nelsif ($params{'status'} && defin\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7392 | ed($params{'jobid'})) {\n    &print_job_status($pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7393 | rams{'jobid'});\n}\n\nelsif ($params{'resultTypes'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7394 | } && defined($params{'jobid'})) {\n    &print_resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7395 | lt_types($params{'jobid'});\n}\n\nelsif ($params{'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7396 | polljob'} && defined($params{'jobid'})) {\n    &ge\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7397 | t_results($params{'jobid'});\n}\n\nelse {\n    # M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7398 | ultiple input sequence mode, assume fasta format.\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7399 | n    if (defined($params{'multifasta'}) && $params\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7400 | {'multifasta'}) {\n        &multi_submit_job();\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7401 |    }\n\n    # Entry identifier list file.\n    els\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7402 | if ((defined($params{'sequence'}) && $params{'sequ\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7403 | ence'} =~ m/^\\@/)\n        || (defined($ARGV[0]) \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7404 | && $ARGV[0] =~ m/^\\@/)) {\n        my $list_filen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7405 | ame = $params{'sequence'} || $ARGV[0];\n        $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7406 | ist_filename =~ s/^\\@//;\n        &list_file_subm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7407 | it_job($list_filename);\n    }\n    # Default: sin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7408 | gle sequence/identifier.\n    else {\n        # Wa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7409 | rn for invalid batch only option use.\n        if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7410 | (defined($params{'useSeqId'}) && $params{'useSeqId\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7411 | '}) {\n            print STDERR \"Warning: --useSe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7412 | qId option ignored.\\n\";\n            delete $par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7413 | ams{'useSeqId'};\n        }\n        if (defined($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7414 | params{'maxJobs'}) && $params{'maxJobs'} > 1) {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7415 |            print STDERR \"Warning: --maxJobs optio\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7416 | n ignored.\\n\";\n            $params{'maxJobs'} =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7417 |  1;\n        }\n        # Load the sequence data a\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7418 | nd submit.\n        &submit_job(&load_data());\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7419 |   }\n}\n\n\n\n=head1 FUNCTIONS\n\n=cut\n\n\n=head2\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7420 |  rest_user_agent()\n\nGet a LWP UserAgent to use t\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7421 | o perform REST requests.\n\n  my $ua = &rest_user_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7422 | agent();\n\n=cut\n\nsub rest_user_agent() {\n    p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7423 | rint_debug_message('rest_user_agent', 'Begin', 21)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7424 | ;\n    # Create an LWP UserAgent for making HTTP c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7425 | alls.\n    my $ua = LWP::UserAgent->new();\n    # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7426 | Set 'User-Agent' HTTP header to identifiy the clie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7427 | nt.\n    my $revisionNumber = 0;\n    $revisionNum\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7428 | ber = \"Revision: \" . $version;\n    $ua->agent(\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7429 | "EBI-Sample-Client/$revisionNumber ($scriptName; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7430 | OSNAME) \" . $ua->agent());\n    # Configure HTTP \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7431 | proxy support from environment.\n    $ua->env_prox\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7432 | y;\n    print_debug_message('rest_user_agent', 'En\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7433 | d', 21);\n    return $ua;\n}\n\n=head2 rest_error(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7434 | )\n\nCheck a REST response for an error condition.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7435 |  An error is mapped to a die.\n\n  &rest_error($re\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7436 | sponse, $content_data);\n\n=cut\n\nsub rest_error(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7437 | ) {\n    print_debug_message('rest_error', 'Begin'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7438 | , 21);\n    my $response = shift;\n    my $content\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7439 | data;\n    if (scalar(@_) > 0) {\n        $content\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7440 | data = shift;\n    }\n    if (!defined($contentdat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7441 | a) || $contentdata eq '') {\n        $contentdata \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7442 | = $response->content();\n    }\n    # Check for HT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7443 | TP error codes\n    if ($response->is_error) {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7444 |       my $error_message = '';\n        # HTML resp\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7445 | onse.\n        if ($contentdata =~ m/<h1>([^<]+)<\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7446 | \/h1>/) {\n            $error_message = $1;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7447 |    }\n        #  XML response.\n        elsif ($co\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7448 | ntentdata =~ m/<description>([^<]+)<\\/description\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7449 | >/) {\n            $error_message = $1;\n        }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7450 | \n        # die 'http status: ' . $response->code \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7451 | . ' ' . $response->message . '  ' . $error_message\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7452 | ;\n    }\n    print_debug_message('rest_error', 'E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7453 | nd', 21);\n}\n\n=head2 rest_request()\n\nPerform a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7454 |  REST request (HTTP GET).\n\n  my $response_str = \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7455 | &rest_request($url);\n\n=cut\n\nsub rest_request {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7456 | \n    print_debug_message('rest_request', 'Begin',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7457 |  11);\n    my $requestUrl = shift;\n    print_debu\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7458 | g_message('rest_request', 'URL: ' . $requestUrl, 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7459 | 1);\n\n    # Get an LWP UserAgent.\n    $ua = &res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7460 | t_user_agent() unless defined($ua);\n    # Availab\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7461 | le HTTP compression methods.\n    my $can_accept;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7462 | n    eval {\n        $can_accept = HTTP::Message::\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7463 | decodable();\n    };\n    $can_accept = '' unless \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7464 | defined($can_accept);\n    # Perform the request\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7465 |     my $response = $ua->get($requestUrl,\n        \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7466 | 'Accept-Encoding' => $can_accept, # HTTP compressi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7467 | on.\n    );\n    print_debug_message('rest_request\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7468 | ', 'HTTP status: ' . $response->code,\n        11)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7469 | ;\n    print_debug_message('rest_request',\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7470 |   'response length: ' . length($response->content(\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7471 | )), 11);\n    print_debug_message('rest_request',\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7472 | n        'request:' . \"\\n\" . $response->request\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7473 | ()->as_string(), 32);\n    print_debug_message('re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7474 | st_request',\n        'response: ' . \"\\n\" . $re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7475 | sponse->as_string(), 32);\n    # Unpack possibly c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7476 | ompressed response.\n    my $retVal;\n    if (defi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7477 | ned($can_accept) && $can_accept ne '') {\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7478 | $retVal = $response->decoded_content();\n    }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7479 |   # If unable to decode use orginal content.\n    \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7480 | $retVal = $response->content() unless defined($ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7481 | Val);\n    # Check for an error.\n    &rest_error(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7482 | $response, $retVal);\n    print_debug_message('res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7483 | t_request', 'retVal: ' . $retVal, 12);\n    print_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7484 | debug_message('rest_request', 'End', 11);\n\n    #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7485 |  Return the response data\n    return $retVal;\n}\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7486 | n\n=head2 rest_get_parameters()\n\nGet list of too\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7487 | l parameter names.\n\n  my (@param_list) = &rest_g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7488 | et_parameters();\n\n=cut\n\nsub rest_get_parameter\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7489 | s {\n    print_debug_message('rest_get_parameters'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7490 | , 'Begin', 1);\n    my $url = $baseUrl . '/paramet\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7491 | ers/';\n    my $param_list_xml_str = rest_request(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7492 | $url);\n    my $param_list_xml = XMLin($param_list\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7493 | _xml_str);\n    my (@param_list) = @{$param_list_x\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7494 | ml->{'id'}};\n    print_debug_message('rest_get_pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7495 | rameters', 'End', 1);\n    return(@param_list);\n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7496 | \n\n=head2 rest_get_parameter_details()\n\nGet det\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7497 | ails of a tool parameter.\n\n  my $paramDetail = &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7498 | rest_get_parameter_details($param_name);\n\n=cut\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7499 | \nsub rest_get_parameter_details {\n    print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7500 | g_message('rest_get_parameter_details', 'Begin', 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7501 | );\n    my $parameterId = shift;\n    print_debug_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7502 | message('rest_get_parameter_details',\n        'pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7503 | rameterId: ' . $parameterId, 1);\n    my $url = $b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7504 | aseUrl . '/parameterdetails/' . $parameterId;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7505 |  my $param_detail_xml_str = rest_request($url);\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7506 |    my $param_detail_xml = XMLin($param_detail_xml_\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7507 | str);\n    print_debug_message('rest_get_parameter\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7508 | _details', 'End', 1);\n    return($param_detail_xm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7509 | l);\n}\n\n=head2 rest_run()\n\nSubmit a job.\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7510 | my $job_id = &rest_run($email, $title, \\%params )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7511 | ;\n\n=cut\n\nsub rest_run {\n    print_debug_messa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7512 | ge('rest_run', 'Begin', 1);\n    my $email = shift\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7513 | ;\n    my $title = shift;\n    my $params = shift;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7514 | \n    $email = '' if (!$email);\n    print_debug_m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7515 | essage('rest_run', 'email: ' . $email, 1);\n    if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7516 |  (defined($title)) {\n        print_debug_message(\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7517 | 'rest_run', 'title: ' . $title, 1);\n    }\n    pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7518 | int_debug_message('rest_run', 'params: ' . Dumper(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7519 | $params), 1);\n\n    # Get an LWP UserAgent.\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7520 | $ua = &rest_user_agent() unless defined($ua);\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7521 |    # Clean up parameters\n    my (%tmp_params) = %\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7522 | {$params};\n    $tmp_params{'email'} = $email;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7523 |   $tmp_params{'title'} = $title;\n    foreach my $\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7524 | param_name (keys(%tmp_params)) {\n        if (!def\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7525 | ined($tmp_params{$param_name})) {\n            del\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7526 | ete $tmp_params{$param_name};\n        }\n    }\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7527 | n    # Submit the job as a POST\n    my $url = $ba\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7528 | seUrl . '/run';\n    my $response = $ua->post($url\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7529 | , \\%tmp_params);\n    print_debug_message('rest_r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7530 | un', 'HTTP status: ' . $response->code, 11);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7531 | print_debug_message('rest_run',\n        'request:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7532 | ' . \"\\n\" . $response->request()->as_string(), 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7533 | 1);\n    print_debug_message('rest_run',\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7534 | 'response: ' . length($response->as_string()) . \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7535 | \\n\" . $response->as_string(), 11);\n\n    # Chec\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7536 | k for an error.\n    &rest_error($response);\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7537 |   # The job id is returned\n    my $job_id = $resp\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7538 | onse->content();\n    print_debug_message('rest_ru\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7539 | n', 'End', 1);\n    return $job_id;\n}\n\n=head2 r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7540 | est_get_status()\n\nCheck the status of a job.\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7541 |   my $status = &rest_get_status($job_id);\n\n=cut\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7542 | n\nsub rest_get_status {\n    print_debug_message(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7543 | 'rest_get_status', 'Begin', 1);\n    my $job_id = \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7544 | shift;\n    print_debug_message('rest_get_status',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7545 |  'jobid: ' . $job_id, 2);\n    my $status_str = 'U\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7546 | NKNOWN';\n    my $url = $baseUrl . '/status/' . $j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7547 | ob_id;\n    $status_str = &rest_request($url);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7548 |   print_debug_message('rest_get_status', 'status_s\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7549 | tr: ' . $status_str, 2);\n    print_debug_message(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7550 | 'rest_get_status', 'End', 1);\n    return $status_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7551 | str;\n}\n\n=head2 rest_get_result_types()\n\nGet l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7552 | ist of result types for finished job.\n\n  my (@re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7553 | sult_types) = &rest_get_result_types($job_id);\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7554 | =cut\n\nsub rest_get_result_types {\n    print_deb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7555 | ug_message('rest_get_result_types', 'Begin', 1);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7556 |     my $job_id = shift;\n    print_debug_message('\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7557 | rest_get_result_types', 'jobid: ' . $job_id, 2);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7558 |     my (@resultTypes);\n    my $url = $baseUrl . '\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7559 | /resulttypes/' . $job_id;\n    my $result_type_lis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7560 | t_xml_str = &rest_request($url);\n    my $result_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7561 | ype_list_xml = XMLin($result_type_list_xml_str);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7562 |     (@resultTypes) = @{$result_type_list_xml->{'ty\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7563 | pe'}};\n    print_debug_message('rest_get_result_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7564 | ypes',\n        scalar(@resultTypes) . ' result ty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7565 | pes', 2);\n    print_debug_message('rest_get_resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7566 | t_types', 'End', 1);\n    return(@resultTypes);\n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7567 | \n\n=head2 rest_get_result()\n\nGet result data of\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7568 |  a specified type for a finished job.\n\n  my $res\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7569 | ult = rest_get_result($job_id, $result_type);\n\n=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7570 | cut\n\nsub rest_get_result {\n    print_debug_mess\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7571 | age('rest_get_result', 'Begin', 1);\n    my $job_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7572 | d = shift;\n    my $type = shift;\n    print_debug\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7573 | _message('rest_get_result', 'jobid: ' . $job_id, 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7574 | );\n    print_debug_message('rest_get_result', 'ty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7575 | pe: ' . $type, 1);\n    my $url = $baseUrl . '/res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7576 | ult/' . $job_id . '/' . $type;\n    my $result = &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7577 | rest_request($url);\n    print_debug_message('rest\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7578 | _get_result', length($result) . ' characters',\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7579 |       1);\n    print_debug_message('rest_get_resul\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7580 | t', 'End', 1);\n    return $result;\n}\n\n\n=head2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7581 |  print_debug_message()\n\nPrint debug message at s\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7582 | pecified debug level.\n\n  &print_debug_message($m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7583 | ethod_name, $message, $level);\n\n=cut\n\nsub prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7584 | t_debug_message {\n    my $function_name = shift;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7585 | n    my $message = shift;\n    my $level = shift;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7586 | n    if ($level <= $params{'debugLevel'}) {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7587 |    print STDERR '[', $function_name, '()] ', $mess\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7588 | age, \"\\n\";\n    }\n}\n\n=head2 print_tool_param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7589 | s()\n\nPrint list of tool parameters.\n\n  &print_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7590 | tool_params();\n\n=cut\n\nsub print_tool_params {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7591 | n    print_debug_message('print_tool_params', 'Beg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7592 | in', 1);\n    my (@param_list) = &rest_get_paramet\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7593 | ers();\n    foreach my $param (sort (@param_list))\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7594 |  {\n        print $param, \"\\n\";\n    }\n    pri\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7595 | nt_debug_message('print_tool_params', 'End', 1);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7596 | }\n\n=head2 print_param_details()\n\nPrint details\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7597 |  of a tool parameter.\n\n  &print_param_details($p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7598 | aram_name);\n\n=cut\n\nsub print_param_details {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7599 |     print_debug_message('print_param_details', 'Be\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7600 | gin', 1);\n    my $paramName = shift;\n    print_d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7601 | ebug_message('print_param_details', 'paramName: ' \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7602 | . $paramName, 2);\n    my $paramDetail = &rest_get\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7603 | _parameter_details($paramName);\n    print $paramD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7604 | etail->{'name'}, \"\\t\", $paramDetail->{'type'}, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7605 | \"\\n\";\n    print $paramDetail->{'description'},\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7606 |  \"\\n\";\n    if (defined($paramDetail->{'values'\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7607 | }->{'value'})) {\n        if (ref($paramDetail->{'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7608 | values'}->{'value'}) eq 'ARRAY') {\n            fo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7609 | reach my $value (@{$paramDetail->{'values'}->{'val\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7610 | ue'}}) {\n                &print_param_value($valu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7611 | e);\n            }\n        }\n        else {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7612 |          &print_param_value($paramDetail->{'values\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7613 | '}->{'value'});\n        }\n    }\n    print_debug\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7614 | _message('print_param_details', 'End', 1);\n}\n\n=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7615 | head2 print_param_value()\n\nPrint details of a to\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7616 | ol parameter value.\n\n  &print_param_details($par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7617 | am_value);\n\nUsed by print_param_details() to han\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7618 | dle both singluar and array values.\n\n=cut\n\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7619 |  print_param_value {\n    my $value = shift;\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7620 | print $value->{'value'};\n    if ($value->{'defaul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7621 | tValue'} eq 'true') {\n        print \"\\t\", 'def\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7622 | ault';\n    }\n    print \"\\n\";\n    print \"\\t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7623 | \", $value->{'label'}, \"\\n\";\n    if (defined($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7624 | value->{'properties'})) {\n        foreach\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7625 |   my $key (sort ( keys(%{$value->{'properties'}{'p\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7626 | roperty'}}) )) {\n            if (ref($value->{'pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7627 | operties'}{'property'}{$key}) eq 'HASH'\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7628 |        && defined($value->{'properties'}{'property\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7629 | '}{$key}{'value'})\n            ) {\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7630 |    print \"\\t\", $key, \"\\t\",\n                \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7631 |     $value->{'properties'}{'property'}{$key}{'valu\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7632 | e'}, \"\\n\";\n            }\n            else {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7633 |                 print \"\\t\", $value->{'propertie\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7634 | s'}{'property'}{'key'},\n                    \"\\t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7635 | \", $value->{'properties'}{'property'}{'value'}, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7636 | "\\n\";\n                last;\n            }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7637 |      }\n    }\n}\n\n=head2 print_job_status()\n\nP\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7638 | rint status of a job.\n\n  &print_job_status($job_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7639 | id);\n\n=cut\n\nsub print_job_status {\n    print_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7640 | debug_message('print_job_status', 'Begin', 1);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7641 |   my $jobid = shift;\n    print_debug_message('pri\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7642 | nt_job_status', 'jobid: ' . $jobid, 1);\n    if ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7643 | outputLevel > 0) {\n        print STDERR 'Getting \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7644 | status for job ', $jobid, \"\\n\";\n    }\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7645 | $result = &rest_get_status($jobid);\n    print \"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7646 | result\\n\";\n    if ($result eq 'FINISHED' && $ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7647 | tputLevel > 0) {\n        print STDERR \"To get re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7648 | sults: perl $scriptName --polljob --jobid \" . $jo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7649 | bid\n            . \"\\n\";\n    }\n    print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7650 | g_message('print_job_status', 'End', 1);\n}\n\n=he\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7651 | ad2 print_result_types()\n\nPrint available result\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7652 |  types for a job.\n\n  &print_result_types($job_id\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7653 | );\n\n=cut\n\nsub print_result_types {\n    print_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7654 | debug_message('result_types', 'Begin', 1);\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7655 |  $jobid = shift;\n    print_debug_message('result_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7656 | types', 'jobid: ' . $jobid, 1);\n    if ($outputLe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7657 | vel > 0) {\n        print STDERR 'Getting result t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7658 | ypes for job ', $jobid, \"\\n\";\n    }\n    my $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7659 | tatus = &rest_get_status($jobid);\n    if ($status\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7660 |  eq 'PENDING' || $status eq 'RUNNING') {\n        \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7661 | print STDERR 'Error: Job status is ', $status,\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7662 |           '. To get result types the job must be f\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7663 | inished.', \"\\n\";\n    }\n    else {\n        my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7664 |  (@resultTypes) = &rest_get_result_types($jobid);\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7665 | n        if ($outputLevel > 0) {\n            prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7666 | t STDOUT 'Available result types:', \"\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7667 |     }\n        foreach my $resultType (@resultType\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7668 | s) {\n            print STDOUT $resultType->{'iden\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7669 | tifier'}, \"\\n\";\n            if (defined($resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7670 | tType->{'label'})) {\n                print STDOUT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7671 |  \"\\t\", $resultType->{'label'}, \"\\n\";\n      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7672 |       }\n            if (defined($resultType->{'de\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7673 | scription'})) {\n                print STDOUT \"\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7674 | t\", $resultType->{'description'}, \"\\n\";\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7675 |        }\n            if (defined($resultType->{'m\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7676 | ediaType'})) {\n                print STDOUT \"\\t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7677 | \", $resultType->{'mediaType'}, \"\\n\";\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7678 |     }\n            if (defined($resultType->{'file\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7679 | Suffix'})) {\n                print STDOUT \"\\t\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7680 | , $resultType->{'fileSuffix'}, \"\\n\";\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7681 |    }\n        }\n        if ($status eq 'FINISHED'\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7682 |  && $outputLevel > 0) {\n            print STDERR \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7683 | \"\\n\", 'To get results:', \"\\n\",\n            \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7684 |     \"  perl $scriptName --polljob --jobid \" . $p\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7685 | arams{'jobid'} . \"\\n\",\n                \"  per\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7686 | l $scriptName --polljob --outformat <type> --jobid\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7687 |  \"\n                    . $params{'jobid'} . \"\\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7688 | n\";\n        }\n    }\n    print_debug_message('r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7689 | esult_types', 'End', 1);\n}\n\n=head2 submit_job()\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7690 | \n\nSubmit a job to the service.\n\n  &submit_job(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7691 | $seq);\n\n=cut\n\nsub submit_job {\n    print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7692 | g_message('submit_job', 'Begin', 1);\n\n    # Set \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7693 | input sequence\n    $params{'sequence'} = shift;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7694 |     my $seq_id = shift;\n\n    # Load parameters\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7695 |     &load_params();\n\n    # Submit the job\n    m\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7696 | y $jobid = &rest_run($params{'email'}, $params{'ti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7697 | tle'}, \\%params);\n\n    # Asynchronous submissio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7698 | n.\n    if (defined($params{'asyncjob'})) {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7699 |    print STDOUT $jobid, \"\\n\";\n        if ($out\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7700 | putLevel > 0) {\n            print STDERR\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7701 |          \"To check status: perl $scriptName --sta\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7702 | tus --jobid $jobid\\n\";\n        }\n    }\n\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7703 | # Simulate synchronous submission serial mode.\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7704 |   else {\n        if ($outputLevel > 0) {\n       \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7705 |      print STDERR \"JobId: $jobid\\n\";\n        }\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7706 |  else {\n            print STDERR \"$jobid\\n\";\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7707 |         }\n        usleep($checkInterval);\n      \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7708 |   # Get results.\n        &get_results($jobid, $se\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7709 | q_id);\n\n    }\n    print_debug_message('submit_j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7710 | ob', 'End', 1);\n    return $jobid;\n}\n=head2 mul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7711 | ti_submit_job()\n\nSubmit multiple jobs assuming i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7712 | nput is a collection of fasta formatted sequences.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7713 | \n\n  &multi_submit_job();\n\n=cut\n\nsub multi_su\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7714 | bmit_job {\n    print_debug_message('multi_submit_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7715 | job', 'Begin', 1);\n    my (@filename_list) = ();\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7716 | n\n    # Query sequence\n    if (defined($ARGV[0])\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7717 | ) {                  # Bare option\n        if (-f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7718 |  $ARGV[0] || $ARGV[0] eq '-') { # File\n          \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7719 |   push(@filename_list, $ARGV[0]);\n        }\n    \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7720 |     else {\n            warn 'Warning: Input file \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7721 | \"' . $ARGV[0] . '\" does not exist';\n        }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7722 |     }\n    if ($params{'sequence'}) {             \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7723 |                          # Via --sequence\n       \
      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7724 |  if (-f $params{'sequence'} || $params{'sequence'}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7725 |  eq '-') { # File\n            push(@filename_list\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7726 | , $params{'sequence'});\n        }\n        else {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7727 | \n            warn 'Warning: Input file \"'\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7728 |            . $params{'sequence'}\n                \
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7729 | . '\" does not exist';\n        }\n    }\n\n    # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7730 | Job identifier tracking for parallel execution.\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7731 |    my @jobid_list = ();\n    my $job_number = 0;\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7732 |     $/ = '>';\n    foreach my $filename (@filename\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7733 | _list) {\n        my $INFILE;\n        if ($filena\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7734 | me eq '-') { # STDIN.\n            open($INFILE, '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7735 | <-')\n                or die 'Error: unable to STD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7736 | IN (' . $! . ')';\n        }\n        else { # Fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7737 | e.\n            open($INFILE, '<', $filename)\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7738 |              or die 'Error: unable to open file '\\
      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7739 | n                . $filename . ' ('\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7740 |    . $! . ')';\n        }\n        while (<$INFILE\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7741 | >) {\n            my $seq = $_;\n            $seq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7742 | =~ s/>$//;\n            if ($seq =~ m/(\\S+)/) {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7743 |                 my $seq_id = $1;\n                \
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7744 | print STDERR \"Submitting job for: $seq_id\\n\"\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7745 |                    if ($outputLevel > 0);\n       \
      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7746 |          $seq = '>' . $seq;\n                &prin\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7747 | t_debug_message('multi_submit_job', $seq, 11);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7748 |               $job_number++;\n                my $\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7749 | job_id = &submit_job($seq, $seq_id);\n\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7750 |       my $job_info_str = sprintf('%s %d %d', $job_\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7751 | id, 0, $job_number);\n\n                push(@jobi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7752 | d_list, $job_info_str);\n            }\n\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7753 |     # Parallel mode, wait for job(s) to finish to \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7754 | free slots.\n            while ($params{'maxJobs'}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7755 |  > 1\n                && scalar(@jobid_list) >= $p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7756 | arams{'maxJobs'}) {\n                &_job_list_po\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7757 | ll(\\@jobid_list);\n                print_debug_me\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7758 | ssage('multi_submit_job',\n                    'Re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7759 | maining jobs: ' . scalar(@jobid_list), 1);\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7760 |       }\n        }\n        close $INFILE;\n    }\\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7761 | n\n    # Parallel mode, wait for remaining jobs to\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7762 |  finish.\n    while ($params{'maxJobs'} > 1 && sca\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7763 | lar(@jobid_list) > 0) {\n        &_job_list_poll(\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7764 | \@jobid_list);\n        print_debug_message('multi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7765 | _submit_job',\n            'Remaining jobs: ' . sc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7766 | alar(@jobid_list), 1);\n    }\n    print_debug_mes\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7767 | sage('multi_submit_job', 'End', 1);\n}\n\n\n=head2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7768 |  _job_list_poll()\n\nPoll the status of a list of \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7769 | jobs and fetch results for finished jobs.\n\n  whi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7770 | le(scalar(@jobid_list) > 0) {\n    &_job_list_poll\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7771 | (\\@jobid_list);\n  }\n\n=cut\n\nsub _job_list_pol\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7772 | l {\n    print_debug_message('_job_list_poll', 'Be\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7773 | gin', 1);\n    my $jobid_list = shift;\n    print_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7774 | debug_message('_job_list_poll', 'Num jobs: ' . sca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7775 | lar(@$jobid_list),\n        11);\n\n    # Loop tho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7776 | ugh job Id list polling job status.\n    for (my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7777 | jobNum = (scalar(@$jobid_list) - 1); $jobNum > -1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7778 |  $jobNum--) {\n        my ($jobid, $seq_id, $error\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7779 | _count, $job_number) =\n            split(/\\s+/, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7780 | $jobid_list->[$jobNum]);\n        print_debug_mess\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7781 | age('_job_list_poll', 'jobNum: ' . $jobNum, 12);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7782 |         print_debug_message('_job_list_poll',\n   \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7783 |          'Job info: ' . $jobid_list->[$jobNum], 12\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7784 | );\n\n        # Get job status.\n        my $job_s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7785 | tatus = &rest_get_status($jobid);\n        print_d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7786 | ebug_message('_job_list_poll', 'Status: ' . $job_s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7787 | tatus, 12);\n\n        # Fetch results and remove \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7788 | finished/failed jobs from list.\n        if (\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7789 |          !(\n                $job_status eq 'RUNNI\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7790 | NG'\n                    || $job_status eq 'PENDIN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7791 | G'\n                    || ($job_status eq 'ERROR'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7792 | \n                    && $error_count < $maxErrorS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7793 | tatusCount)\n            )\n        ) {\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7794 |    if ($job_status eq 'ERROR' || $job_status eq 'F\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7795 | AILED') {\n                print STDERR\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7796 |            \"Warning: job $jobid failed for sequen\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7797 | ce $job_number: $seq_id\\n\";\n            }\n                  #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7798 |  Duplicated getting results.\n            #&get_re\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7799 | sults($jobid, $seq_id);\n            splice(@$jobi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7800 | d_list, $jobNum, 1);\n        }\n        else {\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7801 | n            # Update error count, increment for n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7802 | ew error or clear old errors.\n            if ($jo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7803 | b_status eq 'ERROR') {\n                $error_cou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7804 | nt++;\n            }\n            elsif ($error_co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7805 | unt > 0) {\n                $error_count--;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7806 |        }\n\n            # Update job tracking info\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7807 | .\n            my $job_info_str = sprintf('%s %s %\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7808 | d %d',\n                $jobid, $seq_id, $error_co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7809 | unt, $job_number);\n            $jobid_list->[$job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7810 | Num] = $job_info_str;\n        }\n    }\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7811 | _debug_message('_job_list_poll', 'Num jobs: ' . sc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7812 | alar(@$jobid_list),\n        11);\n    print_debug\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7813 | _message('_job_list_poll', 'End', 1);\n}\n\n=head2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7814 |  list_file_submit_job()\n\nSubmit multiple jobs us\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7815 | ing a file containing a list of entry identifiers \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7816 | as\ninput.\n\n  &list_file_submit_job($list_filena\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7817 | me)\n\n=cut\n\nsub list_file_submit_job {\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7818 | nt_debug_message('list_file_submit_job', 'Begin', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7819 | 1);\n    my $filename = shift;\n\n    # Open the f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7820 | ile of identifiers.\n    my $LISTFILE;\n    if ($f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7821 | ilename eq '-') { # STDIN.\n        open($LISTFILE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7822 | , '<-')\n            or die 'Error: unable to STDI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7823 | N (' . $! . ')';\n    }\n    else { # File.\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7824 |    open($LISTFILE, '<', $filename)\n            or\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7825 |  die 'Error: unable to open file ' . $filename . '\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7826 |  (' . $! . ')';\n    }\n\n    # Job identifier tra\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7827 | cking for parallel execution.\n    my @jobid_list \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7828 | = ();\n    my $job_number = 0;\n\n    # Iterate ov\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7829 | er identifiers, submitting each job\n    while (<$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7830 | LISTFILE>) {\n        my $line = $_;\n        chom\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7831 | p($line);\n        if ($line ne '') {\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7832 |  &print_debug_message('list_file_submit_job', 'lin\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7833 | e: ' . $line, 2);\n            if ($line =~ m/\\w:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7834 | \\w/) {\n                # Check this is an identi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7835 | fier\n                my $seq_id = $line;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7836 |          print STDERR \"Submitting job for: $seq_i\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7837 | d\\n\"\n                    if ($outputLevel > 0);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7838 | \n                $job_number++;\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7839 | my $job_id = &submit_job($seq_id, $seq_id);\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7840 |            my $job_info_str =\n                   \
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7841 |  sprintf('%s %s %d %d', $job_id, $seq_id, 0, $job_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7842 | number);\n                push(@jobid_list, $job_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7843 | nfo_str);\n            }\n            else {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7844 |             print STDERR\n                    \"Wa\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7845 | rning: line \\\"$line\\\" is not recognised as an \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7846 | identifier\\n\";\n            }\n\n            # P\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7847 | arallel mode, wait for job(s) to finish to free sl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7848 | ots.\n            while ($params{'maxJobs'} > 1\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7849 |                && scalar(@jobid_list) >= $params{'\
      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7850 | maxJobs'}) {\n                &_job_list_poll(\\@j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7851 | obid_list);\n                print_debug_message('\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7852 | list_file_submit_job',\n                    'Remai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7853 | ning jobs: ' . scalar(@jobid_list), 1);\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7854 |    }\n        }\n    }\n    close $LISTFILE;\n\n  \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7855 |   # Parallel mode, wait for remaining jobs to fini\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7856 | sh.\n    while ($params{'maxJobs'} > 1 && scalar(@\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7857 | jobid_list) > 0) {\n        &_job_list_poll(\\@job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7858 | id_list);\n        print_debug_message('list_file_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7859 | submit_job',\n            'Remaining jobs: ' . sca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7860 | lar(@jobid_list), 1);\n    }\n    print_debug_mess\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7861 | age('list_file_submit_job', 'End', 1);\n}\n\n\n=he\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7862 | ad2 load_data()\n\nLoad sequence data from file or\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7863 |  option specified on the command-line.\n\n  &load_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7864 | data();\n\n=cut\n\nsub load_data {\n    print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7865 | g_message('load_data', 'Begin', 1);\n    my $retSe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7866 | q;\n\n    # Query sequence\n    if (defined($ARGV[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7867 | 0])) {                  # Bare option\n        if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7868 | (-f $ARGV[0] || $ARGV[0] eq '-') { # File\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7869 |      $retSeq = &read_file($ARGV[0]);\n        }\n \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7870 |        else { # DB:ID or sequence\n            $re\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7871 | tSeq = $ARGV[0];\n        }\n    }\n    if ($param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7872 | s{'sequence'}) {                                  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7873 |     # Via --sequence\n        if (-f $params{'sequ\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7874 | ence'} || $params{'sequence'} eq '-') { # File\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7875 |           $retSeq = &read_file($params{'sequence'}\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7876 | );\n        }\n        else { # DB:ID or sequence\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7877 | n            $retSeq = $params{'sequence'};\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7878 |    }\n    }\n    print_debug_message('load_data', \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7879 | 'End', 1);\n    return $retSeq;\n}\n\n=head2 load_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7880 | params()\n\nLoad job parameters from command-line \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7881 | options.\n\n  &load_params();\n\n=cut\n\nsub load_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7882 | params {\n    print_debug_message('load_params', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7883 | Begin', 1);\n\n    # Pass default values and fix b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7884 | ools (without default value)\n    if ($params{'sty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7885 | pe'} eq 'protein') {\n        if (!$params{'task'}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7886 | ) {\n            $params{'task'} = 'blastp'\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7887 |    }\n    }\n    if ($params{'stype'} eq 'nucleoti\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7888 | de') {\n        if (!$params{'task'}) {\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7889 |    $params{'task'} = 'blastn'\n        }\n    }\n \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7890 |    if ($params{'stype'} eq 'vector') {\n        if\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7891 |  (!$params{'task'}) {\n            $params{'task'}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7892 |  = 'blastn'\n        }\n    }\n\n    if ($params{'\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7893 | stype'} eq 'protein') {\n        if (!$params{'mat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7894 | rix'}) {\n            $params{'matrix'} = 'BLOSUM6\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7895 | 2'\n        }\n    }\n    if ($params{'stype'} eq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7896 | 'nucleotide') {\n        if (!$params{'matrix'}) {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7897 | \n            $params{'matrix'} = 'NONE'\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7898 | }\n    }\n    if ($params{'stype'} eq 'vector') {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7899 | n        if (!$params{'matrix'}) {\n            $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7900 | arams{'matrix'} = 'NONE'\n        }\n    }\n\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7901 | if (!$params{'alignments'}) {\n        $params{'al\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7902 | ignments'} = 50\n    }\n\n    if (!$params{'scores\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7903 | '}) {\n        $params{'scores'} = 50\n    }\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7904 |   if (!$params{'exp'}) {\n        $params{'exp'} =\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7905 |  '10'\n    }\n\n    if (!$params{'dropoff'}) {\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7906 |       $params{'dropoff'} = 0\n    }\n\n    if ($pa\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7907 | rams{'stype'} eq 'nucleotide') {\n        if (!$pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7908 | rams{'match_scores'}) {\n            $params{'matc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7909 | h_scores'} = '1,-3'\n        }\n    }\n    if ($pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7910 | rams{'stype'} eq 'vector') {\n        if (!$params\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7911 | {'match_scores'}) {\n            $params{'match_sc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7912 | ores'} = '1,-3'\n        }\n    }\n\n    if (!$par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7913 | ams{'gapopen'}) {\n        $params{'gapopen'} = -1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7914 | \n    }\n\n    if (!$params{'gapext'}) {\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7915 | $params{'gapext'} = -1\n    }\n\n    if ($params{'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7916 | stype'} eq 'protein') {\n        if (!$params{'fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7917 | ter'}) {\n            $params{'filter'} = 'F'\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7918 |      }\n    }\n    if ($params{'stype'} eq 'nucleo\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7919 | tide') {\n        if (!$params{'filter'}) {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7920 |        $params{'filter'} = 'T'\n        }\n    }\n\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7921 |     if ($params{'stype'} eq 'vector') {\n        i\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7922 | f (!$params{'filter'}) {\n            $params{'fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7923 | ter'} = 'T'\n        }\n    }\n\n    if (!$params{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7924 | 'gapalign'}) {\n        $params{'gapalign'} = 'tru\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7925 | e'\n    }\n\n    if (!$params{'compstats'}) {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7926 |      $params{'compstats'} = 'F'\n    }\n\n    if (\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7927 | !$params{'align'}) {\n        $params{'align'} = 0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7928 | \n    }\n\n    if (!$params{'transltable'}) {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7929 |      $params{'transltable'} = 1\n    }\n\n    prin\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7930 | t_debug_message('load_params', 'End', 1);\n}\n\n=h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7931 | ead2 client_poll()\n\nClient-side job polling.\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7932 |   &client_poll($job_id);\n\n=cut\n\nsub client_pol\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7933 | l {\n    print_debug_message('client_poll', 'Begin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7934 | ', 1);\n    my $jobid = shift;\n    my $status = '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7935 | PENDING';\n\n    # Check status and wait if not fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7936 | nished. Terminate if three attempts get \"ERROR\".\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7937 | \n    my $errorCount = 0;\n    while ($status eq '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7938 | RUNNING'\n        || $status eq 'PENDING'\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7939 |  || ($status eq 'ERROR' && $errorCount < 2)) {\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7940 |       $status = rest_get_status($jobid);\n        \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7941 | print STDERR \"$status\\n\" if ($outputLevel > 0);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7942 | \n        if ($status eq 'ERROR') {\n            $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7943 | errorCount++;\n        }\n        elsif ($errorCou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7944 | nt > 0) {\n            $errorCount--;\n        }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7945 |         if ($status eq 'RUNNING'\n            || $\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7946 | status eq 'PENDING'\n            || $status eq 'ER\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7947 | ROR') {\n\n            # Wait before polling again\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7948 | .\n            usleep($checkInterval);\n        }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7949 | n    }\n    print_debug_message('client_poll', 'En\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7950 | d', 1);\n    return $status;\n}\n\n=head2 get_resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7951 | lts()\n\nGet the results for a job identifier.\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7952 |   &get_results($job_id);\n\n=cut\n\nsub get_result\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7953 | s {\n    print_debug_message('get_results', 'Begin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7954 | ', 1);\n    my $jobid = shift;\n    print_debug_me\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7955 | ssage('get_results', 'jobid: ' . $jobid, 1);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7956 | my $seq_id = shift;\n    print_debug_message('get_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7957 | results', 'seq_id: ' . $seq_id, 1) if ($seq_id);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7958 | \n    my $output_basename = $jobid;\n\n    # Verbo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7959 | se\n    if ($outputLevel > 1) {\n        print 'Ge\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7960 | tting results for job ', $jobid, \"\\n\";\n    }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7961 | \n    # Check status, and wait if not finished\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7962 |   client_poll($jobid);\n\n    # Default output fil\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7963 | e names use JobId, however the name can be specifi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7964 | ed...\n    if (defined($params{'outfile'})) {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7965 |      $output_basename = $params{'outfile'};\n    }\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7966 | \n    # Or use sequence identifer.\n    elsif (def\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7967 | ined($params{'useSeqId'} && defined($seq_id) && $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7968 | eq_id ne '')) {\n        $output_basename = $seq_i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7969 | d;\n\n        # Make safe to use as a file name.\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7970 |         $output_basename =~ s/\\W/_/g;\n    }\n\n \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7971 |    # Use JobId if output file name is not defined\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7972 | n    else {\n        unless (defined($params{'outf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7973 | ile'})) {\n            #$params{'outfile'} = $jobi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7974 | d;\n            $output_basename = $jobid;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7975 |   }\n    }\n\n    # Get list of data types\n    my\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7976 |  (@resultTypes) = rest_get_result_types($jobid);\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7977 | \n\n    # Get the data and write it to a file\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7978 |  if (defined($params{'outformat'})) {\n        # S\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7979 | pecified data type\n        # check to see if ther\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7980 | e are multiple formats (comma separated)\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7981 | my $sep = \",\";\n        my (@multResultTypes);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7982 |         if ($params{'outformat'} =~ /$sep/) {\n   \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7983 |          @multResultTypes = split(',', $params{'ou\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7984 | tformat'});\n        }\n        else {\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7985 |   $multResultTypes[0] = $params{'outformat'};\n   \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7986 |      }\n        # check if the provided formats ar\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7987 | e recognised\n        foreach my $inputType (@mult\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7988 | ResultTypes) {\n            my $expectation = 0;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7989 |             foreach my $resultType (@resultTypes) \
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7990 | {\n                if ($resultType->{'identifier'}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7991 |  eq $inputType && $expectation eq 0) {\n          \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7992 |           $expectation = 1;\n                }\n  \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7993 |           }\n            if ($expectation ne 1) {\\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7994 | n                die 'Error: unknown result format\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7995 |  \"' . $inputType . '\"';\n            }\n        \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7996 | }\n        # if so get the files\n        my $selR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7997 | esultType;\n        foreach my $resultType (@resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7998 | tTypes) {\n            if (grep {$_ eq $resultType\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 7999 | ->{'identifier'}} @multResultTypes) {\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8000 |      $selResultType = $resultType;\n              \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8001 |   my $result = rest_get_result($jobid, $selResultT\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8002 | ype->{'identifier'});\n                if (defined\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8003 | ($params{'outfile'}) && $params{'outfile'} eq '-')\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8004 |  {\n                    write_file($params{'outfil\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8005 | e'}, $result);\n                }\n               \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8006 |  else {\n                    write_file(\n        \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8007 |                 $output_basename . '.'\n          \
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8008 |                   . $selResultType->{'identifier'}\
      |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8009 |  . '.'\n                            . $selResultTy\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8010 | pe->{'fileSuffix'},\n                        $resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8011 | lt\n                    );\n                }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8012 |          }\n        }\n    }\n    else { # Data ty\
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8013 | pes available\n        # Write a file for each out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8014 | put type\n        for my $resultType (@resultTypes\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8015 | ) {\n            if ($outputLevel > 1) {\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8016 |         print STDERR 'Getting ', $resultType->{'id\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8017 | entifier'}, \"\\n\";\n            }\n            m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8018 | y $result = rest_get_result($jobid, $resultType->{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8019 | 'identifier'});\n            if (defined($params{'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8020 | outfile'}) && $params{'outfile'} eq '-') {\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8021 |           write_file($params{'outfile'}, $result);\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8022 | \n            }\n            else {\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8023 |    write_file(\n                    $output_basena\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8024 | me . '.'\n                        . $resultType->{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8025 | 'identifier'} . '.'\n                        . $re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8026 | sultType->{'fileSuffix'},\n                    $re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8027 | sult\n                );\n            }\n        }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8028 | \n    }\n    print_debug_message('get_results', 'E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8029 | nd', 1);\n}\n\n=head2 read_file()\n\nRead a file i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8030 | nto a scalar. The special filename '-' can be used\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8031 |  to read from\nstandard input (STDIN).\n\n  my $da\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8032 | ta = &read_file($filename);\n\n=cut\n\nsub read_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8033 | le {\n    print_debug_message('read_file', 'Begin'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8034 | , 1);\n    my $filename = shift;\n    print_debug_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8035 | message('read_file', 'filename: ' . $filename, 2);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8036 | \n    my ($content, $buffer);\n    if ($filename e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8037 | q '-') {\n        while (sysread(STDIN, $buffer, 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8038 | 024)) {\n            $content .= $buffer;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8039 |  }\n    }\n    else {\n        # File\n        ope\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8040 | n(my $FILE, '<', $filename)\n            or die \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8041 | Error: unable to open input file $filename ($!)\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8042 | \n        while (sysread($FILE, $buffer, 1024)) {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8043 | n            $content .= $buffer;\n        }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8044 |     close($FILE);\n    }\n    print_debug_message(\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8045 | 'read_file', 'End', 1);\n    return $content;\n}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8046 | \n=head2 write_file()\n\nWrite data to a file. The\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8047 |  special filename '-' can be used to write to\nsta\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8048 | ndard output (STDOUT).\n\n  &write_file($filename,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8049 |  $data);\n\n=cut\n\nsub write_file {\n    print_de\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8050 | bug_message('write_file', 'Begin', 1);\n    my ($f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8051 | ilename, $data) = @_;\n    print_debug_message('wr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8052 | ite_file', 'filename: ' . $filename, 2);\n    if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8053 | $outputLevel > 0) {\n        print STDERR 'Creatin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8054 | g result file: ' . $filename . \"\\n\";\n    }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8055 |   if ($filename eq '-') {\n        print STDOUT $d\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8056 | ata;\n    }\n    else {\n        open(my $FILE, '>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8057 | ', $filename)\n            or die \"Error: unable \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8058 | to open output file $filename ($!)\";\n        sys\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8059 | write($FILE, $data);\n        close($FILE);\n    }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8060 | \n    print_debug_message('write_file', 'End', 1);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8061 | \n}\n\n=head2 usage()\n\nPrint program usage messa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8062 | ge.\n\n  &usage();\n\n=cut\n\nsub usage {\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8063 | nt STDERR <<EOF\nEMBL-EBI NCBI Blast Perl Client:\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8064 | n\nSequence similarity search with NCBI Blast.\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8065 | [Required (for job submission)]\n  --email        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8066 |        E-mail address.\n  --program             Th\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8067 | e BLAST program to be used for the Sequence Simila\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8068 | rity\n                        Search.\n  --stype  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8069 |              Indicates if the sequence is protein \
      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8070 | or DNA/RNA.\n  --sequence            The query seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8071 | uence can be entered directly into this form.\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8072 |                      The sequence can be in GCG, F\
      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8073 | ASTA, EMBL (Nucleotide only),\n                   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8074 |      GenBank, PIR, NBRF, PHYLIP or UniProtKB/Swiss\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8075 | -Prot (Protein\n                        only) form\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8076 | at. A partially formatted sequence is not\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8077 |                  accepted. Adding a return to the \
      |                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8078 | end of the sequence may\n                        h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8079 | elp certain applications understand the input. Not\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8080 | e that\n                        directly using dat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8081 | a from word processors may yield\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8082 |         unpredictable results as hidden/control ch\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8083 | aracters may be\n                        present.\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8084 | n  --database            Database.\n\n[Optional]\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8085 |   --task                Task option (only selectab\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8086 | le for blastn).\n  --matrix              (Protein \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8087 | searches) The substitution matrix used for scoring\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8088 | \n                        alignments when searchin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8089 | g the database.\n  --alignments          Maximum n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8090 | umber of match alignments reported in the result\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8091 |                         output.\n  --scores       \
      |                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8092 |        Maximum number of match score summaries rep\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8093 | orted in the\n                        result outpu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8094 | t.\n  --exp                 Limits the number of s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8095 | cores and alignments reported based on\n          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8096 |               the expectation value. This is the m\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8097 | aximum number of times\n                        th\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8098 | e match is expected to occur by chance.\n  --dropo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8099 | ff             The amount a score can drop before \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8100 | gapped extension of word\n                        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8101 | hits is halted.\n  --match_scores        (Nucleoti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8102 | de searches) The match score is the bonus to the\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8103 |                         alignment score when match\
      |                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8104 | ing the same base. The mismatch is\n              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8105 |           the penalty when failing to match.\n  --\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8106 | gapopen             Penalty taken away from the sc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8107 | ore when a gap is created in\n                    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8108 |     sequence. Increasing the gap openning penalty \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8109 | will decrease\n                        the number \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8110 | of gaps in the final alignment.\n  --gapext       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8111 |        Penalty taken away from the score for each \
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8112 | base or residue\n                        in the ga\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8113 | p. Increasing the gap extension penalty favors\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8114 |                       short gaps in the final alig\
      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8115 | nment, conversly decreasing the\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8116 |        gap extension penalty favors long gaps in t\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8117 | he final\n                        alignment.\n  --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8118 | filter              Filter regions of low sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8119 |  complexity. This can avoid\n                     \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8120 |    issues with low complexity sequences where matc\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8121 | hes are found\n                        due to comp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8122 | osition rather than meaningful sequence\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8123 |                similarity. However in some cases f\
      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8124 | iltering also masks\n                        regio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8125 | ns of interest and so should be used with caution.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8126 | \n  --seqrange            Specify a range or secti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8127 | on of the input sequence to use in\n              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8128 |           the search. Example: Specifying '34-89' \
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8129 | in an input sequence\n                        of t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8130 | otal length 100, will tell BLAST to only use resid\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8131 | ues 34\n                        to 89, inclusive.\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8132 | n  --gapalign            This is a true/false sett\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8133 | ing that tells the program the\n                  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8134 |       perform optimised alignments within regions \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8135 | involving gaps.\n                        If set to\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8136 |  true, the program will perform an alignment using\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8137 | \n                        gaps. Otherwise, if it i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8138 | s set to false, it will report only\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8139 |            individual HSP where two sequence match\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8140 |  each other, and thus\n                        wil\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8141 | l not produce alignments with gaps.\n  --wordsize \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8142 |            Word size for wordfinder algorithm.\n  \
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8143 | --compstats           Use composition-based statis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8144 | tics.\n  --align               Formating for the a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8145 | lignments.\n  --transltable         Query Genetic \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8146 | code to use in translation.\n\n[General]\n  -h, --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8147 | help            Show this help message and exit.\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8148 |   --asyncjob            Forces to make an asynchro\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8149 | nous query.\n  --title               Title for job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8150 | .\n  --status              Get job status.\n  --re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8151 | sultTypes         Get available result types for j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8152 | ob.\n  --polljob             Poll for the status o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8153 | f a job.\n  --pollFreq            Poll frequency i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8154 | n seconds (default 3s).\n  --jobid               J\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8155 | obId that was returned when an asynchronous job wa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8156 | s submitted.\n  --outfile             File name fo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8157 | r results (default is JobId; for STDOUT).\n  --mul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8158 | tifasta          Treat input as a set of fasta for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8159 | matted sequences.\n  --useSeqId            Use seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8160 | uence identifiers for output filenames.\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8161 |                Only available in multi-fasta and m\
      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8162 | ulti-identifier modes.\n  --maxJobs             Ma\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8163 | ximum number of concurrent jobs. Only\n           \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8164 |              available in multifasta or list file \
      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8165 | modes.\n  --outformat           Result format(s) t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8166 | o retrieve. It accepts comma-separated values.\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8167 | --params              List input parameters.\n  --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8168 | paramDetail         Display details for input para\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8169 | meter.\n  --quiet               Decrease output.\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8170 |   --verbose             Increase output.\n  --vers\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8171 | ion             Prints out the version of the Clie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8172 | nt and exit.\n  --baseUrl             Base URL. De\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8173 | faults to:\n                        https://www.eb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8174 | i.ac.uk/Tools/services/rest/ncbiblast\n\nSynchrono\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8175 | us job:\n  The results/errors are returned as soon\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8176 |  as the job is finished.\n  Usage: perl $scriptNam\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8177 | e --email <your\\@email.com> [options...] <SeqFile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8178 | |SeqID(s)>\n  Returns: results as an attachment\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8179 | nAsynchronous job:\n  Use this if you want to retr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8180 | ieve the results at a later time. The results\n  a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8181 | re stored for up to 24 hours.\n  Usage: perl $scri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8182 | ptName --asyncjob --email <your\\@email.com> [opti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8183 | ons...] <SeqFile|SeqID(s)>\n  Returns: jobid\n\nCh\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8184 | eck status of Asynchronous job:\n  Usage: perl $sc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8185 | riptName --status --jobid <jobId>\n\nRetrieve job \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8186 | data:\n  Use the jobid to query for the status of \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8187 | the job. If the job is finished,\n  it also return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8188 | s the results/errors.\n  Usage: perl $scriptName -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8189 | -polljob --jobid <jobId> [--outfile string]\n  Ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8190 | urns: string indicating the status of the job and \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8191 | if applicable, results\n  as an attachment.\n\nFur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8192 | ther information:\n  https://www.ebi.ac.uk/Tools/w\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8193 | ebservices and\n    https://github.com/ebi-wp/webs\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8194 | ervice-clients\n\nSupport/Feedback:\n  https://www\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8195 | .ebi.ac.uk/support/\nEOF\n}\n\n=head1 FEEDBACK/SUP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8196 | PORT\n\nPlease contact us at L<https://www.ebi.ac.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8197 | uk/support/> if you have any\nfeedback, suggestion\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8198 | s or issues with the service or this client.\n\n=c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8199 | ut\n","\n=head1 NAME\n\nwublast_lwp.pl\n\n=head1 D\
      | ~~~~~                                           
./perl_header_lib.h:8199:7: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8199 | ut\n","\n=head1 NAME\n\nwublast_lwp.pl\n\n=head1 D\
      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8200 | ESCRIPTION\n\nWU-BLAST (REST) web service Perl cli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8201 | ent using L<LWP>.\n\nTested with:\n\n=over\n\n=ite\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8202 | m *\nL<LWP> 5.79, L<XML::Simple> 2.12 and Perl 5.8\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8203 | .3\n\n=item *\nL<LWP> 5.808, L<XML::Simple> 2.18 a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8204 | nd Perl 5.8.8 (Ubuntu 8.04 LTS)\n\n=item *\nL<LWP>\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8205 |  5.834, L<XML::Simple> 2.18 and Perl 5.10.1 (Ubunt\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8206 | u 10.04 LTS)\n\n=item *\nL<LWP> 6.03, L<XML::Simpl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8207 | e> 2.18 and Perl 5.14.2 (Ubuntu 12.04 LTS)\n\n=bac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8208 | k\n\nFor further information see:\n\n=over\n\n=ite\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8209 | m *\nL<http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/serv\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8210 | ices/sss/wu_blast_rest>\n\n=item *\nL<http://www.e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8211 | bi.ac.uk/Tools/webservices/tutorials/perl>\n\n=bac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8212 | k\n\n=head1 LICENSE\n\nCopyright 2012-2013 EMBL - \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8213 | European Bioinformatics Institute\n\nLicensed unde\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8214 | r the Apache License, Version 2.0 (the \"License\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8215 | );\nyou may not use this file except in compliance\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8216 |  with the License.\nYou may obtain a copy of the L\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8217 | icense at\n\n    http://www.apache.org/licenses/LI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8218 | CENSE-2.0\n\nUnless required by applicable law or \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8219 | agreed to in writing, software\ndistributed under \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8220 | the License is distributed on an \"AS IS\" BASIS,\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8221 | nWITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, eit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8222 | her express or implied.\nSee the License for the s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8223 | pecific language governing permissions and\nlimita\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8224 | tions under the License.\n\n=head1 VERSION\n\n$Id:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8225 |  wublast_lwp.pl 2560 2013-03-20 12:56:31Z hpm $\n\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8226 | n=cut\n\nuse strict;\nuse warnings;\n\nuse English\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8227 | ;\nuse LWP;\nuse XML::Simple;\nuse Getopt::Long qw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8228 | (:config no_ignore_case bundling);\nuse File::Base\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8229 | name;\nuse Data::Dumper;\n\nmy $baseUrl = 'http://\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8230 | www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/wublast';\n\nmy \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8231 | $checkInterval = 3;\n\nmy $outputLevel = 1;\n\nmy \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8232 | $numOpts = scalar(@ARGV);\nmy %params = ( 'debugLe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8233 | vel' => 0 );\n\nmy %tool_params = ();\nGetOptions(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8234 | \n\n    # Tool specific options\n       'program|p=s'     =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8235 | > \\$tool_params{'program'},      # BLAST program\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8236 | n       'database|D=s'    => \\$params{'database'},     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8237 | # Search database\n     'matrix|m=s'      => \\$tool_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8238 | arams{'matrix'},       # Scoring matrix\n       'exp|E=f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8239 | '         => \\$tool_params{'exp'},          # E-v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8240 | alue threshold\n        'viewfilter|e'    => \\$tool_para\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8241 | ms{'viewfilter'},   # Display filtered sequence\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8242 | 'filter|f=s'      => \\$tool_params{'filter'},    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8243 |    # Low complexity filter name\n       'alignments|n=i'\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8244 |   => \\$tool_params{'alignments'},   # Number of a\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8245 | lignments\n     'scores|s=i'      => \\$tool_params{'s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8246 | cores'},       # Number of scores\n     'sensitivity|S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8247 | =s' => \\$tool_params{'sensitivity'},  # Search se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8248 | nsitivity\n     'sort|t=s'        => \\$tool_params{'s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8249 | ort'},         # Sort hits by...\n      'stats|T=s'    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8250 |    => \\$tool_params{'stats'},        # Scoring st\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8251 | atistic to use\n        'strand|d=s'      => \\$tool_para\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8252 | ms{'strand'},       # Strand to use\n   'topcombon|c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8253 | =i'   => \\$tool_params{'topcombon'},    # Consist\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8254 | ent sets of HSPs\n      'align|A=i'       => \\$tool_pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8255 | rams{'align'},   # Pairwise alignment format\n  'st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8256 | ype=s' => \\$tool_params{'stype'},    # Sequence t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8257 | ype 'protein' or 'dna'\n        'sequence=s' => \\$params\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8258 | {'sequence'},         # Query sequence file or DB:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8259 | ID\n    'multifasta' => \\$params{'multifasta'},     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8260 |   # Multiple fasta input\n\n    # Compatability optio\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8261 | ns, old command-line.\n 'echofilter|e'    => \\$pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8262 | rams{'echofilter'},   # Display filtered sequence\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8263 | n       'b=i'  => \\$params{'numal'},        # Number of\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8264 |  alignments\n   'appxml=s'        => \\$params{'appx\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8265 | ml'},       # Application XML\n\n       # Generic option\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8266 | s\n     'email=s'       => \\$params{'email'},        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8267 |   # User e-mail address\n       'title=s'       => \\$pa\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8268 | rams{'title'},          # Job title\n   'outfile=s' \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8269 |     => \\$params{'outfile'},        # Output file \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8270 | name\n  'outformat=s'   => \\$params{'outformat'}, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8271 |      # Output file type\n       'jobid=s'       => \\$pa\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8272 | rams{'jobid'},          # JobId\n       'help|h'        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8273 | => \\$params{'help'},           # Usage help\n  'as\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8274 | ync'         => \\$params{'async'},          # Asy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8275 | nchronous submission\n  'polljob'       => \\$param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8276 | s{'polljob'},        # Get results\n    'resultTypes'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8277 |    => \\$params{'resultTypes'},    # Get result ty\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8278 | pes\n   'status'        => \\$params{'status'},     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8279 |     # Get status\n      'params'        => \\$params{'p\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8280 | arams'},         # List input parameters\n      'paramD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8281 | etail=s' => \\$params{'paramDetail'},    # Get det\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8282 | ails for parameter\n    'quiet'         => \\$params{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8283 | 'quiet'},          # Decrease output level\n    'verb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8284 | ose'       => \\$params{'verbose'},        # Incre\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8285 | ase output level\n      'debugLevel=i'  => \\$params{'d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8286 | ebugLevel'},     # Debug output level\n 'baseUrl=s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8287 | '     => \\$baseUrl,                  # Base URL f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8288 | or service.\n);\nif ( $params{'verbose'} ) { $outp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8289 | utLevel++ }\nif ( $params{'quiet'} )  { $outputLev\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8290 | el-- }\n\n&print_debug_message( 'MAIN', 'LWP::VERS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8291 | ION: ' . $LWP::VERSION,\n       1 );\n\n&print_debug_mes\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8292 | sage( 'MAIN', \"params:\\n\" . Dumper( \\%params )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8293 | ,           11 );\n&print_debug_message( 'MAIN', \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8294 | "tool_params:\\n\" . Dumper( \\%tool_params ), 11 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8295 | );\n\nmy $ua;\n\nmy $scriptName = basename( $0, ()\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8296 |  );\n\nif ( $params{'help'} || $numOpts == 0 ) {\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8297 |         &usage();\n     exit(0);\n}\n\n&print_debug_message( \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8298 | 'MAIN', 'baseUrl: ' . $baseUrl, 1 );\n\nif (\n  !(\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8299 | n                  $params{'polljob'}\n         || $params{'resultType\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8300 | s'}\n           || $params{'status'}\n          || $params{'params'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8301 | }\n             || $params{'paramDetail'}\n     )\n     && !( defined\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8302 | ( $ARGV[0] ) || defined( $params{'sequence'} ) )\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8303 |   )\n{\n\n      # Bad argument combination, so print er\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8304 | ror message and usage\n print STDERR 'Error: bad o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8305 | ption combination', \"\\n\";\n  &usage();\n     exit(1)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8306 | ;\n}\n\nelsif ( $params{'params'} ) {\n &print_too\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8307 | l_params();\n}\n\nelsif ( $params{'paramDetail'} )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8308 |  {\n    &print_param_details( $params{'paramDetail'} \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8309 | );\n}\n\nelsif ( $params{'status'} && defined( $pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8310 | rams{'jobid'} ) ) {\n   &print_job_status( $params{'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8311 | jobid'} );\n}\n\nelsif ( $params{'resultTypes'} &&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8312 |  defined( $params{'jobid'} ) ) {\n      &print_result_t\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8313 | ypes( $params{'jobid'} );\n}\n\nelsif ( $params{'p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8314 | olljob'} && defined( $params{'jobid'} ) ) {\n   &get\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8315 | _results( $params{'jobid'} );\n}\n\nelse {\n\n  # M\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8316 | ultiple input sequence mode, assume fasta format.\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8317 | n       if ( $params{'multifasta'} ) {\n                &multi_submit_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8318 | job();\n        }\n\n   # Entry identifier list file.\n els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8319 | if (( defined( $params{'sequence'} ) && $params{'s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8320 | equence'} =~ m/^\\@/ )\n                || ( defined( $ARGV[0] )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8321 |  && $ARGV[0] =~ m/^\\@/ ) )\n   {\n             my $list_filena\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8322 | me = $params{'sequence'} || $ARGV[0];\n         $list_fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8323 | ename =~ s/^\\@//;\n            &list_file_submit_job($list_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8324 | filename);\n    }\n\n   # Default: single sequence/iden\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8325 | tifier.\n       else {\n\n              # Load the sequence data and\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8326 |  submit.\n              &submit_job( &load_data() );\n  }\n}\n\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8327 | n=head1 FUNCTIONS\n\n=cut\n\n\n=head2 rest_user_ag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8328 | ent()\n\nGet a LWP UserAgent to use to perform RES\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8329 | T requests.\n\n  my $ua = &rest_user_agent();\n\n=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8330 | cut\n\nsub rest_user_agent() {\n        print_debug_messa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8331 | ge( 'rest_user_agent', 'Begin', 21 );\n # Create a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8332 | n LWP UserAgent for making HTTP calls.\n        my $ua = \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8333 | LWP::UserAgent->new();\n        # Set 'User-Agent' HTTP h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8334 | eader to identifiy the client.\n        '$Revision: 2560 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8335 | $' =~ m/(\\d+)/;\n      $ua->agent(\"EBI-Sample-Client/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8336 | $1 ($scriptName; $OSNAME) \" . $ua->agent());\n # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8337 | Configure HTTP proxy support from environment.\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8338 | ua->env_proxy;\n        print_debug_message( 'rest_user_a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8339 | gent', 'End', 21 );\n   return $ua;\n}\n\n=head2 res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8340 | t_error()\n\nCheck a REST response for an error co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8341 | ndition. An error is mapped to a die.\n\n  &rest_e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8342 | rror($response, $content_data);\n\n=cut\n\nsub res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8343 | t_error() {\n   print_debug_message( 'rest_error', '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8344 | Begin', 21 );\n my $response = shift;\n my $conten\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8345 | tdata;\n        if(scalar(@_) > 0) {\n          $contentdata = sh\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8346 | ift;\n  }\n     if(!defined($contentdata) || $contentda\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8347 | ta eq '') {\n           $contentdata = $response->content()\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8348 | ;\n     }\n     # Check for HTTP error codes\n  if ( $respo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8349 | nse->is_error ) {\n             my $error_message = '';\n               # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8350 | HTML response.\n                if(     $contentdata =~ m/<h1>([^<]+\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8351 | )<\\/h1>/ ) {\n                 $error_message = $1;\n          }\n             #  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8352 | XML response.\n         elsif($contentdata =~ m/<descript\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8353 | ion>([^<]+)<\\/description>/) {\n                       $error_message\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8354 |  = $1;\n                }\n             die 'http status: ' . $response->co\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8355 | de . ' ' . $response->message . '  ' . $error_mess\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8356 | age;\n  }\n     print_debug_message( 'rest_error', 'End\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8357 | ', 21 );\n}\n\n=head2 rest_request()\n\nPerform a \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8358 | REST request (HTTP GET).\n\n  my $response_str = &\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8359 | rest_request($url);\n\n=cut\n\nsub rest_request {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8360 | n       print_debug_message( 'rest_request', 'Begin', 11\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8361 |  );\n   my $requestUrl = shift;\n       print_debug_messag\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8362 | e( 'rest_request', 'URL: ' . $requestUrl, 11 );\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8363 | n       # Get an LWP UserAgent.\n       $ua = &rest_user_agent\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8364 | () unless defined($ua);\n       # Available HTTP compres\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8365 | sion methods.\n my $can_accept;\n       eval {\n            $ca\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8366 | n_accept = HTTP::Message::decodable();\n        };\n    $can\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8367 | _accept = '' unless defined($can_accept);\n     # Perf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8368 | orm the request\n       my $response = $ua->get($request\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8369 | Url,\n          'Accept-Encoding' => $can_accept, # HTTP c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8370 | ompression.\n   );\n    print_debug_message( 'rest_requ\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8371 | est', 'HTTP status: ' . $response->code,\n              11 );\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8372 | n       print_debug_message( 'rest_request',\n          'respons\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8373 | e length: ' . length($response->content()), 11 );\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8374 | n       print_debug_message( 'rest_request',\n          'request\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8375 | :' .\"\\n\" . $response->request()->as_string(), 3\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8376 | 2 );\n  print_debug_message( 'rest_request',\n          're\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8377 | sponse: ' . \"\\n\" . $response->as_string(), 32 )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8378 | ;\n     # Unpack possibly compressed response.\n        my $r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8379 | etVal;\n        if ( defined($can_accept) && $can_accept \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8380 | ne '') {\n          $retVal = $response->decoded_conten\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8381 | t();\n  }\n     # If unable to decode use orginal conte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8382 | nt.\n   $retVal = $response->content() unless define\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8383 | d($retVal);\n   # Check for an error.\n &rest_error(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8384 | $response, $retVal);\n  print_debug_message( 'rest_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8385 | request', 'retVal: ' . $retVal, 12 );\n print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8386 | g_message( 'rest_request', 'End', 11 );\n\n     # Retu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8387 | rn the response data\n  return $retVal;\n}\n\n=head\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8388 | 2 rest_get_parameters()\n\nGet list of tool parame\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8389 | ter names.\n\n  my (@param_list) = &rest_get_param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8390 | eters();\n\n=cut\n\nsub rest_get_parameters {\n pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8391 | int_debug_message( 'rest_get_parameters', 'Begin',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8392 |  1 );\n my $url                = $baseUrl . '/para\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8393 | meters/';\n     my $param_list_xml_str = rest_request(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8394 | $url);\n        my $param_list_xml     = XMLin($param_lis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8395 | t_xml_str);\n   my (@param_list)       = @{ $param_l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8396 | ist_xml->{'id'} };\n    print_debug_message( 'rest_ge\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8397 | t_parameters', 'End', 1 );\n    return (@param_list);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8398 | \n}\n\n=head2 rest_get_parameter_details()\n\nGet \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8399 | details of a tool parameter.\n\n  my $paramDetail \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8400 | = &rest_get_parameter_details($param_name);\n\n=cu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8401 | t\n\nsub rest_get_parameter_details {\n print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8402 | g_message( 'rest_get_parameter_details', 'Begin', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8403 | 1 );\n  my $parameterId = shift;\n      print_debug_mess\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8404 | age( 'rest_get_parameter_details',\n            'parameterId\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8405 | : ' . $parameterId, 1 );\n      my $url                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8406 |   = $baseUrl . '/parameterdetails/' . $parameterId\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8407 | ;\n     my $param_detail_xml_str = rest_request($url);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8408 | \n      my $param_detail_xml     = XMLin($param_detail_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8409 | xml_str);\n     print_debug_message( 'rest_get_paramet\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8410 | er_details', 'End', 1 );\n      return ($param_detail_x\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8411 | ml);\n}\n\n=head2 rest_run()\n\nSubmit a job.\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8412 |  my $job_id = &rest_run($email, $title, \\%params \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8413 | );\n\n=cut\n\nsub rest_run {\n  print_debug_message\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8414 | ( 'rest_run', 'Begin', 1 );\n   my $email  = shift;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8415 | n       my $title  = shift;\n   my $params = shift;\n   prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8416 | t_debug_message( 'rest_run', 'email: ' . $email, 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8417 |  );\n   if ( defined($title) ) {\n              print_debug_mess\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8418 | age( 'rest_run', 'title: ' . $title, 1 );\n     }\n     pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8419 | int_debug_message( 'rest_run', 'params: ' . Dumper\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8420 | ($params), 1 );\n\n     # Get an LWP UserAgent.\n       $ua \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8421 | = &rest_user_agent() unless defined($ua);\n\n   # Cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8422 | ean up parameters\n     my (%tmp_params) = %{$params};\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8423 | \n      $tmp_params{'email'} = $email;\n        $tmp_params{'t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8424 | itle'} = $title;\n      foreach my $param_name ( keys(%\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8425 | tmp_params) ) {\n               if ( !defined( $tmp_params{$par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8426 | am_name} ) ) {\n                        delete $tmp_params{$param_name}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8427 | ;\n             }\n     }\n\n   # Submit the job as a POST\n    my $ur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8428 | l = $baseUrl . '/run';\n        my $response = $ua->post(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8429 |  $url, \\%tmp_params );\n       print_debug_message( 're\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8430 | st_run', 'HTTP status: ' . $response->code, 11 );\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8431 | n       print_debug_message( 'rest_run',\n              'request:' .\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8432 | \"\\n\" . $response->request()->as_string(), 11 );\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8433 | \n      print_debug_message( 'rest_run',\n              'response: \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8434 | ' . length($response->as_string()) . \"\\n\" . $re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8435 | sponse->as_string(), 11 );\n\n  # Check for an erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8436 | r.\n    &rest_error($response);\n\n     # The job id is r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8437 | eturned\n       my $job_id = $response->content();\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8438 | nt_debug_message( 'rest_run', 'End', 1 );\n     return\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8439 |  $job_id;\n}\n\n=head2 rest_get_status()\n\nCheck \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8440 | the status of a job.\n\n  my $status = &rest_get_s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8441 | tatus($job_id);\n\n=cut\n\nsub rest_get_status {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8442 |         print_debug_message( 'rest_get_status', 'Begin', \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8443 | 1 );\n  my $job_id = shift;\n   print_debug_message( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8444 | 'rest_get_status', 'jobid: ' . $job_id, 2 );\n  my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8445 | $status_str = 'UNKNOWN';\n      my $url        = $baseU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8446 | rl . '/status/' . $job_id;\n    $status_str = &rest_r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8447 | equest($url);\n print_debug_message( 'rest_get_sta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8448 | tus', 'status_str: ' . $status_str, 2 );\n      print_d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8449 | ebug_message( 'rest_get_status', 'End', 1 );\n  ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8450 | urn $status_str;\n}\n\n=head2 rest_get_result_type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8451 | s()\n\nGet list of result types for finished job.\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8452 | n\n  my (@result_types) = &rest_get_result_types($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8453 | job_id);\n\n=cut\n\nsub rest_get_result_types {\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8454 | print_debug_message( 'rest_get_result_types', 'Beg\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8455 | in', 1 );\n     my $job_id = shift;\n   print_debug_mess\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8456 | age( 'rest_get_result_types', 'jobid: ' . $job_id,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8457 |  2 );\n my (@resultTypes);\n    my $url              \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8458 |         = $baseUrl . '/resulttypes/' . $job_id;\n       \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8459 | my $result_type_list_xml_str = &rest_request($url)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8460 | ;\n     my $result_type_list_xml     = XMLin($result_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8461 | ype_list_xml_str);\n    (@resultTypes) = @{ $result_t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8462 | ype_list_xml->{'type'} };\n     print_debug_message( '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8463 | rest_get_result_types',\n               scalar(@resultTypes) . \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8464 | ' result types', 2 );\n print_debug_message( 'rest\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8465 | _get_result_types', 'End', 1 );\n       return (@resultT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8466 | ypes);\n}\n\n=head2 rest_get_result()\n\nGet resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8467 | t data of a specified type for a finished job.\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8468 |   my $result = rest_get_result($job_id, $result_ty\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8469 | pe);\n\n=cut\n\nsub rest_get_result {\n print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8470 | g_message( 'rest_get_result', 'Begin', 1 );\n   my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8471 | job_id = shift;\n       my $type   = shift;\n   print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8472 | g_message( 'rest_get_result', 'jobid: ' . $job_id,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8473 |  1 );\n print_debug_message( 'rest_get_result', 't\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8474 | ype: ' . $type,    1 );\n       my $url    = $baseUrl . \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8475 | '/result/' . $job_id . '/' . $type;\n   my $result =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8476 |  &rest_request($url);\n print_debug_message( 'rest\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8477 | _get_result', length($result) . ' characters',\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8478 | 1 );\n  print_debug_message( 'rest_get_result', 'En\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8479 | d', 1 );\n      return $result;\n}\n\n\n=head2 print_de\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8480 | bug_message()\n\nPrint debug message at specified \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8481 | debug level.\n\n  &print_debug_message($method_nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8482 | e, $message, $level);\n\n=cut\n\nsub print_debug_m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8483 | essage {\n      my $function_name = shift;\n    my $messag\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8484 | e       = shift;\n      my $level         = shift;\n    if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8485 |  ( $level <= $params{'debugLevel'} ) {\n                print ST\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8486 | DERR '[', $function_name, '()] ', $message, \"\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8487 | ";\n    }\n}\n\n=head2 print_tool_params()\n\nPrint l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8488 | ist of tool parameters.\n\n  &print_tool_params();\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8489 | \n\n=cut\n\nsub print_tool_params {\n   print_debug_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8490 | message( 'print_tool_params', 'Begin', 1 );\n   my (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8491 | @param_list) = &rest_get_parameters();\n        foreach m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8492 | y $param ( sort(@param_list) ) {\n              print $param, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8493 | \"\\n\";\n      }\n     print_debug_message( 'print_tool_pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8494 | rams', 'End', 1 );\n}\n\n=head2 print_param_detail\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8495 | s()\n\nPrint details of a tool parameter.\n\n  &pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8496 | int_param_details($param_name);\n\n=cut\n\nsub pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8497 | nt_param_details {\n    print_debug_message( 'print_p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8498 | aram_details', 'Begin', 1 );\n  my $paramName = shi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8499 | ft;\n   print_debug_message( 'print_param_details', \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8500 | 'paramName: ' . $paramName, 2 );\n      my $paramDetail\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8501 |  = &rest_get_parameter_details($paramName);\n   prin\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8502 | t $paramDetail->{'name'}, \"\\t\", $paramDetail->{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8503 | 'type'}, \"\\n\";\n     print $paramDetail->{'descript\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8504 | ion'}, \"\\n\";\n       if(defined($paramDetail->{'value\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8505 | s'}->{'value'})) {\n            if(ref($paramDetail->{'value\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8506 | s'}->{'value'}) eq 'ARRAY') {\n                 foreach my $valu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8507 | e ( @{ $paramDetail->{'values'}->{'value'} } ) {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8508 |                                 &print_param_value($value);\n                   }\n             }\n             else\
      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8509 |  {\n                            &print_param_value($paramDetail->{'values'\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8510 | }->{'value'});\n                }\n     }\n     print_debug_message( 'pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8511 | int_param_details', 'End', 1 );\n}\n\n=head2 print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8512 | _param_value()\n\nPrint details of a tool paramete\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8513 | r value.\n\n  &print_param_details($param_value);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8514 | n\nUsed by print_param_details() to handle both si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8515 | ngluar and array values.\n\n=cut\n\nsub print_para\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8516 | m_value {\n     my $value = shift;\n    print $value->{'v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8517 | alue'};\n       if ( $value->{'defaultValue'} eq 'true' \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8518 | ) {\n           print \"\\t\", 'default';\n     }\n     print \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8519 | \";\n   print \"\\t\", $value->{'label'}, \"\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8520 |         if ( defined( $value->{'properties'} ) ) {\n            for\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8521 | each\n            my $key ( sort( keys( %{ $value->{'prope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8522 | rties'}{'property'} } ) ) )\n           {\n                     if ( ref( $va\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8523 | lue->{'properties'}{'property'}{$key} ) eq 'HASH'\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8524 | n                               && defined( $value->{'properties'}{'property'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8525 | }{$key}{'value'} )\n                      )\n                   {\n                             print \"\\t\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8526 | ", $key, \"\\t\",\n                               $value->{'properties'}{'p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8527 | roperty'}{$key}{'value'}, \"\\n\";\n                    }\n                     else \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8528 | {\n                             print \"\\t\", $value->{'properties'}{'prop\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8529 | erty'}{'key'},\n                                  \"\\t\", $value->{'propertie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8530 | s'}{'property'}{'value'}, \"\\n\";\n                            last;\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8531 | }\n             }\n     }\n}\n\n=head2 print_job_status()\n\nPrin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8532 | t status of a job.\n\n  &print_job_status($job_id)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8533 | ;\n\n=cut\n\nsub print_job_status {\n   print_debug_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8534 | message( 'print_job_status', 'Begin', 1 );\n    my $j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8535 | obid = shift;\n print_debug_message( 'print_job_st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8536 | atus', 'jobid: ' . $jobid, 1 );\n       if ( $outputLeve\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8537 | l > 0 ) {\n             print STDERR 'Getting status for job \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8538 | ', $jobid, \"\\n\";\n   }\n     my $result = &rest_get_s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8539 | tatus($jobid);\n        print \"$result\\n\";\n if ( $res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8540 | ult eq 'FINISHED' && $outputLevel > 0 ) {\n             print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8541 |  STDERR \"To get results: $scriptName --polljob --\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8542 | jobid \" . $jobid\n               . \"\\n\";\n  }\n     print_debu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8543 | g_message( 'print_job_status', 'End', 1 );\n}\n\n=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8544 | head2 print_result_types()\n\nPrint available resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8545 | lt types for a job.\n\n  &print_result_types($job_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8546 | id);\n\n=cut\n\nsub print_result_types {\n      print_d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8547 | ebug_message( 'result_types', 'Begin', 1 );\n   my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8548 | jobid = shift;\n        print_debug_message( 'result_type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8549 | s', 'jobid: ' . $jobid, 1 );\n  if ( $outputLevel >\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8550 |  0 ) {\n                print STDERR 'Getting result types for j\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8551 | ob ', $jobid, \"\\n\";\n        }\n     my $status = &rest_ge\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8552 | t_status($jobid);\n     if ( $status eq 'PENDING' || $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8553 | status eq 'RUNNING' ) {\n               print STDERR 'Error: Jo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8554 | b status is ', $status,\n                 '. To get result type\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8555 | s the job must be finished.', \"\\n\";\n        }\n     else \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8556 | {\n             my (@resultTypes) = &rest_get_result_types($j\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8557 | obid);\n                if ( $outputLevel > 0 ) {\n                     print STDO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8558 | UT 'Available result types:', \"\\n\";\n                }\n             for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8559 | each my $resultType (@resultTypes) {\n                  print STD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8560 | OUT $resultType->{'identifier'}, \"\\n\";\n                     if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8561 |  defined( $resultType->{'label'} ) ) {\n                                print \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8562 | STDOUT \"\\t\", $resultType->{'label'}, \"\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8563 |                         }\n                     if ( defined( $resultType->{'description'\
      |                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8564 | } ) ) {\n                               print STDOUT \"\\t\", $resultType->{'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8565 | description'}, \"\\n\";\n                       }\n                     if ( defined( $r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8566 | esultType->{'mediaType'} ) ) {\n                                print STDOUT \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8567 | "\\t\", $resultType->{'mediaType'}, \"\\n\";\n                  }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8568 | \n                      if ( defined( $resultType->{'fileSuffix'} ) )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8569 |  {\n                            print STDOUT \"\\t\", $resultType->{'fileS\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8570 | uffix'}, \"\\n\";\n                     }\n             }\n             if ( $status eq 'F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8571 | INISHED' && $outputLevel > 0 ) {\n                      print STDERR \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8572 | \"\\n\", 'To get results:', \"\\n\",\n                    \"  $sc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8573 | riptName --polljob --jobid \" . $params{'jobid'} .\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8574 |  \"\\n\",\n                       \"  $scriptName --polljob --outfor\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8575 | mat <type> --jobid \"\n                   . $params{'jobid'} . \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8576 | "\\n\";\n               }\n     }\n     print_debug_message( 'result_ty\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8577 | pes', 'End', 1 );\n}\n\n=head2 submit_job()\n\nSub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8578 | mit a job to the service.\n\n  &submit_job($seq);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8579 | n\n=cut\n\nsub submit_job {\n   print_debug_message(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8580 |  'submit_job', 'Begin', 1 );\n\n        # Set input seque\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8581 | nce\n   $tool_params{'sequence'} = shift;\n\n   # Load\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8582 |  parameters\n   &load_params();\n\n     # Submit the job\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8583 | \n      my $jobid = &rest_run( $params{'email'}, $param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8584 | s{'title'}, \\%tool_params );\n\n       # Simulate sync/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8585 | async mode\n    if ( defined( $params{'async'} ) ) {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8586 | n               print STDOUT $jobid, \"\\n\";\n         if ( $outputLe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8587 | vel > 0 ) {\n                   print STDERR\n                    \"To check stat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8588 | us: $scriptName --status --jobid $jobid\\n\";\n         }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8589 | \n      }\n     else {\n                if ( $outputLevel > 0 ) {\n                     pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8590 | nt STDERR \"JobId: $jobid\\n\";\n               }\n             sleep 1;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8591 |                 &get_results($jobid);\n }\n     print_debug_message(\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8592 |  'submit_job', 'End', 1 );\n}\n\n=head2 multi_subm\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8593 | it_job()\n\nSubmit multiple jobs assuming input is\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8594 |  a collection of fasta formatted sequences.\n\n  &\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8595 | multi_submit_job();\n\n=cut\n\nsub multi_submit_jo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8596 | b {\n   print_debug_message( 'multi_submit_job', 'Be\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8597 | gin', 1 );\n    my $jobIdForFilename = 1;\n     $jobIdFor\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8598 | Filename = 0 if ( defined( $params{'outfile'} ) );\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8599 | \n      my (@filename_list) = ();\n\n   # Query sequence\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8600 | n       if ( defined( $ARGV[0] ) ) {    # Bare option\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8601 |         if ( -f $ARGV[0] || $ARGV[0] eq '-' ) {    # File\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8602 | \n                      push( @filename_list, $ARGV[0] );\n             }\n             els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8603 | e {\n                   warn 'Warning: Input file \"' . $ARGV[0] .\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8604 |  '\" does not exist'\n          }\n     }\n     if ( $params{'sequ\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8605 | ence'} ) {                   # Via --sequence\n         i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8606 | f ( -f $params{'sequence'} || $params{'sequence'} \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8607 | eq '-' ) {    # File\n                  push( @filename_list, $pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8608 | rams{'sequence'} );\n           }\n             else {\n                        warn 'Warni\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8609 | ng: Input file \"' . $params{'sequence'} . '\" doe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8610 | s not exist'\n          }\n     }\n\n   $/ = '>';\n     foreach my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8611 | filename (@filename_list) {\n           my $INFILE;\n           if($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8612 | filename eq '-') { # STDIN.\n                   open( $INFILE, '<-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8613 | ' )\n                     or die 'Error: unable to STDIN (' . $! .\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8614 |  ')';\n         } else { # File.\n                      open( $INFILE, '<', \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8615 | $filename )\n                     or die 'Error: unable to open fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8616 | le ' . $filename . ' (' . $! . ')';\n           }\n             while \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8617 | (<$INFILE>) {\n                 my $seq = $_;\n                 $seq =~ s/>$//\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8618 | ;\n                     if ( $seq =~ m/(\\S+)/ ) {\n                            print STDERR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8619 |  \"Submitting job for: $1\\n\"\n                                  if ( $output\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8620 | Level > 0 );\n                          $seq = '>' . $seq;\n                            &print_d\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8621 | ebug_message( 'multi_submit_job', $seq, 11 );\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8622 |         &submit_job($seq);\n                            $params{'outfile'} = unde\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8623 | f if ( $jobIdForFilename == 1 );\n                      }\n             }\n             clo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8624 | se $INFILE;\n   }\n     print_debug_message( 'multi_subm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8625 | it_job', 'End', 1 );\n}\n\n=head2 list_file_submit\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8626 | _job()\n\nSubmit multiple jobs using a file contai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8627 | ning a list of entry identifiers as \ninput.\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8628 | &list_file_submit_job($list_filename)\n\n=cut\n\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8629 | ub list_file_submit_job {\n     print_debug_message( '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8630 | list_file_submit_job', 'Begin', 11 );\n my $filena\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8631 | me         = shift;\n   my $jobIdForFilename = 1;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8632 | $jobIdForFilename = 0 if ( defined( $params{'outfi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8633 | le'} ) );\n\n   # Iterate over identifiers, submitti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8634 | ng each job\n   my $LISTFILE;\n if($filename eq '-')\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8635 |  { # STDIN.\n           open( $LISTFILE, '<-' )\n                 or die\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8636 |  'Error: unable to STDIN (' . $! . ')';\n       } else {\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8637 |  # File.\n              open( $LISTFILE, '<', $filename )\n              \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8638 |  or die 'Error: unable to open file ' . $filename \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8639 | . ' (' . $! . ')';\n    }\n     while (<$LISTFILE>) {\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8640 | my $line = $_;\n                chomp($line);\n         if ( $line ne '\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8641 | ' ) {\n                 &print_debug_message( 'list_file_submit_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8642 | job', 'line: ' . $line, 2 );\n                  if ( $line =~ m/\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8643 | \w:\\w/ ) {    # Check this is an identifier\n                          \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8644 | print STDERR \"Submitting job for: $line\\n\"\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8645 |           if ( $outputLevel > 0 );\n                            &submit_job($line\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8646 | );\n                    }\n                     else {\n                                print STDERR\n\"Warning: \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8647 | line \\\"$line\\\" is not recognised as an identif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8648 | ier\\n\";\n                     }\n             }\n             $params{'outfile'} = undef\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8649 |  if ( $jobIdForFilename == 1 );\n       }\n     close $LISTF\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8650 | ILE;\n  print_debug_message( 'list_file_submit_job'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8651 | , 'End', 11 );\n}\n\n=head2 load_data()\n\nLoad se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8652 | quence data from file or option specified on the c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8653 | ommand-line.\n\n  &load_data();\n\n=cut\n\nsub loa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8654 | d_data {\n      print_debug_message( 'load_data', 'Begi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8655 | n', 1 );\n      my $retSeq;\n\n # Query sequence\n      if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8656 |  defined( $ARGV[0] ) ) {    # Bare option\n             if ( \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8657 | -f $ARGV[0] || $ARGV[0] eq '-' ) {    # File\n                  $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8658 | retSeq = &read_file( $ARGV[0] );\n              }\n             else {   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8659 |                                   # DB:ID or seque\
      |                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8660 | nce\n                   $retSeq = $ARGV[0];\n           }\n     }\n     if ( $param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8661 | s{'sequence'} ) {                   # Via --sequen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8662 | ce\n            if ( -f $params{'sequence'} || $params{'sequ\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8663 | ence'} eq '-' ) {    # File\n                   $retSeq = &read_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8664 | le( $params{'sequence'} );\n            }\n             else {    # DB:\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8665 | ID or sequence\n                        $retSeq = $params{'sequence'};\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8666 | n               }\n     }\n     print_debug_message( 'load_data', 'End'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8667 | , 1 );\n        return $retSeq;\n}\n\n=head2 load_params(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8668 | )\n\nLoad job parameters from command-line options\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8669 | .\n\n  &load_params();\n\n=cut\n\nsub load_params \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8670 | {\n     print_debug_message( 'load_params', 'Begin', 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8671 |  );\n\n # Database(s) to search\n       my (@dbList) = s\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8672 | plit /[ ,]/, $params{'database'};\n     $tool_params{'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8673 | database'} = \\@dbList;\n\n     # Compatability option\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8674 | s, old command-line.\n  if(!$tool_params{'viewfilte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8675 | r'} && $params{'echofilter'}) {\n               $tool_params{'v\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8676 | iewfilter'} = 'true';\n }\n     if(!$tool_params{'alig\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8677 | nments'} && $params{'numal'}) {\n               $tool_params{'a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8678 | lignments'} = $params{'numal'};\n       }\n     # TODO: set \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8679 | alignment format option to get NCBI BLAST XML.\n        i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8680 | f($params{'appxml'}) {\n                $tool_params{'align'} = \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8681 | '';\n   }\n\n   print_debug_message( 'load_params', 'E\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8682 | nd', 1 );\n}\n\n=head2 client_poll()\n\nClient-sid\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8683 | e job polling.\n\n  &client_poll($job_id);\n\n=cut\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8684 | \n\nsub client_poll {\n print_debug_message( 'clie\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8685 | nt_poll', 'Begin', 1 );\n       my $jobid  = shift;\n   my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8686 |  $status = 'PENDING';\n\n       my $errorCount = 0;\n   wh\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8687 | ile ($status eq 'RUNNING'\n             || $status eq 'PENDIN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8688 | G'\n            || ( $status eq 'ERROR' && $errorCount < 2 )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8689 |  )\n    {\n             $status = rest_get_status($jobid);\n            pr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8690 | int STDERR \"$status\\n\" if ( $outputLevel > 0 );\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8691 | \n              if ( $status eq 'ERROR' ) {\n                   $errorCount++;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8692 | \n              }\n             elsif ( $errorCount > 0 ) {\n                   $errorCou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8693 | nt--;\n         }\n             if (   $status eq 'RUNNING'\n                   || $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8694 | status eq 'PENDING'\n                   || $status eq 'ERROR' )\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8695 |         {\n\n                   # Wait before polling again.\n                  sleep $c\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8696 | heckInterval;\n         }\n     }\n     print_debug_message( 'cli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8697 | ent_poll', 'End', 1 );\n        return $status;\n}\n\n=he\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8698 | ad2 get_results()\n\nGet the results for a job ide\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8699 | ntifier.\n\n  &get_results($job_id);\n\n=cut\n\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8700 | b get_results {\n       print_debug_message( 'get_result\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8701 | s', 'Begin', 1 );\n     my $jobid = shift;\n    print_deb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8702 | ug_message( 'get_results', 'jobid: ' . $jobid, 1 )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8703 | ;\n\n   # Verbose\n     if ( $outputLevel > 1 ) {\n             pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8704 | nt 'Getting results for job ', $jobid, \"\\n\";\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8705 | }\n\n   # Check status, and wait if not finished\n      c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8706 | lient_poll($jobid);\n\n # Use JobId if output file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8707 |  name is not defined\n  unless ( defined( $params{'\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8708 | outfile'} ) ) {\n               $params{'outfile'} = $jobid;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8709 | }\n\n   # Get list of data types\n      my (@resultTypes)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8710 |  = rest_get_result_types($jobid);\n\n   # Get the da\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8711 | ta and write it to a file\n     if ( defined( $params{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8712 | 'outformat'} ) ) {    # Specified data type\n           my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8713 | $selResultType;\n               foreach my $resultType (@result\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8714 | Types) {\n                      if ( $resultType->{'identifier'} eq $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8715 | params{'outformat'} ) {\n                               $selResultType = $res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8716 | ultType;\n                      }\n             }\n             if ( defined($selResultType\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8717 | ) ) {\n                 my $result =\n                    rest_get_result( $job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8718 | id, $selResultType->{'identifier'} );\n                 if ( $pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8719 | rams{'outfile'} eq '-' ) {\n                            write_file( $param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8720 | s{'outfile'}, $result );\n                      }\n                     else {\n                                wri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8721 | te_file(\n                                      $params{'outfile'} . '.'\n                                        . \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8722 | $selResultType->{'identifier'} . '.'\n                                    . $se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8723 | lResultType->{'fileSuffix'},\n                                  $result\n                               );\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8724 | \n                      }\n             }\n             else {\n                        die 'Error: unknown resu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8725 | lt format \"' . $params{'outformat'} . '\"';\n          }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8726 | n       }\n     else {    # Data types available\n                    # \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8727 | Write a file for each output type\n             for my $resul\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8728 | tType (@resultTypes) {\n                        if ( $outputLevel > 1 )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8729 |  {\n                            print STDERR 'Getting ', $resultType->{'id\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8730 | entifier'}, \"\\n\";\n                  }\n                     my $result = rest_g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8731 | et_result( $jobid, $resultType->{'identifier'} );\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8732 | n                       if ( $params{'outfile'} eq '-' ) {\n                            write_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8733 | file( $params{'outfile'}, $result );\n                  }\n                     els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8734 | e {\n                           write_file(\n                                   $params{'outfile'} . '.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8735 | '\n                                       . $resultType->{'identifier'} . '.'\n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8736 |                   . $resultType->{'fileSuffix'},\n                                      $result\n\
      |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8737 |                                 );\n                    }\n             }\n     }\n     print_debug_message( 'get_\
      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8738 | results', 'End', 1 );\n}\n\n=head2 read_file()\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8739 | Read a file into a scalar. The special filename '-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8740 | ' can be used to read from \nstandard input (STDIN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8741 | ).\n\n  my $data = &read_file($filename);\n\n=cut\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8742 | n\nsub read_file {\n    print_debug_message( 'read_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8743 | le', 'Begin', 1 );\n    my $filename = shift;\n print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8744 | _debug_message( 'read_file', 'filename: ' . $filen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8745 | ame, 2 );\n     my ( $content, $buffer );\n     if ( $file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8746 | name eq '-' ) {\n               while ( sysread( STDIN, $buffer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8747 | , 1024 ) ) {\n                  $content .= $buffer;\n          }\n     }\n     e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8748 | lse {    # File\n               open( my $FILE, '<', $filename \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8749 | )\n               or die \"Error: unable to open input file $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8750 | filename ($!)\";\n              while ( sysread( $FILE, $buffe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8751 | r, 1024 ) ) {\n                 $content .= $buffer;\n          }\n             clo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8752 | se($FILE);\n    }\n     print_debug_message( 'read_file',\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8753 |  'End', 1 );\n  return $content;\n}\n\n=head2 write\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8754 | _file()\n\nWrite data to a file. The special filen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8755 | ame '-' can be used to write to \nstandard output \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8756 | (STDOUT).\n\n  &write_file($filename, $data);\n\n=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8757 | cut\n\nsub write_file {\n       print_debug_message( 'wr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8758 | ite_file', 'Begin', 1 );\n      my ( $filename, $data )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8759 |  = @_;\n        print_debug_message( 'write_file', 'filen\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8760 | ame: ' . $filename, 2 );\n      if ( $outputLevel > 0 )\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8761 |  {\n            print STDERR 'Creating result file: ' . $fil\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8762 | ename . \"\\n\";\n      }\n     if ( $filename eq '-' ) {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8763 |                 print STDOUT $data;\n   }\n     else {\n                open( my $FI\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8764 | LE, '>', $filename )\n            or die \"Error: unable t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8765 | o open output file $filename ($!)\";\n          syswrite( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8766 | $FILE, $data );\n               close($FILE);\n }\n     print_debug\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8767 | _message( 'write_file', 'End', 1 );\n}\n\n=head2 u\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8768 | sage()\n\nPrint program usage message.\n\n  &usage\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8769 | ();\n\n=cut\n\nsub usage {\n    print STDERR <<EOF\nW\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8770 | U-BLAST\n========\n   \nRapid sequence database se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8771 | arch programs utilizing the BLAST algorithm\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8772 | n[Required]\n\n  -p, --program      : str  : BLAST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8773 |  program to use, see --paramDetail program\n  -D, \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8774 | --database     : str  : database(s) to search, spa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8775 | ce separated. See\n                              -\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8776 | -paramDetail database\n      --stype        : str \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8777 |  : query sequence type, see --paramDetail stype\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8778 |  seqFile            : file : query sequence (\"-\"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8779 |  for STDIN, \\@filename for\n                     \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8780 |          identifier list file)\n\n[Optional]\n\n  \
      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8781 | -m, --matrix       : str  : scoring matrix, see --\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8782 | paramDetail matrix\n  -e, --exp          : real : \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8783 | 0<E<= 1000. Statistical significance threshold \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8784 |                              for reporting databas\
      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8785 | e sequence matches.\n  -e, --viewfilter   :      :\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8786 |  display the filtered query sequence\n  -f, --filt\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8787 | er       : str  : filter the query sequence for lo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8788 | w complexity \n                              regio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8789 | ns, see --paramDetail filter\n  -A, --align       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8790 |  : int  : pairwise alignment format, see --paramDe\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8791 | tail align\n  -s, --scores       : int  : number o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8792 | f scores to be reported\n  -b, --alignments   : in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8793 | t  : number of alignments to report\n  -S, --sensi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8794 | tivity  : str  : sensitivity of the search, \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8795 |                           see --paramDetail sensit\
      |                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8796 | ivity\n  -t, --sort          : str  : sort order for h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8797 | its, see --paramDetail sort\n  -T, --stats        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8798 | : str  : statistical model, see --paramDetail stat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8799 | s\n  -d, --strand       : str  : DNA strand to sea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8800 | rch with,\n                              see --par\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8801 | amDetail strand\n  -c, --topcombon    : str  : con\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8802 | sistent sets of HSPs\n      --multifasta   :      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8803 | : treat input as a set of fasta formatted sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8804 | s\n\n[General]\n\n  -h, --help         :      : pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8805 | ints this help text\n      --async        :      :\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8806 |  forces to make an asynchronous query\n      --ema\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8807 | il        : str  : e-mail address\n      --title  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8808 |       : str  : title for job\n      --status      \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8809 |  :      : get job status\n      --resultTypes  :  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8810 |     : get available result types for job\n      --\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8811 | polljob      :      : poll for the status of a job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8812 | \n      --jobid        : str  : jobid that was ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8813 | urned when an asynchronous job \n                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8814 |              was submitted.\n      --outfile      \
      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8815 | : str  : file name for results (default is jobid;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8816 | n                              \"-\" for STDOUT)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8817 |       --outformat    : str  : result format to ret\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8818 | rieve\n      --params       :      : list input pa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8819 | rameters\n      --paramDetail  : str  : display de\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8820 | tails for input parameter\n      --quiet        : \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8821 |      : decrease output\n      --verbose      :    \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8822 |   : increase output\n   \nSynchronous job:\n\n  Th\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8823 | e results/errors are returned as soon as the job i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8824 | s finished.\n  Usage: $scriptName --email <your\\@\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8825 | email> [options...] seqFile\n  Returns: results as\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8826 |  an attachment\n\nAsynchronous job:\n\n  Use this \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8827 | if you want to retrieve the results at a later tim\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8828 | e. The results \n  are stored for up to 24 hours. \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8829 |         \n  Usage: $scriptName --async --email <your\\@em\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8830 | ail> [options...] seqFile\n  Returns: jobid\n\n  U\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8831 | se the jobid to query for the status of the job. I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8832 | f the job is finished, \n  it also returns the res\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8833 | ults/errors.\n  Usage: $scriptName --polljob --job\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8834 | id <jobId> [--outfile string]\n  Returns: string i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8835 | ndicating the status of the job and if applicable,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8836 |  results \n  as an attachment.\n\nFurther informat\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8837 | ion:\n\n  http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8838 | ervices/sss/wu_blast_rest\n  http://www.ebi.ac.uk/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8839 | Tools/webservices/tutorials/perl\n\nSupport/Feedba\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8840 | ck:\n\n  http://www.ebi.ac.uk/support/\nEOF\n}\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8841 | =head1 FEEDBACK/SUPPORT\n\nPlease contact us at L<\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8842 | http://www.ebi.ac.uk/support/> if you have any \nf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8843 | eedback, suggestions or issues with the service or\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8844 |  this client.\n\n=cut\n","\n\n\nmy $PROBTRESH = 0.\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:8844:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8844 |  this client.\n\n=cut\n","\n\n\nmy $PROBTRESH = 0.\
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8845 | 3;# base pairs below this prob threshold will be i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8846 | gnored\nmy $WEIGHT = 100.0; # float!!\nmy $NUCALPH\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8847 |  = \"ACGTUNRYMKSWHBVD\";\nuse vars qw($NUCALPH $WE\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8848 | IGHT);\n\nmy $myname = basename($0);\n\nuse strict\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8849 | ;\nuse warnings;\n\nuse File::Basename;\nuse Getop\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8850 | t::Long;\nuse File::Glob ':glob';\nuse File::Spec;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8851 | \nuse File::Temp qw/ tempfile tempdir /;\n\n\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8852 | sub tcoffeelib_header($;$)\n{\n    my ($nseq, $fd)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8853 |  = @_;\n    if (! defined($fd)) {\n        $fd = *\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8854 | STDOUT;\n    }\n    printf $fd \"! TC_LIB_FORMAT_0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8855 | 1\\n\";\n    printf $fd \"%d\\n\", $nseq;\n}\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8856 | sub tcoffeelib_header_addseq($$;$)\n{\n    my ($id\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8857 | , $seq, $fd) = @_;\n    if (! defined($fd)) {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8858 |      $fd = *STDOUT;\n    }\n    printf $fd \"%s %d\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8859 |  %s\\n\", $id, length($seq), $seq;\n}\n\n\nsub tco\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8860 | ffeelib_comment($;$)\n{\n    my ($comment, $fd) = \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8861 | @_;\n    if (! defined($fd)) {\n        $fd = *STD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8862 | OUT;\n    }\n    printf $fd \"!\" . $comment . \"\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8863 | \n\";\n}\n\n\nsub tcoffeelib_struct($$$;$)\n{\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8864 |  my ($nseq, $len, $bpm, $fd) = @_;\n\n    if (! de\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8865 | fined($fd)) {\n        $fd = *STDOUT;\n    }\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8866 |   # output basepair indices with fixed weight\n   \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8867 |  printf $fd \"#%d %d\\n\", $nseq, $nseq;\n    # ou\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8868 | tput basepairs (only once) and with unit-offset\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8869 |    for (my $i=0; $i<$len; $i++) {\n        for (my\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8870 |  $j=$i+1; $j<$len; $j++) {\n            if (! defi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8871 | ned($bpm->[$i][$j])) {\n                print STDE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8872 | RR \"ERROR: \\$bpm->[$i][$j] undefined\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8873 |         }\n            if ($bpm->[$i][$j]>0) {\n  \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8874 |               print $fd $i+1;\n                pri\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8875 | nt $fd \" \";\n                print $fd $j+1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8876 |               print $fd \" \" . $bpm->[$i][$j] . \\
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8877 | "\\n\";\n            }\n        }\n    }\n}\n\n\ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8878 | ub tcoffeelib_footer(;$)\n{\n    my ($fd) = @_;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8879 |    if (! defined($fd)) {\n        $fd = *STDOUT;\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8880 |     }\n    print $fd \"! SEQ_1_TO_N\\n\";\n}\n\n\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8881 |     \nsub plfold($$$)\n{    \n    my ($id, $seq, $\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8882 | probtresh) = @_;\n    my (@struct);# return\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8883 | y ($templ, $fhtmp, $fnametmp, $cmd, $ctr, $window_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8884 | size);\n    our $ntemp++;\n    \n    $templ = $myn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8885 | ame . \".pid-\" . $$ .$ntemp .\".XXXXXX\";\n    ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8886 | fhtmp, $fnametmp) = tempfile($templ, UNLINK => 1);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8887 |  \n    print $fhtmp \">$id\\n$seq\\n\";\n\n    # -\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8888 | -- init basepair array\n    #\n    for (my $i=0; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8889 | i<length($seq); $i++) {\n        for (my $j=$i+1; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8890 | $j<length($seq); $j++) {\n            $struct[$i][\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8891 | $j]=0;\n        }\n    }\n\n\n    # --- call rnapl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8892 | fold and drop a readme\n    #\n    $window_size=(l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8893 | ength($seq)<70)?length($seq):70;\n    $cmd = \"RNA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8894 | plfold -W $window_size < $fnametmp >/dev/null\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8895 |     system($cmd);\n    \n    if ($? != 0) {\n     \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8896 |    printf STDERR \"ERROR: RNAplfold ($cmd) exited \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8897 | with error status %d\\n\", $? >> 8;\n        retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8898 | n;\n    }\n    #unlink($fnametmp);\n    my $fps = \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8899 | sprintf(\"%s_dp.ps\", $id); # check long name\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8900 |  \n    if (! -s $fps) {\n      {\n\n    $fps = sprint\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8901 | f(\"%s_dp.ps\", substr($id,0,12)); # check short n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8902 | ame\n   if (! -s $fps)\n          {\n       die(\"couldn't f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8903 | ind expected file $fps\\n\");\n     return;\n     }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8904 | n      }\n    }\n\n    \n    # --- read base pairs\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8905 |  from created postscript\n    #\n    open(FH, $fps\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8906 | );\n    while (my $line = <FH>) {\n        my ($nt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8907 | i, $ntj, $prob);\n        chomp($line);        \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8908 |        # line: bp bp sqrt-prob ubox\n        my @m\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8909 | atch = ($line =~ m/^([0-9]+) +([0-9]+) +([0-9\\.]+\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8910 | ) +ubox$/);\n        if (scalar(@match)) {\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8911 |       $nti=$1;\n            $ntj=$2;\n            \
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8912 | $prob=$3*$3;# prob stored as square root\n\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8913 |       if ($prob>$probtresh) {\n                #pr\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8914 | intf STDERR \"\\$struct[$nti][$ntj] sqrtprob=$3 pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8915 | ob=$prob > $probtresh\\n\";\n                $stru\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8916 | ct[$nti-1][$ntj-1] = $WEIGHT\n            }\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8917 |        # store with zero-offset\n        }\n    }\\
      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8918 | n    close(FH);\n\n    # remove or gzi postscript\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8919 | n    #\n    unlink($fps);\n    #\n    # or gzip\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8920 |    #$cmd = \"gzip -qf $fps\";\n    #system($cmd);\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8921 | n    #if ($? != 0) {\n    #    printf STDERR \"ERR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8922 | OR: gzip ($cmd) exited with error status %d\\n\", \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8923 | $? >> 8;\n    #}\n\n    return \\@struct;\n}\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8924 | \n\n\nsub rnaseqfmt($)\n{\n    my ($seq) = @_;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8925 |   # remove gaps\n    $seq =~ s/-//g;\n    # upperc\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8926 | ase RNA\n    $seq = uc($seq);\n    # T -> U\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8927 | seq =~ s/T/U/g;\n    # check for invalid charaters\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8928 | \n    $_ = $seq;\n    s/[^$NUCALPH]//g;\n    retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8929 | n $_;\n}\n\n\n\n\nsub usage(;$)\n{    \n    my ($e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8930 | rrmsg) = @_;\n    if ($errmsg) {\n        print ST\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8931 | DERR \"ERROR: $errmsg\\n\";\n    }\n    print STDE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8932 | RR << \"EOF\";\n$myname:\n Creates a T-Coffee RNA \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8933 | structure library from RNAplfold prediction.\n See\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8934 |  FIXME:citation\nUsage:\n $myname -in seq_file -ou\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8935 | t tcoffee_lib\nEOF\n    exit(1);\n}\n\nsub read_fa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8936 | sta_seq \n  {\n    my $f=$_[0];\n    my %hseq;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8937 |   my (@seq, @com, @name);\n    my ($a, $s,$nseq);\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8938 | n\n    open (F, $f);\n    while (<F>)\n      {\n        $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8939 | s.=$_;\n      }\n    close (F);\n\n    \n    @name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8940 | =($s=~/>(\\S*).*\\n[^>]*/g);\n    \n    @seq =($s=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8941 | ~/>.*.*\\n([^>]*)/g);\n    @com =($s=~/>(\\S*)(.*)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8942 | \\n([^>]*)/g);\n\n\n    $nseq=$#name+1;\n  \n    f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8943 | or ($a=0; $a<$nseq; $a++)\n      {\n    my $n=$name[$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8944 | a];\n   my $s;\n        $hseq{$n}{name}=$n;\n   $s=$seq[$a];$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8945 | s=~s/\\s//g;\n  \n      $hseq{$n}{seq}=$s;\n    $hseq{$n}{c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8946 | om}=$com[$a];\n      }\n    return %hseq;\n  }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8947 | \n\n\n\n\n\nmy $fmsq = \"\";\nmy $flib = \"\";\nmy\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8948 |  %OPTS;\nmy %seq;\nmy ($id, $nseq, $i);\nmy @nl;\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8949 | \nGetOptions(\"in=s\" => \\$fmsq, \"out=s\" => \\$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8950 | flib);\n\nif (! -s $fmsq) {\n    usage(\"empty or \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8951 | non-existant file \\\"$fmsq\\\"\")\n}\nif (length(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8952 | $flib)==0) {\n    usage(\"empty out-filename\")\n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8953 | \n\n\n\n\n\n\n%seq=read_fasta_seq($fmsq);\n\n\n@nl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8954 | =keys(%seq);\n\n$nseq=$#nl+1;\nopen FD_LIB, \">$fl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8955 | ib\" or die \"can't open $flib!\";\ntcoffeelib_hea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8956 | der($nseq, *FD_LIB);\nforeach $id (keys (%seq))\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8957 |  {\n    my ($seq, $fmtseq);\n    \n    $seq = $seq\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8958 | {$id}{seq};\n    \n    $fmtseq = rnaseqfmt($seq);#\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8959 |  check here, formatting for folding important late\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8960 | r\n    if (length($seq)!=length($fmtseq)) {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8961 |    print STDERR \"ERROR: invalid sequence $id is n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8962 | ot an RNA sequence. read seq is: $seq\\n\";\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8963 |    exit\n      }\n   \n    tcoffeelib_header_addse\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8964 | q($id, uc($seq), *FD_LIB);\n  }\ntcoffeelib_commen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8965 | t(\"generated by $myname on \" . localtime(), *FD_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8966 | LIB);\n\n\n\n$i=0;\nforeach $id (keys (%seq))\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8967 | \n    my ($cleanid, $seq, $bpm);\n    $seq=$seq{$i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8968 | d}{seq};\n    $cleanid = $id;\n    $cleanid =~ s,[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8969 | / ],_,g;# needed for rnaplfold\n    $seq = rnaseqf\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8970 | mt($seq);\n    \n    $bpm = plfold($cleanid, rnase\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8971 | qfmt($seq), $PROBTRESH);       \n    \n    tcoffee\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8972 | lib_struct($i+1, length($seq), $bpm, *FD_LIB);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8973 |   $i++;\n}\n\n\ntcoffeelib_footer(*FD_LIB);\nclose\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8974 |  FD_LIB;\nexit (0);\n\n","\n\n\n\n\n$cmd=join ' ',\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~  
./perl_header_lib.h:8974:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8974 |  FD_LIB;\nexit (0);\n\n","\n\n\n\n\n$cmd=join ' ',\
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8975 |  @ARGV;\nif ($cmd=~/-infile=(\\S+)/){ $seqfile=$1;\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8976 | }\nif ($cmd=~/-outfile=(\\S+)/){ $libfile=$1;}\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8977 | \n\n%s=read_fasta_seq ($seqfile);\n\nopen (F, \">$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8978 | libfile\");\nforeach $name (keys (%s))\n  {\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8979 | y $tclib=\"$name.RNAplfold_tclib\";\n    print (F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8980 | \">$name _F_ $tclib\\n\");\n    seq2RNAplfold2tcli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8981 | b ($name, $s{$name}{seq}, $tclib);\n  }\nclose (F)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8982 | ;\nexit (EXIT_SUCCESS);\n\nsub seq2RNAplfold2tclib\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8983 | \n  {\n    my ($name, $seq, $tclib)=@_;\n    my ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8984 | tmp);\n    $n++;\n    $tmp=\"tmp4seq2RNAplfold_tcl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8985 | ib.$$.$n.pep\";\n    open (RF, \">$tmp\");\n    pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8986 | int (RF \">$name\\n$seq\\n\");\n    close (RF);\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8987 |    \n    system \"t_coffee -other_pg RNAplfold2tcl\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8988 | ib.pl -in=$tmp -out=$tclib\";\n    \n    unlink ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8989 | tmp);\n    return $tclib;\n  }\n    \n    \nsub re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8990 | ad_fasta_seq \n  {\n    my $f=@_[0];\n    my %hseq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8991 | ;\n    my (@seq, @com, @name);\n    my ($a, $s,$ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8992 | eq);\n\n    open (F, $f);\n    while (<F>)\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8993 | {\n     $s.=$_;\n      }\n    close (F);\n\n    \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8994 | @name=($s=~/>(\\S*).*\\n[^>]*/g);\n    \n    @seq \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8995 | =($s=~/>.*.*\\n([^>]*)/g);\n    @com =($s=~/>\\S*(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8996 | .*)\\n([^>]*)/g);\n\n    \n    $nseq=$#name+1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8997 |   \n    for ($a=0; $a<$nseq; $a++)\n      {\n   my $\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8998 | n=$name[$a];\n  $hseq{$n}{name}=$n;\n   $hseq{$n}{seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 8999 | }=$seq[$a];\n   $hseq{$n}{com}=$com[$a];\n      }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9000 |    return %hseq;\n  }\n","use Getopt::Long;\nuse F\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~  
./perl_header_lib.h:9000:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9000 |    return %hseq;\n  }\n","use Getopt::Long;\nuse F\
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9001 | ile::Path;\nuse Env;\nuse FileHandle;\nuse Cwd;\nu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9002 | se Sys::Hostname;\nour $PIDCHILD;\nour $ERROR_DONE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9003 | ;\nour @TMPFILE_LIST;\nour $EXIT_FAILURE=1;\nour $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9004 | EXIT_SUCCESS=0;\n\nour $REFDIR=getcwd;\nour $EXIT_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9005 | SUCCESS=0;\nour $EXIT_FAILURE=1;\n\nour $PROGRAM=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9006 | "tc_generic_method.pl\";\nour $CL=$PROGRAM;\n\nour\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9007 |  $CLEAN_EXIT_STARTED;\nour $debug_lock=$ENV{\"DEBU\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9008 | G_LOCK\"};\nour $LOCKDIR=$ENV{\"LOCKDIR_4_TCOFFEE\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9009 | "};\nif (!$LOCKDIR){$LOCKDIR=getcwd();}\nour $ERRO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9010 | RDIR=$ENV{\"ERRORDIR_4_TCOFFEE\"};\nour $ERRORFILE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9011 | =$ENV{\"ERRORFILE_4_TCOFFEE\"};\n&set_lock ($$);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9012 | if (isshellpid(getppid())){lock4tc(getppid(), \"LL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9013 | OCK\", \"LSET\", \"$$\\n\");}\n      \nour $print;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9014 | \nmy ($fmsq1, $fmsq2, $output, $outfile, $arch, $p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9015 | sv, $hmmtop_home, $trim, $cov, $sample, $mode, $go\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9016 | r_home, $gor_seq, $gor_obs);\n\nGetOptions(\"-in=s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9017 | \" => \\$fmsq1,\"-output=s\" =>\\$output ,\"-out=s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9018 | \" => \\$outfile, \"-arch=s\" => \\$arch,\"-psv=s\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9019 | " => \\$psv, \"-hmmtop_home=s\", \\$hmmtop_home,\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9020 | -trim=s\" =>\\$trim ,\"-print=s\" =>\\$print,\"-co\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9021 | v=s\" =>\\$cov , \"-sample=s\" =>\\$sample, \"-mod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9022 | e=s\" =>\\$mode, \"-gor_home=s\"=>\\$gor_home, \"-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9023 | gor_seq=s\"=>\\$gor_seq,\"-gor_obs=s\"=>\\$gor_obs\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9024 | );\n\n\nif (!$mode){$mode = \"hmmtop\"}\nelsif ($m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9025 | ode eq \"hmmtop\"){;}\nelsif ($mode eq \"gor\"){;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9026 | \nelse {myexit(flush_error (\"-mode=$mode is unkno\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9027 | wn\"));}\n\n\nour $HOME=$ENV{\"HOME\"};\nour $MCOF\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9028 | FEE=($ENV{\"MCOFFEE_4_TCOFFEE\"})?$ENV{\"MCOFFEE_4\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9029 | _TCOFFEE\"}:\"$HOME/.t_coffee/mcoffee\";\n\nif ($m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9030 | ode eq \"hmmtop\")\n  {\n    \n    check_configura\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9031 | tion (\"hmmtop\");\n    if (-e $arch){$ENV{'HMMTOP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9032 | _ARCH'}=$arch;}\n    elsif (-e $ENV{HMMTOP_ARCH}){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9033 | $arch=$ENV{HMMTOP_ARCH};}\n    elsif (-e \"$MCOFFE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9034 | E/hmmtop.arch\"){$arch=$ENV{'HMMTOP_ARCH'}=\"$MCOF\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9035 | FEE/hmmtop.arch\";}\n    elsif (-e \"$hmmtop_home/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9036 | hmmtop.arch\"){$arch=$ENV{'HMMTOP_ARCH'}=\"$hmmtop\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9037 | _home/hmmtop.arch\";}\n    else {myexit(flush_erro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9038 | r ( \"Could not find ARCH file for hmmtop\"));}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9039 |    \n    \n    if (-e $psv){$ENV{'HMMTOP_PSV'}=$ps\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9040 | v;}\n    elsif (-e $ENV{HMMTOP_PSV}){$psv=$ENV{HMM\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9041 | TOP_PSV};}\n    elsif (-e \"$MCOFFEE/hmmtop.psv\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9042 | {$psv=$ENV{'HMMTOP_PSV'}=\"$MCOFFEE/hmmtop.psv\";}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9043 | \n    elsif (-e \"$hmmtop_home/hmmtop.psv\"){$psv=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9044 | $ENV{'HMMTOP_PSV'}=\"$hmmtop_home/hmmtop.psv\";}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9045 |     else {myexit(flush_error ( \"Could not find PS\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9046 | V file for hmmtop\"));}\n\n  }\nelsif ($mode eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9047 | gor\")\n  {\n    our $GOR_SEQ;\n    our $GOR_OBS;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9048 | n    \n    check_configuration (\"gorIV\");\n    i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9049 | f (-e $gor_seq){$GOR_SEQ=$gor_seq;}\n    elsif (-e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9050 |  $ENV{GOR_SEQ}){$GOR_SEQ=$ENV{GOR_SEQ};}\n    elsi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9051 | f (-e \"$MCOFFEE/New_KS.267.seq\"){$GOR_SEQ=\"$MCO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9052 | FFEE/New_KS.267.seq\";}\n    elsif (-e \"$gor_home\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9053 | /New_KS.267.seq\"){$GOR_SEQ=\"$gor_home/New_KS.267\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9054 | .seq\";}\n    else {myexit(flush_error ( \"Could n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9055 | ot find SEQ file for gor\"));}\n\n    if (-e $gor_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9056 | obs){$GOR_OBS=$gor_obs;}\n    elsif (-e $ENV{GOR_O\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9057 | BS}){$GOR_OBS=$ENV{GOR_OBS};}\n    elsif (-e \"$MC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9058 | OFFEE/New_KS.267.obs\"){$GOR_OBS=\"$MCOFFEE/New_KS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9059 | .267.obs\";}\n    elsif (-e \"$gor_home/New_KS.267\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9060 | .obs\"){$GOR_OBS=\"$gor_home/New_KS.267.obs\";}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9061 |    else {myexit(flush_error ( \"Could not find OBS\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9062 |  file for gor\"));}\n  }\n\n\nif ( ! -e $fmsq1){my\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9063 | exit(flush_error (\"Could Not Read Input file $fms\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9064 | q1\"));}\n\n\nmy $fmsq2=vtmpnam();\nmy $fmsq3=vtmp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9065 | nam();\nmy $tmpfile=vtmpnam();\nmy $predfile=vtmpn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9066 | am();\n\nif ($trim){$trim_action=\" +trim _aln_%%$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9067 | trim\\_K1 \";}\nif ($cov) {$cov_action= \" +sim_fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9068 | lter _aln_c$cov \";}\n&safe_system(\"t_coffee -oth\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9069 | er_pg seq_reformat -in $fmsq1 -action +convert 'BO\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9070 | UJXZ-' $cov_action $trim_action -output fasta_aln \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9071 | -out $fmsq2\");\nmy (%pred, %seq, %predA);\n\n\n%s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9072 | eq=read_fasta_seq($fmsq2);\n%seq=fasta2sample(\\%s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9073 | eq, $sample);\n\nif (1==2 &&$mode eq \"hmmtop\" &&\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9074 |  $output eq \"cons\")\n  {\n    fasta2hmmtop_cons(\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9075 | $outfile,\\%seq);\n  }\nelse\n  {\n   \n    %pred=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9076 | fasta2pred(\\%seq, $mode);\n    %predA=pred2aln (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9077 | \%pred, \\%seq);\n    \n    \n    if (!$output || \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9078 | $output eq \"prediction\"){output_fasta_seq (\\%pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9079 | edA, $outfile);}\n    elsif ($output eq \"color_ht\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9080 | ml\"){pred2color (\\%pred,\\%seq, $outfile);}\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9081 |  elsif ($output eq \"cons\"){pred2cons($outfile,\\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9082 | %predA);}\n    else {flush_error (\"$output is an \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9083 | unknown output mode\");}\n  }\n\nsub fasta2sample\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9084 | n  {\n    my $SR=shift;\n    my $it=shift;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9085 |  %S=%$SR;\n    \n    my $seq=index2seq_name (\\%S,\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9086 |  1);\n    my $l=length($S{$seq}{seq});\n    my @sl\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9087 | =keys(%S);\n    my $nseq=$#sl+1;\n    my $index=$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9088 | seq;\n  \n    if (!$sample) {return %S;}\n    for \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9089 | (my $a=0; $a<$it; $a++)\n      {\n      my $newseq=\"\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9090 | ;\n     my $nname=\"$seq\\_sampled_$index\";\n  for (my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9091 |  $p=0; $p<$l; $p++)\n     {\n       my $i=int(rand($ns\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9092 | eq));\n     \n      my $name = $sl[$i];\n           my $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9093 | eq=$S{$name}{seq};\n        my $r=substr ($seq, $p, 1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9094 | );\n        $newseq.=$r;\n        }\n   $S{$nname}{name}=$nn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9095 | ame;\n  $S{$nname}{seq}=$newseq;\n      $S{$nname}{com}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9096 | \"sampled\";\n  $S{$nname}{index}=++$index;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9097 | }\n    return %S;\n  }\n              \nsub fasta2pred\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9098 |  {\n    my $s=shift;\n    my $mode=shift;\n\n    i\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9099 | f ( $mode eq \"hmmtop\"){return fasta2hmmtop_pred(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9100 | $s);}\n    elsif ($mode eq \"gor\"){return fasta2g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9101 | or_pred ($s);}\n  }\nsub fasta2hmmtop_cons\n  {\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9102 |    my $outfile=shift;\n    my $SR=shift;\n    \n  \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9103 |   my $o = new FileHandle;\n    my $i = new FileHan\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9104 | dle;\n    my $tmp_in =vtmpnam();\n    my $tmp_out=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9105 | vtmpnam();\n    my %seq=%$SR;\n    my %pred;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9106 | my $N=keys(%seq);\n    \n    output_fasta_seq (\\%\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9107 | seq,$tmp_in, \"seq\");\n    `hmmtop -pi=mpred -if=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9108 | $tmp_in -sf=FAS -pl 2>/dev/null >$tmp_out`;\n    o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9109 | pen ($o, \">$outfile\");\n    open ($i, \"$tmp_out\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9110 | \");\n    while (<$i>)\n      {\n       my $l=$_;\n     if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9111 | ($l=~/>HP\\:\\s+(\\d+)\\s+(.*)/)){my $line=\">$2 N\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9112 | SEQ: $N\\n\";print $o \"$line\";}\n     elsif ( ($l=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9113 | .*pred(.*)/))  {my $line=\"$1\\n\";print $o \"$lin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9114 | e\";}\n      }\n    close ($o);\n    close ($i);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9115 |     return read_fasta_seq($tmp);\n  }\nsub fasta2h\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9116 | mmtop_pred\n  {\n    my $SR=shift;\n    my $o = ne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9117 | w FileHandle;\n    my $i = new FileHandle;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9118 |  $tmp    =vtmpnam();\n    my $tmp_in =vtmpnam();\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9119 |     my $tmp_out=vtmpnam();\n    my %seq=%$SR;\n   \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9120 |  my %pred;\n    \n\n    output_fasta_seq (\\%seq,$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9121 | tmp_in, \"seq\");\n\n    \n    `hmmtop -if=$tmp_in\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9122 |  -sf=FAS -pl 2>/dev/null >$tmp_out`;\n    \n\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9123 | \n    \n    open ($o, \">$tmp\");\n    open ($i, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9124 | "$tmp_out\");\n    while (<$i>)\n      {\n      my $l=$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9125 | _;\n    if (($l=~/>HP\\:\\s+(\\d+)\\s+(.*)/)){my $lin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9126 | e=\">$2\\n\";print $o \"$line\";}\n     elsif ( ($l=~/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9127 | .*pred(.*)/))  {my $line=\"$1\\n\";print $o \"$lin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9128 | e\";}\n      }\n    close ($o);\n    close ($i);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9129 |     return read_fasta_seq($tmp);\n  }\n    \n   \n      \\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9130 | n           \n  \n      \n\n    \nsub fasta2gor_pred\n  {\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9131 |  $SR=shift;\n    my $o = new FileHandle;\n    my $\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9132 | i = new FileHandle;\n    my $tmp    =vtmpnam();\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9133 |    my $tmp_in =vtmpnam();\n    my $tmp_out=vtmpnam\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9134 | ();\n    my %seq=%$SR;\n    my %pred;\n    \n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9135 |  output_fasta_seq (\\%seq,$tmp_in, \"seq\");\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9136 | `gorIV -prd $tmp_in -seq $GOR_SEQ -obs $GOR_OBS >$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9137 | tmp_out`;\n    open ($o, \">$tmp\");\n    open ($i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9138 | , \"$tmp_out\");\n    while (<$i>)\n      {\n   my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9139 | l=$_;\n\n       \n      if ( $l=~/>/){print $o \"$l\";}\n       els\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9140 | if ( $l=~/Predicted Sec. Struct./){$l=~s/Predicted\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9141 |  Sec. Struct\\.//;print $o \"$l\";}\n      }\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9142 | close ($o);\n    close ($i);\n    return read_fast\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9143 | a_seq($tmp);\n  }\n                     \n                           \nsub index2seq_na\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9144 | me\n  {\n    \n    my $SR=shift;\n    my $index=sh\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9145 | ift;\n    \n    \n    my %S=%$SR;\n    \n    forea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9146 | ch my $s (%S)\n      {\n        if ( $S{$s}{index}==$inde\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9147 | x){return $s;}\n      }\n    return \"\";\n  }\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9148 | sub pred2cons\n  {\n    my $outfile=shift;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9149 |  $predR=shift;\n    my $seq=shift;\n    my %P=%$pr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9150 | edR;\n    my %C;\n    my ($s,@r,$nseq);\n    my $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9151 | = new FileHandle;\n\n    open ($f, \">$outfile\");\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9152 | \n\n    if (!$seq){$seq=index2seq_name(\\%P,1);}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9153 |     foreach my $s (keys(%P))\n      {\n $nseq++;\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9154 |         $string= $P{$s}{seq};\n $string = uc $string;\n m\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9155 | y @r=split (//,$string);\n      for (my $a=0; $a<=$#r; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9156 | $a++)\n   {\n       if (($r[$a]=~/[OHICE]/)){$C{$a}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9157 | $r[$a]}++;}\n     }\n      }\n    @l=keys(%C);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9158 | \n    \n    $s=$P{$seq}{seq};\n    print $f \">$se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9159 | q pred based on $nseq\\n\";\n    @r=split (//,$s);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9160 | \n    \n    for (my $x=0; $x<=$#r; $x++)\n      {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9161 | n       if ($r[$x] ne \"-\")\n    {\n       my $h=$C{$x}{H}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9162 | ;\n         my $i=$C{$x}{I};\n      my $o=$C{$x}{O};\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9163 |     my $c=$C{$x}{C};\n      my $e=$C{$x}{E};\n      \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9164 | my $l=$i+$o;\n      \n      if ($h>=$i && $h>=$o && \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9165 | $h>=$c && $h>=$e){$r[$x]='H';}\n            elsif ($i>=$o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9166 |  && $i>=$c && $i>=$e){$r[$x]='I';}\n        elsif ($o\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9167 | >=$c && $o>=$e){$r[$x]='O';}\n      elsif ($c>=$e){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9168 | $r[$x]='C';}\n      else {$r[$x]='E';}\n          }\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9169 |  }\n    $j=join ('', @r);\n    print $f \"$j\\n\";\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9170 | \n    close ($f);\n    return $j;\n  }\n\nsub pred\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9171 | 2aln\n  {\n    my $PR=shift;\n    my $AR=shift;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9172 |    \n    my $f=new FileHandle;\n    my %P=%$PR;\n \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9173 |    my %A=%$AR;\n    my %PA;\n    my $tmp=vtmpnam()\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9174 | ;\n    my $f= new FileHandle;\n    \n    open ($f,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9175 |  \">$tmp\");\n    foreach my $s (sort{$A{$a}{index\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9176 | }<=>$A{$b}{index}}(keys (%A)))\n      {\n       my (@lis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9177 | t, $seq, @plist, @pseq, $L, $PL, $c, $w);\n     my $se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9178 | q;\n    my $seq=$A{$s}{seq};\n  my $pred=$P{$s}{seq};\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9179 | n       $seq=pred2alnS($P{$s}{seq},$A{$s}{seq});\n      print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9180 |  $f \">$s\\n$seq\\n\";\n      }\n    close ($f);\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9181 |     return read_fasta_seq ($tmp);\n  }\nsub pred2a\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9182 | lnS\n  {\n    my $pred=shift;\n    my $aln= shift;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9183 | \n    my ($j,$a,$b);\n    my @P=split (//, $pred);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9184 | \n    my @A=split (//, $aln);\n    for ($a=$b=0;$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9185 | <=$#A; $a++)\n      {\n if ($A[$a] ne \"-\"){$A[$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9186 | ]=$P[$b++];}\n      }\n    if ($b!= ($#P+1)){add_w\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9187 | arning (\"Could not thread sequence: $b $#P\");}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9188 |     \n    $j= join ('', @A);\n    return $j;\n  }\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9189 | nsub pred2color\n  {\n    my $predP=shift;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9190 |  $alnP=shift;\n    my $out=shift;\n    my $F=new F\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9191 | ileHandle;\n    my $struc=vtmpnam();\n    my $aln=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9192 | vtmpnam();\n    \n\n    output_fasta_seq ($alnP, $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9193 | aln);\n    my %p=%$predP;\n    \n    open ($F, \">\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9194 | $struc\");\n    \n    \n    foreach my $s (keys(%p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9195 | ))\n      {\n   \n      print $F \">$s\\n\";\n  my $s=uc($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9196 | p{$s}{seq});\n  \n      $s=~s/[Oo]/0/g;\n       $s=~s/[Ee]/0/g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9197 | ;\n     \n      $s=~s/[Ii]/5/g;\n       $s=~s/[Cc]/5/g;\n       \n      $s=~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9198 | s/[Hh]/9/g;\n   \n      print $F \"$s\\n\";\n      }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9199 |  close ($F);\n    \n    \n    \n    safe_system ( \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9200 | \"t_coffee -other_pg seq_reformat -in $aln -struc_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9201 | in $struc -struc_in_f number_fasta -output color_h\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9202 | tml -out $out\");\n    return;\n  }\n     \n    \nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9203 | b display_fasta_seq\n  {\n    my $SR=shift;\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9204 | y %S=%$SR;\n    \n    foreach my $s (sort{$S{$a}{i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9205 | ndex}<=>$S{$b}{index}}(keys (%S)))\n      {\n   prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9206 | t STDERR \">$s\\n$S{$s}{seq}\\n\";\n      }\n    c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9207 | lose ($f);\n  }\nsub output_fasta_seq\n  {\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9208 |  $SR=shift;\n    my $outfile=shift;\n    my $mode \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9209 | =shift;\n    my $f= new FileHandle;\n    my %S=%$S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9210 | R;\n    \n    \n    open ($f, \">$outfile\");\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9211 |  foreach my $s (sort{$S{$a}{index}<=>$S{$b}{index}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9212 | }(keys (%S)))\n      {\n        my $seq=$S{$s}{seq};\n  if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9213 |  ( $mode eq \"seq\"){$seq=~s/\\-//g;}\n print $f \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9214 | ">$s\\n$seq\\n\";\n      }\n    close ($f);\n  }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9215 |       \nsub read_fasta_seq \n  {\n    my $f=$_[0];\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9216 | \n    my %hseq;\n    my (@seq, @com, @name);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9217 | my ($a, $s,$nseq);\n    my $index;\n    open (F, $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9218 | f);\n    while (<F>)\n      {\n $s.=$_;\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9219 |     close (F);\n\n    \n    @name=($s=~/>(\\S*).*\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9220 | \n[^>]*/g);\n    \n    @seq =($s=~/>.*.*\\n([^>]*)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9221 | /g);\n    @com =($s=~/>.*(.*)\\n([^>]*)/g);\n\n\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9222 |    $nseq=$#name+1;\n    \n  \n    for ($a=0; $a<$n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9223 | seq; $a++)\n      {\n   my $n=$name[$a];\n      my $s;\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9224 | $hseq{$n}{name}=$n;\n   $s=$seq[$a];$s=~s/\\s//g;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9225 | $hseq{$n}{index}=++$index;\n    $hseq{$n}{seq}=$s;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9226 | $hseq{$n}{com}=$com[$a];\n      }\n    return %hse\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9227 | q;\n  }\n\n\nsub file2head\n      {\n   my $file = s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9228 | hift;\n my $size = shift;\n     my $f= new FileHandle;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9229 | \n      my $line;\n     open ($f,$file);\n      read ($f,$line, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9230 | $size);\n       close ($f);\n   return $line;\n      }\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9231 | b file2tail\n      {\n  my $file = shift;\n     my $siz\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9232 | e = shift;\n    my $f= new FileHandle;\n        my $line;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9233 | \n      open ($f,$file);\n      seek ($f,$size*-1, 2);\n        rea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9234 | d ($f,$line, $size);\n  close ($f);\n   return $line;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9235 | \n      }\n\n\nsub vtmpnam\n      {\n   my $r=rand(1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9236 | 00000);\n       my $f=\"file.$r.$$\";\n while (-e $f)\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9237 |   {\n       $f=vtmpnam();\n       }\n   push (@TMPFILE_LIS\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9238 | T, $f);\n       return $f;\n      }\n\nsub myexit\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9239 |     my $code=@_[0];\n    if ($CLEAN_EXIT_STARTED==\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9240 | 1){return;}\n    else {$CLEAN_EXIT_STARTED=1;}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9241 |   ### ONLY BARE EXIT\n    exit ($code);\n  }\nsub \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9242 | set_error_lock\n    {\n      my $name = shift;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9243 |     my $pid=$$;\n\n      \n      &lock4tc ($$,\"LE\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9244 | RROR\", \"LSET\", \"$$ -- ERROR: $name $PROGRAM\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9245 | \");\n      return;\n    }\nsub set_lock\n  {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9246 |  my $pid=shift;\n    my $msg= shift;\n    my $p=ge\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9247 | tppid();\n    &lock4tc ($pid,\"LLOCK\",\"LRESET\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9248 | \"$p$msg\\n\");\n  }\nsub unset_lock\n   {\n     \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9249 | n    my $pid=shift;\n    &lock4tc ($pid,\"LLOCK\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9250 | \"LRELEASE\",\"\");\n  }\nsub shift_lock\n  {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9251 |  my $from=shift;\n    my $to=shift;\n    my $from_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9252 | type=shift;\n    my $to_type=shift;\n    my $actio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9253 | n=shift;\n    my $msg;\n    \n    if (!&lock4tc($f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9254 | rom, $from_type, \"LCHECK\", \"\")){return 0;}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9255 |   $msg=&lock4tc ($from, $from_type, \"LREAD\", \"\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9256 | ");\n    &lock4tc ($from, $from_type,\"LRELEASE\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9257 |  $msg);\n    &lock4tc ($to, $to_type, $action, $ms\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9258 | g);\n    return;\n  }\nsub isshellpid\n  {\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9259 |  $p=shift;\n    if (!lock4tc ($p, \"LLOCK\", \"LCH\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9260 | ECK\")){return 0;}\n    else\n      {\n my $c=lock\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9261 | 4tc($p, \"LLOCK\", \"LREAD\");\n        if ( $c=~/-SHELL-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9262 | /){return 1;}\n      }\n    return 0;\n  }\nsub is\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9263 | rootpid\n  {\n    if(lock4tc (getppid(), \"LLOCK\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9264 | , \"LCHECK\")){return 0;}\n    else {return 1;}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9265 |  }\nsub lock4tc\n       {\n       my ($pid,$type,$action,$va\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9266 | lue)=@_;\n        my $fname;\n    my $host=hostname;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9267 |  \n       if ($type eq \"LLOCK\"){$fname=\"$LOCKDIR/.$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9268 | pid.$host.lock4tcoffee\";}\n      elsif ( $type eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9269 | LERROR\"){ $fname=\"$LOCKDIR/.$pid.$host.error4tco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9270 | ffee\";}\n        elsif ( $type eq \"LWARNING\"){ $fnam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9271 | e=\"$LOCKDIR/.$pid.$host.warning4tcoffee\";}\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9272 | n         if ($debug_lock)\n        {\n       print STDERR \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9273 | \"\\n\\t---lock4tc(tcg): $action => $fname =>$valu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9274 | e (RD: $LOCKDIR)\\n\";\n            }\n\n         if    ($actio\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9275 | n eq \"LCHECK\") {return -e $fname;}\n    elsif ($a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9276 | ction eq \"LREAD\"){return file2string($fname);}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9277 |           elsif ($action eq \"LSET\") {return string2file\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9278 |  ($value, $fname, \">>\");}\n     elsif ($action eq \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9279 | \"LRESET\") {return string2file ($value, $fname, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9280 | ">\");}\n         elsif ($action eq \"LRELEASE\") \n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9281 |  {\n          if ( $debug_lock)\n               {\n               my $g=new F\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9282 | ileHandle;\n              open ($g, \">>$fname\");\n              prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9283 | t $g \"\\nDestroyed by $$\\n\";\n                 close ($g);\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9284 |                   safe_system (\"mv $fname $fname.old\");\n             }\n\
      |                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9285 |               else\n            {\n               unlink ($fname);\n            }\n         \
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9286 | }\n       return \"\";\n        }\n     \nsub file2string\n     {\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9287 |  my $file=@_[0];\n        my $f=new FileHandle;\n         my \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9288 | $r;\n     open ($f, \"$file\");\n         while (<$f>){$r.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9289 | =$_;}\n   close ($f);\n   return $r;\n  }\nsub stri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9290 | ng2file \n    {\n    my ($s,$file,$mode)=@_;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9291 | my $f=new FileHandle;\n    \n    open ($f, \"$mode\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9292 | $file\");\n    print $f  \"$s\";\n    close ($f);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9293 | n  }\n\nBEGIN\n    {\n      srand;\n    \n      $S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9294 | IG{'SIGUP'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGINT'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9295 | }='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGQUIT'}='signal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9296 | _cleanup';\n      $SIG{'SIGILL'}='signal_cleanup';\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9297 | \n      $SIG{'SIGTRAP'}='signal_cleanup';\n      $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9298 | SIG{'SIGABRT'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9299 | MT'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGFPE'}='sign\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9300 | al_cleanup';\n      \n      $SIG{'SIGKILL'}='signa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9301 | l_cleanup';\n      $SIG{'SIGPIPE'}='signal_cleanup\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9302 | ';\n      $SIG{'SIGSTOP'}='signal_cleanup';\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9303 |  $SIG{'SIGTTIN'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SI\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9304 | GXFSZ'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGINFO'}='\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9305 | signal_cleanup';\n      \n      $SIG{'SIGBUS'}='si\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9306 | gnal_cleanup';\n      $SIG{'SIGALRM'}='signal_clea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9307 | nup';\n      $SIG{'SIGTSTP'}='signal_cleanup';\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9308 |     $SIG{'SIGTTOU'}='signal_cleanup';\n      $SIG{\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9309 | 'SIGVTALRM'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGUSR\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9310 | 1'}='signal_cleanup';\n\n\n      $SIG{'SIGSEGV'}='\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9311 | signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGTERM'}='signal_cl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9312 | eanup';\n      $SIG{'SIGCONT'}='signal_cleanup';\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9313 |       $SIG{'SIGIO'}='signal_cleanup';\n      $SIG{\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9314 | 'SIGPROF'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIGUSR2'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9315 | }='signal_cleanup';\n\n      $SIG{'SIGSYS'}='signa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9316 | l_cleanup';\n      $SIG{'SIGURG'}='signal_cleanup'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9317 | ;\n      $SIG{'SIGCHLD'}='signal_cleanup';\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9318 | $SIG{'SIGXCPU'}='signal_cleanup';\n      $SIG{'SIG\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9319 | WINCH'}='signal_cleanup';\n      \n      $SIG{'INT\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9320 | '}='signal_cleanup';\n      $SIG{'TERM'}='signal_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9321 | leanup';\n      $SIG{'KILL'}='signal_cleanup';\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9322 |     $SIG{'QUIT'}='signal_cleanup';\n      \n      \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9323 | our $debug_lock=$ENV{\"DEBUG_LOCK\"};\n      \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9324 |    \n      \n      \n      foreach my $a (@ARGV){$\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9325 | CL.=\" $a\";}\n      if ( $debug_lock ){print STDE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9326 | RR \"\\n\\n\\n********** START PG: $PROGRAM ******\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9327 | *******\\n\";}\n      if ( $debug_lock ){print STD\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9328 | ERR \"\\n\\n\\n**********(tcg) LOCKDIR: $LOCKDIR $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9329 | $ *************\\n\";}\n      if ( $debug_lock ){p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9330 | rint STDERR \"\\n --- $$ -- $CL\\n\";}\n      \n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9331 |     \n      \n      \n    }\nsub flush_error\n  {\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9332 | n    my $msg=shift;\n    return add_error ($EXIT_F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9333 | AILURE,$$, $$,getppid(), $msg, $CL);\n  }\nsub add\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9334 | _error \n  {\n    my $code=shift;\n    my $rpid=sh\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9335 | ift;\n    my $pid=shift;\n    my $ppid=shift;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9336 |  my $type=shift;\n    my $com=shift;\n    \n    $E\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9337 | RROR_DONE=1;\n    lock4tc ($rpid, \"LERROR\",\"LSE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9338 | T\",\"$pid -- ERROR: $type\\n\");\n    lock4tc ($$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9339 | , \"LERROR\",\"LSET\", \"$pid -- COM: $com\\n\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9340 | n    lock4tc ($$, \"LERROR\",\"LSET\", \"$pid -- S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9341 | TACK: $ppid -> $pid\\n\");\n   \n    return $code;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9342 | \n  }\nsub add_warning \n  {\n    my $rpid=shift;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9343 | n    my $pid =shift;\n    my $command=shift;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9344 | my $msg=\"$$ -- WARNING: $command\\n\";\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9345 |  STDERR \"$msg\";\n    lock4tc ($$, \"LWARNING\", \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9346 | \"LSET\", $msg);\n  }\n\nsub signal_cleanup\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9347 |     print dtderr \"\\n**** $$ (tcg) was killed\\n\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9348 | ";\n    &cleanup;\n    exit ($EXIT_FAILURE);\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9349 | nsub clean_dir\n  {\n    my $dir=@_[0];\n    if ( \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9350 | !-d $dir){return ;}\n    elsif (!($dir=~/tmp/)){re\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9351 | turn ;}#safety check 1\n    elsif (($dir=~/\\*/)){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9352 | return ;}#safety check 2\n    else\n      {\n   `rm \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9353 | -rf $dir`;\n      }\n    return;\n  }\nsub cleanup\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9354 | \n  {\n    #print stderr \"\\n----tc: $$ Kills $PI\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9355 | DCHILD\\n\";\n    #kill (SIGTERM,$PIDCHILD);\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9356 | my $p=getppid();\n    $CLEAN_EXIT_STARTED=1;\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9357 | \n    \n    \n    if (&lock4tc($$,\"LERROR\", \"LC\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9358 | HECK\", \"\"))\n      {\n       my $ppid=getppid();\n   if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9359 |  (!$ERROR_DONE) \n        {\n       &lock4tc($$,\"LERROR\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9360 | ", \"LSET\", \"$$ -- STACK: $p -> $$\\n\");\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9361 | &lock4tc($$,\"LERROR\", \"LSET\", \"$$ -- COM: $CL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9362 | \\n\");\n         }\n      }\n    my $warning=&lock4tc($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9363 | $, \"LWARNING\", \"LREAD\", \"\");\n    my $error=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9364 | &lock4tc($$,  \"LERROR\", \"LREAD\", \"\");\n    #\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9365 | release error and warning lock if root\n    \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9366 | if (isrootpid() && ($warning || $error) )\n      {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9367 | \n      \n      print STDERR \"**************** Summary ****\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9368 | *********\\n$error\\n$warning\\n\";\n\n &lock4tc($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9369 | $,\"LERROR\",\"RELEASE\",\"\");\n       &lock4tc($$,\"LW\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9370 | ARNING\",\"RELEASE\",\"\");\n      } \n    \n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9371 | n    foreach my $f (@TMPFILE_LIST)\n      {\n   if (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9372 | -e $f){unlink ($f);} \n      }\n    foreach my $d \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9373 | (@TMPDIR_LIST)\n      {\n       clean_dir ($d);\n      }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9374 | \n    #No More Lock Release\n    #&lock4tc($$,\"LL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9375 | OCK\",\"LRELEASE\",\"\"); #release lock \n\n    if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9376 |  ( $debug_lock ){print STDERR \"\\n\\n\\n*********\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9377 | * END PG: $PROGRAM ($$) *************\\n\";}\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9378 | if ( $debug_lock ){print STDERR \"\\n\\n\\n*******\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9379 | ***(tcg) LOCKDIR: $LOCKDIR $$ *************\\n\";}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9380 | \n  }\nEND \n  {\n    \n    &cleanup();\n  }\n   \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9381 | n\nsub safe_system \n{\n  my $com=shift;\n  my $nt\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9382 | ry=shift;\n  my $ctry=shift;\n  my $pid;\n  my $st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9383 | atus;\n  my $ppid=getppid();\n  if ($com eq \"\"){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9384 | return 1;}\n  \n  \n\n  if (($pid = fork ()) < 0){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9385 | return (-1);}\n  if ($pid == 0)\n    {\n      set_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9386 | lock($$, \" -SHELL- $com (tcg)\");\n      exec ($c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9387 | om);\n    }\n  else\n    {\n      lock4tc ($$, \"L\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9388 | LOCK\", \"LSET\", \"$pid\\n\");#update parent\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9389 |    $PIDCHILD=$pid;\n    }\n  if ($debug_lock){prin\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9390 | tf STDERR \"\\n\\t .... safe_system (fasta_seq2hmm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9391 | )  p: $$ c: $pid COM: $com\\n\";}\n\n  waitpid ($p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9392 | id,WTERMSIG);\n\n  shift_lock ($pid,$$, \"LWARNING\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9393 | \",\"LWARNING\", \"LSET\");\n\n  if ($? == $EXIT_F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9394 | AILURE || lock4tc($pid, \"LERROR\", \"LCHECK\", \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9395 | \"))\n    {\n      if ($ntry && $ctry <$ntry)\n {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9396 | n         add_warning ($$,$$,\"$com failed [retry: $ctry\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9397 | ]\");\n   lock4tc ($pid, \"LRELEASE\", \"LERROR\",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9398 |  \"\");\n         return safe_system ($com, $ntry, ++$ct\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9399 | ry);\n  }\n      elsif ($ntry == -1)\n  {\n       if (!s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9400 | hift_lock ($pid, $$, \"LERROR\", \"LWARNING\", \"L\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9401 | SET\"))\n           {\n       add_warning ($$,$$,\"$com \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9402 | failed\");\n        }\n   else\n            {\n       lock4t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9403 | c ($pid, \"LRELEASE\", \"LERROR\", \"\");\n         }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9404 | n         return $?;}\n      else\n     {\n       if (!shift_loc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9405 | k ($pid,$$, \"LERROR\",\"LERROR\", \"LSET\"))\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9406 |   {\n         myexit(add_error ($EXIT_FAILURE,$$,$pi\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9407 | d,getppid(), \"UNSPECIFIED system\", $com));\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9408 |  }\n    }\n    }\n  return $?;\n}\n\nsub check_config\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9409 | uration \n    {\n      my @l=@_;\n      my $v;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9410 |     foreach my $p (@l)\n        {\n       \n      if   ( $p eq \\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9411 | "EMAIL\")\n         { \n              if ( !($EMAIL=~/@/))\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9412 |         {\n             add_warning($$,$$,\"Could Not Use EMAIL\");\\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9413 | n               myexit(add_error ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid()\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9414 | ,\"EMAIL\",\"$CL\"));\n       }\n           }\n   elsif(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9415 |  $p eq \"INTERNET\")\n      {\n       if ( !&check_\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9416 | internet_connection())\n                {\n               myexit(add_error \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9417 | ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"INTERNET\",\"$CL\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9418 | "));\n          }\n         }\n   elsif( $p eq \"wget\")\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9419 |  {\n          if (!&pg_is_installed (\"wget\") && !&p\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9420 | g_is_installed (\"curl\"))\n            {\n               myexit(add_er\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9421 | ror ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"PG_NOT_INSTAL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9422 | LED:wget\",\"$CL\"));\n         }\n         }\n   elsif( !(&p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9423 | g_is_installed ($p)))\n     {\n       myexit(add_e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9424 | rror ($EXIT_FAILURE,$$,$$,getppid(),\"PG_NOT_INSTA\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9425 | LLED:$p\",\"$CL\"));\n      }\n }\n      return 1;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9426 | n    }\nsub pg_is_installed\n  {\n    my @ml=@_;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9427 |     my $r, $p, $m;\n    my $supported=0;\n    \n  \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9428 |   my $p=shift (@ml);\n    if ($p=~/::/)\n      {\n\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9429 |         if (safe_system (\"perl -M$p -e 1\")==$EXIT_SUCCE\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9430 | SS){return 1;}\n        else {return 0;}\n      }\n    el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9431 | se\n      {\n   $r=`which $p 2>/dev/null`;\n    if ($r \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9432 | eq \"\"){return 0;}\n   else {return 1;}\n      }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9433 |  }\n\n\n\nsub check_internet_connection\n  {\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9434 | my $internet;\n    my $tmp;\n    &check_configurat\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9435 | ion ( \"wget\"); \n    \n    $tmp=&vtmpnam ();\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9436 |   \n    if     (&pg_is_installed    (\"wget\")){`w\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9437 | get www.google.com -O$tmp >/dev/null 2>/dev/null`;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9438 | }\n    elsif  (&pg_is_installed    (\"curl\")){`cu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9439 | rl www.google.com -o$tmp >/dev/null 2>/dev/null`;}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9440 | \n    \n    if ( !-e $tmp || -s $tmp < 10){$intern\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9441 | et=0;}\n    else {$internet=1;}\n    if (-e $tmp){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9442 | unlink $tmp;}\n\n    return $internet;\n  }\nsub c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9443 | heck_pg_is_installed\n  {\n    my @ml=@_;\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9444 | $r=&pg_is_installed (@ml);\n    if (!$r && $p=~/::\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9445 | /)\n      {\n   print STDERR \"\\nYou Must Install t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9446 | he perl package $p on your system.\\nRUN:\\n\\tsud\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9447 | o perl -MCPAN -e 'install $pg'\\n\";\n      }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9448 |  elsif (!$r)\n      {\n myexit(flush_error(\"\\nPr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9449 | ogram $p Supported but Not Installed on your syste\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9450 | m\"));\n      }\n    else\n      {\n    return 1;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9451 |     }\n  }\n\n\n\n","\n\n\n\n\nmy $FMODEL =\"\"; \\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~       
./perl_header_lib.h:9451:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9451 |     }\n  }\n\n\n\n","\n\n\n\n\nmy $FMODEL =\"\"; \\
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9452 | nmy $TMPDIR = \"/tmp\";\n\n\n\n\nmy $NUCALPH = \"A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9453 | CGTUNRYMKSWHBVD\";\nmy $PRIMNUCALPH = \"ACGTUN\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9454 | nuse vars qw($NUCALPH $PRIMNUCALPH $TMPDIR);\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9455 | my $errmsg;\nuse vars qw($errmsg);\n\n\n\nuse Geto\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9456 | pt::Long;\nuse Cwd;\nuse File::Basename;\nuse File\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9457 | ::Temp qw/ tempfile tempdir /;\nuse File::Copy;\nu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9458 | se File::Path;\n\n\n\nsub usage(;$)\n{\n    my ($e\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9459 | rrmsg) = @_;\n    my $myname = basename($0);\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9460 |   if ($errmsg) {\n        print STDERR \"ERROR: $e\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9461 | rrmsg\\n\";\n    }\n\n    print STDERR << \"EOF\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9462 | \n    \n$myname: align two sequences by means of c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9463 | onsan\\'s sfold\nUsage:\n $myname -i file -o file \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9464 | -d path\nOptions:\n -i|--in : pairwise input seque\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9465 | nce file\n -o|--out: output alignment\n -d|--direc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9466 | tory containing data\n\nEOF\n}\n\nsub read_stk_aln\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9467 |  \n  {\n    my $f=$_[0];\n    my ($seq, $id);\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9468 |  \n    my %hseq;\n\n    open (STK, \"$f\");\n    w\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9469 | hile (<STK>)\n      {\n if ( /^#/ || /^\\/\\// || \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9470 | /^\\s*$/){;}\n  else\n    {\n       ($id,$seq)=/(\\S+)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9471 | \\s+(\\S+)/;\n      $hseq{$id}{'seq'}.=$seq;\n    }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9472 | n      }\n    close (STK);\n    return %hseq;\n  }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9473 | \nsub read_fasta_seq \n  {\n    my $f=$_[0];\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9474 | my %hseq;\n    my (@seq, @com, @name);\n    my ($a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9475 | , $s,$nseq);\n\n    open (F, $f);\n    while (<F>)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9476 | \n      {\n     $s.=$_;\n      }\n    close (F);\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9477 |   \n    @name=($s=~/>(.*).*\\n[^>]*/g);\n    \n   \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9478 |  @seq =($s=~/>.*.*\\n([^>]*)/g);\n    @com =($s=~/\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9479 | >.*(.*)\\n([^>]*)/g);\n\n    \n    $nseq=$#name+1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9480 | \n    \n    for ($a=0; $a<$nseq; $a++)\n      {\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9481 | my $n=$name[$a];\n      $hseq{$n}{name}=$n;\n   $hseq{$n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9482 | {seq}=$seq[$a];\n       $hseq{$n}{com}=$com[$a];\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9483 | }\n    return %hseq;\n  }\n\n\n\nsub sfold_parseou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9484 | tput($$)\n{\n    my ($frawout, $foutfa) = @_;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9485 |  my %haln;\n    my ($fstk, $cmd, $id);\n    open F\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9486 | OUTFA, \">$foutfa\";\n    \n    $fstk = $frawout .\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9487 |  \".stk\";\n    \n    # first line of raw out cont\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9488 | ains info\n    # remaining stuff is stockholm form\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9489 | atted\n    $cmd = \"sed -e '1d' $frawout\";\n    s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9490 | ystem(\"$cmd > $fstk\");\n    if ($? != 0) {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9491 |     $errmsg = \"command failed with exit status $?\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9492 | .\";\n        $errmsg .=  \"Command was \\\"$cmd\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9493 | \"\";\n        return -1;\n    }\n\n    # this giv\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9494 | es an error message. just ignore it...\n    %haln=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9495 | read_stk_aln ( $fstk);\n    foreach $i (keys (%hal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9496 | n))\n      {\n  my $s;\n        $s=$haln{$i}{'seq'};\n  $s \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9497 | =~ s/\\./-/g;\n print FOUTFA \">$i\\n$s\\n\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9498 |    }\n    close FOUTFA;\n    return 0;\n}\n\n\n\n\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9499 | nsub sfold_wrapper($$$$)\n{\n    \n    my ($fs1, $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9500 | fs2, $fmodel, $foutfa) = @_;\n    \n\n    my ($cmd\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9501 | , $frawout, $ferrlog, $freadme, $ftimelog, $fstk);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9502 | \n\n    # add  basename($fmsqin) (unknown here!)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9503 |     $frawout = \"sfold.log\";\n    $ferrlog = \"sf\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9504 | old.err\";\n    $ftimelog = \"sfold.time\";\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9505 | freadme =  \"sfold.README\";\n    $fstk = \"sfold.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9506 | stk\";\n    \n    # prepare execution...\n    #\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9507 |    # ./tmp is essential for dswpalign\n    # other\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9508 | wise you'll get a segfault\n    mkdir \"./tmp\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9509 |     \n    $cmd = \"sfold -m $fmodel $fs1 $fs2\";\n\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9510 |     open(FREADME,\">$freadme\");\n    print FREADM\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9511 | E \"$cmd\\n\"; \n    close(FREADME);\n\n    # and \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9512 | go\n    #\n    system(\"/usr/bin/time -p -o $ftime\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9513 | log $cmd >$frawout 2>$ferrlog\");\n    if ($? != 0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9514 | ) {\n        $errmsg = \"command failed with exit \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9515 | status $?\";\n        $errmsg .= \"command was \\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9516 | "$cmd\\\". See \" . getcwd . \"\\n\";\n        ret\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9517 | urn -1;\n    }\n\n    return sfold_parseoutput($fr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9518 | awout, $foutfa);\n}\n\n\n\n\n\n\n\nmy ($help, $fms\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9519 | qin, $fmsaout);\nGetOptions(\"help\"  => \\$help,\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9520 | n           \"in=s\" => \\$fmsqin,\n           \"o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9521 | ut=s\" => \\$fmsaout,\n    \"data=s\" => \\$ref_di\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9522 | r);\n\n\n\nif ($help) {\n    usage();\n    exit(0)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9523 | ;\n}\nif (! defined($fmsqin)) {\n    usage('missin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9524 | g input filename');\n    exit(1);\n}\nif (! define\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9525 | d($fmsaout)) {\n    usage('missing output filename\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9526 | ');\n    exit(1);\n\n}\nif (scalar(@ARGV)) {\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9527 | usage('Unknown remaining args');\n    exit(1);\n}\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9528 | n\n$FMODEL = \"$ref_dir/mix80.mod\";\nif (! -e \"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9529 | FMODEL\") {\n    die(\"couldn't find sfold grammar\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9530 |  model file. Expected $FMODEL\\n\");\n}\n\n\nmy %h\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9531 | seq=read_fasta_seq ($fmsqin);\nmy $id;\n\nforeach \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9532 | $id (keys(%hseq))\n  {\n    push(@seq_array, $hseq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9533 | {$id});\n  }\n\nif ( scalar(@seq_array) != 2 ) {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9534 |     die(\"Need *exactly* two sequences as input (p\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9535 | airwise alignment!).\")\n}\n\n\n\nmy ($sec, $min, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9536 | $hour, $mday, $mon, $year, $wday, $yday, $isdst) =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9537 |  localtime(time);\nmy $datei = sprintf(\"%4d-%02d-\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9538 | %02d\", $year+1900, $mon+1, $mday);\nmy $templ = b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9539 | asename($0) . \".\" . $datei . \".pid-\" . $$ . \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9540 | .XXXXXX\";\nmy $wd = tempdir ( $templ, DIR => $TMP\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9541 | DIR);\n\ncopy($fmsqin, \"$wd/\" . basename($fmsqin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9542 | ) . \".org\"); # for reproduction\ncopy($FMODEL, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9543 | "$wd\");\nmy $fmodel = basename($FMODEL);\nmy $org\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9544 | wd = getcwd;\nchdir $wd;\n\n\n\nmy @sepseqfiles;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9545 | foreach $id (keys(%hseq)) {\n    my ($seq, $orgseq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9546 | , $fname, $sout);\n    $seq=$hseq{$id}{'seq'};\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9547 |   \n    $fname = basename($fmsqin) . \"_$id.fa\";\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9548 | n    # replace funnies in file/id name (e.g. \"/\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9549 |  \" \" etc)\n    $fname =~ s,[/ ],_,g;\n    open (\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9550 | PF, \">$fname\");\n    print (PF \">$id\\n$seq\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9551 | ");\n    close (PF);\n\n    push(@sepseqfiles, $fn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9552 | ame);\n}\n\nmy ($f1, $f2, $fout);\n$f1 = $sepseqfi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9553 | les[0];\n$f2 = $sepseqfiles[1];\n$fout = $wd . bas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9554 | ename($fmsqin) . \".out.fa\";\nif (sfold_wrapper($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9555 | f1, $f2, $fmodel, \"$fout\") != 0) {\n    printf S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9556 | TDERR \"ERROR: See logs in $wd\\n\";\n    exit(1);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9557 | \n} else {\n    chdir $orgwd;\n    copy($fout, $fm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9558 | saout);\n    rmtree($wd);\n   exit(0);\n}\n","\nus\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:9558:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9558 | saout);\n    rmtree($wd);\n   exit(0);\n}\n","\nus\
      |                                              ^~~~~~
 9559 | e Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse Env qw(USE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9560 | R);\n\n\n$tmp=clean_cr ($ARGV[0]);\nopen (F, $tmp)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9561 | ;\n\nwhile ( <F>)\n  {\n    my $l=$_;\n    if ( $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9562 | =~/^# STOCKHOLM/){$stockholm=1;}\n    elsif ( $sto\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9563 | ckholm && $l=~/^#/)\n      {\n  $l=~/^#(\\S+)\\s+(\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9564 | \S+)\\s+(\\S*)/g;\n     $l=\"_stockholmhasch_$1\\_stoc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9565 | kholmspace_$2 $3\\n\";\n      }\n    $file.=$l;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9566 |  }\nclose (F);\nunlink($tmp);\n$file1=$file;\n\n$f\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9567 | ile=~s/\\#/_hash_symbol_/g;\n$file=~s/\\@/_arobase\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9568 | _symbol_/g;\n\n\n$file=~s/\\n[\\.:*\\s]+\\n/\\n\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9569 | /g;\n\n$file=~s/\\n[ \\t\\r\\f]+(\\b)/\\n\\1/g;\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9570 | n\n$file=~s/(\\n\\S+)(\\s+)(\\S)/\\1_blank_\\3/g;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9571 | n\n$file=~s/[ ]//g;\n$file=~s/_blank_/ /g;\n\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9572 | $file =~s/\\n\\s*\\n/#/g;\n\n$file.=\"#\";\n$file \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9573 | =~s/\\n/@/g;\n\n\n\n\n@blocks=split /\\#/, $file;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9574 | nshift (@blocks);\n@s=split /\\@/, $blocks[0];\n$n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9575 | seq=$#s+1;\n\n\n\n$file=join '@', @blocks;\n@lines\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9576 | =split /\\@/,$file;\n\n$c=0;\n\nforeach $l (@lines\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9577 | )\n  {\n    if (!($l=~/\\S/)){next;}\n    elsif ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9578 | stockholm && ($l=~/^\\/\\// || $l=~/STOCKHOLM/)){n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9579 | ext;}#get read of STOCHOLM Terminator\n   \n    $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9580 | =~/(\\S+)\\s+(\\S*)/g;\n    $n=$1; $s=$2;\n    \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9581 |    $seq[$c].=$s;\n    $name[$c]=$n;\n    $c++;\n  \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9582 |   \n    if ( $c==$nseq){$c=0;}\n    \n  } \n\nif (\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9583 |  $c!=0)\n      {\n      print STDERR \"ERROR: $ARGV[0] \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9584 | is NOT an MSA in Clustalw format: make sure there \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9585 | is no blank line within a block [ERROR]\\n\";\n ex\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9586 | it (EXIT_FAILURE);\n      }\n\nfor ($a=0; $a< $nse\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9587 | q; $a++)\n  {\n    $name[$a]=cleanstring ($name[$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9588 | ]);\n    $seq[$a]=cleanstring ($seq[$a]);\n    $se\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9589 | q[$a]=breakstring($seq[$a], 60);\n    \n    $line=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9590 | \">$name[$a]\\n$seq[$a]\\n\";\n    \n    print \"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9591 | line\";\n  }\nexit (EXIT_SUCCESS);\n\nsub cleanstr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9592 | ing\n  {\n    my $s=@_[0];\n    $s=~s/_hash_symbol\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9593 | _/\\#/g;\n    $s=~s/_arobase_symbol_/\\@/g;\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9594 | s=~s/[ \\t]//g;\n    return $s;\n  }\nsub breakstr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9595 | ing\n  {\n    my $s=@_[0];\n    my $size=@_[1];\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9596 |    my @list;\n    my $n,$ns, $symbol;\n    \n    @\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9597 | list=split //,$s;\n    $n=0;$ns=\"\";\n    foreach\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9598 |  $symbol (@list)\n      {\n     if ( $n==$size)\n         {\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9599 | n           $ns.=\"\\n\";\n         $n=0;\n       }\n   $ns.=$symb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9600 | ol;\n   $n++;\n      }\n    return $ns;\n    }\n\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9601 | b clean_cr\n  {\n    my $f=@_[0];\n    my $file;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9602 |     \n    $tmp=\"f$.$$\";\n    \n    \n    open (I\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9603 | N, $f);\n    open (OUT, \">$tmp\");\n    \n    whi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9604 | le ( <IN>)\n      {\n   $file=$_;\n     $file=~s/\\r\\n/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9605 | \\n/g;\n        $file=~s/\\n\\r/\\n/g;\n        $file=~s/\\r\\r/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9606 | \\n/g;\n        $file=~s/\\r/\\n/g;\n   print OUT \"$file\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9607 | ;\n      }\n    \n    close (IN);\n    close (OUT)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9608 | ;\n    return $tmp;\n  }\n","use strict;\nuse File\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~                   
./perl_header_lib.h:9608:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9608 | ;\n    return $tmp;\n  }\n","use strict;\nuse File\
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9609 | Handle;\nuse Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9610 |  Env qw(USER);\n\nmy $format=file2format ($ARGV[0]\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9611 | );\n\nif    ($format eq \"clustalw\"){clustalw2fas\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9612 | ta($ARGV[0]);}\nelsif ($format eq \"fasta\")   {fa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9613 | sta2fasta($ARGV[0]);}\nelsif ($format eq \"msf\") \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9614 |   {msf2fasta($ARGV[0]);}\nelsif ($format eq \"phyl\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9615 | ip\")   {phylip2fasta($ARGV[0]);}\nelsif ($format \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9616 | eq \"nameseq\") {display_file ($ARGV[0]);}\n \nexi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9617 | t (0);\n\nsub file2format\n  {\n    my $f=shift;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9618 |     \n    my $l=file2n_lines($f,2);\n    \n    if \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9619 | ( $l=~/^CLUSTAL/){return \"clustalw\";}\n    elsif\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9620 |  ($l=~/^SAGA/){return \"clustalw\";}\n    elsif ($\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9621 | l=~/^>/){return \"fasta\";}\n    elsif ($l=~/^Pile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9622 | Up/){return \"msf\";}\n    elsif ($l=~/\\s+\\d+\\s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9623 | +\\d+\\s/){return \"phylip\";}\n    elsif ($l=~/\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9624 | #NAMESEQ_01/){return \"nameseq\";}\n    else \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9625 |    {\n  print STDERR \"ERROR: $f FILE is NOT a supp\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9626 | orted format [ERROR]\\n\";\n    system (\"cp $f /User\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9627 | s/cnotredame/cedric1.txt\");\n  exit (1);\n      }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9628 | n  }\nsub display_file\n    {\n       my $file=shi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9629 | ft;\n       my $F= new FileHandle;\n       open ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9630 | F, $file);\n       while (<$F>){print \"$_\";}\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9631 |      close ($F);\n     }\nsub phylip2fasta\n    {\\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9632 | n      my $file=shift;\n      my $F= new FileHandl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9633 | e;\n      my ($seq, $name,$seq);\n      my $query_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9634 | start=-1;\n      my $query_end=-1;\n      my $in_a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9635 | ln=0;\n      my %list;\n      my ($first,$seq,$nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9636 | e, $cn, $nseq, $l,%len);\n      \n      open ($F, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9637 | $file);\n      <$F>;\n      $l=$_;\n      $l=~/\\s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9638 | *(\\d+)\\s*(\\d+)/;\n      $first=1;\n      $cn=0;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9639 | \n      while (<$F>)\n  {\n       my $l=$_;\n     if (!($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9640 | l=~/\\S/))\n        {\n       $cn=0;\n        $first=0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9641 | ;\n         }\n   elsif ($first==1)\n       {\n       $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9642 | =~/\\s*(\\S+)(.*)/;\n         my $name=$1;\n          m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9643 | y $seq=$2;\n          chomp ($seq);\n         $seq=~s/\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9644 | \s//g;\n              $list{$cn}{'name'}=$name;\n             $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9645 | list{$cn}{'seq'}.=$seq;\n             $cn++;\n        $ns\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9646 | eq++;\n     }\n   else\n            {\n       chomp ($l);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9647 | \n            $l=~s/\\s//g;\n         $list{$cn}{'seq'}.=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9648 | $l;\n         $cn++;\n      }\n }\n      close ($F);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9649 | n      \n      for (my $a=0; $a<$nseq; $a++)\n  {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9650 |           print \">$list{$a}{'name'}\\n$list{$a}{'seq'}\\\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9651 | n\";\n  }\n    }\n      \nsub msf2fasta\n    {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9652 |    my $file=shift;\n      my $F= new FileHandle;\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9653 |       my ($seq, $name,$seq);\n      my $query_star\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9654 | t=-1;\n      my $query_end=-1;\n      my $in_aln=0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9655 | ;\n      my %list;\n      my ($seq,$name, $n, $nse\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9656 | q, $l,%len);\n      \n      open ($F, $file);\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9657 |    while (<$F>)\n       {\n       if ( /\\/\\//){$in_aln=1;}\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9658 | \n        elsif ( $in_aln && /(\\S+)\\s+(.*)/)\n            {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9659 | n             $name=$1;\n             $seq=$2;\n              $seq=~s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9660 | /\\s//g;\n            $seq=~s/\\~/\\-/g;\n            $seq=~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9661 | s/\\./\\-/g;\n        if ( $list{$n}{'name'} && $li\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9662 | st{$n}{'name'} ne $name)\n              {\n               print \"$list{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9663 | n}{'name'} Vs $name\";\n                  \n              exit (1);\n           }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9664 |               else\n            {\n               $list{$n}{'name'}= $name;\n   \
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9665 |         }\n           \n              $list{$n}{'seq'}=$list{$n}{'se\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9666 | q'}.$seq;\n           \n              $nseq=++$n;\n           \n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9667 |     }\n   else\n            {$n=0;}\n   }\n      close ($F)\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9668 | ;\n      \n      for (my $a=0; $a<$nseq; $a++)\n        {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9669 | \n        my $nl=length ($list{$a}{'name'});\n    my $sl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9670 | =length ($list{$a}{'seq'});\n     print \">$list{$a}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9671 | {'name'}\\n$list{$a}{'seq'}\\n\";\n     }\n    }\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9672 | \nsub fasta2fasta\n    {\n      my $file=shift;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9673 |      my $F= new FileHandle;\n      my ($seq, $name\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9674 | ,$n,$l,%len);\n      my $started=0;\n      open ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9675 | F, $file);\n      while (<$F>)\n        {\n       if ( /^>(\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9676 | S+)/){$n++;$seq=\"\";$name=$1;}\n         else\n            {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9677 |               $l=$_;\n        chomp ($l);\n           \n             \
      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9678 |  $seq.=$l;\n          $len{$name}=length($seq);\n          \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9679 |  }\n    }\n      close ($F);\n      \n      open ($F,\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9680 |  $file);\n      while (<$F>)\n  {\n       my $l=$_;\n    \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9681 |  $l=~s/\\r[\\n]*/\\n/gm;\n        if ( ($l=~/^>(\\S+)(.\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9682 | *)\\n/))\n          {\n       my $name=$1;\n          my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9683 | comment=$2;\n         my $nl=length ($name);\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9684 |  my $sl=$len{$name};\n        if ($comment)\n           {\n     \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9685 |           $comment=~s/^\\s+//g;\n                 my $cl=length ($comm\
      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9686 | ent);\n         }\n           if (!$started){$started=1;print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9687 |  \">$name\\n\";}\n            else {print \"\\n>$name\\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9688 | n\"}\n      }\n   else\n            {\n       $l=$_;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9689 |    chomp ($l);\n              $l=~s/\\W//g;\n         print\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9690 |  \"$l\";\n          }\n }\n      print \"\\n\";\n      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9691 | close ($F);\n    }\nsub clustalw2fasta\n  {\n    m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9692 | y $fname=shift;\n    my ($file1, $file);\n    my (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9693 | @blocks, @lines,@s, $n,$nseq, $c);\n    my (@name,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9694 |  @seq);\n    my $F= new FileHandle;\n    my $stock\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9695 | holm;\n   \n    \n    open ($F, $fname);\n    \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9696 |   while ( <$F>)\n      {\n      my $l=$_;\n     $l=clean_cr\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9697 | ($l);\n if ( $l=~/^# STOCKHOLM/){$stockholm=1;}\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9698 | elsif ( $stockholm && $l=~/^#/)\n         {\n       $l=~/^\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9699 | #(\\S+)\\s+(\\S+)\\s+(\\S*)/g;\n            $l=\"_stockho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9700 | lmhasch_$1\\_stockholmspace_$2 $3\\n\";\n         }\n   $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9701 | ile.=$l;\n      }\n    close ($F);\n        \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9702 | #Protect # and @\n    $file=~s/\\#/_hash_symbol_/g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9703 | ;\n    $file=~s/\\@/_arobase_symbol_/g;\n    \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9704 |  \n    #Remove annotation\n    $file=~s/\\n[\\.:*\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9705 | \s]+\\n/\\n\\n/g;\n    \n    #Remove White spaces \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9706 | before the sequence name\n    $file=~s/\\n[ \\t\\r\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9707 | \\f]+(\\b)/\\n\\1/g;\n    \n    \n    #Remove Inte\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9708 | rnal Blanks\n    $file=~s/(\\n\\S+)(\\s+)(\\S)/\\1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9709 | _blank_\\3/g;\n    \n    $file=~s/[ ]//g;\n    $fi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9710 | le=~s/_blank_/ /g;\n    \n    \n    #Identify Doub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9711 | le Blank lines\n    \n    $file =~s/\\n\\s*\\n/#/g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9712 | ;\n    \n    $file.=\"#\";\n    $file =~s/\\n/@/g;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9713 | \n    \n    \n    \n    \n    #count nseq\n    @bl\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9714 | ocks=split /\\#/, $file;\n    shift (@blocks);\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9715 |   @s=split /\\@/, $blocks[0];\n    $nseq=$#s+1;\n \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9716 |    \n    #Merge all the sequences and split every \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9717 | Nseq\n    \n    \n    $file=join '@', @blocks;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9718 |   @lines=split /\\@/,$file;\n    \n    $c=0;\n    \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9719 | \n    foreach my $l (@lines)\n      {\n my ($n, $s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9720 | );\n    \n      if (!($l=~/\\S/)){next;}\n      elsif ($stockho\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9721 | lm && ($l=~/^\\/\\// || $l=~/STOCKHOLM/)){next;}#g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9722 | et read of STOCHOLM Terminator\n        \n      $l=~/(\\S+)\\s\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9723 | +(\\S*)/g;\n    $n=$1; $s=$2;\n \n      $seq[$c].=$s;\n $n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9724 | ame[$c]=$n;\n   $c++;\n \n      if ( $c==$nseq){$c=0;}\n        \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9725 | \n      } \n    \n    if ( $c!=0)\n      {\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9726 |  STDERR \"ERROR: $fname is NOT an MSA in Clustalw \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9727 | format: make sure there is no blank line within a \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9728 | block [ERROR]\\n\";\n   exit (1);\n      }\n    \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9729 |   \n    for (my $a=0; $a< $nseq; $a++)\n      {\n       \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9730 | $name[$a]=cleanstring ($name[$a]);\n    $seq[$a]=clea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9731 | nstring ($seq[$a]);\n   print \">$name[$a]\\n$seq[$a\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9732 | ]\\n\";\n      }\n  }\nsub cleanstring\n    {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9733 |    my $s=@_[0];\n      $s=~s/_hash_symbol_/\\#/g;\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9734 | n      $s=~s/_arobase_symbol_/\\@/g;\n      $s=~s/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9735 | [ \\t]//g;\n      return $s;\n    }\n\nsub clean_c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9736 | r\n  {\n    my $f=shift;\n    $f=~s/\\r\\n/\\n/g;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9737 | n    $f=~s/\\n\\r/\\n/g;\n    $f=~s/\\r\\r/\\n/g;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9738 | n    $f=~s/\\r/\\n/g;\n    return $f;\n  }\n\nsub \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9739 | file2n_lines\n    {\n      my $file=shift;\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9740 | my $nl=shift;\n      my $ret;\n      my $F=new Fil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9741 | eHandle;\n      my $n=0;\n      open ($F, $file);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9742 | n\n      while (<$F>)\n {\n       $ret.=$_;\n     $n++;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9743 | n         \n      if ($n>=$n){close ($F); return $ret;}\n       }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9744 | \n      close ($F);\n      return $ret;\n    }\n",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:9745:1: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9745 | "use strict;\nuse FileHandle;\nuse Env qw(HOST);\n\
      | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9746 | use Env qw(HOME);\nuse Env qw(USER);\nmy %name;\nm\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9747 | y $nseq;\nmy $fasta;\nif ($ARGV[2] eq \"-fasta\"){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9748 | $fasta=1;}\nmy $F= new FileHandle;\n\nopen ($F, $A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9749 | RGV[1]);\nwhile(<$F>)\n  {\n    my $l=$_;\n    if \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9750 | ($l=~/^#/){;}\n    elsif (($l=~/\\d+\\s+\\d+\\s+(\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9751 | \S+)\\s+(\\S+)/))\n      {\n    my $n=$1;\n     $name{$1}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9752 | ++;\n      }\n  }\nclose ($F);\n\nopen ($F, $ARGV[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9753 | 0]);\nwhile(<$F>)\n  {\n    my $l=$_;\n    if ($l=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9754 | ~/^#/){;}\n    elsif ($l=~/\\d+\\s+\\d+\\s+(\\S+)\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9755 | \s+(\\S+)/)\n      {\n  my $n=$1;\n     $name{$n}++;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9756 | if ($name{$n}==2){$nseq++;}\n      }\n  }\nclose (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9757 | $F);\n\nif (!$fasta && $nseq>0)\n  {\n    print \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9758 | #NAMESEQ_01\\n\";\n    print \"# $nseq\\n\";\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9759 | nopen ($F, $ARGV[0]);\nwhile(<$F>)\n  {\n    my $l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9760 | =$_;\n    if ($l=~/^#/){;}\n    elsif ($l=~/.\\d+\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9761 | \s+\\d+\\s+(\\S+)\\s+(\\S+)/)\n      {\n        my $n=$1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9762 | \n      my $s=$2;\n     if ($name{$n}==2)\n       {\n       if ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9763 | fasta)\n              {\n               print \">$n\\n$s\\n\";\n             \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9764 |  }\n        else\n            {\n               print \"$l\";\n       }\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9765 | \n        }\n      }\n  }\nclose ($F);\nexit (0);\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9766 | ","use Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse Env q\
      | ~
./perl_header_lib.h:9766:3: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9766 | ","use Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse Env q\
      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9767 | w(USER);\n\n\n$query_start=-1;\n$query_end=-1;\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9768 | while (<>)\n  {\n    if ( /\\/\\//){$in_aln=1;}\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9769 |    elsif ( $in_aln && /(\\S+)\\s+(.*)/)\n      {\n\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9770 | \n\n    $name=$1;\n     \n\n    $seq=$2;\n      $seq=~s/\\s//g;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9771 |         $seq=~s/\\~/\\-/g;\n    $seq=~s/\\./\\-/g;\n    \
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9772 | if ( $list{$n}{'name'} && $list{$n}{'name'} ne $na\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9773 | me)\n     {\n       print \"$list{$n}{'name'} Vs $name\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9774 | \";\n       \n      exit (EXIT_FAILURE);\n        }\n   else\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9775 | \n        {\n       $list{$n}{'name'}= $name;\n   }\n\n $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9776 | list{$n}{'seq'}=$list{$n}{'seq'}.$seq;\n        \n      $nseq=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9777 | ++$n;\n \n      }\n    else\n      {$n=0;}\n  }\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9778 | n\nfor ($a=0; $a<$nseq; $a++)\n  {\n    print \">$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9779 | list{$a}{'name'}\\n$list{$a}{'seq'}\\n\";\n  }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9780 |     \n","$run_anyway=2;\nmy $msaf=\"msa.in.tmp.$$\\
      |     ~~~
./perl_header_lib.h:9780:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9780 |     \n","$run_anyway=2;\nmy $msaf=\"msa.in.tmp.$$\\
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9781 | ";\nmy $msaoutf=\"msa.out.tmp.$$\";\nmy $err=\"msa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9782 | .out.err.$$\";\nopen  (F, $ARGV[0]);\nopen  (OUT, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9783 | \">$msaf\");\n$nseq=0;\nwhile (<F>)\n  {\n    $l=$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9784 | _;\n    if ( $l=~/^>(\\S+)/)\n      {\n $s=$seqnam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9785 | e{$nseq++}=$1;\n        print OUT \"$l\";\n     \n      }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9786 |   else \n      {\n      $l=uc($l);\n    print OUT \"$l\";\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9787 | n      }\n  }\n\nclose (F);\nclose(OUT);\n\nsystem\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9788 |  (\"msa $msaf > $msaoutf 2>$err\");\nopen (F, \"$m\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9789 | saoutf\");\n$read=0;\n$cn=0;\nwhile (<F>)\n  {\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9790 |   $l=$_;\n    if ($read)\n      {\n     if ($l=~/End g\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9791 | aps not penalized/){$read=0;}\n elsif (!($l=~/\\S/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9792 | ))\n      {\n       $cn=0;\n      }\n   else\n    {\n       \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9793 |     chomp ($l);\n           $seqal{$cn++}.=$l;\n            $to\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9794 | t++;\n    }\n      }\n    elsif ($l=~/Optimal Multi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9795 | ple Alignment/)\n      {\n      $read=1;\n      }\n  }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9796 | nclose (F);\n\nif ($tot<1 && $run_anyway==1)\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9797 | n    print STDERR \"\\nWarning: MSA returned a NUL\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9798 | L file -- Use T-Coffee instead\\n\";\n    open (F,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9799 | $err);\n    while (<F>){print \"$_\";}\n      \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9800 |   system (\"t_coffee -seq $msaf -outfile $ARGV[1] \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9801 |  -quiet\");\n  }\nelsif ($tot<1 && $run_anyway==2)\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9802 | \n  {\n    \n    \n    $nseq/=2;\n    $nseq=int ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9803 | nseq);\n    if ($nseq<2){$nseq=2;}\n    print \"RU\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9804 | N MSA with NSeq=$nseq\\n\";\n    #print (\"t_coffe\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9805 | e -dpa -dpa_nseq $nseq -seq $ARGV[0] -dpa_tree cod\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9806 | nd -outfile $ARGV[1] -dpa_method msa_msa\");\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9807 | system (\"t_coffee -dpa -dpa_nseq $nseq -seq $ARGV\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9808 | [0] -dpa_tree codnd -outfile $ARGV[1] -dpa_method \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9809 | msa_msa>/dev/null\");\n\n  }\nelsif ($tot<1)\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9810 | n    exit (EXIT_FAILURE);\n  }\nelse\n  {\n    ope\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9811 | n (OUT, \">$ARGV[1]\");\n    for ($a=0; $a<$nseq;$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9812 | a++)\n      {\n print OUT \">$seqname{$a}\\n$seqal\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9813 | {$a}\\n\";\n      }\n    close (OUT);\n  }\n\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9814 | unlink ($msaf);\nunlink ($msaoutf);\nunlink ($err)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9815 | ;\n","use strict;\nuse Cwd;\nuse File::Basename;\n\
      | ~~~~     
./perl_header_lib.h:9815:6: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9815 | ;\n","use strict;\nuse Cwd;\nuse File::Basename;\n\
      |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9816 | my $test=0;\n\nmy $tmpdir=\"/tmp/tco/aligners/upp/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9817 | \";\nmymkdir ($tmpdir);\n\n\n\nif ($ARGV[0] eq \"o\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9818 | ne\")\n  {\n    seq2msa ($ARGV[1], $ARGV[2]);\n  }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9819 | \nelsif ($ARGV[0] eq \"all\")\n  {\n    listseq2li\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9820 | stmsa ($ARGV[1]);\n  }\n\nsub listseq2listmsa\n  {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9821 | \n    my $list=shift;\n    my $cdir = getcwd;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9822 |  my $dir=random_string(10);\n    $dir=\"$tmpdir/$d\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9823 | ir/\";\n    my %h;\n    my $n;\n    mkdir  ($dir);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9824 | \n\n    open (F, $list);\n    while (<F>)\n      {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9825 | \n        my $l=$_;\n\n        chomp($l);\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9826 |  my @f=split (/\\s+/, $l);\n    if ( -e $f[0])\n     \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9827 |      {\n            $h{$n}{in}=$f[0];\n           \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9828 |  ($h{$n}{name},$h{$n}{path})=fileparse ($f[0]);\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9829 |            $h{$n}{NFin}= \"$dir/$h{$n}{name}.seq\"\
      |            ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9830 | ;\n         \n            $h{$n}{NFout}=\"$dir/$h{$n}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9831 | name}.aln\";\n\n            $h{$n}{out}=$f[1];\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9832 |             fasta2fastaupp ($h{$n}{in}, $h{$n}{NFi\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9833 | n});\n            $n++;\n          }\n      }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9834 |  close (F);\n    chdir ($dir);\n    \n    if (!$te\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9835 | st)\n      {\n  system (\"fbname=\\$(basename `ls *\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9836 | .seq` .seq); \\\n             run_upp.py -s \\${fb\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9837 | name}.seq -m amino --cpu 1 -d outdir -o \\${fbname\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9838 | }.aln; \\\n             mv outdir/\\${fbname}.aln_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9839 | alignment.fasta \\${fbname}.aln;\");\n      }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9840 |  \n    foreach my $n (keys (%h))\n      {\n     if ($t\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9841 | est)\n    {\n       system (\"cp $h{$n}{NFin} $h{$n}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9842 | NFout}\");\n        print \"$h{$n}{NFin} $h{$n}{NFout\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9843 | } $h{$n}{out}\\n\";\n     }\n        fastaupp2fasta \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9844 | ($h{$n}{NFout},$h{$n}{out});\n      }\n    chdir (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9845 | $cdir);\n  }\n\nsub seq2msa\n    {\n      my ($in,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9846 |  $out)=@_;\n      my $cdir=getcwd;\n      \n      \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9847 | \n      if (!($in=~/\\//)){$in=$cdir.\"/\".$in;}\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9848 |       if (!($out=~/\\//)){$out=$cdir.\"/\".$out;}\\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9849 | n      \n      my $file=random_string(10);\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9850 | $file=\"$tmpdir/$file\";\n      open (F, \">$file\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9851 | ");\n      print F \"$in $out\\n\";\n      close (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9852 | F);\n      \n      return listseq2listmsa ($file);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9853 | \n    }\n       \nsub fasta2fastaupp\n  {\n    my ($in, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9854 | $out)=@_;\n    my ($name, $seq, $n);\n    \n    if\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9855 |  (!-e $in){return;}\n    \n    open (IN, \"$in\");\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9856 | \n    open (OUT, \">$out\");\n    local $/ = \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9857 | >\";  # read by FASTA record\n    \n    while (<IN\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9858 | >)\n      {\n   my $l=$_;\n     $l=~s/>//g;\n   $l=\">\".$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9859 | l;\n    \n      $l=~/^>(.*)/;\n $name=$1;\n     \n      $l=~s/^>*.+\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9860 | \\n//;\n        $l=~s/\\n//g;\n $seq=$l;\n      \n      $seq=~s/u/x\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9861 | /g;\n   $seq=~s/U/X/g;\n        print OUT \">$name\\n$seq\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9862 | n\";\n  $n++;\n      }\n    if ($n==2)\n      {\n       p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9863 | rint OUT \">fake_seq4upp\\n$seq\\n\";\n      }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9864 |   close (IN);\n    close (OUT);\n    local $/=\"\\\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9865 | n\";\n  }\n\nsub fastaupp2fasta\n  {\n    my ($in,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9866 |  $out)=@_;\n    my ($name, $seq, $n);\n    \n    i\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9867 | f (!-e $in){return;}\n    \n    open (IN, \"$in\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9868 | ;\n    open (OUT, \">$out\");\n    local $/ = \"\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9869 | n>\";  # read by FASTA record\n    \n    while (<I\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9870 | N>)\n      {\n  my $l=$_;\n     $l=~s/>//g;\n   $l=\">\".\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9871 | $l;\n   \n      $l=~/^>(.*)/;\n $name=$1;\n     \n      $l=~s/^>*.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9872 | +\\n//;\n       $l=~s/\\n//g;\n $seq=$l;\n      \n      $seq=~s/x/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9873 | u/g;\n  $seq=~s/X/U/g;\n        \n      if (!($name=~/fake_seq4\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9874 | upp/))\n          {\n       print OUT \">$name\\n$seq\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9875 | \n        }\n      }\n    close (IN);\n    close (OUT);\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9876 | \n    local $/=\"\\n\";\n  }\n\nsub random_string\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9877 | n    {\n      my $len=shift;\n      my @chars = (\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9878 | "A\"..\"Z\", \"a\"..\"z\");\n      my $string;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9879 |     $string .= $chars[rand @chars] for 1..$len;\n \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9880 |      return $string;\n    }\n\nsub mymkdir\n      \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9881 | {\n     my $d=shift;\n  my $cd='/';\n   \n      foreach my $e \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9882 | (split (/\\//, $d))\n     {\n       $cd.=\"$e/\";\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9883 |   if ( !-d $cd){mkdir ($cd);}\n   }\n   return;\n   \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9884 |    }\n      \n                    \n      \n","use strict;\nuse C\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:9884:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9884 |    }\n      \n                    \n      \n","use strict;\nuse C\
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9885 | wd;\nuse File::Basename;\n\n\nmy $tmpdir=\"/tmp/tc\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9886 | o/aligners/clustalo/\";\nmymkdir ($tmpdir);\n\n\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9887 | nif ($ARGV[0] eq \"one\")\n  {\n    seq2msa ($ARGV\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9888 | [1], $ARGV[2]);\n  }\nelsif ($ARGV[0] eq \"all\")\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9889 | n  {\n    listseq2listmsa ($ARGV[1]);\n  }\n\n\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9890 | sub listseq2listmsa\n  {\n    my $list=shift;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9891 |  my $cdir = getcwd;\n    my $dir=random_string(10)\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9892 | ;\n    $dir=\"$tmpdir/$dir/\";\n    my %h;\n    my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9893 |  $n;\n    mkdir  ($dir);\n    \n    open (F, $list\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9894 | );\n    while (<F>)\n      {\n  my $l=$_;\n\n   chomp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9895 | ($l);\n my @f=split (/\\s+/, $l);\n     #print \"$l: 0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9896 | :$f[0], 1:$f[1]\\n\";\n if ( -e $f[0])\n          {\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9897 |  $h{$n}{in}=$f[0];\n        ($h{$n}{name},$h{$n}{path\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9898 | })=fileparse ($f[0]);\n     $h{$n}{NFin}= \"$dir/$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9899 | h{$n}{name}.seq4nf\";\n     $h{$n}{NFout}=\"$dir/$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9900 | h{$n}{name}.aln\";\n        \n      $h{$n}{out}=$f[1];\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9901 | \n          \n      translate_fasta_seq (\"uU\", \"X\",$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9902 | h{$n}{in}, $h{$n}{NFin});\n         $n++;\n       }\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9903 |  }\n    close (F);\n    \n    \n    chdir ($dir);\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9904 | n    dump_nf (\"nf\");\n    dump_config ();\n   \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9905 |     #system (\"nextflow run nf  --name \\'*.seq4nf\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9906 | \\' >/dev/null 2>/dev/null\");\n    system (\"next\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9907 | flow run nf  --name \\'*.seq4nf\\'\");\n    foreac\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9908 | h my $n (keys (%h))\n      {\n  translate_fasta_seq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9909 |  (\"uU\", \"X\",$h{$n}{NFout},$h{$n}{out});\n     \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9910 |  }\n    chdir ($cdir);\n  }\nsub seq2msa\n    {\n \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9911 |      my ($in, $out)=@_;\n      my $cdir=getcwd;\n \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9912 |      \n      \n      if (!($in=~/\\//)){$in=$cdir.\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9913 | \"/\".$in;}\n      if (!($out=~/\\//)){$out=$cdir.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9914 | \"/\".$out;}\n      \n      my $file=random_string\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9915 | (10);\n      $file=\"$tmpdir/$file\";\n      open \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9916 | (F, \">$file\");\n      print F \"$in $out\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9917 |       close (F);\n      \n      return listseq2lis\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9918 | tmsa ($file);\n    }\n  \nsub seq2msa_old\n  {\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9919 |  my ($in, $out)=@_;\n    my $cdir = getcwd;\n    m\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9920 | y $dir=random_string(10);\n    $dir=\"/tmp/upp.nf4\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9921 | tcoffee/$dir\";\n    my $seq=random_string(10);\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9922 |    $seq.=\".fa\";\n    my $aln=$seq;\n    $aln.=\"\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9923 | .aln\";\n    \n    mkdir ($dir);\n    translate_fa\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9924 | sta_seq (\"uU\", \"X\",$in, \"$dir/$seq\");\n    c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9925 | hdir ($dir);\n    \n    dump_nf (\"nf\");\n    dum\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9926 | p_config ();\n    print \"IN: $in OUT: $cdir/$out\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9927 | \nDIR: $dir\\nnextflow run nf  --name \\'*.fa\\' \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9928 | \n\";\n    system (\"nextflow run nf  --name \\'*.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9929 | fa\\' \");\n    print \"$dir/$aln $cdir/$out\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9930 | \n    translate_fasta_seq (\"xX\", \"U\",$aln, \"$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9931 | cdir/$out\");\n    chdir ($cdir);\n   } \nsub tran\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9932 | slate_fasta_seq\n  {\n    my ($from, $to, $in, $ou\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9933 | t)=@_;\n    my $n;\n    my $skip;\n    my $l;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9934 |  my $cseq;\n    if (!-e $in){return;}\n    \n    o\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9935 | pen (IN, \"$in\");\n    open (OUT, \">$out\");\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9936 |  \n    while (<IN>)\n      {\n  $l=$_;\n        if ($l=~\"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9937 | >\"){$n++;$cseq=\"\";}\n        else { $l=~s/[$from]/$to/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9938 | ;$cseq.=$l;}\n\n        if ($skip){$skip=0;}\n  elsif ($l=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9939 | ~/>fake_seq/){$skip=1;}\n       else\n    {\n       print O\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9940 | UT \"$l\";\n      }\n      }\n    if ($n==2 && $from \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9941 | eq \"uU\")\n      {\n   print OUT \">fake_seq\\n$cse\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9942 | q\\n\";\n      }\n    close (IN);\n    close (OUT)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9943 | ;\n  }\n\nsub dump_config\n    {\n      open (F, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9944 | ">nextflow.config\");\n\n      print F \"docker.en\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9945 | abled = true\\n\";\n      print F \"process.contai\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9946 | ner = \\'cbcrg/benchfam_large_scale\\'\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9947 |   close (F);\n    }\n\nsub dump_nf\n  {\n    my $n\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9948 | ff=shift;\n    open (F,\">$nff\");\n    print F \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9949 | #!/usr/bin/env nextflow\\n\";\n    print F \"param\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9950 | s.base_dir=\\\"./\\\"\\n\";\n    print F \"params.\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9951 | out_dir=\\\"./\\\"\\n\";\n    print F \"Channel.fr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9952 | omPath(params.name)\\n\";\n    print F \"\\t.map{ \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9953 | tuple(it.baseName, it) }\\n\";\n    \n    print F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9954 | \"\\t.set{ file_names_1 }\\n\";\n    print F \"pro\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9955 | cess clustalo_align{\\n\";\n    print F \"\\tpubli\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9956 | shDir params.out_dir, mode: \\\"copy\\\"\\n\";\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9957 |   print F \"tag \\\"\\${name}\\\"\";\n    print F \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9958 | \"\\n\";\n    print F \"\\tinput:\\n\";\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9959 |  F \"\\tset name, file(seq_file) from file_names_1\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9960 | \\n\";\n    print F \"\\toutput:\\n\";\n    print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9961 | F \"\\tfile \\\"\\${name}.aln\\\"\\n\";\n    print\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9962 |  F \"\\n\";\n    print F \" \\\"\\\"\\\"\\n\";\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9963 |   print F \" clustalo -i \\$seq_file -o \\${name}.\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9964 | aln\\n\";\n    print F \"\\\"\\\"\\\"\\n\\n\";\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9965 |   print F \"}\\n\";\n    close (F);\n  }\n\nsub ra\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9966 | ndom_string\n    {\n      my $len=shift;\n      my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9967 |  @chars = (\"A\"..\"Z\", \"a\"..\"z\");\n      my \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9968 | $string;\n      $string .= $chars[rand @chars] for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9969 |  1..$len;\n      return $string;\n    }\n\nsub mym\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9970 | kdir\n      {\n my $d=shift;\n  my $cd='/';\n   \n      fo\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9971 | reach my $e (split (/\\//, $d))\n         {\n       $cd.=\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9972 | "$e/\";\n           if ( !-d $cd){mkdir ($cd);}\n         }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9973 | return;\n      }\n      \n                        \n      \n","\nmy $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:9973:63: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9973 | return;\n      }\n      \n                        \n      \n","\nmy $\
      |                                                               ^~~~~~~~
 9974 | msaf=\"msa.in.tmp.$$\";\nmy $msaoutf=\"msa.out.tmp\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9975 | .$$\";\nmy $cost=\"blosum62.tmp.$$\";\n\nopen  (F,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9976 |  $ARGV[0]);\nopen  (OUT, \">$msaf\");\n$nseq=0;\nw\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9977 | hile (<F>)\n  {\n    $l=$_;\n    if ( $l=~/^>(\\S+\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9978 | )/)\n      {\n  my $simple=\"Seq$nseq\";\n      $s=$seqn\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      
 9979 | ame{$nseq++}=$1;\n      $translate{$simple}=$s;\n       \n      pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 9980 | int OUT \">$simple\\n\";\n      \n      }\n    else\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~       
 9981 |     {\n $l=uc($l);\n    print OUT \"$l\";\n      }\n \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~         
 9982 |  }\nclose (F);\nclose(OUT);\n\ndump_blosum ($cost)\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9983 | ;\nsystem (\"dca -c $cost -q $msaf> $msaoutf 2>/de\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9984 | v/null\");\nopen (F, \"$msaoutf\");\nopen (OUT, \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9985 | >$ARGV[1]\");\n\n$read=0;\nwhile (<F>)\n  {\n    $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9986 | l=$_;\n    if ($l=~/^>(\\S+)/)\n      {\n       $read=1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      
 9987 | \n      $name=$translate{$1};\n print OUT \">$name\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~       
 9988 | ;\n      }\n    elsif ($read && ($l=~/\\S/))\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9989 |   {\n   print OUT \"$l\";\n      }\n    else\n      \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~          
 9990 | {\n     $read=0;\n      }\n  }\nclose (F);\n\nunlink (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~        
 9991 | $cost);\nunlink ($msaf);\nunlink ($msaoutf);\n\nsu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9992 | b dump_blosum\n  {\n    my $f=shift;\n    open (F,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9993 |  \">$f\");\n\n    print F \"6\\n\";\n    print F \\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9994 | "- -   0\\n\";\n    print F \"W W   0\\n\";\n    p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9995 | rint F \"Y Y   4\\n\";\n    print F \"F F   5\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9996 | ;\n    print F \"V V   7\\n\";\n    print F \"L L \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9997 |   7\\n\";\n    print F \"I I   7\\n\";\n    print \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9998 | F \"M M   6\\n\";\n    print F \"K K   6\\n\";\npr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
 9999 | int F \"R R   6\\n\";\n    print F \"H H   3\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10000 | \n    print F \"Q Q   6\\n\";\n    print F \"E E  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10001 |  6\\n\";\n    print F \"D D   5\\n\";\n    print F\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10002 |  \"N N   5\\n\";\n    print F \"G G   5\\n\";\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10003 |  print F \"A A   7\\n\";\n    print F \"P P   4\\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10004 | \";\n    print F \"T T   6\\n\";\n    print F \"S \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10005 | S   7\\n\";\n    print F \"C C   2\\n\";\n    prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10006 | t F \"- C  10 \\n\";\n    print F \"- S  10\\n\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10007 | n    print F \"- T  10 \\n\";\n    print F \"- P  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10008 | 10\\n\";\n    print F \"- A  10 \\n\";\n    print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10009 | F \"- G  10\\n\";\n    print F \"- N  10 \\n\";\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10010 |    print F \"- D  10\\n\";\n    print F \"- E  10 \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10011 | \\n\";\n    print F \"- Q  10\\n\";\nprint F \"- H\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10012 |   10 \\n\";\n    print F \"- R  10\\n\";\n    prin\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10013 | t F \"- K  10 \\n\";\n    print F \"- M  10\\n\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10014 | n    print F \"- I  10 \\n\";\n    print F \"- L  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10015 | 10\\n\";\n    print F \"- V  10 \\n\";\n    print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10016 | F \"- F  10\\n\";\n    print F \"- Y  10 \\n\";\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10017 |    print F \"- W  10\\n\";\n    print F \"W C  13 \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10018 | \\n\";\n    print F \"W S  14\\n\";\n    print F \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10019 | "W T  13 \\n\";\n    print F \"W P  15\\n\";\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10020 | print F \"W A  14 \\n\";\n    print F \"W G  13\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10021 | \";\n    print F \"W N  15 \\n\";\n    print F \"W\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10022 |  D  15\\n\";\n    print F \"W E  14 \\n\";\n    pr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10023 | int F \"W Q  13\\n\";\n    print F \"W H  13 \\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10024 | ;\n    print F \"W R  14\\n\";\n    print F \"W K \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10025 |  14 \\n\";\n    print F \"W M  12\\n\";\n    print\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10026 |  F \"W I  14 \\n\";\n    print F \"W L  13\\n\";\n\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10027 |     print F \"W V  14 \\n\";\n    print F \"W F  1\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10028 | 0\\n\";\n    print F \"W Y   9 \\n\";\n    print F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10029 |  \"Y C  13\\n\";\n    print F \"Y S  13 \\n\";\n  \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10030 |   print F \"Y T  13\\n\";\n    print F \"Y P  14 \\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10031 | \n\";\n    print F \"Y A  13\\n\";\n    print F \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10032 | Y G  14 \\n\";\n    print F \"Y N  13\\n\";\n    p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10033 | rint F \"Y D  14 \\n\";\n    print F \"Y E  13\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10034 | ";\n    print F \"Y Q  12 \\n\";\n    print F \"Y \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10035 | H   9\\n\";\n    print F \"Y R  13 \\n\";\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10036 | nt F \"Y K  13\\n\";\n    print F \"Y M  12 \\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10037 | \n    print F \"Y I  12\\n\";\n    print F \"Y L  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10038 | 12 \\n\";\n    print F \"Y V  12\\n\";\n    print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10039 | F \"Y F   8 \\n\";\n    print F \"F C  13\\n\";\np\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10040 | rint F \"F S  13 \\n\";\n    print F \"F T  13\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10041 | ";\n    print F \"F P  15 \\n\";\n    print F \"F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10042 | A  13\\n\";\n    print F \"F G  14 \\n\";\n    pri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10043 | nt F \"F N  14\\n\";\n    print F \"F D  14 \\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10044 | \n    print F \"F E  14\\n\";\n    print F \"F Q  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10045 | 14 \\n\";\n    print F \"F H  12\\n\";\n    print \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10046 | F \"F R  14 \\n\";\n    print F \"F K  14\\n\";\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10047 |    print F \"F M  11 \\n\";\n    print F \"F I  11\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10048 | \\n\";\n    print F \"F L  11 \\n\";\n    print F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10049 | \"F V  12\\n\";\n    print F \"V C  12 \\n\";\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10050 |  print F \"V S  13\\n\";\n    print F \"V T  11 \\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10051 | n\";\n    print F \"V P  13\\n\";\n    print F \"V\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10052 |  A  11 \\n\";\n    print F \"V G  14\\n\";\n    pr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10053 | int F \"V N  14 \\n\";\n    print F \"V D  14\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10054 | ;\nprint F \"V E  13 \\n\";\nprint F \"V Q  13\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10055 | ";\nprint F \"V H  14 \\n\";\nprint F \"V R  14\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10056 | \";\nprint F \"V K  13 \\n\";\nprint F \"V M  10\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10057 | n\";\nprint F \"V I   8 \\n\";\nprint F \"V L  10\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10058 | \n\";\nprint F \"L C  12 \\n\";\nprint F \"L S  13\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10059 | \\n\";\nprint F \"L T  12 \\n\";\nprint F \"L P  1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10060 | 4\\n\";\nprint F \"L A  12 \\n\";\nprint F \"L G  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10061 | 15\\n\";\nprint F \"L N  14 \\n\";\nprint F \"L D \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10062 |  15\\n\";\nprint F \"L E  14 \\n\";\nprint F \"L Q\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10063 |   13\\n\";\nprint F \"L H  14 \\n\";\nprint F \"L \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10064 | R  13\\n\";\nprint F \"L K  13 \\n\";\nprint F \"L\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10065 |  M   9\\n\";\nprint F \"L I   9 \\n\";\nprint F \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10066 | I C  12\\n\";\nprint F \"I S  13 \\n\";\nprint F \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10067 | "I T  12\\n\";\nprint F \"I P  14 \\n\";\nprint F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10068 | \"I A  12\\n\";\nprint F \"I G  15 \\n\";\nprint F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10069 |  \"I N  14\\n\";\nprint F \"I D  14 \\n\";\nprint \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10070 | F \"I E  14\\n\";\nprint F \"I Q  14 \\n\";\nprint\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10071 |  F \"I H  14\\n\";\nprint F \"I R  14 \\n\";\nprin\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10072 | t F \"I K  14\\n\";\nprint F \"I M  10 \\n\";\npri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10073 | nt F \"M C  12\\n\";\nprint F \"M S  12 \\n\";\npr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10074 | int F \"M T  12\\n\";\nprint F \"M P  13 \\n\";\np\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10075 | rint F \"M A  12\\n\";\nprint F \"M G  14 \\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10076 | print F \"M N  13\\n\";\nprint F \"M D  14 \\n\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10077 | nprint F \"M E  13\\n\";\nprint F \"M Q  11 \\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10078 | \nprint F \"M H  13\\n\";\nprint F \"M R  12 \\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10079 | ;\nprint F \"M K  12\\n\";\nprint F \"K C  14 \\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10080 | ";\nprint F \"K S  11\\n\";\nprint F \"K T  12 \\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10081 | \";\nprint F \"K P  12\\n\";\nprint F \"K A  12 \\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10082 | n\";\nprint F \"K G  13\\n\";\nprint F \"K N  11 \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10083 | \n\";\nprint F \"K D  12\\n\";\nprint F \"K E  10 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10084 | \\n\";\nprint F \"K Q  10\\n\";\nprint F \"K H  12\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10085 |  \\n\";\nprint F \"K R   9\\n\";\nprint F \"R C  1\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10086 | 4 \\n\";\nprint F \"R S  12\\n\";\nprint F \"R T  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10087 | 12 \\n\";\nprint F \"R P  13\\n\";\nprint F \"R A \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10088 |  12 \\n\";\nprint F \"R G  13\\n\";\nprint F \"R N\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10089 |   11 \\n\";\nprint F \"R D  13\\n\";\nprint F \"R \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10090 | E  11 \\n\";\nprint F \"R Q  10\\n\";\nprint F \"R\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10091 |  H  11 \\n\";\nprint F \"H C  14\\n\";\nprint F \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10092 | H S  12 \\n\";\nprint F \"H T  13\\n\";\nprint F \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10093 | "H P  13 \\n\";\nprint F \"H A  13\\n\";\nprint F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10094 | \"H G  13 \\n\";\nprint F \"H N  10\\n\";\nprint F\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10095 |  \"H D  12 \\n\";\nprint F \"H E  11\\n\";\nprint \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10096 | F \"H Q  11 \\n\";\nprint F \"Q C  14\\n\";\nprint\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10097 |  F \"Q S  11 \\n\";\nprint F \"Q T  12\\n\";\nprin\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10098 | t F \"Q P  12 \\n\";\nprint F \"Q A  12\\n\";\npri\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10099 | nt F \"Q G  13 \\n\";\nprint F \"Q N  11\\n\";\npr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10100 | int F \"Q D  11 \\n\";\nprint F \"Q E   9\\n\";\np\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10101 | rint F \"E C  15 \\n\";\nprint F \"E S  11\\n\";\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10102 | print F \"E T  12 \\n\";\nprint F \"E P  12\\n\";\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10103 | nprint F \"E A  12 \\n\";\nprint F \"E G  13\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10104 | \nprint F \"E N  11 \\n\";\nprint F \"E D   9\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10105 | ;\nprint F \"D C  14 \\n\";\nprint F \"D S  11\\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10106 | ";\nprint F \"D T  12 \\n\";\nprint F \"D P  12\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10107 | \";\nprint F \"D A  13 \\n\";\nprint F \"D G  12\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10108 | n\";\nprint F \"D N  10 \\n\";\nprint F \"N C  14\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10109 | \n\";\nprint F \"N S  10 \\n\";\nprint F \"N T  11\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10110 | \\n\";\nprint F \"N P  13 \\n\";\nprint F \"N A  1\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10111 | 3\\n\";\nprint F \"N G  11 \\n\";\nprint F \"G C  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10112 | 14\\n\";\nprint F \"G S  11 \\n\";\nprint F \"G T \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10113 |  13\\n\";\nprint F \"G P  13 \\n\";\nprint F \"G A\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10114 |   11\\n\";\nprint F \"A C  11 \\n\";\nprint F \"A \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10115 | S  10\\n\";\nprint F \"A T  11 \\n\";\nprint F \"A\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10116 |  P  12\\n\";\nprint F \"P C  14 \\n\";\nprint F \"\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10117 | P S  12\\n\";\nprint F \"P T  12 \\n\";\nprint F \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10118 | "T C  12\\n\";\nprint F \"T S  10 \\n\";\nprint F \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10119 | \"S C  12\\n\";\nclose (F);\n    return;\n  }\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~            
10120 |  \n","\nuse Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse \
      |  ~~~                                                           
./perl_header_lib.h:10120:6: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10120 |  \n","\nuse Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse \
      |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10121 | Env qw(USER);\n\n                                 \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10122 |                        \nuse strict;              \
      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10123 |                                \nuse warnings;\nus\
      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10124 | e diagnostics;\n\nmy $in_hit_list, my $in_aln=0, m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10125 | y(%name_list)=(),my (%list)=(),my $n_seq=0; my $te\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10126 | st=0;\nmy($j)=0, my $n=0, my $nom, my $lg_query, m\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10127 | y %vu=();\n\nopen (F, \">tmp\");\n\n$/=\"\\n\";\nw\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10128 | hile (<>)\n{\n    print F $_;\n    if($_ =~ /Query\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10129 | =\\s*(.+?)\\s/i) { $nom=$1;}\n\n    if ( /Sequence\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10130 | s producing significant alignments/){$in_hit_list=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10131 | 1;}\n    \n    if ($_=~ /^pdb\\|/i) { $_=~ s/pdb\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10132 | |//g; }\n    if ($_=~ /^(1_\\d+)\\s+\\d+/) { $_=~ \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10133 | s/$1/QUERY/;}\n      \n    if ( /^(\\S+).+?\\s+[\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10134 | d.]+\\s+([\\de.-]+)\\s+$/ && $in_hit_list)      \n    {\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10135 | \n      my($id)=$1; # \n        $id=~ s/\\|/_/g; #\n    if ($id =\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10136 | ~ /.+_$/) { chop($id) }; #\n    $name_list{$n_seq++}=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10137 | $id;\n  $name_list{$n_seq-1}=~ s/.*\\|//g;     \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10138 |   }\n  \n    if (/query/i) {$in_aln=1;}\n    if ( \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10139 | /^(\\S+)\\s+(\\d+)\\s+([a-zA-Z-]+)\\s+(\\d+)/ || /\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10140 | ^(\\S+)(\\s+)(\\-+)(\\s+)/ && ($in_aln == 1))\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10141 |  {\n    my $name=$1;\n  my $start=$2;\n my $seq=$3;\n   \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10142 | my $end=$4;\n           \n      if ($name =~ /QUERY/i) { $lg_que\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10143 | ry=length($seq); }\n\n  unless ($test > $n) #m\n        {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10144 | n           my(@seqq)= split('',$seq);\n            my($gap_mis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10145 | sing)= scalar(@seqq);\n     \n      while ($gap_mis\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10146 | sing != $lg_query)  { unshift (@seqq,\"-\"); $gap_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10147 | missing= scalar(@seqq); }\n         $seq=join('',@seqq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10148 | );  #m\n        }\n     \n      if ($name =~ /QUERY/i)\n        {\n         $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10149 | n=0; %vu=(); $j=0;\n        $list{$n}{'real_name'}=\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10150 | $nom\";\n       }       \n      else\n  {\n         unless (exists $vu{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10151 | name}) { ++$j;} \n          $list{$n}{'real_name'}=$nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10152 | e_list{$j-1};\n }\n             \n      $list{$n}{'name'}=$name;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10153 | \n      $seq=~tr/a-z/A-Z/;\n    $list{$n}{'seq'}=$list{$n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10154 | {'seq'};\n      $list{$n}{'seq'}.=$seq;\n\n     $n++;\n $vu\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10155 | {$name}++;\n    $test++;\n   } \n    \n}\n\nmy @numer\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10156 | o=();\n\nfor (my $a=0; $a<$n; $a++) #m\n{\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10157 | $long=length($list{0}{'seq'});  \n    my $long1= l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10158 | ength($list{$a}{'seq'});\n  \n    while ($long1 ne\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10159 |  $long)\n    {\n        $list{$a}{'seq'}.=\"-\";\n      $long1\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10160 | = length ($list{$a}{'seq'});\n    } \n \n    push \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10161 | (@numero,\"$list{$a}{'name'} $list{$a}{'real_name'\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10162 | }\\n\");\n}\n\nmy %dejavu=();\n\n\nfor (my $i=0; $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10163 | i<=$#numero; $i++)\n{\n    my $s=\">$list{$i}{'rea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10164 | l_name'}\\n$list{$i}{'seq'}\\n\";\n    my $k=0;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10165 |    \n    if (exists $dejavu{$numero[$i]}) {next;}\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10166 | n    else\n    {        \n      for ($j=0; $j<$n ; $j++)\n      {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10167 |             if (\"$numero[$i]\" eq \"$numero[$j]\" && $j \
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10168 | != $i )\n           {\n         ++$k;\n         $s .=\">$list{$j}{'rea\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10169 | l_name'}\\n$list{$j}{'seq'}\\n\";\n         }\n }       \n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10170 |   }\n    \n    if ($k>0) \n    {\n      my $cons;\n     ope\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10171 | n (SOR,\">tempo_aln2cons\"); print SOR $s;  close \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10172 | SOR ;\n open (COM,\"t_coffee -other_pg seq_reforma\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10173 | t -in tempo_aln2cons -action +aln2cons +upper |\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10174 |  ; \n           while (<COM>)\n {       \n          if (/^>/) { $c\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10175 | ons =\">$list{$i}{'real_name'}\\n\"; next;}\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10176 | $_=~ s/\\n//g;\n            $cons .=$_;\n       }\n     close COM; \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10177 | unlink (\"tempo_aln2cons\");\n  print $cons,\"\\n\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10178 | ; print F $cons,\"\\n\";\n    } \n    else  { prin\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10179 | t $s;  print F $s; }\n    \n    $dejavu{$numero[$i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10180 | ]}++;\n} #m\n\nexit;\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n","use\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:10180:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10180 | ]}++;\n} #m\n\nexit;\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n","use\
      |                                               ^~~~~
10181 |  Env;\n\n\n$tmp_dir=\"\";\n$init_dir=\"\";\n$progr\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10182 | am=\"tc_generic_method.pl\";\n\n$blast=@ARGV[0];\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10183 | \n$name=\"query\";$seq=\"\";\n%p=blast_xml2profile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10184 | ($name,$seq,100, 0, 0, $blast);\n&output_profile (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10185 | %p);\n\n\nsub output_profile\n  {\n    my (%profil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10186 | e)=(@_);\n    my ($a);\n    for ($a=0; $a<$profile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10187 | {n}; $a++)\n      {\n   \n      print \">$profile{$a}{nam\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10188 | e} $profile{$a}{comment}\\n$profile{$a}{seq}\\n\";\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10189 | \n      }\n    return;\n  }\nsub file_contains \n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10190 |  {\n    my ($file, $tag, $max)=(@_);\n    my ($n);\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10191 | \n    $n=0;\n    \n    if ( !-e $file && ($file =~\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10192 | /$tag/)) {return 1;}\n    elsif ( !-e $file){retur\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10193 | n 0;}\n    else \n      {\n     open (FC, \"$file\");\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10194 | n       while ( <FC>)\n   {\n       if ( ($_=~/$tag/))\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10195 |      {\n                close (FC);\n           return 1;\n           }\n          \
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10196 |  elsif ($max && $n>$max)\n            {\n               close (FC);\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10197 | n               return 0;\n           }\n           $n++;\n       }\n      }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10198 | n    close (FC);\n    return 0;\n  }\n      \n    \n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10199 | sub file2string\n  {\n    my $f=@_[0];\n    my $st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10200 | ring, $l;\n    open (F,\"$f\");\n    while (<F>)\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10201 |       {\n\n     $l=$_;\n        #chomp ($l);\n  $string.=$l;\n\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10202 |       }\n    close (F);\n    $string=~s/\\r\\n//g;\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10203 | \n    $string=~s/\\n//g;\n    return $string;\n  }\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10204 | \n\n\n\nsub tag2value \n  {\n    \n    my $tag=(@_\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10205 | [0]);\n    my $word=(@_[1]);\n    my $return;\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10206 |  \n    $tag=~/$word=\"([^\"]+)\"/;\n    $return=$1\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10207 | ;\n    return $return;\n  }\n      \nsub hit_tag2p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10208 | dbid\n  {\n    my $tag=(@_[0]);\n    my $pdbid;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10209 |       \n    $tag=~/id=\"(\\S+)\"/;\n    $pdbid=$1;\
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10210 | \n    $pdbid=~s/_//;\n    return $pdbid;\n  }\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10211 |  id2pdbid \n  {\n    my $id=@_[0];\n  \n    if ($i\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10212 | d =~/pdb/)\n      {\n   $id=~/pdb(.*)/;\n       $id=$1;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10213 |      }\n    $id=~s/[|¦_]//g;\n    return $id;\n  }\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10214 | \nsub set_blast_type \n  {\n    my $file =@_[0];\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10215 |     if (&file_contains ($file,\"EBIApplicationResu\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10216 | lt\",100)){$BLAST_TYPE=\"EBI\";}\n    elsif (&file\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10217 | _contains ($file,\"NCBI_BlastOutput\",100)) {$BLAS\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10218 | T_TYPE=\"NCBI\";}\n    else\n      {\n  $BLAST_TYPE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10219 | =\"\";\n      }\n    return $BLAST_TYPE;\n  }\nsub\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10220 |  blast_xml2profile \n  {\n    my ($name,$seq,$maxi\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10221 | d, $minid, $mincov, $file)=(@_);\n    my (%p, $a, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10222 | $string, $n);\n    \n\n\n    if ($BLAST_TYPE eq \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10223 | EBI\" || &file_contains ($file,\"EBIApplicationRes\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10224 | ult\",100)){%p=ebi_blast_xml2profile(@_);}\n    el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10225 | sif ($BLAST_TYPE eq \"NCBI\" || &file_contains ($f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10226 | ile,\"NCBI_BlastOutput\",100)){%p=ncbi_blast_xml2p\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10227 | rofile(@_);}\n    else \n      {\n      print \"*******\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10228 | ***** ERROR: Blast Returned an unknown XML Format \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10229 | **********************\";\n     die;\n      }\n    for\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10230 |  ($a=0; $a<$p{n}; $a++)\n      {\n      my $name=$p{$a}\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10231 | {name};\n       $p{$name}{seq}=$p{$a}{seq};\n      }\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10232 |   return %p;\n  }\nsub ncbi_blast_xml2profile \n  \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10233 | {\n    my ($name,$seq,$maxid, $minid, $mincov, $st\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10234 | ring)=(@_);\n    my ($L,$l, $a,$b,$c,$d,$nhits,@id\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10235 | entifyerL);\n    \n    \n    $seq=~s/[^a-zA-Z]//g;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10236 | \n    $L=length ($seq);\n    \n    %hit=&xml2tag_l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10237 | ist ($string, \"Hit\");\n    \n    \n    for ($nhi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10238 | ts=0,$a=0; $a<$hit{n}; $a++)\n      {\n my ($ldb,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10239 | id, $identity, $expectation, $start, $end, $covera\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10240 | ge, $r);\n      my (%ID,%DE,%HSP);\n    \n      $ldb=\"\";\n\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10241 | %ID=&xml2tag_list ($hit{$a}{body}, \"Hit_id\");\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10242 | $identifyer=$ID{0}{body};\n     \n      %DE=&xml2tag_list (\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10243 | $hit{$a}{body}, \"Hit_def\");\n $definition=$DE{0}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10244 | {body};\n       \n      %HSP=&xml2tag_list ($hit{$a}{body}, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10245 | "Hsp\");\n      for ($b=0; $b<$HSP{n}; $b++)\n    {\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10246 |   my (%START,%END,%E,%I,%Q,%M);\n\n      \n         %START\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10247 | =&xml2tag_list ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_query-from\"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10248 | );\n        %HSTART=&xml2tag_list ($HSP{$b}{body}, \"\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10249 | Hsp_hit-from\");\n          \n      %LEN=  &xml2tag_list\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10250 |  ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_align-len\");\n     %END= \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10251 |  &xml2tag_list ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_query-to\");\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10252 | \n          %HEND=  &xml2tag_list ($HSP{$b}{body}, \"Hs\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10253 | p_hit-to\");\n      %E=&xml2tag_list     ($HSP{$b}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10254 | body}, \"Hsp_evalue\");\n           %I=&xml2tag_list    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10255 |  ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_identity\");\n      %Q=&xml\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10256 | 2tag_list     ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_qseq\");\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10257 |   %M=&xml2tag_list     ($HSP{$b}{body}, \"Hsp_hseq\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10258 | \");\n      \n      for ($e=0; $e<$Q{n}; $e++)\n\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10259 |      {\n                $qs=$Q{$e}{body};\n             $ms=$M{$e}{body};\n\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10260 |                 if ($seq eq\"\"){$seq=$qs;$L=length($seq);}\n           \\
      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10261 | n               $expectation=$E{$e}{body};\n            $identity=($LEN{$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10262 | e}{body}==0)?0:$I{$e}{body}/$LEN{$e}{body}*100;\n       \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10263 |         $start=$START{$e}{body};\n              $end=$END{$e}{body};\\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10264 | n               $Hstart=$HSTART{$e}{body};\n            $Hend=$HEND{$e}{b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10265 | ody};\n \n              $coverage=(($end-$start)*100)/$L;\n\n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10266 | \n              if ($identity>$maxid || $identity<$minid || $c\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10267 | overage<$mincov){next;}\n               @lr1=(split (//,$qs));\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10268 | n               @lr2=(split (//,$ms));\n                $l=$#lr1+1;\n           for ($\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10269 | c=0;$c<$L;$c++){$p[$nhits][$c]=\"-\";}\n                for ($d=\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10270 | 0,$c=0; $c<$l; $c++)\n            {\n               $r=$lr1[$c];\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10271 |             if ( $r=~/[A-Za-z]/)\n                    {\n                       \n                      $p[$\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10272 | nhits][$d + $start-1]=$lr2[$c];\n                       $d++;\n              \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10273 |  }\n              }\n           $Qseq[$nhits]=$qs;\n            $Hseq[$nhits]=$\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10274 | ms;\n           $QstartL[$nhits]=$start;\n              $HstartL[$nhits\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10275 | ]=$Hstart;\n            $identityL[$nhits]=$identity;\n         $en\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10276 | dL[$nhits]=$end;\n              $definitionL[$nhits]=$definiti\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10277 | on;\n           $identifyerL[$nhits]=$identifyer;\n             $comme\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10278 | nt[$nhits]=\"$ldb|$identifyer [Eval=$expectation][\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10279 | id=$identity%][start=$Hstart end=$Hend]\";\n            $nhi\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10280 | ts++;\n       }\n         }\n      }\n    \n    $profile\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10281 | {n}=0;\n    $profile{$profile{n}}{name}=$name;\n  \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10282 |   $profile{$profile{n}}{seq}=$seq;\n    $profile {\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10283 | n}++;\n    \n    for ($a=0; $a<$nhits; $a++)\n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10284 |   {\n   $n=$a+1;\n      \n      $profile{$n}{name}=\"$name\\_$\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10285 | a\";\n  $profile{$n}{seq}=\"\";\n       $profile{$n}{Qseq\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10286 | }=$Qseq[$a];\n  $profile{$n}{Hseq}=$Hseq[$a];\n $pr\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10287 | ofile{$n}{Qstart}=$QstartL[$a];\n       $profile{$n}{Hst\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10288 | art}=$HstartL[$a];\n    $profile{$n}{identity}=$ident\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10289 | ityL[$a];\n     $profile{$n}{definition}=$definitionL[\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10290 | $a];\n  $profile{$n}{identifyer}=$identifyerL[$a];\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10291 | n       $profile{$n}{comment}=$comment[$a];\n   for ($b=0;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10292 |  $b<$L; $b++)\n   {\n       if ($p[$a][$b])\n         \
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10293 | {\n             $profile{$n}{seq}.=$p[$a][$b];\n              }\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10294 |   else\n              {\n               $profile{$n}{seq}.=\"-\";\n       \
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10295 |     }\n   }\n      }\n    \n    $profile{n}=$nhits\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10296 | +1;\n    return %profile;\n  }\nsub ebi_blast_xml2\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10297 | profile \n  {\n    my ($name,$seq,$maxid, $minid, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10298 | $mincov, $string)=(@_);\n    my ($L,$l, $a,$b,$c,$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10299 | d,$nhits,@identifyerL,$identifyer);\n    \n\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10300 | n    $seq=~s/[^a-zA-Z]//g;\n    $L=length ($seq);\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10301 | n    %hit=&xml2tag_list ($string, \"hit\");\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10302 | n    for ($nhits=0,$a=0; $a<$hit{n}; $a++)\n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10303 | {\n     my ($ldb,$id, $identity, $expectation, $start,\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10304 |  $end, $coverage, $r);\n        my (%Q,%M,%E,%I);\n     \n      $l\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10305 | db=&tag2value ($hit{$a}{open}, \"database\");\n $i\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10306 | dentifyer=&tag2value ($hit{$a}{open}, \"id\");\n\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10307 |         $description=&tag2value ($hit{$a}{open}, \"descri\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10308 | ption\");\n     \n      %Q=&xml2tag_list ($hit{$a}{body}, \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10309 | "querySeq\");\n %M=&xml2tag_list ($hit{$a}{body}, \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10310 | \"matchSeq\");\n        %E=&xml2tag_list ($hit{$a}{body},\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10311 |  \"expectation\");\n    %I=&xml2tag_list ($hit{$a}{bo\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10312 | dy}, \"identity\");\n   \n\n    for ($b=0; $b<$Q{n}; $b\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10313 | ++)\n     {\n       \n      \n      $qs=$Q{$b}{body};\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10314 |     $ms=$M{$b}{body};\n     if ($seq eq\"\"){$seq=\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10315 | $qs;$L=length($seq);}\n\n           $expectation=$E{$b}{\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10316 | body};\n            $identity=$I{$b}{body};\n       \n      \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10317 |             \n      $start=&tag2value ($Q{$b}{open}, \"sta\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10318 | rt\");\n            $end=&tag2value ($Q{$b}{open}, \"end\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10319 | ");\n       $startM=&tag2value ($M{$b}{open}, \"star\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10320 | t\");\n     $endM=&tag2value ($M{$b}{open}, \"end\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10321 | ");\n       $coverage=(($end-$start)*100)/$L;\n     \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10322 | \n         # print \"$id: ID: $identity COV: $coverage \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10323 | [$start $end]\\n\";\n       \n      \n      if ($ident\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10324 | ity>$maxid || $identity<$minid || $coverage<$minco\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10325 | v){next;}\n         # print \"KEEP\\n\";\n\n        \n    \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10326 |   @lr1=(split (//,$qs));\n          @lr2=(split (//,$ms\
      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10327 | ));\n       $l=$#lr1+1;\n           for ($c=0;$c<$L;$c++){\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10328 | $p[$nhits][$c]=\"-\";}\n            for ($d=0,$c=0; $c<$l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10329 | ; $c++)\n             {\n               $r=$lr1[$c];\n          if ( $r=~/[A-\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10330 | Za-z]/)\n                 {\n               \n              $p[$nhits][$d + $sta\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10331 | rt-1]=$lr2[$c];\n                   $d++;\n               }\n         }\n         \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10332 | \n          \n      $identifyerL[$nhits]=$identifyer;\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10333 |     $comment[$nhits]=\"$ldb|$identifyer [Eval=$exp\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10334 | ectation][id=$identity%][start=$startM end=$endM]\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10335 | ";\n        $nhits++;\n   }\n      }\n    \n    $prof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10336 | ile{n}=0;\n    $profile{$profile{n}}{name}=$name;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10337 | n    $profile{$profile{n}}{seq}=$seq;\n    $profil\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10338 | e {n}++;\n    \n    for ($a=0; $a<$nhits; $a++)\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10339 |      {\n        $n=$a+1;\n      $profile{$n}{name}=\"$name\\_$\
      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10340 | a\";\n  $profile{$n}{seq}=\"\";\n       $profile{$n}{iden\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10341 | tifyer}=$identifyerL[$a];\n     \n      $profile{$n}{commen\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10342 | t}=$comment[$a];\n      for ($b=0; $b<$L; $b++)\n         {\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10343 |             if ($p[$a][$b])\n         {\n               $profile{$n}{seq\
      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10344 | }.=$p[$a][$b];\n              }\n           else\n            {\n               $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10345 | profile{$n}{seq}.=\"-\";\n            }\n         }\n      }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10346 | n    $profile{n}=$nhits+1;\n    \n    return %prof\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10347 | ile;\n  }\n\nsub blast_xml2hit_list\n  {\n    my $\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10348 | string=(@_[0]);\n    return &xml2tag_list ($string\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10349 | , \"hit\");\n  }\nsub xml2tag_list  \n  {\n    my \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10350 | ($string_in,$tag)=@_;\n    my $tag_in, $tag_out;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10351 |     my %tag;\n    \n    if (-e $string_in)\n      \
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10352 | {\n     $string=&file2string ($string_in);\n      }\n \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10353 |    else\n      {\n      $string=$string_in;\n      }\n \
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10354 |    $tag_in1=\"<$tag \";\n    $tag_in2=\"<$tag>\";\\
      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10355 | n    $tag_out=\"/$tag>\";\n    $string=~s/>/>##1/g\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10356 | ;\n    $string=~s/</##2</g;\n    $string=~s/##1/<#\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10357 | /g;\n    $string=~s/##2/#>/g;\n    @l=($string=~/(\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10358 | \\<[^>]+\\>)/g);\n    $tag{n}=0;\n    $in=0;$n=-1;\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10359 | \n  \n \n\n    foreach $t (@l)\n      {\n\n     $t=~s/\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10360 | <#//;\n $t=~s/#>//;\n   \n      if ( $t=~/$tag_in1/ || $t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10361 | =~/$tag_in2/)\n   {\n    \n         $in=1;\n        $tag{$t\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10362 | ag{n}}{open}=$t;\n          $n++;\n         \n    }\n   elsif \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10363 | ($t=~/$tag_out/)\n        {\n       \n\n            $tag{$tag{n}\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10364 | }{close}=$t;\n      $tag{n}++;\n            $in=0;\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10365 |         elsif ($in)\n     {\n      \n       $tag{$tag{n}}{body}\
      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10366 | .=$t;\n   }\n      }\n  \n    return %tag;\n  }\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10367 | n\n\n\n","use Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nus\
      | ~~~~~~~~                                       
./perl_header_lib.h:10367:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10367 | n\n\n\n","use Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nus\
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10368 | e Env qw(USER);\nwhile (<>)\n  {\n    if ( /^>(\\S\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10369 | +)/)\n      {\n if ($list{$1})\n          {\n       print \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10370 | ">$1_$list{$1}\\n\";\n      $list{$1}++;\n        }\n   el\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10371 | se\n      {\n       print $_;\n     $list{$1}=1;\n        }\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10372 | n      }\n    else\n      {\n   print $_;\n      }\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10373 |   }\n      \n","\n\n\nuse Env qw(HOST);\nuse Env q\
      |   ~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:10373:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10373 |   }\n      \n","\n\n\nuse Env qw(HOST);\nuse Env q\
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10374 | w(HOME);\nuse Env qw(USER);\n\n\nopen (F,$ARGV[0])\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10375 | ;\nwhile ( <>)\n  {\n    @x=/([^:,;\\)\\(\\s]+):[^\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10376 | :,;\\)\\(]*/g;\n    @list=(@list,@x);\n  }\n$n=$#l\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10377 | ist+1;\nforeach $n(@list){print \">$n\\nsequence\\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10378 | n\";}\n\n\nclose (F);\n","\nopen (F, $ARGV[0]);\n\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:10378:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10378 | n\";}\n\n\nclose (F);\n","\nopen (F, $ARGV[0]);\n\\
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10379 | nwhile ( <F>)\n  {\n    @l=($_=~/(\\S+)/g);\n    \\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10380 | n    $name=shift @l;\n    \n    print STDOUT \"\\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10381 | >$name\\n\";\n    foreach $e (@l){$e=($e eq \"0\")\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10382 | ?\"O\":\"I\";print \"$e\";}\n  }\nclose (F);\n\n                \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10383 |        \n    \n","use strict;\nuse FileHandle;\nus\
      |        ~~~~~~~~~          
./perl_header_lib.h:10383:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10383 |        \n    \n","use strict;\nuse FileHandle;\nus\
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10384 | e Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse Env qw(USE\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10385 | R);\nmy %name;\nmy $nseq;\nmy $F= new FileHandle;\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10386 | nopen ($F, $ARGV[0]);\nwhile(<$F>)\n  {\n    \n   \
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10387 |  my $l=$_;\n    if ($l=~/^#/){;}\n    elsif (($l=~\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10388 | /\\d+\\s+\\d+\\s+(\\S+)\\s+(\\S+)/))\n      {\n my\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10389 |  $name=$1;\n    my $seq=$2;\n   print \">$name\\n$seq\\\
      |  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10390 | n\";\n      }\n  }\nclose ($F);\nexit (0);\n\n\n",\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./perl_header_lib.h:10391:1: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10391 | "use Env qw(HOST);\nuse Env qw(HOME);\nuse Env qw(\
      | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10392 | USER);\n\n$tmp=\"$ARGV[0].$$\";\nopen (IN, $ARGV[0\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10393 | ]);\nopen (OUT, \">$tmp\");\n\nwhile ( <IN>)\n  {\\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10394 | n    $file=$_;\n    $file=~s/\\r\\n/\\n/g;\n    $f\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10395 | ile=~s/\\n\\r/\\n/g;\n    $file=~s/\\r\\r/\\n/g;\n\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10396 |     $file=~s/\\r/\\n/g;\n    print OUT \"$file\";\\
      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10397 | n  }\nclose (IN);\nclose (OUT);\n\nopen (OUT, \">$\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10398 | ARGV[0]\");\nopen (IN, \"$tmp\");\n\nwhile ( <IN>)\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10399 | \n{\n  print OUT \"$_\";\n}\nclose (IN);\nclose (O\
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
10400 | UT);\nunlink ($tmp);\n\n"};
      | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void sb()’:
util_lib/util.c:119:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  119 |           HERE ("%c %.2f", a+'a', (float)exp((float)out[i]));
      |                 ^~~~~~~~~
util_lib/util.c:124:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  124 |   HERE ("TOT=%.2f", tot);
      |         ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int cherry(int, char**)’:
util_lib/util.c:907:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  907 |   table=file2list (name, " ");
      |                          ^~~
util_lib/util.c:1014:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 1014 | }
      | ^
util_lib/util.c: In function ‘int quantile(int, char**)’:
util_lib/util.c:1321:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1321 |   fp=vfopen (name, "r");
      |                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char** copy_char(char**, char**)’:
util_lib/util.c:1697:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1697 |       array2[a]=(array1[a])?csprintf (array2[a], "%s", array1[a]):NULL;
      |                                                  ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int output_array_int(char*, int**)’:
util_lib/util.c:1818:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1818 |      fp=vfopen (fname, "w");
      |                        ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int** input_array_int(char*)’:
util_lib/util.c:1839:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1839 |   fp=vfopen (fname, "r");
      |                     ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* getenv4debug(const char*)’:
util_lib/util.c:2369:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2369 |       return "1";
      |              ^~~
util_lib/util.c:2378:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2378 |       return "1";
      |              ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_env_variable(const char*, int)’:
util_lib/util.c:2408:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2408 |                        myexit(fprintf_error ( stderr, "\nYou must set the variable %s [FATAL]\n", var));
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:2413:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2413 |                           myexit(fprintf_error ( stderr, "\nYou must set the variable %s [FATAL]\n", var));
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_pwd(char*)’:
util_lib/util.c:2429:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2429 |     return csprintf (name, "%s", cwd);
      |                            ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int perl_strstr(char*, char*)’:
util_lib/util.c:2482:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2482 |   string2=substitute (string2, "(", " ");
      |                                ^~~
util_lib/util.c:2482:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2482 |   string2=substitute (string2, "(", " ");
      |                                     ^~~
util_lib/util.c:2483:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2483 |   string2=substitute (string2, ")", " ");
      |                                ^~~
util_lib/util.c:2483:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2483 |   string2=substitute (string2, ")", " ");
      |                                     ^~~
util_lib/util.c:2484:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2484 |   string2=substitute (string2, "'", " ");
      |                                ^~~
util_lib/util.c:2484:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2484 |   string2=substitute (string2, "'", " ");
      |                                     ^~~
util_lib/util.c:2486:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2486 |   printf_system_direct("perl -e '$s=\"%s\";$x=($s=~/%s/);$x=($x==1)?1:0;print $x;'>%s", string2, pattern,tmp);
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:2490:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2490 |       fp=vfopen (tmp, "r");
      |                       ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* vcat(char*, char*)’:
util_lib/util.c:2638:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2638 |   b=csprintf (b, "%s%s", (st1)?st1:"", (st2)?st2:"");
      |                  ^~~~~~
util_lib/util.c:2639:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2639 |   return csprintf (st1, "%s", b);
      |                         ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int strget_param(char*, char*, char*, char*, ...)’:
util_lib/util.c:2696:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2696 |       buf2=substitute (buf2, "__", " ");
      |                              ^~~~
util_lib/util.c:2696:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2696 |       buf2=substitute (buf2, "__", " ");
      |                                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char** push_string(char*, char**, int*, int)’:
util_lib/util.c:2801:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2801 |   news[position]=csprintf (news[position], "%s", val);
      |                                            ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* print_array_char(FILE*, char**, int, char*)’:
util_lib/util.c:2924:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2924 |            myexit(fprintf_error ( stderr, "\nORB in print_array_char [FATAL]\n"));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:2925:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2925 |            crash("");
      |                  ^~
util_lib/util.c: In function ‘char* fname2abs(char*)’:
util_lib/util.c:2949:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2949 |   else if ( !isfile(name) || name[0]=='/')name2=csprintf (name2, "%s", name);
      |                                                                  ^~~~
util_lib/util.c:2953:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2953 |       name2=csprintf (name2, "%s/%s",get_pwd(NULL), name);
      |                              ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* afname2fname(char*)’:
util_lib/util.c:2998:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2998 |   fname=csprintf (fname, "%s", name+l+1);
      |                          ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* fname2suffix(char*)’:
util_lib/util.c:3010:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3010 |   if (l==-1)fname=csprintf (fname, "");
      |                                    ^~
util_lib/util.c:3011:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3011 |   else fname=csprintf (fname, "%s", name+l+1);
      |                               ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int check_cl4t_coffee(int, char**)’:
util_lib/util.c:3418:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3418 |       fp=vfopen ( name, "w");
      |                         ^~~
util_lib/util.c:3422:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3422 |       printf_system ( "rm %s.*", name);
      |                       ^~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util.c:52:
util_lib/util.c: In function ‘int* string2num_list(char*)’:
./coffee_defines.h:373:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  373 | #define SEPARATORS "\n \t,;"
      |                    ^~~~~~~~~
util_lib/util.c:3540:35: note: in expansion of macro ‘SEPARATORS’
 3540 |   return string2num_list2(string, SEPARATORS);
      |                                   ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* list2string(char**, int)’:
util_lib/util.c:3582:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3582 |   return list2string2 ( list, n, " ");
      |                                  ^~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util.c:52:
util_lib/util.c: In function ‘char** string2list(char*)’:
./coffee_defines.h:373:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  373 | #define SEPARATORS "\n \t,;"
      |                    ^~~~~~~~~
util_lib/util.c:3601:33: note: in expansion of macro ‘SEPARATORS’
 3601 |     return string2list2(string, SEPARATORS);
      |                                 ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char** break_list(char**, int*, char*)’:
util_lib/util.c:3664:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3664 |            myexit(fprintf_error ( stderr, "\nERROR: too many parameters, recompile with MAX_N_PARAM set at a higher velue [FATAL:%s]\n", PROGRAM));\
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:3674:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3674 |              else ar=get_list_of_tokens( argv[a],"",&n_ar);
      |                                                  ^~
util_lib/util.c: In function ‘void ungap(char*)’:
util_lib/util.c:3761:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3761 |   remove_charset ( seq, "ungap");
      |                         ^~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util.c:52:
util_lib/util.c: In function ‘int seq2res_len(char*)’:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:3786:30: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 3786 |   return seq2len (seq, NULL, GAP_LIST);
      |                              ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* remove_charset_from_file(char*, char*)’:
util_lib/util.c:3797:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3797 |   fp1=vfopen (fname, "r");
      |                      ^~~
util_lib/util.c:3798:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3798 |   fp2=vfopen (tmp=vtmpnam (NULL), "w");
      |                                   ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* splice_out_seg(char*, int, int)’:
util_lib/util.c:3910:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3910 |                 printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Splice_out_seg out of bound: Length %d seg: [%d %d] [splice_out_seg::util.c][FATAL:%s]\n", l, pos, pos+len, PROGRAM);
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util.c:52:
util_lib/util.c: In function ‘int is_aa(char)’:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:4046:63: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 4046 |          return (is_in_set (x, AA_ALPHABET) && !is_in_set (x, GAP_LIST));
      |                                                               ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int is_rna(char)’:
./coffee_defines.h:299:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  299 | #define RNAONLY_ALPHABET       "Uu"
      |                                ^~~~
util_lib/util.c:4050:32: note: in expansion of macro ‘RNAONLY_ALPHABET’
 4050 |          return (is_in_set (x, RNAONLY_ALPHABET)&& !is_in_set (x, GAP_LIST));
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:4050:67: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 4050 |          return (is_in_set (x, RNAONLY_ALPHABET)&& !is_in_set (x, GAP_LIST));
      |                                                                   ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int is_dna(char)’:
./coffee_defines.h:298:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  298 | #define DNA_ALPHABET           "AGCTUNRYMKSWHBVD-agctunrymkswhbvd"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:298:32: note: in definition of macro ‘DNA_ALPHABET’
  298 | #define DNA_ALPHABET           "AGCTUNRYMKSWHBVD-agctunrymkswhbvd"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:4054:63: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 4054 |          return (is_in_set (x, DNA_ALPHABET)&& !is_in_set (x, GAP_LIST));
      |                                                               ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int is_gap(char)’:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:4058:34: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 4058 |          return ( is_in_set ( x, GAP_LIST));
      |                                  ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* translate_string(char*, char*, char*)’:
util_lib/util.c:4167:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4167 |       myexit(fprintf_error ( stderr, "\nERROR: translate_string function: IN alphabet (%s) must have the same size as OUT alphabet (%s) [FATAL:%s]\n", in, out, PROGRAM));
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int get_longest_string(char**, int, int*, int*)’:
util_lib/util.c:4196:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4196 |          myexit(fprintf_error ( stderr, "\nBAD REQUEST: Number of strings=%d, expected number=%d", read_size_char ( array,sizeof (char*)),n));
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4197:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4197 |          crash ("[FATAL/util.c]");
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* crop_string(char*, int, int)’:
util_lib/util.c:4284:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4284 |              myexit(fprintf_error ( stderr, "\nString=%s, start=%d end=%d", string, start, end));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4285:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4285 |              crash ( "Wrong End in crop String [FATAL]");
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int evaluate_sys_call_io(char*, char*, char*)’:
util_lib/util.c:4425:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4425 |            add_warning (stderr, "COMMAND FAILED: %s",com);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int fprintf_fork(FILE*, char*, ...)’:
util_lib/util.c:4492:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4492 |       vfclose(vfopen (openF,"w"));
      |                             ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int printf_system_direct_check(char*, ...)’:
util_lib/util.c:4546:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4546 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Could not run %s\n", buf);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int dump_nfc(char*, char*)’:
util_lib/util.c:4556:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4556 |   FILE *fp=vfopen (file, "w");
      |                          ^~~
util_lib/util.c:4562:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 4562 | }
      | ^
util_lib/util.c: In function ‘char* printf_system2string(char*, ...)’:
util_lib/util.c:4588:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4588 |   printf_system ("%s >%s", buf,tmpF);
      |                  ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int my_system(char*)’:
util_lib/util.c:4648:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4648 |       if (dump)cputenv ("DUMP_4_TCOFFEE=%s", dump);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4665:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4665 |       command1=substitute (command1, "|", " | ");
      |                                      ^~~
util_lib/util.c:4665:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4665 |       command1=substitute (command1, "|", " | ");
      |                                           ^~~~~
util_lib/util.c:4666:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4666 |       command1=substitute (command1, ";", " ; ");
      |                                      ^~~
util_lib/util.c:4666:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4666 |       command1=substitute (command1, ";", " ; ");
      |                                           ^~~~~
util_lib/util.c:4672:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4672 |           if (dump)cputenv ("DUMP_4_TCOFFEE=%s", dump);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4716:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4716 |       command2=substitute ( command2, "//", "/");
      |                                       ^~~~
util_lib/util.c:4716:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4716 |       command2=substitute ( command2, "//", "/");
      |                                             ^~~
util_lib/util.c:4717:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4717 |       command2=substitute ( command2, ":/", "://");
      |                                       ^~~~
util_lib/util.c:4717:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4717 |       command2=substitute ( command2, ":/", "://");
      |                                             ^~~~~
util_lib/util.c:4719:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4719 |       if (dump)cputenv ("DUMP_4_TCOFFEE=%s", dump);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int shift_lock(int, int, int, int, int)’:
util_lib/util.c:4779:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4779 |       myexit(fprintf_error (stderr, "Unsupported type for shift_lock"));
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* lock2name(int, int)’:
util_lib/util.c:4795:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4795 |   else myexit(fprintf_error ( stderr, "ERROR: Unknown type for lock"));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* lock(int, int, int, char*, ...)’:
util_lib/util.c:4830:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4830 |                 printf_system_direct ("mv %s %s.released", fname, fname);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4837:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4837 |             r=" ";
      |               ^~~
util_lib/util.c:4855:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4855 |             r= " ";
      |                ^~~
util_lib/util.c:4857:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4857 |         else myexit(fprintf_error ( stderr, "ERROR: Unknown action for LOCK"));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int check_process(const char*, int, int, int)’:
util_lib/util.c:4884:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4884 |       lock (getpid(), LERROR,LSET,"%d -- ERROR: UNSPECIFIED UNSPECIFIED\n",pid);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4885:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4885 |       lock (getpid(), LERROR,LSET,"%d -- COM: %s\n",pid,com);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4886:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4886 |       lock (getpid(), LERROR, LSET,"%d -- STACK: %d -> %d\n",pid,getpid(), pid);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int safe_system(const char*)’:
util_lib/util.c:4929:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4929 |             com=substitute (com,"SCRATCH_FILE", t);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:4974:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4974 |         argv [0] = "sh";
      |                    ^~~~
util_lib/util.c:4975:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4975 |         argv [1] = "-c";
      |                    ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int assert_pid(pid_t)’:
util_lib/util.c:5022:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5022 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "MAX_N_PID exceded -- Recompile changing the value of MAX_N_PID (current: %d Requested: %d) OR setenv MAX_N_PID_4_TCOFFEE=%d", MAX_N_PID, p,p);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘pid_t vvfork(char*)’:
util_lib/util.c:5059:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5059 |           myexit(fprintf_error (stderr,"FORK_ERROR fork returned -1"));
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5063:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5063 |         add_warning (stderr, "Could Not Fork %s [%d/%d tries]", PROGRAM, attempt, 1000);
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5064:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5064 |         add_warning (stderr, "Error forking : %s\n", strerror( errno ) );
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5073:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5073 |           lock (getpid(), LLOCK, LSET, "%d\n",p);//Update the parent lock
      |                                        ^~~~~~
util_lib/util.c:5080:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5080 |           lock (getpid(), LLOCK, LSET, "%d%s\n", getppid(), (type)?type:"");//Create lock for the fork
      |                                        ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int kill_child_pid(int)’:
util_lib/util.c:5164:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5164 |           lock  (a, LLOCK, LRELEASE, " ");
      |                                      ^~~
util_lib/util.c:5165:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5165 |           lock  (a, LERROR,LRELEASE, " ");
      |                                      ^~~
util_lib/util.c:5166:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5166 |           lock  (a, LWARNING,LRELEASE, " ");
      |                                        ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int get_child_list(int, int*)’:
util_lib/util.c:5206:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5206 |       add_information ( stderr, "WARNING Lock System not solved correctly." );
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5218:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5218 |       list=file2list (lockf, "\n");
      |                              ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int kill_child_pid_pld()’:
util_lib/util.c:5239:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5239 |   string2file (logfile, "a","\n----TC: %d kill ALL CHILDREN", getpid());
      |                         ^~~
util_lib/util.c:5239:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5239 |   string2file (logfile, "a","\n----TC: %d kill ALL CHILDREN", getpid());
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void unpack_all_perl_script(char*)’:
util_lib/util.c:5284:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5284 |           fp=vfopen ( PerlScriptName[a], "w");
      |                                          ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int unpack_perl_script(char*, char***, int)’:
util_lib/util.c:5306:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5306 |   set_file2remove_extension(".pl", SET);
      |                             ^~~~~
util_lib/util.c:5319:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5319 |              add_warning ( stderr, "Local Copy of %s detected [Debug mode]. DELETE this file", name);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5326:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5326 |              add_warning ( stderr, "Running external copy of %s [Debug mode].", name);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5357:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5357 |       fp=vfopen (unpacked[1][n], "w");
      |                                  ^~~
util_lib/util.c:5360:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5360 |       printf_system_direct ("chmod u+x %s", unpacked[1][n]);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5364:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5364 |   set_file2remove_extension(".pl", UNSET);
      |                             ^~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_home_4_tcoffee()’:
util_lib/util.c:5398:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5398 |   else if ( check_dir_getenv ("HOME_4_TCOFFEE"))
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5402:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5402 |   else if ( check_dir_getenv ("HOME"))
      |                               ^~~~~~
util_lib/util.c:5407:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5407 |   else if ( check_dir_getenv ("TMP"))
      |                               ^~~~~
util_lib/util.c:5411:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5411 |   else if (check_dir_getenv ("TEMP"))
      |                              ^~~~~~
util_lib/util.c:5417:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5417 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Could not set a HOME directory.\nSet any of the following environement variables to some suitable location: HOME, HOME_4_TCOFFEE, TMP or TEMP [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_tmp_4_tcoffee_new_notworking()’:
util_lib/util.c:5446:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5446 |       tco=csprintf (tco, "%s_%d", generate_unique_string(10), (int)getpid());
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:5451:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5451 |           tmp_4_tcoffee=csprintf (tmp_4_tcoffee, "%s/%s/", tco);
      |                                                  ^~~~~~~~
util_lib/util.c:5455:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5455 |           if (!isdir ("/tmp/tco"))my_mkdir ("/tmp/tco");
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5455:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5455 |           if (!isdir ("/tmp/tco"))my_mkdir ("/tmp/tco");
      |                                             ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5456:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5456 |           tmp_4_tcoffee=csprintf (tmp_4_tcoffee, "/tmp/tco/%s/",tco);
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_tmp_4_tcoffee()’:
util_lib/util.c:5499:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5499 |       else if (isdir("/var/tmp"))sprintf (tmp_4_tcoffee, "/var/tmp/");
      |                      ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5508:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5508 |           cputenv ("ROOT_TMP_4_TCOFFEE=%s",  tmp_4_tcoffee);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5509:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5509 |           tmp_4_tcoffee=csprintf (tmp_4_tcoffee, "%s/tco/tco%s%d/", tmp_4_tcoffee,generate_unique_string(8),getpid());
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5515:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5515 |        substitute (tmp_4_tcoffee, "//", "/");
      |                                   ^~~~
util_lib/util.c:5515:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5515 |        substitute (tmp_4_tcoffee, "//", "/");
      |                                         ^~~
util_lib/util.c:5516:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5516 |        substitute (tmp_4_tcoffee, "//", "/");
      |                                   ^~~~
util_lib/util.c:5516:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5516 |        substitute (tmp_4_tcoffee, "//", "/");
      |                                         ^~~
util_lib/util.c:5517:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5517 |        substitute (tmp_4_tcoffee, "//", "/");
      |                                   ^~~~
util_lib/util.c:5517:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5517 |        substitute (tmp_4_tcoffee, "//", "/");
      |                                         ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_lockdir_4_tcoffee()’:
util_lib/util.c:5594:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5594 |       if (getenv ("UNIQUE_DIR_4_TCOFFEE"))lockdir=csprintf (lockdir, "%s/%s/", getenv ("UNIQUE_DIR_4_TCOFFEE"),s);
      |                                                                      ^~~~~~~~
util_lib/util.c:5595:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5595 |       else if (getenv ("LOCKDIR_4_TCOFFEE"))lockdir=csprintf (lockdir, "%s/%s/", getenv ("LOCKDIR_4_TCOFFEE"), s);
      |                                                                        ^~~~~~~~
util_lib/util.c:5596:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5596 |       else lockdir=csprintf (lockdir,"%s/lck/%s/",  get_tmp_4_tcoffee(),s);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int set_nproc(int)’:
util_lib/util.c:5635:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 5635 | }
      | ^
util_lib/util.c: In function ‘char* get_os()’:
util_lib/util.c:5680:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5680 |       printf_system_direct ("uname > %s", file);
      |                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int buffer_env(char*)’:
util_lib/util.c:5702:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5702 |   buffered=csprintf (buffered, "%s_BUFFERED",env);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5704:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5704 |   cputenv ("%s=%s",buffered,getenv (env));
      |            ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int restore_env(char*)’:
util_lib/util.c:5713:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5713 |   buffered=csprintf (buffered, "%s_BUFFERED",env);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5715:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5715 |   cputenv ("%s=%s",env,getenv (buffered));
      |            ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int cputenv(char*, ...)’:
util_lib/util.c:5730:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5730 |   if (getenv ("DEBUG_4_TCOFFEE"))HERE ("CPUTENV::%s", s);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5732:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5732 |     myexit(fprintf_error ( stderr, "\nCould not set the environement [%s] [FATAL]\n",s));
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int fprintf_error(FILE*, char*, ...)’:
util_lib/util.c:5828:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5828 |   msg=substitute ( msg, "\n", "");
      |                         ^~~~
util_lib/util.c:5828:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5828 |   msg=substitute ( msg, "\n", "");
      |                               ^~
util_lib/util.c:5829:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5829 |   msg=substitute ( msg, "ERROR", " ");
      |                         ^~~~~~~
util_lib/util.c:5829:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5829 |   msg=substitute ( msg, "ERROR", " ");
      |                                  ^~~
util_lib/util.c:5833:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5833 |   lock (getpid(), LERROR,LSET,"%d -- ERROR: %s\n",getpid(),msg);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5834:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5834 |   lock (getpid(), LERROR,LSET,"%d -- COM: %s\n",getpid(),in_cl);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:5835:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5835 |   lock (getpid(), LERROR, LSET,"%d -- STACK: %d -> %d\n",getpid(), getppid(),getpid());
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* add_warning(FILE*, char*, ...)’:
util_lib/util.c:5860:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5860 |       buf=substitute (buf,"\n", " ");
      |                           ^~~~
util_lib/util.c:5860:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5860 |       buf=substitute (buf,"\n", " ");
      |                                 ^~~
util_lib/util.c:5866:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5866 |       lock(getpid(),LWARNING, LSET, "%d -- WARNING: %s\n", getpid(),buf);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* add_information(FILE*, char*, ...)’:
util_lib/util.c:5884:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5884 |       lock(getpid(),LWARNING, LSET, "%d -- INFORMATION: %s\n", getpid(),buf);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int count_n_res_in_array(char*, int)’:
util_lib/util.c:5894:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5894 |         return count_n_symbol_in_array(array, "abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", len);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* count_strings_in_file(char*, char*)’:
util_lib/util.c:5927:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5927 |   fp=vfopen (in, "r");
      |                  ^~~
util_lib/util.c:5940:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5940 |   fp=vfopen (out, "w");
      |                   ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int get_first_non_white_char(char*)’:
util_lib/util.c:6014:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6014 |       fp=vfopen (name, "r");
      |                        ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int count_n_char_x_in_file(char*, char)’:
util_lib/util.c:6026:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6026 |       fp=vfopen(name, "r");
      |                       ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int count_n_char_in_file(char*)’:
util_lib/util.c:6039:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6039 |       fp=vfopen(name, "r");
      |                       ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int count_n_line_in_file(char*)’:
util_lib/util.c:6050:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6050 |       fp=vfopen(name, "r");
      |                       ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int measure_longest_line_in_file(char*)’:
util_lib/util.c:6063:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6063 |       fp=vfopen(name, "r");
      |                       ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* store_string_variable(char*, char*, int)’:
util_lib/util.c:6181:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6181 |       add_warning (stdout, "Could not UNSET the value of %s. You must SET the value before it is used", name);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int store_int_variable(char*, int, int)’:
util_lib/util.c:6265:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6265 |       add_warning (stdout, "Could not UNSET the value of %s. You must SET the value before it is used", name);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_proxy_from_env()’:
util_lib/util.c:6283:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6283 |   if ((proxy=get_string_variable ("cl_proxy"))){;}//Command line proxy always wins
      |                                   ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6285:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6285 |   else if ((proxy=get_string_variable ("proxy")));//use default T-Coffee proxy
      |                                        ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int set_proxy(char*)’:
util_lib/util.c:6309:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6309 |   cputenv ("HTTP_proxy_4_TCOFFEE=%s", proxy);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6310:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6310 |   cputenv ("HTTP_proxy=%s", proxy);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6311:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6311 |   cputenv ("http_proxy=%s", proxy);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6312:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6312 |   cputenv ("HTTP_PROXY=%s", proxy);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6313:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6313 |   cputenv ("ALL_proxy=%s", proxy);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6314:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6314 |   cputenv ("ALL_PROXY=%s", proxy);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6315:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6315 |   cputenv ("all_proxy=%s", proxy);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* capture_stdin()’:
util_lib/util.c:6435:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6435 |       set_string_variable ("stdin", file);
      |                            ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* dump_io_start(char*)’:
util_lib/util.c:6551:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6551 |   set_string_variable ("dump_output_file_list", (dump_output_file_list=vtmpnam(NULL)));
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6552:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6552 |   set_string_variable ("dump",dump);
      |                        ^~~~~~
util_lib/util.c:6556:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6556 |       string2file_direct (dump_output_file_list, "a", "%s w\n", redirect_stdout (NULL));
      |                                                  ^~~
util_lib/util.c:6556:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6556 |       string2file_direct (dump_output_file_list, "a", "%s w\n", redirect_stdout (NULL));
      |                                                       ^~~~~~~~
util_lib/util.c:6557:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6557 |       string2file_direct (dump_output_file_list, "a", "%s w\n", redirect_stderr (NULL));
      |                                                  ^~~
util_lib/util.c:6557:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6557 |       string2file_direct (dump_output_file_list, "a", "%s w\n", redirect_stderr (NULL));
      |                                                       ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void dump_io(char*, char*)’:
util_lib/util.c:6588:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6588 |       if (get_string_variable ("-other_pg") && !strstr (in_cl, "-other_pg"))
      |                                ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6600:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6600 |       if (get_string_variable ("stdin"))
      |                                ^~~~~~~
util_lib/util.c:6611:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6611 |       list=file2list (dump_io_start (NULL), "\n ");
      |                                             ^~~~~
util_lib/util.c:6645:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6645 |                   if (strm (file, "stdin"))file=get_string_variable ("stdin");
      |                                                                      ^~~~~~~
util_lib/util.c:6661:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6661 |       printf_system_direct("printenv >> %s", target);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void dump_error_file()’:
util_lib/util.c:6695:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6695 |     dump_io (target, "error");
      |                      ^~~~~~~
util_lib/util.c:6737:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6737 |       printf_system_direct("printenv >> %s", target);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* get_email_from_env()’:
util_lib/util.c:6792:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6792 |   if ( (email=get_string_variable ("cl_email")));
      |                                    ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6793:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6793 |   else if ( (email=get_string_variable ("email")));
      |                                         ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int set_email(char*)’:
util_lib/util.c:6804:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6804 |   cputenv ("EMAIL_4_TCOFFEE=%s", email);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6805:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6805 |   cputenv ("EMAIL=%s",email);
      |            ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* vtmpnamH()’:
util_lib/util.c:6872:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6872 |   vfclose(vfopen (s, "w"));
      |                      ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* vtmpnam(char*)’:
util_lib/util.c:6926:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6926 |           HERE ("Duplicated tmp file : %s", s1);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:6936:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6936 |           HERE ("Duplicated tmp file : %s", s1);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* long_tmpnam_2(char*)’:
util_lib/util.c:7006:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7006 |                 set_string_variable ("vtmpnam_prefixe1", vtmpnam_prefixe);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7007:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7007 |                 set_string_variable ("vtmpnam_prefixe2", root2);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* ultrashort_tmpnam_2(char*)’:
util_lib/util.c:7039:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7039 |             set_string_variable ("vtmpnam_prefixe1", vtmpnam_prefixe);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7040:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7040 |             set_string_variable ("vtmpnam_prefixe2", root2);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* short_tmpnam_2(char*)’:
util_lib/util.c:7072:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7072 |       set_string_variable ("vtmpnam_prefixe1", vtmpnam_prefixe);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7073:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7073 |       set_string_variable ("vtmpnam_prefixe2", root2);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* vremove2(char*)’:
util_lib/util.c:7093:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7093 |       add_warning ( stderr, "cautiously refusing to remove file with wildcard: [%s] [%s:WARNING]\n", s,PROGRAM);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7100:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7100 |   printf_system_direct("ls -1 %s>%s 2>/dev/null", s, list_file);
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7101:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7101 |   list=file2list (list_file, " ");
      |                              ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* vremove3(char*, char*)’:
util_lib/util.c:7133:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 7133 | }
      | ^
util_lib/util.c: In function ‘char* vremove(char*)’:
util_lib/util.c:7136:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7136 |   if (s && getenv ("DEBUG_VREMOVE"))HERE ("!--- DEBUG VREMOVE::Remove %s", s);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int log_function(char*)’:
util_lib/util.c:7161:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7161 |       printf_system_direct ("cp %s %s", error_file, fname);
      |                             ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* prepare_cache(const char*)’:
util_lib/util.c:7187:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7187 |       cache=csprintf (cache, "%s",get_cache_4_tcoffee());
      |                              ^~~~
util_lib/util.c:7193:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7193 |       cache=csprintf ("%s/",vtmpnam(cache));
      |                       ^~~~~
util_lib/util.c:7194:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7194 |       printf_system_direct ("mkdir %s",cache);
      |                             ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7201:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7201 |       printf_system_direct ("mkdir %s",cache);
      |                             ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7205:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7205 |       cache=csprintf ( cache, "./");
      |                               ^~~~
util_lib/util.c:7209:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7209 |       if (mode[0]!='/')cache=csprintf (cache, "%s/%s/",get_pwd(NULL),mode);
      |                                               ^~~~~~~~
util_lib/util.c:7210:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7210 |       else cache=csprintf (cache, "%s/", mode);
      |                                   ^~~~~
util_lib/util.c:7213:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7213 |   cputenv ("cache_4_TCOFFEE=%s", cache);
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void update_cache()’:
util_lib/util.c:7229:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7229 |   printf_system_direct ("mv %s* %s",old_cache, get_cache_dir());
      |                         ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7230:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7230 |   printf_system_direct ("rmdir %s",old_cache);
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void ignore_cache()’:
util_lib/util.c:7241:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7241 |       printf_system_direct ("rm -r %s",get_cache_dir());
      |                             ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void valgrind_test()’:
util_lib/util.c:7255:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7255 |   HERE ("Do a VAlgrind Test");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* vfopen(char*, char*)’:
util_lib/util.c:7288:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7288 |             myexit(fprintf_error (stderr, "\nCould not fetch nefile %s -FORCED EXIT (NON INTERACTIVE MODE pid %d)\n", name_in,getpid()));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7294:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7294 |     tild_substitute (name, "~", get_home_4_tcoffee());
      |                            ^~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util.c:52:
./coffee_defines.h:398:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  398 | #define    NULL_DEVICE "/dev/null"
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7304:45: note: in expansion of macro ‘NULL_DEVICE’
 7304 |                 if ( NFP==NULL)NFP=myfopen (NULL_DEVICE, mode);
      |                                             ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7314:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7314 |           return vfopen (stdin_file, "r");
      |                                      ^~~
util_lib/util.c:7324:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7324 |                     return vfopen ( name2, "cr");
      |                                            ^~~~
util_lib/util.c:7334:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7334 |                         myexit(fprintf_error (stderr, "\nFORCED EXIT (NON INTERACTIVE MODE pid %d)\n", getpid()));
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7340:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7340 |                     return vfopen ( name, "ca");
      |                                           ^~~~
util_lib/util.c:7349:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7349 |                               myexit(fprintf_error (stderr, "\nFORCED EXIT (NON INTERACTIVE MODE pid %d)\n", getpid()));
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7359:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7359 |                              myexit(fprintf_error (stderr, "\nFORCED EXIT (NON INTERACTIVE MODE pid %d): %s %s\n", getpid(),(strcmp ( mode, "r")==0)?"READ":"WRITE", name));
      |                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int register_file4dump(char*, char*)’:
util_lib/util.c:7385:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7385 |               printf_system ("mv %s %s", file, tmp);
      |                              ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7387:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7387 |               printf_system ("mv %s %s", tmp,file);
      |                              ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* fopenN(char*, char*, int, int)’:
util_lib/util.c:7440:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7440 |       HERE ("---- failed opening: %s", fname);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* vfclose(FILE*)’:
util_lib/util.c:7468:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7468 |                myexit (fprintf_error ( stderr, "\nCould not close file properly [%s][FATAL:%s]", error,PROGRAM));
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int echo(char*, char*)’:
util_lib/util.c:7489:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7489 |     fp=vfopen ( fname, "w");
      |                        ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int file_cat(char*, char*)’:
util_lib/util.c:7500:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7500 |   if (!(fp=vfopen (to, "a")))return 0;
      |                        ^~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* display_file_content(FILE*, char*)’:
util_lib/util.c:7511:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7511 |   if ( !name || !file_exists (NULL,name) || !(fp=vfopen (name, "r")))return NULL;
      |                                                                ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char** expand_flist(char*, char**, int, int*, char*)’:
util_lib/util.c:7562:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7562 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "File %s does not exist [util.c::expand_flist]\n",file);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7564:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7564 |   fl=file2list(file, "\n");
      |                      ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int file2nlines(char*)’:
util_lib/util.c:7639:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7639 |   if (!(fp=vfopen (file, "r")))return -1;
      |                          ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char** file2lines(char*)’:
util_lib/util.c:7662:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7662 |       lines=string2list2(string, "\n");
      |                                  ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘char file2lastchar(char*)’:
util_lib/util.c:7701:48: warning: converting to non-pointer type ‘char’ from NULL [-Wconversion-null]
 7701 |   if (!name || !file_exists (NULL,name))return NULL;
      |                                                ^~~~
util_lib/util.c:7703:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7703 |   fp=vfopen (name, "r");
      |                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char file2firstchar(char*)’:
util_lib/util.c:7727:48: warning: converting to non-pointer type ‘char’ from NULL [-Wconversion-null]
 7727 |   if (!name || !file_exists (NULL,name))return NULL;
      |                                                ^~~~
util_lib/util.c:7729:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7729 |   fp=vfopen (name, "r");
      |                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* file2string(char*)’:
util_lib/util.c:7752:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7752 |   if (!(fp=vfopen (name, "tr")))return NULL;
      |                          ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int get_cl_param(int, char**, FILE**, const char*, int*, const char*, int, int, const char*, ...)’:
util_lib/util.c:7870:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7870 |                         myexit(fprintf_error ( stderr, "\n%s IS NOT A PARAMETER  OF %s [FATAL/%s %s]\n",argv[a], argv[0], argv[0], VERSION));
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7946:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7946 |            myexit(fprintf_error ( stderr, "\nWRONG PARAMETER DEFINITION %s Must Start with a dash", para_name));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:7992:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7992 |               myexit(fprintf_error ( stderr, "\nParameter %s is not optional",para_name));
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8045:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8045 |                  myexit(fprintf_error ( stderr, "\nParam %s needs a value [FATAL/%s]", para_name, argv[0]));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8060:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8060 |                         myexit(fprintf_error ( stderr, "PARAM %s: File %s does not exist [FATAL/%s]\n",para_name,string_val[a], argv[0]));
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8072:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8072 |                        myexit(fprintf_error ( stderr, "\n%s out of range [%d %d] [FATAL/%s]\n", para_name, (int)min, (int)max,argv[0]));
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8081:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8081 |                     print_array_char (stderr, pv_l, n_pv_l, " ");
      |                                                             ^~~
util_lib/util.c:8094:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8094 |                        myexit(fprintf_error ( stderr, "\n%s out of range [%f %f] [FATAL/%s]\n", para_name, (float)min, (float)max,argv[0]));
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8103:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8103 |                      print_array_char (stderr, pv_l, n_pv_l, " ");
      |                                                              ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char* vfgets(char*, FILE*)’:
util_lib/util.c:8250:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8250 |       if (buf[l-1]=='\n'){bufin=csprintf ( bufin, "%s", buf);break;}
      |                                                   ^~~~
util_lib/util.c:8251:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8251 |       tb=csprintf (tb, "%s%s", (bufin)?bufin:"",buf);
      |                        ^~~~~~
util_lib/util.c:8252:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8252 |       bufin=csprintf (bufin, "%s", tb);
      |                              ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘int token_is_in_file_n(char*, char*, int)’:
util_lib/util.c:8278:75: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8278 |   if (!token || !fname || !file_exists(NULL,fname) || !(fp=vfopen (fname, "r")))return NULL;
      |                                                                           ^~~
util_lib/util.c:8278:88: warning: converting to non-pointer type ‘int’ from NULL [-Wconversion-null]
 8278 |   if (!token || !fname || !file_exists(NULL,fname) || !(fp=vfopen (fname, "r")))return NULL;
      |                                                                                        ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* find_token_in_file(char*, FILE*, char*)’:
util_lib/util.c:8304:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8304 |   else if (!(fp=vfopen (fname, "r")))return NULL;
      |                                ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int** get_file_block_pattern(char*, int*, int)’:
util_lib/util.c:8344:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8344 |         fp=vfopen (fname, "r");
      |                           ^~~
util_lib/util.c:8375:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8375 |         fp=vfopen (fname, "r");
      |                           ^~~
util_lib/util.c:8389:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8389 |                       free_char (get_list_of_tokens (line, " \t\n*:,", &x), -1);
      |                                                            ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8391:93: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8391 |                       if ( l[n_blocks[0]][0]> max_block_size)myexit(fprintf_error ( stderr, "\nERROR %d", l[n_blocks[0]][0]));
      |                                                                                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* strip_file_from_comments(char*, char*)’:
util_lib/util.c:8419:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8419 |   fp1=vfopen (in_file , "r");
      |                         ^~~
util_lib/util.c:8420:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8420 |   fp2=vfopen (out_file, "w");
      |                         ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int check_for_update(char*)’:
util_lib/util.c:8468:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8468 |   fp=vfopen ( file, "r");
      |                     ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int check_environement_variable_is_set(char*, char*, int)’:
util_lib/util.c:8502:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8502 |       myexit(fprintf_error ( stderr, "\nERROR: You must set %s\n%s %s", variable, description, description));
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8505:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8505 |         myexit(fprintf_error ( stderr, "\n[%s:FATAL]\n", PROGRAM));
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8509:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8509 |         add_warning ( stderr, "[%s:WARNING]\n", PROGRAM);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int url2file(char*, char*)’:
util_lib/util.c:8517:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8517 |   if      (check_program_is_installed ("wget",NULL, NULL,WGET_ADDRESS, IS_NOT_FATAL))
      |                                        ^~~~~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util.c:52:
./programmes_define.h:432:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  432 | #define WGET_ADDRESS "http://www.gnu.org/software/wget/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:432:22: note: in definition of macro ‘WGET_ADDRESS’
  432 | #define WGET_ADDRESS "http://www.gnu.org/software/wget/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8518:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8518 |     printf_system( "wget \'%s\' -O%s >/dev/null 2>/dev/null", address, out);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8519:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8519 |   else if (check_program_is_installed ("curl",NULL, NULL,CURL_ADDRESS, IS_NOT_FATAL))
      |                                        ^~~~~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util.c:52:
./programmes_define.h:435:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  435 | #define CURL_ADDRESS "http://curl.haxx.se/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8519:58: note: in expansion of macro ‘CURL_ADDRESS’
 8519 |   else if (check_program_is_installed ("curl",NULL, NULL,CURL_ADDRESS, IS_NOT_FATAL))
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8520:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8520 |     printf_system("curl \'%s\' -o%s >/dev/null 2>/dev/null", address, out);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8523:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8523 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Impossible to fectch external file: Neither wget nor curl is installed on your system [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int wget(char*, char*)’:
util_lib/util.c:8532:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8532 |   return printf_system ( "wget %s -O%s >/dev/null 2>/dev/null", address, out);
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int curl(char*, char*)’:
util_lib/util.c:8537:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8537 |   return printf_system ( "curl %s -o%s >/dev/null 2>/dev/null", address, out);
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int check_program_is_installed(char*, char*, char*, char*, int)’:
util_lib/util.c:8621:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8621 |                HERE ("************** %s is missing from your system. T-Coffee will make an attempt to install it.\n", program_name);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8622:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8622 |                install=printf_system ("install.pl %s -plugins=%s -clean", program_name, get_plugins_4_tcoffee());
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8631:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8631 |            if (fatal) fprintf_error ( stderr, "\n#ERROR [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* display_output_filename(FILE*, char*, char*, char*, int)’:
util_lib/util.c:8652:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8652 |   register_file4dump(name, "w");
      |                            ^~~
util_lib/util.c:8688:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8688 |                add_warning( io, "\t#### File Type= %-15s Format= %-15s Name= %s | NOT PRODUCED [WARNING:%s:%s]\n",type, format, name, PROGRAM, VERSION );
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int file_exists(char*, char*)’:
util_lib/util.c:8732:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8732 |   else if (path)file=csprintf (file, "%s/%s", path,fname);
      |                                      ^~~~~~~
util_lib/util.c:8733:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8733 |   else file=csprintf (file, "%s",fname);
      |                             ^~~~
util_lib/util.c: In function ‘FILE* get_stdout1(char*)’:
util_lib/util.c:8761:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8761 |       fp=vfopen (name, "w");
      |                        ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int iswdir(char*)’:
util_lib/util.c:8783:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8783 |   f=csprintf (f,"%s/test%d",p, rand()%100000);
      |                 ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int rrmdir(char*)’:
util_lib/util.c:8802:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8802 |   if (isdir(s))return printf_system_direct ("rm -r %s", s);
      |                                             ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* ls_l(char*, char*)’:
util_lib/util.c:8837:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8837 |   printf_system_direct ("ls -l %s%s%s >%s 2>/dev/null",(path!=NULL)?path:"", (path!=NULL)?"/":"",file, tmpfile);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8839:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8839 |   fp=vfopen (tmpfile, "r");
      |                       ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int my_rmdir(char*)’:
util_lib/util.c:8858:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8858 |  tild_substitute ( dir, "~",get_home_4_tcoffee());
      |                         ^~~
util_lib/util.c:8863:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8863 |      if ( strstr (dir, "tco"))printf_system_direct ( "rm -rf %s", dir);
      |                                                      ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:8864:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8864 |      else add_warning(stderr,"Directory %s could not be removed - it does not contain the string 'tco'", dir);          }
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int my_mkdir(char*)’:
util_lib/util.c:8881:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8881 |   tild_substitute ( dir, "~",get_home_4_tcoffee());
      |                          ^~~
util_lib/util.c:8903:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8903 |                   myexit(fprintf_error ( stderr, "Could not access created dir %s [FATAL:%s]", dir,PROGRAM));
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* check_file_exists(char*)’:
util_lib/util.c:8963:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8963 |         sprintf ( fname1, "%s", fname_in);tild_substitute (fname1, "~", get_home_4_tcoffee());
      |                                                                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘void delete_file(char*)’:
util_lib/util.c:8994:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8994 |         printf_system_direct ("rm %s", fname);
      |                               ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int util_rename(char*, char*)’:
util_lib/util.c:9009:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9009 |                 fp_from=vfopen ( from, "r");
      |                                        ^~~
util_lib/util.c:9010:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9010 |                 fp_to=vfopen ( to, "w");
      |                                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int util_copy(char*, char*)’:
util_lib/util.c:9035:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9035 |                 fp_from=vfopen ( from, "r");
      |                                        ^~~
util_lib/util.c:9036:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9036 |                 fp_to=vfopen ( to, "w");
      |                                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘void* null_function(int, ...)’:
util_lib/util.c:9128:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9128 |   myexit(fprintf_error ( stderr, "\n[ERROR] Attempt to use the Null Function [FATAL:%s]", PROGRAM));
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘float M_chooses_Nlog(int, int)’:
util_lib/util.c:9233:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9233 |       myexit(fprintf_error ( stderr, "\nERROR: M chosses N out of bounds ( M>N) [FATAL:%s]", PROGRAM));
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘float factorial_log(int, int)’:
util_lib/util.c:9253:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9253 |        fprintf_error ( stderr, "\nERROR: factorial log out of bounds (%d %d) [FATAL:%s]",start, end, PROGRAM);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘double M_chooses_N(int, int)’:
util_lib/util.c:9290:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9290 |       fprintf_error ( stderr, "\nERROR: M chosses N out of bounds ( M>N) [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:9299:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9299 |       fprintf_error ( stderr, "\nERROR: M chosses N out of bounds ( N>50). Use log space [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘double factorial(int, int)’:
util_lib/util.c:9309:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9309 |         fprintf_error ( stderr, "\nERROR: Negative Factorial [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int my_vsscanf(char*, char*, va_list)’:
util_lib/util.c:9487:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9487 |                                  buf = strscn(buf, "1234567890-+");
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:9512:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9512 |                                  buf = strscn(buf, "1234567890");
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:9538:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9538 |                                  buf = strscn(buf, "1234567890xabcdefABCDEF");
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:9566:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9566 |                                  buf = strscn(buf, "1234567890.e+-");
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int my_isnumber(char, int)’:
util_lib/util.c:9691:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9691 |          static char *digits = "0123456789ABCDEF";
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int file2diff(char*, char*)’:
util_lib/util.c:9723:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9723 |   fp1=vfopen (file1, "r");
      |                      ^~~
util_lib/util.c:9726:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9726 |   fp2=vfopen (file2, "r");
      |                      ^~~
util_lib/util.c: In function ‘long unsigned int hash_file(char*)’:
util_lib/util.c:9759:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9759 |       fp=vfopen (file, "r");
      |                        ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int** generate_array_int_list(int, int, int, int, int*, char*)’:
util_lib/util.c:9777:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9777 |          fp=vfopen (file, "w");
      |                           ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char*** generate_array_string_list(int, char***, int*, int*, char*, int)’:
util_lib/util.c:9837:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9837 |          fp=vfopen (file, "w");
      |                           ^~~
util_lib/util.c: In function ‘char** standard_initialisation(char**, int*)’:
util_lib/util.c:10041:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10041 |       out_argv=break_list ( in_argv, in_argc, "=;, \n");
      |                                               ^~~~~~~~
util_lib/util.c:10042:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10042 |       s=list2string2 (out_argv, in_argc[0], " ");
      |                                             ^~~
util_lib/util.c:10059:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10059 |       file_putenv ("/usr/local/t_coffee/.t_coffee_env");//make sure child processes do not update env
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10062:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10062 |       file_putenv ("./.t_coffee_env");
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10069:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10069 |   cputenv ("HOME_4_TCOFFEE=%s",get_home_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10070:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10070 |   cputenv ("DIR_4_TCOFFEE=%s",get_dir_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10071:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10071 |   cputenv ("TMP_4_TCOFFEE=%s",get_tmp_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10072:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10072 |   cputenv ("CACHE_4_TCOFFEE=%s",get_cache_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10073:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10073 |   cputenv ("MCOFFEE_4_TCOFFEE=%s",get_mcoffee_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10074:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10074 |   cputenv ("METHODS_4_TCOFFEE=%s",get_methods_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10075:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10075 |   cputenv ("PLUGINS_4_TCOFFEE=%s",get_plugins_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10076:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10076 |   cputenv ("LOCKDIR_4_TCOFFEE=%s",get_lockdir_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10077:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10077 |   cputenv ("ERRORFILE_4_TCOFFEE=t_coffee.ErrorReport");
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10085:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10085 |   if (!getenv ("ENV_4_TCOFFEE"))cputenv ("ENV_4_TCOFFEE=%s/.t_coffee_env", get_dir_4_tcoffee());
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10086:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10086 |   cputenv ("UPDATED_ENV_4_TCOFFEE=1");
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10090:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10090 |   lock(getpid(),LLOCK, LRESET, "%d\n",getppid());//set the main lock
      |                                ^~~~~~
util_lib/util.c:10091:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10091 |   if (is_shellpid(getppid()))lock(getppid(),LLOCK, LSET, "%d\n",getpid());//update parent lock when parent is shell
      |                                                          ^~~~~~
util_lib/util.c:10095:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10095 |   if (!getenv ("USE_MAFFT_FROM_PLUGINS") && check_file_exists ("/usr/local/bin/mafft"))
      |                                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10097:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10097 |       if (getenv ("DEBUG_MAFFT")){add_warning(stderr ,"MAFFT: NATIVE\n");}
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10098:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10098 |       cputenv4pathFirst ("/usr/local/bin/");
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10103:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10103 |       if (getenv ("DEBUG_MAFFT")){add_warning (stderr, "MAFFT: use special path provided via [MAFFT_PATH]: %s \n",getenv ("MAFFT_PATH"));}
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10108:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10108 |       if (getenv ("DEBUG_MAFFT")){add_warning (stderr, "MAFFT: MAFFT_BINARIES was set to [%s] ---> UNSET\n",getenv ("MAFFT_BINARIES"));}
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10114:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10114 |       if (getenv ("DEBUG_MAFFT")){add_warning (stderr ,"MAFFT: NO_MAFFT_BINARIES: MAFFT_BINARIES=""\n");}
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10115:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10115 |       add_warning (stderr,"NO_MAFFT_BINARIES is set");
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10116:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10116 |      cputenv ( "MAFFT_BINARIES=%s","");
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10120:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10120 |       if (getenv ("DEBUG_MAFFT")){add_warning (stderr, "MAFFT: MAFFT_BINARIES=%s\n", getenv ("MAFFT_BINARIES"));}
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10121:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10121 |       add_warning (stderr,"MAFFT_BINARIES value preset to: %s", getenv ("MAFFT_BINARIES"));
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10125:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10125 |       if (getenv ("DEBUG_MAFFT")){add_warning (stderr, "MAFFT: maosx set, set MAFFT_BINARIES=""\n");}
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10126:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10126 |       cputenv ( "MAFFT_BINARIES=%s","");  //
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10130:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10130 |       if (getenv ("DEBUG_MAFFT")){add_warning (stderr, "MAFFT: default, use plugins, set MAFFT_BINARIES=%s\n", get_plugins_4_tcoffee());}
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10131:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10131 |       cputenv ( "MAFFT_BINARIES=%s",get_plugins_4_tcoffee());
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10164:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10164 |                   printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "ERROR: Attempt to get more than one file via pipe [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void error_exit(int)’:
util_lib/util.c:10191:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10191 |    lock (getpid(), LERROR, LSET, "%d -- ERROR: COREDUMP: %s %s (%s)\n",getpid(), PROGRAM, VERSION, BUILD_INFO );
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘void clean_exit()’:
util_lib/util.c:10216:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10216 |       else trash=csprintf (trash, "%s/.Trash", getenv("HOME"));
      |                                   ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10221:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10221 |           if (getenv("DEBUG_4_TCOFFEE"))add_warning (stderr, "Cannot use Trash path: %s -- set the path using TRASH_4_TCOFFEE=[valid/path] -- will clean tmp files", trash);
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10233:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10233 |       lock (getpid(), LERROR, LSET, "%d -- STACK: %d -> %d -- %s %s (%s)\n", getpid(), getppid(), getpid(), PROGRAM, VERSION, BUILD_INFO);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10234:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10234 |       lock (getpid(), LERROR, LSET, "%d -- COM: %s\n",getpid(),in_cl );
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10279:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10279 |       dump_io (get_string_variable ("dump"), "standard dump");
      |                                     ^~~~~~
util_lib/util.c:10279:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10279 |       dump_io (get_string_variable ("dump"), "standard dump");
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10281:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10281 |       lock (getpid(), LLOCK, LRELEASE, "");
      |                                        ^~
util_lib/util.c:10282:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10282 |       lock (getpid(), LWARNING, LRELEASE, "");
      |                                           ^~
util_lib/util.c:10283:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10283 |       lock (getpid(), LERROR, LRELEASE, "");
      |                                         ^~
util_lib/util.c:10295:95: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10295 |       if (is_rootpid() && isdir(get_tmp_4_tcoffee()) && iswdir(trash) ) printf_system_direct ("mv %s %s", get_tmp_4_tcoffee(), trash);
      |                                                                                               ^~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int cputenv4pathFirst(char*)’:
util_lib/util.c:10341:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10341 |       cputenv ("PATH=%s:%s", p, getenv("PATH"));
      |                ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int cputenv4pathLast(char*)’:
util_lib/util.c:10354:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10354 |       cputenv ("PATH=%s:%s",getenv("PATH"),p);
      |                ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int cputenv4path(char*)’:
util_lib/util.c:10368:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10368 |       cputenv ("PATH=%s:%s", p, getenv("PATH"));
      |                ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int string_putenv(char*)’:
util_lib/util.c:10402:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10402 |           else cputenv ( "%s=%s", v1, v2);
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:10417:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10417 |           else cputenv ( "%s=%s", v1, v2);
      |                          ^~~~~~~
util_lib/util.c:10426:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10426 |       cputenv ("PROXY_4_TCOFFEE=%s",v1);
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10434:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10434 |       cputenv ("EMAIL_4_TCOFFEE=%s", v1);
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10440:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10440 |       cputenv ("PROXY_4_TCOFFEE=%s", v1);
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* file_putenv(char*)’:
util_lib/util.c:10460:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10460 |   list=file2list (file, "\n=");
      |                         ^~~~~
util_lib/util.c:10470:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10470 |               cputenv ( "PATH=%s:%s",list[n][2], getenv ("PATH"));
      |                         ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c:10476:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10476 |               cputenv("%s=%s", list[n][1],list[n][2]);
      |                       ^~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘char* bachup_env(char*, char*)’:
util_lib/util.c:10499:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10499 |       printf_system_direct ("/usr/bin/env > %s", f);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int km_file2dim(char*, int*, int*, int*)’:
util_lib/util.c:10595:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10595 |   fp=vfopen (file, "r");
      |                    ^~~
util_lib/util.c:10606:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10606 |   fp=vfopen (file, "r");
      |                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘double** km_read_data(char*, int, int, int, char**)’:
util_lib/util.c:10651:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10651 |   fp=vfopen (file, "r");
      |                    ^~~
util_lib/util.c: In function ‘void km_output_data(double**, int, int, int, char*, char*)’:
util_lib/util.c:10690:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10690 |   else out=vfopen (outfile, "w");
      |                             ^~~
util_lib/util.c:10691:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10691 |   in=vfopen (infile, "r");
      |                      ^~~
util_lib/util.c: In function ‘int mat2process(int, char**)’:
util_lib/util.c:11146:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11146 |           mat[a][b-1]=file2list(exp[b], " ");
      |                                         ^~~
util_lib/util.c:11182:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11182 |       output_completion (stderr,curr,max,1, "Completed");
      |                                             ^~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int set_verbose(int)’:
util_lib/util.c:11225:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
11225 | }
      | ^
util_lib/util.c: In function ‘char* get_pwd(char*)’:
util_lib/util.c:2432:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 2432 | }
      | ^
util_lib/util.c: In function ‘int printf_system_direct_check(char*, ...)’:
util_lib/util.c:4546:19: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 4546 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Could not run %s\n", buf);
      |       ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int get_cl_param(int, char**, FILE**, const char*, int*, const char*, int, int, const char*, ...)’:
util_lib/util.c:7902:9: warning: second parameter of ‘va_start’ not last named argument [-Wvarargs]
 7902 |         va_start (ap, usage);
      |         ^~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int check_internet_connection(int)’:
util_lib/util.c:8561:10: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 8561 |   myexit (EXIT_FAILURE);
      |   ~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util.c: In function ‘int km_main(int, char**)’:
util_lib/util.c:10569:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
10569 | }
      | ^
 CC util_lib/aln_convertion_util.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Constraint_list* seq2contacts(Sequence*, Sequence*, Constraint_list*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:59:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   59 |   cputenv ("SEQ2TEMPLATE4_F_=%s",(mode)?mode:"RNAplfold");
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:60:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   60 |   cputenv ("PDB2TEMPLATE4_F_=no");
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:62:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   62 |   if (seq2n_template (S, "_P_")==S->nseq)return CL;
      |                          ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:63:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   63 |   else if (strm (mode,"RNAplfold") || !mode)S=seq2template_seq (S,"RNA", NULL);
      |                                                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:65:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   65 |   else printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "+seq2contact %s: unknown mode [FATAL]", mode);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Constraint_list* pdb2contacts(Sequence*, Sequence*, Constraint_list*, char*, char*, float)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:78:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   78 |       if (!T)printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "pdb2contact requires a PDB template  [FATAL]");
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:91:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   91 |       cputenv ("SEQ2TEMPLATE4_F_=no");
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:92:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   92 |       cputenv ("PDB2TEMPLATE4_F_=%s", contact_type);
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:104:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  104 |       S=seq2template_seq (S,"RNA", NULL);
      |                             ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:109:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  109 |       printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "+pdb2contact %s: is only compatible with RNA [FATAL]", contact_type);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:113:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  113 |       printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "+pdb2contact %s: unknown contact_type [FATAL]",contact_type );
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int vienna2template_file(char*, Sequence*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:126:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  126 |   fpout=vfopen (outfile,"w");
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:141:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  141 |           fp=vfopen (seq, "w");
      |                           ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:145:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  145 |           fp=vfopen (str, "w");
      |                           ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Constraint_list* vienna2tc_lib(char*, Sequence*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:187:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  187 |   fp=vfopen (outfile, "w");
      |                       ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:214:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  214 |       printf_system ("cp %s %s", outfile, out);
      |                      ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* trim_RNA(Alignment*, Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:248:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  248 |   fp=vfopen (aln, "w");
      |                   ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:256:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  256 |           HERE ("%s %d", RNA->name[s],SC->score_seq[s]);
      |                 ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* sp3_evaluate(Alignment*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:290:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  290 |       HERE ("sp3_evaluate requires an RNA secondary structure via -in2");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2alifold(Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:590:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  590 |   printf_system ("RNAalifold %s >%s 2>/dev/null", tmp1, tmp2);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* alifold2analyze(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:683:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  683 |             output_color_ps (A, C, "stdout");
      |                                    ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:685:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  685 |             output_color_html (A, C, "stdout");
      |                                      ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* score_aln2score_ascii_aln(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1052:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1052 |         if ( !strm (A->name[a], C->name[a])){HERE ("Unsorted aln in score_aln2score_ascii"); myexit (EXIT_FAILURE);}
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int* get_res_index(char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1304:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1304 |       A=align_two_sequences (seq0,seq1,"pam250mt",-5,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                        ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1304:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1304 |       A=align_two_sequences (seq0,seq1,"pam250mt",-5,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int change_residue_coordinate(char*, char*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1348:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1348 |       A=align_two_sequences (seq1,seq2,"pam250mt", -14, -2, "myers_miller_pair_wise");
      |                                        ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1348:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1348 |       A=align_two_sequences (seq1,seq2,"pam250mt", -14, -2, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* seq2alphabet(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1440:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1440 |   return array2alphabet (S->seq, S->nseq, "");
      |                                           ^~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘double* seq2swv(char*, char**, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1494:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1494 |   static int **matrix=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘double* seq2swr(char*, char**, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1508:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1508 |   static int **matrix=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* aln2alphabet(Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1583:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1583 |   return array2alphabet (A->seq_al, A->nseq, "");
      |                                              ^~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* alnpos2hmmtop_pred(Alignment*, Alignment*, int, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1654:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1654 |   if (tot==0) return "";
      |                      ^~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* seq2tmstruc(char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1696:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1696 |      fp=vfopen (seqfile, "w");
      |                          ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1701:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1701 |      printf_system ( "fasta_seq2hmmtop_fasta.pl -in=%s -out=%s -arch=%s/%s -psv=%s/%s", seqfile, predfile, get_mcoffee_4_tcoffee(), "hmmtop.arch", get_mcoffee_4_tcoffee(), "hmmtop.psv");
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘void set_blast_default_values()’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1713:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1713 |   set_string_variable ("blast_server", const_cast<char*>( (getenv ("blast_server_4_TCOFFEE"))?getenv ("blast_server_4_TCOFFEE"):"EBI") );
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1714:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1714 |   set_string_variable ("pdb_db", const_cast<char*>( (getenv ("pdb_db_4_TCOFFEE"))?getenv ("pdb_db_4_TCOFFEE"):"pdb") );
      |                        ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1715:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1715 |   set_string_variable ("prot_db", const_cast<char*>( (getenv ("protein_db_4_TCOFFEE"))?getenv ("protein_db_4_TCOFFEE"):"uniprot") );
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1717:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1717 |   set_int_variable ("prot_min_sim", 0);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1718:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1718 |   set_int_variable ("prot_max_sim", 100);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1720:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1720 |   set_int_variable ("prot_min_cov", 0);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1721:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1721 |   set_int_variable ("prot_max_cov", 100);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1723:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1723 |   set_int_variable ("pdb_min_sim", 0);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1724:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1724 |   set_int_variable ("pdb_max_sim", 100);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1725:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1725 |   set_int_variable ("pdb_min_cov", 0);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1726:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1726 |   set_int_variable ("pdb_max_cov", 100);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* seq2pdb(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1736:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1736 |   S=seq2template_seq (S, "PDB", NULL);
      |                          ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2blast(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1784:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1784 |   if (getenv("protein_db_4_TCOFFEE"))db=csprintf (db, "%s", getenv("protein_db_4_TCOFFEE"));
      |                                                       ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1785:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1785 |   if (!getenv("protein_db_4_TCOFFEE"))myexit(fprintf_error (stderr,"Database has not been set for Blast"));
      |                                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1786:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1786 |   if (!isfile(db))myexit(fprintf_error (stderr,"Database %s not available",db));
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1797:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1797 |       outdir=csprintf (outdir, "%s", getenv("cache_4_TCOFFEE"));
      |                                ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1798:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1798 |       if (outdir[0]!='/')outdir=csprintf (outdir, "./%s", getenv("cache_4_TCOFFEE"));
      |                                                   ^~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1800:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1800 |   else  outdir=csprintf (outdir, "./");
      |                                  ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1809:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1809 |       sname=clean_sname(csprintf (sname, "%s", S->name[a]));
      |                                          ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1810:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1810 |       in=csprintf (in,"%s/%s.blastp.%s.LOCAL.%d.tmp", outdir,sname,dbn,num_iterations);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1811:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1811 |       inz=csprintf (inz, "%s.gz", in);
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1833:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1833 |       FILE *fp=vfopen  (tmp, "w");
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1846:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1846 |           vfclose(vfopen (pid_tmpfile[a],"w"));
      |                                          ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1848:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1848 |           fp=vfopen (blist[npid], "w");
      |                                   ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1876:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1876 |               S->blastfile[i]=csprintf (S->blastfile[i], "%s", S2->seq_comment[b]);
      |                                                          ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1877:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1877 |               S->seq_comment[i] =strcatf (S->seq_comment[i], " _BLAST_ %s", S2->seq_comment[b]);
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1878:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1878 |               S->aln_comment[i] =strcatf (S->aln_comment[i], " _BLAST_ %s", S2->seq_comment[b]);
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2blast_thread(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:1920:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1920 |   if (getenv("protein_db_4_TCOFFEE"))db=csprintf (db, "%s", getenv("protein_db_4_TCOFFEE"));
      |                                                       ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1921:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1921 |   if (!getenv("protein_db_4_TCOFFEE"))myexit(fprintf_error (stderr,"Database has not been set for Blast"));
      |                                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1922:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1922 |   if (!isfile(db))myexit(fprintf_error (stderr,"Database %s not available",db));
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1933:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1933 |       outdir=csprintf (outdir, "%s", getenv("cache_4_TCOFFEE"));
      |                                ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1934:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1934 |       if (outdir[0]!='/')outdir=csprintf (outdir, "./%s", getenv("cache_4_TCOFFEE"));
      |                                                   ^~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1936:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1936 |   else  outdir=csprintf (outdir, "./");
      |                                  ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1947:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1947 |       sname=clean_sname(csprintf (sname, "%s", S->name[a]));
      |                                          ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1948:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1948 |       S->file[a]=csprintf (S->file[a],"%s/%s.blastp.%s.LOCAL.%d.infile.tmp", outdir,sname,dbn,num_iterations);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1949:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1949 |       in=S->blastfile[a]=csprintf (S->blastfile[a],"%s/%s.blastp.%s.LOCAL.%d.tmp", outdir,sname,dbn,num_iterations);
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1950:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1950 |       inz=csprintf (inz, "%s.gz",in);
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1972:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1972 |   fp=vfopen ( FullSeqF, "w");
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1983:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1983 |   printf_system ("psiblast -db %s -query %s -num_iterations %d -out %s -outfmt %d", db, FullSeqF, num_iterations, FullBlastF, outfmt);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1985:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1985 |   fp=vfopen (FullBlastF, "r");
      |                          ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1988:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1988 |   footer=csprintf (NULL, "</BlastOutput_iterations>\n</BlastOutput>\n");
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1995:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1995 |           HERE ("...Skip %s", S->name[a]);
      |                 ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:1998:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1998 |       lheader=csprintf (lheader, "%s", header);
      |                                  ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2002:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2002 |           ilen=csprintf (ilen,"<BlastOutput_query-len>%d</BlastOutput_query-len>", strlen (S->seq[0]));
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2003:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2003 |           olen=csprintf (olen,"<BlastOutput_query-len>%d</BlastOutput_query-len>", strlen (S->seq[a]));
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2006:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2006 |       string2file(S->file[a],"w", ">A\n%s\n", S->seq[a]);//Note: name is removed
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2006:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2006 |       string2file(S->file[a],"w", ">A\n%s\n", S->seq[a]);//Note: name is removed
      |                                   ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2007:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2007 |       out=vfopen (S->blastfile[a], "w");
      |                                    ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2019:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2019 |           printf_system_direct ("gzip %s", (S->file[a]));
      |                                 ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2020:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2020 |           printf_system_direct ("gzip %s", (S->blastfile[a]));
      |                                 ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2prf(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:2055:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2055 |   else psitrim_mode=csprintf (psitrim_mode, "regtrim");
      |                                             ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2058:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2058 |   else psitrim_tree=csprintf (psitrim_tree, "codns");
      |                                             ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2066:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2066 |       outdir=csprintf (outdir, "%s", getenv("cache_4_TCOFFEE"));
      |                                ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2067:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2067 |       if (outdir[0]!='/')outdir=csprintf (outdir, "./%s", getenv("cache_4_TCOFFEE"));
      |                                                   ^~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2069:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2069 |   else  outdir=csprintf (outdir, "./");
      |                                  ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2074:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2074 |       sname=clean_sname(csprintf (sname, "%s", S->name[a]));
      |                                          ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2075:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2075 |       prfF=csprintf (prfF, "%s/%s.prf", outdir,sname);
      |                            ^~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2076:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2076 |       S->seq_comment[a]=strcatf(S->seq_comment[a], " _R_ %s ", prfF);
      |                                                    ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2077:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2077 |       S->aln_comment[a]=strcatf(S->aln_comment[a], " _R_ %s ", prfF);
      |                                                    ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2078:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2078 |       string2file (seqF,"w", ">%s\n%s\n", S->name[a], S->seq[a]);
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2078:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2078 |       string2file (seqF,"w", ">%s\n%s\n", S->name[a], S->seq[a]);
      |                              ^~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2079:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2079 |       printf_system ("tc_generic_method.pl -mode=blast2prf -infile=%s -seqfile=%s -outfile=%s -minid=%d -maxid=%d -mincov=%d -trim=%d", S->blastfile[a], seqF, prfF, prot_min_sim, prot_max_sim, prot_min_cov, psitrim);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2unique_name_seq(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:2094:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2094 |       add_warning ( stderr, "Sequence %s is duplicated in file %s. The sequence will be renamed", S->name[a-1], S->file[a-1]);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2unique_name_aln(Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:2103:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2103 |       add_warning ( stderr, "Sequence %s is duplicated in file %s. The sequence will be renamed", S->name[a-1], S->file[a-1]);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int name_list2unique_name_list(int, char**)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:2129:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2129 |       fp=vfopen (tmp1, "w");
      |                        ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:2132:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2132 |       printf_system ("fasta_aln2fasta_aln_unique_name.pl %s > %s", tmp1, tmp2);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* probabilistic_rm_aa(Alignment*, int, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:2744:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2744 |               add_warning ( stderr, "probabilistic_rm_aa, pos out of range [%s]\n", PROGRAM);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* ungap_fastaF_big(char*, char*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3119:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3119 |        fp=vfopen (tmp, "w");
      |                        ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3150:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3150 |       fp=vfopen (tmp, "w");
      |                       ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3168:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3168 |   printf_system ("mv %s %s", tmp, out);
      |                  ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* seq2aln(Sequence*, Alignment*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3411:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3411 |                 A->seq_comment[a]=csprintf ( A->seq_comment[a], "%s", S->seq_comment[a]);
      |                                                                 ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3412:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3412 |                 A->aln_comment[a]=csprintf ( A->aln_comment[a], "%s", S->aln_comment[a]);
      |                                                                 ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3414:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3414 |                 A->name[a]=csprintf ( A->name[a], "%s", S->name[a]);
      |                                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3415:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3415 |                 A->seq_al[a]=csprintf ( A->seq_al[a], "%s", S->seq[a]);
      |                                                       ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3421:88: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3421 |                 if ( rm_gap==0 || rm_gap==NO_PAD)A->seq_al[a]=csprintf ( A->seq_al[a], "%s", S->seq[a]);
      |                                                                                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* msaF2fastaF(char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3466:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3466 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int trim_fastaF_big(char*, char*, char*, char*, long int**, long int**)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3509:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3509 |       name[a]=csprintf(name[a],"%s",FastaRecord2name(file2record_it(in1,a,map1)));
      |                                ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3512:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3512 |   fp=(out2)?vfopen (out2, "w"):NULL;
      |                           ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3528:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3528 |   fp=(out1)?vfopen (out1, "w"):NULL;
      |                           ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3547:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3547 |   if (nout1)printf_system ("mv %s %s", out1, nout1);
      |                            ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3548:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3548 |   if (nout2)printf_system ("mv %s %s", out2, nout2);
      |                            ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* trim_aln_with_seq(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3561:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3561 |   A=align_two_aln (S,P, "blosum62mt",-8,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                         ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3561:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3561 |   A=align_two_aln (S,P, "blosum62mt",-8,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* aln2seq_main(Alignment*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3664:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3664 |             S->seq[a]=csprintf (S->seq[a], "%s", A->seq_al[a]);
      |                                            ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3665:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3665 |             S->name[a]=csprintf (S->name[a], "%s", A->name[a]);
      |                                              ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3666:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3666 |             S->seq_comment[a]=csprintf (S->seq_comment[a], "%s", A->aln_comment[a]);
      |                                                            ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3667:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3667 |             S->aln_comment[a]=csprintf (S->aln_comment[a], "%s", A->aln_comment[a]);
      |                                                            ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:3671:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3671 |             S->file[a]=csprintf(S->file[a],"%s", A->file[a]);
      |                                            ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* STseq2STaln(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3804:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3804 |                               printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Sequence %s has different length in the alignment and in the  structure Alignment [FATAL:%s]\n", A->name[a], PROGRAM);
      |                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* merge_annotation(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:3825:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3825 |       printf_exit(EXIT_FAILURE,stderr,"%s is not in your MSA [FATAL: %s]", PROGRAM);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘float search_best_combo(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:4134:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4134 |       printf_system ( "cp %s testfile", tmpf);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4136:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4136 |       fp=vfopen (tmpf, "r");
      |                        ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4188:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4188 |   HERE ("***************");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4189:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4189 |   fp2=vfopen ("aln.aln", "w");
      |               ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4189:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4189 |   fp2=vfopen ("aln.aln", "w");
      |                          ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4197:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4197 |   HERE ("Output aln.aln");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4216:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4216 |           if (!M)M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4275:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4275 |       fp2=vfopen ("compound.fasta", "w");
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4275:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4275 |       fp2=vfopen ("compound.fasta", "w");
      |                                     ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4350:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4350 |           simI=aln2sim (AI, "blosum62mt"); simO=aln2sim (AO, "blosum62mt");
      |                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4350:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4350 |           simI=aln2sim (AI, "blosum62mt"); simO=aln2sim (AO, "blosum62mt");
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4364:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4364 |       HERE ("OUTPUT compound.fasta");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4387:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4387 |   HERE ("Delta= %d", delta);
      |         ^~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘void count_misc(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:4531:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4531 |       if (!M)M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                              ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* dna_aln2cons_seq(Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:4631:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4631 |             A->P=declare_profile( "agct-",MAX_EST_SIZE);
      |                                   ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2conservation(Alignment*, int, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:4875:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4875 |   sim=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4879:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4879 |   if ( i==-1) {HERE ("%s is an unknown:sequence [FATAL]"); myexit (EXIT_FAILURE);}
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:4928:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 4928 | }
      | ^
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* aln2cons_seq_cov(Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:4995:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4995 |           printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nCould not Build profile consensus::aln2cons_seq_cov [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int seq_list2in_file(TC_method*, Sequence*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5080:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5080 |           fp=vfopen ( file, "w");
      |                             ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5086:49: warning: unknown escape sequence: '\M'
 5086 |               printf_exit( EXIT_FAILURE,stderr, "\Mixed seq_type not supported for external methods\n[FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5086:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
util_lib/aln_convertion_util.c:5102:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5102 |                   fp2=vfopen (T->template_file, "r");
      |                                                 ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int seq_list2fasta_file(Sequence*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5137:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5137 |             fp=vfopen ( file, "w");
      |                               ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* extract_one_seq(char*, int, int, Alignment*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5516:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5516 |          fp=vfopen ( name, "w");
      |                            ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* aln_column2string(Alignment*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5567:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5567 |         HERE ("ERROR: index (p=%d) loger than aln (l=%d) [FATAL]", p, A->len_aln);
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int** fix_seq_seq(Sequence*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5627:136: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5627 |           B=align_two_sequences (S0->seq[s0], Sx->seq[i], const_cast<char*>( (strm(S0->type, "PROTEIN"))?"blosum62mt":"idmat"), -4,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5637:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5637 |           if (aln2sim(B, "idmat")<20) add_warning (stderr,"Unreliable reconciliation for sequence %s. If it is a PDB, check source file", S0->name[s0]);
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5637:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5637 |           if (aln2sim(B, "idmat")<20) add_warning (stderr,"Unreliable reconciliation for sequence %s. If it is a PDB, check source file", S0->name[s0]);
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* fix_aln_seq(Alignment*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5712:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5712 |                            B=align_two_sequences (buf2,buf1,"blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5712:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5712 |                            B=align_two_sequences (buf2,buf1,"blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* add_prf2seq(char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5792:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5792 |             sprintf ( new_seq[0], "%s",aln2cons_seq_mat(A, "blosum62mt"));
      |                                                            ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* add_sequence(Sequence*, Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:5876:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5876 |           add_warning (stderr, "DISCREPANCY:%s in [%s] and  [%s]\n", IN->name[i], IN->file[i], OUT->file[s]);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5879:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5879 |           if (((buf=build_consensus(IN->seq[i], OUT->seq[s],"cfasta_pair_wise" ))!=NULL) || ((buf=build_consensus(IN->seq[i], OUT->seq[s],"myers_miller_pair_wise" ))!=NULL))
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5879:139: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5879 |           if (((buf=build_consensus(IN->seq[i], OUT->seq[s],"cfasta_pair_wise" ))!=NULL) || ((buf=build_consensus(IN->seq[i], OUT->seq[s],"myers_miller_pair_wise" ))!=NULL))
      |                                                                                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5894:73: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5894 |               print_aln ( align_two_sequences (IN->seq[i], OUT->seq[s], "idmat", 0, 0, "fasta_pair_wise"));
      |                                                                         ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:5894:88: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5894 |               print_aln ( align_two_sequences (IN->seq[i], OUT->seq[s], "idmat", 0, 0, "fasta_pair_wise"));
      |                                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* template_file2abs_template_file(char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6106:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6106 |   l=file2list(name, " ");
      |                     ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6108:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6108 |   out=vfopen (outF=vtmpnam (NULL), "w");
      |                                    ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6114:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6114 |       if (check_file_exists(l[a][3]))pdb=csprintf (pdb, "%s", l[a][3]);
      |                                                         ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6115:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6115 |       else pdb=csprintf (pdb, "%s.pdb", l[a][3]);
      |                               ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6119:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6119 |       else pdb=csprintf (pdb, "%s", l[a][3]);
      |                               ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2template_type(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6180:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6180 |       P=seq_has_template (Seq, a, "_P_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6181:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6181 |       S=seq_has_template (Seq, a, "_S_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6182:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6182 |       R=seq_has_template (Seq, a, "_R_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6183:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6183 |       G=seq_has_template (Seq, a, "_G_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6184:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6184 |       F=seq_has_template (Seq, a, "_F_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6185:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6185 |       T=seq_has_template (Seq, a, "_T_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6186:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6186 |       E=seq_has_template (Seq, a, "_E_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6187:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6187 |       U=seq_has_template (Seq, a, "_U_");
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* string_contains_template_tag(char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6205:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6205 |   if ( strstr (string, "_P_"))return "_P_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6206:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6206 |   if ( strstr (string, "_S_"))return "_S_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6207:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6207 |   if ( strstr (string, "_R_"))return "_R_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6208:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6208 |   if ( strstr (string, "_G_"))return "_G_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6209:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6209 |   if ( strstr (string, "_F_"))return "_F_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6210:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6210 |   if ( strstr (string, "_T_"))return "_T_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6211:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6211 |   if ( strstr (string, "_E_"))return "_E_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6212:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6212 |   if ( strstr (string, "_U_"))return "_U_";
      |                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int check_blast_is_installed(char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6225:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6225 |     return check_program_is_installed ("blastp",NULL, NULL,NCBIBLAST_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                        ^~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
./programmes_define.h:372:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  372 | #define NCBIBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:372:27: note: in definition of macro ‘NCBIBLAST_ADDRESS’
  372 | #define NCBIBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:370:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  370 | #define NCBIBLAST_4_TCOFFEE "legacy_blast.pl"
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6227:40: note: in expansion of macro ‘NCBIBLAST_4_TCOFFEE’
 6227 |     return check_program_is_installed (NCBIBLAST_4_TCOFFEE,NULL, NULL,NCBIBLAST_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:372:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  372 | #define NCBIBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:372:27: note: in definition of macro ‘NCBIBLAST_ADDRESS’
  372 | #define NCBIBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* vremove_seq_template_files(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6234:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6234 |     return handle_seq_template_file (S, "remove");
      |                                         ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* display_seq_template_files(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6238:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6238 |   return handle_seq_template_file (S, "display");
      |                                       ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int handle_X_template_files(X_template*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6275:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6275 |             buf=csprintf (buf,"Template %s",  template_type2type_name (T->template_type));
      |                               ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6281:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6281 |         printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nUnkonwn mode %s for template handling [FATAL:%s]", mode, PROGRAM);
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2mmseqs_template_seq(Sequence*, Fname*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6338:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6338 |   server=get_string_variable ("blast_server");
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6339:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6339 |   pdb_db=get_string_variable ("pdb_db");
      |                               ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6340:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6340 |   prot_db=get_string_variable ("prot_db");
      |                                ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6356:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6356 |   tf=csprintf (tf, "%s%s_R_%d.template_list", F->path,F->name,ntemp);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6358:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6358 | command=csprintf ( command, "t_coffee -other_pg mmseqs2prf.pl -q %s -db %s -o %s  -template_file %s  -cachedb %s -prot_min_sin %d -prot_max_sim %d -prot_min_cov %d -psitrim %d -quiet", seq, prot_db,cache, tf,cache, BmI, BMI, BmC, Trim);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6368:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6368 |       add_warning (stderr, "Could not Run %s to find templates[%s](unforked mode)\n",command, PROGRAM);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2template_seq(Sequence*, char*, Fname*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6399:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6399 |   server=get_string_variable ("blast_server");
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6400:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6400 |   pdb_db=get_string_variable ("pdb_db");
      |                               ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6401:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6401 |   prot_db=get_string_variable ("prot_db");
      |                                ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6429:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6429 |   if ((p=get_string_variable ("pdb_type")))
      |                               ^~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
./programmes_define.h:336:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  336 | #define GOR4_4_TCOFFEE "gorIV"
      |                        ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6450:35: note: in expansion of macro ‘GOR4_4_TCOFFEE’
 6450 |       check_program_is_installed (GOR4_4_TCOFFEE,NULL, NULL,GOR4_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:338:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  338 | #define GOR4_ADDRESS "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:338:22: note: in definition of macro ‘GOR4_ADDRESS’
  338 | #define GOR4_ADDRESS "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:336:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  336 | #define GOR4_4_TCOFFEE "gorIV"
      |                        ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6459:35: note: in expansion of macro ‘GOR4_4_TCOFFEE’
 6459 |       check_program_is_installed (GOR4_4_TCOFFEE,NULL, NULL,GOR4_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:338:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  338 | #define GOR4_ADDRESS "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:338:22: note: in definition of macro ‘GOR4_ADDRESS’
  338 | #define GOR4_ADDRESS "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:326:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  326 | #define HMMTOP_4_TCOFFEE "hmmtop"
      |                          ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6470:35: note: in expansion of macro ‘HMMTOP_4_TCOFFEE’
 6470 |       check_program_is_installed (HMMTOP_4_TCOFFEE,NULL, NULL,HMMTOP_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:328:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  328 | #define HMMTOP_ADDRESS "www.enzim.hu/hmmtop/"
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6470:63: note: in expansion of macro ‘HMMTOP_ADDRESS’
 6470 |       check_program_is_installed (HMMTOP_4_TCOFFEE,NULL, NULL,HMMTOP_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                                               ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6478:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6478 |       cputenv ("psiJ_4_TCOFFEE=5");
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
./programmes_define.h:326:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  326 | #define HMMTOP_4_TCOFFEE "hmmtop"
      |                          ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6480:35: note: in expansion of macro ‘HMMTOP_4_TCOFFEE’
 6480 |       check_program_is_installed (HMMTOP_4_TCOFFEE,NULL, NULL,HMMTOP_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:328:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  328 | #define HMMTOP_ADDRESS "www.enzim.hu/hmmtop/"
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6480:63: note: in expansion of macro ‘HMMTOP_ADDRESS’
 6480 |       check_program_is_installed (HMMTOP_4_TCOFFEE,NULL, NULL,HMMTOP_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                                               ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6543:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6543 |       FILE* struc_calc_f =vfopen(file_struc_calc,"w");
      |                                                  ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6613:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6613 |                   char *buf=csprintf (NULL, " %s", T->seq_comment[a]);
      |                                             ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6614:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6614 |                   T->seq_comment[a]=csprintf ( T->seq_comment[a], "%s",buf);
      |                                                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6639:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6639 |         if (template_list)display_output_filename ( stdout, "Template_List","fasta_seq", template_list, STORE);
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6639:77: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6639 |         if (template_list)display_output_filename ( stdout, "Template_List","fasta_seq", template_list, STORE);
      |                                                                             ^~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6644:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6644 |   else if (strstr (template_list, "SCRIPT_") && get_string_variable ("multi_core") && strstr (get_string_variable ("multi_core"), "templates") && get_nproc()>1)
      |                                                                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6644:116: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6644 |   else if (strstr (template_list, "SCRIPT_") && get_string_variable ("multi_core") && strstr (get_string_variable ("multi_core"), "templates") && get_nproc()>1)
      |                                                                                                                    ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6670:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6670 |       sprintf ( script, "%s", after_strstr (template_list, "SCRIPT_"));
      |                                                            ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6686:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6686 |       script=substitute(script, "@", " -");
      |                                 ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6686:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6686 |       script=substitute(script, "@", " -");
      |                                      ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6687:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6687 |       script=substitute(script, "#", "=");
      |                                 ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6687:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6687 |       script=substitute(script, "#", "=");
      |                                      ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6699:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6699 |           fp2=vfopen (seq_file[i], "w");
      |                                    ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6715:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6715 |               command=substitute(command, "@", " ");
      |                                           ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6715:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6715 |               command=substitute(command, "@", " ");
      |                                                ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6750:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6750 |           add_warning (stderr, "Could not Run %s to find templates[%s](Forked mode)\n",command, PROGRAM);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6778:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6778 |       sprintf ( script, "%s", after_strstr (template_list, "SCRIPT_"));
      |                                                            ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6793:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6793 |       script=substitute(script, "@", " -");
      |                                 ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6793:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6793 |       script=substitute(script, "@", " -");
      |                                      ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6794:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6794 |       script=substitute(script, "#", "=");
      |                                 ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6794:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6794 |       script=substitute(script, "#", "=");
      |                                      ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6798:103: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6798 |           sprintf ( command, "%s -other_pg %s -infile=%s -outfile=%s -tmpdir=%s",get_string_variable ("t_coffee"),script, tmp1,outfile,get_tmp_4_tcoffee());
      |                                                                                                       ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6800:92: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6800 |       else sprintf ( command, "%s -other_pg %s -infile=%s -outfile=%s",get_string_variable("t_coffee"),script, tmp1, outfile);
      |                                                                                            ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6803:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6803 |       command=substitute(command, "@", " ");
      |                                   ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6803:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6803 |       command=substitute(command, "@", " ");
      |                                        ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6818:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6818 |           add_warning (stderr, "Could not Run %s to find templates[%s](unforked mode)\n",command, PROGRAM);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* trim_template_file(char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6835:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6835 |   fp=vfopen (file, "w");
      |                    ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6845:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6845 |             HERE ("SKIPPED:%s %s", T->name[a], T->seq_comment [a]);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* seq2template_file(Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:6858:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6858 |   seq2template_file2 (S, file, "w");
      |                                ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:6866:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6866 |           if (S)seq2template_file2 (A->S, file, "a");
      |                                                 ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* template_type2short_type_name(char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7006:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7006 |   if (!type)return "";
      |                    ^~
util_lib/aln_convertion_util.c:7007:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7007 |   else if ( strstr (type, "_P_"))       return "pdb";
      |                                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7008:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7008 |   else if ( strstr (type, "_F_")) return "rfold";
      |                                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7009:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7009 |   else if ( strstr (type, "_S_")) return "seq";
      |                                          ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7010:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7010 |   else if ( strstr (type, "_R_")) return "prf";
      |                                          ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7011:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7011 |   else if ( strstr (type, "_G_")) return "genome";
      |                                          ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7012:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7012 |   else if ( strstr (type, "_E_")) return "ssp";
      |                                          ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7013:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7013 |   else if ( strstr (type, "_T_")) return "tmp";
      |                                          ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7014:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7014 |   else if ( strstr (type, "_U_")) return "unicode";
      |                                          ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* template_type2type_name(char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7020:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7020 |   if ( strstr (type, "_P_"))      return "PDB struc";
      |                                          ^~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7021:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7021 |   else if ( strstr (type, "_F_")) return "RNA Fold";
      |                                          ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7022:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7022 |   else if ( strstr (type, "_S_")) return "Sequeence";
      |                                          ^~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7023:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7023 |   else if ( strstr (type, "_R_")) return "Profile";
      |                                          ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7024:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7024 |   else if ( strstr (type, "_G_")) return "Genomic";
      |                                          ^~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7025:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7025 |   else if ( strstr (type, "_E_")) return "Protein Secondary Structure";
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7026:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7026 |   else if ( strstr (type, "_T_")) return "Protein Transmembrane Topology";
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7027:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7027 |   else if ( strstr (type, "_U_")) return "Unicode and strings";
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_F_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7036:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7036 |   F=fill_X_template ( name, p, "_F_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_P_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7066:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7066 |       add_warning(stderr, "_P_ Template | %s | Could not be found",name);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7070:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7070 |   if ( (k=strstr (p, "_P_")))template_name=csprintf (template_name, "%s",k+4);
      |                                                                     ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7071:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7071 |   else template_name=csprintf (template_name, "%s", p);
      |                                               ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7075:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7075 |       add_warning(stderr, "_P_ Template | %s | Could not be found",name);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7080:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7080 |       add_warning(stderr, "_P_ Template | %s | Could not be used",name);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7086:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7086 |   P=fill_X_template (name,p, "_P_");
      |                              ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7100:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7100 |       add_warning( stderr, "_P_  Template |%s| Could not be used for Sequence |%s|: Structure Not Found", P->template_name, name);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7111:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7111 |       A=align_two_sequences (S->seq[i], PS->seq[0],"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                                    ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7111:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7111 |       A=align_two_sequences (S->seq[i], PS->seq[0],"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7116:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7116 |       sim=aln2sim (A, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7120:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7120 |           add_information( stderr, "_P_  Template %s Could not be used for Sequence %s: Similarity too low [%d, Min=%d]",P->template_name,name,sim,minsim);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7121:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7121 |           add_information( stderr, "If you want to include %s in anycase,add -pdb_min_sim=%d to the command line",name,sim);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7128:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7128 |           add_information(stderr, "_P_  Template |%s| Could not be used for Sequence |%s|: Coverage too low [%d, Min=%d]",P->template_name,name, cov, mincov);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7129:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7129 |           add_information( stderr, "If you want to include this sequence in anycase add -pdb_min_cov=%d to the command line", cov);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_P_template_new(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7149:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7149 |   P=fill_X_template ( name, p, "_P_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7198:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7198 |       if (p)add_warning(stderr, "_P_ Template | %s | Could not be found\n",p);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7199:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7199 |       else if (name)add_warning(stderr, "_P_ Template | %s | Could not be found\n",name);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7221:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7221 |       add_warning( stderr, "_P_  Template |%s| Could not be used for Sequence |%s|: Structure Not Found", P->template_name, name);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7232:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7232 |       A=align_two_sequences (S->seq[i], PS->seq[0],"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                                    ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7232:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7232 |       A=align_two_sequences (S->seq[i], PS->seq[0],"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7237:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7237 |       sim=aln2sim (A, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7241:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7241 |           add_information( stderr, "_P_  Template %s Could not be used for Sequence %s: Similarity too low [%d, Min=%d]",P->template_name,name,sim,minsim);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7242:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7242 |           add_information( stderr, "If you want to include %s in anycase,add -pdb_min_sim=%d to the command line",name,sim);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7249:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7249 |           add_information(stderr, "_P_  Template |%s| Could not be used for Sequence |%s|: Coverage too low [%d, Min=%d]",P->template_name,name, cov, mincov);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7250:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7250 |           add_information( stderr, "If you want to include this sequence in anycase add -pdb_min_cov=%d to the command line", cov);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int** seq2pdb_index(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7273:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7273 |           Sequence  *PS=get_pdb_sequence_from_field(file, "ATOM");
      |                                                           ^~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7275:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7275 |           Alignment *A=align_two_sequences (S->seq[a], PS->seq[0],"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                                                   ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7275:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7275 |           Alignment *A=align_two_sequences (S->seq[a], PS->seq[0],"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_S_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7307:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7307 |   S=fill_X_template ( name, p, "_S_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7308:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7308 |   if ( strm (name, p))sprintf ( S->template_file, "%s",output_fasta_seqX (NULL,"w",Seq,NULL, seq_name2index (name, Seq)));
      |                                                                                ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_R_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7318:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7318 |   R=fill_X_template ( name, p, "_R_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7324:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7324 |       buf=csprintf (buf, "%s/%s", get_cache_dir(),R->template_name);
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7331:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7331 |       add_information ( stderr, "_R_ Template %s Could not be found\n",R->template_name);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_T_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7380:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7380 |   T=fill_X_template ( name, p, "_T_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7386:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7386 |       add_information ( stderr, "_T_ Template %s Could not be found\n",T->template_name);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_U_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7404:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7404 |   U=fill_X_template ( name, p, "_U_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7409:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7409 |       add_information ( stderr, "_U_ Template %s Could not be found\n",U->template_name);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_E_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7426:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7426 |   E=fill_X_template ( name, p, "_E_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7432:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7432 |       add_information ( stderr, "_E_ Template %s Could not be found\n",E->template_name);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘X_template* fill_G_template(char*, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7446:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7446 |   G=fill_X_template ( name, p, "_G_");
      |                                ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7450:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7450 |   if ( strm (name, p))sprintf ( G->template_file, "%s",output_fasta_seqX (NULL,"w",S,NULL, seq_name2index (name, S)));
      |                                                                                ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7457:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7457 |       ST=main_read_seq (after_strstr ( p,"SEQFILE_G_"));
      |                                          ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7462:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7462 |           sprintf ( G->template_file, "%s",output_fasta_seqX (NULL,"w",ST,NULL, i2));
      |                                                                    ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7473:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7473 |       add_information ( stderr, "_G_ Template %s Could not be found \n",p);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* seq2P_template_file(Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7525:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7525 |   return seq2T_value (S, n, "template_file", "_P_");
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7525:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7525 |   return seq2T_value (S, n, "template_file", "_P_");
      |                                              ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* seq2R_template_profile(Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7548:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7548 |   return (Alignment *)atop(seq2T_value (S, n, "A", "_R_"));
      |                                               ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7548:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7548 |   return (Alignment *)atop(seq2T_value (S, n, "A", "_R_"));
      |                                                    ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7550:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7550 |   if (!(X=seq_has_template (S, n, "_R_")))return NULL;
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* seq2E_template_string(Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7565:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7565 |   if ( (T=seq_has_template (S, n, "_E_"))!=NULL)
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int* seq2U_template(Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7575:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7575 |    if ( (T=seq_has_template (S, n, "_U_"))!=NULL)
      |                                    ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char* seq2T_template_string(Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7584:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7584 |   if ( (T=seq_has_template (S, n, "_T_"))!=NULL)
      |                                   ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* shuffle_aln(Alignment*, int, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7745:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7745 |   fp2=vfopen (tmp, "w");
      |                    ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7775:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7775 |       fp=vfopen (fname, "w");
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* reorder_seq(Sequence*, char**, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:7861:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7861 |             A->seq[a]=csprintf (A->seq[a], "%s", nA->seq[sn]);
      |                                            ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7862:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7862 |             A->name[a]=csprintf (A->name[a], "%s", nA->name[sn]);
      |                                              ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7863:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7863 |             if ( nA->seq_comment)A->seq_comment[a]=csprintf (A->seq_comment[a], "%s", nA->seq_comment[sn]);
      |                                                                                 ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:7864:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7864 |             if ( nA->aln_comment)A->aln_comment[a]=csprintf (A->aln_comment[a], "%s", nA->aln_comment[sn]);
      |                                                                                 ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* alnpos_list2block(Alignment*, int, char**)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:8037:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8037 |       tmp_list=file2list (in_list[0], " ");
      |                                       ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:8066:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8066 |               add_warning ( stderr, "Illegal coordinates in extract_pos_list [%s]", list[a]);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:8078:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8078 |               add_warning ( stderr, "Illegal coordinates in extract_pos_list [%s]", list[a]);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2block(Alignment*, int, int, Alignment*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:8094:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8094 |       add_warning ( stderr, "Illegal coordinates in extract_block start=%d end=%d len=%d [Note : [start-end[, with [1...n] ** Block Ingored", start, end, A->len_aln);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* extract_aln(Alignment*, int, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:8134:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8134 |   return extract_aln2 ( A, start, end, "cons");
      |                                        ^~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* extract_aln2(Alignment*, int, int, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:8144:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8144 |        fp=vfopen (tmp, "w");
      |                        ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* extract_aln3(Alignment*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:8152:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8152 |   char ***list=file2list(file, " ");
      |                                ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:8156:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8156 |   if (!B || !file ||!(list=file2list (file, " ")))return B;
      |                                             ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:8157:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8157 |   fp=vfopen ( tmp, "w");
      |                    ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:8169:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8169 |             add_warning ( stderr, "Illegal coordinates [%s offset: %d] (line %d) ** Line ignored",list[n][1],start, n+1);
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:8189:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8189 |               add_warning ( stderr, "Seq %s does not belong to the alignment (line %d) ** Line ignored",list[n][1],n+1);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2N_replicate(Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:8332:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8332 |       fp=vfopen (fname, "w");
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:8338:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 8338 | }
      | ^
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘float get_seq_fsim2(char*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:8685:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8685 |             if (!mat) mat=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int seq2aln2sim_old(char*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9070:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9070 |   A=align_two_sequences (seq1, seq2, "pam250mt", -10, -1, mode_aln);
      |                                      ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int seq2aln2sim(char*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9084:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9084 |       m=read_matrice ("blosum62mt");
      |                       ^~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9089:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9089 |   A=align_two_sequences (seq1, seq2, "blosum62mt",gop,-1, mode_aln);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int* get_cdna_seq_winsim(int*, char*, char*, char*, char*, int*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9105:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9105 |             fatal_exit( stderr,EXIT_FAILURE, "\nTHE TWO cDNAs DO NOT HAVE THE SAME LENGTH [FATAL:get_cdna_seq_sim:%s", PROGRAM);
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9108:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9108 |         x=get_cdna_seq_sim(cache, string1, string2, ignore, "");
      |                                                             ^~
util_lib/aln_convertion_util.c:9112:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9112 |         add_warning (stderr, "winsim not implemented for cDNA");
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int get_cdna_seq_sim(int*, char*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9133:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9133 |             crash("");
      |                   ^~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int* get_seq_winsim(char*, char*, char*, char*, int*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9184:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9184 |             sim=get_seq_sim (string1, string2, ignore, "");
      |                                                        ^~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int get_seq_sim(char*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9246:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9246 |             if (!mat) mat=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int** get_sim_master_aln_array(Alignment*, int, char*)’:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9516:93: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 9516 |             w[n][a]=w[a][n]=get_cdna_seq_sim ( A->cdna_cache[0], A->seq_al[a], A->seq_al[n],GAP_LIST, mode);
      |                                                                                             ^~~~~~~~
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9518:70: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 9518 |             w[n][a]=w[a][n]=get_seq_sim ( A->seq_al[n], A->seq_al[a],GAP_LIST, mode);
      |                                                                      ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* seq2filter(Sequence*, int, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9543:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9543 |   M=read_matrice ("blossum62mt");
      |                   ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9546:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9546 |       output_completion ( stderr, a, S->nseq, 100, "Distance Matrix Computation: ");
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9550:63: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9550 |           sim=idscore_pairseq(S->seq[a], S->seq[b],-10, -2,M, "sim");
      |                                                               ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9557:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9557 |   fp=vfopen (tmpfile, "w");
      |                       ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* grep_seq(Alignment*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9579:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9579 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9583:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9583 |       printf_exit(EXIT_FAILURE,stderr, "+grep <field> <KEEP|REMOVE> <string> [FATAL: %s]", PROGRAM);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9587:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9587 |       printf_exit(EXIT_FAILURE,stderr,"ERROR: +grep <NAME|COMMENT|SEQ> <mode> <string> [FATAL: %s]", PROGRAM);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* modify_seq(Alignment*, char*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9623:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9623 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int** seq2sim_mat(Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9641:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9641 |   return seq2comp_mat ( S,mode, "sim");
      |                                 ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int** seq2cov_mat(Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9645:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9645 |   return seq2comp_mat ( S,mode, "cov");
      |                                 ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int** seq2comp_mat(Sequence*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9664:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9664 |       display_input_filename (stderr, "SIMILARITY_MATRIX", "SIMILARITY_MATRIX_FORMAT_01", file, CHECK);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9664:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9664 |       display_input_filename (stderr, "SIMILARITY_MATRIX", "SIMILARITY_MATRIX_FORMAT_01", file, CHECK);
      |                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9683:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9683 |           output_completion4halfmat ( stderr, a, S->nseq, 100, "Similarity Matrix Computation: ");
      |                                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9692:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9692 |       display_output_filename (stderr, "SIMILARITY_MATRIX", "SIMILARITY_MATRIX_FORMAT_01", file, CHECK);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9692:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9692 |       display_output_filename (stderr, "SIMILARITY_MATRIX", "SIMILARITY_MATRIX_FORMAT_01", file, CHECK);
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int** get_raw_sim_aln_array(Alignment*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:9973:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9973 |   HERE ("RAW STUFF");
      |         ^~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:9995:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9995 |             HERE ("ERROR: %s is an unknown mode of raw_sim\n", mode); myexit (EXIT_FAILURE);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int generic_get_seq_sim(char*, char*, int*, char*)’:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:10053:50: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
10053 |      return get_cdna_seq_sim ( cache, seq1, seq2,GAP_LIST, mode);
      |                                                  ^~~~~~~~
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:10065:39: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
10065 |        return get_seq_sim ( seq1,seq2,GAP_LIST, mode);
      |                                       ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int*** get_winsim_aln_array(Alignment*, char*, int***)’:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:10075:104: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
10075 |                             w[a][b]=get_cdna_seq_winsim ( A->cdna_cache[0], A->seq_al[a], A->seq_al[b],GAP_LIST, mode, w[a][b]);
      |                                                                                                        ^~~~~~~~
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:10077:81: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
10077 |                             w[a][b]=get_seq_winsim ( A->seq_al[a], A->seq_al[b],GAP_LIST, mode, w[a][b]);
      |                                                                                 ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* seq2profile(Sequence*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:10095:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10095 |       fp=vfopen ( tmp, "w");
      |                        ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2sub_aln_file(Alignment*, int, char**)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:10163:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10163 |       fp=vfopen (list[a][1], "w");
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Sequence* remove_empty_sequence(Sequence*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:10187:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10187 |       c=csprintf (c, "%s", S->seq[a]);
      |                      ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:10192:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10192 |           add_warning ( stderr, "Sequence %s does not contain any residue: automatically removed from the set [WARNING:%s]",S->name[a], PROGRAM);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2sub_seq(Alignment*, int, char**)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:10241:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10241 |       t=aln2most_similar_sequence(B, "idmat");
      |                                      ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2collapsed_aln(Alignment*, int, char**)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:10283:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10283 |       fp=vfopen (string[0], "r");
      |                             ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:10348:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10348 |       buf=sub_aln2cons_seq_mat2 ( A,m-2,list2, "blosum62mt");
      |                                                ^~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* aln2profile(Alignment*)’:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:10373:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10373 |       cons=aln2cons_seq_mat (A, "blosum62mt");
      |                                 ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* master_trimseq(Alignment*, Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:10967:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10967 |          crash("");
      |                ^~
util_lib/aln_convertion_util.c:10978:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10978 |              add_warning ( stderr, "trimseq: Nseq(N)  max_val=100%% [Automatic reset]\n");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* sim_filter(Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11037:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11037 |   strget_param ( mode, "_I", "100", "%d", &maxsim);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11037:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11037 |   strget_param ( mode, "_I", "100", "%d", &maxsim);
      |                              ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11037:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11037 |   strget_param ( mode, "_I", "100", "%d", &maxsim);
      |                                     ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11038:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11038 |   strget_param ( mode, "_i", "0", "%d",  &minsim);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11038:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11038 |   strget_param ( mode, "_i", "0", "%d",  &minsim);
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11038:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11038 |   strget_param ( mode, "_i", "0", "%d",  &minsim);
      |                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11039:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11039 |   strget_param ( mode, "_C", "100", "%d",  &maxcov);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11039:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11039 |   strget_param ( mode, "_C", "100", "%d",  &maxcov);
      |                              ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11039:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11039 |   strget_param ( mode, "_C", "100", "%d",  &maxcov);
      |                                     ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11040:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11040 |   strget_param ( mode, "_c", "0", "%d",  &mincov);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11040:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11040 |   strget_param ( mode, "_c", "0", "%d",  &mincov);
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11040:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11040 |   strget_param ( mode, "_c", "0", "%d",  &mincov);
      |                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11059:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11059 |       if ( s==-1)printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: %s is not a valid sequence", seq);
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11070:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11070 |       M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                       ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11085:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11085 |               sim[s][a]=sim[a][s]=idscore_pairseq(seq[s], seq[a],-12, -1,M,"sim");
      |                                                                            ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11086:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11086 |               cov[s][a]=cov[a][s]=idscore_pairseq(seq[s], seq[a],-12, -1,M,"cov");
      |                                                                            ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11095:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11095 |       sim=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                           ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment** seq2kmeans_subset(Alignment*, int, int*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11264:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11264 |               fp=vfopen (tfile, "w");
      |                                 ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment** seq2id_subset(Alignment*, int, int*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11299:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11299 |     myexit(fprintf_error (stderr, "minid<100 Not supported in seq2id_subset"));
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11318:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11318 |       fp2=vfopen (file1, "w");
      |                          ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11337:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11337 |       fp2=vfopen (file1, "r");vfclose (fp2);
      |                          ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11345:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11345 |           HERE ("%s", B->seq_al[0]);
      |                 ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11346:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11346 |           printf_system ( "cp %s error_file", file1);exit (0);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* km_seq(Alignment*, int, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11377:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11377 |       f[a]=vfopen (buf, "w");
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int aln2gap_trimmed(Alignment*, int, char*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11426:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11426 |   seq=vfopen (seqf, "w");
      |                     ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11447:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11447 |   aln=vfopen (alnf, "w");
      |                     ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* gap_trim(Alignment*, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11518:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11518 |         HERE ("Removed %d Sequences\n", A->nseq-n);
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int* aln2subset(Alignment*, char*, int*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11530:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11530 |   if (strm (mode, "cov"))list=aln2subset_cov (A, "cov", n);
      |                                                  ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11540:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11540 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: [%s] is an unknown mode of aln2subset [FATAL:%s]\n",mode,PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int* aln2subset_cov(Alignment*, char*, int*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11612:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11612 |           printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nCould not Build profile consensus::aln2cons_seq_cov [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* simple_trimseq(Alignment*, Alignment*, char*, char*, int**)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11652:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11652 |   strget_param ( mode, "_%%", "0", "%d", &maxsim);
      |                        ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11652:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11652 |   strget_param ( mode, "_%%", "0", "%d", &maxsim);
      |                               ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11652:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11652 |   strget_param ( mode, "_%%", "0", "%d", &maxsim);
      |                                    ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11653:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11653 |   strget_param ( mode, "_n", "0", "%d",  &maxnseq);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11653:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11653 |   strget_param ( mode, "_n", "0", "%d",  &maxnseq);
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11653:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11653 |   strget_param ( mode, "_n", "0", "%d",  &maxnseq);
      |                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11654:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11654 |   strget_param ( mode, "_N", "0", "%d",  &nseq_ratio);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11654:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11654 |   strget_param ( mode, "_N", "0", "%d",  &nseq_ratio);
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11654:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11654 |   strget_param ( mode, "_N", "0", "%d",  &nseq_ratio);
      |                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11655:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11655 |   strget_param ( mode, "_F", "0", "%d",  &nc);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11655:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11655 |   strget_param ( mode, "_F", "0", "%d",  &nc);
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11655:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11655 |   strget_param ( mode, "_F", "0", "%d",  &nc);
      |                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11656:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11656 |   strget_param ( mode, "_O", "0", "%d",  &outlayers);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11656:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11656 |   strget_param ( mode, "_O", "0", "%d",  &outlayers);
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11656:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11656 |   strget_param ( mode, "_O", "0", "%d",  &outlayers);
      |                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11657:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11657 |   strget_param ( mode, "_K", "0", "%d",  &KeepN);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11657:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11657 |   strget_param ( mode, "_K", "0", "%d",  &KeepN);
      |                              ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11657:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11657 |   strget_param ( mode, "_K", "0", "%d",  &KeepN);
      |                                   ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11659:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11659 |   strget_param ( mode, "_f", "NAME", "%s", field);
      |                        ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11659:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11659 |   strget_param ( mode, "_f", "NAME", "%s", field);
      |                              ^~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11659:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11659 |   strget_param ( mode, "_f", "NAME", "%s", field);
      |                                      ^~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11734:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11734 |       if ( coverage)myexit (fprintf_error (stderr, "_kmeans_ does not support coverage"));
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11738:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11738 |       if ( strstr (mode, "seq_") && !sim)sim=seq2comp_mat (aln2seq(A), "blosum62mt", "sim");
      |                                                                        ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11738:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11738 |       if ( strstr (mode, "seq_") && !sim)sim=seq2comp_mat (aln2seq(A), "blosum62mt", "sim");
      |                                                                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11739:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11739 |       else sim=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                                ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11744:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11744 |       if ( strstr (mode, "seq_") && !sim)sim=seq2comp_mat (aln2seq(A), "blosum62mt", "cov");
      |                                                                        ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11744:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11744 |       if ( strstr (mode, "seq_") && !sim)sim=seq2comp_mat (aln2seq(A), "blosum62mt", "cov");
      |                                                                                      ^~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:11781:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11781 |       if (outlayers)myexit (fprintf_error (stderr, "_kmeans_ does not support outlayers"));
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int find_worst_seq_old(int**, int, int*, int, int)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:11917:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11917 |       HERE ("** %d %d\n", r,sc[0][1]);
      |             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* trimseq(Alignment*, Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:12025:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12025 |          crash("");
      |                ^~
util_lib/aln_convertion_util.c:12036:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12036 |              add_warning ( stderr, "trimseq: Nseq(N)  max_val=100%% [Automatic reset]\n");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘Alignment* tc_trimseq(Alignment*, Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:12142:130: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12142 |          sprintf ( command , "%s -infile %s -trim  -trimfile=%s  -split_score_thres %d -convert -iterate 0 ",get_string_variable("t_coffee"), alnfile, trimfile,sim);
      |                                                                                                                                  ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:12153:129: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12153 |          sprintf ( command , "%s -infile %s -trim  -trimfile=%s  -split_score_thres %d -convert -iterate 0",get_string_variable("t_coffee"), alnfile, trimfile,middle);
      |                                                                                                                                 ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:12168:134: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12168 |              sprintf ( command , "%s -infile %s -trim  -trimfile=%s  -split_score_thres %d -convert -iterate 0 ",get_string_variable("t_coffee"), alnfile, trimfile,middle);
      |                                                                                                                                      ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘float** get_weight(Alignment*, Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:12726:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12726 |   fp=vfopen( weight_name, "r");
      |                           ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘float** seq2pwsim(Alignment*, Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:12755:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12755 |                 B=align_two_sequences ((S)->seq[a], (S)->seq[b],"pam250mt", -10, -1, "fasta_pair_wise");
      |                                                                 ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:12755:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12755 |                 B=align_two_sequences ((S)->seq[a], (S)->seq[b],"pam250mt", -10, -1, "fasta_pair_wise");
      |                                                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘float** seq2pwsim_fragment(Alignment*, Sequence*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:12805:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12805 |                 B=align_two_sequences ((S)->seq[a], (S)->seq[b],"pam250mt", -10, -1, "fasta_pair_wise");
      |                                                                 ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:12805:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12805 |                 B=align_two_sequences ((S)->seq[a], (S)->seq[b],"pam250mt", -10, -1, "fasta_pair_wise");
      |                                                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/aln_convertion_util.c:33:
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int generic_get_seq_sim_normal_distribution(char*, char*, int*, char*, int*, int*)’:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:13609:47: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
13609 |   return get_seq_sim_distribution ( seq1,seq2,GAP_LIST, mode, STD, CENTER);
      |                                               ^~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int get_seq_sim_distribution(char*, char*, char*, char*, int*, int*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:13645:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13645 |             if (!mat) mat=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘int* pw_aln2clean_aln_weight(char*, char*, int, OveralnP*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:13784:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13784 |       HERE ("\n%s\n%s\n", seq1, seq2);
      |             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:13785:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13785 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nERROR: Comparing unaligned sequences [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char** pw_aln2clean_pw_aln_fsa2(char**, OveralnP*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:13834:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13834 |   if (!smat)smat=read_matrice ( "blosum62mt");
      |                                 ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:13840:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13840 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nERROR: unaligned strings");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘char** pw_aln2clean_pw_aln_fsa1(char**, OveralnP*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:14061:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14061 |   if (!smat)smat=read_matrice ( "blosum62mt");
      |                                 ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c:14067:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14067 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nERROR: unaligned strings");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_convertion_util.c: In function ‘float* aln2pred(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/aln_convertion_util.c:14254:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14254 |       A=aln2case_aln (A,"u","l");
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:14254:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14254 |       A=aln2case_aln (A,"u","l");
      |                             ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:14255:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14255 |       B=aln2case_aln (B,"u","l");
      |                         ^~~
util_lib/aln_convertion_util.c:14255:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14255 |       B=aln2case_aln (B,"u","l");
      |                             ^~~
 CC util_lib/util_make_tree.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_make_tree.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘int unistrap(int, char**)’:
util_lib/util_make_tree.c:79:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   79 |           argv=break_list ( in_argv, &argc, "=;, \n");
      |                                             ^~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:150:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  150 |                         cputenv ("%s=%s", argv[a+1], argv[a+2]);
      |                                  ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:168:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  168 |             if ( strm (tree_mode, "list"))printf_system ("dynamic.pl -tree list");
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:169:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  169 |             if ( strm (method, "list"))printf_system ("dynamic.pl -method list");
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:209:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  209 |             output_completion (stderr,a,shuffle, 1, "MSA Replicates");
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:212:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  212 |             fp=vfopen (seq, "w");
      |                             ^~~
util_lib/util_make_tree.c:221:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  221 |             fp=vfopen (tree, "w");
      |                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:237:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  237 |             printf_system ("dynamic.pl -seq %s -tree %s -outfile %s -method %s", seq, tree,aln, method);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:242:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  242 |                 output_phylip_aln (outfile,A, "w");
      |                                               ^~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* redundate(Sequence*, NT_node, char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:280:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  280 |   printf_file (seq, "w", "");
      |                     ^~~
util_lib/util_make_tree.c:280:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  280 |   printf_file (seq, "w", "");
      |                          ^~
util_lib/util_make_tree.c:281:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  281 |   for (a=0; a<S->nseq; a++)printf_file (seq, "a", ">%s\n%s\n", S->name [a], S->seq[a]);
      |                                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:281:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  281 |   for (a=0; a<S->nseq; a++)printf_file (seq, "a", ">%s\n%s\n", S->name [a], S->seq[a]);
      |                                                   ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:285:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
  285 | }
      | ^
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* Rredundate(NT_node, Sequence*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:304:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 |       printf_file (seq, "a", ">NR_%d\n%s\n", nred,S->seq[rand()%S->nseq]);
      |                         ^~~
util_lib/util_make_tree.c:304:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 |       printf_file (seq, "a", ">NR_%d\n%s\n", nred,S->seq[rand()%S->nseq]);
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘char* seq2aln_file(char*, char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:322:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  322 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "%s is un unknown MSA method:: missing input [FATAL]");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘char* seq2co_aln_file(char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:335:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  335 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run seq2cw_aln_file:: missing input [FATAL]");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:342:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  342 |   printf_system_direct ("cp %s %s", in, dir);
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:345:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  345 |   printf_system_direct ("clustalo --infile=%s --outfile=out.txt",in);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:351:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  351 |   printf_system_direct ("mv %s/out.txt %s", dir,out);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:352:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  352 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:355:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  355 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run seq2co_aln_file:: missing output [FATAL]");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘char* seq2mafft_aln_file(char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:368:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  368 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run seq2mafft_aln_file:: missing input [FATAL]");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:375:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  375 |   printf_system_direct ("cp %s %s", in, dir);
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:377:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  377 |   printf_system_direct ("mafft %s >out.txt 2>/dev/null",in);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:384:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  384 |   printf_system_direct ("mv %s/out.txt %s", dir,out);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:385:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  385 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:388:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  388 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run seq2mafft_aln_file:: missing output [FATAL]");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘char* seq2cw_aln_file(char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:401:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  401 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run seq2cw_aln_file:: missing input [FATAL]");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:408:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  408 |   printf_system_direct ("cp %s %s", in, dir);
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:410:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  410 |   printf_system_direct ("clustalw -infile=%s -outfile=out.txt %s",in,TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:416:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  416 |   printf_system_direct ("mv %s/out.txt %s", dir,out);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:417:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  417 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:420:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  420 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run seq2cw_aln_file:: missing output [FATAL]");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘char* prf_pair2cw_aln_file(char*, char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:434:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  434 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run prf_pair2cw_aln_file:: missing input [FATAL]");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:440:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  440 |   printf_system_direct ("cp %s %s",prf1, dir);
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:441:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  441 |   printf_system_direct ("cp %s %s",prf2, dir);
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:443:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  443 |   printf_system_direct ("clustalw -profile1=%s -profile2=%s -outfile=out.txt %s", prf1, prf2, TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:447:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  447 |   printf_system_direct ("mv %s/out.txt %s",dir, out);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:448:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  448 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:452:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  452 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could not run prf_pair2cw_aln_file:: missing output [FATAL]");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode*** make_upgma_tree(Alignment*, int**, int, int, char**, char**, int, char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:470:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  470 |         distances=get_dist_aln_array (A, "idmat");
      |                                          ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode*** make_nj_tree(Alignment*, int**, int, int, char**, char**, int, char*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:484:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  484 |         distances=get_dist_aln_array (A, "idmat");
      |                                          ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘void guide_tree(char*, double**, char**, int)’:
util_lib/util_make_tree.c:576:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  576 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘void fast_nj_tree(char**)’:
util_lib/util_make_tree.c:1072:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
 1072 |         register int i;
      |                      ^
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘double** vector2strip_vector(double**, int, int*, float)’:
util_lib/util_make_tree.c:1667:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1667 |       HERE ("declare new_v");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:1674:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1674 |       HERE ("done");
      |             ^~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘double** aln2km_vector(Alignment*, char*, int*)’:
util_lib/util_make_tree.c:1741:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1741 |           output_completion (stderr,a,S->nseq, 100, "swt");
      |                                                     ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:1829:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1829 |       return aln2km_vector(A,"triaa", dim);
      |                              ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2dnd(Sequence*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:1937:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1937 |       FILE*fp=vfopen (t, "w");
      |                          ^~~
util_lib/util_make_tree.c:1983:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1983 |       T=seq2cat_dnd(S, "swl");
      |                        ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:1987:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1987 |       T=seq2cat_dnd(S, "iswl");
      |                        ^~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:1991:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1991 |       T=seq2cat_dnd(S, "longuest");
      |                        ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:1995:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1995 |       T=seq2cat_dnd(S, "shortest");
      |                        ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2045:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2045 |       int **s=array2sim(S->seq, S->nseq, "sim1");//sequences are expected to be aligned
      |                                          ^~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2052:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2052 |       int **s=array2sim(S->seq, S->nseq, "ktup3");
      |                                          ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2059:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2059 |       int **s=array2sim(S->seq, S->nseq, "ktup3");
      |                                          ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2067:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2067 |       int **s=array2sim(S->seq, S->nseq, "sim1");//sequences are expected to be aligned
      |                                          ^~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2084:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2084 |       printf_system ("%s %s >%s", dpa_tree+1, seqf, tf);
      |                      ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2093:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2093 |     myexit (fprintf_error (stderr, "%s is neither a file nor a valid dpa_tree mode [FATAL:%s]", dpa_tree,PROGRAM));
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2096:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2096 |     myexit (fprintf_error ( stderr, "\nCould not produce/read %s tree [FATAL:%s]", dpa_tree, PROGRAM));
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2100:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2100 |   vfclose (tree2file (T, S, "newick",vfopen(tmptree, "w")));
      |                                                      ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2100:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2100 |   vfclose (tree2file (T, S, "newick",vfopen(tmptree, "w")));
      |                             ^~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2fftns1_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2117:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2117 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2118:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2118 |   printf_system_direct ("mafft-fftns --anysymbol --retree 1 --treeout seq > aln %s ",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2120:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2120 |   if (check_file_exists ("seq.tree"))
      |                          ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2123:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2123 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                  ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2123:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2123 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2126:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2126 |       T=main_read_tree ("seq.tree");
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2130:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2130 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2fftns2_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2146:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2146 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2147:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2147 |   printf_system_direct ("mafft-fftns --anysymbol --retree 2 --treeout seq > aln %s ",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2149:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2149 |   if (check_file_exists ("seq.tree"))
      |                          ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2152:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2152 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                  ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2152:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2152 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2155:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2155 |       T=main_read_tree ("seq.tree");
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2159:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2159 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2mafft_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2175:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2175 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2176:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2176 |   printf_system_direct ("mafft --anysymbol --treeout seq > aln %s ",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2178:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2178 |   if (check_file_exists ("seq.tree"))
      |                          ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2181:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2181 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                  ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2181:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2181 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2184:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2184 |       T=main_read_tree ("seq.tree");
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2188:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2188 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2parttree_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2205:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2205 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2206:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2206 |   printf_system_direct ("mafft --anysymbol --retree 0 --treeout --parttree --reorder seq > aln %s ",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2208:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2208 |   if (check_file_exists ("seq.tree"))
      |                          ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2211:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2211 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                  ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2211:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2211 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2214:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2214 |       T=main_read_tree ("seq.tree");
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2218:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2218 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2dpparttree_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2235:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2235 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2237:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2237 |   printf_system_direct ("mafft --anysymbol --retree 0 --treeout --dpparttree --reorder seq > aln");
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2238:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2238 |   if (check_file_exists ("seq.tree"))
      |                          ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2242:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2242 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                  ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2242:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2242 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2245:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2245 |       T=main_read_tree ("seq.tree");
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2250:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2250 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2fastparttree_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2268:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2268 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2269:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2269 |   printf_system_direct ("mafft --anysymbol --retree 0 --treeout --fastparttree --reorder seq > aln %s",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2270:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2270 |   if (check_file_exists ("seq.tree"))
      |                          ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2273:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2273 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                  ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2273:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2273 |       fp=vfopen ("seq.tree", "a");
      |                              ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2276:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2276 |       T=main_read_tree ("seq.tree");
      |                         ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2281:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2281 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2cwquick_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2297:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2297 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2298:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2298 |   printf_system_direct ("clustalw -infile=seq %s -quicktree",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2300:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2300 |   if (check_file_exists ("seq.dnd"))
      |                          ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2302:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2302 |       T=main_read_tree ("seq.dnd");
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2305:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2305 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2cw_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2322:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2322 |   output_fasta_seqS ("seq",S);
      |                      ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2323:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2323 |   printf_system_direct ("clustalw -infile=seq %s",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2325:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2325 |   if (check_file_exists ("seq.dnd"))
      |                          ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2327:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2327 |       T=main_read_tree ("seq.dnd");
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2330:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2330 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* aln2cw_tree(Alignment*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2350:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2350 |   output_fasta_aln ("aln", A);
      |                     ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2351:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2351 |   printf_system_direct ("clustalw -infile=aln -newtree=tree -tree %s",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2352:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2352 |   if (check_file_exists ("tree"))
      |                          ^~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2354:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2354 |       T=main_read_tree ("tree");
      |                         ^~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2357:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2357 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2cw_tree(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2374:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2374 |   output_fasta_aln ("aln", A);
      |                     ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2376:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2376 |   printf_system_direct ("clustalw -infile=aln -newtree=tree -tree %s",TO_NULL_DEVICE);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2378:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2378 |   T=main_read_tree ("tree");
      |                     ^~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2381:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2381 |   printf_system_direct ("rm %s/*", dir);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2chain_tree(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2393:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2393 |   char *modeS=get_string_variable ("reg_chaindnd_mode");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2reg_tree(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2449:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2449 |   char *mode="codnd";
      |              ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2471:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2471 |   fp=vfopen (seq, "w");
      |                   ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2480:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2480 |   w=seq2dpa_weight (S, "longuest");
      |                        ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2485:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2485 |       output_completion (stderr,i,(S->nseq-nseq), 100, "Incorporate Sequences");
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘float* node2reg_score(NT_node, Sequence*, char*, float*, int)’:
util_lib/util_make_tree.c:2568:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2568 |   static int **matrix=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘float* node2reg_score_old(char*, char*, float*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2619:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2619 |   static int **matrix=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2famsa_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2632:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2632 |   printf_system ("famsa -t 1 -gt_export %s %s>/dev/null 2>/dev/null", seq,tree);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2co_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2646:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2646 |   printf_system ("clustalo --in %s --guidetree-out %s --force>/dev/null", seq,tree);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2swl_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2742:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2742 |   T=aln2km_tree (A, "swl", 1);
      |                     ^~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* seq2km_dnd(Sequence*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2754:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2754 |   T=aln2km_tree (A, "triaa", 1);
      |                     ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode*** seq2km_tree_old(Sequence*, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2765:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2765 |   T=aln2km_tree (A, "triaa", 1);
      |                     ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2769:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2769 |   vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (file, "w")));
      |                                                   ^~~
util_lib/util_make_tree.c:2769:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2769 |   vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (file, "w")));
      |                           ^~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* rec_km_tree(char**, int, int, double**, int)’:
util_lib/util_make_tree.c:2830:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2830 |           A=align_two_sequences (KS->seq[(int)V[0][dim+2]],KS->seq[(int)V[1][dim+2]],"pam250mt",-10,-2, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                                      ^~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2830:105: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2830 |           A=align_two_sequences (KS->seq[(int)V[0][dim+2]],KS->seq[(int)V[1][dim+2]],"pam250mt",-10,-2, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:2831:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2831 |           id=aln2sim(A, "idmat");
      |                         ^~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode*** dist2upgma_tree(double**, char**, int, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:2940:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2940 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: non empty heap in upgma [FATAL]");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* int_dist2upgma_tree_new(int**, char**, int)’:
util_lib/util_make_tree.c:2976:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2976 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: non empty heap in upgma [FATAL]");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode*** int_dist2upgma_tree(int**, Alignment*, int, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:3007:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3007 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: non empty heap in upgma [FATAL]");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c:3028:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3028 |   vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (fname, "w")));
      |                                                    ^~~
util_lib/util_make_tree.c:3028:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3028 |   vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (fname, "w")));
      |                           ^~~~~~~~
util_lib/util_make_tree.c: In function ‘tnode* split2upgma_tree(Split**, Alignment*, int, char*)’:
util_lib/util_make_tree.c:3135:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3135 |   vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (fname, "w")));
      |                                                    ^~~
util_lib/util_make_tree.c:3135:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3135 |   vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (fname, "w")));
      |                           ^~~~~~~~
 CC util_lib/reformat_struc.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/reformat_struc.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘char* process_repeat(char*, char*, char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:59:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   59 |   A2=align_two_sequences (S->seq[0], P->seq[0], "pam250mt", -10, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                 ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:59:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   59 |   A2=align_two_sequences (S->seq[0], P->seq[0], "pam250mt", -10, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:82:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   82 |   fp=vfopen (tf, "w");
      |                  ^~~
util_lib/reformat_struc.c:89:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   89 |       coor=string2num_list2 (name, "-");
      |                                    ^~~
util_lib/reformat_struc.c:96:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   96 |             printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Incompatibility between the repeat [%s] and the master Sequence [%s]\n%s",A->name[a], seq, A->seq_al[a]);
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:99:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   99 |       printf_system ( "extract_from_pdb %s -coor %d %d -seq_field SEQRES> %s", pdb,pos[coor[1]-1],pos[coor[2]-1], file);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘void bfactor2x_in_pdb(char*, char*, float*)’:
util_lib/reformat_struc.c:113:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  113 |   out=vfopen (outfile, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘char* normalize_pdb_file(char*, char*, char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:175:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  175 |   A=align_two_sequences (S->seq[0],seq,"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                        ^~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:175:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  175 |   A=align_two_sequences (S->seq[0],seq,"idmat",-3,0, "fasta_pair_wise");
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘Ca_trace* trim_ca_trace(Ca_trace*, char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:225:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  225 |       ALN=align_two_sequences (T->seq,seq, "est_idmat",-1, 0,"fasta_pair_wise");
      |                                            ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:225:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  225 |       ALN=align_two_sequences (T->seq,seq, "est_idmat",-1, 0,"fasta_pair_wise");
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘Ca_trace* simple_read_ca_trace(char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:365:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  365 |         fp=vfopen (tp_name, "r");
      |                             ^~~
util_lib/reformat_struc.c:400:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  400 |         fp=vfopen (tp_name, "r");
      |                             ^~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘float atom2radius(char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:1139:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1139 |   else if ( strm (t, "O1P"))return atom2radius ("O"); //NMR
      |                                                 ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1140:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1140 |   else if ( strm (t, "O2P"))return atom2radius ("O"); //NMR
      |                                                 ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1141:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1141 |   else if ( strm (t, "O3P"))return atom2radius ("O"); //NMR
      |                                                 ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1142:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1142 |   else if ( strm (t, "O4P"))return atom2radius ("O"); //NMR
      |                                                 ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1143:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1143 |   else if ( strm (t, "O5P"))return atom2radius ("O"); //NMR
      |                                                 ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1144:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1144 |   else if ( strm (t, "AS"))return atom2radius ("As");
      |                                                ^~~~
util_lib/reformat_struc.c:1272:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1272 |         add_warning ( stderr, "\nWARNING: Atom [%s] is unknown Defaulf Van Der Waals Value of 1.5 Angstrom will be used",t);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘char* map_contacts(char*, char*, float)’:
util_lib/reformat_struc.c:1310:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1310 |   ST1=read_ca_trace (file1, "ATOM");
      |                             ^~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:1311:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1311 |   ST2=read_ca_trace (file2, "ATOM");
      |                             ^~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘float** print_contacts(char*, char*, float)’:
util_lib/reformat_struc.c:1339:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1339 |         list1=string2num_list2(list, "_");
      |                                      ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1346:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1346 |         list2=string2num_list2(list, "_");
      |                                      ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1351:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1351 |   ST1=read_ca_trace (file1, "SEQRES");
      |                             ^~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:1352:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1352 |   ST2=read_ca_trace (file2, "SEQRES");
      |                             ^~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘char* string2contacts(char*, char*, char*, float)’:
util_lib/reformat_struc.c:1534:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1534 |               A=align_two_sequences (seq,r,"pam250mt", -10, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                            ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:1534:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1534 |               A=align_two_sequences (seq,r,"pam250mt", -10, -1, "myers_miller_pair_wise");
      |                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘char** struclist2nb(char*, char*, char*, float, char*, char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:1594:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1594 |       fp=vfopen (tmpf, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘char** struc2nb(char*, char*, char*, float, char*, char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:1631:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1631 |   if ( atom) atom=translate_string (atom, "_", " ");
      |                                           ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1631:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1631 |   if ( atom) atom=translate_string (atom, "_", " ");
      |                                                ^~~
util_lib/reformat_struc.c:1648:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1648 |   T=read_ca_trace (struc_file, "ATOM");
      |                                ^~~~~~
util_lib/reformat_struc.c:1673:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1673 |   fp=vfopen (output, "a");
      |                      ^~~
util_lib/reformat_struc.c: In function ‘short int** seq2nb(char*, char*, float, char*)’:
util_lib/reformat_struc.c:1738:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1738 |   T=read_ca_trace (struc_file, "ATOM");
      |                                ^~~~~~
 CC util_lib/reformat.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/reformat.c:35:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int seq_reformat(int, char**)’:
util_lib/reformat.c:138:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  138 |         argv=break_list ( in_argv, &argc, "=;, \n");
      |                                           ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:721:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  721 |                           set_string_variable ("exon_boundaries", argv[a+1]);
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:727:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  727 |                           set_int_variable ("overaln_threshold", atoi(argv[a+1]));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:733:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  733 |                           set_int_variable ("overaln_target", atoi(argv[a+1]));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:739:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  739 |                           set_int_variable ("overaln_P1", atoi(argv[a+1]));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:745:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  745 |                           set_int_variable ("overaln_P2", atoi(argv[a+1]));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:751:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  751 |                           set_int_variable ("overaln_P3", atoi(argv[a+1]));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:757:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  757 |                           set_int_variable ("overaln_P4", atoi(argv[a+1]));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:774:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  774 |                     set_string_variable ("treemode", argv[++a]);
      |                                          ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:778:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  778 |                     set_int_variable ("keep", atoi(argv[++a]));
      |                                       ^~~~~~
util_lib/reformat.c:892:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  892 |                               cputenv ("%s=%s", argv[a+1], argv[a+2]);
      |                                        ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:898:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  898 |                     cputenv ( "BIG_4_SEQ_REFORMAT=1");
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence_data_struc* read_data_structure(char*, char*, Action_data_struc*)’:
util_lib/reformat.c:1071:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1071 |           myexit (fprintf_error (stderr,"Pathname exceeds maximum allowd [10000]:\n%s\n",in_file));
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1176:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1176 |                   D->S=perl_reformat2fasta ("excel2fasta.pl",in_file);
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1182:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1182 |                   D->S=perl_reformat2fasta ("pavie2fasta.pl",in_file);
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1224:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1224 |                         add_warning (stderr, "FAILED TO find PDB File %s", in_file);
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* read_alifold(char*)’:
util_lib/reformat.c:1322:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1322 |   substitute (S->seq[0], "\n", "\0");
      |                          ^~~~
util_lib/reformat.c:1322:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1322 |   substitute (S->seq[0], "\n", "\0");
      |                                ^~~~
util_lib/reformat.c:1323:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1323 |   substitute (S->seq[0], " ", "\0");
      |                          ^~~
util_lib/reformat.c:1323:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1323 |   substitute (S->seq[0], " ", "\0");
      |                               ^~~~
util_lib/reformat.c:1324:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1324 |   substitute (S->seq[0], "_", STOCKHOLM_STRING);
      |                          ^~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/reformat.c:35:
./coffee_defines.h:316:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  316 | #define STOCKHOLM_STRING "z"
      |                          ^~~
util_lib/reformat.c:1324:31: note: in expansion of macro ‘STOCKHOLM_STRING’
 1324 |   substitute (S->seq[0], "_", STOCKHOLM_STRING);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1326:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1326 |   substitute (S->seq[1], "\n", "\0");
      |                          ^~~~
util_lib/reformat.c:1326:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1326 |   substitute (S->seq[1], "\n", "\0");
      |                                ^~~~
util_lib/reformat.c:1327:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1327 |   substitute (S->seq[1], " ", "\0");
      |                          ^~~
util_lib/reformat.c:1327:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1327 |   substitute (S->seq[1], " ", "\0");
      |                               ^~~~
util_lib/reformat.c:1328:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1328 |   substitute (S->seq[1], ".", STOCKHOLM_STRING);
      |                          ^~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/reformat.c:35:
./coffee_defines.h:316:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  316 | #define STOCKHOLM_STRING "z"
      |                          ^~~
util_lib/reformat.c:1328:31: note: in expansion of macro ‘STOCKHOLM_STRING’
 1328 |   substitute (S->seq[1], ".", STOCKHOLM_STRING);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* main_read_seq(char*)’:
util_lib/reformat.c:1346:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1346 |        register_file4dump (name, "r");/*make sure file is included in dump*/
      |                                  ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* quick_read_seq(char*)’:
util_lib/reformat.c:1386:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1386 |   register_file4dump (file, "r");
      |                             ^~~
util_lib/reformat.c:1398:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1398 |   else if (printf_system ( "seq2name_seq.pl %s > %s",file, tmp_file=vtmpnam(NULL))==EXIT_SUCCESS)
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1408:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1408 |       myexit(fprintf_error (stderr,"ERROR - quick_read_seq: duplicated sequence in %s  ", file));
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* FastaRecord2name(char*)’:
util_lib/reformat.c:1475:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1475 |   value=p=name=csprintf(name, "%s", record);
      |                               ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_fasta_record(char*, char*, int)’:
util_lib/reformat.c:1488:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1488 |       myexit(fprintf_error (stderr,"Invalid Fasta Record [%s][%s]",(r)?r:"empty", (file)?file:"empty"));
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* FastaRecord2comment(char*)’:
util_lib/reformat.c:1501:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1501 |   p=name=csprintf(name, "%s", record);
      |                         ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* FastaRecord2header(char*)’:
util_lib/reformat.c:1523:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1523 |   value=p=name=csprintf(name, "%s", record);
      |                               ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* FastaRecord2seq(char*)’:
util_lib/reformat.c:1535:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1535 |   p=name=csprintf(name, "%s", record);
      |                         ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* file2record_it(char*, int, long int*)’:
util_lib/reformat.c:1578:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1578 |       fp=vfopen (name, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* file2record_old(char*, int, long int*)’:
util_lib/reformat.c:1633:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1633 |   fp=vfopen (file, "r");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘long int* fasta2map(char*)’:
util_lib/reformat.c:1655:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1655 |   if ( !file || !check_file_exists (file) || !(fp=vfopen(file, "r"))) return NULL;
      |                                                                ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int fasta2nseq(char*)’:
util_lib/reformat.c:1690:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1690 |   if (!(fp=vfopen (file, "r")))return -1;
      |                          ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* split_fasta(char*, int)’:
util_lib/reformat.c:1724:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1724 |       if (buf[0]=='/')odir=csprintf (odir,"%s/",buf);
      |                                           ^~~~~
util_lib/reformat.c:1725:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1725 |       else odir=csprintf (odir,"./%s/", buf);
      |                                ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:1728:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1728 |     odir=csprintf (odir, "./");
      |                          ^~~~
util_lib/reformat.c:1747:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1747 |           if (n<10)fill=csprintf (fill, "00");
      |                                         ^~~~
util_lib/reformat.c:1748:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1748 |           else if (n<100)fill=csprintf (fill, "0");
      |                                               ^~~
util_lib/reformat.c:1749:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1749 |           else fill=csprintf (fill, "0");
      |                                     ^~~
util_lib/reformat.c:1752:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1752 |           split=csprintf(split,"%s%s.%s%d.split", odir,ofile, fill,n);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1754:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1754 |           fp=vfopen(split, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c:1770:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1770 |           HERE ("FAILED to parse file. Possible file corruption [FATAL]");exit (0);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* quick_read_fasta_aln(Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:1794:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1794 |       A->seq_al[i]=csprintf (A->seq_al[i], "%s", seq2clean(FastaRecord2seq(s)));
      |                                            ^~~~
util_lib/reformat.c:1795:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1795 |       A->name[i]=csprintf (A->name[i], "%s", FastaRecord2name(s));
      |                                        ^~~~
util_lib/reformat.c:1796:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1796 |       A->aln_comment[i]=csprintf (A->aln_comment[i], "%s", FastaRecord2comment(s));
      |                                                      ^~~~
util_lib/reformat.c:1797:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1797 |       A->file[i]=csprintf (A->file[i], "%s", file);
      |                                        ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* main_read_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:1821:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1821 |        register_file4dump (name, "r");/*make sure file is in dump*/
      |                                  ^~~
util_lib/reformat.c:1839:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1839 |        else if   ( printf_system ( "seq2name_seq.pl %s > %s",name, tmp_name=vtmpnam(NULL))==EXIT_SUCCESS)//takes care of common formats
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1851:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1851 |              myexit(fprintf_error (stderr,"ERROR - (main_read_aln): unknown format for %s ",name));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1862:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1862 |             myexit(fprintf_error (stderr,"ERROR - (main_read_aln): duplicated sequence in File %s ", A->file[0]));
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* identify_seq_format(char*)’:
util_lib/reformat.c:1896:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1896 |            FILE *fp=vfopen (file, "r");
      |                                   ^~~
util_lib/reformat.c:1899:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1899 |              myexit(fprintf_error (stderr,"ERROR - [-big] can only process FASTA files and %s is not a FASTA [FATAL:%s] ",file, PROGRAM));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1901:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1901 |              format=csprintf (format, "fasta_seq");
      |                                       ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1911:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1911 |            HERE ("TEST The various formats");
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1913:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1913 |            HERE ("test 1: %d", is_nameseq (file));;
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1914:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1914 |            HERE ("test 2: %d", is_stockholm_aln(file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1915:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1915 |            HERE ("test 3: %d", format_is_msf (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1916:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1916 |            HERE ("test 4: %d", is_blast_file (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1917:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1917 |            HERE ("test 5: %d", fast_format_determination(file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1918:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1918 |            HERE ("test 6: %d", format_is_oligo    (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1919:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1919 |            HERE ("test 7: %d", format_is_saga    (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1920:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1920 |            HERE ("test 8: %d", format_is_conc_aln    (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1921:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1921 |            HERE ("test 9: %d", is_lib (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1922:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1922 |            HERE ("test 10: %d", is_lib_02 (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1923:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1923 |            HERE ("test 11: %d", is_treelist (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1924:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1924 |            HERE ("test 12: %d", is_newick(file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1925:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1925 |            HERE ("test 13: %d",  is_mafft_newick(file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:1926:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1926 |            HERE ("test 14: %d", is_nexus (file));
      |                  ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* name2type_name(char*)’:
util_lib/reformat.c:2025:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2025 |         if (is_in_set (name[0], "ALSMXPRW") && !check_file_exists(name))
      |                                 ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char identify_format(char**)’:
util_lib/reformat.c:2044:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2044 |            if ((is_in_set (mode, "ALMSPR") && check_file_exists(fname[0]+1)) ||(mode=='X' && is_matrix ( fname[0]+1)) ||(mode=='M' && is_method(fname[0]+1)) )
      |                                  ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_pdb_name_new(char*)’:
util_lib/reformat.c:2092:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2092 |           char *s=printf_system2string ("extract_from_pdb -is_pdb_name \'%s\'", name);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2098:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2098 |               substitute (s, "\n", "");
      |                              ^~~~
util_lib/reformat.c:2098:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2098 |               substitute (s, "\n", "");
      |                                    ^~
util_lib/reformat.c:2099:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2099 |               substitute (s, "\n", "");
      |                              ^~~~
util_lib/reformat.c:2099:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2099 |               substitute (s, "\n", "");
      |                                    ^~
util_lib/reformat.c:2103:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2103 |               buf_names[nbuf]=csprintf ( buf_names[nbuf], "%s", name);
      |                                                           ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_pdb_name(char*)’:
util_lib/reformat.c:2138:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2138 |       fp=vfopen ( result_file, "r");
      |                                ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* get_pdb_id(char*)’:
util_lib/reformat.c:2176:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2176 |   fp=vfopen (tmp_name, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* get_pdb_struc(char*, int, int)’:
util_lib/reformat.c:2205:106: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2205 |           fprintf ( stderr, "\nERROR Could not download structure %s [FATAL:%s]\n", name, PROGRAM);crash("");
      |                                                                                                          ^~
util_lib/reformat.c:2219:141: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2219 |               fprintf ( stderr, "\nERROR Could not extract segment [%d %d] from structure %s [FATAL:%s]\n",start, end, name, PROGRAM);crash("");
      |                                                                                                                                             ^~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* is_pdb_struc(char*)’:
util_lib/reformat.c:2243:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2243 |   name[a]=csprintf ( name[a], "%s", iname);a++;
      |                               ^~~~
util_lib/reformat.c:2244:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2244 |   name[a]=csprintf ( name[a], "%s.pdb", iname);a++;
      |                               ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2245:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2245 |   if (getenv ("PDB_DIR"))name[a]=csprintf ( name[a], "%s/%s", getenv("PBD_DIE"),iname);a++;
      |                                                      ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:2246:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2246 |   if (getenv ("PDB_DIR"))name[a]=csprintf ( name[a], "%s/%s.pdb",getenv("PDB_DIR"),iname);a++;
      |                                                      ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2247:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2247 |   if (get_cache_dir())name[a]=csprintf ( name[a], "%s/%s", get_cache_dir(),iname);a++;
      |                                                   ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:2248:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2248 |   if (get_cache_dir())name[a]=csprintf ( name[a], "%s/%s.pdb", get_cache_dir(),iname);a++;
      |                                                   ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2252:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2252 |       name[i]=substitute(name[i], " ", "");
      |                                   ^~~
util_lib/reformat.c:2252:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2252 |       name[i]=substitute(name[i], " ", "");
      |                                        ^~
util_lib/reformat.c:2255:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2255 |   add_warning(stderr, "%s Could not be used to find a PDB template",iname);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* is_pdb_struc_strict(char*)’:
util_lib/reformat.c:2264:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2264 |      if ((r=get_string_variable(name))!=NULL)return csprintf(NULL, "%s",r);
      |                                                                    ^~~~
util_lib/reformat.c:2269:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2269 |          HERE ("extract_from_pdb -netfile \'%s\' > %s/%s 2>/dev/null",name, get_cache_dir(),name);
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2270:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2270 |          printf_system ("extract_from_pdb -netfile \'%s\' > %s/%s 2>/dev/null",name, get_cache_dir(),name);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2279:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2279 |          return csprintf (NULL, "%s", r);
      |                                 ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* is_pdb_struc_strict_old2(char*)’:
util_lib/reformat.c:2339:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2339 |          printf_system ("extract_from_pdb -netfile \'%s\' > %s/%s 2>/dev/null",name, get_cache_dir(),name);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2356:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2356 |      return r?csprintf (NULL, "%s", r):NULL;
      |                               ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* atom2pdbF(char*)’:
util_lib/reformat.c:2363:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2363 |   printf_system ("extract_from_pdb %s > %s", in,tmp);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* fix_pdb_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:2377:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2377 |       in=csprintf (in,"%s",check_file_exists (in1));
      |                       ^~~~
util_lib/reformat.c:2381:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2381 |       in=csprintf (in,"%s/%s",getenv("PDB_DIR"), in1);
      |                       ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:2383:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2383 |       else in=csprintf (in,"%s",in1);
      |                            ^~~~
util_lib/reformat.c:2385:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2385 |   else in=csprintf (in,"%s", in1);
      |                        ^~~~
util_lib/reformat.c:2399:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2399 |           add_warning ( stderr, "File %s does not contain any ATOM field [%s:WARNING]",in, PROGRAM);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2403:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2403 |         add_warning ( stderr, "File %s is a partial PDB File - regenerated from ATOM with extract_from_pdb [%s:WARNING]",in, PROGRAM);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2411:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2411 |           add_warning ( stderr, "Could not use SEQRES field in %s -- used ATOM instead [%s:WARNING]",in, PROGRAM);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2415:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2415 |       tmp=csprintf (tmp, "%s", in);
      |                          ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_sap_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:2427:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2427 |         if ((fp=find_token_in_file (name, NULL, "Percent"))!=NULL)
      |                                                 ^~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2429:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2429 |             if ((fp=find_token_in_file (name,fp, "Percent"))!=NULL)
      |                                                  ^~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_blast_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:2449:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2449 |          else if (token_is_in_file (name, "<SequenceSimilaritySearchResult>"))
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2455:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2455 |              if (token_is_in_file (name, "Lambda") && token_is_in_file (name, "Altschul,"))
      |                                          ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2455:79: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2455 |              if (token_is_in_file (name, "Lambda") && token_is_in_file (name, "Altschul,"))
      |                                                                               ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_simple_pdb_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:2469:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2469 |   if ((fp=find_token_in_file (name, NULL, "SIMPLE_PDB_FORMAT"))!=NULL){vfclose (fp);return 1;}
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int pdb_has_atom(char*)’:
util_lib/reformat.c:2488:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2488 |          if ((fp=find_token_in_file (name, NULL, "\nATOM"))!=NULL)
      |                                                  ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_pdb_file_old(char*)’:
util_lib/reformat.c:2512:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2512 |          if ((fp=find_token_in_file (name, NULL, "\nHEADER"))!=NULL)
      |                                                  ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2520:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2520 |          if ((fp=find_token_in_file (name, NULL, "\nSEQRES"))!=NULL)
      |                                                  ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2527:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2527 |          if ((fp=find_token_in_file (name, NULL, "\nATOM"))!=NULL)
      |                                                  ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_treelist(char*)’:
util_lib/reformat.c:2652:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2652 |   fp=vfopen (name, "r");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_clustalw_matrix(char*)’:
util_lib/reformat.c:2683:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2683 |        if ( (fp=find_token_in_file (name, NULL, "CLUSTALW_MATRIX"))!=NULL){vfclose(fp);return 1;}
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_pavie_matrix(char*)’:
util_lib/reformat.c:2692:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2692 |        if ( (fp=find_token_in_file (name, NULL, "PAVIE_MATRIX"))!=NULL){vfclose(fp);return 1;}
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_distance_matrix_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:2698:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2698 |   if ( (fp=find_token_in_file (name, NULL, "TC_DISTANCE_MATRIX_FORMAT_01"))!=NULL){vfclose(fp);return 1;}
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_similarity_matrix_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:2704:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2704 |   if ( (fp=find_token_in_file (name, NULL, "TC_SIMILARITY_MATRIX_FORMAT_01"))!=NULL){vfclose(fp);return 1;}
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_blast_matrix(char*)’:
util_lib/reformat.c:2713:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2713 |   if (check_file_for_token   (name,"BLAST_MATRIX"))r=1;
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2714:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2714 |   else if (check_file_for_token(name,"BZX*"))r=1;
      |                                      ^~~~~~
util_lib/reformat.c:2715:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2715 |   else if (check_file_for_token(name,"B  Z  X  *"))r=1;
      |                                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2716:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2716 |   else if (check_file_for_token(name,"B   Z   X   *"))r=1;
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_single_seq_weight_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:2725:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2725 |   return token_is_in_file ( name, "SINGLE_SEQ_WEIGHT_FORMAT_01");
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_nameseq(char*)’:
util_lib/reformat.c:2730:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2730 |   return token_is_in_n_lines (file,"#NAMESEQ_01",2);
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_nexus(char*)’:
util_lib/reformat.c:2734:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2734 |   return token_is_in_n_lines (file,"#NEXUS",10);
      |                                    ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_stockholm_aln(char*)’:
util_lib/reformat.c:2740:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2740 |   return token_is_in_n_lines (file,"STOCKHOLM",2);
      |                                    ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_lib_02(char*)’:
util_lib/reformat.c:2751:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2751 |   return token_is_in_file ( name, "TC_LIB_FORMAT_02");
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_lib_01(char*)’:
util_lib/reformat.c:2759:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2759 |          if ( token_is_in_file ( name, "TC_LIB_FORMAT_01")) return 1;
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2760:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2760 |          else if (token_is_in_file ( name, "T-COFFEE_LIB_FORMAT_01"))return 1;
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:2761:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2761 |          else if (token_is_in_file (name, "SEQ_1_TO_N"))return 1;
      |                                           ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_lib_list(char*)’:
util_lib/reformat.c:2768:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2768 |   if ( token_is_in_file ( name, "TC_LIB_LIST_FORMAT_01")) return 1;
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int is_method(char*)’:
util_lib/reformat.c:2777:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2777 |         if ( (token_is_in_file(new_file, "TC_METHOD_FORMAT_01"))){return 1;}
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int format_is_oligo(char*)’:
util_lib/reformat.c:2815:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2815 |     fp=vfopen ( file, "r");
      |                       ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int format_is_msf(char*)’:
util_lib/reformat.c:2830:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2830 |       if (!token_is_in_n_lines (file,"MSF:",5)) return 0;
      |                                      ^~~~~~
util_lib/reformat.c:2831:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2831 |       else if (!token_is_in_n_lines (file,"Type:",5))return 0;
      |                                           ^~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int format_is_not_fasta(char*)’:
util_lib/reformat.c:2842:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2842 |   fp=vfopen (name, "r");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int format_is_conc_aln(char*)’:
util_lib/reformat.c:3064:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3064 |   if ( (fp=find_token_in_file (file, NULL, "CONC_MSF_FORMAT_01"))){vfclose (fp); return 1;}
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int format_is_saga(char*)’:
util_lib/reformat.c:3070:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3070 |     if (token_is_in_file_n(file, "SAGA", 2))return 1;
      |                                  ^~~~~~
util_lib/reformat.c:3071:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3071 |     else if (token_is_in_file_n(file, "CLUSTAL", 2))return 1;
      |                                       ^~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3072:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3072 |     else if (token_is_in_file_n(file, "CLUSTALW", 2))return 1;
      |                                       ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3073:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3073 |     else if (token_is_in_file_n(file, "ClustalW", 2))return 1;
      |                                       ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3074:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3074 |     else if (token_is_in_file_n(file, "clustalw", 2))return 1;
      |                                       ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3075:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3075 |     else if (token_is_in_file_n(file, "T-COFFEE_MSA", 2))return 1;
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3076:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3076 |     else if (token_is_in_file_n(file, "INTERLEAVED_MSA", 2))return 1;
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int main_output(Sequence_data_struc*, Sequence_data_struc*, Sequence_data_struc*, char*, char*)’:
util_lib/reformat.c:3141:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3141 |             else fp=vfopen (out_file, "w");
      |                                       ^~~
util_lib/reformat.c:3183:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3183 |             fp=vfopen (out_file, "w");
      |                                  ^~~
util_lib/reformat.c:3221:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3221 |             fp=vfopen (out_file, "w");
      |                                  ^~~
util_lib/reformat.c:3334:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3334 |                 add_warning ( stderr, "Cannot output sec_html:_E_ template file (sec. struc.) is required for this output", PROGRAM);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3378:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3378 |                 add_warning ( stderr, "Cannot output tm_html:_T_ template file (trans. Memb. ) is required for this output", PROGRAM);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3392:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3392 |                 printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nYou must provide an obj file via the -struc_in flag [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3397:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3397 |             CL=declare_constraint_list ( DST->S,NULL, NULL, 0,NULL, read_matrice("pam250mt"));
      |                                                                                  ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3484:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3484 |             vfclose (output_aln ( D1->A, vfopen (out_file, "w")));
      |                                                            ^~~
util_lib/reformat.c:3494:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3494 |             analyse_pdb ( D1->A,DST->A, "stdout");
      |                                         ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3626:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3626 |                   else output_phylip_aln ( out_file,B,"w");
      |                                                       ^~~
util_lib/reformat.c:3646:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3646 |                         else output_phylip_aln ( out_file,C, "w");
      |                                                              ^~~
util_lib/reformat.c:3684:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3684 |                 else output_phylip_aln ( out_file, D1->A, "w");
      |                                                           ^~~
util_lib/reformat.c:3712:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3712 |             output_phylip_aln ( out_file, D1->A, "w");
      |                                                  ^~~
util_lib/reformat.c:3782:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3782 |                   else if ( (s=get_string_variable ("exon_boundaries")))
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3794:73: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3794 |                   else sprintf (F->mode, "%s", ((s=get_string_variable ("overaln_mode")))?s:"lower");
      |                                                                         ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3795:142: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3795 |                   if (!strm (F->mode, "lower") && !strm (F->mode, "unalign") && !strm (F->mode, "unalign2"))printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"\nERROR: unknown overaln_mode in overaln output [%s] [FATAL:%s]", mode, PROGRAM);
      |                                                                                                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3871:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3871 |             printf_system( "msa2bootstrap.pl -i %s -o %s -input tree >/dev/null 2>/dev/null",tlist, out_file);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:3928:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3928 |                 output_constraints (out_file, "pdb",D1->A);
      |                                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:3948:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3948 |             else if (!D1->CL)output_constraints (out_file,"sim", D1->A);
      |                                                           ^~~~~
util_lib/reformat.c:3949:104: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3949 |             else if (D1->CL) vfclose ( save_constraint_list ( D1->CL, 0, (D1->CL)->ne, out_file, NULL, "ascii",(D1->CL)->S));
      |                                                                                                        ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:3977:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3977 |                 fp=vfopen ( out_file, "w");
      |                                       ^~~
util_lib/reformat.c:4089:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4089 |                   output_statistics (out_file, D1->A, "nrl");
      |                                                       ^~~~~
util_lib/reformat.c:4094:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4094 |                   if ( D1->A)output_statistics (out_file, D1->A, "n");
      |                                                                  ^~~
util_lib/reformat.c:4098:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4098 |                       TS=tree2seq(D1->T, NULL);print_array_char (vfopen(out_file, "w"), TS->name, TS->nseq, "\n");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/reformat.c:4098:109: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4098 |                       TS=tree2seq(D1->T, NULL);print_array_char (vfopen(out_file, "w"), TS->name, TS->nseq, "\n");
      |                                                                                                             ^~~~
util_lib/reformat.c:4110:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4110 |                   lfp=vfopen (out_file, "w");
      |                                         ^~~
util_lib/reformat.c:4170:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4170 |                 FILE *fpx=vfopen (out_file, "w");
      |                                             ^~~
util_lib/reformat.c:4175:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4175 |                     else printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Distance Matrix Not produced\n", PROGRAM);
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4180:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4180 |             else printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "No Tree to be printed\n", PROGRAM);
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4185:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4185 |               vfclose (tree2file (D1->T, D2->S, "mafftnewick", vfopen (out_file, "w")));
      |                                                                                  ^~~
util_lib/reformat.c:4185:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4185 |               vfclose (tree2file (D1->T, D2->S, "mafftnewick", vfopen (out_file, "w")));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4187:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4187 |               vfclose (tree2file (D1->T, D1->S, "mafftnewick", vfopen (out_file, "w")));
      |                                                                                  ^~~
util_lib/reformat.c:4187:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4187 |               vfclose (tree2file (D1->T, D1->S, "mafftnewick", vfopen (out_file, "w")));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4189:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4189 |               printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"ERROR -output=mafftnewick requires -in2=<seqfile> [FATAL]");
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4200:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4200 |               vfclose (tree2file (D1->T, D2->S, "mafftnewick", vfopen (mafftdnd, "w")));
      |                                                                                  ^~~
util_lib/reformat.c:4200:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4200 |               vfclose (tree2file (D1->T, D2->S, "mafftnewick", vfopen (mafftdnd, "w")));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4202:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4202 |               vfclose (tree2file (D1->T, D1->S, "mafftnewick", vfopen (mafftdnd, "w")));
      |                                                                                  ^~~
util_lib/reformat.c:4202:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4202 |               vfclose (tree2file (D1->T, D1->S, "mafftnewick", vfopen (mafftdnd, "w")));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4204:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4204 |               printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"ERROR -output=mafftdndmat requires -in2=<seqfile> [FATAL]");
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4207:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4207 |             printf_system ("newick2mafft.rb %s > %s 2>/dev/null", mafftdnd,mafftmatrix);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4211:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4211 |             lfp1=vfopen (mafftmatrix, "r");
      |                                       ^~~
util_lib/reformat.c:4212:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4212 |             lfp2=vfopen (out_file, "w");
      |                                    ^~~
util_lib/reformat.c:4230:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4230 |                       fpx=vfopen (out_file, "w");
      |                                             ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Weights* get_amps_sd_scores(char*)’:
util_lib/reformat.c:4387:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4387 |         fp=vfopen ( fname, "r");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c:4388:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4388 |         set_fp_id ( fp, "Index");
      |                         ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:4403:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4403 |         fp=vfopen ( fname, "r");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c:4404:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4404 |         set_fp_id ( fp, "Index");
      |                         ^~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Weights* read_seq_weight(char**, int, char*)’:
util_lib/reformat.c:4480:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4480 |            fp=vfopen (seq_weight, "r");
      |                                   ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char*** read_rename_file(char*, int)’:
util_lib/reformat.c:4515:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4515 |   fp=vfopen (fname, "r");
      |                     ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void get_barton_list_tc_seq(char*)’:
util_lib/reformat.c:4541:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4541 |         fp=vfopen (in_file, "r");
      |                             ^~~
util_lib/reformat.c:4542:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4542 |         fp_long=vfopen ( "barton_seq_list_large", "w");
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4542:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4542 |         fp_long=vfopen ( "barton_seq_list_large", "w");
      |                                                   ^~~
util_lib/reformat.c:4543:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4543 |         fp_make=vfopen ( "make_dir", "w");
      |                          ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4543:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4543 |         fp_make=vfopen ( "make_dir", "w");
      |                                      ^~~
util_lib/reformat.c:4544:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4544 |         fp_length=vfopen ( "barton_length", "w");
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4544:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4544 |         fp_length=vfopen ( "barton_length", "w");
      |                                             ^~~
util_lib/reformat.c:4548:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4548 |                 fp_small[a]=vfopen ( name, "w");
      |                                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Structure* read_rna_struc_number(Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:4697:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4697 |         fp=vfopen ( fname, "r");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char*** read_group(char*)’:
util_lib/reformat.c:4790:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4790 |   fp=vfopen (file, "r");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int seqres_equal_atom(char*)’:
util_lib/reformat.c:4836:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4836 |   Sequence *S1=get_pdb_sequence_from_field(fname, "SEQRES");
      |                                                   ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4837:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4837 |   Sequence *S2=get_pdb_sequence_from_field(fname, "ATOM");
      |                                                   ^~~~~~
util_lib/reformat.c:4844:22: warning: passing NULL to non-pointer argument 2 of ‘void free_sequence(Sequence*, int)’ [-Wconversion-null]
 4844 |   free_sequence (S1, NULL);
      |                      ^~~~
In file included from ./util_lib_header.h:40,
                 from util_lib/reformat.c:36:
./util_lib/util_declare.h:245:40: note:   declared here
  245 | void free_sequence ( Sequence *LS, int nseq);
      |                                    ~~~~^~~~
util_lib/reformat.c:4845:22: warning: passing NULL to non-pointer argument 2 of ‘void free_sequence(Sequence*, int)’ [-Wconversion-null]
 4845 |   free_sequence (S2, NULL);
      |                      ^~~~
In file included from ./util_lib_header.h:40,
                 from util_lib/reformat.c:36:
./util_lib/util_declare.h:245:40: note:   declared here
  245 | void free_sequence ( Sequence *LS, int nseq);
      |                                    ~~~~^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_pdb_sequence(char*)’:
util_lib/reformat.c:4854:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4854 |   if ( (S=get_pdb_sequence_from_field(fname, "SEQRES"))!=NULL);
      |                                              ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4855:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4855 |   else if ( (S=get_pdb_sequence_from_field(fname, "ATOM"))!=NULL)
      |                                                   ^~~~~~
util_lib/reformat.c:4857:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4857 |       add_warning (stderr,"Read Sequence from ATOM field in %s [%s:WARNING]", fname, PROGRAM);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:4861:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4861 |       add_warning ( stderr, "failed to extract sequence from %s [%s:WARNING]", fname, PROGRAM);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* get_pdb_file(char*)’:
util_lib/reformat.c:4916:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4916 |          fp=vfopen ( fname, "r");
      |                             ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_struc_gor(char*)’:
util_lib/reformat.c:4934:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4934 |     fp=vfopen ( fname, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:4957:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4957 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_sequence_dali(char*)’:
util_lib/reformat.c:4995:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4995 |     if ((fp=vfopen (fname,"r"))==NULL)
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c:5022:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5022 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_dialign_sequence(char*)’:
util_lib/reformat.c:5072:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5072 |     if ((fp=vfopen (fname,"r"))==NULL)
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c:5099:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5099 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_pima_sequence(char*)’:
util_lib/reformat.c:5156:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5156 |     if ((fp=vfopen (fname,"r"))==NULL)
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c:5191:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5191 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* perl_reformat2fasta(char*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5236:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5236 |         check_program_is_installed ( perl_command,"", perl_command,EMAIL,IS_FATAL);
      |                                                   ^~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/reformat.c:35:
./coffee_defines.h:405:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  405 | #define EMAIL "cedric.notredame@gmail.com"
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:5236:68: note: in expansion of macro ‘EMAIL’
 5236 |         check_program_is_installed ( perl_command,"", perl_command,EMAIL,IS_FATAL);
      |                                                                    ^~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void check_seq_name(char*)’:
util_lib/reformat.c:5268:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5268 |                 add_warning (stderr, "Seq Name Too long: [%s]. Truncated to %d", sname, MAXNAMES);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_file_list(char*)’:
util_lib/reformat.c:5285:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5285 |   list=file2list (fname, "\n");
      |                          ^~~~
util_lib/reformat.c:5286:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5286 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_fasta_sequence(char*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5336:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5336 |       A->seq[i]=csprintf (A->seq[i], "%s", seq2clean(FastaRecord2seq(s)));
      |                                      ^~~~
util_lib/reformat.c:5337:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5337 |       A->name[i]=csprintf (A->name[i], "%s", FastaRecord2name(s));
      |                                        ^~~~
util_lib/reformat.c:5338:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5338 |       A->seq_comment[i]=csprintf (A->seq_comment[i], "%s", FastaRecord2comment(s));
      |                                                      ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_pir_sequence(char*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5366:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5366 |     if ((fp=vfopen (fname,"r"))==NULL)
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c:5398:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5398 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* get_gor_sequence(char*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5454:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5454 |     if ((fp=vfopen (fname,"r"))==NULL)
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c:5482:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5482 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int fscanf_seq_name(FILE*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5526:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5526 |                 add_warning (stderr, "Seq Name Too long: [%s]. Truncated to %d", name, MAXNAMES);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* dump_msa(Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5550:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5550 |   if (!(fp=vfopen (tmp, "w")))return NULL;
      |                         ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* dump_seq(Sequence*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5564:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5564 |   if (!(fp=vfopen (tmp, "w")))return NULL;
      |                         ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void undump_msa_old(Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:5584:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5584 |   fp=vfopen (tmp, "r");
      |                   ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void dump_msa(char*, Alignment*, int, int*)’:
util_lib/reformat.c:5596:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5596 |   fp=vfopen (file, "w");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void read_stockholm_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:5609:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5609 |   if (printf_system ( "clustalw_aln2fasta_aln.pl %s > %s",file_name, tmp_name)!=EXIT_SUCCESS)
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:5611:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5611 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "Could Not Read File %s [FATAL:%s]\n", file_name, PROGRAM);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:5621:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5621 |               substitute ( S->name[a], "_stockholmspace_", " ");
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:5621:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5621 |               substitute ( S->name[a], "_stockholmspace_", " ");
      |                                                            ^~~
util_lib/reformat.c:5622:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5622 |               substitute ( S->name[a], "_stockholmhasch_", "#");
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:5622:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5622 |               substitute ( S->name[a], "_stockholmhasch_", "#");
      |                                                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* read_blast_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:5643:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5643 |       printf_system("cat %s | blast_aln2fasta_aln.pl | fasta_aln2fasta_aln_unique_name.pl >%s", file_name, tmp_name);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:5648:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5648 |       printf_system("blast_xml2fasta_aln.pl %s >%s", file_name, tmp_name);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void read_number_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:5673:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5673 |     fp=vfopen ( file_name, "r");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c:5676:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5676 |     fp2=vfopen ( fname, "w");
      |                         ^~~
util_lib/reformat.c:5686:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5686 |     fp=vfopen ( fname, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:5723:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5723 |     fp=vfopen ( fname, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:5768:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5768 |     if ((fp=vfopen ( fname, "r"))==NULL)
      |                             ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void read_amps_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:5837:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5837 |         fp=vfopen ( in_file, "r");
      |                              ^~~
util_lib/reformat.c:5838:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5838 |         fp=set_fp_id(fp, "1*");
      |                          ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int get_amps_seq_name(char**, char*)’:
util_lib/reformat.c:5882:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5882 |         fp=vfopen ( fname, "r");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c:5883:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5883 |         fp=set_fp_id ( fp, "Index");
      |                            ^~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* read_gotoh_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:5911:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5911 |     fp=vfopen ( fname, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:5945:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5945 |     fp=vfopen ( fname, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:5964:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5964 |     fp=vfopen ( fname, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_freq_mat(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6101:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6101 |     fp=vfopen ( outfile, "w");
      |                          ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘float output_maln_pval(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6153:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6153 |     fp=find_token_in_file ( result, NULL, "ln(p-value):");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:6162:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6162 |     fp=vfopen ( outfile, "w");
      |                          ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_seq_weights(Weights*, char*)’:
util_lib/reformat.c:6183:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6183 |         fp=vfopen (wfile, "w");
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_pw_weights4saga(Weights*, float**, char*)’:
util_lib/reformat.c:6199:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6199 |         fp=vfopen (wfile, "w");
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int** input_similarities(char*, Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:6260:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6260 |       fp=vfopen (file, "r");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:6286:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6286 |   fp=find_token_in_file (file, NULL, "PW_SEQ_DISTANCES");
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:6287:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6287 |   fp=find_token_in_file (file, fp, "BOT");
      |                                    ^~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* similarities_file2aln(char*)’:
util_lib/reformat.c:6314:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6314 |   fp=vfopen (file, "r");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c:6315:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6315 |   while ((fp=find_token_in_file (file,fp, "SEQ_INDEX")))nseq++;
      |                                           ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:6318:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6318 |   while ((fp=find_token_in_file (file,fp, "SEQ_INDEX")))
      |                                           ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_similarities(char*, Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:6343:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6343 |   fp=vfopen (file, "w");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c:6376:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6376 |                     M=read_matrice ("idmat");
      |                                     ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:6378:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6378 |                     M=read_matrice("blosum62mt");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:6382:97: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6382 |               if ( strstr (mode, "_idscore"))s=idscore_pairseq(S->seq[a], S->seq[b], -10,-1, M, "sim");
      |                                                                                                 ^~~~~
util_lib/reformat.c:6383:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6383 |               else            s=idscore_pairseq(S->seq[a], S->seq[b], -10,-1, M, "cov");
      |                                                                                  ^~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/reformat.c:35:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:6387:58: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 6387 |               s=get_seq_sim ( A->seq_al[a], A->seq_al[b],GAP_LIST, "cov");
      |                                                          ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:6387:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6387 |               s=get_seq_sim ( A->seq_al[a], A->seq_al[b],GAP_LIST, "cov");
      |                                                                    ^~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/reformat.c:35:
./coffee_defines.h:304:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  304 | #define GAP_LIST         "-.#*~"
      |                          ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:6391:59: note: in expansion of macro ‘GAP_LIST’
 6391 |               s=get_seq_fsim2 (A->seq_al[a], A->seq_al[b],GAP_LIST, mode);
      |                                                           ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_similarities_pw(char*, Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:6441:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6441 |     M=read_matrice ("idmat");
      |                     ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:6443:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6443 |     M=read_matrice("blosum62mt");
      |                    ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:6453:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6453 |   fp=vfopen (file, "w");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c:6462:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6462 |           s=idscore_pairseq(SA->seq[a], SB->seq[b], -10,-1, M, "sim");
      |                                                                ^~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_statistics(char*, Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:6538:14: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6538 |         mode="hnrglNL";
      |              ^~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:6545:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6545 |       fp=vfopen (file, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:6557:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6557 |           if (is_in_set ( c, "nlgt"))     fprintf (fp, "\n");
      |                              ^~~~~~
util_lib/reformat.c:6575:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6575 |               if (is_in_set ( c, "nlgt"))d=1;
      |                                  ^~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_transitions(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6694:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6694 |   fp=vfopen (outfile, "a");
      |                       ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_est_prf(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6732:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6732 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_gotoh_seq(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6749:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6749 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_mult_fasta_seq(char*, Alignment*, int)’:
util_lib/reformat.c:6767:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6767 |         fp=vfopen (fname, "w");
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_wexons(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6780:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6780 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_fasta_seq2(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6838:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6838 |                   fp=vfopen (seq_name, "w");
      |                                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_fasta_seq1(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6867:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6867 |                 fp=vfopen (seq_name, "w");
      |                                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_pir_check(char*, int, char**)’:
util_lib/reformat.c:6880:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6880 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_fasta_simple(char*, Sequence*)’:
util_lib/reformat.c:6900:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6900 |   if (!(fp=vfopen (fname, "w")))return;
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void main_output_fasta_seq(char*, Alignment*, int)’:
util_lib/reformat.c:6915:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6915 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_gor_seq(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6933:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6933 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_pir_seq1(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6965:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6965 |                 fp=vfopen (seq_name, "w");
      |                                      ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_mocca_aln(char*, Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:6999:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6999 |     fp=vfopen (outfile, "w");
      |                         ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_constraints(char*, char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7224:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7224 |                fp=save_constraint_list ( CL, 0, CL->ne,fname, NULL, "lib",A->S);
      |                                                                     ^~~~~
util_lib/reformat.c:7240:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7240 |             fp=save_sub_list_header (vfopen(fname, "w"),2, name_list,CL);
      |                                                    ^~~
util_lib/reformat.c:7241:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7241 |             fp=save_extended_constraint_list_pair (CL, "pair",name_list[0],name_list[1],fp);
      |                                                        ^~~~~~
util_lib/reformat.c:7248:73: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7248 |             fp=save_extended_constraint_list ( CL,mode+9, vfopen(fname, "w"));
      |                                                                         ^~~
util_lib/reformat.c:7253:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7253 |                fp=save_constraint_list ( CL, 0, CL->ne,fname, NULL, "lib",A->S);
      |                                                                     ^~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_model_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7277:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7277 |           fp=vfopen ( fname, "w");
      |                              ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* output_fasta_sub_aln(char*, Alignment*, int, int*)’:
util_lib/reformat.c:7297:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7297 |   fp=vfopen (fname, "w");
      |                     ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* output_fasta_sub_aln2(char*, Alignment*, int*, int**)’:
util_lib/reformat.c:7311:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7311 |   fp=vfopen (fname, "w");
      |                     ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_suchard_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7341:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7341 |   fp=vfopen (out_file, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c:7360:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 7360 | }
      | ^
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_mfasta_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7371:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7371 |             fp= vfopen ( fname, "a");//make it possible to output replicates
      |                                 ^~~
util_lib/reformat.c:7377:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7377 |             fp= vfopen ( fname, "w");
      |                                 ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_fasta_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7403:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7403 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_xmfa_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7442:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7442 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_pir_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7478:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7478 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_msf_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7535:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7535 |         fp=vfopen (fname, "w");
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void old_output_msf_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7644:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7644 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_saga_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7697:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7697 |     fp= vfopen ( name, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_compact_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7734:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7734 |     fp= vfopen ( name, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_clustal_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7766:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7766 |   return output_generic_clustal_aln (name, B, "tc_clustal");
      |                                               ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_strict_clustal_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7770:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7770 |   return output_generic_clustal_aln (name, B, "strict_clustal");
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_generic_clustal_aln(char*, Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:7802:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7802 |     fp= vfopen ( name, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_rphylip_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:7923:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7923 |   output_phylip_aln (name, B, "w");
      |                               ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_phylip_aln(char*, Alignment*, char*)’:
util_lib/reformat.c:7937:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7937 |           if (!getenv("ALN_LINE_LENGTH"))cputenv ("ALN_LINE_LENGTH=60");
      |                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:7954:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7954 |       if (check_file_exists(name)) fp= vfopen ( name, "a");//make it possible to output replicates
      |                                                       ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_rnalign(char*, Alignment*, Sequence*)’:
util_lib/reformat.c:8031:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8031 |     fp=vfopen ( bank_file, "w");
      |                            ^~~
util_lib/reformat.c:8044:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8044 |     fp=vfopen ( pep_file, "w");
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_lalign_header(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8109:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8109 |     fp=vfopen ( name, "w");
      |                       ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_stockholm_aln(char*, Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8128:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8128 |   fp=vfopen (file, "w");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_glalign(char*, Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8144:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8144 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* input_conc_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8191:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8191 |   string=substitute ( string, "@", "!Protected!");
      |                               ^~~
util_lib/reformat.c:8191:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8191 |   string=substitute ( string, "@", "!Protected!");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/reformat.c:35:
./coffee_defines.h:375:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  375 | #define TC_REC_SEPARATOR "#### TC REC SEPARATOR ###"
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:8192:31: note: in expansion of macro ‘TC_REC_SEPARATOR’
 8192 |   string=substitute ( string, TC_REC_SEPARATOR, "@");
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:8192:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8192 |   string=substitute ( string, TC_REC_SEPARATOR, "@");
      |                                                 ^~~
util_lib/reformat.c:8199:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8199 |       HERE ("--- %s", p);
      |             ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:8203:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8203 |       buf=substitute (buf,"!protected!", "@");
      |                           ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:8203:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8203 |       buf=substitute (buf,"!protected!", "@");
      |                                          ^~~
util_lib/reformat.c:8205:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8205 |       fp=vfopen (file, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_conc_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8236:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8236 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_lalign_aln(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8294:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8294 |     fp= vfopen ( name, "a");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* thread_dnaseq_on_prot_aln(Sequence*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8430:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8430 |                                printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "thread_dna_seq_on_prot_aln: %s DNA/protein sequences differ [FATAL]", S->name[b]);
      |                                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int** extract_m_diag_streches(int**, int, int, char*, char*, int*)’:
util_lib/reformat.c:8778:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8778 |                                         if ( !is_strech ( "ta", seq1, seq2,mdiag[n_mdiag[0]][0], mdiag[n_mdiag[0]][1],mdiag[n_mdiag[0]][2]))n_mdiag[0]++;
      |                                                           ^~~~
util_lib/reformat.c:8793:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8793 |                         if ( !is_strech ( "ta", seq1, seq2,mdiag[n_mdiag[0]][0], mdiag[n_mdiag[0]][1],mdiag[n_mdiag[0]][2]))n_mdiag[0]++;
      |                                           ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_seq2struc(char*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:8839:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8839 |   fp1=vfopen (tmpfile1, "w");
      |                         ^~~
util_lib/reformat.c:8844:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8844 |       h=aa2property ( s[a], "doolittle"   );
      |                             ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:8845:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8845 |       v=aa2property (s[a], "volume");
      |                            ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:8860:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8860 |   fp1=vfopen (tmpfile2, "r");
      |                         ^~~
util_lib/reformat.c:8861:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8861 |   fp2=vfopen (outfile, "w");
      |                        ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* oneletaa2threeletaa(char)’:
util_lib/reformat.c:8873:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8873 |     if ( aa=='a')return "ALA";
      |                         ^~~~~
util_lib/reformat.c:8874:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8874 |     else if ( aa=='r') return "ARG";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8875:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8875 |     else if ( aa=='n') return "ASN";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8876:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8876 |     else if ( aa=='d') return "ASP";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8877:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8877 |     else if ( aa=='c') return "CYS";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8878:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8878 |     else if ( aa=='q') return "GLN";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8879:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8879 |     else if ( aa=='e') return "GLU";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8880:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8880 |     else if ( aa=='g') return "GLY";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8881:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8881 |     else if ( aa=='h') return "HIS";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8882:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8882 |     else if ( aa=='i') return "ILE";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8883:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8883 |     else if ( aa=='l') return "LEU";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8884:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8884 |     else if ( aa=='k') return "LYS";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8885:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8885 |     else if ( aa=='m') return "MET";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8886:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8886 |     else if ( aa=='f') return "PHE";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8887:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8887 |     else if ( aa=='p') return "PRO";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8888:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8888 |     else if ( aa=='s') return "SER";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8889:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8889 |     else if ( aa=='t') return "THR";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8890:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8890 |     else if ( aa=='w') return "TRP";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8891:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8891 |     else if ( aa=='y') return "TYR";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c:8892:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8892 |     else if ( aa=='v') return "VAL";
      |                               ^~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* transform_sequence(Sequence*, char*)’:
util_lib/reformat.c:9066:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9066 |     printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Unknown -transform mode: %s [FATAL:%s]\n", mode,PROGRAM);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* rna_seq2dna_seq(Sequence*)’:
util_lib/reformat.c:9073:92: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9073 |   if ( !strm(S->type, "DNA") && !strm (S->type, "RNA")) printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Sequences should be *RNA* type [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* dna_seq2rna_seq(Sequence*)’:
util_lib/reformat.c:9088:92: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9088 |   if ( !strm(S->type, "DNA") && !strm (S->type, "RNA")) printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Sequences should be *DNA* type (type=%s) [FATAL:%s]\n", PROGRAM, S->type);
      |                                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int seq2blastdb(char*, Sequence*)’:
util_lib/reformat.c:9212:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9212 |           printf_system ("makeblastdb -in %s -dbtype nucl -logfile /dev/null", out);
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:9215:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9215 |           printf_system ("makeblastdb -in %s -dbtype prot -logfile /dev/null", out);
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int seq2tblastx_db(char*, Sequence*, int)’:
util_lib/reformat.c:9229:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9229 |   fp=vfopen (out, "w");
      |                   ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* clean_gdna_aln(Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:9335:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9335 |            if ( !mat)mat=read_matrice("pam250mt");
      |                                       ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* clean_cdna_aln(Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:9505:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9505 |                mat=read_matrice("pam250mt");
      |                                 ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* translate_splice_dna_aln(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:9710:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9710 |            if ( !mat)mat=read_matrice("pam250mt");
      |                                       ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Alignment* mutate_cdna_aln(Alignment*)’:
util_lib/reformat.c:9925:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9925 |                     new_codon=mutate_amino_acid(r1, "clustalw_col");
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* dnaseq2geneseq(Sequence*, int**)’:
util_lib/reformat.c:10095:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10095 |           HERE ("----FRAMESHIFT: %s", S->name[a]);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘float* genepred2accuracy_counts(char*, char*, float*)’:
util_lib/reformat.c:10542:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10542 |   remove_charset (ref2, "Ff");
      |                         ^~~~
util_lib/reformat.c:10543:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10543 |   remove_charset (target2, "Ff");
      |                            ^~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void modify_data(Sequence_data_struc*, Sequence_data_struc*, Sequence_data_struc*, char**, int, Action_data_struc*)’:
util_lib/reformat.c:11205:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11205 |             bfactor2x_in_pdb (file, "stdout", v);
      |                                     ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11226:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11226 |            HERE ("OR SCAN");
      |                  ^~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11453:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11453 |                printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "+pdb2contacts %s %s requires a template:  -in2 <template_file> [FATAL]", mode, type);
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11476:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11476 |            HERE ("%s %s", tree, seq);
      |                  ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:11511:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11511 |            D1->T= seq2dpa_tree(D1->S,"ktup");
      |                                      ^~~~~~
util_lib/reformat.c:11714:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11714 |            if (!D2->S)printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"ERROR action +mafftnewick2newick requires -in2=<seqfile> [FATAL]");
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11720:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11720 |            if (!D2->S)printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"ERROR action +newick2mafftnewick requires -in2=<seqfile> [FATAL]");
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11734:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11734 |            set_int_variable ("print_replicates",1);
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11807:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11807 |            if (!ACTION(1))myexit(fprintf_error (stderr,"-aln2km_tree <mode:diaa|triaa|aln> <nboot>"));
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11827:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11827 |            cputenv ("TREE_MODE_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11832:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11832 |            if (!ACTION(1))cputenv ("scan3D=100");
      |                                    ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11833:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11833 |            else cputenv ("scan3D=%s",ACTION(1));
      |                          ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11838:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11838 |        else if (strm (action, "print_nsites"))cputenv ("PRINT_NSITES=1");
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11839:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11839 |        else if ( strm(action, "ref_tree"))cputenv ("REFERENCE_TREE=%s", ACTION(1));
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11840:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11840 |        else if ( strm(action, "replicates"))cputenv ("REPLICATES_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11841:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11841 |        else if ( strm(action, "enb"))cputenv ("enb_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11842:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11842 |        else if ( strm(action, "maxd"))cputenv ("maxd_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11843:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11843 |        else if ( strm(action, "max_maxd"))cputenv ("max_maxd_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11844:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11844 |        else if ( strm(action, "min_maxd"))cputenv ("min_maxd_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11845:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11845 |        else if ( strm(action, "strict_maxd"))cputenv ("strict_maxd_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11846:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11846 |        else if ( strm(action, "soft_maxd"))cputenv ("soft_maxd_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11847:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11847 |        else if ( strm(action, "first_maxd"))cputenv ("first_maxd_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11848:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11848 |        else if ( strm(action, "odir"))cputenv ("odir_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11853:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11853 |            for (xx=1; xx<n_actions; xx++)ml=csprintf (ml, "%s%s ", (ml)?ml:"",ACTION(xx));
      |                                                           ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:11854:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11854 |            cputenv ("align_method_4_TCOFFEE=%s",ml);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11856:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11856 |        else if ( strm(action, "gap"))cputenv ("gap_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11857:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11857 |        else if ( strm(action, "phylo3d_dm"))cputenv ("THREED_TREE_MODE=%s",ACTION(1));
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11858:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11858 |        else if ( strm(action, "phylo3d_exp"))cputenv ("THREED_TREE_MODE_EXP=%s",ACTION(1));
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11859:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11859 |        else if ( strm(action, "phylo3d_noweights"))cputenv ("THREED_TREE_NO_WEIGHTS=%s",ACTION(1));
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11863:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11863 |            set_string_variable ("columns4treeF",f);//legacy
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11865:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11865 |            cputenv ("columns4tree_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11871:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11871 |              printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: +phylo3D requires a tenmplate file via -in2");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11872:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11872 |            D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2->S,D1->CL, "intra","distances",1000000);
      |                                                      ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:11872:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11872 |            D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2->S,D1->CL, "intra","distances",1000000);
      |                                                              ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11886:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11886 |            if      (!ACTION(1))cputenv ("REPLICATES_4_TCOFFEE=1");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11887:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11887 |            else if (is_number(ACTION(1)))cputenv ("REPLICATES_4_TCOFFEE=%s",ACTION(1));
      |                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11893:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11893 |                    if      (strm (action_list[j], "mode")) cputenv ("TREE_MODE_4_TCOFFEE=%s",action_list[j+1]);
      |                                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11894:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11894 |                    else if (strm (action_list[j], "gap" )) cputenv ("TREE_GAP_4_TCOFFEE=%s" ,action_list[j+1]);
      |                                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11895:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11895 |                    else if (strm (action_list[j], "replicates"))cputenv ("REPLICATES_4_TCOFFEE=%s" ,action_list[j+1]);
      |                                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11896:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11896 |                    else if (strm (action_list[j], "group"))cputenv ("SGROUP_4_TCOFFEE=%s" ,action_list[j+1]);
      |                                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11898:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11898 |                      printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s is not a known +%s parameter (replicates <int>|mode <string>|gap <float>|goup <seqfile>)[FATAL]",action,action_list[j]);
      |                                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11907:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11907 |            else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: -evaluateGroup requires a sequence list in FASTA formal [FATAL]") ;
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11916:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11916 |            else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: -evaluateTree requires a sequence list in FASTA formal [FATAL]") ;
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11931:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11931 |                 cputenv ("SGROUP_4_TCOFFEE=%s" ,ACTION(na+1));
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11932:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11932 |                 cputenv ("REPLICATES_4_TCOFFEE=columns");
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11938:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11938 |                ev3d="strike";
      |                     ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11957:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11957 |                ev3d="distances";
      |                     ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11966:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11966 |                ev3d="contacts";
      |                     ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:11999:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11999 |                D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL, "intra","distances",-1);
      |                                                                    ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:11999:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
11999 |                D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL, "intra","distances",-1);
      |                                                                            ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12043:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12043 |                 cputenv ("SGROUP_4_TCOFFEE=%s" ,ACTION(na+1));
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12044:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12044 |                 cputenv ("REPLICATES_4_TCOFFEE=columns");
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12050:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12050 |                ev3d="strike";
      |                     ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12070:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12070 |                ev3d="distances";
      |                     ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12080:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12080 |                ev3d="contacts";
      |                     ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12097:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12097 |                  D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL, "intra","distances",(max==0)?1000000:max);//make no limit if Max==0
      |                                                                      ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:12097:78: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12097 |                  D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL, "intra","distances",(max==0)?1000000:max);//make no limit if Max==0
      |                                                                              ^~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12099:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12099 |                  D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL, "intra","contacts",0);
      |                                                                      ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:12099:78: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12099 |                  D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL, "intra","contacts",0);
      |                                                                              ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12103:71: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12103 |                    D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL,"intra", "contacts",0);
      |                                                                       ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:12103:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12103 |                    D1->CL=pdb2contacts (D1->S, D2?(D2->S):NULL,D1->CL,"intra", "contacts",0);
      |                                                                                ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12237:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12237 |                else CL->M=read_matrice ("idmat");
      |                                         ^~~~~~~
util_lib/reformat.c:12253:85: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12253 |                CL=declare_constraint_list ( DST->S,NULL, NULL, 0,NULL, read_matrice("pam250mt"));
      |                                                                                     ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12258:85: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12258 |                CL=declare_constraint_list ( DST->S,NULL, NULL, 0,NULL, read_matrice("pam250mt"));
      |                                                                                     ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12267:85: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12267 |                CL=declare_constraint_list ( DST->S,NULL, NULL, 0,NULL, read_matrice("pam250mt"));
      |                                                                                     ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12273:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12273 |                printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: +evaluate mode [%s] is unknown[FATAL]", action_list[1]);
      |                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12391:118: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12391 |            D1->A= make_random_aln(NULL,(n_actions==1)?1:atoi(action_list[1]),(n_actions==2)?100:atoi(action_list[2]),"acdefghiklmnpqrstvwy");
      |                                                                                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12586:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12586 |                HERE ("process %s",  (D1->S)->name[a]);
      |                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12592:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12592 |                        sim=get_seq_sim (A->seq_al[b], A->seq_al[c], "-", "");
      |                                                                     ^~~
util_lib/reformat.c:12592:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12592 |                        sim=get_seq_sim (A->seq_al[b], A->seq_al[c], "-", "");
      |                                                                          ^~
util_lib/reformat.c:12602:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12602 |                HERE ("process %s",  (D1->S)->name[a]);
      |                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12608:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12608 |                        sim=get_seq_sim (A->seq_al[b], A->seq_al[c], "-", "");
      |                                                                     ^~~
util_lib/reformat.c:12608:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12608 |                        sim=get_seq_sim (A->seq_al[b], A->seq_al[c], "-", "");
      |                                                                          ^~
util_lib/reformat.c:12656:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12656 |              printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Remove_nuc: indicate a number between 1 and 3\n");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:12909:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12909 |                        HERE ("%s", action_list[a]);
      |                              ^~~~
util_lib/reformat.c:12936:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12936 |                buf=csprintf(buf, "%s",(D1->S)->seq[a]);
      |                                  ^~~~
util_lib/reformat.c:12983:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
12983 |            else if ( (s=get_string_variable ("exon_boundaries")))
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13136:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13136 |              printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Error: +thread_dna_on_prot_aln requires -in=<prot_aln> -in2=<dna sequence>");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13163:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13163 |            cputenv ("protein_db_4_TCOFFEE=%s", action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13167:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13167 |            cputenv ("compress_4_TCOFFEE=1");
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13175:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13175 |            cputenv ("thread_4_TCOFFEE=%d", nproc);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13179:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13179 |            cputenv ("num_iterations_4_TCOFFEE=%s", action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13184:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13184 |            cputenv ("outfmt_4_TCOFFEE=%s", action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13188:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13188 |            cputenv ("cache_4_TCOFFEE=%s", action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13192:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13192 |            cputenv ("cache_4_TCOFFEE=%s", action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13197:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13197 |            if (!getenv("thread_4_TCOFFEE"))cputenv ("thread_4_TCOFFEE=1");
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13203:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13203 |                    (D1->A)->seq_comment[a] =csprintf ((D1->A)->seq_comment[a], "%s",(D1->S)->seq_comment[a]);
      |                                                                                ^~~~
util_lib/reformat.c:13204:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13204 |                    (D1->A)->aln_comment[a] =csprintf ((D1->A)->aln_comment[a], "%s",(D1->S)->aln_comment[a]);
      |                                                                                ^~~~
util_lib/reformat.c:13210:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13210 |            cputenv ("prot_min_cov_4_TCOFFEE=%s", action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13214:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13214 |            cputenv ("prot_min_sim_4_TCOFFEE=%s",action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13218:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13218 |            cputenv ("prot_max_sim_4_TCOFFEE=%s",action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13222:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13222 |            cputenv ("psitrim_4_TCOFFEE=%s",action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13226:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13226 |            cputenv ("psitrim_tree_4_TCOFFEE=%s",action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13230:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13230 |            cputenv ("psitrim_mode_4_TCOFFEE=%s",action_list[1]);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13240:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13240 |                    (D1->A)->seq_comment[a] =csprintf ((D1->A)->seq_comment[a], "%s",(D1->S)->seq_comment[a]);
      |                                                                                ^~~~
util_lib/reformat.c:13241:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13241 |                    (D1->A)->aln_comment[a] =csprintf ((D1->A)->aln_comment[a], "%s",(D1->S)->aln_comment[a]);
      |                                                                                ^~~~
util_lib/reformat.c:13248:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13248 |            if (!ATOI_ACTION(1))myexit(fprintf_error (stderr,"-kmeans <nclusters> <mode:diaa|triaa> <outputname>"));
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13273:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13273 |            if (!D1->A)printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"\nERROR: sorttrim requires an MSA as input [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13279:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13279 |            char *tt=get_string_variable ("treemode");
      |                                          ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13369:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13369 |                    rlist=file2list (action_list[1], " ");
      |                                                     ^~~
util_lib/reformat.c:13390:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13390 |                if ( s1<0 || s1>= (D1->A)->nseq)crash ("wrong sequence index");
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13395:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13395 |                if ( s2<0 || s2>= (D1->A)->nseq)crash ("wrong sequence index");
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13472:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13472 |                 fp=vfopen (action_list[1], "r");
      |                                            ^~~
util_lib/reformat.c:13517:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13517 |                 fp=vfopen (action_list[1], "r");
      |                                            ^~~
util_lib/reformat.c:13784:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13784 |            seq2latmat ( D1->S, "stdout");
      |                                ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13816:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13816 |            HERE ("F P1 P2 P3 T");
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13839:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13839 |                re=analyze_overaln (A, B, "_case_l_",t,f,p1,p2,p3);
      |                                          ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13888:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13888 |                                    re=analyze_overaln (A, B, "_case_l_",t,f,p1,p2,p3);
      |                                                              ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13895:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13895 |                                fp=vfopen (fname, "a");
      |                                                  ^~~
util_lib/reformat.c:13922:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13922 |            sprintf (F->mode, "%s", ((s=get_string_variable ("overaln_mode")))?s:"lower");
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13923:106: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13923 |            if (!strm (F->mode, "lower") && !strstr (F->mode, "unalign"))printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"\nERROR: unknown overal_mode in overal output [%s] [FATAL:%s]", F->mode, PROGRAM);
      |                                                                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:13933:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
13933 |            r=aln2pred (D1->A, D2->A,"case_l_");
      |                                     ^~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void aln2mat(Sequence*)’:
util_lib/reformat.c:14228:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14228 |   output_blast_mat (mat, "stdout");
      |                          ^~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int** seq2latmat(Sequence*, char*)’:
util_lib/reformat.c:14243:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14243 |   fp=vfopen (fname, "w");
      |                     ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int** read_blast_matrix(char*)’:
util_lib/reformat.c:14353:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14353 |         fp=vfopen (mat_name, "r");
      |                              ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int** read_blast_matrix_old(char*)’:
util_lib/reformat.c:14426:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14426 |         fp=vfopen ( mat_name, "r");
      |                               ^~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/reformat.c:35:
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_blast_mat(int**, char*)’:
./coffee_defines.h:300:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  300 | #define BLAST_AA_ALPHABET      "arndcqeghilkmfpstwyvbzx*"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:14496:33: note: in expansion of macro ‘BLAST_AA_ALPHABET’
14496 |   return output_mat(mat, fname, BLAST_AA_ALPHABET, 'a');
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_header_mat(int**, char*)’:
util_lib/reformat.c:14513:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14513 |   fp=vfopen (fname, "w");
      |                     ^~~
util_lib/reformat.c:14526:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
14526 | }
      | ^
util_lib/reformat.c: In function ‘int output_mat(int**, char*, char*, int)’:
util_lib/reformat.c:14539:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14539 |   if (!(fp=vfopen (fname, "w")))return 0;
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘void output_pavie_mat(int**, char*, double, char*)’:
util_lib/reformat.c:14567:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14567 |   fp=vfopen (fname, "w");
      |                     ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int** read_pavie_matrix(char*)’:
util_lib/reformat.c:14595:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14595 |         fp=vfopen ( mat_name, "r");
      |                               ^~~
util_lib/reformat.c: In function ‘Sequence* output_pavie_age_channel(Sequence*, char*, int)’:
util_lib/reformat.c:14712:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14712 |     fp=vfopen  ( mat_list_name,"a");
      |                                ^~~
util_lib/reformat.c:14723:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14723 |         display_output_filename ( stdout, "AGE_MAT_LIST", "MAT_LIST", mat_list_name, CHECK);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:14723:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14723 |         display_output_filename ( stdout, "AGE_MAT_LIST", "MAT_LIST", mat_list_name, CHECK);
      |                                                           ^~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:14724:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14724 |         display_output_filename ( stdout, "AGE_SEQ", "FASTA", seq_list, CHECK);
      |                                           ^~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:14724:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14724 |         display_output_filename ( stdout, "AGE_SEQ", "FASTA", seq_list, CHECK);
      |                                                      ^~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘char* decode_name(char*, int)’:
util_lib/reformat.c:14813:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14813 |         printf_file(file, "a", "#CODE: %s <=> %s\n", name_list[a][0], name_list[a][1]);
      |                           ^~~
util_lib/reformat.c:14813:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14813 |         printf_file(file, "a", "#CODE: %s <=> %s\n", name_list[a][0], name_list[a][1]);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c:14853:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
14853 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr,"Unknown Mode for Decode_name [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/reformat.c: In function ‘int fast_format_determination(char*)’:
util_lib/reformat.c:2945:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 2945 | }
      | ^
 CC util_lib/util_job_handling.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_job_handling.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/util_job_handling.c: In function ‘Job_TC* print_lib_job(Job_TC*, char*, ...)’:
util_lib/util_job_handling.c:51:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   51 |   list=string2list2(string, " =");
      |                             ^~~~
 CC util_lib/random.c
 CC util_lib/util_dps.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_dps.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC util_lib/util_constraints_list.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* produce_list(Constraint_list*, Sequence*, char*, char*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:85:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   85 |         CL->local_stderr=vfopen("/dev/null", "w");
      |                                 ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:85:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   85 |         CL->local_stderr=vfopen("/dev/null", "w");
      |                                              ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* fork_subset_produce_list(Constraint_list*, Sequence*, char*, char*, char*, Job_TC*, int, FILE*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:164:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  164 |               vfclose(vfopen (pid_tmpfile[a],"w"));
      |                                              ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:173:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  173 |                   if (a==0)output_completion ( local_stderr,done,todo,1, "Submit   Job");
      |                                                                          ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:174:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  174 |                   job=print_lib_job (job, "io->CL=%p control->submitF=%p control->retrieveF=%p control->mode=%s",CL,submit_lib_job, retrieve_lib_job, CL->multi_thread );
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:182:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  182 |               dump_constraint_list (CL, pid_tmpfile[a], "a");
      |                                                         ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* fork_line_produce_list(Constraint_list*, Sequence*, char*, char*, char*, Job_TC*, int, FILE*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:297:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 |                                         job=print_lib_job (job, "io->CL=%p control->submitF=%p control->retrieveF=%p control->mode=%s",CL,submit_lib_job, retrieve_lib_job, CL->multi_thread );
      |                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:300:96: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  300 |                                         dump_constraint_list ((job->io)->CL,pid_tmpfile[npid], "a");
      |                                                                                                ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:319:110: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  319 |                                                 local_stderr=output_completion ( local_stderr,npid,nlines,1, "Processed   Job");
      |                                                                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:338:91: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  338 |                 local_stderr=output_completion ( local_stderr,npid-(submited-a),nlines,1, "Processed   Job");
      |                                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* fork_cell_produce_list(Constraint_list*, Sequence*, char*, char*, char*, Job_TC*, int, FILE*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:404:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  404 |                 job=print_lib_job (job, "io->CL=%p control->submitF=%p control->retrieveF=%p control->mode=%s",CL,submit_lib_job, retrieve_lib_job, CL->multi_thread );
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:412:80: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  412 |                         dump_constraint_list ((job->io)->CL,pid_tmpfile[npid], "w");
      |                                                                                ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:428:100: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  428 |                                         local_stderr=output_completion ( local_stderr,npid,njob,1, "Processed   Job");
      |                                                                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:442:79: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  442 |                 local_stderr=output_completion ( local_stderr,npid-a, npid,1, "Processed   Job");
      |                                                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Job_TC* retrieve_lib_job(Job_TC*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:474:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  474 |                         io->CL=read_constraint_list (io->CL,io->out,"aln","disk",M->weight);
      |                                                                     ^~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:474:75: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  474 |                         io->CL=read_constraint_list (io->CL,io->out,"aln","disk",M->weight);
      |                                                                           ^~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:479:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  479 |                         io->CL=read_constraint_list (io->CL,io->out,"lib","disk",M->weight);
      |                                                                     ^~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:479:75: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  479 |                         io->CL=read_constraint_list (io->CL,io->out,"lib","disk",M->weight);
      |                                                                           ^~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘int add_method_output2method_log(char*, char*, Alignment*, Constraint_list*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:497:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  497 |             log_file=get_string_variable ("method_log");if (log_file && strm (log_file, "no"))log_file=NULL; set=1;
      |                                           ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:507:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  507 |         if (!header){printf_file ( l, "w", "# CONC_MSF_FORMAT_01\n");header=1;}
      |                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:507:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  507 |         if (!header){printf_file ( l, "w", "# CONC_MSF_FORMAT_01\n");header=1;}
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:508:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  508 |         if (command)printf_file (l,  "a", "%s\n#----------------------------------------------\n#%s\n", TC_REC_SEPARATOR,command);
      |                                      ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:508:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  508 |         if (command)printf_file (l,  "a", "%s\n#----------------------------------------------\n#%s\n", TC_REC_SEPARATOR,command);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:520:78: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  520 |                 vfclose (save_constraint_list ( CL, 0, CL->ne,io_file, NULL, "ascii",CL->S));
      |                                                                              ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Job_TC* submit_lib_job(Job_TC*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:581:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  581 |             substitute (com, "//", "/");
      |                              ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c:581:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  581 |             substitute (com, "//", "/");
      |                                    ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:582:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  582 |             substitute (com, tdir, "./");
      |                                    ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c:584:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  584 |             printf_system ("%s ::IGNORE_FAILURE::", com);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:589:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  589 |             if (!evaluate_sys_call_io (io->out,p->aln_c, "") || (strm (M->out_mode, "aln") && !(is_aln (io->out) || is_seq(io->out))) )
      |                                                          ^~
util_lib/util_constraints_list.c:603:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  603 |                 add_warning (stderr, "FAILED TO EXECUTE:%s [SERIOUS:%s]", p->aln_c, PROGRAM);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:609:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  609 |             myexit(fprintf_error ( stderr, "\nERROR: Unknown out_mode=%s for method[FATAL:%s]\n", M->out_mode, M->executable));
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Job_TC* method2job_list(char*, Sequence*, char*, char*, Distance_matrix*, Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:653:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  653 |       method=method_file2TC_method("no_method");
      |                                    ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:658:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  658 |       return print_lib_job(NULL,"param->out=%s param->TCM=%p",fname+1, method);
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:683:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  683 |               myexit (fprintf_error ( stderr, "%s is not a valid method", fname));
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:690:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  690 |   job=print_lib_job (NULL, "param->TCM=%p", method);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:735:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  735 |                   add_warning ( stderr, "%s is not part of the sequence dataset", list[i]);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:748:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  748 |               job->c=print_lib_job (NULL, "param->TCM=%p param->method=%s param->aln_c=%s param->seq_c=%s io->in=%s io->out=%s ", method, fname, bufA, bufS, in, out);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:772:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  772 |           job->c=print_lib_job (NULL, "param->TCM=%p param->method=%s param->aln_c=%s param->seq_c=%s io->in=%s io->out=%s ", method, fname, bufA, bufS, in, out, S->template_file);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:793:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  793 |       fp=vfopen (tmpf, "w");
      |                        ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:805:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  805 |                   job->c=print_lib_job (NULL, "param->TCM=%p param->method=%s param->aln_c=%s param->seq_c=%s io->in=%s io->out=%s ", method, fname, bufA, bufS, in, out, S->template_file);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:809:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  809 |               fp=vfopen (tmpf, "w");
      |                                ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:847:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  847 |                       job->c=print_lib_job (job->c, "param->TCM=%p param->method=%s param->aln_c=%s param->seq_c=%s io->in=%s io->out=%s ",method,fname,bufA, bufS, in, out);
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:855:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  855 |                       add_information(stderr, "Method %s cannot be applied to [%s vs %s], proba_pair will be used instead",(method->executable2)?method->executable2:method->executable, (CL->S)->name[x], (CL->S)->name [y]);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:858:86: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  858 |                           proba_pairM=method_file2TC_method(method_name2method_file ("proba_pair"));
      |                                                                                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:861:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  861 |                       job->c=print_lib_job (job->c, "param->TCM=%p param->method=%s param->aln_c=%s param->seq_c=%s io->in=%s io->out=%s ",proba_pairM,fname,bufA, bufS, in, out);
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char** method_list2method4dna_list(char**, int)’:
util_lib/util_constraints_list.c:975:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  975 |                         para=string2list2 (list[a], "@");
      |                                                     ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char*** display_method_names(char*, FILE*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1025:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1025 |                 sprintf (l2[a][0], "%s", method_file_tag2value (list[a][1],"ADDRESS"));
      |                                                                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1026:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1026 |                 sprintf (l2[a][1], "%s", method_file_tag2value (list[a][1],"PROGRAM"));
      |                                                                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1027:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1027 |                 sprintf (l2[a][2], "%s", method_file_tag2value (list[a][1],"ALN_MODE"));
      |                                                                            ^~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1028:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1028 |                 sprintf (l2[a][3], "%s", method_file_tag2value (list[a][1],"SEQ_TYPE"));
      |                                                                            ^~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char* method_name2method_file(char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1112:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1112 |                 sprintf (address, "%s", method_file_tag2value (fname,"ADDRESS"));
      |                                                                      ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1113:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1113 |                 sprintf (program, "%s", method_file_tag2value (fname,"PROGRAM"));
      |                                                                      ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1120:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1120 |                         list=string2list2 ( method, "@");
      |                                                     ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:1121:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1121 |                         fp=vfopen (fname, "a");
      |                                           ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char* method_file_tag2value(char*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1147:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1147 |         fp=vfopen (method, "r");
      |                            ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘TC_method* method_file2TC_method(char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1189:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1189 |         fp=vfopen (method, "r");
      |                            ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:1197:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1197 |                 line=substitute (line, "\n", " ");
      |                                        ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1197:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1197 |                 line=substitute (line, "\n", " ");
      |                                              ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:1198:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1198 |                 line=substitute (line, "%s", " ");
      |                                        ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1198:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1198 |                 line=substitute (line, "%s", " ");
      |                                              ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:1199:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1199 |                 line=substitute (line, "%e", "=");
      |                                        ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1199:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1199 |                 line=substitute (line, "%e", "=");
      |                                              ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:1200:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1200 |                 line=substitute (line, "%m", "-");
      |                                        ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1200:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1200 |                 line=substitute (line, "%m", "-");
      |                                              ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘int TC_method2method_file(TC_method*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1257:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1257 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char* make_aln_command(TC_method*, char*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1292:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1292 |         command=substitute (command, "&bnsp", " ");
      |                                      ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1292:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1292 |         command=substitute (command, "&bnsp", " ");
      |                                               ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:1293:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1293 |         command=substitute (command, "no_name", "");
      |                                      ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1293:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1293 |         command=substitute (command, "no_name", "");
      |                                                 ^~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* unfreeze_constraint_list(Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1312:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 1312 | }
      | ^
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* undump_constraint_list(Constraint_list*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1361:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1361 |         fp=vfopen (file, "rb");
      |                          ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* add_list_entry2list(Constraint_list*, int, ...)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1561:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1561 |                 myexit (fprintf_error ( stderr, "Too Many Fields in List"));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘int checkCL(Constraint_list*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1728:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1728 |                     HERE ("%s %4d ==> %d",t,CL->residue_index[a][b][0], CL->residue_index[a][b][0]%ICHUNK);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1732:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1732 |         if (!CL){HERE ("CL is Not declared");fail=1;}
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1733:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1733 |                 else if ( !CL->S){HERE ("S is not declared in CL");fail=1;}
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1734:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1734 |                 else if ( !CL->residue_index){HERE ("residue index is not declared");fail=1;}
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1735:88: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1735 |                 else if (read_array_size_new (CL->residue_index)!=(CL->S)->nseq){HERE ("CL not well declared (S)");fail=1;}
      |                                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1752:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1752 |                                         HERE ("\t %s %d %d",(CL->S)->name[a], s-1,j);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* add_entry2list2(int*, Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:1809:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1809 |       myexit (fprintf_error ( stderr, "Library out of bounds: %s::%d [%d]* vs %s::%d", (CL->S)->name[s1], r1,(CL->S)->len[s1], (CL->S)->name[s2], r2));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:1813:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1813 |       myexit (fprintf_error ( stderr, "Library out of bounds: %s::%d vs %s::%d [%d]*", (CL->S)->name[s1], r1, (CL->S)->name[s2], r2,(CL->S)->len[s2] ));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* fork_read_n_constraint_list(char**, int, char*, char*, char*, char*, FILE*, Constraint_list*, char*, int)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2237:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2237 |                 myexit (fprintf_error ( stderr, "NO SEQUENCE WAS SPECIFIED"));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:2264:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2264 |                 dump_constraint_list(CL,tmp_list[n_list], "w");
      |                                                           ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:2279:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2279 |                         CL->local_stderr=vfopen("/dev/null", "w");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:2279:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2279 |                         CL->local_stderr=vfopen("/dev/null", "w");
      |                                                              ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:2282:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2282 |                         if (CL->ne>in)dump_constraint_list(CL,tmp_list[a], "w");
      |                                                                            ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* read_constraint_list(Constraint_list*, char*, char*, char*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2442:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2442 |             CL=merge_constraint_list    (SUBCL, CL, "default");
      |                                                     ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Sequence* read_seq_in_n_list(char**, int, char*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2504:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2504 |             myexit (fprintf_error ( stderr, "NO in FILE"));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:2553:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2553 |                         add_warning ( stderr, "Could not use PDB: %s", lname);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:2605:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2605 |                     myexit (fprintf_error ( stderr, "%s is neither a file nor a method [FATAL:%s]\n", lname));
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘int read_cpu_in_list(char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2646:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2646 |         fp=vfopen ( fname, "r");
      |                            ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* make_test_lib(Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2711:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2711 |         HERE ("cncn: making artificial lib");//Keep this warning alive
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* old_read_constraint_list_file(Constraint_list*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2764:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2764 |         fp=vfopen(fname,"r");
      |                         ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:2809:71: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2809 |                                         myexit(fprintf_error (stderr, "%s::%d -- %s::%d ---- %s::%d %s::%d", NS->name[s1],r1, NS->name[s2],r2, (CL->S)->name[is1],ir1, (CL->S)->name[is2],ir2));
      |                                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:2816:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2816 |                         printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"Parsing Error [L:%d F:%s S:%s]",line,fname,buf);
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* read_constraint_list_file(Constraint_list*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2858:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2858 |   fp=vfopen(fname,"r");
      |                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:2920:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2920 |                       myexit(fprintf_error (stderr, "%s::%d -- %s::%d ---- %s::%d %s::%d", NS->name[s1],r1, NS->name[s2],r2, (CL->S)->name[is1],ir1, (CL->S)->name[is2],ir2));
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:2938:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2938 |           printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr,"Parsing Error [Line:%d F:%s S:%s][r1=%d r2=%d L1=%d L2=%d NP:%d]\[%s]\n[%s]",line,fname,buf, r1, r2,NS->len[s1],r2>NS->len[s2], x, NS->seq[s1], NS->seq[s2] );
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Sequence* read_seq_in_list(char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:2964:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2964 |   fp1=vfopen (fname, "r");
      |                      ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:2965:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2965 |   fp2=vfopen (tmp, "w");
      |                    ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:2972:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2972 |       name=csprintf (name, "%s", buf);
      |                            ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c:2973:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2973 |       seq =csprintf (seq , "%s", buf);
      |                            ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘FILE* save_extended_constraint_list_pair(Constraint_list*, char*, char*, char*, FILE*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3028:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3028 |                 crash ("");
      |                        ^~
util_lib/util_constraints_list.c:3033:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3033 |                 crash ("");
      |                        ^~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘int save_contact_constraint_list(Constraint_list*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3074:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3074 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘int save_contact_constraint_list_old(Constraint_list*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3134:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3134 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘FILE* save_constraint_list(Constraint_list*, int, int, char*, FILE*, char*, Sequence*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3195:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3195 |                 if ( fp==NULL)fp=vfopen ( fname, "w");
      |                                                  ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* extend_constraint_list(Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3360:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3360 |         fp=vfopen (tmp, "w");
      |                         ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* fork_relax_constraint_list(Constraint_list*, int, int)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3543:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3543 |           fp=vfopen (pid_tmpfile[j], "w");
      |                                      ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:3547:75: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3547 |               if (j==0)output_completion (CL->local_stderr,s1,sl[0][1],1, "Relax Library");
      |                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:3716:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3716 |       fp=vfopen (pid_tmpfile[j], "r");
      |                                  ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:3723:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3723 |                   printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "Could not complete relaxation cycle");
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* nfork_relax_constraint_list_4gp(Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3821:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3821 |         fp=vfopen (tmp, "w");
      |                         ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:3839:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3839 |         fp=vfopen (tmp, "r");
      |                         ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* constraint_list2sub_constraint_list(Constraint_list*, Sequence*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:3979:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3979 |   out=vfopen (tmp_out, "w");
      |                        ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:3986:63: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3986 |   vfclose (save_constraint_list ( CL, 0, CL->ne,tmp_in, NULL, "ascii",CL->S));
      |                                                               ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:3987:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3987 |   in=vfopen (tmp_in,"r");
      |                     ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* shrink_constraint_list(Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:4077:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4077 |                         output_completion (CL->local_stderr,n, tot, 100, "slow_pair");
      |                                                                          ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4090:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4090 |                         CL2=aln2constraint_list (B, CL2, "sim");
      |                                                          ^~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘int* seqpair2weight(int, int, Alignment*, Constraint_list*, char*, int*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:4131:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4131 |             weight[1]=ow*get_seq_sim ( A->seq_al[s1], A->seq_al[s2], "-", NULL);
      |                                                                      ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4140:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4140 |             weight=get_seq_winsim ( A->seq_al[s1], A->seq_al[s2], "-", weight_mode+6, weight);
      |                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4147:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4147 |             ref_weight=get_seq_sim ( A->seq_al[s1], A->seq_al[s2], "-", sim_mode);
      |                                                                    ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4155:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4155 |             ref_weight=get_seq_sim ( A->seq_al[s1], A->seq_al[s2], "-",NULL);
      |                                                                    ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4160:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4160 |                 ref_weight=get_seq_sim ( A->seq_al[s1], A->seq_al[s2], "-", weight_mode+4);
      |                                                                        ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4172:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4172 |             ref_weight=get_seq_sim ( A->seq_al[s1], A->seq_al[s2], "-","idmat");
      |                                                                    ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4172:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4172 |             ref_weight=get_seq_sim ( A->seq_al[s1], A->seq_al[s2], "-","idmat");
      |                                                                        ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4174:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4174 |             printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr,"ERROR: mode overaln not currently supported [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4179:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4179 |             crash ("");
      |                    ^~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char* list2prune_list(Sequence*, int**)’:
util_lib/util_constraints_list.c:4498:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4498 |         if (get_string_variable("prune_lib_mode"))
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4499:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4499 |                 ns=atoi(get_string_variable("prune_lib_mode"));
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4545:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4545 |         fp=vfopen (file, "w");
      |                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Distance_matrix* seq2distance_matrix(Constraint_list*, Alignment*, char*, char*, int)’:
util_lib/util_constraints_list.c:4812:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4812 |                                 NCL->M=read_matrice ("idmat");
      |                                                      ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4819:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4819 |                     NCL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4847:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4847 |                     NCL->M=read_matrice ("idmat");
      |                                          ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4853:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4853 |                     NCL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:30,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./coffee_defines.h:297:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./coffee_defines.h:297:32: note: in definition of macro ‘AA_ALPHABET’
  297 | #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4862:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4862 |                   return seq2distance_matrix (CL, A,"idscore",sim_mode, print);
      |                                                     ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4874:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4874 |                         crash ("");
      |                                ^~
util_lib/util_constraints_list.c:4888:88: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4888 |                               B=align_two_sequences ((CL->S)->seq[a], (CL->S)->seq[b], "pam250mt", -10, -1, "fasta_pair_wise");
      |                                                                                        ^~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4888:109: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4888 |                               B=align_two_sequences ((CL->S)->seq[a], (CL->S)->seq[b], "pam250mt", -10, -1, "fasta_pair_wise");
      |                                                                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:4889:88: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4889 |                               g_matrix[a][b]=get_seq_sim ( B->seq_al[0], B->seq_al[1], "-", NULL);
      |                                                                                        ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4926:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4926 |                             id=get_seq_sim ( B->seq_al[a], B->seq_al[b], "-", sim_mode);
      |                                                                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4941:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4941 |                             id=get_seq_sim ( B->seq_al[a], B->seq_al[b], "-", sim_mode);
      |                                                                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:4972:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4972 |                                 id=get_geometric_distance (g_matrix,n_coor, a, b, "euclidian");
      |                                                                                   ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char* seq2rna_lib(Sequence*, char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:5039:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5039 |         fp=vfopen (name, "w");
      |                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* read_contact_lib(Sequence*, char*, Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:5065:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5065 |           if ((F=seq_has_template (S, a, "_F_")))
      |                                          ^~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* rna_lib_extension(Constraint_list*, Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:5094:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5094 |         fp=vfopen (tmp, "wb");
      |                         ^~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘char*** produce_method_file(char*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:5171:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5171 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5185:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5185 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5205:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5205 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5221:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5221 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5237:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5237 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5254:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5254 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5273:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5273 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5292:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5292 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5313:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5313 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5334:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5334 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5359:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5359 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5381:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5381 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5401:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5401 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5424:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5424 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5436:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5436 |                 printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nERROR: The mode best_pair4prot is only suited for Proteins [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:5443:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5443 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5463:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5463 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5493:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5493 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5526:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5526 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5539:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5539 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5552:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5552 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5565:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5565 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5578:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5578 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5591:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5591 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5604:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5604 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5620:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5620 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5636:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5636 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5653:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5653 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5669:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5669 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5685:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5685 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./programmes_define.h:233:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  233 | #define SAP_4_TCOFFEE "sap"
      |                       ^~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:5702:81: note: in expansion of macro ‘SAP_4_TCOFFEE’
 5702 |         if (method && strm (method, "sap_pair") && !check_program_is_installed (SAP_4_TCOFFEE,NULL,NULL,SAP_ADDRESS,INSTALL))
      |                                                                                 ^~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:235:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  235 | #define SAP_ADDRESS "https://mathbio.crick.ac.uk/wiki/Software#SAP"
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:235:21: note: in definition of macro ‘SAP_ADDRESS’
  235 | #define SAP_ADDRESS "https://mathbio.crick.ac.uk/wiki/Software#SAP"
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:5707:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5707 |                   add_warning (stderr, "SAP is not installed: TMalign will be used instead");
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:5715:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5715 |                 fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5737:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5737 |                         fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                  ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5755:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5755 |                 fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5772:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5772 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5788:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5788 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5805:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5805 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5821:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5821 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5837:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5837 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5850:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5850 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5863:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5863 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5878:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5878 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5894:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5894 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5910:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5910 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5929:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5929 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5943:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5943 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5958:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5958 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5973:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5973 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:5988:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5988 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6006:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6006 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6021:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6021 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6040:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6040 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6055:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6055 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6075:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6075 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6090:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6090 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6108:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6108 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6123:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6123 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6141:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6141 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6156:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6156 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6173:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6173 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6188:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6188 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6205:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6205 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6220:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6220 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6238:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6238 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6253:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6253 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6270:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6270 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6285:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6285 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6302:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6302 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6317:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6317 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6334:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6334 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6352:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6352 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6371:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6371 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6385:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6385 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6400:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6400 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6415:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6415 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6430:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6430 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6450:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6450 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6466:83: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6466 |     n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6485:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6485 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6500:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6500 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6515:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6515 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6530:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6530 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6545:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6545 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6561:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6561 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6579:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6579 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6595:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6595 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6613:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6613 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6628:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6628 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6646:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6646 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6661:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6661 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6678:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6678 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./programmes_define.h:97:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   97 | #define DIALIGNTX_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6683:21: note: in expansion of macro ‘DIALIGNTX_DIR’
 6683 |         if ( isdir (DIALIGNTX_DIR))
      |                     ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6697:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6697 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./programmes_define.h:97:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   97 | #define DIALIGNTX_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6702:21: note: in expansion of macro ‘DIALIGNTX_DIR’
 6702 |         if ( isdir (DIALIGNTX_DIR))
      |                     ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6716:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6716 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./programmes_define.h:87:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   87 | #define DIALIGNT_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6721:21: note: in expansion of macro ‘DIALIGNT_DIR’
 6721 |         if ( isdir (DIALIGNT_DIR))
      |                     ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6736:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6736 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./programmes_define.h:87:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   87 | #define DIALIGNT_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6741:21: note: in expansion of macro ‘DIALIGNT_DIR’
 6741 |         if ( isdir (DIALIGNT_DIR))
      |                     ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6756:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6756 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./programmes_define.h:110:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  110 | #define POA_DIR "/usr/share/"
      |                 ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6764:26: note: in expansion of macro ‘POA_DIR’
 6764 |         if (file_exists (POA_DIR, POA_FILE1))
      |                          ^~~~~~~
./programmes_define.h:111:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  111 | #define POA_FILE1 "blosum80.mat"
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6764:35: note: in expansion of macro ‘POA_FILE1’
 6764 |         if (file_exists (POA_DIR, POA_FILE1))
      |                                   ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6776:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6776 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from util_lib/util_constraints_list.c:37:
./programmes_define.h:110:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  110 | #define POA_DIR "/usr/share/"
      |                 ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6784:26: note: in expansion of macro ‘POA_DIR’
 6784 |         if (file_exists (POA_DIR, POA_FILE1))
      |                          ^~~~~~~
./programmes_define.h:111:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  111 | #define POA_FILE1 "blosum80.mat"
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6784:35: note: in expansion of macro ‘POA_FILE1’
 6784 |         if (file_exists (POA_DIR, POA_FILE1))
      |                                   ^~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:6795:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6795 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6810:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6810 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6825:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6825 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6841:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6841 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6857:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6857 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6872:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6872 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6887:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6887 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6902:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6902 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6919:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6919 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6933:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6933 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6949:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6949 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6964:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6964 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6979:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6979 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:6993:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6993 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7007:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7007 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7021:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7021 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7035:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7035 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7050:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7050 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7065:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7065 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7080:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7080 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7095:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7095 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7112:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7112 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7127:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7127 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7142:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7142 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7158:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7158 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7174:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7174 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7188:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7188 |         if (method==NULL || lstrstr (method,"em@"))
      |                                             ^~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:7191:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7191 |                 fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7195:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7195 |                         l2=string2list2 ( method, "@");
      |                                                   ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7212:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7212 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7227:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7227 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7237:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7237 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7247:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7247 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7257:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7257 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7267:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7267 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7279:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7279 |         n++;if (method==NULL || strm (method, list[n-1][0])){fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                                                                       ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7292:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7292 |                 fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7310:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7310 |                 fp=vfopen (list[n-1][1], "w");
      |                                          ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7331:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7331 |               printf_file (list[a][1], "a", "METHOD %s \n", list[a][0]);
      |                                        ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7331:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7331 |               printf_file (list[a][1], "a", "METHOD %s \n", list[a][0]);
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c: In function ‘Constraint_list* add_seq2cl(int, Constraint_list*)’:
util_lib/util_constraints_list.c:7422:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7422 |         printf_file (seq, "a", ">%s\n%s\n", (CL->S)->name[a], (CL->S)->seq[a]);
      |                           ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7422:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7422 |         printf_file (seq, "a", ">%s\n%s\n", (CL->S)->name[a], (CL->S)->seq[a]);
      |                                ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:7427:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7427 |   printf_file (master, "w", ">%s\n", (CL->S)->name[s]);
      |                        ^~~
util_lib/util_constraints_list.c:7427:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7427 |   printf_file (master, "w", ">%s\n", (CL->S)->name[s]);
      |                             ^~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:7429:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7429 |   printf_system ("cp %s seq",seq);
      |                  ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:7430:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7430 |   printf_system ("cp %s master",master);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_constraints_list.c:7434:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7434 |   printf_system ("t_coffee -seq %s -master %s -out_lib %s -lib_only -quiet", seq, master,lib);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC util_lib/util_declare.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_declare.c:37:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘Constraint_list* declare_constraint_list(Sequence*, char*, int*, int, FILE*, int**)’:
util_lib/util_declare.c:119:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  119 |         HERE ("The USE of L is now Deprecated with Constraint Lists");
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘Sequence* duplicate_sequence(Sequence*)’:
util_lib/util_declare.c:696:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  696 |         fp=vfopen (tmp, "w");
      |                         ^~~
util_lib/util_declare.c:705:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  705 |             LS->file[a]=csprintf (LS->file[a],"%s", S->file[a]);
      |                                               ^~~~
util_lib/util_declare.c:706:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  706 |             LS->aln_comment[a]=csprintf (LS->aln_comment[a],"%s", S->aln_comment[a]);
      |                                                             ^~~~
util_lib/util_declare.c:707:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  707 |             LS->seq_comment[a]=csprintf (LS->seq_comment[a],"%s", S->seq_comment[a]);
      |                                                             ^~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘Alignment* copy_aln(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/util_declare.c:967:71: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  967 |                 if (A->seq_al[a])B->seq_al[a]=csprintf (B->seq_al[a], "%s", A->seq_al[a]);
      |                                                                       ^~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘long int aln_stack(Alignment*, int)’:
util_lib/util_declare.c:1331:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1331 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Unknown mode for aln_stack");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘void* vmalloc(size_t)’:
util_lib/util_declare.c:1544:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1544 |                   printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "\nFAILED TO ALLOCATE REQUIRED MEMORY (vmalloc)\n");
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘void* sub_vcalloc(size_t, size_t, int)’:
util_lib/util_declare.c:1592:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1592 |                 crash ( "\nFAILED TO ALLOCATE REQUIRED MEMORY (vcalloc)\n");
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘void* vreallocg(void*, size_t, int, int)’:
util_lib/util_declare.c:1638:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1638 |                 if ( x==NULL){crash ( "\nFAILED TO ALLOCATE REQUIRED MEMORY (realloc)\n");return NULL;}
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_declare.c: In function ‘void* vrealloc(void*, size_t)’:
util_lib/util_declare.c:1679:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1679 |                 if ( x==NULL){crash ( "\nFAILED TO ALLOCATE REQUIRED MEMORY (realloc)\n");return NULL;}
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 CC util_lib/util_aln_analyze.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_aln_analyze.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* filter_aln4sar1(Alignment*, Alignment*, int, int, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:192:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  192 |   strget_param (mode, "_T1_", "5", "%d", &T1);
      |                       ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:192:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  192 |   strget_param (mode, "_T1_", "5", "%d", &T1);
      |                               ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:192:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  192 |   strget_param (mode, "_T1_", "5", "%d", &T1);
      |                                    ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* filter_aln4sar3(Alignment*, Alignment*, int, int, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:313:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  313 |   strget_param (mode, "_T3_", "10", "%d", &T3);
      |                       ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:313:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  313 |   strget_param (mode, "_T3_", "10", "%d", &T3);
      |                               ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:313:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  313 |   strget_param (mode, "_T3_", "10", "%d", &T3);
      |                                     ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* sar_analyze(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:559:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  559 |   strget_param (mode, "_METHOD_", "1111", "%s_", method);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:559:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  559 |   strget_param (mode, "_METHOD_", "1111", "%s_", method);
      |                                   ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:559:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  559 |   strget_param (mode, "_METHOD_", "1111", "%s_", method);
      |                                           ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:576:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  576 |   strget_param (mode, "_TARGET_", "no", "%s_", target);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:576:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  576 |   strget_param (mode, "_TARGET_", "no", "%s_", target);
      |                                   ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:576:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  576 |   strget_param (mode, "_TARGET_", "no", "%s_", target);
      |                                         ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:577:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  577 |   strget_param (mode, "_SUBSET_", "no", "%s_", subset);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:577:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  577 |   strget_param (mode, "_SUBSET_", "no", "%s_", subset);
      |                                   ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:577:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  577 |   strget_param (mode, "_SUBSET_", "no", "%s_", subset);
      |                                         ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:578:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  578 |   strget_param (mode, "_JACK_", "0", "%d", &jack);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:578:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  578 |   strget_param (mode, "_JACK_", "0", "%d", &jack);
      |                                 ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:578:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  578 |   strget_param (mode, "_JACK_", "0", "%d", &jack);
      |                                      ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:579:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  579 |   strget_param (mode, "_T_", "0", "%d", &T);
      |                       ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:579:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  579 |   strget_param (mode, "_T_", "0", "%d", &T);
      |                              ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:579:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  579 |   strget_param (mode, "_T_", "0", "%d", &T);
      |                                   ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:580:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  580 |   strget_param (mode, "_FILTER_", "11", "%d", &filter);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:580:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  580 |   strget_param (mode, "_FILTER_", "11", "%d", &filter);
      |                                   ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:580:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  580 |   strget_param (mode, "_FILTER_", "11", "%d", &filter);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:581:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  581 |   strget_param (mode, "_DISPLAY_", "0", "%d", &display);
      |                       ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:581:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  581 |   strget_param (mode, "_DISPLAY_", "0", "%d", &display);
      |                                    ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:581:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  581 |   strget_param (mode, "_DISPLAY_", "0", "%d", &display);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:591:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  591 |           printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "Error: %s is incompatible with the reference alignment [FATAL:%s]",target,PROGRAM);
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:653:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  653 |                   sim[m]=aln2sim_mat(F, "idmat");
      |                                         ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:713:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
  713 | }
      | ^
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘float display_prediction_2(int**, int, Alignment*, Alignment*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:745:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  745 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nERROR: Do not use filed %d in display_prediction", field);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* analyze_compounds(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:841:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  841 |   sim=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int process_cache(Alignment*, Alignment*, int***, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:890:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  890 |   strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "1", "%d", &weight_mode);
      |                        ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:890:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  890 |   strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "1", "%d", &weight_mode);
      |                                    ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:890:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  890 |   strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "1", "%d", &weight_mode);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:908:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  908 |   ab1=name_is_in_hlist ("ABL1", A->name, A->nseq);
      |                         ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘float** cache2pred1(Alignment*, int**, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:983:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  983 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.09", "%f", &T);
      |                        ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:983:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  983 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.09", "%f", &T);
      |                                 ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:983:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  983 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.09", "%f", &T);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:984:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  984 |   strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "0", "%d", &weight_mode);
      |                        ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:984:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  984 |   strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "0", "%d", &weight_mode);
      |                                    ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:984:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  984 |   strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "0", "%d", &weight_mode);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘float** cache2pred2(Alignment*, int**, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:1057:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1057 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.5", "%f", &T);
      |                        ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1057:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1057 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.5", "%f", &T);
      |                                 ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1057:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1057 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.5", "%f", &T);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘float** cache2pred3(Alignment*, int**, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:1135:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1135 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.5", "%f", &T);
      |                        ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1135:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1135 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.5", "%f", &T);
      |                                 ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1135:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1135 |   strget_param ( mode, "_THR_", "0.5", "%f", &T);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘float** cache2pred5(Alignment*, int**, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:1322:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1322 |     sim=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                         ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘float** cache2pred_forbiden_res(Alignment*, int**, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:1663:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1663 |   mat=read_matrice ( "blosum62mt");
      |                      ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int** sar2cache_proba_old(Alignment*, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:1861:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1861 |   strget_param ( mode, "_FILTER1_", "0"   , "%f", &T1);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1861:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1861 |   strget_param ( mode, "_FILTER1_", "0"   , "%f", &T1);
      |                                     ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1861:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1861 |   strget_param ( mode, "_FILTER1_", "0"   , "%f", &T1);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1862:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1862 |   strget_param ( mode, "_FILTER2_", "1000000", "%f", &T2);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1862:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1862 |   strget_param ( mode, "_FILTER2_", "1000000", "%f", &T2);
      |                                     ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1862:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1862 |   strget_param ( mode, "_FILTER2_", "1000000", "%f", &T2);
      |                                                ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1863:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1863 |   strget_param ( mode, "_FILTER3_", "0"   , "%f", &T3);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1863:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1863 |   strget_param ( mode, "_FILTER3_", "0"   , "%f", &T3);
      |                                     ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1863:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1863 |   strget_param ( mode, "_FILTER3_", "0"   , "%f", &T3);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1864:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1864 |   strget_param ( mode, "_FILTER4_", "1000000", "%f", &T4);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1864:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1864 |   strget_param ( mode, "_FILTER4_", "1000000", "%f", &T4);
      |                                     ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1864:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1864 |   strget_param ( mode, "_FILTER4_", "1000000", "%f", &T4);
      |                                                ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1865:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1865 |   strget_param ( mode, "_SIMWEIGHT_", "1", "%d", &sim_weight);
      |                        ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1865:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1865 |   strget_param ( mode, "_SIMWEIGHT_", "1", "%d", &sim_weight);
      |                                       ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1865:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1865 |   strget_param ( mode, "_SIMWEIGHT_", "1", "%d", &sim_weight);
      |                                            ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1866:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1866 |   strget_param ( mode, "_SWTHR_", "30", "%d", &sw_thr);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1866:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1866 |   strget_param ( mode, "_SWTHR_", "30", "%d", &sw_thr);
      |                                   ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1866:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1866 |   strget_param ( mode, "_SWTHR_", "30", "%d", &sw_thr);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1867:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1867 |   strget_param (mode, "_TRAIN_","1", "%d", &train_mode);
      |                       ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1867:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1867 |   strget_param (mode, "_TRAIN_","1", "%d", &train_mode);
      |                                 ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1867:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1867 |   strget_param (mode, "_TRAIN_","1", "%d", &train_mode);
      |                                      ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1868:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1868 |   strget_param (mode, "_ZSCORE_","0", "%f", &zscore);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1868:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1868 |   strget_param (mode, "_ZSCORE_","0", "%f", &zscore);
      |                                  ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1868:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1868 |   strget_param (mode, "_ZSCORE_","0", "%f", &zscore);
      |                                       ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1874:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1874 |   if (sim_weight==1 && !sim) sim=aln2sim_mat(A, "idmat");
      |                                                 ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1929:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1929 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1929:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1929 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                       ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1929:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1929 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                            ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1930:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1930 |       strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "1", "%d", &weight_mode);
      |                            ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1930:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1930 |       strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "1", "%d", &weight_mode);
      |                                        ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1930:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1930 |       strget_param ( mode, "_WEIGHT_", "1", "%d", &weight_mode);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1931:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1931 |       strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.0", "%f", &quant);
      |                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1931:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1931 |       strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.0", "%f", &quant);
      |                                       ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:1931:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1931 |       strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.0", "%f", &quant);
      |                                              ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2009:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2009 |       strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2009:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2009 |       strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2009:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2009 |       strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                                 ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2020:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2020 |   strget_param ( mode, "_MAXN3_", "0", "%d", &maxn3);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2020:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2020 |   strget_param ( mode, "_MAXN3_", "0", "%d", &maxn3);
      |                                   ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2020:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2020 |   strget_param ( mode, "_MAXN3_", "0", "%d", &maxn3);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int** sar2cache_count1(Alignment*, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2080:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2080 |   if (!mat) mat=read_matrice ("blosum62mt");
      |                               ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2136:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2136 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2136:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2136 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                   ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2136:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2136 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int** sar2cache_count2(Alignment*, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2152:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2152 |   if (!mat) mat=read_matrice ("blosum62mt");
      |                               ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2228:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2228 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2228:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2228 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                   ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2228:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2228 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int** sar2cache_count3(Alignment*, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2244:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2244 |   if (!mat) mat=read_matrice ("blosum62mt");
      |                               ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2333:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2333 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2333:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2333 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                   ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2333:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2333 |   strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int** sar2cache_proba_new(Alignment*, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2363:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2363 |   strget_param ( mode, "_SWTHR_", "30", "%d", &sw_thr);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2363:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2363 |   strget_param ( mode, "_SWTHR_", "30", "%d", &sw_thr);
      |                                   ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2363:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2363 |   strget_param ( mode, "_SWTHR_", "30", "%d", &sw_thr);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2364:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2364 |   strget_param (mode, "_ZSCORE_","0", "%f", &zscore);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2364:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2364 |   strget_param (mode, "_ZSCORE_","0", "%f", &zscore);
      |                                  ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2364:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2364 |   strget_param (mode, "_ZSCORE_","0", "%f", &zscore);
      |                                       ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2367:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2367 |   if (!sim)sim=aln2sim_mat(A, "idmat");
      |                               ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2408:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2408 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2408:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2408 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                       ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2408:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2408 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                            ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2467:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2467 |       strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2467:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2467 |       strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2467:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2467 |       strget_param ( mode, "_MAXN2_", "100000", "%d", &maxn2);
      |                                                 ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2478:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2478 |   strget_param ( mode, "_MAXN3_", "0", "%d", &maxn3);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2478:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2478 |   strget_param ( mode, "_MAXN3_", "0", "%d", &maxn3);
      |                                   ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2478:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2478 |   strget_param ( mode, "_MAXN3_", "0", "%d", &maxn3);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int** sar2cache_adriana(Alignment*, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2527:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2527 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2527:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2527 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                       ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2527:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2527 |       strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                            ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2528:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2528 |       strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.95", "%f", &quant);
      |                            ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2528:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2528 |       strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.95", "%f", &quant);
      |                                       ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2528:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2528 |       strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.95", "%f", &quant);
      |                                               ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int** sar2cache_proba2(Alignment*, int*, int**, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2559:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2559 |   strget_param ( mode, "_FILTER1_", "0"   , "%f", &T1);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2559:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2559 |   strget_param ( mode, "_FILTER1_", "0"   , "%f", &T1);
      |                                     ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2559:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2559 |   strget_param ( mode, "_FILTER1_", "0"   , "%f", &T1);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2560:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2560 |   strget_param ( mode, "_FILTER2_", "1000000", "%f", &T2);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2560:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2560 |   strget_param ( mode, "_FILTER2_", "1000000", "%f", &T2);
      |                                     ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2560:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2560 |   strget_param ( mode, "_FILTER2_", "1000000", "%f", &T2);
      |                                                ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2561:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2561 |   strget_param ( mode, "_FILTER3_", "0"   , "%f", &T3);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2561:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2561 |   strget_param ( mode, "_FILTER3_", "0"   , "%f", &T3);
      |                                     ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2561:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2561 |   strget_param ( mode, "_FILTER3_", "0"   , "%f", &T3);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2562:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2562 |   strget_param ( mode, "_FILTER4_", "1000000", "%f", &T4);
      |                        ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2562:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2562 |   strget_param ( mode, "_FILTER4_", "1000000", "%f", &T4);
      |                                     ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2562:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2562 |   strget_param ( mode, "_FILTER4_", "1000000", "%f", &T4);
      |                                                ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2600:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2600 |   strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2600:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2600 |   strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                   ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2600:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2600 |   strget_param ( mode, "_MAXN1_", "5", "%d", &maxn1);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2601:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2601 |   strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.95", "%f", &quant);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2601:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2601 |   strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.95", "%f", &quant);
      |                                   ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2601:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2601 |   strget_param ( mode, "_QUANT_", "0.95", "%f", &quant);
      |                                           ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int aln2jack_group1(Alignment*, int, int**, int*, int**, int*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2728:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2728 |   sim=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int*** simple_sar_analyze_vot(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2784:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2784 |   sim=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int display_simple_sar_analyze_pair_col(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2842:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2842 |   strget_param (mode, "_TM_", "0", "%d", &do_tm);
      |                       ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2842:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2842 |   strget_param (mode, "_TM_", "0", "%d", &do_tm);
      |                               ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2842:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2842 |   strget_param (mode, "_TM_", "0", "%d", &do_tm);
      |                                    ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int display_simple_sar_analyze_col(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:2871:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2871 |   strget_param (mode, "_TM_", "0", "%d", &do_tm);
      |                       ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2871:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2871 |   strget_param (mode, "_TM_", "0", "%d", &do_tm);
      |                               ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:2871:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2871 |   strget_param (mode, "_TM_", "0", "%d", &do_tm);
      |                                    ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int*** simple_sar_analyze_col(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:3123:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3123 |   strget_param (mode, "_METHOD_", "3", "%d", &sar_mode);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:3123:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3123 |   strget_param (mode, "_METHOD_", "3", "%d", &sar_mode);
      |                                   ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:3123:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3123 |   strget_param (mode, "_METHOD_", "3", "%d", &sar_mode);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:3128:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3128 |   sim=aln2sim_mat (inA, "idmat");
      |                         ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Sequence* compare_sar_sequence(Sequence*, Sequence*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:3550:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3550 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr,"maximum depth: %d", max_depth);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:3567:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3567 |             add_warning (stderr, "WARNING %s (%d) and %s (%d) do not have the same length", S1->name[a], strlen (S1->seq[a]), S2->name[b], strlen (S2->seq[b]));
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* weight2sar(Alignment*, Alignment*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:3857:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3857 |   list=file2list (weight_file, " ");
      |                                ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* aln2weighted_sar_score(Alignment*, Alignment*, char*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:3931:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3931 |   list=file2list (weight_file, " ");
      |                                ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* sar2simpred(Alignment*, Alignment*, char*, char*, int, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:4001:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4001 |   sim_ref=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                           ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4016:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4016 |       sim=aln2sim_mat (B, "idmat");
      |                           ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* sar2simpred2(Alignment*, Alignment*, char*, char*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:4149:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4149 |   sim_ref=aln2sim_mat (A, "idmat");
      |                           ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4159:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4159 |       sim=aln2sim_mat (B, "idmat");
      |                           ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* or_scan(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:4280:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4280 |   strget_param (pmode, "_SW_", "15", "%d",&w);
      |                        ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4280:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4280 |   strget_param (pmode, "_SW_", "15", "%d",&w);
      |                                ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4280:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4280 |   strget_param (pmode, "_SW_", "15", "%d",&w);
      |                                      ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4281:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4281 |   strget_param (pmode, "_SMINW_", "5", "%d",&start);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4281:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4281 |   strget_param (pmode, "_SMINW_", "5", "%d",&start);
      |                                   ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4281:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4281 |   strget_param (pmode, "_SMINW_", "5", "%d",&start);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4282:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4282 |   strget_param (pmode, "_SSTART_", "5", "%d",&offset);
      |                        ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4282:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4282 |   strget_param (pmode, "_SSTART_", "5", "%d",&offset);
      |                                    ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4282:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4282 |   strget_param (pmode, "_SSTART_", "5", "%d",&offset);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4283:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4283 |   strget_param (pmode, "_SMODE_", "single", "%s",&mode);
      |                        ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4283:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4283 |   strget_param (pmode, "_SMODE_", "single", "%s",&mode);
      |                                   ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4283:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4283 |   strget_param (pmode, "_SMODE_", "single", "%s",&mode);
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4361:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4361 |       strget_param (pmode, "_NPOS_", "1", "%d", &len);
      |                            ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4361:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4361 |       strget_param (pmode, "_NPOS_", "1", "%d", &len);
      |                                      ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4361:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4361 |       strget_param (pmode, "_NPOS_", "1", "%d", &len);
      |                                           ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4362:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4362 |       strget_param (pmode, "_STH_", "0", "%d", &sth);
      |                            ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4362:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4362 |       strget_param (pmode, "_STH_", "0", "%d", &sth);
      |                                     ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4362:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4362 |       strget_param (pmode, "_STH_", "0", "%d", &sth);
      |                                          ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4363:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4363 |       strget_param (pmode, "_SEV_", "0", "%d", &sev);
      |                            ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4363:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4363 |       strget_param (pmode, "_SEV_", "0", "%d", &sev);
      |                                     ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4363:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4363 |       strget_param (pmode, "_SEV_", "0", "%d", &sev);
      |                                          ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4480:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 4480 | }
      | ^
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* or_sar(Alignment*, Alignment*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:4496:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4496 |   strget_param (mode, "_SARMODE_", "single", "%s", &sarmode);//single | all
      |                       ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4496:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4496 |   strget_param (mode, "_SARMODE_", "single", "%s", &sarmode);//single | all
      |                                    ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4496:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4496 |   strget_param (mode, "_SARMODE_", "single", "%s", &sarmode);//single | all
      |                                              ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4497:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4497 |   strget_param (mode, "_RSAR_", "NO", "%s", rsar);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4497:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4497 |   strget_param (mode, "_RSAR_", "NO", "%s", rsar);
      |                                 ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4497:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4497 |   strget_param (mode, "_RSAR_", "NO", "%s", rsar);
      |                                       ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4498:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4498 |   strget_param (mode, "_RALN_", "NO", "%s", raln);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4498:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4498 |   strget_param (mode, "_RALN_", "NO", "%s", raln);
      |                                 ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4498:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4498 |   strget_param (mode, "_RALN_", "NO", "%s", raln);
      |                                       ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4499:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4499 |   strget_param (mode, "_ROTATE_", "0", "%d", &rotate);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4499:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4499 |   strget_param (mode, "_ROTATE_", "0", "%d", &rotate);
      |                                   ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4499:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4499 |   strget_param (mode, "_ROTATE_", "0", "%d", &rotate);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4501:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4501 |   strget_param (mode, "_START_", "1", "%d", &start);start--;
      |                       ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4501:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4501 |   strget_param (mode, "_START_", "1", "%d", &start);start--;
      |                                  ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4501:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4501 |   strget_param (mode, "_START_", "1", "%d", &start);start--;
      |                                       ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4502:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4502 |   strget_param (mode, "_END_", "0", "%d", &end);
      |                       ^~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4502:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4502 |   strget_param (mode, "_END_", "0", "%d", &end);
      |                                ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4502:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4502 |   strget_param (mode, "_END_", "0", "%d", &end);
      |                                     ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4512:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4512 |         printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: _START_%d and _END_%d are incompatible with the aln [len=%d][FATAL:%s]", start, end, A->len_aln, PROGRAM);
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4531:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4531 |         printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "ERROR: Alignment and SAR matrix are incompatible [FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘ORP* or_sar_compound(Alignment*, Alignment*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:4704:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4704 |   strget_param (mode, "_MODE_", "predict", "%s", rmode);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4704:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4704 |   strget_param (mode, "_MODE_", "predict", "%s", rmode);
      |                                 ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4704:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4704 |   strget_param (mode, "_MODE_", "predict", "%s", rmode);
      |                                            ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:4720:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4720 |        printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: %s is an unknown mode of or_sar  [FATAL:%s]\n", rmode,PROGRAM);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* or_comp_loo(Alignment*, Alignment*, char*, int*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5023:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5023 |   strget_param (mode, "_SARTHRES_", "3", "%d", &sar_threshold);
      |                       ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5023:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5023 |   strget_param (mode, "_SARTHRES_", "3", "%d", &sar_threshold);
      |                                     ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5023:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5023 |   strget_param (mode, "_SARTHRES_", "3", "%d", &sar_threshold);
      |                                          ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* or_jack(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5240:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5240 |   strget_param (mode, "_JNIT_", "100", "%d", &n_cycles);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5240:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5240 |   strget_param (mode, "_JNIT_", "100", "%d", &n_cycles);
      |                                 ^~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5240:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5240 |   strget_param (mode, "_JNIT_", "100", "%d", &n_cycles);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5241:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5241 |   strget_param (mode, "_JNSEQ_", "10", "%d", &subnseq);
      |                       ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5241:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5241 |   strget_param (mode, "_JNSEQ_", "10", "%d", &subnseq);
      |                                  ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5241:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5241 |   strget_param (mode, "_JNSEQ_", "10", "%d", &subnseq);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5242:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5242 |   strget_param (mode, "_JNAR_", "0", "%d", &subsar);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5242:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5242 |   strget_param (mode, "_JNAR_", "0", "%d", &subsar);
      |                                 ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5242:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5242 |   strget_param (mode, "_JNAR_", "0", "%d", &subsar);
      |                                      ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5244:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5244 |   strget_param (mode, "_JRSAR_", "NO", "%s", jrsar);
      |                       ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5244:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5244 |   strget_param (mode, "_JRSAR_", "NO", "%s", jrsar);
      |                                  ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5244:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5244 |   strget_param (mode, "_JRSAR_", "NO", "%s", jrsar);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5245:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5245 |   strget_param (mode, "_JRALN_", "NO", "%s", jraln);
      |                       ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5245:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5245 |   strget_param (mode, "_JRALN_", "NO", "%s", jraln);
      |                                  ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5245:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5245 |   strget_param (mode, "_JRALN_", "NO", "%s", jraln);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘Alignment* or_aln2pos_aln(Alignment*, Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5316:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5316 |   strget_param (mode, "_OUTALN_", "NO", "%s", outaln);
      |                       ^~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5316:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5316 |   strget_param (mode, "_OUTALN_", "NO", "%s", outaln);
      |                                   ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5316:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5316 |   strget_param (mode, "_OUTALN_", "NO", "%s", outaln);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5317:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5317 |   strget_param (mode, "_OUTTREE_", "NO", "%s", outtree);
      |                       ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5317:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5317 |   strget_param (mode, "_OUTTREE_", "NO", "%s", outtree);
      |                                    ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5317:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5317 |   strget_param (mode, "_OUTTREE_", "NO", "%s", outtree);
      |                                          ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5325:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5325 |   if (!strm(outaln, "NO")) vfclose (output_aln (B, vfopen (outaln, "w")));
      |                                                                    ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5326:89: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5326 |   if (!strm(outtree, "NO"))vfclose (print_tree (aln2tree(B), "newick", vfopen (outtree, "w")));
      |                                                                                         ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5326:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5326 |   if (!strm(outtree, "NO"))vfclose (print_tree (aln2tree(B), "newick", vfopen (outtree, "w")));
      |                                                              ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘ORP* new_evaluate_prediction(ORP*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5476:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5476 |       HERE ("Mismatch between number of compounds in prediction and reference");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘float evaluate_prediction(Alignment*, Alignment*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5570:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5570 |       HERE ("Mismatch between number of compounds in prediction and reference");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int* file2pos_list(Alignment*, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5710:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5710 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Could not read posfile %s\n", posfile);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5713:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5713 |   file=file2list (posfile, " ");
      |                            ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int* aln2predictive_positions(Alignment*, Alignment*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5749:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5749 |   HERE ("%s", mode);
      |         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5750:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5750 |   strget_param (mode, "_POSMODE_", "scan", "%s", posmode);
      |                       ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5750:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5750 |   strget_param (mode, "_POSMODE_", "scan", "%s", posmode);
      |                                    ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5750:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5750 |   strget_param (mode, "_POSMODE_", "scan", "%s", posmode);
      |                                            ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5755:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5755 |       printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "ERROR: %s is an unknown _POSMODE_ mode",posmode);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int* aln2predictive_positions_mat(Alignment*, Alignment*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5768:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5768 |     strget_param (mode, "_NPOS_", "2", "%d", &npos);
      |                         ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5768:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5768 |     strget_param (mode, "_NPOS_", "2", "%d", &npos);
      |                                   ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5768:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5768 |     strget_param (mode, "_NPOS_", "2", "%d", &npos);
      |                                        ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘int* aln2predictive_positions_scan(Alignment*, Alignment*, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5836:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5836 |   strget_param (mode, "_PREDMODE_", "ID", "%s", predmode);
      |                       ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5836:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5836 |   strget_param (mode, "_PREDMODE_", "ID", "%s", predmode);
      |                                     ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5836:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5836 |   strget_param (mode, "_PREDMODE_", "ID", "%s", predmode);
      |                                           ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5837:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5837 |   strget_param (mode, "_POSW_", "1", "%d", &posw);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5837:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5837 |   strget_param (mode, "_POSW_", "1", "%d", &posw);
      |                                 ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5837:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5837 |   strget_param (mode, "_POSW_", "1", "%d", &posw);
      |                                      ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5838:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5838 |   strget_param (mode, "_NPOS_", "2", "%d", &max);
      |                       ^~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5838:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5838 |   strget_param (mode, "_NPOS_", "2", "%d", &max);
      |                                 ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5838:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5838 |   strget_param (mode, "_NPOS_", "2", "%d", &max);
      |                                      ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5839:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5839 |   strget_param (mode, "_POSFILE_", "NO", "%s", posfile);
      |                       ^~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5839:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5839 |   strget_param (mode, "_POSFILE_", "NO", "%s", posfile);
      |                                    ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5839:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5839 |   strget_param (mode, "_POSFILE_", "NO", "%s", posfile);
      |                                          ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5840:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5840 |   strget_param (mode, "_TPOSFILE_", "NO", "%s", target_posfile);
      |                       ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5840:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5840 |   strget_param (mode, "_TPOSFILE_", "NO", "%s", target_posfile);
      |                                     ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5840:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5840 |   strget_param (mode, "_TPOSFILE_", "NO", "%s", target_posfile);
      |                                           ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5931:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5931 |               HERE ("Unknown mode: %s", predmode);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘char** compound2motif(Alignment*, Alignment*, int*, int, int, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:5990:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5990 |   strget_param (mode, "_MOTIFMODE_", "word", "%s", mmode); //words, regexp
      |                       ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5990:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5990 |   strget_param (mode, "_MOTIFMODE_", "word", "%s", mmode); //words, regexp
      |                                      ^~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:5990:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5990 |   strget_param (mode, "_MOTIFMODE_", "word", "%s", mmode); //words, regexp
      |                                              ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘char** compound2regexp_motif(Alignment*, Alignment*, int*, int, int, char*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:6052:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6052 |     strget_param (mode, "_DEPTH_", "2", "%d", &depth);
      |                         ^~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:6052:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6052 |     strget_param (mode, "_DEPTH_", "2", "%d", &depth);
      |                                    ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:6052:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6052 |     strget_param (mode, "_DEPTH_", "2", "%d", &depth);
      |                                         ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:6103:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6103 |       fpp=vfopen (motif_file,"w");
      |                              ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c:6128:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6128 |   fpp=vfopen (motif_file, "r");
      |                           ^~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘double sar_aln2r(Alignment*, Alignment*, int*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:6197:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6197 |   if (!M)M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                          ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘double sar_aln2delta(Alignment*, Alignment*, int*, int)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:6291:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6291 |       delta+=aln2sim(I,"blosum62mt")-aln2sim(O, "blosum62mt");
      |                        ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:6291:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6291 |       delta+=aln2sim(I,"blosum62mt")-aln2sim(O, "blosum62mt");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c: In function ‘char* get_compound_name(int, char*)’:
util_lib/util_aln_analyze.c:6313:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6313 |           strget_param (mode, "_COMPLIST_", "NO", "%s", comp_list=(char*)vcalloc (100, sizeof (char)));
      |                               ^~~~~~~~~~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:6313:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6313 |           strget_param (mode, "_COMPLIST_", "NO", "%s", comp_list=(char*)vcalloc (100, sizeof (char)));
      |                                             ^~~~
util_lib/util_aln_analyze.c:6313:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6313 |           strget_param (mode, "_COMPLIST_", "NO", "%s", comp_list=(char*)vcalloc (100, sizeof (char)));
      |                                                   ^~~~
 CC util_lib/hsearch.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/hsearch.c:35:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/hsearch.c: In function ‘Hasch_entry* allocate_hasch_entry(Hasch_entry*, int, Hasch_data* (*)(Hasch_entry*), Hasch_data* (*)(Hasch_data*))’:
util_lib/hsearch.c:200:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  200 |     else crash ("Unknown MODE for allocate_hasch_entry\n");
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/hsearch.c: In function ‘char* check_hlist_for_dup(char**, int)’:
util_lib/hsearch.c:598:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  598 |           dup=strcatf (dup, " --- Duplicated Sequence: %s\n", name[a]);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/hsearch.c: In function ‘int old_main(int, char**)’:
util_lib/hsearch.c:620:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  620 |         ht_set( hashtable, "key1", "inky" );
      |                            ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:620:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  620 |         ht_set( hashtable, "key1", "inky" );
      |                                    ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:621:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  621 |         ht_set( hashtable, "key2", "pinky" );
      |                            ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:621:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  621 |         ht_set( hashtable, "key2", "pinky" );
      |                                    ^~~~~~~
util_lib/hsearch.c:622:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  622 |         ht_set( hashtable, "key3", "blinky" );
      |                            ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:622:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  622 |         ht_set( hashtable, "key3", "blinky" );
      |                                    ^~~~~~~~
util_lib/hsearch.c:623:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  623 |         ht_set( hashtable, "key4", "floyd" );
      |                            ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:623:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  623 |         ht_set( hashtable, "key4", "floyd" );
      |                                    ^~~~~~~
util_lib/hsearch.c:625:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  625 |         printf( "%s\n", ht_get( hashtable, "key1" ) );
      |                                            ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:626:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  626 |         printf( "%s\n", ht_get( hashtable, "key2" ) );
      |                                            ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:627:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  627 |         printf( "%s\n", ht_get( hashtable, "key3" ) );
      |                                            ^~~~~~
util_lib/hsearch.c:628:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  628 |         printf( "%s\n", ht_get( hashtable, "key4" ) );
      |                                            ^~~~~~
 CC util_lib/util_analyse_constraints_list.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_analyse_constraints_list.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC util_lib/aln_compare.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/aln_compare.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
util_lib/aln_compare.c: In function ‘FILE* compare_al_to_lib(Constraint_list*, int, char*, Sequence*)’:
util_lib/aln_compare.c:64:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   64 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
util_lib/aln_compare.c: In function ‘int sample_aln_compare(int, char**)’:
util_lib/aln_compare.c:157:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  157 |   mode=csprintf(mode, "sp");
      |                       ^~~~
util_lib/aln_compare.c:159:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  159 |   nargv[n]=csprintf (nargv[n],"aln_compare");n++;
      |                               ^~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_compare.c:160:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  160 |   nargv[n]=csprintf (nargv[n],"-io_format");n++;
      |                               ^~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_compare.c:161:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  161 |   nargv[n]=csprintf (nargv[n],"t");n++;
      |                               ^~~
util_lib/aln_compare.c:162:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  162 |   nargv[n]=csprintf (nargv[n],"-sep");n++;
      |                               ^~~~~~
util_lib/aln_compare.c:163:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  163 |   nargv[n]=csprintf (nargv[n]," ");n++;
      |                               ^~~
util_lib/aln_compare.c:164:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  164 |   nargv[n]=csprintf (nargv[n],"-f");n++;
      |                               ^~~~
util_lib/aln_compare.c:165:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  165 |   nargv[n]=csprintf (nargv[n],"%s",r);n++;
      |                               ^~~~
util_lib/aln_compare.c:173:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  173 |           nargv[n]=csprintf (nargv[n],"%s", argv[a]);n++;
      |                                       ^~~~
util_lib/aln_compare.c:174:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  174 |           nargv[n]=csprintf (nargv[n],"%s", tmp    );n++;
      |                                       ^~~~
util_lib/aln_compare.c:189:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  189 |           mode=csprintf (mode, "%s", argv[a+1]);
      |                                ^~~~
util_lib/aln_compare.c:190:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  190 |           nargv[n]=csprintf (nargv[n],"%s", argv[a]);n++;
      |                                       ^~~~
util_lib/aln_compare.c:191:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  191 |           nargv[n]=csprintf (nargv[n],"%s", argv[++a]);n++;
      |                                       ^~~~
util_lib/aln_compare.c:201:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  201 |          nargv[n]=csprintf (nargv[n],"%s", argv[a]);n++;
      |                                      ^~~~
util_lib/aln_compare.c:203:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  203 |            nargv[n]=csprintf (nargv[n],"%s", argv[++a]);n++;
      |                                        ^~~~
util_lib/aln_compare.c:210:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  210 |       myexit (fprintf_error ( stderr, "\nCannot compare %s and %s  [FATAL:%s]", ial1, ial2, PROGRAM));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_compare.c:224:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  224 |       output_completion (stderr,a,sample,100, "Sampling");
      |                                               ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_compare.c:229:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  229 |       fp=vfopen (sal1, "w");
      |                        ^~~
util_lib/aln_compare.c:233:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  233 |       fp=vfopen (sal2, "w");
      |                        ^~~
util_lib/aln_compare.c:239:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  239 |       l=file2list (r, " ");
      |                       ^~~
util_lib/aln_compare.c: In function ‘int aln_compare(int, char**)’:
util_lib/aln_compare.c:480:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  480 |                 register_file4dump (lib_file, "r");
      |                                               ^~~
util_lib/aln_compare.c:487:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  487 |                 register_file4dump (alignment2_file, "r");
      |                                                      ^~~
util_lib/aln_compare.c:495:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  495 |                   register_file4dump (alignment1_file, "r");
      |                                                        ^~~
util_lib/aln_compare.c:503:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  503 |                 register_file4dump (alignment2_file, "r");
      |                                                      ^~~
util_lib/aln_compare.c:509:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  509 |                 register_file4dump (pep1_file, "r");
      |                                                ^~~
util_lib/aln_compare.c:515:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  515 |                 register_file4dump (pep2_file, "r");
      |                                                ^~~
util_lib/aln_compare.c:552:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  552 |                 register_file4dump(struct_file[n_structure], "r");
      |                                                              ^~~
util_lib/aln_compare.c:575:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  575 |                          symbol_list[n_structure]=make_symbols ( "any", &n_symbol[n_structure]);
      |                                                                  ^~~~~
util_lib/aln_compare.c:685:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  685 |           CL_B=aln2constraint_list_full (B,CL_B, "1");
      |                                                  ^~~
util_lib/aln_compare.c:742:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  742 |        CL_A=aln2constraint_list_full (A,CL_A, "sim");
      |                                               ^~~~~
util_lib/aln_compare.c:743:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  743 |        CL_B=aln2constraint_list_full (B,CL_B, "sim");
      |                                               ^~~~~
util_lib/aln_compare.c:920:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  920 |                                 HERE("%s,%s,%s",get_structure_residue(s1,r1,ST), get_structure_residue(s2,r2,ST),(c==1)?"Y":"N");
      |                                      ^~~~~~~~~~
util_lib/aln_compare.c:984:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  984 |        fp=vfopen ( io_file, "w");
      |                             ^~~
util_lib/aln_compare.c: In function ‘int struc_matches_pattern(char*, char*)’:
util_lib/aln_compare.c:1365:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1365 |                    crash ( "\nA Structure is Missing[FATAL]");
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
util_lib/aln_compare.c: In function ‘float aln2compare(Alignment*, Alignment*)’:
util_lib/aln_compare.c:1473:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1473 |   CL_A=aln2constraint_list_full (A,CL_A, "sim");
      |                                          ^~~~~
util_lib/aln_compare.c:1474:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1474 |   CL_B=aln2constraint_list_full (B,CL_B, "sim");
      |                                          ^~~~~
 CC util_lib/util_domain_constraints_list.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from util_lib/util_domain_constraints_list.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
 CC km_coffee/Vector.c
 CC km_coffee/kmeans.c
 CC km_coffee/Stack.c
 CC km_coffee/classes.c
km_coffee/classes.c: In function ‘SeqSet* read_fasta(char*)’:
km_coffee/classes.c:81:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   81 |         FILE *seq_F = my_fopen(seq_f, "r");
      |                                       ^~~
 CC km_coffee/km_coffee.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from km_coffee/km_coffee.c:43:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
km_coffee/km_coffee.c: In function ‘void traverse_km_tree(KM_node*, int*, const SeqSet*, char*, int, int, int, char*)’:
km_coffee/km_coffee.c:198:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  198 |                                 FILE *prf_F = my_fopen("prf.fa", "w");
      |                                                        ^~~~~~~~
km_coffee/km_coffee.c:198:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  198 |                                 FILE *prf_F = my_fopen("prf.fa", "w");
      |                                                                  ^~~
km_coffee/km_coffee.c: In function ‘int km_coffee_align3(char*, int, int, char*, char*, int, int, int, char*)’:
km_coffee/km_coffee.c:490:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  490 |         km_tmp_dir = my_make_temp_dir(templatee, "main");
      |                                                  ^~~~~~
 CC km_coffee/km_util.c
 CC io_lib/tree_util.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from io_lib/tree_util.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int tree2group_file(NT_node, Sequence*, int, int, char*)’:
io_lib/tree_util.c:194:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  194 |     fp=vfopen (name, "w");
      |                      ^~~
io_lib/tree_util.c:195:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  195 |     vfclose (tree2group (T, S,maxnseq,minsim, "tree2ngroup",fp));
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int check_tree_seq(NT_node, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:387:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  387 |           HERE ("%s is not in seq", L[ntseq]->name);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:400:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  400 |           HERE ("%s is not in seq", S->name[a]);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int main_compare_cog_tree(NT_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:544:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  544 |   array=file2list(cogfile, ";\n");
      |                            ^~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int main_compare_splits(NT_node, NT_node, char*, FILE*)’:
io_lib/tree_util.c:650:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  650 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nFirst Tree Contains Duplicated Sequences [main_compare_trees][FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:656:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  656 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nSecond Tree Contains Duplicated Sequences [main_compare_trees]");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* tree_scan(Alignment*, NT_node, char*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:800:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  800 |   strget_param (pscan, "_W_", "5", "%d",&w);
      |                        ^~~~~
io_lib/tree_util.c:800:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  800 |   strget_param (pscan, "_W_", "5", "%d",&w);
      |                               ^~~
io_lib/tree_util.c:800:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  800 |   strget_param (pscan, "_W_", "5", "%d",&w);
      |                                    ^~~~
io_lib/tree_util.c:801:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  801 |   strget_param (pscan, "_MODE_", "single", "%s",mode);
      |                        ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:801:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  801 |   strget_param (pscan, "_MODE_", "single", "%s",mode);
      |                                  ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:801:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  801 |   strget_param (pscan, "_MODE_", "single", "%s",mode);
      |                                            ^~~~
io_lib/tree_util.c:802:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  802 |   strget_param (pscan, "_MINW_", "1", "%d",&start);
      |                        ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:802:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  802 |   strget_param (pscan, "_MINW_", "1", "%d",&start);
      |                                  ^~~
io_lib/tree_util.c:802:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  802 |   strget_param (pscan, "_MINW_", "1", "%d",&start);
      |                                       ^~~~
io_lib/tree_util.c:803:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  803 |   strget_param (pscan, "_POSFILE_", "NO", "%s", posfile);
      |                        ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:803:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  803 |   strget_param (pscan, "_POSFILE_", "NO", "%s", posfile);
      |                                     ^~~~
io_lib/tree_util.c:803:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  803 |   strget_param (pscan, "_POSFILE_", "NO", "%s", posfile);
      |                                           ^~~~
io_lib/tree_util.c:804:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  804 |   strget_param (pscan, "_OUTTREE_", "", "%s", &out_format);
      |                        ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:804:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  804 |   strget_param (pscan, "_OUTTREE_", "", "%s", &out_format);
      |                                     ^~
io_lib/tree_util.c:804:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  804 |   strget_param (pscan, "_OUTTREE_", "", "%s", &out_format);
      |                                         ^~~~
io_lib/tree_util.c:868:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  868 |         fp_ts=vfopen (score_csv_file, "w");
      |                                       ^~~
io_lib/tree_util.c:894:122: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  894 |                         vfclose (print_tree (aln2std_tree(A, best_start, best_end, mode), out_format, vfopen (tree_file, "a+")));
      |                                                                                                                          ^~~~
io_lib/tree_util.c:907:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  907 |       fp_ts=vfopen (score_csv_file, "w");
      |                                     ^~~
io_lib/tree_util.c:926:113: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  926 |                         vfclose (print_tree (aln2std_tree(A, best_STD, a, mode), out_format, vfopen (tree_file, "a+")));
      |                                                                                                                 ^~~~
io_lib/tree_util.c:1013:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1013 |       HERE ("Scan %d Possibilities", n);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Tree_sim* tree_cmp(NT_node, NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:1217:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1217 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nFirst Tree Contains Duplicated Sequences [main_compare_trees][FATAL:%s]", PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1223:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1223 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "\nSecond Tree Contains Duplicated Sequences [main_compare_trees]");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* phylotrim(Alignment*, NT_node, char*, char*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:1347:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1347 |     printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Could Not Compute the reference tree [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1349:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1349 |     vfclose (print_tree (RT,"newick", vfopen (tmptree, "w")));
      |                                                        ^~~
io_lib/tree_util.c:1349:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1349 |     vfclose (print_tree (RT,"newick", vfopen (tmptree, "w")));
      |                             ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1370:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1370 |       fp=vfopen (alnF, "w");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c:1376:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1376 |             printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: %s is not in the aln [FATAL:%s]\n",S->name[a], PROGRAM);
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1406:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 1406 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* phylotrim2(Alignment*, char*, int*, int, int, char**, char*)’:
io_lib/tree_util.c:1429:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1429 |   fp=vfopen (tmpaln, "w");
      |                      ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* phylotrim1(Alignment*, char*, int, char**, char*)’:
io_lib/tree_util.c:1472:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1472 |       fp=vfopen (alnF, "w");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c:1501:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1501 |   fp=vfopen (alnF, "w");
      |                    ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘float compare_trees(NT_node, NT_node, int, int)’:
io_lib/tree_util.c:1632:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1632 |   if (getenv4debug("DEBUG_TREE_COMPARE"))display_node (T1, "\nNODE ", nseq);
      |                                                            ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘float search_node(NT_node, NT_node, int, int)’:
io_lib/tree_util.c:1646:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1646 |   if (getenv4debug("DEBUG_TREE_COMPARE"))display_node ( T, "\n\t", nseq);
      |                                                            ^~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* main_aln2tree(Alignment*, int, char**, char*)’:
io_lib/tree_util.c:1804:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1804 |           printf_system ("cp %s %s", tmpA, CacheAln);
      |                          ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1806:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1806 |           if (T)vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (CacheTree, "w")));
      |                                                                      ^~~
io_lib/tree_util.c:1806:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1806 |           if (T)vfclose (print_tree (T, "newick", vfopen (CacheTree, "w")));
      |                                         ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* tree_compute(Alignment*, int, char**)’:
io_lib/tree_util.c:1841:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1841 |       return compute_std_tree_2(A,NULL, "_TMODE_upgma");
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* compute_std_tree_2(Alignment*, int**, char*)’:
io_lib/tree_util.c:1877:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1877 |   strget_param (cl, "_MATRIX_", "idmat", "%s",matrix);
      |                     ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1877:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1877 |   strget_param (cl, "_MATRIX_", "idmat", "%s",matrix);
      |                                 ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1877:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1877 |   strget_param (cl, "_MATRIX_", "idmat", "%s",matrix);
      |                                          ^~~~
io_lib/tree_util.c:1880:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1880 |   strget_param (cl, "_SCORE_", "sim", "%s",score);
      |                     ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1880:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1880 |   strget_param (cl, "_SCORE_", "sim", "%s",score);
      |                                ^~~~~
io_lib/tree_util.c:1880:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1880 |   strget_param (cl, "_SCORE_", "sim", "%s",score);
      |                                       ^~~~
io_lib/tree_util.c:1883:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1883 |   strget_param (cl, "_COMPARE_", "aln", "%s",compare);
      |                     ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1883:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1883 |   strget_param (cl, "_COMPARE_", "aln", "%s",compare);
      |                                  ^~~~~
io_lib/tree_util.c:1883:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1883 |   strget_param (cl, "_COMPARE_", "aln", "%s",compare);
      |                                         ^~~~
io_lib/tree_util.c:1886:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1886 |   strget_param (cl, "_TMODE_", "nj", "%s",tmode);
      |                     ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1886:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1886 |   strget_param (cl, "_TMODE_", "nj", "%s",tmode);
      |                                ^~~~
io_lib/tree_util.c:1886:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1886 |   strget_param (cl, "_TMODE_", "nj", "%s",tmode);
      |                                      ^~~~
io_lib/tree_util.c:1891:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1891 |         strget_param (cl, "_STD_", "1", "%d", &STD);
      |                           ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1891:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1891 |         strget_param (cl, "_STD_", "1", "%d", &STD);
      |                                    ^~~
io_lib/tree_util.c:1891:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1891 |         strget_param (cl, "_STD_", "1", "%d", &STD);
      |                                         ^~~~
io_lib/tree_util.c:1892:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1892 |         strget_param (cl, "_CENTER_", "5", "%d", &CENTER);
      |                           ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:1892:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1892 |         strget_param (cl, "_CENTER_", "5", "%d", &CENTER);
      |                                       ^~~
io_lib/tree_util.c:1892:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1892 |         strget_param (cl, "_CENTER_", "5", "%d", &CENTER);
      |                                            ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* aln2trmsd_tree(Alignment*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:1989:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1989 |   printf_system ("t_coffee -other_pg trmsd -aln %s -template_file %s -outfile %s -quiet %s", fname, temp, tree,  TO_NULL_DEVICE);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* aln2phyml_tree(Alignment*)’:
io_lib/tree_util.c:2007:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2007 |   output_phylip_aln (tmpaln, A, "w");
      |                                 ^~~
io_lib/tree_util.c:2022:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2022 |       printf_system ("phyml -i %s -d nt --quiet %s ", tmpaln, TO_NULL_DEVICE);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2026:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2026 |       printf_system ( "phyml -i %s -o tlr --rand_start --n_rand_starts 5 -d aa -b -1 -s BEST --quiet %s", tmpaln, TO_NULL_DEVICE);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2034:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2034 |   else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "ERROR: Failed to compute a PhyMl tree [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2038:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2038 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "ERROR: Failed to compute a PhyMl tree [FATAL:%s]\n", PROGRAM);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* filter_aln4tree(Alignment*, int, int, char*)’:
io_lib/tree_util.c:2135:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2135 |   printf_system ("t_coffee -other_pg seq_reformat -in %s -action +rm_gap %d -output clustalw > %s", aln_file,fraction_gap, ungaped_aln_file);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2139:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2139 |   printf_system ("t_coffee -other_pg seq_reformat -in %s -action +evaluate %s -output clustalw > %s", ungaped_aln_file,(mode)?mode:"categories", scored_aln_file);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2143:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2143 |   printf_system("t_coffee -other_pg seq_reformat -in %s -struc_in %s -struc_in_f number_aln -action +use_cons +keep '[%d-8]' +rm_gap -output clustalw > %s", ungaped_aln_file, scored_aln_file,n, filtered_aln_file);
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* node2seq_file(NT_node, Sequence*, int, char*)’:
io_lib/tree_util.c:2468:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2468 |   fp=vfopen (file, "w");
      |                    ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int seqindex2seqname4tree(NT_node, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:2537:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2537 |               if (i<S->nseq)current->name=csprintf (current->name, "%s", S->name[i]);
      |                                                                    ^~~~
io_lib/tree_util.c:2538:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2538 |               else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]", current->name);
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2553:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2553 |                   if (i<S->nseq)current->name=csprintf (pre->name, "%s", S->name[i]);
      |                                                                    ^~~~
io_lib/tree_util.c:2554:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2554 |                   else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]",pre->name);
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2567:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2567 |                        if (i<S->nseq)pre->name=csprintf (pre->name, "%s", S->name[i]);
      |                                                                     ^~~~
io_lib/tree_util.c:2568:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2568 |                        else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]",pre->name);
      |                                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int seqname2seqindex4tree(NT_node, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:2608:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2608 |               if (i!=-1)current->name=csprintf (current->name, "%d", i+1);
      |                                                                ^~~~
io_lib/tree_util.c:2609:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2609 |               else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]", current->name);
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2624:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2624 |                   if (i!=-1)current->name=csprintf (pre->name, "%d", i+1);
      |                                                                ^~~~
io_lib/tree_util.c:2625:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2625 |                   else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]", pre->name);
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2638:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2638 |                        if (i!=-1)pre->name=csprintf (pre->name, "%d", i+1);
      |                                                                 ^~~~
io_lib/tree_util.c:2639:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2639 |                        else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]", pre->name);
      |                                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int seqname2seqindexname4tree(NT_node, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:2681:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2681 |               if (i!=-1)current->name=csprintf (current->name, "%d_%s", i+1, current->name);
      |                                                                ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2682:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2682 |               else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]", current->name);
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2697:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2697 |                   if (i!=-1)current->name=csprintf (pre->name, "%d_%s", i+1, pre->name);
      |                                                                ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2698:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2698 |                   else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]", pre->name);
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2711:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2711 |                        if (i!=-1)pre->name=csprintf (pre->name, "%d_%s", i+1, pre->name);
      |                                                                 ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2712:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2712 |                        else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Sequence %s is in tree but not in source sequence file [FATAL]", pre->name);
      |                                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘FILE* display_tree(NT_node, int, FILE*)’:
io_lib/tree_util.c:2792:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2792 |       HERE ("\nGo Left");fp=display_tree (R->left, nseq, fp);
      |             ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2793:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2793 |       HERE ("\nGo Right");fp=display_tree (R->right, nseq, fp);
      |             ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:2794:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2794 |       HERE ("\nGo Bot");fp=display_tree (R->bot, nseq, fp);
      |             ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int tree_file2nseq(char*)’:
io_lib/tree_util.c:2970:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2970 |   fp=vfopen (fname, "r");
      |                     ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* tree2string(NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:3276:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3276 |       vfclose (tree2file (T,NULL,"newick", vfopen (f, "w")));
      |                                                       ^~~
io_lib/tree_util.c:3276:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3276 |       vfclose (tree2file (T,NULL,"newick", vfopen (f, "w")));
      |                                  ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘FILE* tree2file(NT_node, Sequence*, char*, FILE*)’:
io_lib/tree_util.c:3313:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3313 |       if (!S)printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: tree2file/mafft requires sequence file [FATAL]\n");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* print_newick_tree(NT_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:3332:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3332 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int newick2random4dpa(Sequence*, NT_node, int, int)’:
io_lib/tree_util.c:3387:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3387 |   w=seq2dpa_weight (S, "longuest");
      |                        ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:3406:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3406 |       sim=aln2sim(A2, "idmat");
      |                       ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c:3407:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3407 |       HERE ("Tree: %d -- Sim=%d", nt+1, sim);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode*** read_tree(char*, int*, int, char**)’:
io_lib/tree_util.c:3691:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3691 |         fp = vfopen(treefile, "r");
      |                               ^~~
io_lib/tree_util.c:3710:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3710 |         set_info(seq_tree, NULL, 0, "  ", 0.0, 0);
      |                                     ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* insert_tree_node(NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:4015:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4015 |         set_info(newnode, pptr->parent, 0, "", 0.0, 0);
      |                                            ^~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* seq2seq_chain(Alignment*, Alignment*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:4339:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4339 |   sim=seq2comp_mat (aln2seq(A), "blosum62mt", "sim2");
      |                                 ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:4339:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4339 |   sim=seq2comp_mat (aln2seq(A), "blosum62mt", "sim2");
      |                                               ^~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Sequence* get_nexus(char*)’:
io_lib/tree_util.c:4530:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4530 |   fpin =vfopen (file, "r");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c:4531:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4531 |   fpout=vfopen (fasta, "w");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c:4541:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4541 |               buf=substitute (buf, ",", "");
      |                                    ^~~
io_lib/tree_util.c:4541:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4541 |               buf=substitute (buf, ",", "");
      |                                         ^~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Sequence* get_treelist(char*)’:
io_lib/tree_util.c:4588:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4588 |   fpin=vfopen (fname, "r");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c:4589:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4589 |   fpout=vfopen(seq, "w");
      |                     ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Sequence* get_fasta_tree(char*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:4636:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4636 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
io_lib/tree_util.c:4663:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4663 |     fp=vfopen (fname,"r");
      |                      ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘void output_fasta_tree(char*, Alignment*)’:
io_lib/tree_util.c:4715:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4715 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
io_lib/tree_util.c:4718:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4718 |             A->seq_al[a]=substitute (A->seq_al[a], "\n", "");
      |                                                    ^~~~
io_lib/tree_util.c:4718:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4718 |             A->seq_al[a]=substitute (A->seq_al[a], "\n", "");
      |                                                          ^~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int output_treelist(char*, Alignment*)’:
io_lib/tree_util.c:4731:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4731 |         fp=vfopen ( fname, "w");
      |                            ^~~
io_lib/tree_util.c:4734:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4734 |             A->seq_al[a]=substitute (A->seq_al[a], "\n", "");
      |                                                    ^~~~
io_lib/tree_util.c:4734:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4734 |             A->seq_al[a]=substitute (A->seq_al[a], "\n", "");
      |                                                          ^~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* find_node_in_tree(int*, int, NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:4801:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4801 |           HERE ("NOT FOUND AT ALL");
      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* recode_tree(NT_node, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:4837:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4837 |                printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "\nERROR: Sequence %s is in the Tree but Not in the  Sequence dataset [code_lseq][FATAL:%s]", T->name, PROGRAM);
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘float* seq2dpa_weight(Sequence*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:4912:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4912 |       printf_system ("%s %s > %s", seqf, wf);
      |                      ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:4917:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4917 |       char ***list=file2list (mode, " ");
      |                                     ^~~
io_lib/tree_util.c:4994:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4994 |           output_completion (stderr,a,S->nseq, 100, "swl");
      |                                                     ^~~~~
io_lib/tree_util.c:5006:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5006 |           HERE ("%s %.2f", S->name[a], aw[a]);
      |                 ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:5078:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5078 |       myexit (fprintf_error ( stderr, "\nERROR: unknown weight mode : %s [FATAL:%s]", mode, PROGRAM));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* node2master(NT_node, Sequence*, float*)’:
io_lib/tree_util.c:5177:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5177 |       if (i==-1)HERE ("Could Not Find %s in Tree", T->name);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:5187:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5187 |       HERE ("incorrectly parsed tree Root: %d", T->parent?1:0);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int tree2split_list(NT_node, int, int**, int*)’:
io_lib/tree_util.c:5320:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5320 |       if (t2==0) HERE ("0");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* check_tree(NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:5445:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5445 |   if (T) HERE("CHECK %s", T->name);
      |               ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:5448:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5448 |       HERE ("ERROR: Empty Group");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:5454:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5454 |       HERE ("R");
      |             ^~~
io_lib/tree_util.c:5456:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5456 |       HERE ("L");
      |             ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* file2tree(char*)’:
io_lib/tree_util.c:5480:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5480 |   fp=vfopen (remove_charset_from_file (fname, " \t\n\r"), "r");
      |                                               ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:5480:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5480 |   fp=vfopen (remove_charset_from_file (fname, " \t\n\r"), "r");
      |                                                           ^~~
io_lib/tree_util.c:5551:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5551 |       HERE ("Parsing Error\n");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:5557:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5557 |           myexit(fprintf_error (stderr,"ERROR - file2tree: %s is duplicated in %s  ", fname));
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* new_declare_tree_node()’:
io_lib/tree_util.c:5619:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5619 |   if (!p)HERE ("Could Not Allocate Node");
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int node_sort(char*, NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:5801:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5801 |   if (N==NULL)printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: %s is not in the tree [FATAL:%s]\n", name, PROGRAM);
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:5808:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 5808 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* duplicate_tree(NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:5903:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5903 |           N->name=csprintf (N->name, "%s", R->name);
      |                                      ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* newick_string2tree(char*)’:
io_lib/tree_util.c:5992:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5992 |   printf_file (tmp,"w", "%s", string);
      |                    ^~~
io_lib/tree_util.c:5992:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5992 |   printf_file (tmp,"w", "%s", string);
      |                         ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode** read_tree_list(Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:6010:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6010 |         string2file ((fname=vtmpnam(NULL)), "w", S->seq[a]);
      |                                             ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int treelist2leafgroup(Sequence*, Sequence*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:6078:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6078 |   fp=vfopen (split_file, "w");
      |                          ^~~
io_lib/tree_util.c:6097:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6097 |         printf_system ( "cat %s | grep %s| sort > %s::IGNORE_FAILURE::", split_file,TS->name[s], sorted_split_file);
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6099:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6099 |       vfopen (sorted_split_file, "r");
      |                                  ^~~
io_lib/tree_util.c:6121:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6121 |               list=strcatf (list, " %s", fname);
      |                                   ^~~~~
io_lib/tree_util.c:6127:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6127 |               list=strcatf (list, " %s", fname);
      |                                   ^~~~~
io_lib/tree_util.c:6141:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 6141 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘int count_tree_groups(Sequence*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:6185:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6185 |       l=file2list (group_file, " ");
      |                                ^~~
io_lib/tree_util.c:6244:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 6244 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* split2tree(NT_node, Sequence*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:6254:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6254 |   return split2upgma_tree (S,A, A->nseq, "no");
      |                                          ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Split** count_splits(NT_node, Sequence*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:6279:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6279 |   strget_param (param, "_NB_", "0", "%d", &nb);
      |                        ^~~~~~
io_lib/tree_util.c:6279:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6279 |   strget_param (param, "_NB_", "0", "%d", &nb);
      |                                ^~~
io_lib/tree_util.c:6279:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6279 |   strget_param (param, "_NB_", "0", "%d", &nb);
      |                                     ^~~~
io_lib/tree_util.c:6280:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6280 |   strget_param (param, "_TLIST_", "0", "%d", &tlist);
      |                        ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6280:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6280 |   strget_param (param, "_TLIST_", "0", "%d", &tlist);
      |                                   ^~~
io_lib/tree_util.c:6280:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6280 |   strget_param (param, "_TLIST_", "0", "%d", &tlist);
      |                                        ^~~~
io_lib/tree_util.c:6281:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6281 |   strget_param (param, "_ORDER_", "NO", "%s", order);
      |                        ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6281:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6281 |   strget_param (param, "_ORDER_", "NO", "%s", order);
      |                                   ^~~~
io_lib/tree_util.c:6281:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6281 |   strget_param (param, "_ORDER_", "NO", "%s", order);
      |                                         ^~~~
io_lib/tree_util.c:6282:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6282 |   strget_param (param, "_FILTER_", "NO", "%s", filter);
      |                        ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6282:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6282 |   strget_param (param, "_FILTER_", "NO", "%s", filter);
      |                                    ^~~~
io_lib/tree_util.c:6282:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6282 |   strget_param (param, "_FILTER_", "NO", "%s", filter);
      |                                          ^~~~
io_lib/tree_util.c:6347:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6347 |       fp=vfopen (in, "w");
      |                      ^~~
io_lib/tree_util.c:6348:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6348 |       fp2=vfopen (in2, "w");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c:6377:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6377 |       fp=vfopen (out, "r");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Split* print_split(int, int**, Sequence*, Sequence*, char*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:6483:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6483 |         fp=vfopen (split_file, "r");
      |                                ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int treelist2split_list(Sequence*, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:6540:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6540 |       fp=vfopen (tmp1, "w");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c:6546:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6546 |       printf_system ( "cat %s | sort > %s", tmp1, tmp2);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6553:64: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6553 |       display_splits (T[a], TS,stdout, S->name[a], S->file[0], ",");
      |                                                                ^~~
io_lib/tree_util.c:6556:3: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 6556 |   }
      |   ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘int treelist2split_count(Sequence*, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:6590:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6590 |       fp=vfopen (tmp1, "w");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c:6596:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6596 |       printf_system ( "cat %s | sort > %s", tmp1, tmp2);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6605:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6605 |   fp=vfopen (split_file, "w");
      |                          ^~~
io_lib/tree_util.c:6610:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6610 |       fp=vfopen (tmpF, "w");
      |                        ^~~
io_lib/tree_util.c:6613:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6613 |       display_splits (T[a], TS,fp, S->name[a], S->file[0], " ");
      |                                                            ^~~
io_lib/tree_util.c:6615:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6615 |       printf_system ("cat %s | grep 1 | sort | uniq >>%s", tmpF,split_file);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6619:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6619 |   printf_system ("cp %s split_file::IGNORE_FAILURE::", split_file);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6621:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6621 |   printf_system ( "cat %s | grep 1| sort > %s::IGNORE_FAILURE::", split_file, sorted_split_file);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6622:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6622 |   printf_system ("cp %s cedric", sorted_split_file);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6630:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6630 |   fp=vfopen (sorted_split_file, "r");
      |                                 ^~~
io_lib/tree_util.c:6637:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6637 |       split_list[n]=csprintf (split_list[n], "%s",buf);
      |                                              ^~~~
io_lib/tree_util.c:6641:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6641 |   csprintf (split_list[n], "finished\n");
      |                            ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6772:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 6772 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘int treelist2splits_old(Sequence*, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:6795:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6795 |   fp=vfopen (split_file, "w");
      |                          ^~~
io_lib/tree_util.c:6805:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6805 |   printf_system ("cp %s split_file::IGNORE_FAILURE::", split_file);myexit (0);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6807:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6807 |   printf_system ( "cat %s | grep 1| sort > %s::IGNORE_FAILURE::", split_file, sorted_split_file);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6809:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6809 |   vfopen (sorted_split_file, "r");
      |                              ^~~
io_lib/tree_util.c:6857:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 6857 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode** treelist2prune_treelist(Sequence*, Sequence*, FILE*)’:
io_lib/tree_util.c:6897:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6897 |           print_tree (T[a], "newick", out);
      |                             ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int treelist2frame(Sequence*, Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:6924:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6924 |       print_tree (tree, "newick",stdout);
      |                         ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6930:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 6930 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘int** treelist2lti2(Sequence*, Sequence*, int, FILE*)’:
io_lib/tree_util.c:6957:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6957 |       HERE ("Score=%d", r[0][1]);
      |             ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:6967:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6967 |       HERE ("%s => %d [%d]",TS->name[a], score[a][1]/score[a][2], score[a][2]);
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int** tree2dist_split(NT_node, Sequence*, int**)’:
io_lib/tree_util.c:7089:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7089 |   fp=vfopen (split_file, "w");
      |                          ^~~
io_lib/tree_util.c:7094:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7094 |   fp=vfopen (split_file, "r");
      |                          ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int** treelist2groups(Sequence*, Sequence*, char*, FILE*)’:
io_lib/tree_util.c:7169:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7169 |            if (out)print_tree (T[a], "newick_tree", out);
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int** treelist2avg_treecmp(tnode**, char*)’:
io_lib/tree_util.c:7231:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7231 |       output_completion (stderr,a,n,1, "Tree Cmp");
      |                                        ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int treelist_file2consense(char*, char*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:7261:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7261 |   if (!check_program_is_installed ("consense",NULL,NULL,"www.phylip.com",NO_REPORT))return 0;
      |                                    ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7261:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7261 |   if (!check_program_is_installed ("consense",NULL,NULL,"www.phylip.com",NO_REPORT))return 0;
      |                                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7263:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7263 |   fp=vfopen (command, "w");fprintf ( fp, "%s\nY\n", tree_file);fclose (fp);
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c:7264:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7264 |   if ( check_file_exists ("outtree")){flag1=1;printf_system ("mv outtree %s::IGNORE_FAILURE::", tmp_outtree);}
      |                           ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7264:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7264 |   if ( check_file_exists ("outtree")){flag1=1;printf_system ("mv outtree %s::IGNORE_FAILURE::", tmp_outtree);}
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7265:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7265 |   if ( check_file_exists ("outfile")){flag2=1;printf_system ("mv outfile %s::IGNORE_FAILURE::", tmp_outfile);}
      |                           ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7265:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7265 |   if ( check_file_exists ("outfile")){flag2=1;printf_system ("mv outfile %s::IGNORE_FAILURE::", tmp_outfile);}
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7266:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7266 |   printf_system ("consense <%s > /dev/null 2>/dev/null::IGNORE_FAILURE::", command);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7268:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7268 |   if ( outtree)printf_system ("mv outtree %s::IGNORE_FAILURE::", outtree);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7270:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7270 |   if ( outfile)printf_system ("mv outfile %s::IGNORE_FAILURE::", outfile);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7272:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7272 |   if (flag1)printf_system ("mv %s outtree::IGNORE_FAILURE::", tmp_outtree);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7273:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7273 |   if (flag2)printf_system ("mv %s outfile::IGNORE_FAILURE::", tmp_outfile);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* treelist2cons(Alignment*)’:
io_lib/tree_util.c:7311:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7311 |   fp=vfopen (infile, "w");
      |                      ^~~
io_lib/tree_util.c:7318:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7318 |   printf_system( "msa2bootstrap.pl -i %s -o %s -input tree >/dev/null 2>/dev/null", infile, outfile);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* treelist2node_support_best(Alignment*)’:
io_lib/tree_util.c:7407:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7407 |       output_completion (stderr,a,T->nseq,1, "Input Replicate Trees");
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7416:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7416 |       output_completion (stderr,a,T->nseq,1, "Scan for the best Supported Tree");
      |                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int** treelist2ns(NT_node, Sequence*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:7659:15: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7659 |         HERE ("--- Process %s", B->name[r-1]);
      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7663:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7663 |             printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "%s is not a valid file. treelist2ns takes as input a fasta-like list of files containing trees", B->name[r-1]);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7667:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7667 |         if (list==NULL)myexit (fprintf_error (stderr,"File %s is empty",B->name[r-1]));
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* treelist2bootstrap2(Alignment*)’:
io_lib/tree_util.c:7775:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7775 |   printf_system( "msa2bootstrap.pl -i %s -o %s -input tree >/dev/null 2>/dev/null",tlist, outf);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* treelist2bootstrap(tnode**, char*)’:
io_lib/tree_util.c:7791:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7791 |       vfclose (print_tree_list (L,"newick", vfopen (file, "w")));
      |                                                           ^~~
io_lib/tree_util.c:7791:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7791 |       vfclose (print_tree_list (L,"newick", vfopen (file, "w")));
      |                                   ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7796:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7796 |   printf_system( "msa2bootstrap.pl -i %s -o %s -input tree >/dev/null 2>/dev/null", file, outfile);
      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Sequence* treelist2seq(Sequence*)’:
io_lib/tree_util.c:7817:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7817 |   fp=vfopen ((fname=vtmpnam (NULL)), "w");
      |                                      ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Sequence* treelist2sub_seq(Sequence*, int)’:
io_lib/tree_util.c:7907:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7907 |   fp=vfopen (fname, "w");
      |                     ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* tree2nni(NT_node, NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:7933:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7933 |       print_newick_tree (T, "stdout");
      |                             ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:7937:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7937 |       print_newick_tree (T, "stdout");
      |                             ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘ktnode** pool(ktnode**, int, int*, int)’:
io_lib/tree_util.c:8033:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8033 |       printf_system ("cat %s >> %s", K1[a]->seqF, K2[n2-1]->seqF);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* tree2msa4dpa(NT_node, Sequence*, int, char*)’:
io_lib/tree_util.c:8063:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8063 |   ktree2display (K, "1");
      |                     ^~~
io_lib/tree_util.c:8066:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8066 |       ktree2seq_bucketsF(K, "seqdump.1");
      |                             ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8098:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8098 |     ktree2aln_bucketsF(K, "alndump.");
      |                           ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* kmsa2msa(KT_node, Sequence*, ALNcol***, ALNcol*)’:
io_lib/tree_util.c:8151:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8151 |   output=get_string_variable ("output");
      |                               ^~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8157:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8157 |       fp=vfopen (out, "w");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c:8165:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8165 |               fp=vfopen (out, "a");
      |                               ^~~
io_lib/tree_util.c:8168:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8168 |           output_completion (stderr,s,S->nseq, 100, "Final MSA");
      |                                                     ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8197:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8197 |       fp=vfopen (out, "w");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c:8204:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8204 |           output_completion (stderr,s,S->nseq, 100, "Final MSA");
      |                                                     ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8229:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8229 |        myexit (fprintf_error (stderr, "-output=%s is not supported when using -reg [FATAL:%s]", output,PROGRAM));
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8232:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8232 |   if (get_string_variable ("homoplasy"))
      |                            ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8255:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8255 |        fp2=vfopen (get_string_variable ("homoplasy"), "w");
      |                                         ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8255:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8255 |        fp2=vfopen (get_string_variable ("homoplasy"), "w");
      |                                                       ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘ALNcol* msa2graph(Alignment*, Sequence*, ALNcol***, ALNcol*, int)’:
io_lib/tree_util.c:8457:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8457 |       HERE ("WARNING MSAs not being properly combined");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int ktree2aln_bucketsF(KT_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:8522:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8522 |           printf_system ("cp %s %s", K->msaF, nfname);
      |                          ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int ktree2parent_seq_bucketsF(KT_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:8538:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8538 |       printf_system ("cp %s %s", K->seqF, fname);
      |                      ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int ktree2display(KT_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:8553:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8553 |           char *nfname=csprintf(NULL, "%s.%d", fname, a+1);
      |                                       ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int ktree2seq_bucketsF(KT_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:8568:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8568 |       printf_system ("cp %s %s", K->seqF, fname);
      |                      ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8571:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8571 |           char *nfname=csprintf(NULL, "%s.%d", fname, a+1);
      |                                       ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Alignment* sorttrim(Alignment*, int)’:
io_lib/tree_util.c:8631:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8631 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘Sequence* regtrim(Sequence*, NT_node, int)’:
io_lib/tree_util.c:8670:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8670 |       fp=vfopen (tmp, "w");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c:8680:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8680 |       char *tmode=get_string_variable ("treemode");
      |                                        ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8682:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8682 |       else T=seq2dnd(S,"codnd");
      |                        ^~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8687:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8687 |   w=seq2dpa_weight (S, "longuest");
      |                        ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8728:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8728 |   fp=vfopen (tmp, "w");
      |                   ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘ktnode* tree2ktree(NT_node, NT_node, Sequence*, int)’:
io_lib/tree_util.c:8784:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8784 |   if (N==0)printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Bucket size set to 0 (N=%d Dynamic=%d) [FATAL:tree2ktree]", N, dynamic);
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8831:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8831 |   fp=vfopen (K->seqF, "w");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int kseq2kmsa_nextflow(NT_node, ktnode**, int, char*)’:
io_lib/tree_util.c:8924:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8924 |   char *command=make_aln_command (method,"inputfile", "outputfile");
      |                                          ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8924:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8924 |   char *command=make_aln_command (method,"inputfile", "outputfile");
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8927:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8927 |   FILE *fp1=vfopen (in, "w");
      |                         ^~~
io_lib/tree_util.c:8928:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8928 |   FILE *fp2=vfopen (out, "w");
      |                          ^~~
io_lib/tree_util.c:8929:9: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8929 |   HERE ("%s", command);
      |         ^~~~
io_lib/tree_util.c:8943:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8943 |   printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr,"NF_<method> is currently NOT supported\n");
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* tree2child_tree(NT_node, char*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:8954:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8954 |   if (!mode)treeF=csprintf (treeF, "default");
      |                                    ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:8961:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 8961 |   else treeF=csprintf (treeF, "%s",mode);
      |                               ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int kseq2kmsa_thread(NT_node, ktnode**, int, char*)’:
io_lib/tree_util.c:9032:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9032 |     printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: method %s failed to produce %d out of %d node alignments [FATAL]", method, failed, n);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* reg_seq_file2msa_file(char*, int, char*, char*, char*)’:
io_lib/tree_util.c:9048:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9048 |   if (nseq==1)com=csprintf (NULL, "cp %s %s", seqF, msaF);
      |                                   ^~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9050:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9050 |   else com=csprintf (NULL, "dynamic.pl -method %s -seq %s -outfile %s -tree %s", method, seqF, msaF, treeF);
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9056:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9056 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: Impossible to run %s [FATAL:%s]\n",com, PROGRAM);
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘alnnode** kmsa2graph_multi(Sequence*, KT_node, Alignment*, alnnode***, alnnode**, int*, int*, int)’:
io_lib/tree_util.c:9121:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9121 |           output_completion (stderr,a,K->nc, 100, "Incorporating the MSAs - [Multi Thread]");
      |                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* graph2aln(Sequence*, alnnode**, int, char*)’:
io_lib/tree_util.c:9145:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9145 |   FILE *fp=vfopen (out, "w");
      |                         ^~~
io_lib/tree_util.c:9150:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9150 |   fp=vfopen (out, "w");
      |                   ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* kmsa2dnd(Sequence*, ktnode**, int)’:
io_lib/tree_util.c:9182:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9182 |   FILE*fp=vfopen (out,"w");
      |                       ^~~
io_lib/tree_util.c:9201:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9201 |       output_completion (stderr,a,n, 100, "Incorporating Children MSA to produce guide tree");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9254:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9254 |       output_completion (stderr,s,S->nseq, 100, "Threading Sequences to produce guide tree");
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9285:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9285 |       ro[a][1]=get_seq_sim (refseq, newseq, "-", "sim1");
      |                                             ^~~
io_lib/tree_util.c:9285:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9285 |       ro[a][1]=get_seq_sim (refseq, newseq, "-", "sim1");
      |                                                  ^~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘alnnode** kmsa2graph(Sequence*, KT_node, Alignment*, alnnode***, alnnode**, int*, int*, int)’:
io_lib/tree_util.c:9440:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9440 |               A=align_two_streches4dpa (master, slave, "blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise", A);
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9440:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9440 |               A=align_two_streches4dpa (master, slave, "blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise", A);
      |                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘alnnode** kmsa2graph_seq(Sequence*, KT_node, Alignment*, alnnode***, alnnode**, int*, int*, int)’:
io_lib/tree_util.c:9497:67: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9497 |       A=align_two_sequences4dpa (seq0[0],seq0[1],seq1[0], seq1[1],"blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise", A);
      |                                                                   ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9497:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9497 |       A=align_two_sequences4dpa (seq0[0],seq0[1],seq1[0], seq1[1],"blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise", A);
      |                                                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int check_node(ALN_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:9795:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9795 |         if ((b->p)->c!=b){HERE ("pb1: %s", txt); exit (0);}
      |                                 ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9804:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9804 |         if ((b->c)->p!=b){HERE ("pb2 (%d): %s [] ", count,txt); exit (0);}
      |                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9811:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9811 |         if ((b->r)->l!=b){HERE ("pb3: %s", txt); exit (0);}
      |                                 ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9818:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9818 |         if ((b->l)->r!=b){HERE ("pb4: %s", txt); exit (0);}
      |                                 ^~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int check_node_integrity(ALN_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:9831:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9831 |       if (l1!= l2){HERE ("top %d %d", l1, l2);HERE ("%s", txt);exit (0);}
      |                          ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9831:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9831 |       if (l1!= l2){HERE ("top %d %d", l1, l2);HERE ("%s", txt);exit (0);}
      |                                                     ^~~~
io_lib/tree_util.c:9832:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9832 |       if (l1!= l3){HERE ("bot %d %d", l1, l3);HERE ("%s", txt);exit (0);}
      |                          ^~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9832:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9832 |       if (l1!= l3){HERE ("bot %d %d", l1, l3);HERE ("%s", txt);exit (0);}
      |                                                     ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘int check_graph_integrity(ALN_node)’:
io_lib/tree_util.c:9849:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9849 |       if (l2!=l){HERE ("different length"); exit (0);}
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9863:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9863 |           if      (n2top(col)!=top){HERE ("column pb with top");exit (0);}
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:9864:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 9864 |           else if (n2bot(col)!=bot){HERE ("column pb with bot");exit (0);}
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* kmsa2msa_d(Sequence*, KT_node, int, int*)’:
io_lib/tree_util.c:10023:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10023 |   fp=vfopen (out, "w");
      |                   ^~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘long unsigned int* kmsa2graph_d(Sequence*, KT_node, Alignment*, long unsigned int**, long unsigned int*, int*, int*, int)’:
io_lib/tree_util.c:10091:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10091 |               A=align_two_streches4dpa (master, slave, "blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise", A);
      |                                                        ^~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:10091:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10091 |               A=align_two_streches4dpa (master, slave, "blosum62mt",-4,-1, "myers_miller_pair_wise", A);
      |                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c:10105:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
10105 |       output_completion (stderr,done[0],max, 100, "Incorporating MSAs");
      |                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘char* graph2cons_d(long unsigned int, int)’:
io_lib/tree_util.c:10212:27: warning: NULL used in arithmetic [-Wpointer-arith]
10212 |       while ((c=rn_c(s))!=NULL)
      |                           ^~~~
io_lib/tree_util.c: In function ‘long unsigned int insert_gap_in_graph_d(long unsigned int)’:
io_lib/tree_util.c:10230:20: warning: converting to non-pointer type ‘long unsigned int’ from NULL [-Wconversion-null]
10230 |   unsigned long pn=NULL;
      |                    ^~~~
io_lib/tree_util.c:10232:22: warning: converting to non-pointer type ‘long unsigned int’ from NULL [-Wconversion-null]
10232 |   if (!start) return NULL;
      |                      ^~~~
io_lib/tree_util.c:10245:14: warning: passing NULL to non-pointer argument 2 of ‘void wn_c(long unsigned int, long unsigned int)’ [-Wconversion-null]
10245 |       wn_c(n,NULL);
      |              ^~~~
io_lib/tree_util.c:9996:46: note:   declared here
 9996 | void wn_c    (unsigned long n, unsigned long t);
      |                                ~~~~~~~~~~~~~~^
io_lib/tree_util.c: In function ‘tnode* free_tree(NT_node)’:
io_lib/tree_util.c:2390:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 2390 | }
      | ^
io_lib/tree_util.c: In function ‘int check_node(ALN_node, char*)’:
io_lib/tree_util.c:9821:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 9821 | }
      | ^
 CC io_lib/pb_util_read_seq_util.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from io_lib/pb_util_read_seq_util.c:34:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
io_lib/pb_util_read_seq_util.c: In function ‘void* ckalloc(size_t)’:
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:68:24: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
   68 |         register void *ret;
      |                        ^~~
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:75:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   75 |                 fatal("Out of memory\n");
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_seq_util.c: In function ‘void* ckvrealloc(void*, size_t)’:
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:91:24: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
   91 |         register void *ret;
      |                        ^~~
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:95:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   95 |                 fatal("Out of memory\n");
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_seq_util.c: In function ‘char* rtrim(char*)’:
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:191:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  191 |         register int p;
      |                      ^
io_lib/pb_util_read_seq_util.c: In function ‘char* upstr(char*)’:
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:240:24: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  240 |         register char *s = str;
      |                        ^
io_lib/pb_util_read_seq_util.c: In function ‘char* lowstr(char*)’:
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:258:24: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  258 |         register char *s = str;
      |                        ^
io_lib/pb_util_read_seq_util.c: In function ‘void do_system()’:
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:325:16: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  325 |         getstr("\n\nEnter system command",line);
      |                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:327:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  327 |           printf_system_direct("%s",line);
      |                                ^~~~
io_lib/pb_util_read_seq_util.c: In function ‘void get_path(char*, char*)’:
io_lib/pb_util_read_seq_util.c:356:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
  356 |         register int i;
      |                      ^
 CC io_lib/io_func.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from io_lib/io_func.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
In file included from io_lib/io_func.c:36:
./matrices.h:31:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   31 | char *amino_acid_order = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";
      |                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c: In function ‘char* set_mode(int, char*)’:
io_lib/io_func.c:174:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  174 |       if (!val)printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Error:  programme mode unset in io_func.c:set_seq_type");
      |                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c:187:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  187 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Error: unknown mode in function io_func.c:set_seq_type, use SET, GET or UNSET");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c: In function ‘char* set_seq_type(int, char*)’:
io_lib/io_func.c:212:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  212 |       if (!val)printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Error: sequence type unset in io_func.c:set_seq_type");
      |                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c:225:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  225 |       printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "Error: unknown mode in function io_func.c:set_seq_type, use SET, GET or UNSET");
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c: In function ‘int** read_matrice(char*)’:
io_lib/io_func.c:502:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  502 |                   fp=vfopen ( mat_name, "r");
      |                                         ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘void get_rgb_values(int, Color*)’:
io_lib/io_func.c:630:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  630 |                   printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: color scheme %s is unknown",cs);
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from io_lib/io_func.c:33:
./programmes_define.h:460:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  460 | #define COLOR_FILE         "seq_reformat.color"
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c:634:40: note: in expansion of macro ‘COLOR_FILE’
  634 |          color_file=(check_file_exists(COLOR_FILE))?1:0;
      |                                        ^~~~~~~~~~
./programmes_define.h:460:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  460 | #define COLOR_FILE         "seq_reformat.color"
      |                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c:962:25: note: in expansion of macro ‘COLOR_FILE’
  962 |              fp=vfopen( COLOR_FILE, "r");
      |                         ^~~~~~~~~~
io_lib/io_func.c:962:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  962 |              fp=vfopen( COLOR_FILE, "r");
      |                                     ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘int output_color_format(Alignment*, Alignment*, char*, FILE_format* (*)(char*), FILE_format* (*)(char*, Color*, Color*, FILE_format*), FILE_format* (*)(int, Color*, Color*, FILE_format*), void (*)(int, Color*), FILE_format* (*)(FILE_format*))’:
io_lib/io_func.c:1100:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1100 |             for (b=0; b<strlen (buf2); b++)HERE ("%d", buf2[b]);
      |                                                  ^~~~
io_lib/io_func.c:1148:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1148 |         fps=print_format_string ( " IN ", box_c,ink,fps);
      |                                   ^~~~~~
io_lib/io_func.c:1151:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1151 |         fps=print_format_string ( " HEL ", box_c,ink,fps);
      |                                   ^~~~~~~
io_lib/io_func.c:1154:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1154 |         fps=print_format_string ( " OUT ", box_c,ink,fps);
      |                                   ^~~~~~~
io_lib/io_func.c:1157:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1157 |    fps=print_format_string ( "\n\n",white,ink, fps);
      |                              ^~~~~~
io_lib/io_func.c:1217:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1217 |             fps=print_format_string ( "\n\n",white, ink, fps);
      |                                       ^~~~~~
io_lib/io_func.c:1219:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1219 |     fps=print_format_string ( "\n\n\n",white, ink,fps);
      |                               ^~~~~~~~
io_lib/io_func.c: In function ‘int output_raw_score(Alignment*, Alignment*, char*)’:
io_lib/io_func.c:1236:17: warning: converting to non-pointer type ‘int’ from NULL [-Wconversion-null]
 1236 |   if (!A)return NULL;
      |                 ^~~~
io_lib/io_func.c:1247:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1247 |   fp=vfopen (name, "w");
      |                    ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘int output_reliability_format(Alignment*, Alignment*, char*, FILE_format* (*)(char*), FILE_format* (*)(char*, Color*, Color*, FILE_format*), FILE_format* (*)(int, Color*, Color*, FILE_format*), void (*)(int, Color*), FILE_format* (*)(FILE_format*))’:
io_lib/io_func.c:1342:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1342 |    fps=print_format_string ( "\n*\n",white,ink, fps);
      |                              ^~~~~~~
io_lib/io_func.c:1358:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1358 |    fps=print_format_string ( "\n",white, ink,fps);
      |                              ^~~~
io_lib/io_func.c:1375:101: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1375 |              if ( b==S->nseq && print_format_string !=print_ascii_string) fps=print_format_string ( "\n",white, ink, fps);
      |                                                                                                     ^~~~
io_lib/io_func.c:1431:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1431 |             fps=print_format_string ( "\n\n",white, ink, fps);
      |                                       ^~~~~~
io_lib/io_func.c:1433:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1433 |     fps=print_format_string ( "\n\n\n",white, ink,fps);
      |                               ^~~~~~~~
io_lib/io_func.c: In function ‘FILE_format* vfopen_ps(char*)’:
io_lib/io_func.c:1682:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1682 |       fps->fp=vfopen ( name, "w");
      |                              ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘void output_hit_matrix(char*, float**, int)’:
io_lib/io_func.c:1716:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1716 |         fp=vfopen(fileName, "w");
      |                             ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘FILE_format* vfopen_html(char*)’:
io_lib/io_func.c:1905:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1905 |       fhtml->fp=vfopen ( name, "w");
      |                                ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘FILE_format* vfopen_ascii(char*)’:
io_lib/io_func.c:2012:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2012 |       fascii->fp=vfopen ( name, "w");
      |                                 ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘int output_seq_reliability_ascii(Alignment*, Alignment*, char*)’:
io_lib/io_func.c:2041:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2041 |   fp=vfopen ( name, "w");
      |                     ^~~
io_lib/io_func.c: In function ‘int aln2compressed_ps(Alignment*, char*)’:
io_lib/io_func.c:2077:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 2077 | }
      | ^
 CC io_lib/pb_util_read_sequence.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from io_lib/pb_util_read_sequence.c:35:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:72:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   72 | char *amino_acid_codes   =    "ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ-";  /* DES */
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:73:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   73 | char *nucleic_acid_order =        "ACGTUN";
      |                                   ^~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c: In function ‘void fill_chartab()’:
io_lib/pb_util_read_sequence.c:79:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
   79 |         register int i;
      |                      ^
io_lib/pb_util_read_sequence.c:80:22: warning: ISO C++17 does not allow ‘register’ storage class specifier [-Wregister]
   80 |         register int c;
      |                      ^
io_lib/pb_util_read_sequence.c: In function ‘void get_msf_seq(char*, char*, int*, char*, int)’:
io_lib/pb_util_read_sequence.c:102:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  102 |                 if(linetype(line,"/") ) break;              /* lines...ignore*/
      |                                  ^~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c: In function ‘void get_seq(char*, char*, int*, char*)’:
io_lib/pb_util_read_sequence.c:182:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  182 |                         while( !linetype(line,"ID") )
      |                                               ^~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:192:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  192 |                         while( !linetype(line,"SQ") )
      |                                               ^~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:326:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  326 |                 warning("Sequence %s truncated to %d residues",
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c: In function ‘int readseqs(char*, char***, char***, int***)’:
io_lib/pb_util_read_sequence.c:353:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  353 |         fin=vfopen(saga_file,"r");
      |                              ^~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:378:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  378 |                         error("Sequence too long. Maximum is %d",(pint)SEQ_MAX_LEN);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:416:39: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  416 |                                 error("Multiple sequences found with same name (first %d chars are significant)", MAXNAMES);
      |                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c: In function ‘void check_infile(int*)’:
io_lib/pb_util_read_sequence.c:444:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  444 |         if( linetype(line,"ID") ) {                                     /* EMBL/Swiss-Prot format ? */
      |                           ^~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:448:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  448 |         else if( linetype(line,"CLUSTAL") ) {
      |                                ^~~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:451:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  451 |         else if( linetype(line,"PILEUP") ) {
      |                                ^~~~~~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c:477:51: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  477 |                                 if( linetype(line,"ID") )
      |                                                   ^~~~
io_lib/pb_util_read_sequence.c: In function ‘int count_msf_seqs()’:
io_lib/pb_util_read_sequence.c:542:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  542 |                 if(linetype(line,"/")) break;
      |                                  ^~~
 CC t_coffee_lib/t_coffee.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from t_coffee_lib/t_coffee.c:35:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘int main(int, char**)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:162:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  162 |   if (argv[0][0]=='\0'){argv[0]="t_coffee";}
      |                                 ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘int batch_main(int, char**)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:549:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  549 |         set_string_variable ("t_coffee", argv[0]);
      |                              ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:553:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  553 |             set_string_variable ("-other_pg", "set");
      |                                  ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:553:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  553 |             set_string_variable ("-other_pg", "set");
      |                                               ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:781:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  781 |                    cputenv ("LOCAL_PLUGINS_4_TCOFFEE=%s", plugins);// single use environement variable
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:829:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  829 |  argv=break_list ( argv, &argc, "=;, \n");
      |                                 ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:833:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  833 |  if (argc>1 && argv[1][0]!='-')argv=push_string ("-seq ", argv, &argc, 1);
      |                                                  ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:861:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  861 |         register_file4dump(parameters, "r");
      |                                        ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:873:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  873 |      register_file4dump(parameters, "r");
      |                                     ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:968:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  968 | argv=break_list ( argv, &argc, "=;, \n");
      |                                ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:1106:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1106 |          cputenv ("ERRORFILE_4_TCOFFEE=NO");
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:1110:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1110 |          cputenv ("DEBUG_TMP_FILE=1");
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
In file included from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from t_coffee_lib/t_coffee.c:35:
./define_header.h:40:30: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   40 | #define DISTRIBUTION_ADDRESS "www.tcoffee.org/Packages"
      |                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:1182:35: note: in expansion of macro ‘DISTRIBUTION_ADDRESS’
 1182 |          myexit (check_for_update(DISTRIBUTION_ADDRESS));
      |                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:1432:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1432 |                if (n_template_file)cputenv ("template_file_4_TCOFFEE=%s",template_file_list[0]);
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:1513:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1513 |                set_int_variable ("flip", flip);
      |                                  ^~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:1533:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1533 |                set_int_variable ("remove_template_file", remove_template_file);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:1683:76: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 1683 |             profile_list=list2expanded_flist(profile_list,&n_profile_list, "FILE::");
      |                                                                            ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:2591:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2591 |                if ( sample_dp)cputenv ("SAMPLE_DP_4_TCOFFEE=%d", sample_dp);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:2787:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2787 |                if (!strm (color_mode, "default"))cputenv ("COLOR_4_TCOFFEE=%s", color_mode);
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:2807:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2807 |                if (aln_line_length)cputenv ("ALN_LINE_LENGTH=%d", aln_line_length);
      |                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:2943:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2943 | set_int_variable ("prot_min_sim", prot_min_sim);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:2960:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2960 | set_int_variable ("prot_max_sim", prot_max_sim);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:2979:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2979 | cputenv ("psiJ_4_TCOFFEE=%d", psiJ);
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:2980:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 2980 | cputenv ("num_iterations_4_TCOFFEE=%d", psiJ);
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3000:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3000 | cputenv ("psitrim_mode_4_TCOFFEE=%s", psitrim_mode);
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3019:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3019 | cputenv ("psitrim_tree_4_TCOFFEE=%s", psitrim_tree);
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3038:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3038 | set_int_variable ("psitrim", psitrim);
      |                   ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3039:10: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3039 | cputenv ("psitrim_4_TCOFFEE=%d",psitrim);
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3057:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3057 | set_int_variable ("prot_min_cov", prot_min_cov);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3075:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3075 | set_string_variable ("pdb_type", pdb_type);
      |                      ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3093:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3093 |  set_int_variable ("pdb_min_sim", pdb_min_sim);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3110:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3110 |  set_int_variable ("pdb_max_sim", pdb_max_sim);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3127:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3127 | set_int_variable ("pdb_min_cov", pdb_min_cov);
      |                   ^~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3186:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3186 |  set_string_variable ("blast_server", prot_blast_server);
      |                       ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3187:11: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3187 |  cputenv ("blast_server_4_TCOFFEE=%s",prot_blast_server);
      |           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3208:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3208 |  set_string_variable ("pdb_db", pdb_db);
      |                       ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3209:11: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3209 |  cputenv ("pdb_db_4_TCOFFEE=%s",pdb_db);
      |           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3229:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3229 |  set_string_variable ("prot_db", prot_db);
      |                       ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3230:11: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3230 |  cputenv ("protein_db_4_TCOFFEE=%s",prot_db);
      |           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3742:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3742 |                if (multi_core[0])set_string_variable ("multi_core",multi_core);
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3805:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3805 |                set_int_variable ("n_core",n_core);
      |                                  ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3807:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3807 |                cputenv ("thread_4_TCOFFEE=%d", get_nproc());
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3829:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3829 |                register_file4dump(lib_list, "r");
      |                                             ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3848:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3848 |                set_string_variable ("prune_lib_mode",prune_lib_mode);
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3918:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3918 |                set_int_variable ("run_local_script", run_local_script);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3940:65: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3940 |                if ( !strm (proxy, "unset"))set_string_variable ("cl_proxy",proxy);
      |                                                                 ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3961:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3961 |                    set_string_variable ("email", email);
      |                                         ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:3962:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 3962 |                    set_string_variable ("cl_email", email);
      |                                         ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4015:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4015 |                if (overaln_mode[0])set_string_variable ("overaln_mode", overaln_mode);
      |                                                         ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4033:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4033 |                if (overaln_mode[0])set_string_variable ("overaln_model", overaln_model);
      |                                                         ^~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4051:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4051 |                set_int_variable ("overaln_threshold", overaln_threshold);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4069:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4069 |                set_int_variable ("overaln_target", overaln_threshold);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4089:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4089 |                if (overaln_P1)set_int_variable ("overaln_P1", overaln_P1);
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4108:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4108 |                 if (overaln_P2)set_int_variable ("overaln_P2", overaln_P2);
      |                                                  ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4127:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4127 |                if (overaln_P3)set_int_variable ("overaln_P3", overaln_P3);
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4146:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4146 |                if (overaln_P4)set_int_variable ("overaln_P4", overaln_P4);
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4166:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4166 |                if ( exon_boundaries[0])set_string_variable ("exon_boundaries", exon_boundaries);
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4188:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4188 |                if (display)set_int_variable ("display",display);
      |                                              ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4200:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4200 |                    display_method_names ("display", stdout);
      |                                          ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4232:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4232 |                            printf_system_direct ("%s",command);
      |                                                  ^~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4245:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4245 |                            printf_system_direct ("%S",command);
      |                                                  ^~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4258:50: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4258 |                            printf_system_direct ("%S",command);
      |                                                  ^~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4368:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4368 |                    else printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: %s does not exist [FATAL]",seq_list[a]);
      |                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4398:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4398 |                    ExS=seq2clean_seq (ExS, "BOJboj");
      |                                            ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4447:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4447 |                                add_warning (stderr, "File %s was not properly tagged. Potential ambiguity\n",list_file[a]);
      |                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4492:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4492 |                        F=parse_fname("output");
      |                                      ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4524:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4524 |                              else if ( is_in_set ( list_file[a][0], "ASLX") && check_file_exists( list_file[a]+1)){F=parse_fname(list_file[a]+1);break;}
      |                                                                     ^~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4525:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4525 |                              else if ( is_in_set ( list_file[a][0], "R") && check_file_exists( list_file[a]+1))
      |                                                                     ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4534:69: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4534 |                              else if ( is_in_set ( list_file[a][0], "P") && is_pdb_struc (list_file[a]+1))
      |                                                                     ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4557:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4557 |                            myexit(fprintf_error (stderr, "\nERROR: Could not find PDB structure %s [FATAL:%s]",list_file[a], PROGRAM));
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4567:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4567 |                    myexit (fprintf_error(stderr,"You have not provided any sequence"));
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4596:52: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4596 |                              printf_system_direct ("cp %s wrong.file", list_file[a]+1);
      |                                                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4597:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4597 |                              myexit (fprintf_error(stderr,"The format of %s is not supported", list_file[a]+1));
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4730:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4730 |                    printf_exit ( EXIT_FAILURE,stderr, "\nNumber of sequences (%d) exceeds the allowed maximum (%d) [FATAL:%s]", S->nseq,maxnseq, PROGRAM);
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4747:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4747 |                    printf_exit (EXIT_FAILURE,stderr, "\nERROR: Your Dataset Contains %d Sequence. For multiple alignments you need at least 2 sequences[FATAL:%s]", S->nseq,PROGRAM);
      |                                                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4839:77: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4839 |                (CL->S)->MasterS=MASTER_SEQ=prepare_master(master_mode,S,CL, "_kmeans_");
      |                                                                             ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4871:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4871 |                    cputenv ("db_4_BLAST=%s", prot_db);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4872:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4872 |                    cputenv ("num_iterations_4_BLAST=%d", psiJ);
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4873:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4873 |                    cputenv ("outdir_4_BLAST=%d", get_cache_dir());
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4874:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4874 |                    cputenv ("thread_4_BLAST=%d",get_nproc());
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4900:49: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4900 |                            add_warning (stderr, "Impossible to find %s Templates\nCheck that your blast server is properly installed [See documentation][FATAL:%s]\n", template_file_list[a],PROGRAM);
      |                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4905:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4905 |                    if (seq2n_X_template ( S, "_*_"))
      |                                              ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4916:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4916 |                        if ( seq_has_template ( S, a, "_P_"))ptf=1;
      |                                                      ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4923:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4923 |                        display_output_filename ( stdout, "Template_List","fasta_seq", S->template_file, STORE);
      |                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4923:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4923 |                        display_output_filename ( stdout, "Template_List","fasta_seq", S->template_file, STORE);
      |                                                                          ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4938:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4938 |                            add_warning(stderr, "Impossible to find %s Templates\nCheck that your blast server is properly installed [See documentation][FATAL:%s]\n",profile_template_file_list[a], PROGRAM);
      |                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:4960:38: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 4960 |                S=seq2template_seq(S, "SELF_S_",F);
      |                                      ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5037:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5037 |                    set_string_variable ("method_log", method_log);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5151:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5151 |                set_int_variable ("nomatch", nomatch);
      |                                  ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5233:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5233 |                        OUT=vfopen (out_lib, "w");
      |                                             ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5238:81: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5238 |                        OUT=save_constraint_list ( CL, 0, CL->ne, out_lib, NULL, "ascii",CL->S);
      |                                                                                 ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5241:66: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5241 |                    CL->local_stderr=display_output_filename (le, "TCLIB","tc_lib_format_01",out_lib, CHECK);
      |                                                                  ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5241:74: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5241 |                    CL->local_stderr=display_output_filename (le, "TCLIB","tc_lib_format_01",out_lib, CHECK);
      |                                                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5295:87: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5295 |                            CL->local_stderr=display_output_filename( CL->local_stderr,"WEIGHT","tc_weight",outseqweight, CHECK);
      |                                                                                       ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5295:96: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5295 |                            CL->local_stderr=display_output_filename( CL->local_stderr,"WEIGHT","tc_weight",outseqweight, CHECK);
      |                                                                                                ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5314:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5314 |                                   else add_warning ( stderr, "Sequence %s is not in the set and cannot be used for quadruplet extension\n",seq_name_for_quadruplet[a]);
      |                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5354:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5354 |                        set_string_variable ("et_mode", et_mode);
      |                                             ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5358:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5358 |                            CL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                                ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5378:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5378 |                        vfclose (tree2file ((T[3][0]),CL->S, "newick",vfopen (pc, "w")));
      |                                                                                  ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5378:61: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5378 |                        vfclose (tree2file ((T[3][0]),CL->S, "newick",vfopen (pc, "w")));
      |                                                             ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5395:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5395 |                        output_constraints (out_lib, "sim", A);
      |                                                     ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5396:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5396 |                        CL->local_stderr=display_output_filename (le, "TCLIB","tc_lib_format_01",out_lib, CHECK);
      |                                                                      ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5396:78: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5396 |                        CL->local_stderr=display_output_filename (le, "TCLIB","tc_lib_format_01",out_lib, CHECK);
      |                                                                              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5449:155: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5449 |                        else{fprintf ( stderr, "\nERROR: distance_matrix_mode=aln requires an aln passed via the -infile flag [FATAL:%s]", PROGRAM);crash ("");}
      |                                                                                                                                                           ^~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5472:159: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5472 |                            else{fprintf ( stderr, "\nERROR: distance_matrix_mode=aln requires an aln passed via the -infile flag [FATAL:%s]", PROGRAM);crash ("");}
      |                                                                                                                                                               ^~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5496:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5496 |                        crash ("");
      |                               ^~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5528:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5528 |                        le=display_output_filename( le,"MSA",out_aln_format[b], tot_out_aln[b], CHECK);
      |                                                       ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5563:60: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5563 |                             le=display_output_filename( le,"MSA",out_aln_format[b], tot_out_aln[b], CHECK);
      |                                                            ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5576:54: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5576 |                       le=display_output_filename( le,"MSA",out_aln_format[a], tot_out_aln[a], CHECK);
      |                                                      ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5644:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5644 |                           output_format_aln ("overaln", A, NULL, over_aln_tmp);
      |                                              ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5659:143: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5659 |                       if (!strm2(out_aln, "stdout", "stderr") && le==stderr && !do_convert && A->nseq < MAX_NSEQ_4_DISPLAY)output_format_aln ("aln",A,NULL,"stdout");
      |                                                                                                                                               ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5659:156: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5659 |                       if (!strm2(out_aln, "stdout", "stderr") && le==stderr && !do_convert && A->nseq < MAX_NSEQ_4_DISPLAY)output_format_aln ("aln",A,NULL,"stdout");
      |                                                                                                                                                            ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5672:57: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5672 |                         le=display_output_filename (le, "GUIDE_TREE","newick", tree_file, CHECK);
      |                                                         ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5672:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5672 |                         le=display_output_filename (le, "GUIDE_TREE","newick", tree_file, CHECK);
      |                                                                      ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5677:56: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5677 |                         le=display_output_filename( le,"MSA",out_aln_format[a], tot_out_aln[a], CHECK);
      |                                                        ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5679:71: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5679 |                         CL->local_stderr=display_output_filename (le, "TCLIB","tc_lib_format_01",out_lib, CHECK);
      |                                                                       ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5679:79: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5679 |                         CL->local_stderr=display_output_filename (le, "TCLIB","tc_lib_format_01",out_lib, CHECK);
      |                                                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5689:53: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5689 |                           tfp=vfopen (ph_tree_file, "w");
      |                                                     ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5690:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5690 |                           tfp=print_tree (T, "newick", tfp);
      |                                              ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5692:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5692 |                           le=display_output_filename (le, "PHYLOGENIC_TREE","newick", ph_tree_file, CHECK);
      |                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5692:77: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5692 |                           le=display_output_filename (le, "PHYLOGENIC_TREE","newick", ph_tree_file, CHECK);
      |                                                                             ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5776:62: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5776 |                               le=display_output_filename( le,"SPLIT_SEQ",split_format,split_name, CHECK);
      |                                                              ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5780:70: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5780 |                               t=aln2most_similar_sequence(SPLIT_ALN, "idmat");
      |                                                                      ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5800:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5800 |                        le=display_output_filename( le,"TRIM_SEQ",trim_format,trimfile, CHECK);
      |                                                       ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5829:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 5829 |               vremove ( "core");
      |                         ^~~~~~
In file included from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from t_coffee_lib/t_coffee.c:35:
./define_header.h:35:17: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   35 | #define PROGRAM "T-COFFEE"
      |                 ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:5835:43: note: in expansion of macro ‘PROGRAM’
 5835 |                   le=print_mem_usage (le, PROGRAM);
      |                                           ^~~~~~~
In file included from ./define_header.h:31,
                 from ./io_lib/io_structures.h:33,
                 from ./io_lib_header.h:30,
                 from t_coffee_lib/t_coffee.c:35:
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char* get_rcoffee_consan_defaults(char*, char*)’:
./programmes_define.h:308:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  308 | #define RNAPLFOLD_4_TCOFFEE "RNAplfold"
      |                             ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6083:34: note: in expansion of macro ‘RNAPLFOLD_4_TCOFFEE’
 6083 |      check_program_is_installed (RNAPLFOLD_4_TCOFFEE,NULL, NULL,RNAPLFOLD_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: note: in definition of macro ‘RNAPLFOLD_ADDRESS’
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char* get_rmcoffee_defaults(char*, char*)’:
./programmes_define.h:308:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  308 | #define RNAPLFOLD_4_TCOFFEE "RNAplfold"
      |                             ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6095:34: note: in expansion of macro ‘RNAPLFOLD_4_TCOFFEE’
 6095 |      check_program_is_installed (RNAPLFOLD_4_TCOFFEE,NULL, NULL,RNAPLFOLD_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: note: in definition of macro ‘RNAPLFOLD_ADDRESS’
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char* get_best4RNA_defaults(char*, char*)’:
./programmes_define.h:308:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  308 | #define RNAPLFOLD_4_TCOFFEE "RNAplfold"
      |                             ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6109:40: note: in expansion of macro ‘RNAPLFOLD_4_TCOFFEE’
 6109 |            check_program_is_installed (RNAPLFOLD_4_TCOFFEE,NULL, NULL,RNAPLFOLD_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: note: in definition of macro ‘RNAPLFOLD_ADDRESS’
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char* get_rcoffee_defaults(char*, char*)’:
./programmes_define.h:308:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  308 | #define RNAPLFOLD_4_TCOFFEE "RNAplfold"
      |                             ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6121:34: note: in expansion of macro ‘RNAPLFOLD_4_TCOFFEE’
 6121 |      check_program_is_installed (RNAPLFOLD_4_TCOFFEE,NULL, NULL,RNAPLFOLD_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:310:27: note: in definition of macro ‘RNAPLFOLD_ADDRESS’
  310 | #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/"
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char* get_rsapcoffee_defaults(char*, char*)’:
./programmes_define.h:233:23: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  233 | #define SAP_4_TCOFFEE "sap"
      |                       ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6131:31: note: in expansion of macro ‘SAP_4_TCOFFEE’
 6131 |   check_program_is_installed (SAP_4_TCOFFEE,NULL, NULL,SAP_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:235:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  235 | #define SAP_ADDRESS "https://mathbio.crick.ac.uk/wiki/Software#SAP"
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:235:21: note: in definition of macro ‘SAP_ADDRESS’
  235 | #define SAP_ADDRESS "https://mathbio.crick.ac.uk/wiki/Software#SAP"
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:251:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  251 | #define MUSTANG_4_TCOFFEE "mustang"
      |                           ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6132:31: note: in expansion of macro ‘MUSTANG_4_TCOFFEE’
 6132 |   check_program_is_installed (MUSTANG_4_TCOFFEE,NULL, NULL,MUSTANG_ADDRESS, INSTALL_OR_DIE);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:253:25: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
  253 | #define MUSTANG_ADDRESS "http://lcb.infotech.monash.edu.au/mustang/"
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./programmes_define.h:253:25: note: in definition of macro ‘MUSTANG_ADDRESS’
  253 | #define MUSTANG_ADDRESS "http://lcb.infotech.monash.edu.au/mustang/"
      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char* get_saracoffee_defaults(char*, char*)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6143:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6143 |      check_program_is_installed ("sara.py",NULL, NULL,"http://structure.biofold.org/sara",INSTALL_OR_DIE);
      |                                  ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6143:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6143 |      check_program_is_installed ("sara.py",NULL, NULL,"http://structure.biofold.org/sara",INSTALL_OR_DIE);
      |                                                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Sequence* prepare_master(char*, Sequence*, Constraint_list*, char*)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6395:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6395 |        set_int_variable ("N_4_PLIB", atoi (strstr(seq, "_PLIB_")+strlen ("_PLIB_")));
      |                          ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6403:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6403 |            if (seq_has_template (S, a, "_P_"))CL->master[a]=1;
      |                                        ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6459:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6459 |        printf_exit (EXIT_FAILURE, stderr, "ERROR: %s defines an invalid mode for -master [FATAL:%s]\n",seq,PROGRAM);
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char* get_seq_type_from_cl(int, char**)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6519:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6519 |   sprintf ( buf, "%s ", get_string_variable ("t_coffee"));
      |                                              ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6525:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6525 |   if (!seq) return "";
      |                    ^~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6536:19: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6536 |   printf_system ( "%s",buf);
      |                   ^~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘char** km_coffee(int, char**)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6650:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6650 |             myexit(fprintf_error (stderr, "Error: with -mode=kmcoffee sequences MUST be provided with -seq"));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6691:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6691 |               myexit(fprintf_error (stderr,"Please specify km_mode (topdown/bottomup/km_fast/updown)!\n"));
      |                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6694:1: warning: no return statement in function returning non-void [-Wreturn-type]
 6694 | }
      | ^
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* kmir(Alignment*)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6704:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6704 |         prf=aln2prf(A, "blosum62mt");
      |                        ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘int km_coffee_count(Alignment*, int, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6727:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6727 |       AL=seq2kmeans_subset(A,k,&n, "triaa");
      |                                    ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_coffee_align1(char*, Alignment*, int, int, char**, int, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6757:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6757 |       AL=seq2kmeans_subset(A,k,&n, "triaa");
      |                                    ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6763:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6763 |           AL=seq2id_subset (AL[0],k,&n, "100");
      |                                         ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_align_profile(Alignment**, int, int, char**, int, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6872:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6872 |         fp=vfopen (prff, "w");
      |                          ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6882:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6882 |         printf_system_direct_check ("%s",buf);
      |                                     ^~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:6896:41: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6896 |             printf_system_direct_check ("%s -profile %s", cl, prf);
      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_align_seq_slow(char*, Alignment*, int, char**, int, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6918:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6918 |       printf_system ("tc_generic_method.pl -mode=seq_msa -infile=%s -method=%s -outfile=%s", seq, method, aln);
      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_align_seq_slow_withTC(Alignment*, int, char**, int, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6968:45: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6968 |                 printf_system_direct_check ("%s",buf);
      |                                             ^~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_align_seq_fast(Alignment*, int, char**, int, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6993:33: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 6993 |             CL->M=read_matrice ("blosum62mt");
      |                                 ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_refine_msa(Alignment*, int, char**, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:7060:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7060 |   printf_system_direct_check ("t_coffee -seq %s -profile %s -outfile %s -newtree %s ",seq, prf, aln, tree);
      |                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_coffee_align3(Sequence*, char*, int, char*, int, char**)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:7115:22: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7115 |       printf_system ("cp %s %s", km_tree, km_tree2);
      |                      ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7124:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7124 |       printf_exit ( EXIT_FAILURE, stderr, "kmcoffee did not manage to align the provided dataset\n");
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7127:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7127 |   printf_system ("mv %s %s", T->alfile, out_f);
      |                  ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7128:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7128 |   display_output_filename(stdout,"MSA","ALN",out_f, CHECK);
      |                                  ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7128:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7128 |   display_output_filename(stdout,"MSA","ALN",out_f, CHECK);
      |                                        ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* t_coffee_dpa(int, char**)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:7173:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7173 |   set_int_variable ("swlN",50);
      |                     ^~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7174:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7174 |   set_string_variable ("output", "fasta_aln");
      |                        ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7174:34: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7174 |   set_string_variable ("output", "fasta_aln");
      |                                  ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7175:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7175 |   set_int_variable    ("reg_dnd_nseq",100);
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7176:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7176 |   set_int_variable    ("reg_dnd_depth",3);
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7177:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7177 |   set_string_variable ("reg_dnd_mode", "codnd");
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7177:40: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7177 |   set_string_variable ("reg_dnd_mode", "codnd");
      |                                        ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7182:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7182 |   cputenv ("blast_server_4_CLTCOFFEE=LOCAL");
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7189:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7189 |           myexit (fprintf_error (stderr, "%s is an unknown flag of the -reg mode [FATAL:%s]", argv[a],PROGRAM));
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7202:68: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7202 |           if (strm (dpa_output, "fastaz_aln"))set_string_variable ("output", "fastaz_aln");
      |                                                                    ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7202:78: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7202 |           if (strm (dpa_output, "fastaz_aln"))set_string_variable ("output", "fastaz_aln");
      |                                                                              ^~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7203:72: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7203 |           else if (strm (dpa_output, "fasta_aln"))set_string_variable ("output", "fasta_aln");
      |                                                                        ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7203:82: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7203 |           else if (strm (dpa_output, "fasta_aln"))set_string_variable ("output", "fasta_aln");
      |                                                                                  ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7206:47: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7206 |                myexit (fprintf_error (stderr, "regressive mode only supports fasta_aln and fastaz_aln with the -output flag [FATAL:%s]", argv[a],PROGRAM));
      |                                               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7215:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7215 |           cputenv ("child_tree_4_TCOFFEE=%s", argv[++a]);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7219:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7219 |           cputenv ("thread_4_TCOFFEE=%d", atoi(argv[++a]));
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7223:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7223 |           cputenv ("dynamic_config_4_TCOFFEE=%s", (fname2abs(argv[a+1])));
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7229:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7229 |           set_string_variable ("reg_chaindnd_mode",argv[++a]);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7233:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7233 |           set_int_variable ("reg_dnd_nseq",atoi(argv[++a]));
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7237:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7237 |           set_int_variable ("reg_dnd_depth",atoi(argv[++a]));
      |                             ^~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7241:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7241 |           set_string_variable ("reg_dnd_mode",argv[++a]);
      |                                ^~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7246:29: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7246 |           set_int_variable ("swlN",atoi (argv[++a]));
      |                             ^~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7292:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7292 |           cputenv ("COMPACT_4_TCOFFEE=1");
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7305:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7305 |           myexit (fprintf_error (stderr, "%s is not supported when using -dpa [FATAL:%s]", argv[a],PROGRAM));
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7315:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7315 |           cputenv ("%s_4_CLTCOFFEE=FLAGSET", argv[a]+1);
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7323:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7323 |               ml=vcat(ml," ");
      |                          ^~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7327:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7327 |           if (ml)cputenv ("method_4_CLTCOFFEE=%s", ml);
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7333:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7333 |               HERE ("Parse Arg: %s -> %s -> %s", argv[a], argv[a]+1,fname2abs(argv[a+1]));
      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7335:20: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7335 |           cputenv ("%s_4_CLTCOFFEE=%s", argv[a]+1,fname2abs(argv[a+1]));
      |                    ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7341:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7341 |            myexit (fprintf_error (stderr, "%s is an unknown flag of the -reg mode [FATAL:%s]", argv[a],PROGRAM));
      |                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7347:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7347 |       HERE ("******* ARGUMENTS*****: start");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7349:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7349 |       HERE ("******* ARGUMENTS*****: end");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7350:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7350 |       HERE ("******* Environement: start*****");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7352:13: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7352 |       HERE ("******* Environement: end*****");
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7360:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7360 |   set_int_variable ("n_core",n_core);
      |                     ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7364:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7364 |   set_int_variable ("reg_dynamic",reg_dynamic);
      |                     ^~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7365:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7365 |   set_int_variable ("reg_pool",reg_pool);
      |                     ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7368:35: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7368 |   if (!cache)cache=csprintf (NULL,"use");
      |                                   ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7370:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7370 |   cputenv ("cache_4_TCOFFEE=%s", get_cache_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7371:12: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7371 |   cputenv ("cache_4_CLTCOFFEE=%s", get_cache_4_tcoffee());
      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7395:63: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7395 |       sprintf (outfile, "%s.%s", F->name, get_string_variable("output"));
      |                                                               ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7401:27: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7401 |       set_string_variable("homoplasy", homoplasy);
      |                           ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7408:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7408 |     myexit (fprintf_error ( stderr, "\nERROR: When using -reg, sequences must be provided via -seq [FATAL:%s]", PROGRAM));
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7410:37: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7410 |     myexit (fprintf_error ( stderr, "\nERROR: Could not read %s [FATAL:%s]", seqfile,PROGRAM));
      |                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7423:26: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7423 |   if (!dpa_tree)dpa_tree="codnd";
      |                          ^~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7427:21: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7427 |       T=seq2dnd (S, "blength");
      |                     ^~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7428:28: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7428 |       w=seq2dpa_weight (S, "longuest");
      |                            ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7450:31: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7450 |   else { w=seq2dpa_weight (S, "longuest");fprintf ( le, "default longuest\n", dpa_weight);}
      |                               ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7460:18: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7460 |   printf_system ("mv %s %s", alnfile, outfile);
      |                  ^~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7461:59: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7461 |   display_output_filename (le, "MSA",get_string_variable ("output"),outfile, CHECK);
      |                                                           ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7461:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7461 |   display_output_filename (le, "MSA",get_string_variable ("output"),outfile, CHECK);
      |                                ^~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7462:46: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7462 |   if (homoplasy)display_output_filename (le, "HOMOPLASY","homoplasy",homoplasy, CHECK);
      |                                              ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7462:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7462 |   if (homoplasy)display_output_filename (le, "HOMOPLASY","homoplasy",homoplasy, CHECK);
      |                                                          ^~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7473:36: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7473 |       display_output_filename (le, "TREE","newick",newtree, CHECK);
      |                                    ^~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7473:43: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7473 |       display_output_filename (le, "TREE","newick",newtree, CHECK);
      |                                           ^~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c:7479:24: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
 7479 |   print_mem_usage (le, "REG memory Usage");
      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘int run_other_pg(int, char**)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6256:30: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 6256 |       unpack_all_perl_script (argv[0]+strlen ("unpack_"));
      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
t_coffee_lib/t_coffee.c: In function ‘Alignment* km_align_seq_slow(char*, Alignment*, int, char**, int, int)’:
t_coffee_lib/t_coffee.c:6933:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
 6933 | }
      | ^
 CC dev_lib/dev1.c
In file included from ./io_lib_header.h:33,
                 from dev_lib/dev1.c:33:
./io_lib/tree_util.h:30:1: warning: ‘typedef’ was ignored in this declaration
   30 | typedef struct ALNcol
      | ^~~~~~~
dev_lib/dev1.c: In function ‘void aln2hitMat(Alignment*, char*)’:
dev_lib/dev1.c:76:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   76 |         strget_param (phitmat, "_MODE_", "id", "%s", mode);
      |                                ^~~~~~~~
dev_lib/dev1.c:76:42: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   76 |         strget_param (phitmat, "_MODE_", "id", "%s", mode);
      |                                          ^~~~
dev_lib/dev1.c:76:48: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   76 |         strget_param (phitmat, "_MODE_", "id", "%s", mode);
      |                                                ^~~~
dev_lib/dev1.c:77:32: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   77 |         strget_param (phitmat, "_MATRIX_", "blosum62mt", "%s", matrix);
      |                                ^~~~~~~~~~
dev_lib/dev1.c:77:44: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   77 |         strget_param (phitmat, "_MATRIX_", "blosum62mt", "%s", matrix);
      |                                            ^~~~~~~~~~~~
dev_lib/dev1.c:77:58: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   77 |         strget_param (phitmat, "_MATRIX_", "blosum62mt", "%s", matrix);
      |                                                          ^~~~
 Linking...
/usr/bin/ld: dp_lib/util_dp_drivers.o: in function `hh_pair(TC_method*, char*, Constraint_list*)':
util_dp_drivers.c:(.text+0x279a): warning: the use of `tmpnam' is dangerous, better use `mkstemp'
make: Leaving directory '/usr/src/slapt-src/academic/t_coffee/T-COFFEE_distribution_Version_13.45.58.c355d11/t_coffee_source'

Slackware package maker, version 3.14159265.

Searching for symbolic links:

No symbolic links were found, so we won't make an installation script.
You can make your own later in ./install/doinst.sh and rebuild the
package if you like.

This next step is optional - you can set the directories in your package
to some sane permissions. If any of the directories in your package have
special permissions, then DO NOT reset them here!

Would you like to reset all directory permissions to 755 (drwxr-xr-x) and
directory ownerships to root.root ([y]es, [n]o)? n

Creating Slackware package:  /usr/src/slapt-src/academic/t_coffee/t_coffee-13.45.58.c355d11-i586-1salix15.0.txz

./
install/
install/slack-desc
usr/
usr/bin/
usr/bin/t_coffee
usr/doc/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/README
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/References
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/doc2test.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/index.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/page-example.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_citations_references.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_contacts_adresses.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_doctest.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_documentation_validation.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_faq.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_installation.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_license.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_main_documentation.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_quickstart.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_quickstart_regressive.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_release_notes.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_technical_documentation.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_tutorials.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_sources/tcoffee_webserver.rst.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/basic.css
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/css/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/css/badge_only.css
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/css/theme.css
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/doctools.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/documentation_options.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/file.png
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.eot
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.ttf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.woff
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bold.woff2
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.eot
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.ttf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.woff
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-bolditalic.woff2
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.eot
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.ttf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.woff
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-italic.woff2
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.eot
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.ttf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.woff
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/Lato/lato-regular.woff2
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.eot
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.ttf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.woff
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-bold.woff2
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.eot
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.ttf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.woff
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/RobotoSlab/roboto-slab-v7-regular.woff2
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.eot
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.svg
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.ttf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.woff
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/fonts/fontawesome-webfont.woff2
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/jquery-3.2.1.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/jquery.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/js/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/js/modernizr.min.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/js/theme.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/language_data.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/minus.png
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/plus.png
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/pygments.css
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/searchtools.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/underscore-1.3.1.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/_static/underscore.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/index.html
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/objects.inv
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/html/searchindex.js
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/misc/
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/misc/saltt_doc.doc
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/misc/t_coffee.pdf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/doc/misc/thompson_Tcoffee_tutorial.pdf
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/license.txt
usr/doc/t_coffee-13.45.58.c355d11/t_coffee.SlackBuild
usr/share/
usr/share/t_coffee/
usr/share/t_coffee/example/
usr/share/t_coffee/example/1AE5A.pdb
usr/share/t_coffee/example/1AZZB.pdb
usr/share/t_coffee/example/1D4V2.pdb
usr/share/t_coffee/example/1D4V3.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EIY_C.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EUFA.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EUQ_B.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EUY_B.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EXD_B.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EXT1.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EXT2.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EXT3.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EXT4.pdb
usr/share/t_coffee/example/1EXTA.pdb
usr/share/t_coffee/example/1FI8.pdb
usr/share/t_coffee/example/1FY3A.pdb
usr/share/t_coffee/example/1GVZA.pdb
usr/share/t_coffee/example/1JMA1.pdb
usr/share/t_coffee/example/1JMA2.pdb
usr/share/t_coffee/example/1MZDA.pdb
usr/share/t_coffee/example/1NN6.pdb
usr/share/t_coffee/example/1OP8F.pdb
usr/share/t_coffee/example/1OQE1.pdb
usr/share/t_coffee/example/1PPG.pdb
usr/share/t_coffee/example/1SGFX.pdb
usr/share/t_coffee/example/1XU12.pdb
usr/share/t_coffee/example/1XU21.pdb
usr/share/t_coffee/example/2EEKA.pdb
usr/share/t_coffee/example/2HEY1.pdb
usr/share/t_coffee/example/2HEY2.pdb
usr/share/t_coffee/example/2HEY4.pdb
usr/share/t_coffee/example/2HEYR.pdb
usr/share/t_coffee/example/2QXJA.pdb
usr/share/t_coffee/example/2RDLB.pdb
usr/share/t_coffee/example/2RPJ1.pdb
usr/share/t_coffee/example/2ZKSA.pdb
usr/share/t_coffee/example/2ZPRB.pdb
usr/share/t_coffee/example/3ALQ1.pdb
usr/share/t_coffee/example/3ALQ2.pdb
usr/share/t_coffee/example/3ALQ3.pdb
usr/share/t_coffee/example/3ALQ4.pdb
usr/share/t_coffee/example/3ALQR.pdb
usr/share/t_coffee/example/3G01B.pdb
usr/share/t_coffee/example/3IJ21.pdb
usr/share/t_coffee/example/3IJ22.pdb
usr/share/t_coffee/example/3IJ23.pdb
usr/share/t_coffee/example/3IJ24.pdb
usr/share/t_coffee/example/3IJ2X.pdb
usr/share/t_coffee/example/3V2U.aln.list
usr/share/t_coffee/example/3V2U.contact_lib
usr/share/t_coffee/example/3V2U.contact_lib.list
usr/share/t_coffee/example/3V2U.pdb
usr/share/t_coffee/example/3V2U.species
usr/share/t_coffee/example/3V2U.template
usr/share/t_coffee/example/3V2UA.aln
usr/share/t_coffee/example/3V2UB.aln
usr/share/t_coffee/example/3V2UC.aln
usr/share/t_coffee/example/3V2UD.aln
usr/share/t_coffee/example/4KGAB.pdb
usr/share/t_coffee/example/4Q2KD.pdb
usr/share/t_coffee/example/4YM9A.pdb
usr/share/t_coffee/example/5ABWA.pdb
usr/share/t_coffee/example/5FCRD.pdb
usr/share/t_coffee/example/CCsed.script
usr/share/t_coffee/example/RNAplfold2tclib.pl
usr/share/t_coffee/example/Ssample_aln1.dnd
usr/share/t_coffee/example/alirna.ps
usr/share/t_coffee/example/allpairs.pdb
usr/share/t_coffee/example/any_file2unix_file.pl
usr/share/t_coffee/example/b11.aln
usr/share/t_coffee/example/b11.cache
usr/share/t_coffee/example/b11.dnd
usr/share/t_coffee/example/b11.fa
usr/share/t_coffee/example/b11.score_ascii
usr/share/t_coffee/example/b11.tcmafft
usr/share/t_coffee/example/b11.tcmafft.html
usr/share/t_coffee/example/b30.aln
usr/share/t_coffee/example/b30.aln.html
usr/share/t_coffee/example/b80.aln
usr/share/t_coffee/example/b80.aln.html
usr/share/t_coffee/example/bestpairs.pdb
usr/share/t_coffee/example/blast_aln2fasta_aln.pl
usr/share/t_coffee/example/blast_xml2fasta_aln.pl
usr/share/t_coffee/example/blastpgp.pl
usr/share/t_coffee/example/block1.aln
usr/share/t_coffee/example/block2.aln
usr/share/t_coffee/example/c18orf19.aln
usr/share/t_coffee/example/c18orf19.dnd
usr/share/t_coffee/example/c18orf19.fa
usr/share/t_coffee/example/c18orf19.html
usr/share/t_coffee/example/c18orf19_chipseq.aln
usr/share/t_coffee/example/cache.aln
usr/share/t_coffee/example/cache.seq
usr/share/t_coffee/example/charge_relay_lib.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/chewbacca
usr/share/t_coffee/example/chewbacca.html
usr/share/t_coffee/example/clean_cache.pl
usr/share/t_coffee/example/clustal_text
usr/share/t_coffee/example/clustal_text.html
usr/share/t_coffee/example/clustalw_aln2fasta_aln.pl
usr/share/t_coffee/example/clustalw_method.tc_method
usr/share/t_coffee/example/color_cons.html
usr/share/t_coffee/example/color_cons_box.html
usr/share/t_coffee/example/color_dnaseq3.html
usr/share/t_coffee/example/color_dnaseq3.pdf
usr/share/t_coffee/example/color_dnaseq3_lib.html
usr/share/t_coffee/example/combined_profiles.aln
usr/share/t_coffee/example/combined_profiles.aln.html
usr/share/t_coffee/example/count.pl
usr/share/t_coffee/example/dalilite.pl
usr/share/t_coffee/example/dna.filter
usr/share/t_coffee/example/dna.replicates
usr/share/t_coffee/example/excel2fasta.pl
usr/share/t_coffee/example/extract_from_pdb
usr/share/t_coffee/example/fasta_aln2fasta_aln_unique_name.pl
usr/share/t_coffee/example/fasta_seq2RNAplfold_templatefile.pl
usr/share/t_coffee/example/fasta_seq2consan_aln.pl
usr/share/t_coffee/example/fasta_seq2hmmtop_fasta.pl
usr/share/t_coffee/example/g0.aln
usr/share/t_coffee/example/g10.aln
usr/share/t_coffee/example/g15.aln
usr/share/t_coffee/example/g5.aln
usr/share/t_coffee/example/generic_method.tc_method
usr/share/t_coffee/example/group_3Dseq1.fasta
usr/share/t_coffee/example/han_solo
usr/share/t_coffee/example/han_solo.html
usr/share/t_coffee/example/hel_regions.pdb
usr/share/t_coffee/example/hmgb_chite.prf
usr/share/t_coffee/example/hmgb_chite.tmp
usr/share/t_coffee/example/hmgl_trybr.prf
usr/share/t_coffee/example/hmgl_trybr.tmp
usr/share/t_coffee/example/hmgl_wheat.prf
usr/share/t_coffee/example/hmgl_wheat.tmp
usr/share/t_coffee/example/hmgt_mouse.prf
usr/share/t_coffee/example/hmgt_mouse.tmp
usr/share/t_coffee/example/install.pl
usr/share/t_coffee/example/lalign_id_pair_seq1.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/luke_skywalker.aln
usr/share/t_coffee/example/luke_skywalker.dnd
usr/share/t_coffee/example/luke_skywalker.html
usr/share/t_coffee/example/make_license.pl
usr/share/t_coffee/example/mocca
usr/share/t_coffee/example/msa2bootstrap.pl
usr/share/t_coffee/example/msf_aln2fasta_aln.pl
usr/share/t_coffee/example/multiplets.pdb
usr/share/t_coffee/example/nature_protocol.pl
usr/share/t_coffee/example/ncbiblast_lwp.pl
usr/share/t_coffee/example/newick2name_list.pl
usr/share/t_coffee/example/out.ascii
usr/share/t_coffee/example/out.html
usr/share/t_coffee/example/out.tab
usr/share/t_coffee/example/out_aln.html
usr/share/t_coffee/example/outaln
usr/share/t_coffee/example/outaln.html
usr/share/t_coffee/example/p350.aln
usr/share/t_coffee/example/ph_tree_scan.txt
usr/share/t_coffee/example/prf1.aln
usr/share/t_coffee/example/prf1.dnd
usr/share/t_coffee/example/prf1.html
usr/share/t_coffee/example/prf1_1.dnd
usr/share/t_coffee/example/prf2.aln
usr/share/t_coffee/example/prf3.aln
usr/share/t_coffee/example/process_list.pl
usr/share/t_coffee/example/profile1_pdb1.aln
usr/share/t_coffee/example/profile1_pdb1.fasta
usr/share/t_coffee/example/profile1_pdb1_1.aln
usr/share/t_coffee/example/profile1_pdb1_1.html
usr/share/t_coffee/example/profile2_pdb2.aln
usr/share/t_coffee/example/profile2_pdb2.dnd
usr/share/t_coffee/example/profile2_pdb2.fasta
usr/share/t_coffee/example/profile_aln
usr/share/t_coffee/example/profile_aln.html
usr/share/t_coffee/example/proteases1_small.aln
usr/share/t_coffee/example/proteases1_small.clustalw
usr/share/t_coffee/example/proteases1_small.dnd
usr/share/t_coffee/example/proteases1_small.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases1_small.fasta_aln
usr/share/t_coffee/example/proteases1_small.html
usr/share/t_coffee/example/proteases1_small.msf
usr/share/t_coffee/example/proteases2_small.aln
usr/share/t_coffee/example/proteases2_small.dnd
usr/share/t_coffee/example/proteases2_small.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases2_small.html
usr/share/t_coffee/example/proteases_chain.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases_large.aln
usr/share/t_coffee/example/proteases_large.code_name
usr/share/t_coffee/example/proteases_large.coded.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases_large.dnd
usr/share/t_coffee/example/proteases_large.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases_large.html
usr/share/t_coffee/example/proteases_large.muscle
usr/share/t_coffee/example/proteases_oneseq.aln
usr/share/t_coffee/example/proteases_oneseq.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases_oneseq.html
usr/share/t_coffee/example/proteases_pair.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.aln
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.b62_aln
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.b62_aln.html
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.clustalw
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.dnd
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.expanded_fasta_aln
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.fasta_aln
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.fasta~
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.html
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.msf
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.pir_seq
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.template
usr/share/t_coffee/example/proteases_small.template~
usr/share/t_coffee/example/proteases_small_dna.fasta
usr/share/t_coffee/example/proteases_small_g10.aln
usr/share/t_coffee/example/proteases_small_g10.html
usr/share/t_coffee/example/proteases_small_pdb1.template_list
usr/share/t_coffee/example/proteases_small_pdb2.template_list
usr/share/t_coffee/example/proteases_small_prf1.template_list
usr/share/t_coffee/example/rec_sum.pl
usr/share/t_coffee/example/rna3D.fa
usr/share/t_coffee/example/rna3D.template
usr/share/t_coffee/example/rna3D_msa2.aln
usr/share/t_coffee/example/rnapdb2protpdb.pl
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.fake
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.fasta
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.mafftnewick
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.struc_tree.consense_output
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.struc_tree.consensus
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.struc_tree.html
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.struc_tree.list
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.template
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq1.tree
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.dnd
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.fasta
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.html
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.struc_tree.consense_output
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.struc_tree.consensus
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.struc_tree.html
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.struc_tree.list
usr/share/t_coffee/example/sample_3Dseq2.template
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1.html
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1.msf
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1.score_ascii
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1_1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1_1.html
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1_1.score_ascii
usr/share/t_coffee/example/sample_aln1_2.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_aln2.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_aln3.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_aln5.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_dna_thread.fa
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq1.dnd
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq1.fasta
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq1.html
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq2.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq2.cache
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq2.fasta
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq3.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq3.cache
usr/share/t_coffee/example/sample_dnaseq3.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_lib1.mocca_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_lib1.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_lib2.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_lib3
usr/share/t_coffee/example/sample_lib3.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_lib3.tc_lib02
usr/share/t_coffee/example/sample_list1.lib_list
usr/share/t_coffee/example/sample_param_file.param
usr/share/t_coffee/example/sample_profile1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_profile1_1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_profile1_1.html
usr/share/t_coffee/example/sample_profile2.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_prot_thread.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_prot_thread.dnd
usr/share/t_coffee/example/sample_prot_thread.fa
usr/share/t_coffee/example/sample_prot_thread.html
usr/share/t_coffee/example/sample_prot_thread.score_ascii
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq1.dnd
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq1.fasta
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq1.html
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq1_rfold1.template_list
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq2.alifold
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq2.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq2.cons.stk
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq2.cw.stk
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq2.stk
usr/share/t_coffee/example/sample_rnaseq2.tcoffee.stk
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.aln.html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.clustalw
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.dnd
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.expanded_fasta_aln
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.fasta
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.list
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.msf
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.msf_aln
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.score_ascii
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.score_csv
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.score_html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.score_pdf
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.score_ps
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.tcs_column_filter3
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.tcs_replicate_100
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.tcs_residue_filter3
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.tcs_residue_lower4
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.tcs_weighted
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.tm_html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1.ts_html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_all.html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_aln2.aln
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_aln2.msf
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_blosum62.score_ascii
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_color.html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_color.list
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_lib1.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_one-res.html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_pdb1.template_list
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_pdb2.template_list
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_prf1.template_list
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_single.html
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_ssp.template
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_tmp1.template_list
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_tree.nwk
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_tree_nj.nwk
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_tree_sar.nwk
usr/share/t_coffee/example/sample_seq1_tree_upgma.nwk
usr/share/t_coffee/example/sample_tree1.dnd
usr/share/t_coffee/example/sample_tree2.dnd
usr/share/t_coffee/example/slow_pair_seq1.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/stdout.html
usr/share/t_coffee/example/struc1.aln
usr/share/t_coffee/example/struc1.dnd
usr/share/t_coffee/example/struc1.html
usr/share/t_coffee/example/struc1.pdb
usr/share/t_coffee/example/struc1.template_file
usr/share/t_coffee/example/struc2.pdb
usr/share/t_coffee/example/struc3.pdb
usr/share/t_coffee/example/sv.aln
usr/share/t_coffee/example/sv.dnd
usr/share/t_coffee/example/sv.fasta
usr/share/t_coffee/example/sv.html
usr/share/t_coffee/example/sv_muscle.aln
usr/share/t_coffee/example/t_coffee_dpa
usr/share/t_coffee/example/t_coffee_dpa2
usr/share/t_coffee/example/tc_generic_method.pl
usr/share/t_coffee/example/test.aln
usr/share/t_coffee/example/test.aln.html
usr/share/t_coffee/example/test.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/test_lib.tc_lib
usr/share/t_coffee/example/three_cdna.aln
usr/share/t_coffee/example/three_cdna.dnd
usr/share/t_coffee/example/three_cdna.fasta
usr/share/t_coffee/example/three_cdna.html
usr/share/t_coffee/example/three_pdb.aln
usr/share/t_coffee/example/three_pdb.dnd
usr/share/t_coffee/example/three_pdb.fasta
usr/share/t_coffee/example/three_pdb.html
usr/share/t_coffee/example/three_pdb_two_seq.aln
usr/share/t_coffee/example/three_pdb_two_seq.dnd
usr/share/t_coffee/example/three_pdb_two_seq.fasta
usr/share/t_coffee/example/three_pdb_two_seq.html
usr/share/t_coffee/example/three_pdb_two_seq_pdb1.template_list
usr/share/t_coffee/example/tree.dnd
usr/share/t_coffee/example/two_profiles.template_file
usr/share/t_coffee/example/wublast.pl
usr/share/t_coffee/example/wublast_lwp.pl
WARNING:  zero length file usr/share/t_coffee/example/ph_tree_scan.txt

Slackware package /usr/src/slapt-src/academic/t_coffee/t_coffee-13.45.58.c355d11-i586-1salix15.0.txz created.

Installing package t_coffee-13.45.58.c355d11-i586-1salix15.0...
| t_coffee (A multiple sequence alignment program)
| 
| T-Coffee is a multiple sequence alignment package. You can use
| T-Coffee to align sequences or to combine the output of your
| favorite alignment methods (Clustal, Mafft, Probcons, Muscle...)
| into one unique alignment (M-Coffee).
| 
| Homepage: http://www.tcoffee.org/
| 
| 
| 
| 
|